LAPORAN

PRAKTIKUM BIOKIMIA
PERCOBAAN VII : ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Kelompok : 4
Aulia Putri Wahyuni 24030121130055
Firen Amelia Ardana 24030121130070
Lisa Putri Dewi 24030121130059
Mutiara Shifa 24030121130061
Nhayla Nur Santika 24030121130071

Pelaksanaan Praktikum :
Hari/tanggal: Selasa, 3 Oktober 2023
Asisten : Intan Dwi Nur Laili (24030120120010)

LABORATORIUM BIOKIMIA
DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
2023
 LEMBAR PENGESAHAN
LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA
PERCOBAAN VII
ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Semarang, 03 Oktober 2023

Praktikan I Praktikan II

Aulia Putri Wahyuni Firen Amelia Ardana

NIM.24030121130055 NIM.24030121130070

Praktikan III Praktikan IV

Lisa Putri Dewi Mutiara Shifa

NIM.24030121130059 NIM.24030121130061

Praktikan V

Nhayla Nur Santika

NIM.24030121130071
Mengetahui Asisten,

Intan Dwi Nur Laili

NIM. 24030120120010
 PERCOBAAN VII
ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

I. TUJUAN PERCOBAAN (Aulia Putri Wahyuni)

I.1 Memperoleh dan menentukan sifat-sifat umum dari molekul DNA
II. TINJAUAN PUSTAKA
II.1 DNA (Firen Amelia Ardana)
DNA atau Deoxyribo Nuceic Acid merupakan asam nukleat yang
menyimpan semua informasi tentang genetika. DNA inilah yang
menentukan jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia.
DNA ini akan menjadi cetak bitu (blue print) ciri khas manusia yang dapat
diturunkan kepada generasi selanjutnya. Sehingga dalam tubuh seorang anak
komposisi DNA nya sama dengan tipe DNA yang diturunkan dari orang
tuanya. Secara Bahasa, Deoxyribo nucleic Acid (DNA) tersusun dari kata-
kata “deocyribosa” yang berarti gula pentosa, 1 “nucleic” yang lebih dikenal
dengan nukleat berasal dari kata “nucleus” yang berarti inti serta “acid” yang
berarti zat asam. DNA adalah susunan kimia makro molekuler yang terdiri
dari tiga macam molekul, yaitu: gula pentosa, asam pospat, dan basa
nitrogen, yang sebagian besar terdapat dalam nukleas hidup yang akan
mengatur program keturunan selanjutnya (Puspitaningrum et al., 2018)
Secara terminologi DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling
penting, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari
makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya.
DNA adalah bahan kimia utama yang berfungsi sebagai penyusun gen yang
menjadi unit penurunan sifat (Hereditas) dari induk kepada keturunannya.
DNA memiliki beberapa fungsi lain seperti (Mayang Pratiwi Lio, 2019):
- Menyimpan informasi genetik yang mengendalikan sifat-sifat makhluk
hidup.
 - Menyalin informasi genetik saat terjadi replikasi DNA sebelum
pembelahan sel.
- Mengekspresikan informasi genetik melalui proses transkripsi dan
translasi untuk menghasilkan protein.
DNA memiliki struktur heliks ganda yang terdiri dari basa nukleotida.
Basa nukleotida ini tersusun dari subunit nukleotida kecil yang merupakan
kumpulan fosfat, gula pentosa, gula ribosa, deoksiribosa purin, dan basa
nitrogen pirimidin. Basa nitrogen dalam DNA termasuk adenin (A), sitosin
(C), timin (T), dan guanin (G).
DNA terdiri dari empat nukleotida yang terikat secara kovalen
membentuk rantai polinukleotida dengan tulang punggung fosfat yang
terletak di bagian luar sebagai tempat perlekatan basa. Tulang punggung
gula fosfat terdiri dari ujung 5' dan 3'. Kedua rantai polinukleotida yang
membentuk heliks ganda dihubungkan oleh ikatan hidrogen antara basa
nitrogen. Basa purin (A-T) akan berikatan dengan pirimidin (G-C) (Anisa et
al., 2018).

II.2 Denaturasi dan Renaturasi DNA (Mutiara Shifa)

Proses yang dimulai dari adanya dua buah pita polinukleotida yang
dihubungkan oleh atom H yang bersifat lunak disebut Denaturasi DNA.
Lalu, ketika dalam proses tersebut adanya suatu alrutan yang mengandung
DNA diapanaskan atau diberi alkali kuat, hubungan nitrogen pada
polinukleotida menjadi labil dan putus sehingga dua pita spiral DNA itu
terbuka.
Renaturasi DNA yaitu proses dimana hasil dari denaturasi kembali atau
dinetralisir dengan cara perlahan, lalu akan terbentuk pasangan-pasangan
basa yang tadinya putus tersambung kembali. Digunakan untuk membuat
molekul hybrid antara DNA dari spesies yang berlainan dengan syarat
 adanya homologi dari urutan basa sehingga dapat diperoleh hibrid DNA-
DNA atau DNA-RNA.
Faktor-faktor yang memengaruhi proses denaturasi dan renaturasi
molekul DNA, yaitu (Zein, 2014):
- Temperatur, temperatur leleh yang tinggi menyebabkan untai ganda
DNA terurai menjadi untai tunggal. Tetapi jika temperatur diturunkan
perlahan, maka akan terjadi renaturasi menjadi lantai heliks ganda DNA
seperti semula.
- Derajat keasaman pH meneyebabkan DNA terdenaturasi.
- Konsentrasi isoelektrolit seperti Na+ dan K pada larutan ekstraksi yang
digunakan
- Perbandingan kandungan antara basa nukleotida GC terdapat AT.
Tinginya kandungan GC membuat lambat proses denaturasi molekul
DNA, dan berlaku juga sebaliknya, kandungan AT tinggi menyebabkan
pita DNA mudah putus.

II.3 Proses Isolasi dan Ekstraksi DNA (Lisa Putri Dewi)

Isolasi DNA adalah langkah awal pada rekayasa genetika dan analisis
molekuler sebelum berlanjut pada proses selanjutnya. Isolasi DNA
merupakan teknik molekuler yang bertujuan untuk mendapatkan DNA
murni yang telah terpisah dari komponen lainnya. Terdapat faktor yang
dapat mempengruhi hasil isolasi DNA, salah satunya adalah kadar air
dimana semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut dalam ekstrak
semakin sedikit sehingga DNA yang didapat juga semakin sedikit. Proses
isolasi DNA:

a. Penghancuran (lisis) membrane sel

 Penghancuran dinding sel ini dilakukan dengan menggunakan
Sodium Dodesil Sulphate (SDS) atau detergen untuk merusak
membrane inti sehingga DNA dapat keluar dari sel.
b. Ekstraksi atau pemisahan DNA
Ektraksi ini menggunakan etanol dingin yang memiliki konsentrasi
tinggi, yaitu di atas 90% yang bertujuan agar DNA dapat
mengendap. Hal ini dikarenakan etanol memiliki massa jenis yang
lebih ringin daripada air sehingga DNA dapat naik dan melayang-
layang pada larutan.
c. Presipitasi DNA
Tahap terakhir ini dilakukan dengan melakukan inkubasi pada
ekstrak DNA pada suhu ruang untuk mendapatkan DNA genom
template.
(Ariyanti & Sianturi, 2019)
III. METODE PERCOBAAN
III.1 Alat (Aulia Putri Wahyuni)
- Pisau
- Mesin blender
- Kertas saring
- Gelas beker
- Gelas ukur
- Batang pengaduk
- Spatula
- Tabung reaksi
- Rak tabung
III.2 Bahan (Aulia Putri Wahyuni)
- Sampel nanas dan bawang putih (Sumber DNA)
- Akuades
- Etanol 96%
- Garam (Garam dapur)
- Detergen
- Ekstrak bromealin (Buah nanas)
- Eter
 III.3 Cara Kerja (Lisa Putri Dewi)
a. Isolasi DNA dengan metode sederhana
5 mL detergen + 55 mL aquades 100 gram bawang putih + 200 mL
aquades + 1gram garam + 10 gram
bromealin
Gelas beker Mesin blender

- Pengadukan selama 15 menit - Pencucian nanas dengan aquades

- Pemblenderan sampai halus

4 mL larutan detergen 4 mL jus sampel

- Pencampuran keduanya
- Pengadukan sampai homogen
- Penyaringan campuran

Residu Filtrat bening

- Pemasukan campuran ke tabung

reaksi
- Penambahan 9 mL etanol 96%
dingin
- Pendiaman campuran
- Pengamatan proses timbulnya DNA
- Pencatatan waktu, warna dan jumlah
- Pemisahan DNA dengan kertas
saring
- Pengkarakterisasian hasil endapan
DNA

Hasil
 b. Karakterisasi DNA
Endapan DNA
Plat tetes

- Pelarutan pada masing-masing pelarut

Akuades Etanol 96% Eter Kloroform

- Penentuan panjang gelombang maksimum

-Pengukuran adsorbansi pada rentang
panjang gelombang 200-300 nm
- Pengamatan denaturasi dan renaturasi
DNA melalui absorbansinya pada berbagai
suhu secara bertahap dan bolak balik
- Pencatatan hasil percobaan

Hasil
IV. DATA PENGAMATAN (Firen Amelia Ardana)
No. Perlakuan Hasil
Terbentuk 3 Lapisan pada Larutan
• Lapisan Bawah : Keruh
• Lapisan Tengah : Serabut-serabut
Isolasi DNA dengan metode
(DNA)
1. sederhana pengamatan
• Lapisan Atas : Bening (etanol)
timbulnya DNA

Waktu terbentuknya 3 lapisan adalah 1

menit 58 detik

Karakterisasi DNA :
Pelarutan dengan etanol • Larut Sebagian
2.
Pelarutan dengan akuades • Larut
Pelarutan dengan kloroform • Tidak Larut
V. PEMBAHASAN
(Lisa Putri Dewi)
Telah dilakukan percobaan VII yang berjudul “Isolasi dan Karakterisasi
DNA” yang bertujuan untuk memperoleh dan menentukan sifat-sifat umum dari
molekul DNA. Metode yang digunakan pada percobaan ini adalah perusakan sel
pada sampel secara mekanik dan kimiawi dengan tujuan untuk membuat sel
mengalami lisis dan karakterisasi DNA dengan mengamati kelarutan DNA
terhadap beberapa pelarut. Prinsip yang diterapkan, yaitu perusakan sel secara
mekanis dan kimiawi dalam sampel untuk menghilangkan DNA dari selnya.

V.1 Isolasi DNA

(Aulia Putri Wahyuni)
Percobaan ini bertujuan untuk menghancurkan sel pada sampel buah
secara mekanis dan kimiawi agar menghilangkan DNA dari sel buah
tersebut. Pengisolasian DNA dari sampel buah dimulai dengan
mencampurkan 5 mL detergen dengan 55 mL akuades dalam gelas beker
lalu dilakukan pengadukan dengan batang pengaduk agar larutan tersebut
homogen. Kemudian, dilakukan penimbangan 100 gram bawang putih, 10
gram buah nanas, dan 1 gram NaCl yang selanjutnya dimasukkan dalam
blender dan dilakukan pemblenderan dengan tambahan 200 mL akuades.
Proses pemblenderan ini memiliki tujuan untuk mengekstrak sel dengan cara
merusak membrane serta dinding selnya dan membuat terekstraknya DNA
yang berada dalam sampel buah nanas. Dalam proses ini, penambahan buah
nanas akan berfungsi untuk mempercepat proses hidrolisis protein pada sel
dan membuat dapat terekstraknya suatu DNA. Hal tersebut disebabkan
karena nanas mengandung enzim proteinase atau disebut dengan enzim
protealitik yang mana akan berperan sebagai katalisator pada reaksi biokimia
yang melibatkan pemecahan protein sehingga dapat mempercepat laju reaksi
saat proses penghancuran atau pemecahan sampel tersebut (Wiyati &
Tjitraresmi, 2018). Adapun terdapat fungsi dari penambahan bahan lain
berupa NaCl dan akuades. Penambahan NaCl adalah untuk membantu proses
pengendapan DNA pada sel yang mana NaCl akan terikat dengan fosfat dan
DNA menjadi satu. Sementara penambahan akuades adalah untuk
mempermudah proses penghomogenan bahan-bahan sampel dalam proses
pemblenderan.
(Nhayla Nur Santika)
Prosedur selanjutnya, yaitu pengambilan ekstrak jus yang sudah
dibelender sebelumnya dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi. Lalu,
dilakukan penambahan deterjen. Setelah itu, dilakukan penggojogan selama
10 menit, dengan tujuan menghomogenkan larutan. Detergen memiliki dua
bagian, yaitu hidrofobik (bagian dalam) dan hidrofilik (bagian luar). Dimana
bagian hidrofobik ini akan mengikat protein yang bersifat hidrofobik, dan
sisi hidrofilik akan mengikat protein yang bersifat hidrofilik. Penambahan
detergen bertujuan untuk memecah dinding sel, membran plasma dan
membran inti pada sel, dengan cara kimiawi. Sehingga, DNA yang berada
di dalam sel (asam nukleat) dapat keluar dan teramati. Pemecahan sel
dilakukan dengan cara pembentukan ikatan kimia sehingga tidak merusak
DNA dan dapat mengeluarkan DNA dari sampel. Hasil yang diperoleh yaitu
perubahan warna larutan dari hijau pekat menjadi hijau muda.
Prosedur selanjutnya ialah penyaringan larutan yang telah didapat
sebelumnya dengan menggunakan kertas saring, tujuannya untuk
memisahkan filtrat (hijau bening) dan residu. Kemudian, dilakukan
pengujian pada filtrat, yang diawali dengan penambahan etanol (96%)
dingin, dengan tujuan untuk mengendapkan DNA pada sampel. Lalu,
dilakukan pengamatan munculnya DNA. Proses pemunculan DNA terjadi di
menit ke 1.58 dimana larutan terbagi menjadi 3 lapisan, lapisan atas
berwarna bening (etanol), lapisan bawah keruh (aquos), dan lapisan tengah
serabut berwarna putih (pellet DNA). Etanol dapat memisahkan DNA
 dengan kontaminan, sehingga DNA terdapat pada lapisan aquos yang bebas
dari kontaminan.
Hasil yang didapatkan pada percobaan kali ini sudah sesuai dengan
literatur, dimana penambahan etanol membuat DNA terpisahkan dari
kontaminan sehingga DNA terdapat pada lapisan aquos yang bebas dari
kontaminan (Syafaruddin & Santoso, 2020)
V.2 Karakterisasi DNA
(Firen Amelia Ardana)
Percobaan ini bertujuan guna mengetahui karakteristik kelarutan
DNA dalam berbagai pelarut. Prinsip yang digunakan dalam percobaan ini
yakni like dissolve like yang mana senyawa polar akan karut dalam pelarut
polar sedangkan senyawa nonpolar akan larut dalam pelarut nonpolar
(Chang, 2005). Sedangkan metode yang digunakan adalah metode pelarutan.
Pada percobaan ini pelarut yang digunakan adalah aquadest, etanol, dan
kloroform dimana aquades adalah pelarut polar; etanol semi polar; dan
kloroform nonpolar.

Langkah pertama yang dilakukan dalam uji kelarutan yakni

menyiapkan berbagai pelarut yang digunakan, yaitu etanol, aquades, dan
kloroform. Tujuan dilakukan variasi pelarut adalah guna mengetahui
karakterisasi kelarutan DNA pada berbagai pelarut. Dimana aquades adalah
pelarut polar; etanol semi polar; kloroform nonpolar; dan eter nonpolar.
Karakteristik DNA dilakukan saat DNA telah diambil dari fasa yang
terbentuk saat penambahan etanol dingin, DNA diambil menggunakan pipet
tetes dimasukkan dalam drop plate. DNA terlihat seperti bitnik-bintik atau
serat halus, kemudian DNA diambil menggunakan pipet untuk dipindahkan
dalam pelarut. Kemudian meneteskan sampel DNA ke dalam masing-
masing pelarut ke plat tetes lalu dilakukan pengamatan.
 (Mutiara Shifa)

Berdasarkan literatur, sifat DNA yakni polar yang mana jika

dilarutkan di dalam pelarut polar, maka akan larut (Faatih, 2009) hingga
pada aquades (polar) DNA akan larut sempurna, tidak larut sempurna pada
pada alkohol (semi polar), dan tidak larut dalam eter (non polar). Dari
percobaan, didapatkan hasil bahwa pellet DNA larut dalam aquades namun
masih terdapat serabut-serabut halus yang bisa jadi dikarenakan pelarut
aquades yang digunakan tidak murni atau karena masih ada sedikit asam
amino penyusun NA yang memiliki sofat non polar. Pada pelarut alkohol
96%, kloroform dan eter DNA tidak larut dikarenakan pelarut tersebut
bersifat non polar.
VI. PENUTUP (Nhayla Nur Santika)
VI.1 Kesimpulan
VI.1.1 Pengisolasian DNA dapat dilakukan dengan proses ekstraksi.
Pengeluaran DNA dapat dilakukan dengan cara mekanik maupun
kimiawi. Untuk cara mekanik dilakukan dengan pemblenderan
nanas dan pakcoy. Sedangkan, untuk cara kimiawi dilakukan
dengan penambahan detergen. Kedua cara tersebut dapat membuat
dinding sel, membran plasma dan membran inti pada DNA pecah.
VI.1.2 Karakterisasi DNA dapat dilakukan dengan uji kelarutan. Dimana,
hasil yang didapatkan DNA larut dalam pelarut air dan etanol.
Sementara, dalam pelarut kloroform DNA tidak larut. Dengan
demikian, dapat disimpulkan bahwa DNA bersifat polar,
berdasarkan prinsip like dissolve like.
VI.2 Saran
VI.2.1 Untuk uji kelarutan dapat ditambahkan pelarut lain, seperti
methanol, ammonia, aseton.
VI.2.2 Proses pengeluaran DNA secara mekanik juga dapat dilakukan
dengan cara penggerusan menggunakan pistil dan mortal
 DAFTAR PUSTAKA

Anisa, Jaya, A. K., & Sunarti. (2018). Analisis Hidden Markov Model untuk
Segmentasi Barisan DNA. Jurnal Matematika, Statistika Dan Komputasi, 13(1),
55–65. http://journal.unhas.ac.id/index.php/jmsk/article/view/3484
Ariyanti, Y., & Sianturi, S. (2019). Ekstraksi DNA total dari sumber jaringan hewan
(Ikan Kerapu) menggunakan metode kit for animal tissue. Journal of Science and
Applicative Technology, 3(1), 40. https://doi.org/10.35472/jsat.v3i1.111
Chang, R. (2005). Kimia Dasar : Konsep-konsep Inti Edisi Ketiga Jilid Kedua (3rd
ed.). Erlangga.
Faatih, M. (2009). Isolasi dan digesti DNA kromosom. J Penelitian Sains Dan
Teknologi, 20(1), 61–67.
Mayang Pratiwi Lio, T. (2019). Molecular Detection of Glucokinase Genes in
Adolescents on the Coast of Kendari in Southeast Sulawesi. Journal Biologi
Makassar, 4(2), 183–189.
Puspitaningrum, R., Adhiyanto, C., & Solihin. (2018). Genetika Molekuler dan
Aplikasinya.
Syafaruddin, & Santoso, T. J. (2020). Optimasi Teknik Isolasi dan Purifikasi DNA
yang Efisien dan Efektif pada Kemiri Sunan (Reutalis trisperma (Blanco) Airy
Shaw). Jurnal Penelitian Tanaman Industri, 17(1), 11.
https://doi.org/10.21082/jlittri.v17n1.2011.11-17
Wiyati, P. I., & Tjitraresmi, A. (2018). Karakterisasi, Aktivasi, dan Isolasi Enzim
Bromelin dari Tumbuhan Nanas (Ananas sp.). Farmaka, 16(2), 179–185.
Zein, H. F. (2014). Studi Transfer elektron dalam DNA dengan menggunakan
pendekatan feynman path integral pada medan gauge. Skripsi, Universitas Islam
Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang, Malang.
LAMPIRAN GAMBAR

Hasil Isolasi DNA