LAPORAN PRAKTIKUM

GENETIKA

ISOLASI DNA

Disusun Oleh:

Siti Anindya Putri (170210103095)

Kelas C/ Kelompok 4

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS JEMBER

2018
I. JUDUL
Isolasi DNA
II. TUJUAN
1. Untuk mengetahui metode sederhana mengisolasi DNA buah-
buahan
2. Mengetahui efektifitas detergen/sabun yang digunakan untuk
isolasi DNA
III. TINJAUAN PUSTAKA
Dari hasil analisis kimia yang dilakukan sekitar empat puluh tahun
kemudian ditemukan bahwa asam nukleat ada dua macam, yaitu asam
deoksiribosa nukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam
ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Berdasarkan hasil studi
miskrokopis menunjukkan bahwa DNA terdapat di dalam kromosom,
yang waktu itu telah diketahui sebagai organel pembawa gen (materi
genetik). Akan tetapi, selain DNA di dalam kromosom juga terdapat
protein sehingga muncul perbedaan pendapat mengenai hakekat materi
genetik, DNA atau protein (Susanto, 2011).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk
kehidupan secara seluler. DNA pada organisme tingkat tinggi seperti
manusia, hewan dan tumbuhan terdapat di dalam inti sel dan beberapa
organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan kloroplast. Sehingga
penyebutan nama DNA juga didasarkan pada lokasi asalnya. DNA
genome inti (nuclear DNA genome) berasal dari inti sel, DNA genom
mitokondria (mitochondrial DNA genome) berasal dari mitokondria
serta DNA genom kloroplast berasal dari kloroplast (Hairuddin, 2013).
Isolasi DNA merupakan tahapan pekerjaan awal yang harus
dilakukan dalam berbagai pekerjaan analisis DNA. Keberhasilan
proses isolasi DNA seringkali sangat menetukan hasil pekerjaan
selanjutnya. Dalam proses isolasi DNA, kualitas DNA yang dihasilkan
akan sangan tergantung dengan sumber bahan yang dipergunakan.
Apabila memungkinkan, dalam persiapan isolasi DNA materi buah-
buahan contohnya sebaiknya diambil beberapa saat sebelum
pengamatan isolasi DNA (Maftuchah, dkk, 2017).
Pada umumnya isolasi DNA pada tahap awal menggunakan
nitrogen cair untuk melisis atau merusak dinding sel dapat
mengeluarkan semua isi sel, selanjutnya ditampung dalam larutan
penyangga yang berisi Tris HCl dan EDTA. Namun dinding sel juga
dapat dipecahkan dengan penggerusan menggunakan bufer ekstraksi
diikuti dengan penghangatan pada suhu 65°C. Bahan detergen seperti
sodium dodecil sulfat (SDS), sarkosil, dan CTAB dapat digunakan
untuk proses lisis (Sundari, 2017).
Metode isolasi DNA untuk mendapatkan template DNA yang akan
digunakan dalam polymerase chain reaction (PCR) telah mengalami
perkembangan mulai dari cara konvensional menggunakan larutan
penyangga yang disiapkan sendiri hingga cara terkini menggunakan kit
komersial. Penggunaan kit komersial berbasis formulasi larutan
penyangga saat ini banyak dilakukan karena lebih efisien dan praktis.
Teknik PCR mensyaratkan komponen templat DNA
yang digunakan memiliki kemurnian dan konsentrasi tinggi sehingga
amplifikasi dapat berlangsung optimum. Tingkat kemurnian,
konsentrasi, dan kualitas DNA sangat ditentukan (Syahputra, dkk,
2016).
Penggunaan buffer CTAB sebagai pengganti nitrogen cair untuk
ekstraksi dapat menghasilkan produk DNA yang berkualitas yang
ditunjukkan oleh pita DNA genom. Produk isolasi DNA yang
berkualitas baik ditunjukkan dengan pita DNA yang terlihat tebal dan
bersih bila divisualisasi menggunakan gelDoc elektroforesis. Setelah
proses elektroforesis DNA genom dan dihasilkan pita DNA yang
berkualitas dilanjutkan proses PCR, yaitu metode in vitro yang secara
cepat dapat mengcopi sekuen-sekuen DNA target yang ada di dalam
 whole genom DNA. Selanjutnya dilakukan amplifikasi DNA dengan
menggunakan PCR-RAPD (Sundari, 2017).

IV. METODOLOGI PENELITIAN

4.1 Alat dan Bahan
1. Beaker gelass/gelas aqua
2. Pisau
3. Pengaduk
4. Penyaring
5. Mesin blender
6. Spatula
7. Tabung reaksi dan rak tabung
8. Buah tomat, pepaya, pir
9. Detergen (surf, rinso)
10. Sabun colek (wings, bukrim)
11. Garam dapur
12. Etanol 96% dingin (etanol dan es)
13. Aquades

4.2 Cara Kerja (Skematis)

Melarutkan detergen dan sabun colek kedalam 60 ml aquades,

mengaduk pelan sampai 15 menit

Mengambil 100 gr daging buah ditambah 100 l aquades,

memasukkan ke dalam mesin blender, kemudian memblender
selama 50 detik

Mencampurkan 4 ml masing-masing larutan sabun

mencampurkan dengan masing-masing 4 ml jus buah
 Menambahkan 1 spatula garam dapur kemudian mengaduk
selama 10 menit sampai memperoleh campuran yang homogeni

Menyaring campuran yang dihasilkan pada point sebelumnya

sebanyak dua kali

Memasukkan 6 ml hasil penyaringan ke dalam tabung reaksi dan

menambahkan 5 ml etanol 96% dingin

Mengamati proses timbulnya DNA(Waktu, warna dan banyak

seditknya DNA yang terbentuk)

V. HASIL PENGAMATAN
Kel. Buah Sabun Gambar Keterangan Waktu
1 Tomat Surf +++ 10 detik

Mama + 20 detik
Lime
2 Pepaya Rinso + 1,03
menit

Wing ++ 1, 05
menit

3 Pir Wing ++ 2, 39
menit

Sunlight + 3, 53
menit
4 Tomat Bukrim + 2,05
menit

Sunlight + 1, 53
menit

5 Pepaya Rinso + 01, 53

menit

Sunlight ++++ 01, 03

menit
 6 Pir Rinso + 3 menit

Mama +++ 45,9 detik

Lime

Keterangan :

++++ : Banyak sekali ++ : Sedang

+++ : Banyak + : Sedikit

VI. PEMBAHASAN
DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) adalah suatu asam nukleat yang
menyimpan segala informasi biologis atau hereditas yang unik dari
setiap makhluk hidup dan beberapa pada virus. DNA tersusun atas 3
macam komponen, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan
basa nitrogen. Peran utama dari molekul DNA adalah sebagai
penyimpanan dalam waktu jangka panjang pada suatu makhluk hidup
yang membawa informasi hereditas yang penting. Segmen yang
terdapat pada DNA yang membawa informasi genetik yang disebut
dengan gen, tetapi urutan DNA lain yang memiliki tujuan struktural,
atau memiliki keterlibatan dalam mengatur penggunaan informasi
genetik.

Tahap-tahap isolasi DNA yaitu preparasi ekstrasi sel, permunian

DNA dari ekstrak sel, dan prepitasi DNA. Tahap pertama yang
dilakukan adalah mengisolasi jaringan yang akan digunakan. Tahap
selanjutnya yaitu melisiskan (merusakkan) dinding dan membran sel
dengan cara penggerusan menggunakan mortal dan pistil. Inti sel harus
dilisiskan atau dirusakkan, karena substansi gen yang diinginkan
digunakan dalam praktikum ada didalamnya. Penambahan larutan
pelisis sel ini memiliki tujuan untuk melisiskan atau menghancurkan
sel yang tidak mengandung DNA dengan partikel lain yang tidak
dibutuhkan agar sel yang mengandung inti sel dapat diisolasi dari
komponen-komponen sel lainnya yang tidak berfungsi atau memiliki
peran dalam isolasi DNA.

Pada tahap selanjutnya ini terdapat supernatan yang terbentuk lalu

dibuang dan setelah itu dilakukan ekstraksi di dalam larutan yang telah
dibuat pada tahap sebelumnya. Hal tersebut memiliki tujuan agar
mendapatkan ekstrak. Tahap selanjutnya yaitu purifikasi, pada tahap
ini memiliki tujuan untuk membersihkan hasil ekstrak tadi yang
didapatkan dari zat-zat lainnya yang tidak dibutuhkan lagi. Pada
larutan tersebut kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 10
menit. Hal ini bertujuan untuk mengoptimalkan kerja dari enzim yang
sangat dipengaruhi oleh temperatur. Serta tahap yang terakhir adalah
presipitasi yang memiliki tujuan untuk mengendapkan protein histon,
sehingga untain-untain DNA tidak lagi menggulung dan akan
berikatan dengan protein histon, yang dapat menyebabkan DNA dapat
terlihat jelas.

Pada tahap presipitasi ini dilakukan dengan cara yaitu meneteskan

larutan presipitasinya dengan protein kemudian divortex yang
memiliki tujuan untuk menghomogenkan suatu larutan. Larutan
presipitasi protein ini terdiri atas amonium asetat yang jika kita
berikatan dengan protein lain akan mengakibatkan terbentuknya suatu
senyawa baru yang memiliki kelarutan lebih rendah, sehingga
menyebabkan suatu protein tersebut mengendap. Larutan tersebut
kemudian disentrifugasi kembali. Prinsip utama dari sentrifugasi
adalah untuk memisahkan substansi berdasarkan dari berat jenis
molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal.

Dari hasil pengamatan yang telah didapatkan Pada Kelompok 1

dan 4 dengan penggunaan sumber buah untuk isolasi DNA yaitu tomat.
Isolasi DNA yang berhasil paling banyak ditemukan pada larutan
deterjen bubuk (Surf). Sedangkan pada larutan deterjen krim (Bukrim),
isolasi DNA yang didapatkan cukup banyak tetapi masih lebih sedikit
jika dibandingkan dengan detergen bubuk. Pada larutan sabun pencuci
piring (Mama lime dan Sunlight) isolasi DNA yang dihasilkan cukup
sedikit. Sedangkan waktu pembentukan DNA pada masing-masing
perlakuan bervariasi. Untuk sumber isolasi DNA pada buah tomat,
DNA paling cepat terbentuk pada larutan deterjen bubuk. Waktu
paling lama yang dibutuhkan untuk mengisolasi DNA adalah pada
larutan sabun colek atau detergen krim sedangkan pada sabun pencuci
piring waktu yang dibutuhkan sedang.
 Lalu pada kelompok 2 dan 5 dengan penggunaan sumber isolasi
DNA yaitu buah pepaya, DNA didapatkan paling banyak pada larutan
sabun pencuci piring (Sunlight), sedangkan DNA yang sedikit
ditemukan adalah pada larutan deterjen bubuk (Rinso). Waktu
pembentukan DNA pada masing-masing larutan jelas berbeda. Untuk
larutan sabun pencuci piring waktu rata-rata yang dibutuhkan untuk
membentuk DNA lebih cepat, sedangkan pada larutan deterjen krim
(sabun colek yaitu wings) waktu rata-rata yang dibutuhkan sedang
dibandingkan dengan waktu rata-rata yang dibutuhkan untuk
mengisolasi DNA pada larutan deterjen bubuk (Rinso) cukup lama.
Jadi waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA tidak
menunjukkan perbedaan yang nyata.

Lalu pada kelompok 3 dan 6 dengan penggunaan sumber isolasi

DNA yaitu buah pir, DNA didapatkan paling banyak pada larutan
sabun pencuci piring (Mama Lime), sedangkan DNA yang sedikit
ditemukan adalah pada larutan deterjen bubuk (Rinso). Waktu
pembentukan DNA pada masing-masing larutan jelas berbeda. Untuk
larutan sabun pencuci piring waktu rata-rata yang dibutuhkan untuk
membentuk DNA lebih cepat, sedangkan pada larutan deterjen krim
(sabun colek yaitu wings) waktu rata-rata yang dibutuhkan sedang
dibandingkan dengan waktu rata-rata yang dibutuhkan untuk
mengisolasi DNA pada larutan deterjen bubuk (Rinso) cukup lama.
Jadi waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA tidak
menunjukkan perbedaan yang nyata.
Berdasarkan dasar teori dalam pengamatan Isolasi DNA pada
buah-buahan, detergen bubuk lebih efektif digunakan dikarenakan
memiliki daya rusak memberan sel yang tinggi dalam Pengamatan
isolasi DNA dengan detergen berbentuk krim tidak efektif digunakan
dikarenakan warna hasil filtrasi nantinya tidak akan bagus dan setelah
dibandingkan dengan hasil pengamatan kami tidak selalu buah yang
akan diisolasikan dengan detergen bubuk akan lebih efektif karena
bergantung dengan buah yang digunakan dalam isolasi DNA dan
waktu yang dibutuhkan dalam melihat hasilnya.
Fungsi dari detergen dan efektivitasnya dalam isolasi DNA yaitu
Pada Detergen bubuk ( Surf dan Rinso), memiliki daya lisis atau
merusak yang baik pada suatu jaringan atau memberan sel, sehingga
pada DNA juga tidak akan mengalami kerusakan pada saat dikakukan
pengamatan. Proses isolasi DNA dengan menggunakan detergen
bubuk berupa rinso dan surf menunjukan hasil bahwa DNA hasil
filtrasi rata-rata berada dibagian atas, dan warna hasil filtrasi tidak
memiliki pengaruh dari detergen bubuknya. Detergen bubuk ini
menghasilkan warna yang paling baik, yaitu putih, sedangkan pada
detergen krim memberikan warna yang kurang baik dikarenakan
menyebabkan warna hasil filtrasi mendekati warna detergen, sehingga
isolasi DNA yang dihasilkan berwarna sama atau hampir sama dengan
hasil filtrasinya.
Berdasarkan dasar teori buah yang menghasilkan banyak DNA
adalah buah pir karena banyak mengandung kadar air yang tinggi
seingga dapat menghasilkan isolat yang berbeda-beda dan tinggi
daripada buah pepaya ataupun tomat yang digunakan dalam
pengamatan kali ini.
Fungsi dari penambahan garam dapur adalah untuk memudahkan
dalam memisahkan benang-benang DNA dari larutan dan untuk
mengendapkan kotoran-kotorannya atau partikel-partikel yang tidak
diinginkan, sehingga benang-benang DNA nantinya akan mudah
diamati. Setelah itu melakukan penyaringan hasil campuran pada tahap
sebelumnya sebanyak 2 kali yang bertujuan untuk memisahkan
kotoran yang mengendap dengan sari buah-buahan yang digunakan.
Penambahan etanol ini berfungsi untuk menggumpalkan DNA.
Hal yang dilakukan untuk melihat adanya ciri-ciri tebentuknya
DNA adalah melakukan pengamatan proses timbulnya benang-benang
 pada DNA, mulai dari perubahan warna, bentuk dan jumlah DNA yang
dihasilkan. Jika dilihat semua sumber DNA yang digunakan dalam
isolasi DNA mampu menghasilkan DNA dengan cukup baik. Untuk
masing-masing sumber DNA, jenis detergen yang digunakan dalam
isolasi DNA mampu mempengaruhi banyaknya DNA yang dihasilkan
dan waktu pembentukannya pun bervariasi.
Semakin tinggi kadar air yang terkandung di dalam buah maka
DNA yang akan terpresipitasi akan semakin sedikit pula. DNA yang
dihasilkan dari percobaa kali ini bukan DNA murni karena sumber
DNA yang digunakan berasal dari serat buah yang telah tersaring,
sehingga yang didapatkan pada percobaan ini bukanlah supernatan
melainkan hanya endapan putih yang dihasilkan.

VII. PENUTUP
7.1 Kesimpulan
Isolasi DNA dapat dilakukan dengan cara lisis atau merusak
dinding dan membrane sel dan juga membrane inti sel. Perusakan ini
dapat dilakukan dengan perombakan, penggerusan atau cara lainnya.

1. DNA dapat diisolasikan denan sumber DNA berupa buah-buahan

dengan penambahan larutan detergen, sabun pencuci piring, etanol
serta garam dapur untuk membantu presipitasi DNA.
2. Hasil dari isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah-buahan
yang digunakan sebagai sumber DNA. Terbukti dari hasil
percobaan, pada masing-masing buah didapatkan hasil yang
berbeda-beda.
3. Lapisan hasil filtrasi buah selalu terlihat berada di bagian bawah
karena hasil filtrasi ini cenderung untuk mengendap.
4. Lapisan alkohol umumnya terlihat berada di bagian tengah karena
massa jenisnya lebih ringan dari serat buah-buahan yang berada di
bawah.
5. Sedangkan lapisan DNA umumnya terlihat berada di bagian atas
karena DNA massa jenisya sangat ringan dan cenderung
mengambang di permukaan.
6. Detergen merupakan yang paling efektif digunakan dalam isolasi
DNA adalah Rinso dan sabun pencuci piring yaitu Sunlight dan
Mama Lime.

7.2 Saran
Semoga mendapatkan hasil yang terbaik dari materi dan
praktikum yang sudah dilakukan.
 DAFTAR PUSTAKA

Agus Hery Susanto. 2011. Genetika. Yogyakarta: Graha Ilmu.

Dr. Ir. Maftuchah, M.P, Dr. Ir. Aris Winaya, M.M, M.Si, dan Ir. Agus Zainudin,
M.P. 2014. Teknik Dasar Analisis Biologi Molekuler. Yogyakarta:
Deepublish.

Sundari. 2017. Pengembangan Protokol Isolasi DNA Genom Tanaman Durian

Dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Jurnal Techno. Vol. 6
(2): 30-37.

Hairuddin, Rahman. 2013. Analisis DNA Pada Tanaman Gandum

(Triticumaestivum L.). Jurnal Dinamika. Vol. 4 (2): 41-46.

Syahputra, Ade, Kikin Hamzah Mutaqin, dan Tri Asmira Damayanti. 2016. Komparasi
Metode Isolasi DNA Patogen Antraknosa dan Bulai untuk Deteksi PCR.
Vol. 12 (4): 124-132.
LAMPIRAN
1. Tomat

MAMALIME SURF
2. Papaya

RINSO WINGS
3. Pir

SUNLIGHT WINGS
4. Tomat

BUKRIM SUNLIGHT
5. pepaya

SUNLIGHT
RINSO
6. pir

MAMALIME RINSO