LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

ACARA 11
ISOLASI DNA DENGAN METODE KITCHEN PREPARATION

Nama : SITI NAURAH SALSABILAH RAMADHANI

NIM : 221810401074

LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS JEMBER
2023
I. Tujuan
Tujuan dari praktikum isolasi DNA dengan metode Kitchen
Preparation adalah:

1. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami tahapan-tahapan

isolasi DNA dengan metode Kitchen Preparation
2. Mahasiswa mampu memahami peranan dan fungsi bahan-bahan
sederhana yang digunakan untuk mengisolasi DNA dengan cara
yang mudah.
II. Metode
II.1 Alat dan Bahan

Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum isolasi DNA

dengan metode Kitchen Preparation adalah sebagai berikut:

- Dua sendok teh garam (kira – kira 10 gram)

- 20 ml alkohol (dingin) 3.
- Dua sendok teh sabun cair (misalnya: sabun cuci piring)
- Satu buah pisang
- 30 ml air
- Tabung kaca/ plastik bening 2.
- Tabung reaksi
- Kantong plastik zip lock (plastik rekat) seukuran roti besar
- Kertas saring bersih
- Tusuk gigi
- Corong
- Rak tabung reaksi
- Pipet tetes
II.2 Cara Kerja

Cara kerja yang dilakukan pada praktikum isolasi DNA dengan

metode Kitchen Preparation adalah sebagai berikut:

Disiapkan semua alat dan bahan di meja kerja

 Dibuat cairan ekstraksi 30 mL air dengan 1 sendok teh garam dan 2
sendok teh sabun cair ke dalam gelas

Diletakkan setengah potong pisang ke dalam plastik zip lock kemudian

dihaluskan

Ditambahkan cairan ekstraksi ke dalam kantong zip lock yang berisi

pisang yang telah dihaluskan

Dihomogenkan selama 1 menit

Diletakkan kertas saring yang telah dibentuk corong pada lubang tabung
reaksi

Dituangkan cairan ekstraksi yang telah dihomogenkan dengan pisang ke

dalam tabung reaksi

Ditambahkan alkohol dengan perbandingan 1 : 1 ke dalam tabun reaksi

secara perlahan

Diaduk perlahan sampai terbentuk 3 lapisan

Diamati DNA pisang yang telah memisah dan berada di paling atas

Hasil

III. Hasil dan Pembahasan

III.1 Hasil
Tahapan
praktikum Foto kegiatan Keterangan
 mandiri
Persiapan alat dan Disiapkan alat dan
bahan di meja bahan seperti buah
kerja pisang, gelas, zip lock,
tabung reaksi, rak
tabung reaksi, garam,
sabun

Pembuatan cairan Dicampurkan sabun

ekstraksi cuci, garam

Penghalusan buah Buah pisang

pisang di dalam dihaluskan hingga
zip lock halus dan tidak ada
sama sekali yang
kasar

Pencampuran Dicampurkan buah

buah pisang halus pisang yang halus
dengan cairan dengan cairan
ekstraksi ekstraksi dalam ziplock
untuk melisiskan sel

Penyaringan Dilakukan penyaringan

ekstrak buah untuk mendapatkan
pisang ke dalam ekstrak buah pisang
tabung reaksi dengan cairan
ekstraksi yang
 tercampur homogen
hingga terpisah
dengan ampas.
Penampakan
lapisan ekstrak
buah pisang dan
alkohol
Penampakan
agregat putih di
dalam tabung yang
diambil dengan
tusuk gigi

III.2 Pembahasan

DNA adalah suatu polimer nukleotida ganda yang saling berpilin

(double helix) yang berperan penting dalam pewarisan sifat. DNA
berfungsi untuk menyimpan seluruh informasi biologis setiap makhluk
hidup. DNA biasa dikenal dengan Asam Deoksiribonukleat atau dalam
bahasa Inggris yaitu Deoxyribonucleic Acid. Secara garis besar, DNA
di dalam sel berperan sebagai materi genetika yang menyimpan cetak
biru bagi seluruh aktivitas sel, menentukan sifat organisme
berdasarkan faktor keturunan, serta mengendalikan aktivitas sel. DNA
bisa ditemukan di dalam inti sel dan mitokondria (Hidayat dan
Kasmiruddin, 2020).

Isolasi DNA adalah proses pemisahan dan pengambilan DNA dari

sel atau jaringan organisme untuk memperoleh DNA murni. Isolasi
DNA merupakan teknik untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel
dalam jaringan tubuh makhluk hidup. Proses isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis
maupun bagian tanaman dapat menimbulkan permasalahan yang
berbeda. Sebagai contohnya, adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim seperti
polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan
molekuler lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan
untuk aplikasi penelitian (Ariyanti dan Sianturi, 2019).

Prosedur isolasi DNA memiliki beberapa tujuan analisis yaitu

visualisasi DNA, peninjauan pola fragmentasi DNA, pembuatan
pustaka genomik, rekayasa gen, dan amplifikasi DNA. Terdapat tiga
tahapan dasar dan dua tahapan tambahan dalam prosedur isolasi
DNA ini, yaitu preparasi ekstrak DNA (perusakan dinding sel dan lisis
membran sel), purifikasi DNA, dan presipitasi DNA, serta pemisahan
terhadap protein (dengan protease) dan RNA (dengan RNAse). Setiap
maksud penggunaan DNA yang beragam membutuhkan persyarakan
kualitas DNA yang berbeda. Kualitas DNA tersebut ditentukan oleh
hal-hal berikut yaitu kemurnian DNA, panjang DNA, kemampuan
dipotong oleh sembarang enzim, tidak mengalami modifikasi selama
proses isolasi berlangsung, sehingga terdapat sejumlah teknik isolasi
DNA, yang disesuaikan untuk berbagai maksud penggunaan dan
kualitas minimum yang ingin dicapai (Triani, 2020).

Isolasi DNA dengan menggunakan metode Kitchen Preparation

merupakan metode pemurnian DNA yang paling sederhana. Metode
Kitchen Preparation merupakan metode isolasi dengan memanfaatkan
bahan-bahan yang biasa terdapat di rumah (dapur) seperti sabun cuci
dan garam. Teknik isolasi DNA yang telah berkembang membutuhkan
waktu dan biaya yang lebih besar, sehingga dilakukan adanya
modifikasi teknik isolasi DNA yang lebih sederhana dengan bahan
yang mudah didapat. Prinsip kerja isolasi DNA dengan metode
Kitchen Preparation yaitu diawali dengan perusakan dan atau
pembuangan dinding sel, yang dapat dilakukan baik dengan cara
mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku-leleh maupun dengan
cara enzimatis seperti pemberian lisozim kemudian dengan melisiskan
sel menggunakan air sabun. Setelah sel mengalami lisis, remukan-
remukan sel harus dibuang dengan dilakukan sentrifugasi (Purwoko,
2019).

Perlakuan awal yaitu dengan melakukan proses lisis meliputi

proses penggerusan dan penghancuran buah, Kedua adalah
memecahkan dinding sel dan membran sel lapisan pembungkus DNA.
struktur utama pembentuk membran dan dinding sel adalah lemak,
untuk itu kita gunakan sabun cuci dan garam dapur. Kedua bahan ini
digunakan untuk melubangi dan merusak sel sehingga isi inti sel
(DNA) bisa keluar. Fungsi sabun cuci dalam isolasi DNA ini menurut
Qomariah (2023), yaitu untuk melisiskan barier (penghalang) sel
secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak
dinding dan membran sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti
senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan sel. Tahap
selanjutnya adalah pemisahan DNA dari bahan yang lain. Pemisahan
dilakukan dengan menggunakan ethanol/alkohol dingin. Alkohol tidak
melarutkan DNA dan berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air
membuat DNA naik dan melayang-layang di permukaan.
Digunakannya alkohol yang dingin agar DNA terpresipitasi dengan
pekat (Qomariah, 2023). Ditinjau dari faktor penambahan garam ke
dalam larutan detergen pada proses isolasi DNA, garam digunakan
untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam
mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat
DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling
tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul. Dari
pernyataan tersebut, nampak bahwa selain digunakan untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH
 lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA
(Qomariah, 2023).

Pada saat penambahan alkohol, larutan akan tampak terbalik

untuk beberapa saat, dan akhirnya alcohol akan berada di bagian atas
tabung, sementara filtrat berada di bagian dasar tabung karena
ethanol memiliki densitas (kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan
air. DNA akan tampak nyata sebagai strands (unting) putih atau suatu
bahan yang kental dengan gelembung udara yang terperangkap di
dalamnya. Gelembung ini yang akan menyebabkan DNA naik ke
bagian atas larutan. Hasil akhir terbentuknya agregat putih merupakan
hasil dari untaian DNA yang dihasilkan yang menunjukkan buah
pisang memiliki jumlah DNA yang terpresipitasi lebih banyak (Fardilla,
dan Kusumaningrum, 2017).

DAFTAR PUSTAKA

Ariyanti, Y., dan S. Sianturi. 2019. Ekstraksi DNA total dari sumber
jaringan hewan (Ikan Kerapu) menggunakan metode kit for animal
tissue. Journal of Science and Applicative Technology, 3(1): 40-45.

Fardilla, F. P., dan H. P. Kusumaningrum. 2017. Identifikasi molekuler

tanaman pisang rajalawe berdasarkan gen internal trancribed
spacer (ITS). Jurnal Akademika Biologi, 6(1): 21-28.

Hidayat, T., dan K. Kasmiruddin. 2020. Miskonsepsi materi genetika

tentang ekspresi gen. BIOEDUSAINS: Jurnal Pendidikan Biologi
dan Sains, 3(1): 59-65.
Purwoko, M. 2019. Purifikasi DNA manusia dengan teknik kitchen
preparation menggunakan ekstrak jahe (Zingiber officinale
Rosc). Syifa'MEDIKA: Jurnal Kedokteran dan Kesehatan, 9(1): 39-
44.

Qomariah, U. K. N. 2023. Optimization of fruit DNA extraction by kitchen

kit method with isopropanol and absolute ethanol. AGARICUS:
Advances Agriculture Science & Farming, 3(1): 6-10.

Triani, N. 2020. Isolasi DNA tanaman jeruk dengan menggunakan metode

CTAB (cetyl trimethyl ammonium bromide). G-Tech: Jurnal
Teknologi Terapan, 3(2): 221-226.