I.

JUDUL PERCOBAAN : Isolasi DNA Ephiletilal Mulut

II. TANGGAL PERCOBAAN : Jum`at, 9 November 2018 (13.00 – 16.00 WIB)
III. TUJUAN PERCOBAN : Mampu mengerjakan isolasi DNA secara prosedur
dengan sampel DNA diambil dari sel ephitelial
mulut.
IV. DASAR TEORI
1. DNA (Deoxyribose Nucleid Acid)
DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) adalah asam nukleat yang mengandung
materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh
bentuk kehidupan. DNA merupakan polimer dari nukleotida-nukleotida yang
masing-masing terdiri atas tiga komponen yaitu basa nitrogen, gula pentose, dan
gugus fosfat. Basa dalam DNA dapat berupa adenine (A), timin (T), guanine (G),
dan sitosin (C) (Campbel, 2008). DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu
gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat yang tergabung membentuk
nukleotida.

Gambar 1. Rantai DNA

DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik secara lengkap yang
diperlukan untuk mencirikan struktur semua protein dan RNA tiap-tiap spesies
organisme, untuk membuat program pada saat yang tepat dan menempatkan
biosintesis sel dan jaringan secara teratur, untuk menentukan aktivitas organisme
sepanjang siklus hidupnya, dan untuk menentukan kekhususan organisme
tertentu (Lehninger, 1982).

1
 Molekul DNA terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria dan kloroplas (Agus dan Sjafaraenan, 2014). DNA yang menyusun
kromosom merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double
helix), dimana basa nitrogen dan kedua benang polinukleotida saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara
nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan
fosfat (Jamilah, 2005).

Gambar 2. Struktur DNA double helix

DNA terdapat di nukleus, mitokondria, dan kloroplas (Tim Dosen Kimia,
2017). Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom
meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel
organisme. DNA genom meliputi gen dan intergen. DNA organisme prokariot
dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk. Organisme prokariot memiliki DNA
berbentuk sirkular, sedangkan organisme eukariotik mempunyai DNA
berbentuk linier. DNA eukariot terletak dalam inti sel, sedangkan DNA prokariot
terletak dalam sitoplasma (Surzycki, 1936).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi, jika suatu larutan yang
mengandung DNA dipanaskan atau diberi alkali kuat, maka hubungan hydrogen
menjadi labil dan putus. Dua pita spiral dari molekul DNA itu membuka. Proses
ini disebut denaturasi DNA. Jika larutan tersebut kemudian didinginkan kembali

2
 atau dinetralisis secara perlahan-lahan maka terbentuklah pasangan-pasangan
basa itu kembali, peristiwa ini dinamakan renaturasi.
2. Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan proses untuk mendapatkan DNA dari makhluk
hidup untuk keperluan bioteknologi. Menurut Chawla (2000) Secara spesifik
untuk mengisolasi DNA yang mencakup gen tertentu dapat dilakukan dengan
beberapa teknik, yaitu :
- Isolasi DNA genom dan dilanjutkan pemotongan DNA genom
menggunakan enzim endonuclease retriksi.
- Mengisolasi mRNA yang merupakan hasil transkripsi gen yang dimaksud
kemudian dilanjutkan dengan membuat turunan.
- Menyintesis nukleotida yang menyusun gen tersebut (membuat gen sintetik)
dengan teknik sintesis kimiawi.
- Melakukan implifikasi DNA dengan teknik (Polimerasi).
DNA dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan. Isolasi DNA
merupakan langkah tepat untuk mempelajari DNA (Tim Dosen Kimia, 2018).
Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi dan
presipitasi.
1. Sentrifugase
Sentrifugase merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada pada bagian bawah tabung dan molekul ringan
akan berada pada bagian atas tabung. Teknik sentrifugase dilakukan oleh
mesin yaitu mesin sentrifugase dengan kecepatan yang bervariasi. Hasil
sentrifugase akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatant dibagian atas dan pellet dibagian bawah (Tim Dosen Kimia,
2018).
2. Presipitasi
Menurut tim dosen kimia (2018) pada presipitasi merupakan langkah
yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran.
Langkah-langkah isolasi DNA :
a) Pengumpulan sel-sel

3
 b) Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein
c) Pengendapan DNA
3. Epitel Mulut
Salah satu komponen system pertahanan rongga mulut dari pengaruh
berbagai factor lingkungan adalah jaringan mukosa mulut. Struktur dan fungsi
mukosa mulut bersifat transisi antara kulit dan mukosa traktus gastro-
intestinalis. Mukosa mulut menyerupai mukosa intestine karena secara konstan
dibasahi oleh cairan (mucus) dan lapisan ephiletnya memiliki kemampuan
regenerasi yang tinggi. Tetapi mukosa mulut juga menyerupai kulit karena
memiliki lapisan ephitel berlapis gepeng yang di banyak region mempunyai
lapisan keratin. Dengan strukturnya yang spesifik tersebut mukosa mulut mampu
berperan sebagai pelindung jaringan lunak dibawahnya dari kekuatan fisik yang
berpotensi merusak akan tetapi juga cukup lentur dan tahan untuk
mengakomodasi proses pembentukan makanan menjadi bolus. Mukosa mulut
juga berfungsi sebagai barrier terhadap mikroorganisme, toksin, dan berbagai
antigen (Puspitawati, 2003).
Secara umum struktur mukosa mulut terdiri dari dua lapisan utama yaitu
jaringan ephitel di permukaan, dan jaringan penyambung fibrosa yang
menunjangnya yaitu lamina propria. Pada kebanyakan lokasi, mukosa mulut
dilekatkan ke jaringan dibawahnya oleh lapisan submucosa (Puspitawati, 2003).
Jaringan ephitel mukosa mulut adalah ephitel berlapis gepeng. Sel-sel
ephitel mukosa mulut terdiri dari empat lapisan berturut-turut dari yang paling
dalam ke permukaan yaitu lapisan germinativum/basalis, lapisan spinosum,
lapisan granulosum, dan lapisan corneum. Struktur yang terdiri dari beberapa
lapisan tersebut mencerminkan adanya proses pertumbuhan dan pematangan sel.
Sel-sel di satu lapisan secara kontinyu digantikan oleh sel-sel dari lapisan di
bawahnya (Puspitawati, 2003).

4
 Gambar 3. Struktur epitel rongga mulut
4. Air Mineral
Terdapat tujuh mineral penting yang terkandung di dalam air putih dalam
kemasan atau biasa disebut dengan air mineral. Adapun, ketujuh mineral yang
tergantung dalam air putih alami, yaitu Flourida, Natrium, Kalsium,
Magnesium, Kalium, Silika dan Zinc. Flourida, berfungsi untuk menjaga
gigi dari pembentukan karies. Selain itu, menambah Kekuatan tulang juga
menjadi peran Flourida di dalam tubuh (Asris. 2010).
Kemudian untuk zat Natrium membantu menjaga keseimbangan cairan
tubuh. Tak heran, mineral jenis ini ditemukan dalam infus yang biasa
diberikan untuk menghidrasi tubuh (Asris. 2010).
Zat lainnya yang juga terdapat dalam air putih yaitu Kalsium dan
Magnesium yang berperan mendukung kesehatan jantung, pembuluh darah,
dan integritas tulang. Sedangkan untuk zat Kalium, adalah untuk mendukung
proses transmisi saraf dan kontraksi otot (Asris. 2010).
Selanjutnya ialah zat Silika. Air putih bisa membantu melembabkan
kulit, zat Silika lah yang membantu keutuhan dan kelembaban kulit
seseorang. Selain itu, menjaga pembuluh darah dan integritas tulang
merupakan fungsi lain dari zat ini (Asris. 2010).
Sementara itu, Zinc berperan sebagai co-enzim. Zat ini dapat
membantu 300 enzim di dalam tubuh kita. Selain itu, zat ini penting bagi
pertumbuhan, imunitas, dan fungsi saraf otak seseorang (Asris. 2010).

5
 5. Minuman Isotonik
Ada tiga bahan penting yang terkandung dalam minuman isotonik yaitu
Natrium, Kalium dan vitamin C. Selain tiga bahan itu juga terdapat bahan
pendukung lain yang jumlahnya sangat sedikit/kecil (Asris. 2010).
6. Aquades
Aquades adalah air murni atau H2O, yaitu air hasil destilasi atau air hasil
penyulingan. H2O hampir tidak mengandung mineral (Asris. 2010).

V. ALAT DAN BAHAN

a. Alat :
- Tabung mikrosentrifuge 3 buah
- Sentrifuge 1 set
- Gelas kimia 3 buah
- Waterbath Tris 1 set
- Tabung reaksi 3 buah
- Vortex 1 set
- Pipet mohr 1 buah
- Gelas ukur 1 buah
- Pipet volum 2 buah
b. Bahan :
- Air mineral 10 mL
- Minuman isotonic 10 mL
- Aquades 10 mL
- Buffer tris-EDTA 3 mL
- NaCl 2,5M 300 μL
- Etanol dingin 3 mL

6
VI. ALUR PERCOBAAN
1. Pengumpulan sel-sel

10 mL minuman 10 mL air mineral 10 mL aquades

isotonic

- Digunakan untuk berkumur selama 1 menit

- Hasil berkumur ditampung dalam dalam
beker glass
Larutan sel epitel

2. Pemecahan sel dan penecernaan protein

1,5 mL larutan sel epitel

- Dimasukkan masing-masing ke dalam tabung

mikrosentrifuge yang berbeda
- Disentrifuge pada kecepatan 10.000 rpm selama 60
detik
- Didekantasi

Filtrat Residu

- Ditambahkan larutan sel lagi sebanyak dan

dilakukan setrifuge selam 3 kali
- Ditambah 1 mL buffer tris-EDTA ke dalam
mikrosentrifus
- Di vortex selama 60 detik dengan kecepatan
1500
-
Hasil pengamatan

7
3. Pengendapan DNA
100µL NaCl 2,5 M

- Dimasukkan ke dalam tabung mikrosentrifus

(percobaan 2)
- Dijungkir-balik perlahan agar tidak sampai
muncul banyak busa
- Dipindah ke tabung lain yang bersih dan kering
- Ditambah 1 mL etanol secara pelan-pelan
- Dibiarkan selama 5 menit
- Dibandingkan dengan tabung lain
DNA menggumpal

8
VII. HASIL PENGAMATAN
Hasil Pengamatan
No Prosedur Percobaan Dugaan/Reaksi Kesimpulan
Sebelum Sesudah
1. Pengumpulan sel-sel - Minuman Hasil berkumur: DNA yang terisolasi DNA epitel mulut
isotonik: - Minuman menunjukkan dapat dikumpulkan
10 mL minuman isotonic, larutan tidak isotonik: larutan gumpalan putih dengan cara
Air mineral, dan aquades berwarna tidak berwarna seperti benang berkumur
keruh keruh DNA paling banyak
- Digunakan untuk berkumur
- Aquades: - Aquades: larutan
selama 1 menit terkumpul pada
larutan tidak tidak berwarna
- Hasil berkumur ditampung larutan isotonik
berwarna keruh
dalam dalam beker glass - Air mineral: - Air mineral:
Larutan sel epitel laruta tidak larutan tidak
berwarna berwarna keruh

2. Pemecahan sel dan Penecernaan protein - Lar. sampel Disentrifuge: Sel DNA dapat Sel terpecah dan
Minuman - Lar. Sampel dipecah dengan di protein telah dicerna
1,5 mL larutan sel epitel
isotonic: tidak aquades: terdapat Vortex
- Dimasukkan masing-masing berwarna residu putih (+)
ke dalam tabung keruh - Lar. Sampel
mikrosentrifuge yang berbeda - Lar. Sampel mineral: terdapat
Air mineral: residu putih (++)
tidak - Lar. Sampel
isotonik: terdapat

9
 berwarna residu putih
- Disentrifuge pada kecepatan 10.000 keruh (+++)
rpm selama 60 detik - Lar. Sampel - Ditambah buffer
- Didekantasi aquades: tris EDTA: tidak
tidak terjadi perubahan
Residu Filtrat berwarna - Divortex: residu
keruh terlarut kembali.
- Ditambahkan larutan sel lagi - Buffer tris-
sebanyak dan dilakukan setrifuge EDTA :
selam 3 kali larutan tidak
- Ditambah 1 mL buffer tris-EDTA berwarna
ke dalam mikrosentrifus
- Di vortex selama 60 detik dengan
kecepatan 1500
Hasil pengamatan

10
3. Pengendapan DNA - Larutan NaCl: - Lar. Sampel + DNA dapat Tidak diperoleh
tdiak berwarna NaCl: larutan diendapkan endapn DNA
100µL NaCl 2,5 M - Etanol: tidak tdiak berwarna
berwarna keruh
- Dimasukkan ke dalam tabung - Lar. Sampel: - Ditambah etanol:
mikrosentrifus (percobaan 2) tidak berwarna tidak terjadi
- Dijungkir-balik perlahan agar keruh perubahan
tidak sampai muncul banyak busa - Tabung aquades:
- Dipindah ke tabung lain yang DNA tidak
bersih dan kering terendapkan
- Ditambah 1 mL etanol secara - Tabung air
pelan-pelan mineral: DNA
- Dibiarkan selama 5 menit tidak terendapkan
- Dibandingkan dengan tabung lain - Tabung minuman
DNA menggumpal isotonik: DNA
tidak terendapkan

11
VIII. ANALISI DAN PEMBAHASAN
Percobaan Isolasi DNA bertujuan agar mahasiswa mampu mengerjakan
isolasi DNA sesuai prosedur, dengan sampel DNA yang diambil dari sel ephitelial
mulut. DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetic dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan (Tim Dosen
Kimia, 2017). Isolasi DNA merupakan proses untuk mendapatkan DNA dari
makhluk hidup untuk keperluan bioteknologi. Langkah-langkah isolasi DNA
terdiri dari pengumpulan sel-sel, pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein,
serta pengendapan DNA (Tim Dosen Kimia, 2017). Prinsip dari isolasi DNA ada
dua yaitu sentrifugase dan presipitasi.
1. Pengumpulan Sel-sel
Pada tahap pertama bertujuan untuk mengumpulkan sel DNA, sel DNA yang
diumpukan merupakan sel DNA epitel mulut. Sel Epitel mulut dipilih karena lebih
mudah untuk mendapatkannya dibandingkan dengan epitel organ lain seperti
hidung, kulit ataupun anus. Epitel mulut ini termasuk ke dalam golongan ektoderm.
Ektoderm merupakan jenis epitel yang melapisi bagian luar dari tubuh. Dalam
mulut, epitel berfunsi untuk proteksi dan sekresi. Fungsi proteksi yakni epitel
berungsi sebagai pelindung untuk melapisi permukaan dalam sedangkan fungsi
sekresi berfungsi sebagai kelenjar, misalnya kelenjar ludah yang menyediakan
ludah sebagai enzim yang akan memecah amilum.
Pengumpulan DNA epitel mulut dilakuakan dengan berkumur selama 1
menit menggunakan 3 jenis air yaitu aquades, air mineral, dan minuman isotonik
masing masing sebanyak 10 mL. 3 jenis air digunakan untuk dapat mengtahui
larutan mana yang lebih efektif digunakan untuk mengumpulkan DNA. Setelah
dilakukan berkumur, kemudian air hasil berkumur dimasukkan kedalam gelas
kimia, diperoleh hasil sebagai berikut.
 Aquades : larutan tidak berwarna dan keruh (+++.)
 Air mineral : larutan tidak berwarna dan keruh (++).
 Minuman isotonik : larutan tidak berwarna dan keruh (+).
2. Pemecahan Sel dan Pencernaan Protein
Tahap kedua bertujuan untuk memecaha sel dan mencerna protein pad sel
DNA. Langkah yang dilakukan pada tahpa ini yaitu, mengambil sebanyak 1,5 mL

12
pada masing-masing larutan hasil tahap pertama dengan pipet mohr agar diperoleh
volume larutan yang akurat, dimasukkan dalam tabung mikrosentrifuge yang
berbeda-beda pada tiap larutan. Kemudian disentrifuge dengan kecepatan 10.000
rpm selama 1 menit agar diperoleh residu protein, setelah disentrifuge diperoleh
filtrat tidak berwrana dan residu berwarna putih, kemudian si dekentasi daomabil
residunya. Setelah dipeerolah residu kemuadian peroses ini diulanga sebanyak 3
kali gara diproleh lebih banyak rasidu, dengan demikian diperleh lebih banyak
DNA, sehingga dapat mempermudah mengisolasi DNA. Dari hasil sentrifuge
residu yang diproleh sebagai berikut, sebagai berikut :
 Larutan isotonik : terbentuk residu (+++)
 Larutan air mineral : terbentuk residu (++)
 Aquades : terbentuk residu (+)
Pemisahan sentrifuge menggunakan prinsip dimana objek diputar secara
horizontal pada jarak tertentu. Apabila objek berotasi di dalam tabung atau silinder
yang berisi campuran cairan dan partikel, maka campuran tersebut dapat bergerak
menuju pusat rotasi, namun hal tersebut tidak terjadi karena adanya gaya yang
berlawanan yang menuju kearah dinding luar silinder atau tabung, gaya tersebut
adalah gaya sentrifugasi. Gaya inilah yang menyebabkan partikel-partikel menuju
dinding tanbung dan terakumulasi membentuk residu.
Pada larutan isotonik diperoleh residu yang dipeoleh labih banyak dari yang
lainya, dikarenakan pada larutan isotonik lebih banyak mengandung menirel dari
pada air mineral, semakin banyak mineral pada larutan maka akan semakin efetif
dalam prosesn ioslasi DNA. Hal ini dikarenakan mineral mempunyai muatan positif
yang sehingga dapat meneraik/mengumpulkan DNA yang mempunayi mutan
negatif pada gugus fosfatnya.
Setalah diperoleh residu, kemudian didekantasi memisahkan pelet dari
filtrat, sehingga hanya terdapat pelet pada tabung mikrosentrifugase. Setelah itu
ditambahkan 1 ml buffer tris-EDTA (larutan tidak berwarna) dengan menggunakan
pipet volum, endapan pada ketiga tabung tidak dapat larut. Fungsi dari penambahan
buffer tris-EDTA adalah untuk mempertahankan pH optimum DNA yaitu pada pH
8, hal tersebut untuk mengkondisikan agar DNA tetap berada dalam struktur
awalnya, karena pada pH asam atau pH basa memungkinkan terjadinya kerusakan

13
struktur DNA menjadi bentuk struktur yang lain juga berfunsi untuk
menghilangkan protein dan RNA serta mencegah aktivitas enzim pendegradasi
DNA dan mencegah perubahan pada molekul DNA dan menkondisikan DNA agar
tetap hidup, Selain itu, untuk melisis sel sebekum DNA tertarik keluar. Selanjutnya
divortex dengan kecepatan 1500 selama 1 menit. Fungsi dilakukannya vortex
adalah untuk memecah sel (lisis) sehingga DNA dapat keluar dari sel tersebut dan
dapat larut dalam pelarut. Hasil yang diperoleh residu terlarut kembali pada semua
pelarut baik minuman isotonik, air mineral dan aquades.
3. Penegndapan Protein
Tahap yang terakhir yaitu pengendapan DNA, DNA yang terlarut dalam
pelarut diendapakan supaya dapat diketahui bahwa Isolasi DNA berhasil
dilakukakan. Isolasi DNA berhasil dilakukan jika terapat endapan DNA berbentuk
benang putih yang berada dalam larutan. Pengendapan DNA dengan menmabahkan
100 µl NaCl 2,5 M (larutan tidak berwarna) pada masing-masing tabung
mikrosentrifugase dengan menggunakan pipet volum, kemudian tabung
mikrosentrifuge dibilak-balik secara perlahan untuk mencamurkan larutan NaCl
pada larutan. Penambahan larutan NaCl berfungsi untuk mengikat DNA, dimana
dalam hal ini ion Na+ yang terkandung di dalam garam mampu membentuk ikatan
dengan kutup negatif dari fosfat DNA. Pada saat itulah maka DNA akan terkumpul.
Selain itu garam NaCl juga mampu menghilangkan komponen-komponen pengotor
selain DNA. Konsentrasi NaCl harus di atas 1.4 M untuk mencegah terbentuknya
kompleks, karena jumlah air dalam pelet sel sulit diprediksi (Surzycki, 2000).
Setelah penambahan NaCl kemudian laruatan dipindahkan ke dalam tabung
reaksi yang bersih dan kering dan ditambahkan 1 ml etanol dingin (larutan tidak
berwarna) dengan menggunakan pipet volum. Setelah itu dibiarkan selama 1 menit
dan diamati. Fungsi dari penambahan etanol dingin adalah untuk mengikat strand
DNA yang telah terkumpul. Strand-strand DNA yang terikat oleh etanol akan
nampak sebagai benang-benang putih yang terapung diatas filtrat. Selain itu etanol
juga berfungsi mempertifikasi DNA. Pemekatan dengan etanol pada lapisan atas
sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan. Atau
dengan kata lain etanol berfungsi untuk penggumpalan atau pengendapan dari
DNA, sehingga DNA yang bersifat transparan dapat diamati sebagai benang-

14
 benang DNA. Dalam hal ini, etanol mempunyai sifat yang semipolar, sehingga bisa
menarik molekul air dari DNA, sehingga konsentrasi DNA dapat meningkat dan
akhirnya terpresipitasi. Presipitasi adalah prosedur yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran. DNA nantinya akan berada pada
perbatasan kedua larutan tersebut, melayang-layang, tidak tenggelam. Setelah
ditambah etanol dingain dandiamati selama ± 10 menit tidak terbentuk endapan
DNA.
Tidak diperolah endapan DNA bisa dibabakan beberapa faktor anatara lain,
ketika prosesn streifuge dindng-dindng sel stelah rusak sehingga DNA larut dalam
filtrat dan filtratnya di buang sehingga pada hasil akhir tidak diperolah endapan
DNA, dan juga kesalahan dari praktikan yang kurang sensitif ketika malkuakan
percobaan.

IX. SIMPULAN
Dari percobaan yang dilakukan dapat diperoleh kesimpulan bahwa telah
dilakukan percobaan isolasi DNA epetel mulut sesuai dengan prosedur percobaan,
akan tetapi belum diperoleh hasil yang sempurna, yaitu belum diperoleh endapan
DNA pada hasil akhir.

15
X. JAWABAN PERTANYAAN
1. Gambarkan struktur DNA!
Jawab :

16
2. Bagaimana cara menentukan jumlah DNA hasil isolasi tersebut
menggunakan spektrofotometer!
Jawab :
a. Ditentukan panjang gelombang
Jumlah DNA dicerminkan berat molekul bukan oleh volume. Untuk
mengetahui jumlah DNA, maka DNA hasil isolasi harus dianalisis dengan
spektrofotometer UV dengan panjang gelombang 260 nm. Kualitas DNA
yang berhubungan dengan kemurnian terhadap kontaminan protein dapat
dilihat dari perbandingan absorbansi suspensi DNA pada panjang gelombang
260 nm terhadap 280 nm. Rasio OD260 / OD280 antara 1,8 - 2,0
mencerminkan DNA yang relatif murni dan terbebas dari kontaminan protein.
Nilai absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dapat dikonversikan
menjadi konsentrasi, yaitu nilai 1 pada OD260 = 50 ug DNA utas ganda tiap
ml.
DNA dan RNA menyerap pada panjang gelombang maksimal 260 nm,
sementara kebanyakan protein menyerap kuat pada 180 nm. Namun, asam
nukleat juga menyerap secara signifikan pada 280 nm (50%-55% dari
absorbansi poada 260 nm), dan sebagian protein dapat menyerap kuat pada
260 nm (absrobansi bervariasi, tergantung pada protein). Dengan demikian,
untuk mengukur secara akurat konsentrasi DNA, RNA dan protein dalam
campuran yang kompleks bisa menjadi sulit. Namun, mengukur absorbansi
pada 260 nm dan pada 280 nm dapat memberikan validasi kemurnian sampel
asam nukleat: rasio A260/A280 di atas 1,8 untuk DNA atau 2,0 untuk RNA
mengindikasikan sampel yang murni, nilai rasio yang rendah menunjukkan
adanya protein atau kontaminan lainnya.
b. Preparasi sampel dan pengujian dengan spektrofotometer
Alat yang digunakan dalam uji ini dengan metode spektrofotometri UV-
Vis antara lain : mikropipet, kuvet, nanodrop spektrofotometer dan
seperangkat komputer. Bahan yang digunakan adalah isolat DNA dan
aquadest sebagai blanko. Cara kerja pengujian kuantitatif DNA diawali
dengan menghidukan alat nanodrop spektrofotometer. Kemudian melakukan
uji blanko menggunakan aquadest. Setelah itu dilanjutkan dengan menguji

17
isolat DNA dengan cara meneteskannya pada tempat sampel sebanyak 1
mikroliter. Kemudian mengukur kemurnian DNA dan baca hasil kemurnian
DNA-nya. Untuk preparasi sampel Dipipet 5 µl sampel DNA hasil isolasi,
ditambahkan aquadest secukupnya sehingga volume akhir 1 ml dicampur,
kemudian pindahkan kedalam kuvet spektrofotometer, Blanko
spektrofotometer dengan kuvet berisi 1 ml aquadest dibaca absorbansi sampel
dengan spektorfotometer pada λ 260 nm dan dilakukan pembacaan yang ke-
2 pada λ 280 nm.

18
XI. DAFTAR PUTAKA
Agus, Rosana dan Sjafaranain. 2014. Penentuan Praktikum Genetika. Makassar.
Asris. 2010. Isolasi DNA. http://asris07.student.ipb.ac.id. diakses pada tanggal 11
November 2018.
Campbell, Neil. A. 2000. Bilogi edisi kelima jilid 1 alih bahasa rahyu lestari.
Jakarta: Pnerbit Erlangga.
Chawla HS. 2000. Introduction to Plant Biotechnology 2nd Edition. New Hampshire
(US) : Science Publishers Inc.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan
Ekstrak Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah
Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Prtogram Sarjana Biologi.
Lehninger AL. 1982. Dasar-Dasar Biokimia Jilid 3. Maggy Thenawijaya,
penerjemah. Jakarta: Erlangga. Terjemahan dari: Principles of
Biochemistry.
Puspitawati, Ria. 2003. Struktur Makroskopik nan Mikroskopik Jaringan Lunak
Mulut. Jakarta : Jurnal Kedokteran Gigi. Edisi 10. No. 462-46.
Surzycki, S. 1936. Basic Techniques in Molecular Biology. Springer- Verlag.
Heidelberg : New York.
Tim Dosen Biokimia. 2018. Petunjuk Praktikum Biokimia. Surabaya: Jurusan kimia
FMIPA UNESA

19
 LAMPIRAN DOKUMENTASI
GAMBAR KETERANGAN

Persiapan alat dan bahan

1. Pengambilan Sampel

Hasil kumur 10 ml aquades, 10 ml air

mineral, dan 10 ml minuman isotonik

2. Pemecaahan sampel

1,5 ml larutan sel ephitel dimasukkan

dalam tabung mikrosentrifuge

Disentrifuge 1 menit dengan kecepatan

10.000 rpm lalu didekantasi

20
 Endapan yang diperoleh ditambah
kembali dengan aquades pada tabung 1,
air mineral pada tabung 2, dan minuman
isotonic pada tabung 3 dan disentrifuge
kembali, dilakukan perlakuan hingga 3
kali

Ditambahkan larutan buffer Tris-EDTA

Setiap tabung divortex selama 1 menit

dengan kecepatan 1500 rpm

Diperoleh endapan disetiap tabung

3. Pengendapan DNA Larutan dipindahkan dalam tabung

setelah ditambah 100 μL NaCl 2,5 M

Ditambahkan etanol dingin 1 ml secara

perlahan
Diperoleh hasil benang-benang DNA
tidak terlalu tampak

21