LAPORAN LENGKAP PRAKTIKUM

GENETIKA DASAR

EKSTRAKSI DNA

Dosen Pengampu : Dr. Yohanes Edy Gunawan, M.Si

Disusun Oleh :
Nama : Fitriyah ACD 117 00
Mardina ACD 117 00
Widiya Mardiana ACD 117 015
Linda Ayuni ACD 117 018
Rosa Dewi Anggreini ACD 117 019
Kelas :A
Praktikum : I (Satu)
Kelompok : II (Dua)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS PALANGKA RAYA
2019
 I. TOPIK
EKSTRAKSI DNA
II. TUJUAN
MEMPELAJARI DASAR EKSTRAKSI DNA
III. DASAR TEORI
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme
(Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa,
basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida (Istanti, 1999).
Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan
nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen
dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap
melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup
dan disebut sebagai ”cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting
sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Jamilah, 2005).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA
dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian
DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan
dengan  berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika
isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-
masing buah  berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air
tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak
akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA.
Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara
kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus
menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian
yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa
”lipid protein -deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein
dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Machmud,2006)
IV. ALAT DAN BAHAN
A. TABEL ALAT

NO. NAMA ALAT JUMLAH

1. Pisau 1 buah
2. Tabung reaksi 1 buah
3. Corong 1 buah
4. Gelas beaker 3 buah
5. Rak tabung reaksi 1 buah
6. Atk 1 set
7. Handphone (kamera) 1 buah

B. TABEL BAHAN

NO. NAMA BAHAN JUMLAH

1. Buah mangga 1 buah
2. Papain secukupnya
3. Ethanol secukupnya
4. Detergen cair secukupnya
5. Kertas saring 1 buah
6. Plastik klip 1 buah

V. PROSEDUR KERJA
1. Menyiapkan alat dan bahan yang akan digunakan.
2. Mengupas buah mangga menggunakan pisau.
3. Memotong buah mangga kemudian mengambil daging buah mangga
secukupnya.
4. Memasukkan buah mangga kedalam plastik clip.
5. Memasukkan deterjen kedalam plastik clip yang terdapat buah mangga.
6. Memencet dan menghancurkan buah mangga di dalam plastik clip
menggunakan tangan sampai tercampur dengan deterjen.
7. Menyaring buah mangga yang sudah tercampur menggunakan corong yang
dilapisi kertas saring sampai ekstrak buah mangga menetes pada tabung
reaksi.
8. Meneteskan papain secukupnya kedalam tabung reaksi yang terdapat ekstrak
buah mangga menggunakan pipet tetes.
9. Menghomogenkan papain dan ekstrak buah mangga.
10. Meneteskan ethanol secukupnya kedalam ekstrak buah mangga dari dinding
tabung reaksi.
 11. Memposisikan tabung reaksi dalam keadaan tegak selama 15 menit.
12. Mengamati perubahan yang terjadi pada ekstrak buah mangga sampai
terbentuk selaput tipis ekstrak DNA buah mangga pada permukaan.
13. Mengambil gambar mengunakan kamera handphone.
14. Mencatat hasil pengamatan ke dalam laporan sementara.

VI. HASIL PENGAMATAN

Tabel hasil pengamatan

No Gambar Keterangan
.

1. Proses penyaringan ekstrak buah mangga

dengan menggunakan corong dan kertas
saring.

2. Ekstraksi buah mangga setelah

dimasukkan etanol.
3. Ekstrak buah mangga setelah didiamkan
selama 15 menit, terbentuklah selaput
tipis ekstraksi DNA.

Hasil pengamatan:

1. Penambahan deterjen cair kedalam buah mangga mengakibatkan terbentuknya

gelembung-gelembung.
2. Penyaringan buah mangga yang telah dihancurkan berfungsi untuk memisahkan
ekstrak buah mangga dan ampasnya.
3. Setelah dimasukkan papain kedalam ekstrak buah mangga kemudian
menghomogenkannya sehingga mengakibatkan pengentalan pada ekstrak buah
mangga.
4. Etanol yang dimasukkan mengakibatkan ekstrak buah mangga dan etanol tidak
menyatu karena ekstrak buah mangga mengendap pada bagian bawah tabung reaksi.
5. Saat posisi tabung diluruskan selama 15 menit, gelembung-gelembung pada ekstrak
buah mangga semakin banyak.
 6. Gelembung-gelembung yang terbentuk pada bagian permukaan membentuk selaput-
selaput tipis yang merupakan ekstraksi DNA buah mangga.
VII. Pembahasan
Pengamatan ekstraksi DNA yang telah dilakukan dengan menggunakan buah
mangga, dimana buah mangga yang digunakan dihancurkan terlebih dahulu dengan
deterjen cair yang telah ditambahkan sebelumnya. Proses penghancuran dilakukan
untuk merusak membran sel, dinding sel dan membran inti sehingga DNA bisa keluar
dari sel dan masuk ke larutan sehingga diperoleh adanya perubahan yang terjadi pada
buah mangga yaitu terbentuknya gelembung-gelembung. Menurut Jamilah (2005)
dalam proses isolasi DNA, detergen berfungsi untuk melisiskan barier (penghalang)
sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan
membran sel. Kecepatan pembentukan DNA juga dipengaruhi oleh jenis detergen
yang digunakan, dalam hal ini detergen cair memiliki kualitas paling baik dalam
pembentukan DNA pada ekstrak buah. Ini karena dalam detergen bubuk, kandungan
senyawa kimia untuk melisiskan sel terdapat dalam konsentrasi yang lebih tinggi
daripada detergen jenis lain. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan
yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada
membran membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut
dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia
(Istianti, 1999).
Setelah buah mangga hancur maka dilakukanlah penyaringan dengan
menggunakan corong dan kertas saring, dimana proses penyaringan ini berfungsi agar
komponen sel selain DNA tidak mengkontaminasi DNA yang hendak diisolasi.
Papain yang dimasukkan kedalam ekstrak buah mangga membuat ekstrak buah
mangga menjadi mengental. Hal ini disebabkan karena papain berfungsi untuk
melunakan dinding sel, dan menghancurkan membran inti sel. Sehingga DNA yang
terdapat didalam membran inti akan terurai keluar.
Selain papain, juga ditambahkannya etanol kedalam ekstrak buah mangga
sedikit demi sedikit. Penambahan etanol tersebut menyebabkan pemisahan antara
etanol dan ekstrak buah mangga pada tabung reaksi. Pada bagain bawah tabung reaksi
terdapat endapan berupa protein dan DNA pada bagian atas. Setelah 15 menit,
terbentuknya gelembung-gelembung dalam jumlah yang banyak dan gelembung-
gelembung tersebut naik kepermukaan dan membentuk selaput-selaput tipis yang
merupakan ekstraksi DNA buah mangga. Hal ini sesuai dengan teori yang dinyatakan
oleh Hays (2005) yang menyatakan bahwa Saat penambahan alkohol, larutan akan
tampak terbalik untuk beberapa saat, dan pada akhirnya alkohol akan berada di bagian
atas tabung, sementara filtrat berada di bagian dasar tabung karena alkohol memiliki
densitas (kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. DNA akan tampak nyata
sebagai strands putih atau suatu bahan yang kental dengan gelembung udara yang
terperangkap di dalamnya. Gelembung ini yang akan menyebabkan DNA naik ke
bagian atas larutan.
Praktikum ekstraksi DNA yang telah dilakukan menggunakan buah mangga
dikatakan berhasil yang ditandai dengan adanya gelembung-gelembung yang
membentuk selaput-selaput tipis berwarna putih yang merupakan ekstrak DNA dari
buah mangga tersebut.
VIII. Kesimpulan
Praktikum ekstraksi DNA dengan menggunakan buah mangga dapat
disimpulkan bahwa terdapat beberapa tahapan dalam melakukan ekstraksi DNA yaitu
perusakan dinding sel dengan menggunakan deterjen, lisis sel dengan menggunakan
papain, dan pemisahan DNA dari protein dengan menggunakan etanol sehingga
diperoleh ekstraksi DNA berupa selaput-selaput tipis berwarna putih.
 DAFTAR PUSTAKA

Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel.Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak Nanas
(Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah
Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Malang: Universitas Negeri Malang

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak
Nanas
(Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam  Buah
Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.. Malang: Universitas Negeri Malang

Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya

Terhadap  Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe
Ploidi Yang   Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi

Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi dan Upaya Eliminasi
Bakteri  Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration). Malang: Program
Pasca Sarjana Universitas Brawijaya.

Hays, Lana. 2005. Introduction to DNA extraction. Diambil dari

http://www.tsl.orstedu.tgerc/dnaext.html.