Nama : Rizki Yuniarti

NIM : 422021718062

Prodi/Semester : Farmasi/ 3 (Tiga)

PRAKTIKUM 4

ISOLASI DNA

A. Tujuan Praktikum
1. Mahasiswa mampu melakukan isolasi DNA.
2. Mahasiswa mampu membandingkan hasil isolasi DNA pada beberapa sempel.
B. Hasil Praktikum

Sempel Serabut yang Setelah didiamkan Gambar

terbantuk
Buah Tomat Serabut putih tipis Tidak ada
perubahan

Buah Naga Serabut putih tebal Tidak ada

perubahan
 Buah Apel Tidak terbentuk Tidak ada
serabut perubahan

C. Pembahasan

Praktikum isolasi DNA buah kali ini menggunakan buah tomat, naga dan apel.
Berdasarkan hasil praktikum diperoleh bahwa isolasi DNA buah tomat dan naga
menghasilkan kabut putih. Berdasarkan pustaka, semakin rendah kadar air dalam buah maka
semakin tinggi hasil presipitasi DNA, dan sebaliknya jika buah yang memiliki kadar air
tinggi makan nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang rendah (Jamilah, 2005).

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. Perbedaan di antara ketiganya adalah: DNA
nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-
sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA nukleus yang memiliki
pola pewarisan sifat dari kedua orang tua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot
berbeda dengan struktur DNA eukariot. DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan
berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linear dan memiliki protein histon.

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan
dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan
DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan
membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa
dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan
secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti.
 Pengahalusan bahan (blender) berfungsi untuk mendegradasi dinding sel yang merupakan
struktur paling luar dari sel tumbuhan hingga lumat dan sehalus mungkin. Selain itu,
penghalusan bahan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga
memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya (Siti, 2021).

Penambahan detergen berfungsi untuk mendegradasi membran sel melalui mekanisme

khusus. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan
sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk
senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar
yang menyatukan membran sel, sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis (Center, 2006).

Penambahan NaCl (garam) berfungsi untuk memudahkan pemisahan benang- benang

DNA dari larutan sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati. Serta
memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Garam juga dapat digunakan
untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA. Kutub ini dapat menyebabkan molekul-molekul
saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ikatan ion Na + terbentuk dengan
ikatan kutub negatif fosfat DNA, maka DNA tersebut akan terkumpul. Jadi dapat
disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan karbohidrat,
menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA
(Harley, 2005).

Penambahan etanol 96% berfungsi sebagai pencuci dan pengendapan serta membentuk
lapisan pada bagaian atas larutan Karena alkohol bersifat polar sehingga dapat melarutkan
DNA yang juga bersifat polar (Siti, 2021). Selain itu untuk mengikat strand DNA yang telah
terkumpul. Strand- strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagai benang-
benang putih yang terapung diatas filtrate, selain itu alkohol juga berfungsi mempertifikasi
DNA. Alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin, karena pada alkohol yang dingin
dapat membantu mempercepat proses mempertifikasi DNA, selain itu jika alkohol yang
dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan
semakin pekat. Larutan sabun tidak boleh berbuih agar sel dapat mengalami lisis yang
disebabkan karena rusaknya dinding dan membran sel (Jamilah, 2005).

Sentrifugasi berfungsi untuk menurunkan seluruh cairan di dalam tabung serta

memisahkan antara fase akuosa yang berisi DNA dengan komplek reagensia dengan protein
dan polisakarida serta debris sel serta untuk memisahkan campuran berdasarkan berat
molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian
bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi
akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan
pelet pada bagian bawah (Purwoko, 2021).

DNA hasil isolasi pada sempel Buah Tomat menghasilkan DNA dalam jumlah lebih
banyak. Hal ini dikarenakan adanya perbedan setiap buah terdapat pigmen yang masih
berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam
melepaskan diri dengan DNA pada setiap detergent, sehingga perbedaan tebal tipis dan
terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent
dalam merusak membran sel tidak sama (Wahyuni Ardiana, 2009).

DNA hasil isolasi pada sempel Apel menghasilkan DNA dalam jumlah lebih sedikit. Hal
ini dikarenakan terdapat perbedaan pigmen dan kadar air yang masih berikatan dengan DNA,
dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan
DNA pada setiap Sabunt, sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga
menunjukkan bahwa kemampuan setiap Sabunt dalam merusak membran sel tidak sama
(Wahyuni Ardiana, 2009).

Daftar Pustaka
Center, G. S. (2006). DNA Extraction from Wheat Germ. USE: University of Utah.

Harley, J. (2005). Regulatory Exercises In Microbiology. Boston: McGraw-Hill Company.

Jamilah. (2005). Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak
Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah
sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Malang: Program Serjana Biologi.

Purwoko, D. d. (2021). ANALISIS HOMOGENITAS GENETIK KLON APEL (Malus spp.)

HASIL PERBANYAKAN EX VITRO BERDASARKAN PENANDA SSR. Jurnal
Bioteknologi dan Biosains Indonesia, V (8) No 1.

Siti, H. (2021). Isolasi dan Kuantifikasi DNA Buah Berry. Bandung: Universitas Pendidikan
Indonesia.

Wahyuni Ardiana, D. (2009). Teknik Isolasi DNA genom Tanaman Pepaya dan Jeruk dengan
Menggunakan Modifikasi Buffer. Buketin Teknik Pertanian, 4 (1).