LAPORAN PRAKTIKUM ANALISIS

BIOMOLEKUL ACARA 3
”UJI KUANTITATIF & KUALITATIF DNA”

Disusun oleh:

Nama : Nuron Ismi

NIM 2011201010
Hari, tanggal : 22 Desember 2021
Asisten : Heni Setianah, S.Biotek
Program Studi : S-1 Bioteknologi
Fakultas : Sains dan Teknologi

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UNIVERSITAS ‘AISYIYAH YOGYAKARTA
YOGYAKARTA
2022
 ACARA 3: UJI KUANTITATIF & KUALITATIF DNA

I. TUJUAN PRAKTIKUM

Pada praktikum ini bertujuan untuk memahami prinsip kerja uji kualitatif dan
kuantitatif DNA dan mengetahui jenis-jenis metode uji kualitatif dan kuantitatif DNA.

II. TINJAUAN PUSTAKA

Uji kuantitatif DNA merupakan suatu uji analisis yang dimana bertujuan untuk
menentukan kandungan atau jumlah DNA yang terdapat dalam satu komponen yang
sebelumnya telah diuji dan diketahui kenedaraan DNA plasmidnya dalam larutan dengan uji-uji
kualitatif. Untuk mendeteksi kemurniannya menggunakan alat spektrofotometri. Dan dimana
Spektrofotometri merupakan sebuah alat yang gabungan dari spektrofotometrt UV dan Visible.
Sebagai pengukuran DNA secara kualitatif dilakukan dengan menggunakan elektroforesis gel
agarosa dan diperiksa di bawah UV transilluminator (Hikmatyar dkk., 2015). Migrasi
elektroforesis DNA melalui gel agarose, elektroforesis, dan suhu. Untuk molekul DNA yang
bermuatan negatif saat elktroforesis pada gel agarose akan berbanding terbalik dengan
konsentrasinya. Molekul yang berukuran lebih besar akan bergerak lebih lambat dibandingkan
dengan yang lebih kecil (Hapsari, 2012).

DNA merupakan asam nukleat yang mengandung suatu materi genetik dan memiliki
fungsi sebagai mengatur perkembangan biologis seluruh rupa kehidupan dengan cara seluler.
Dimana DNA pada organisme tingkat tinggi seperti manusia, hewan dan tumbuhan terdapat
pada dalam inti sel dan beberapa organ lain di dalam sel seperti mitokondria dan kloroplas.
Sehingga penyebutan dari suatu nama DNA juga didasarkan pada tempat asalnya. DNA genom
inti berasal dari inti sel , dan untuk DNA mitokondria berasal dari mitokondria serta DNA
genom kloroplas berasal dari kloroplas (Hairudin,2013).

Biologi molekuler adalah cabang ilmu biologi yang mengkaji menegnai kehidupan
secara skala molekuler. DNA merupakan rantai – rantai nukleutida yang dimana secara kimia
hampir tidak saling berbeda, sedangkan sebaliknya protein dari campuran 20 macam amino
yang sangat berlainan, masing-masing dengan sifat kimianya yang khas. Keragaman inilah
yang memungkinkan dari sifat kimia yang serba canggih dimiliki oleh setiap protein, dan ini
diduga dapat menjelaskan mengapa evolusi telah memilih protein daripada molekul RNA
sebagai katalisator yang terbesar reaksinya di dalam sel (Setyawati dkk, 2014).
III. METODE
3.1 Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum kali ini meliputi sampel DNA, aquadest,
Buffer TBE, Agarose Gel Electrophoresis, etidium bromide. Adapun alat yang digunakan
dalam praltikum kali ini meliputi flakon, Vortek, spektrofotometri UV-Vis, kuvet, comb (sisir),
chamber, mikropipet, elektroforesis, dan UV transluminator.
3.2 Cara Kerja
Uji kualitatif DNA
Langkah pertama yang dilakukan dalam praktikum kali ini yaitu dengan mengencerkan
setiap sampel DNA sebanyak 20 µl kedalam flakon yang berisi 3980 µl aquades.
Kemudian memvortek setiap flakon yang berisi sampel DNA yang telah diencerkan
sampei homogeny. Menghidupkan pektrofotometri UV-Vis dan atur panjang gelombang
yang diperlukan yaitu 269 nm dan 280 nm. Kemudian memasukkan 4 ml aquadest yang
sudah diencerkan kedalam kuvet I sebagai blanko dan masukkan setiap sampel DNA yang
telah diencerkan kedalam kuvet II hingga volume 4 ml. Setelah itu nilai absorbansi akan
muncul pada tiap sampel DNA pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Menghitung
nilai kemurnian DNA dengan rumus nilai absorbansi sampel DNA 260 nm dibagi dengan
nilai absorbansi sampel DNA 280 nm. Langkah terakhir yaitu menghitung nilai absorbansi
dengan rumus sebagai berikut :

Uji kualitatif DNA

Langkah pertama yang dilakukan dalam praktikum kali ini yaitu dengan membuat 1% gel
agarosa dalam 1xBuffer TBE yang diberi sumuran menggunakan comb (sisir) yang biasa
terdapat pada perangkat elektroforesis. Meletakkan gel agarose yang sudah jadi di dalam
Agarose Gel Electrophoresis (Mupid One). Menuangkan 1xbuffer TBE ke dalam chamber
(wadah) elektroforesis hingga garis batas. Sebanyak 3-4 µl sampel isolasi DNA
ditambahkan dengan 1 µl loading dye dan dicampur dengan menggunakan mikropipet.
Campura yang tekah dibuat kemudian dimasukkan kedalam sumuran didalam gel agarose.
Kemudian untuk menentukan ukuran dari sampel isolasi DNA disertakan juga DNA
marker sebagai pebanding. Setelah itu urutan sumuran dari paling kanan adalah marker
DNA, kontrol positif, kontrol negatif kemudian sampel. Kemudian Sampel DNA
dielektroforesis dengan tegangan 100 volt selama kurang lebih 30 menit. Setelah itu,
agarosa gel direndam pada larutan etidium bromida (10 µl dengan 100 ml TAE) untuk
memberikan warna pada DNA selama 25-30 menit. Langkah terakhir adalah gel agarosa
divisualisasikan dengan UV transluminator.

VI. HASIL DAN PEMBAHASAN

Gambar 1. Hasil pengamatan uji kuantitatif dan uji kualitatif menggunakan UV

transluminator

Pada praktikum kali ini sampel yang digunakan ada bakteri endofit untuk sampe
A dan sampel B. Bakteri endofit adalah mikroorganisme menguntungkan yang berinteraksi
dengan tanaman inang tanpa menyebabkan gangguan atau kerusakan pada tanaman.
Beberapa studi menunjukkan bahwa bakteri endofit tertentu dapat memproduksi senyawa
kimia yang memiliki efek bagi kesehatan, terutama bakteri endofit yang diisolasi dari
tanaman obat. Sampel ketiga menggunaka ikan nila dan sampel keempat menggunakan
buah pepaya. Pepaya (Carica papaya L.) yaitu tanaman buah berupa herba dari family
Caricaceae. Pepaya adalah tanaman asli Amerika tropis yang berasal dari persilangan alami
Carica peltata dan sekarang tersebar luas di seluruh daerah tropik dan subtropik di seluruh
dunia (Villegas, 1991 dalam Febjislami dkk., 2018).

Dimana panjang gelombang 260 sampel 1 mendapatkan nilai 0,010 sampel 2

mendapatkan 0,004, sampel 3 mendapatkan 0,023 dan sampel 4 mendapatkan nilai 0,033.
Maka konsentrasi DNA yang didaptakan pada gelombang 260 yaitu sampel 1 sebesar 100,
sampel 2 sebesar 40, sampel 3 sebesar 230 dan sampel 4 sebesar 330. Kemudian pada
panjang gelombang 280 sampel 1 mendaptakan nilai 0,024 sampel 2 mendapatkan nilai
0,013, sampel 3 mendapatkan nilai 0,029 dan sampel 4 mendapatkan nilai 0,035. Dengan
ini maka konsentrasi DNA pada gelombang 280 yang didapatkan olehsampel 1 sebesar
240, sampel 2 sebesar 130, sampel 3 sebesar 290 dan sampel 4 sebesar 350. Tinggi atau
rendahnya konsentrasi DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi dikarenakan perbedaan
perlakuan dalam memecahkan dinding sel dan juga dapat disebabkan oleh beberapa faktor
lain (Ruchi dkk., 2018).

Pada nilai konsentrasi tinggi belum tentu nilai kemurniaannya tinggi. Jika nilai
A260 yang merupakan nilai untuk DNA tinggi maka nilai konsentrasi akan tinggi dan
sebaliknya. Tetapi untuk nilai kemurnian meskipun nilai konsentrasi tinggi bukan berarti
nilai kemurnian akan tinggi juga. Hal ini karena nilai nilai kemurnian dipengaruhi oleh
nilai A280 (Iqbal, 2016).

Pada praktikum ini untuk pengujian kualitatif dilakukan dengan cara

dielektroforesis lalu direndam pada larutan etidium bromida kemudian divisualisasikan
dengan UV transluminator. Sebelum dilakukan elektroforesis, suspensi DNA terlebih
dahulu harus ditambahkan loading dye yang berfungsi untuk menambah densitas,
sehinggaDNA akan selalu berada di dasar sumur, pewarna untuk memudahkan meletakkan
sampel DNA ke dalam sumur, agar dapat bergerak ke arah anoda dengan lajuyang dapat
diperkirakan sehingga dapat digunakan sebagai tanda migrasi DNA. Pewarna yang biasa
digunakan adalah bromophenol blue dan xylene cyanol. (Suharsono dan Widyastuti 2006
dalam Hapsari, 2012).

Hasil visualisasi dengan menggunakan dengan UV transluminator dari 4 sampel

hanya sampel (pita) ketiga yaitu sampel (pita) hewan yang muncul. Hal ini dapat
disebabkan oleh beberapa faktor misalnya kesalahan pada saat proses isolasi DNA. Banyak
faktor yang mempengaruhi uji kualitatif DNA ini, seperti pada saat pemipetan sampel
untuk dimasukkan kedalam sumur agarose tidak merata, tetapi hasil elektroforesis ini
cukup bersih, karena smear yang terbentuk sangat tipis, sehingga isolasi DNA yang
dilakukan berhasil dan bisa digunakan untuk PCR (Istiqomah dkk., 2016). Ketebalan pita
DNA menunjukkan perbedaan jumlah DNA hasil isolasi. Jika pita DNA yang terbentuk
kurang jelas atau tipis maka kualitas DNA rendah. Jika pita DNA tebal dan tajam maka
kualitas pita DNA baik. Hasil pita DNA yang tipis dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor
yaitu konsentrasi DNA yang digunakan untuk elektroforesis, kualitas pewarna DNA dan
buffer yang digunakan sebagai fase gerak elektroforesis (Harahap, 2017).

DNA yang mengandung basa-basa purin dan pirimidin dapat menyerap cahaya
UV. Pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedang kontaminan protein
atau phenol dapat menyerap cahaya pada 280 nm. Dengan adanya perbedaan penyerapan
cahaya UV ini (Hapsari, 2012). Sehingga kemurnian DNA dapat diukur dmelalui
perhitungan nilai absorbansi A260 nm dibagi dengan nilai absorbansi A280 nm. Batas
kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekuler yaitu pada rasio 1,8-2,0 (Harahap,
2017). Hasil perhitungan kemurnian sampel 1 mendapatkan nilai 0,41, sampel 2
mendapatkan nilai 0,30, sampel 3 mendapatkan nilai 0,79 dan sampel 4 mendapatkan nilai
0,94. Rasio yang kurang dari 1,8 menunjukkan bahwa preparasi DNA telah terkontaminasi
baik oleh fenol maupun protein. Sedangkan rasio yang lebih tinggi dari 2.0 menyatakan
preparasi DNA terkontaminasi dengan RNA (Harahap, 2017).

Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan atau jumlah
DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah diketahui
keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan contoh dengan cara uji kualitatif (Larasati
2011 dalam Hapsari, 2012). Uji kuantitatif dilakukan dengan mengukur nilai konsentrasi
dan kemurnian DNA (Istiqomah dkk., 2016). Kuantitas DNA yang telah diisolasi dapat
diuji secara kuantitatif dengan spektofotometer. Prinsip pengukuran jumlah DNA
menggunakan spektofotometer didasarkan bahwa iradiasi sinar ultra violet (UV) diserap
oleh nukleotida dan protein dalam larutan. Penyerapan iradiasi sinar UV secara maksimal
oleh DNA dicapai pada panjang gelombang 260 nm, sedangkan penyerapan maksimal oleh
protein dicapai pada panjang gelombang 280 nm (Muladno 2002 dalam Saili 2010 dalam
Iqbal dkk., 2016).

Uji Kualitatif DNA dapat dilihat dari hasil elektroforesis sampel hasil isolasi
DNA. Elektroforesis adalah suatu proses migrasi molekul bermuatan didalam suatu media
yang bermuatan listrik, dan kecepatan migrasinya bergantung terhadap ukuran dan bentuk
molekul yang terlibat. Hasil uji kualitatif DNA band yang terlihat tebal, tetapi beberapa
sampel masih kurang jelas (tipis) band nya (Istiqomah dkk., 2016). Uji kualitas DNA
dilakukan dengan horizontal elektroforesis, pengecekan hasil isolasi DNA pada gel
agarose. Pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrofotometer dilakukan pada panjang
gelombang 260 nm, sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280. Kemurnian
larutan DNA dapat dihitung melalui perbandingan A260 nm dengan A280 nm. Batas
kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekuler pada rasio A260/A280 adalah 1,8-
2,0 (Sambrook et al., 1989 dalam Harahap, 2017).

Deoxyribonucleic acid atau DNA adalah makromolekul yang sangat berperan

dalam kehidupan semua jenis organisme hidup. DNA merupakan suatu asam nukleat yang
menyimpan segala informasi biologis yang unik dari setiap makhluk hidup dan beberapa
virus. Struktur kimianya berupa makromolekul kompleks yang terdiri atas tiga macam
molekul, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen (Sasrawan, 2013
dalam Aisah dkk., 2017). DNA merupakan unit keturunan terkecil dan terdapat pada semua
mahluk hidup mulai dari mikroorganisme sampai organisme tingkat tinggi seperti manusia,
hewan dan tanaman. Setiap jaringan mempunyai kandungan DNA yang berbeda-beda
tergantung struktur serta komposisi selnya. Jaringan dengan banyak sel berinti dan sedikit
jaringan ikat umumnya mempunyai kadar DNA tinggi. Pemilihan organ yang akan
diisolasi DNA guna analisis kasus forensik sangatlah penting (Yudianto dan Yeti, 2016).

Spektrofotometri ini merupakan gabungan antara spektrofotometri UV dan

Visible. Sinar UV memiliki panjang gelombang 190-380 nm karena sinar UV tidak dapat
dideteksi oleh mata, maka senyawa yang dapat menyerap sinar ini terkadang merupakan
senyawa yang tidak memiliki warna bening dan transparan. Alat ini menggunakan dua
buah sumber cahaya berbeda, sumber cahaya UV dan sumber cahaya visible. Meskipun
untuk alat yang lebih canggih sudah menggunakan hanya satu sumber sinar sebagai sumber
UV dan Vis, yaitu photodiode yang dilengkapi dengan monokromator (Riyadi 2009 dalam
Hapsari, 2012).

V. KESIMPULAN

Pada praktikum acara uji kualitatif dan kuantitatif ini dapat kita simpulkan bahwa
dimana panjang gelombang 260 sampel 1 mendapatkan nilai 0,010 sampel 2 mendapatkan
0,004, sampel 3 mendapatkan 0,023 dan sampel 4 mendapatkan nilai 0,033. Maka
konsentrasi DNA yang didaptakan pada gelombang 260 yaitu sampel 1 sebesar 100,
sampel 2 sebesar 40, sampel 3 sebesar 230 dan sampel 4 sebesar 330. Kemudian pada
panjang gelombang 280 sampel 1 mendaptakan nilai 0,024 sampel 2 mendapatkan nilai
0,013, sampel 3 mendapatkan nilai 0,029 dan sampel 4 mendapatkan nilai 0,035. Dengan
ini maka konsentrasi DNA pada gelombang 280 yang didapatkan olehsampel 1 sebesar
240, sampel 2 sebesar 130, sampel 3 sebesar 290 dan sampel 4 sebesar 350. Tinggi atau
rendahnya konsentrasi DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi dikarenakan perbedaan
perlakuan dalam memecahkan dinding sel dan juga dapat disebabkan oleh beberapa faktor
lain.
 DAFTAR PUSTAKA

Harahap, A.S. 2017. Uji Kualitas dan Kuantitas DNA Beberapa Populasi Pohon Kapur
Sumatera. Journal Of Animal Science And Agronomy Panca Budi. 2 (2),
1-6.
Harahap, R. 2012. Uji Kuantitatif Dan Kualitatif Dna Pule Pandak (Rauvolfia serpentina
L.). Skripsi. Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Yudianto, A. dan Yeti, E.S. 2016. Isolasi DNA dari Bercak Urine Manusia sebagai Bahan
Alternatif Pemeriksaan Identifikasi Personal. Jurnal Media Pharmaceutica
Indonesiana. 1 (1), 53-61.
Iqbal, M., Ibnu, D.W., Nia, K. 2016. Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk
Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname
(Litopenaeus vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan. 7 (1), 54- 65.
Istiqomah, C.R.F., Hermin, P., dan Endang, K. 2016. Keragaman Genetik Jahe (Zingiber
officinale Roscoe) Menggunakan Teknik Penanda Molekuler Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Biologi. 5 (2), 87-97.
Febjislami, S., Ketty, S., dan Rahmi, Y. 2018. Karakterisasi Morfologi Bunga, Buah, dan
Kualitas Buah Tiga Genotipe Pepaya Hibrida. Jurnal Bul. Agrohorti. 6 (1),
112-119.
Desriani., Ukhradia, M.S.P., Maria, B., Akhmad, R,, dan Puspita, L. 2014. Isolasi dan
Karakterisasi Bakteri Endofit dari Tanaman Binahong dan Katepeng
China. Jurnal Kesehatan Andalas. 3 (2), 89-93.