LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

“Isolasi DNA Pada Tumbuhan, Hewan, dan Bakteri”

Kamis, 1 Oktober 2020

Kelompok 3
Anggota :
1 Sinta Kurnia Rahmawati (4411418020)
2 Lailatul Faris Rosyidah (4411418029)
3 Emi Handayani (4411418052)
4 Azharu Alfi Hasani (4411418068)

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG
SEMARANG
2020
A. Tujuan
Untuk mengetahui proses dan hasil ekstraksi DNA pada tumbuhan, hewan, dan
bakteri.

B. Landasan Teori
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan
secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas.
Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi
sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA
mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat
yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot
tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot
berbentuk linier dan memiliki protein histon (Kirsman, 2010). Keseluruhan
DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non fungsional dalam sel organisme. DNA genom
meliputi gen danintergen (Suryo, 2004).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu
prinsipisolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik
untukmemisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul
yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan
molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan
menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas
dan pelet pada bagian bawah (Rachmat, 2012).
Tahap isolation DNA dengan merupakan tahap yang sangat penting dan
menentukan keberhasilan.Kualitas DNA genom yang diisolasi tinggi merupakan
hal yang dijadikan tolak ukur keberhasilan pekerjaan ditahap amlifikasi dan
analisis sekuen DNA penenda molekuler [ CITATION Sun17 \l 1057 ]. Kualitas
DNA yang baik yang diperoleh dari hasil ekstraksi merupakan syarat dasar
yang harus dipenuhi dalam studi molekuler, terutama dalam penandaan sidik
jari DNA.Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide(CTAB) merupakan metode
yang umum digunakan dalam ekstraksi DNA tanaman yang banyak
mengandung polisakarida dan senyawa al polifenol. Ada tiga langkah utama
dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis),pemisahan DNA
dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA
[ CITATION Sya11 \l 1057 ].
Dalam penggunaan buffer CTAB seringkali ditambahkan reagen-reagen
lain seperti NaCl, EDTA, Tris-HCl, dan 2-mercaptoethanol. NaCl berfungsi
untuk menghilangkan polisakarida sementara 2-mercaptoethanol befungsi untuk
menghilangkan kandungan senyawa polifenol dalam sel tumbuhan (Ranjan et
al., 2010).
Asam nukleat adalah molekul hidrofilik dan bersifat larut dalam air.
Disamping itu, protein juga mengandung residu hidrofobik yang mengakibatkan
protein larut dalam pelarut organik. Berdasarkan sifat ini, terdapat beberapa
metode deproteinisasi berdasarkan pemilihan pelarut organik. Biasanya pelarut
organik yang digunakan adalah fenol atau kloroform yang mengandung 4%
isoamil alkohol. Penggunaan kloroform isoamil alkohol (CIA) berdasarkan
perbedaan sifat pelarut organik. Kloroform tidak dapat bercampur dengan air
dan kemampuannya untuk mendeproteinisasi berdasarkan kemampuan rantai
polipeptida yang terdenaturasi untuk masuk atau termobilisasi ke dalam fase
antara kloroform – air. Konsentrasi protein yang tinggi pada fase antara tersebut
dapat menyebabkan protein mengalami presipitasi. Sedangkan lipid dan
senyawa organik lain akan terpisah pada lapisan kloroform (Clark, 2010).
Dalam isolasi DNA, bahan yang kita gunakan biasanya berupa jaringan
tumbuhan atau jaringan hewan, untuk itu langkah pertama yang harus kita
lakukan adalah memecahkan jaringan menjadi sel-sel yang mandiri. Proses
dilakukan secara mekanik atau fisik dengan menumbuk atau menggerus bahan
yang akan kita gunakan dengan mortar atau blender. Kedua adalah memecahkan
dinding sel dan membran sel lapisan pembungkus DNA. struktur utama
pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak, untuk itu kita gunakan
deterjen dan garam dapur. Kedua bahan ini digunakan untuk melubangi dan
merusak sel sehingga isi inti sel (DNA) bisa keluar (Toha, 2013).
Metode CTAB merupakan metode yang tidak membutuhkan biaya yang
lebih mahal dibandingkan dengan menggunakan kit. Selain itu, kelebihan dari
ektraksi ini adalah pita DNA yangdiproleh lebih tebal bila dibandinglan dengan
ektraksi metode fenol dan tanpa fenol. Akan tetapi, dari hasil dengan metode ini
masih terdapat pita smear dan DNA yang dihasilkan lebih sedikit daripada
ektraksi dengan menggunakan kit. Kendala yang umum terjadi dalam ekstraksi
CTAB adalah adanya inhibitor pada inang, rendahnya konsentrasi vius dan
pengaruh cara maupun lama waktu penyimpanan (Asris, 2010).
C. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan adalah mortar dan pastel, mikropipet, steroform,
mikrotube, waterbath, sentrifuse, timbangan analitik, vortex, falcon tube.
Bahan yang digunakan adalah daun singkong, darah mamalia (hewan
uji), bakteri E. Colli, CTAB (cetil trimetil amonium bromida), CIA (chloroform
isoamyl alcohol), etanol absolut 70% dan 96%, TE Buffer, NaCl, SE Buffer,
RBCLB pH 7.4, Guanidin isothioisanat 4 M, aquades, larutan destruksi 180µl,
larutan proteinase K, R-Nase, Larutan Lisis, Ethanol 50%, Wash Buffer 1, Wash
Buffer2, Buffer elusi.

D. Langkah Kerja
1. Isolasi DNA Tumbuhan
- Yang pertama ditimbang terlebih dahulu daun singkong di timbangan
analitik sebanyak 0,1 g, setelah ditimbang dimasukkan ke dalam mortar.
- Setelah dimasukkan di dalam mortar ditetes CTAB sebanyak 700 mM, lalu
ditumbuk hingga halus.
- Setelah ditumbuk dimasukkan ke mikrotube, setelah itu mikrotube
dimasukkan ke waterbath selama 30 menit dengan suhu 65 derajat,
dimasukkan dengan menggunakan steroform.
- Setelah direndam dengan waterbath mikrotube didinginkan dahulu di suhu
ruangan selama 10 menit.
- setelah didinginkan ditambah dengan CIA sebanyak 700 mM, lalu kocok
dahulu agar terbentuk larutan berwarna hijau susu.
- setelah itu dimasukkan ke sentrifuse selama 10 menit guna memisahkan dna
dari molekul lain, hasil dari sentrifuse ini adalah 2 lapisan dimana lapisan
atas mengandung DNA.
- Kemudian pisahkan larutan atas dengan dipindah ke mikrotube yang baru,
dengan hati hati menggunakan mikropipet jangan sampai larutan bagian
bawah ikut terambil.
- Setelah itu mikrotube yang berisi DNA ditetes dengan etanol absolut 96%
sebanyak 1,5 ml, guna untuk presipitasi dari DNA.
- Setelah itu dimasukkan mikrotube yang sudah diberi etanol tadi ke sentrifuse
agar DNA membentuk pelet(terkumpul) di dasar mikrotube.
- Setelah disentrifuse buang etanol lalu keringkan, pengeringan ini bertujuan
agar etanol benar benar sudah hilang dari DNA, DNA siap untuk digunakan,
apabila ingin disimpan ditambah dengan aquades lalu simpan di suhu -20
derajat celcius bisa tahan sampai berminggu minggu.
2. Isolasi DNA Hewan
- Mengambil 2-3ml darah lalu masukan ke ddalam falcon tube
- Menambahkan 8-12 ml RBCL, lalu homogenkan dan letakan pada es selama
20 menit
- Lakukan sentrifugasi selama 10 menit
- Setelah itu buang sub endapan
- Membersikah dinding tube dengan cara membalikan tube yang bawah nya
telah di beri alas tisu
- Kemudian tambahkan 100 µl SE Buffer ke dalam pelet
- Pindahkan larutan kedalam tabung eppendorf 1,5 ml
- Tambahkan 100 ml Guanidine isothioisanat 4 M kemudian campur dengan
pipet
- Tambahkan 700 µl Klorofom
- Tambahkan 400 µl Natrium Klorida, kemudian homogenkan secara hati-hati
- Lakukan sentrifugasi selama 10 menit
- Akan tampak 3 lapisan
- Ambil lapisan atas menggunakan pipet lalu pindahkan pada tabung
eppendorf lainnya
- Tambahkan 1 ml ethanol absolut, kemudian campurkan perlahan
- Dna akan tampak sepert benang-benang
- Benang yang muncul di pindahkan menggukan mikropipet ke tabung
eppendorf lainnya
- Benang dna kemudian dicuci dengan ethanol 70%
- Lakukan sentrifugasi selama 5 menit
- Buang subendapan dan bersihhkan dinding tube dengan cara di balik lalu di
lapisi tisu
- Keringkan benang DNA pada suhu kamar selama 15 menit
- Tambahkan buffer TE sebanyak 50-200 µl
- Kemudian simpan sampel pada suhu -20oC

3. Isolasi DNA bakteri

- Menyiapkan digestion solution sebanyak 180µl yang ditambah proteinase.
- Tambahkan larutan Proteinase K sebanyak 20 µl. Kemudian homogenkan
dengan vortex
- Panen koloni sel bakteri, kemudian dimasukan ke larutan sebelumnya.
Centerfuge selama 1 menit dengan kecepatan 5000 rpm.
- Inkubasi pada suhu 56o C selama 30 menit. Kemudian mix dengan vortex.
- Tambahkan 20 µl R-Nase, kemudian diinkubasi pada suhu kamar selama 10
menit. Setelah itu mix dengan vortex
 - Ditambahkan 20 µl larutan lisis, kemudian mix dengan vortex selama 15
detik
- Tambahkan ethanol 50% sebanyak 400 µl pada kolom, dimasukkan ke
dalam tabung pengumpul. Kemudian centrifuge selama 1 menit pada 14000
rpm. Kemudian larutan tersebut di pidahkan ke dalam tube yang baru
- Tambahkan 500 µl dari wash buffer I. Centerfuge selama 1 menit pada 8000
rpm. Kemudian buang supernatan.
- Tambahkan 500 µl wash buffer II. Centerifuge selama 1 menit dengan
kecepatan maksimum. Pindahkan larutan DNA murni ke dalam tube
eppendrof.
- Tambahkan 200 µl buffer elusi. Kemudian inkubasi selama 1 menit pada
suhu kamar. Lalu centrifuge selama 1 menit pada 8000 rpm
- Simpan DNA pada suhu -4oC untuk waktu yang singkat atau pada suhu -8oC
untuk waktu yang lama.

E. Hasil Data

Jenis isolasi Sampel yang Ada/tidak DNA Warna

digunakan
Tumbuhan Daun singkong Terdapat DNA Putih
Hewan Darah mamalia Terdapat DNA Putih
Bakteri Bakteri E. coli Terdapat DNA Putih

F. Pembahasan

1. Isolasi DNA Tumbuhan

Pada proses isolasi DNA baik pada tumbuhan, hewan, dan bakteri
memiliki prinsip yang sama. Terdapat tiga tahap dalam isolasi DNA yaitu lisis
sel, ekstraksi DNA, dan presipitasi. Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah
proses perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel
(lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk
mengeluarkan isi sel. Pada isolasi DNA tumbuhan, Tahap penghancuran sel atau
jaringan dengan cara menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle
dan ditambahkan larutan CTAB untuk membantu memudahkan proses
penggerusan kemudian tuang ekstrak daun tersebut ke dalam microtube dengan
volume 2 ml. Setelah itu, dimasukkan ke dalam waterbath dengan tujuan agar
memudahkan lisisnya sel sel daun sehingga DNA bisa keluar dengan mudah.
Kemudian, microtube diinkubasi selama 10 menit untuk menghindari evaporasi
yang tinggi.
 Larutan CIA ditambahkan untuk memisahkan DNA dari bagian bagian
lainnya, mendenaturasi protein, memisahkan fase organik dari fase aqueous
(larut air/encer), untuk membersihkan DNA dan kortoran sisa protein dan
polisakarida dari larutan dan mengurangi pembentukan busa selama ekstraksi
(Surzycky, 2003). Padatan dibagian bawah yang dapat dibuang karena pada
bagian bawah tersebut adalah asam nukleat dan polisakarida asam dari tanaman
tersebut, sedangkan DNA berada di permukaan atas yang berwarna agak bening
dibanding dengan padatannya. Kemudian disentrifuse untuk memisahkan suatu
zat berdasar bobot molekulnya. Sentrifugasi berfungsi untuk mengendapkan
kotoran akibat lisis sel. Selain itu, supernatan atau fase cair yang berisi DNA
juga terbentuk setelah sentrifugasi. Setelah sentrifugasi, larutan supernatan atau
fase cair dapat dipindahkan ke microtube yang baru. Hasil larutan supernatan
yang telah diperoleh kemudian ditambahkan dengan etanol absolut atau dengan
isopropanol. Penambahan etanol absolute atau isopropanol bertujuan untuk
mengumpulkan DNA. Larutan disentrifugasi kembali dengan tujuan untuk
memisahkan DNA dengan etanol atau isopropanol. Proses ini juga disebut
sebagai Presipitasi DNA atau pengendapan DNA. Pada tahapan presipitasi ini,
DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein yang
masih tersisa. Keller dan Mark (1989) dalam Ardiana (2009) menerangkan
bahwa pencucian kembali pellet yang dipresipitasi oleh isopropanol dengan
menggunakan etanol bertujuan untuk menghilangkan residu-residu garam yang
masih tersisa.Garam-garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang
larut dalam isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab
itu dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan
isopropanol untuk menghilangkan residu garam yang masih tersisa. Garam-
garam yang terlibat dalam proses ekstraksi bersifat kurang larut dalam
isopropanol sehingga dapat terpresipitasi bersama DNA, oleh sebab itu
dibutuhkan presipitasi kembali dengan etanol setelah presipitasi dengan
isopropanol untuk menghilangkan residu garam. DNA kemudian dicuci dengan
akuades sebanyak 50-100 microliter, kemudian dikocok, dan DNA siap
digunakan.

2. Isolasi DNA Hewan

Salah satu bagian tubuh yang sering digunakan sebagai sumber DNA
pada diagnosa agen infeksi atau pada analisa genetik adalah darah. Pada
mamalia, sumber DNA terbanyak terdapat pada inti sel darah putih. DNA yang
berasal dari sel darah puth lebih bersih dibanding ekstrak DNA yang berasal dari
darah total. Secara umum, tahapan isolasi DNA untuk berbagai bahan adalah
sebagai berikut : lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi kompleks
nukleoprotein, dan inaktivasi nuklease. Akan tetapi bahan yang berbeda akan
membutuhkan metode yang berbeda juga. Salah satu jaringan yang sulit untuk
dilakukan isolasi DNA adalah jaringan hewan. Jaringan hewan memiliki lemak
dan protein yang sangat banyak sehingga dapat mengkontaminasi DNA itu
sendiri. Tahapan lisis adalah tahapan penting yang mempengaruhi kesuksesan
isolasi DNA hewan.
Terdapat berbagai macam cara yang dapat dilakukan untuk melisiskan
sel dan jaringan. Langkah pertama dari praktikum ini adalah mengambil 2-3ml
darah lalu masukan ke dalam falcon tube. menambahkan 8-12 ml RBCL, lalu
homogenkan dan letakan pada es selama 20 menit. Fungsi RBLB ini adalah
untuk membantu melisiskan eritrosit pada suhu dingin. Oleh karena itu RBLB
dapat bekerja baik pada suhu tertentu perlu adanya inkubasi. Selanjutnya
melakukan sentrifugasi selama 10 menit, membuang sub endapan, membersikah
dinding tube dengan cara membalikan tube yang bawah nya telah di beri alas
tisu, kemudian menambahkan 100 µl SE Buffer ke dalam pelet. Fungsi dari
buffer SE adalah untuk memisahkan protein dari DNA. Langkah selanjutnya
yaitu memindahkan larutan kedalam tabung eppendorf 1,5 ml, menambahkan
100 ml Guanidine isothioisanat 4 M kemudian campur dengan pipet. Fungsi dari
guanidine isothioisanat adalah untuk melisiskan membrane inti. menambahkan
700 µl kloroform, menambahkan 400 µl Natrium Klorida, kemudian
menghomogenkan secara hati-hati, melakukan sentrifugasi selama 10 menit.
Selanjutnya akan tampak 3 lapisan yaitu lapisan atas berwarna transparan
mengandung DNA, lapisan tengah yang berwarna seperti susu mengandung
protein, dan lapisan bawah berwarna transparan. Selanjutnya yaitu mengambil
lapisan atas menggunakan pipet lalu pindahkan pada tabung eppendorf lainnya,
menambahkan 1 ml ethanol absolut, kemudian campurkan perlahan, DNA akan
tampak sepert benang-benang, benang yang muncul di pindahkan menggukan
mikropipet ke tabung eppendorf lainnya, benang dna kemudian dicuci dengan
ethanol 70%, melakukan sentrifugasi selama 5 menit, membuang subendapan
dan bersihkan dinding tube dengan cara di balik lalu di lapisi tisu, mengeringkan
benang DNA pada suhu kamar selama 15 menit, menambahkan buffer TE
sebanyak 50-200 µl, kemudian simpan sampel pada suhu -20oC.
Isolasi DNA dapat dilakukan pada semua mahluk hidup dan juga virus.
Salah satu tantangan dalam isolasi DNA adalah isolasi DNA pada organisme
hewan mamalia. Mamalia memiliki kompleksifitas jaringan dan organ yang
sangat tinggi, sehingga terdapat berbagai macam kendala yang sering ditemui
dalam proses pengerjaan isolasi DNA pada hewan seperti terlalu banyaknya lipid
dan protein yang menyusun suatu jaringan, dan adanya enzim nuklease pada
beberapa organ hewan yang juga dapat merusak asam nukleat.
Masalah lain yang juga ditemukan dalam proses isolasi DNA hewan
adalah tingkat ketahanan dari organ atau jaringan hewan tidak seperti tumbuhan
dan lainnya, jaringan hewan dapat membusuk dengan cepat dan menyebabkan
kerusakan dalam jaringannya dalam waktu yang singkat, sehingga disarankan
dalam proses isolasi DNA hewan digunakan sampel yang masih segar. Akan
tetapi, untuk melakukan isolasi DNA hewan dengan menggunakan sampel segar
sangatlah sulit. Organ yang telah di ambil setelah pembedahan harus diawetkan
dan disimpan dalam freezer apabila akan digunakan pada lain hari. Banyaknya
kendala yang ada dalam proses isolasi DNA hewan dari jaringan atau organ yang
diawetkan menyebabkan tingkat keberhasilan isolasi DNA hewan tersebut
menjadi semakin minimum. Oleh sebab itu, perlu adanya optimalisasi metode
yang bisa digunakan untuk memperoleh DNA yang baik dan selanjutnya dapat
digunakan dalam proses bioteknologi dan biomolekular.

3. Isolasi DNA Bakteri

Prinsip dasar isolasi DNA/RNAdari jaringanadalah dengan memecah dan
mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri
dari DNA, RNA, dan substansi dasar lainnya. Sel prokariot memiliki bahan
genetictambahan yang disebut DNA plasmid. Pada umumnya plasmid tidak
diperlukan olehsel. Bentuk DNA dari sel prokariot berbentuk sirkuler serta tidak
berasosiasii kuat dengan protein histon. Sel eukariot mempunyai DNA yang
dapat ditemukan dalamkromosom, yaitu di inti sel, mitokondria serta kloroplas.
DNA pada nucleus berbentuk linear serta berasosiasi erat dengan protein histon,
dan mengandung 30.000-40.000gen sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular, replikasinya berlangsung secara independen dan tidak
berantung pada replikasi kromosom serta tidak berasosiasi dengan protein histon
dan mengandung 37 gen. Dari 37 gen yang ada pada mitokondria, 13 gen
memproduksi enzim yang terlibat dalam fosforilasi oksidatif, atau pembentukan
energi utama dari sel. 24 gen lainnya menyediakan informasi untuk pembuatan
tRNA dan rRNA.
Prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu sentrifugasi
dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi
berdasarkan berat jenismolekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal
sehingga substansi yang lebih beratakan berada di dasar, sedangkan substansi
yang lebih ringan akan terletak di atas.Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di
dalam sebuah mesin yang bernama mesinsentrifugasi dengan kecepatan yang
bervariasi, contohnya pada praktikum ini kultur bakteri disentrifuge dengan
kecepatan 5.000 rpm selama 20 menit.
Escherichia coli dikulturkan dalam media Nutrient Broth yang
telahdisterilisasi dengan autoklaf pada suhu 121° C selama 15 menit. Media
Nutrient Broth digunakan karena media ini merupakan media yang tidak selektif
sehingga semua bakteri dapat tumbuh pada medium ini. Kultur dipanen dalam
tabung mikro dan disentrifugasi selama 1 menit pada kecepatan 5000 rpm.
Setelah disentrifugasi didapatkan pellet (hasil dari pemisahan berat molekul oleh
gaya sentrifugal) kemudian disuspensikan kembali dan ditambah digestion
solution dan proteinase K. Kemudian di inkubasi pada suhu 56oC selama 30
menit dan kemudian dihomogenkan menggunakan vortex. Tambahkan 20 µl R-
Nase kemudian inkubasi selama 10 menit pada suhu kamar kemudian
homogenkan menggunakan vortex.
Langkah selanjutnya yitu penambahana cairan lisis sebanyak 20 µl
kemudian kembali homogenkan dengan menggunakan vortex selama 15 detik.
Setelah itu, tambahkan 400 µl ethanol 50% dan homogenkan kembali
menggunakan vortex. Kemudian pindahkan larutan yang bening kedalam tube
yang lainnya kemudian di tambahkan 500 µl wash buffer 1 kemudian centrifuge
selama 1 menit pada kecepatan 8000 rpm kemudian lakukan hal yang sama
(pencucian) namun dengan menggunakan wash buffer 2. Setelah itu pindahkan
pada tabung eppendorf dan ditambahkan 200 µl buffer elusi ke bagian tengah
kolom pemurnian. Lalu inkubasi pada suhu kamar selama 1 menit dan
xentrifuge selama 1 menit pada kecepatan 8000rpm. Kemudian disimpan pada
suhu -4oC sampai -8 oC.
G. Kesimpulan
Pada dasarnya prinsip isolasi DNA baik pada tumbuhan, hewan, ataupun
bakteru terdapat tiga tahap, yaitu lisis sel, ekstraksi DNA, dan presipitasi. Pada
isolasi DNA tumbuhan tahapnya dimulai dari penghancuran dinding sel dengan
cara menumbuk dan menggerus diatas mortar dan pestle, lalu penghilangan
protein dan RNA (lisis) menggunakan larutan CIA, dan untuk tahap
pengendapan DNA atau presipitasi DNA dengan menambahkan larutan
isopropanol atau etanol absolute, dan terakhir adalah yaitu presipitasi dengan
hasil akhir diperolehnya pellet DNA.
Pada isolasi DNA hewan tahapnya dimulai dari penghancuran dinding
sel dengan cara menambahkan 8-12 ml RCBL kemudian di letakan pada es, lalu
penghilangan protein dan RNA(lisis) menggunakan larutan SE Buffer, dan untuk
tahap pengendapan DNA atau presipitasi DNA dengan menambahkan larutan
ethanol absolute yang kemudian dibilas kembali dengan menggunakan ethanol
70%, dan terakhir yaitu presipitasi dengan hasil akhir diperolehnya pellet DNA.
Pada Isolasi DNA Bakteri tahapnya dimulai dari penghancuran dinding
sel dengan cara menambahkan 180µl dan larutan Proteinase K, lalu
penghilangan protein dan RNA (lisis) menggunakan 20µl larutan lisis, dan untuk
tahap pengendapan DNA atau presipitasi DNA dengan menambahkan larutan
ethanol 50% yang kemudian dibilas kembali dengan menggunakan larutan
Buffer wash 1, Buffer wash 2 dan Buffer elusi, dan terakhir yaitu presipitasi
dengan hasil akhir diperolehnya pellet DNA.
Yang menjadi pembeda pada setiap prosesnya yaitu larutan yang di
gunakan tidak sama baik untuk hewan, tumbuhan maupun bakteri. Pada proses
presiptasi atau proses pencucian terdapat perbedaan yaitu pada isolassi dna pada
bakteri dimana pencucian di lakukan dengan menggunakan Buffer dan bukan
menggunakann Ethanol seperti pada saat isolasi dna tumbuhan dan hewan.
 DAFTAR PUSTAKA

Ardiana, Dwi Wahyuni. 2009. Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Pepaya Dan Jeruk
Dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Buletin Teknik Pertanian Vol.
14 (1): 12-16
Asris., 2010. Definisi Isolasi DNA dan Manfaat Isolasi DNA. Bogor: Student.ipb.ac.id.
Clark, D. P. (2010). Molecular Biology. New York: Academic Cell
Kirsman, 2010.Isolasi DNA Buah. Prosiding Seminar Nasional Kimia Unesa.
Ranjan, P., et al. (2010). Genetic relationships of gladiolus cultivars inferred from
fluorescence based AFLP markers. Scientia horticulturae 123 (4), hlm. 562- 567.
Sundari. (2017). Pengembangan Protokol Isolasi DNA Genom Tanaman Durian Dengan
Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Jurnal Techno, 6(2), 30-37.
Sundari. (2018). Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Cengkeh dengan Menggunakan
Modifikasi Bufer CTAB. Jurnal Biologi Edukasi Edisi 21, 10(2), 21-26.
Surzycky S. 2003. Human Molecular Biology Laboratory. Blackwell Science. UK
Syafaruddin, Randriani, E., & Santoso, T. J. (2011). EFEKTIVITAS DAN EFISIENSI
TEKNIK ISOLASI DAN PURIFIKASI DNA PADA JAMBU METE. Buletin
RISTRI, 2(2), 151-160.
Toha, A. (2013). Konservasi Biodiversitas Raja Ampat: Metagenom DNA. FPPK
UNIPA, Papua.