NAMA
NIM
KELOMPOK
KELAS
ASISTEN
BAB IX
ELEKTROFORESIS SDS-PAGE
A. Pre-lab
1. Apa yang dimaksud elektroforesis ?
Elektroforesis adalah sebuah metode untuk separasi atau pemisahan sebuah
molekul besar (seperti protein, fragmen DNA, RNA dll) dari campuran molekul yang
serupa. Elektroforesis digunakan untuk memisahkan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Sebuah arus
listrik dilewatkan melalui medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan.
Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan
negatif dilewatkan melalui suatu medium (misal agarosa), maka molekul tersebut akan
bergerak dari muatan negatif menuju muatan positif. Kecepatan gerak molekul tersebut
tergantung pada rasio muatan terhadap massanya dan bentuk molekulnya (Yuwono,
2008).
2. Ada berapa jenis elektroforesis ? Jelaskan masing-masing!
Ada 2 jenis elektroforesis yaitu Elektroforesis Kertas dan Elektroforesis Gel.
Elektroforesis Kertas: merupakan jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai
fase diam dan partikel bermuatan yang terlarut (terutama ion-ion kompleks) sebagai
fase gerak. Pemisahan tersebut terjadi karena adanya gradasi konsentrasi sepanjang
sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau
valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi elektrolit,
kekuatan ion, pH, viskositas, dan daya absopsi zat terlarut (Boyer, 2004).
migrasi
protein.
Pada
proses
pembuatan
gel,
akrilamid
akan
TEMED 3 ml
Hasil
2. Persiapan sampel
Sampel
Disiapkan gigi sisir pada stacking gel jangan sampai ada gelembung
Gel dibiarkan terpolimerisasi 15-30 menit pada suhu ruang
Sisir diambil secara perlahan dari gel
Gel dipindahkan ke elektroforensis
Dimasukkan buffer ke tank elektroforensis
Hasil
4. Pewarnaan gel
10 ml sampel
Arus Listrik
Dipisahkan gel dari tank
Dipindahkan glass plate dari gel kedua sisi
Dituang larutan pewarna gel dalam wadah
Ditutup dengan plastik dan letakkan shacker 5-30 menit
Dimasukkan ke penghilang warna
Dipindahkan larutan pewarna dari gel, bilas aquades
Dituangkan larutan pembilas
Hasil
BM (KDa)
Panjang Pita
(cm)
Log (BM)
RF
225
2,3
2,352
0,479
II
150
2,6
2,176
0,542
III
100
2,9
0,604
IV
75
3,5
1,875
0,729
50
4,1
1,698
0,854
VI
35
VII
25
Perhitungan
Panjang separating gel = 4,8 cm
Panjang pita sampel = 3,2 cm
RF(sampel)=
RFI =
RFII =
RFIII =
RFIV =
RFV =
,
,
,
,
= 0,667
= 0,479
,
,
,
,
= 0,542
,
,
,
,
= 0,604
= 0,729
= 0,854
RF(sampel) = x
y = -1,6552x + 3,0822
y = log BM
y = -1,6552(0,677) + 3,0822
BM = anti log y
y = -1,104 + 3,0822
y = 1,978
BM = 95,060 KDa
Prinsip Elektroforesis
Prinsip
yang
digunakan
pada
elektroforesis
yaitu
memisahkan
protein
x = RF ;
y = log BM
10
11
dari
karena
proteinprotein
perbedaan
berat molekul mengakibatkan terbentuknya pitapita pada jarak migrasi yang berbeda
satu sama lain dan jarak tersebut di konversi menjadi nilai RF. Dari marker I-V
menunjukkan bahwa semakin besar nilai RF maka akan berbanding terbalik dengan
berat molekul yang semakin kecil.
Dari hasil percobaan didapatkan panjang pita sampel 3,2 cm dengan panjang
separating gel 4,8 cm. Sehingga dari data tersebut dapat dihitung RF sampel dengan
rumus RF =
hasil
percobaan,
sampel
membentuk
garis
lurus.
Hal
tersebut
12
13
14
15
, y = ax + b; x = RF; y =
log BM.
Faktor-faktor yang berpengaruh pada percobaan Elektroforesis kali ini yaitu
ukuran dan bentuk molekul, konsentrasi gel, pH, suhu, dan voltage dimana faktor-faktor
tersebut akan berpebgaruh terhadap pergerakan protein selama elektroforesis.
Berdasarkan hasil percobaan yang telah dilakukan didapatkan hasil dengan panjang
pita sampel 3,2 cm dan panjang separating gel 4,8 cm dimana RF yang didapatkan yaitu
0,667. BM dari enzim pepsin yaitu 95,060 KDa.
16
Studies
of
Ranunculus
Triplodantus
Population.
Utami, E.S.W., dkk. 2007. Sintetis Protein Selama Embriogenesis Somatik Anggrek Bulan
Phalaenopsis amabilis (L.). Jurnal Biodiversitas. Vol.8, No.3, Hal.188-191
Wibowo, M.S. 2010. Elektroforesis. Sekolah Farmasi Institut Teknologi Bandung
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekular. Jakarta: Penerbit Erlangga
17