LAPORAN REVIEW

PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

ISOLASI DNA JARINGAN HEWAN
Dosen Pengampu : Musa’adah, S.Si.,M.Biotech

Disusun Oleh :
Kelompok 4
Rasefsya Wanda A (1207020056)
Salsa Bila Oktavianti (1207020067)
Sudrajat (1207020076)
Widia Tri (1207020084)
Opi Khoirunnisa (1207020090)

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UIN SUNAN GUNUNG DJATI BANDUNG
2023
 I. PENDAHULUAN
1.1.Tujuan
1. Untuk mengetahui teknik isolasi DNA jaringan hewan
2. Untuk menentukan langkah-langkah ekstraksi DNA guna mendapatkan DNA
total dari jaringan hewan
1.2.Dasar Teori

DNA atau Deoxyribonucleic acid senyawa kimia penting yang ada didalam makhluk
hidup, DNA membawa informasi genetik makhluk hidup yang akan diwariskan dari satu
generasi ke generasi berikutnya, satu set materi genetik DNA yang lengkap disebut genom
yang terdapat pada kromosom. Molekul DNA tersusun atas nukleus. mitokondria, plastida
dan sentriol. Bentuk dari molekul DNA pada nucleus seperti benang lurus dan tidak
bercabang, sedangkan bentuk DNA pada mitokondria dan plastida seperti lingkaran (Suryo,
2012). DNA berbentuk pilinan utas ganda antiparalel, komponen DNA adalah gula pentosa
(deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa. Pasangan basa DNA adalah basa purin dan
pirimidin. Adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur cincin- ganda merupakan basa
purin, sedangkan sitosin (C) dan timin (T) yang memiliki struktur cincin-tunggal adalah basa
pirimidin. Guanin dan sitosin yang berikatan akan membentuk 3 ikatan hidrogen, sedangkan
jika dengan timin akan membentuk 2 ikatan hidrogen. Komponen Building Block DNA
adalah satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang basa nukleotida (Mukhlissul
Faatih, 2009).

Seiring berjalannya waktu ilmu pengetahuan dan teknologi berkembang dengan pesat,
salah satu nya pada bidang bioteknologi dan biomolekuler. Isolasi DNA penting untuk
dikuasai sebagai teknik dasar dalam laboratorium bioteknologi dan biomolekuler. Isolasi
DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel satu dan partikel lainnya seperti lipid,
protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA digunakan dalam beberapa analisis
molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing, transformasi dan PCR. (Tan dkk,
2009)

Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu mengisolasi sel kemudian Melisiskan
dinding dan membran sel, setelah itu diekstraksi dalam larutan dilanjutkan Purifikasi dan
Presipitasi. Pada umumnya untuk melakukan isolasi DNA terdapat prinsip, yaitu sentrifugasi
dan presipitasi. Prinsip kerja sentrifugasi memisahkan substansi berdasarkan berat molekul,
sedangkan prespirasi mengendapkan suatu komponen dari campuran (Albert, 1994). Teknik
Sentrifugasi akan menempatkan substansi yang lebih berat berada di dasar, sedangkan
substansi yang lebih ringan berada di atas. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga
substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan
terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan menggunakan alat yang dinamakan
mesin sentrifugasi yang memiliki kecepatan bervariasi, misalnya 1500!rpm (rotation per
minute) atau 5000 rpm (Mukhlissul Faatih, 2009).

Keberhasilan suatu isolasi DNA ditentukan oleh proses lisis (Gill, 2016). Dalam
proses lisis ada berbagai cara yang digunakan, misalnya menggunakan enzim proteinase-K
dan SDS dengan cara kimia, sedangkan dengan cara mekanik digerus menggunakan nitrogen
cair (Ahari, 2012). Selain itu bisa juga dengan diinkubasi dengan perlakuan suhu (Espinoza,
2017). DNA dapat di isolasi pada semua mahluk hidup, termasuk bakteri dan virus. Isolasi
DNA memiliki tantangan, salah satu tantangan dalam isolasi DNA adalah pada mamalia.
Mamalia memiliki jaringan dan organ yang kompleksitasnya tinggi, kendala yang sering
ditemui dalam pengerjaan isolasi DNA hewan mamalia adalah lipid dan protein yang
menyusun suatu jaringan pada hewan terlalu banyak dan asam nukleat yang dapat rusak jika
ada enzim nuklease(Cseke, 2012). Selain itu tingkat ketahanan dari organ atau jaringan
hewan tidak seperti tumbuhan, jaringan hewan mudah membusuk dan cepat rusak dalam
waktu singkat. Maka isolasi DNA pada hewan harus dilakukan pada sampel yang masih
segar. Namun melakukan isolasi DNA hewan pada sampel segar juga tidaklah mudah, organ
yang akan dijadikam sampel jika tidak dilakukan di hari yang sama harus diawetkan dam
disimpan dalam freezer. Sulitnya isolasi DNA pada jaringan hewan atau organ hewan yang
diawetkan menurunkan keberhasilan isolasi DNA hingga minimum (Slamet hariyadi dkk,
2018).

Pada manusia, isolasi DNA dapat melalui darah. Darah manusia tersusun atas plasma
darah, globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, pro- tein dan hormon), dan gas (oksigen,
nitro- gen dan karbon dioksida). Plasma darah tersusun atas eritrosit (sel darah merah),
leukosit (sel darah putih) dan trombosit (platelet). Sel darah putih merupakan komponen
darah yang diisolasi. Sel darah putih memiliki nukleus, tempat dimana didalamnnya ada
DNA. DNA pada tumbuhan juga dapat diisolasi, contohnya pada tumbuhan bawang merah
(Allium cepa) dan pada pisang (Musa sp.) (Mukhlissul Faatih, 2009).
II. METODE
2.2. Alat dan Bahan

Tabel 1. Alat dan Bahan yang Digunakan Pada Isolasi DNA Jaringan Hewan
No Nama Alat Jumlah No. Nama Bahan Jumlah
.
1. Gunting 1 buah 1. Proteinase K 20 μl
2. Pinset 1 buah 2. EtOH absolut 200 μl
3. Scalpel 1 buah 3. buffer ATL 200 μl
4. Waterbath 1 buah 4. buffer AL 200 μl
5. Sentrifuge 1 buah 5. buffer AW1 500 μl
6. Microwave 1 buah 6. buffer AW2 500 μl
7. Tabung ependorf 1.5 ml 1 buah 7. buffer AE 100 μl
8. Tip pipet 8 buah 8. Sampel Jaringan 20 mg
9. Mikro pipet ukuran 0.1 μl 3 buah 9. Alkohol 95% Secukupny
- 1000 μl a
10. Mini spin column 1 buah
11. Collection tube 2 ml 2 buah
12. Mesin Autoclave 1 buah
 2.3.Cara Kerja

Preparasi jaringan (otot)

Preparasi jaringan
otot

1. Jaringan otot yang digunakan diambil dari tubuh ikan kerapu bagian
epaxial muscle yaitu jraingan otot dari bagian dorsal tubuh ikan
2. Pengambilan jaringan epaxial muscle diakukan dengan cara menyayat
kulit ikan sekitar 1-2 cm dengan scalpel.
3. Jaringan otot diambil dengan bantuan pinset yang memiliki ujung yang
runcing agar dapat emnjangkau otot bagian dalam (menghindari
teramilnya simbion dari kulit/sisik ikan)
4. 20 gr otot diambil, dimasukkan ke dalam tube 2 ml yang yang berisi
alcohol 95%.
5. Sampel dicuci menggunakan alcohol 95% sebanyak 2 kali ulangan
6. Jaringan otot dipreservasi dengan alcohol 95%

Ekstraksi DNA

Prinsip utama dalam isolasi DNA yakni penghancuran (lisis) membran sel, ekstraksi
atau pemisahan DNA, dan presipitasi DNA [5]. Tahapan utama ekstraksi DNA menggunakan
kit terdiri atas lisis sel, pengikatan DNA (binding), pencucian DNA (wash), dan elusi dengan
menggunakan reagen-reagen/buffer yang telah disediakan oleh produsen Extraction Kit. Proses
pengikatan (binding) DNA terjadi oleh adanya membran silika yang terdapat dalam minispin
column tube. Penggerusan atau grinder dilakukan untuk membantu mempercepat proses lisis
membran sel. Penambahan Proteinanse K berfungsi untuk melisis protein.Penambahan buffer
ATL dan AL masih termasuk dalam proses lisis. Tahapan pengikatan (binding) DNA
melibatkan minispin column yang di dalamnya terdapat membran berbasis silika dengan
menambahkan ethanol absolut. Tahap pencucian DNA (wash) melibatkan buffer AW1 dan
AW2. Tahap terakhir adalah elusi atau pemisahan DNA dari komponen sel lainnya dalam hal
ini pelepasan DNA dari kolom silika sehingga diperoleh DNA murni.
Sebelum melakukan ekstraksi DNA, terlebih dahulu disiapkan semua alat dan bahan
yang akan digunakan termasuk proteinase-K dan EtOH absolut (gambar 1). Tabung ependorf
1,5 ml dan tip pipet terlebih dahulu disterilisasi menggunakan mesin autoclave. Selain itu
sterilisasi meja kerja dan mikro pipet yang akan digunakan juga dilakukan dengan
menggunakan ethanol 70% sehingga bebas dari debu dan kontaminan. Berbagai reagent dari
Kit yang akan digunakan juga dipersiapkan di antaranya buffer ATL, buffer AL, buffer AW1,
buffer AW2, buffer AE, serta mini spin column dan collection tube (gambar 2). Tahapan kerja
berikutnya mengikuti protokol Extraction Kit yang digunakan yaitu sebagai berikut:
Ekstraksi DNA

1. Sebanyak 20 mg jaringan otot ikan kerapu yang telah dipreservasi dalam

alcohol 95% diambil dari tube sampel
2. Alcohol dari jaringan diserap dengan menggunakan kertas tissue hingga
kering
3. Sampel yang telah diserap alkoholnya dimasukkan ke dalam tabung ependorf
1,5 ml. jaringan kemudian dicacah menggunakan gunting
4. Buffer ATL ditambahkan sebanyak 200 μl dan Proteinase K 20 μl . Vortex 15
detik, kemudian diinkubasi pada suhu 56oC (1-2 jam). Vortex setiap 20 menit
5. Buffer AL 200 μl ditambahkan, kemudian divortex 15 detik
6. EtOh (96-100%) ditambahkan sebanyak 200 μl, kemudian divortex 15 detik
7. Seluruh campuran di pipet dan dimasukkan ke dalam Dnaesy mini spin
column tube 2 ml, kemudian disentrifugasi 800 rpm selama 1 menit.
8. Cairan dan collection tube dibuang kemudian pindahkan DNeasy mini spin
column ke collection tube yang baru. Tambahkan 500 μl Buffer AW 1,
kemudian disentrifugasi 800 rpm selama 1 menit.
9. Cairan dibuang kemudian tempatkan DNeasy mini spin column kembali ke
collection tube 2 ml.
10. Ditambahkan 500 μl Buffer AW 2, kemudian disentrifugasi 14.000 rpm
selama 3 menit.
11. Cairan dan collection tube dibuang, Dneasy mini spin column dipindahkan ke
tube 1,5 ml yang baru.
12. Sebanyak 100 μl Buffer AE (Ellution buffer) ditambahkan untuk membasuh
DNA pada matriks mini spin column. Inkubasi selama 1 menit, kemudian
disentrifugasi 800 rpm selama 1 menit. Diperoleh DNA total.
13. Uji kualitatif DNA hasil ekstraksi dilakukan dengan melakukan elektroforesis
dalam gel agarose 1% yang dijalankan pada tegangan 100 volt selama 30
menit.
14. Kuantifikasi DNA hasil ekstraksi dilakukan dengan mengukur rasio,
konsentrasi DNA (ìg/ml) dan protein (mg/ml) dari setiap sampel dengan
menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 dan 280 nm
Hasil
 DAFTAR PUSTAKA

Ahari, H., Dkk. 2012. DNA Extraction Using Liquid Nitrogen in Staphylococcus aureus.

Iranian Journal of Fisheries Sciences. 11(4) 926-929.

Ariyanti, yanti dkk. 2019. Ekstraksi DNA total dari sumber jaringan hewan (Ikan Kerapu)

menggunakan metode kit for animal tissue. Journal of Science and Applicative
Technology vol 3 (1), 40-45.

Cseke, Leland J. Joseph R. Herdy, 2012. Laboratory Methods in Cell Biology. USA:

Academic Press

Espinoza, Pavel dkk. 2017. Ast and Reliable DNA Extraction Protocol for Identification of

Species in Raw and Processed Meat Products Sold on The Commercial Market.
Journal Open Agriculture Vol 2, 469-472.

Fatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains &

Teknologi, Vol. 10 (1), 61-67.

Gill, Christina dkk. 2016. Evaluation of Lysis Methods for the Extractionof Bacterial DNA

for Analysis of The Vaginal Microbiota. Journal Plos One- doi

10.1371/journal.pone.0163148

Hariyadi, Slamet dkk. 2018. Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses

Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus norvegicus). Proceeding
Biology Education Conference Volume 15 (1), 689-692.

Tan, Siun Chee dkk. 2009. DNA, RNA, and Protein Extraction The Past and

The Present. Journal of Biomedicine and Biotechnology, Article ID 574398.