LAPORAN PRAKTIKUM

DNA Fingerprint (ISOLASI DNA MUKOSA)

Kelompok 3

Fadhiilatul Khairiyah (G34170015)

Dwi Ayu Octaviani (G34170030)

Inggit Wijayanti (G34170072)

Raka Adhitya (G34170083)

Jassuanto (G34170104)

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2019
 PENDAHULUAN

Sidik jari DNA (DNA fingerprinting) merupakan teknologi DNA untuk melihat
keragaman individu, serta dapat membedakan individu yang dekat kekerabatannya
sekalipun. Pemeriksaan DNA semakin banyak digunakan untuk menganalisis bahan
biologis karena DNA memiliki beberapa keunggulan, diantaranya DNA bersifat
spesifik (setiap makhluk hidup mempunyai sekuen DNA yang unik), relatif stabil,
dapat diperbanyak secara in vitro (dapat menggunakan teknik Polymerase Chain
Reaction (PCR)), dan pada organisme tingkat tinggi distribusinya luas yaitu hampir
pada semua sel tubuh. Metode sidik jari DNA dapat diterapkan pada semua makhluk
hidup, baik prokariotik maupun eukariotik (Madigan et al. 2009). Isolasi DNA dari sel-
sel mukosa merupakan salah satu contoh aplikasi dari the genetic fingerprint (sidik jari
genetik). Prinsipnya jaringan mukosa dihancurkan sehingga membentuk sel, lalu
dipecah sehingga DNA bebas, setelah bebas maka akan dilakukan pengecekan DNA
dengan cara elektroforesis.

Salah satu marka generasi kedua yang berkembang pada awal tahun 1990 (Tautz
1990) karena mempunyai potensi yang besar dalam menganalisis berbagai keragaman
populasi atau individu yaitu mikrosatelit. Mikrosatelit atau juga dikenal Short Tandem
Repeats (STRs) atau Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) merupakan untaian
basa nukleotida 1-6 pasang basa yang berulang dan tersebar di dalam genom, baik
genom inti (SSRs) maupun genom organel tipe pengulangan basa dari mono-, di-, tri-,
tetra-, dan penta-nukleotida. Level polimorfisme yang sangat tinggi dapat dideteksi
dengan fragmen VNTR. VNTR diakui sebagai alat yang manjur untuk fingerprinting
dan identifikasi kultivar tanaman (Karp et al. 1995). Fragmen ini juga dapat digunakan
untuk mempelajari keragaman antar dan intra populasi, studi ekologi, menghitung jarak
genetik, dan mempelajari evolusi tanaman (Perera et al. 2000).

Lokus D1S80 merupakan suatu lokus VNTR yang terletak pada kromosom 1 dan
terdiri atas urutan-urutan DNA dengan ulangan dan panjang yang bervariasi untuk
setiap orang. Variasi ini sangat bermanfaat untuk analisis DNA di bidang forensik.
VNTR cenderung stabil dari generasi ke generasi karena diwariskan dalam pola
Mendel dan tidak bervariasi dalam ukuran pada pewarisan orang tua ke anak. Secara
global, lokus D1S80 sudah digunakan secara luas untuk studi populasi di seluruh dunia.
Lokus ini juga dilaporkan mempunyai polimorfisme yang tinggi dan jumlah alel yang
ditemukan di berbagai populasi cukup besar. Berdasarkan analisis terhadap sampel dari
33 populasi yang berasal dari berbagai regio dunia yang berbeda, disimpulkan bahwa
hanya dengan menggunakan lokus D1S80 dapat dibedakan beberapa grup etnis dan
grup populasi geografis yang berbeda (Novia 2013). Menurut Rakhmiana (2013)
Varian dari lokus D1S80 dapat dimanfaatkan dalam tes paternitas/maternitas karena
merupakan lokus yang diturunkan dari kedua orangtua dengan polimorfisme yang
sangat tinggi. Oleh karena itu, praktikum ini dilakukan untuk mengetahui dan
mempelajari teknik DNA fingerprint melalui isolasi DNA mukosa.
 METODE
Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada hari Rabu tanggal 13, 20, 27 November 2019
bertempat di Laboratorium Pendidikan 7, Departemen Biologi, Fakultas Matematika
dan Ilmu Pengetahuan Alam.
Alat dan Bahan
Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah tabung falcon, tabung
efendorf, pipet mikro, plastik, tube, pipet mikro, box es, PCR, alat sentrifuse. Bahan
yang digunakan dalam praktikum ini adalah lokus D1S8, air kumur, larutan buffer lisis
FP (SDS, tris, EDTA), ddH2O, EtOH 70%, Bff protein precipitation (KAC 8M), larutan
isopropanol.

Prosedur Kerja
a. Sampling Mukosa
Air mineral digunakan untuk berkumur selama 2 menit dan dituangkan
kedalam plastik atau tabung falcon sebanyak 8 ml. Sampel dimasukan kedalam
tabung efendorf sebanyak 1,5 ml. Kemudian sentrifuse dengan kecepatan 4000
rpm selama 2 menit. Supernatan hasil sentrifuse dibuang lalu bagian pelet diambil.
Sampling mukosa dilakukan sebanyak 3X ulangan.
b. Presipitasi Protein
Pelet hasil sentrifuse ditambah 500 µl buffer FP, setelah ditambahkan
diresuspensi sebanyak 3X. Hasil resuspensi ditambah 100µl Bff protein presipitasi
( KaC 8M). Tabung efendorf di bolak-balik dan dimasukan kedalam box berisi es,
kemudian disentrifugasi selama 15 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Larutan
sufernatan hasil sentrifugasi diambil sebanyak 400 µl. Kemudia ditambahkan
larutan isopropanol sebanyak 360 µl. Tabung efendorf kemudian dibolak-balik dan
dimasukan kedalam freezer selama satu malam.
c. Washing
Tabung efendorf yang telah di dinginkan selama semalam, di sentrifuse
selama 20 menit dengan kecepatan 10000 rpm pada suhu 4˚C. Pelet hasil
sentrifugasi ditambahkan 500 µl EtOh 70%. Kemudian tabung disentrifuse
kembali dengan kecepatan 10.000 rpm selama 5 menit dalam suhu 4 ˚C. pelet
dikeringkan selama 15 – 20 menit pada suhu 60˚C. Pelet hasil pengeringan
ditambah 20-30 µl ddH2O. DNA mukosa di dalam tabung efendorf kemudian
dimasukkan mesin PCR. Mesin Nanodrop digunakan untuk mengecek kemurnian
DNA mukosa. DNA hasil PCR di masukan kedalam mesin elektroforesis. Kotak
elektroforesis ditutup dan di migrasikan dalam tegangan 50 volt selama 45 menit.
DNA yang bermigrasi kemudia diamati dengan menggunakan sinar ultraviolet.
 PEMBAHASAN

DNA fingerprinting adalah teknik untuk mengidentifikasi seseorang

berdasarkan pada profil DNA. Terdapat dua aspek DNA yang digunakan dalam DNA
fingerprinting, yaitu di dalam satu individu terdapat DNA yang seragam dan variasi
genetik terdapat diantara setiap individu. Prosedur DNA fingerprinting memiliki
kesamaan dengan mencocokkan sidik jari seseorang dengan orang lain. Hanya saja
perbedanya adalah proses ini dilakukan tidak menggunakan sidik jari, tetapi
menggunakan DNA individu karena secara individu DNA seseorang itu unik. DNA
fingerprinting bergantung pada sebagian kecil dari genom. Dalam DNA lokus D1S80
dalam komosom no.1 terdapat sekuens berukuran 20-100 bp yang berulang. Potongan
pengulangan ini dikenal sebagai VNTRs yang dapat diisolasi dari DNA seseorang.
Setiap individu memiliki VNTRs yang diturunkan oleh ayah dan ibu sehingga tidak
ada individu yang memiliki VNTRs sama persis (Jackson et al. 2006).

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Marker

Tidak
teramati

Gambar 1 Elektroforegram kualitas DNA; marker DNA ladder 1 kb (M)

Percobaan kali ini DNA untuk analisis fingerprint diisolasi dari sel mukosa di
mulut untuk dilakukan PCR pada lokus D1S80 menggunakan primer-Mix D1S80.
Setelah dilakukan isolasi DNA mukosa, dilakukan elektroforesis dan nanofotometer
dahulu untuk melihat keberadaan DNA mukosa yang telah diisolasi sebelum
dilakukannya proses PCR. Hasil elektroforesis menunjukkan bahwa isolasi plasmid
DNA sel mukosa pada (Gambar 1), sumur ke-3 menunjukan hasil pita plasmid yang
tidak terlihat jelas. Hal tersebut menunjukan pada plasmid yang diisolasi masih
terdapat kontaminan berupa protein atau bahan lainnya. Menurut Khusnuryani et al.
(2016) bahwa hasil pita yang tipis pada elektroforesis dapat dipengaruhi banyak faktor,
diantaranya adalah konsentrasi DNA yang digunakan pada elektroforesis, kualitas
pewarna DNA, serta buffer yang digunakan sebagai fase geraknya elektroforesis.
Tabel 1 Konsentrasi dan kemurnian DNA mukosa

Nomor Kelompok Λ 260 Λ 280 Konsentrasi Kemurnian

1 0.019 0.198 0.994 1.892
2 0.711 0.383 35.585 1.844
3 14.596 12.976 729.818 1.125
4 4.222 1.991 211.141 2.141
5 2.373 3.424 118.693 0.683
6 1.186 0.662 59.319 1.836
7 3.435 1.065 171.764 3.281
8 0.502 0.273 25.106 1.872
9 1.829 1.001 91.464 1.845
10 3.297 7.307 164.863 0.444

DNA sel mukosa yang telah diisolasi selanjutnya di lakukan analisis

nanofotometer untuk melihat kemurnia dan konsentrasi DNA sel mukosa. Hasil
pengukuran nanofotometer didapat bahwa, secara kuantitatif hasil uji nanophotometer
pada (Tabel 1) menunjukan konsentrasi DNA pada plasmid sumur ke-3 sebesar
729.818 ng/μL. Nilai konsentrasi DNA dalam plasmid yang kecil menyebabkan pita
hasil elektroforesis tidak jelas terlihat. Kemurnian DNA plasmid pada sumur ke-3
memiliki rasio sebesar 1.125 hal tersebut menunjukan DNA yang diisolasi dari plasmid
tidak murni karena berada di bawah rentang rasio 1,8-2,0 akibat masih mengandung
kontaminan dari pelarut pada proses isolasi DNA. Menurut Hardiyanto et al. (2015),
hasil isolasi DNA dikatakan murni jika nilai rasio panjang gelombang 260/280 nm
adalah 1,8-2,0. Jika nilai rasio A 260/280 nm kurang dari 1,8 maka isolat DNA yang
dihasilkan masih mengandung kontaminan berupa fenol dan pelarut yang digunakan
dalam proses isolasi plasmid, sedangkan jika nilai rasio A 260/280 nm lebih dari 2,0
maka isolat DNA yang dihasilkan masih mengandung kontaminan berupa protein dan
senyawa lainnya.
 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Lokus
D1S80
Marker

Gambar 2 Elektroforegram kualitas PCR DNA mukosa

DNA sel mukosa yang telah diisolasi selanjutnya dilakukan analisis fingerprint
dengan proses PCR pada lokus D1S80 menggunakan primer-Mix D1S80. PCR
dilakukan untuk melihat berapa banyak pengulangan fragmen DNA berulang pada
lokus D1S80 dengan besar band yang dihasilkan masing-masing perwakilan orang dari
setiap kelompok. Hasil elektroforesis PCR fragmen lokus D1S80 setiap perwakilan 10
kelompok menunjukkan hasil yang berbeda, hal tersebut menunjukkan bahwa setiap
orang memiliki DNA yang identik terlihat dari perbedaan pengulangan fragmen
berulang pada lokus D1S80 yang berbeda dengan ukuran band yang berbeda setiap
individu. Menurut Junitha dan Sudirga (2006), Karena sifat polimorfik lokus genetik
seperti D1S80 VNTR, secara teoretis sangat tidak mungkin untuk lebih dari beberapa
orang di dunia memiliki alel yang sama beberapa lokus polimorfik. Hasil tersebut dapat
menunjukkan bahwa pengulangan fragmen DNA universal pada setiap individu
berbeda bergantung pada hasil gabungan DNA parentialnya, sehingga beberapa lokus
ini dapat digunakan sebagai sidik jari DNA (DNA fingerprint) dari individu. Hasil
elektroforesis fragmen DNA pada lokus D1S80 perwakilan kelompok 3 menunjukkan
bahwa pengulangan pada lokus D1S80 didapat sebanyak 3 ulangan band (pita) dengan
ukuran band ke-1 ± sebesar 10.000 bp, band ke-2 sebesar ± 4000 bp, dan band yang
ke-3 sebesar ± 2500 bp dilihat dari ukuran DNA 1 kb pada hasil (Gambar 2).
 SIMPULAN

Analisis DNA fingerprint dilakukan dengan tiga tahapan yaitu uji kualitatif
dengan elektroforesis, uji kunatitatif dengan nanopohotometer dan pembacaan fragmen
DNA dengan PCR. Uji kualitatif memperlihatkan bahwa pita DNA terlihat tipis dan
tidak jelas yang mungkin diakibatkan oleh kualitas buffer dan pewarna DNA yang
digunakan kurang sesuai. Uji kuantitatif menyatakan bahwa rasio kemurnian DNA
rendah yaitu masih di bawah rentang normal 1.8-2.0. hal ini mungkin diakibatkan
karena terdapat kontaminan pelarut yang digunakan. Pembacaan fragmen DNA pada
lokus D1S80 dengan PCR menunjukan sebanyak 3 ulangan band (pita) dalam fragmen
DNA tersebut.
 DAFTAR PUSTAKA

Hardianto D, Indarto A, Sasangko ND. 2015. Optimasi metode lisis alkali untuk
meningkatkan konsentrasi plasmid. Bioteknologi Biosains. 2(2): 60-64.
Jackson DD, Abbey CS, Nugent D. 2006. DNA profiling of the D1S80 Locus: A
Forensic Analysisfor the Undergraduate Biochemistry Laboratory. Journal of
Chemical Education. 83(5): 774-776.
Junitha IK, Sudirga IK. 2007. Variasi DNA mikrosatelit kromosom y pada
masyarakat Bali Mula Terunyan. HAYATI Journal of Biosciences. 14(2): 59-
64.
Karp A, Kresovich S, Bhat KV, Ayad WG, Hodgkin T. 1995. Molecular tools in plant
genetic conservation: a guide to the technologies. IPGRI. 46.

Khusnuryani A, Solohah J, Muallifah AY. 2016. Isolasi dan analisis kualitas DNA
plasmid (p-GEM-3Zf (+) sebagai sediaan. Integrated Lab Journal. 4(1): 63-70.
Madigan MT, Martinko JM, Parker J. 2009. Brock Biology of Microorganisms, 10th
edition. Inc.New Jersey, USA (US): Prentice Hall International.

Novia. 2013. Distribusi alel lokus D1S80 pada sampel etnis Melayu, Dayak Dan
Tionghoa mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Tanjungpura Pontianak
[Skripsi]. Pontianak (ID): Fakultas Kedokteran Universitas Tanjungpura
Pontianak.

Perera L, Russell JR, Provan J, Powell W. 2000. Use of microsatellite DNA markers
to investigate the level of genetic diversity and population genetic structure of
coconut (Cocos nucifera L). Genome. 43:15-21.

Rakhimana. 2013. Analisis DNA pada lokus D1S80 untuk uji paternitas/maternitas
pada sampel etnis Melayu, Dayak Dan Tionghoa di Kota Pontianak [Skripsi].
Pontianak (ID): Universitas Tanjungpura Pontianak.

Tautz D. 1990. What's new: genomic finger printing goes simple. Bioessays. 12(1):44.