EKSTRAKSI DNA

Pendahuluan
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme (Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida (Istanti,
1999). Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida
rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua
”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan
hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan
ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai ”cetak
biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas
yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan
dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan
DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan
membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa
dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan
membran inti, salah satunya adalah deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-
deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki
ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia.
Pisang merupakan sumber DNA yang baik karena beberapa jenis pisang tipe
kromosomnya diploid dan ada yang triploid. Sel Strawberry tipe kromosomnya oktaploid
sehingga strawberry menghasilkan banyak kromosom.
Tujuan Pencobaan:
1. Mengetahui langkah-langkah eksktraksi DNA
2. Menjelaskan letak DNA dalam sel tumbuhan dan hewan
3. menjelaskan prosedur yang diperlukan untuk melepaskan DNA dari sel tumbuhan
4. mengamati genom ekstaksi DNA dari sel tanaman

Cara kerja
1. masukkan strawberry/bawang merah yang sudah dipotong-potong/pisang kedalam kantong
plastik gula.
2. hancurkan masing-masing bahan dengan cara meremas-remas hingga lumat, dan pastikan tidak
ada bongkahan yang masih berukuran besar
3. Tambahkan 50 ml air, 2 sendok teh sabun cair dan 1/4 sendok teh garam, campur perlahan
hingga garam larut. Usahakan jangan sampai terbentuk gelembung dalam campuran
tersebut.
4. Saring campuran dengan menggunakan kain kasa untuk mengeluarkan siswa potongan buah
5. tambahkan 2 sendok makan alkohol dingin, dan diamkan selama 1 menit
6. amati berapa lapisan yang terbentuk dalam tabung reaksi tersebut. Pada lapisan atas akan
dijumpai untaian berwarna putih pada lapisan atas.
7. Lakukan eksktraksi untuk sel epithel pipi dari salah satu anggota kelompok
8. Ambil 1 sendok garam dapur, larutkan dengan 50 ml air hangat
9. Sampel terlebih dahulu harus membersihkan rongga mulut dengan berkumur dengan air
bersih
10. Berkumur dengan air garam, selama 3 menit
11. Tambahkan 2 sendok teh sabun cair kedalam air kumur, kemudian tambahkan 2 sdm alkohol
dingin, amati perubahan yang terjadi

Data hasil pengamatan

Hasil Pengamatan
Bahan
N Perlakuan Warna lapisan atas Jumlah untaian Waktu muncul
o benang untaian benang

+ sabun cair
1 Strawberry
+ air garam
2 + sabun cair
Bawang
+ air garam
+ sabun cair
3 Epithel pipi
+ air garam
+ sabun cair
4
Pisang + air garam

Analisis data
1. Sangat penting untuk mengetahui prosedur dalam ekstraksi DNA, karena setiap langkah
dalam prosedur membantu mengisolasi DNA dari bahan-bahan sel lainnya. Pasangkan
prosedur dan fungsinya:
Prosedur Fungsi
Menyaring bubur pisang dengan dengan kain ______ mengendapkan DNA dari larutan
kasa
Mencampur bubur pisang dengan larutan ______ memisahkan komponen-komponen
garam sel
Menggunakan bubur pisang ______ menghancurkan sel
Penambahan etanol ke saringan ekstrak ______ memecah protein dan melarutkan
membran sel

2. Seperti apa bentuk DNA itu? Hubungkan apa yang kamu ketahui tentang struktur kimia DNA
dengan apa yang Anda amati hari ini!
3. Jelaskan apa yang terjadi pada langkah terakhir ketika kamu menambahkan etanol ke
ekstrak pisang Anda.
4. Seseorang tidak dapat melihat seutas benang dari jarak yang jauh, tetapi jika kamu mengikat
ribuan benang menjadi seutas tali, maka akan mudah diamati dari jarak jauh. Apakah
pernyataan ini analog dengan ekstraksi DNA yang kamu lakukan saat ini? Jelaskan
5. Fungsi sabun cair pada percobaan di atas adalah ....
6. Mengapa bahan-bahan harus remas-remas hingga halus? Dan untuk apa penghalusan bahan
dilakukan dengan menggunakan tangan tidak menggunakan mortal?
7. Apakah kamu sudah mendapatkan DNA? Bagaimana anda tahu?
8. Tuliskan rumusan kesimpulanmu tentang percobaan ini!