Nama : Pierre Andreas Francois

NIM : 19/445851/PN/16366
No. Presensi : 83
Kel./Gol. : 17/A2
Asisten Koreksi : Hanindita R.

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ACARA V
VISUALISASI ASAM DEOKSIRIBONUKLEAT (DNA)
I. Tujuan
 Untuk mengidentifikasi adanya susunan DNA berdasarkan struktur, unsur,
dan letaknya
 Untuk mengetahui adanya muatan/panjang yang konstan pada molekul
DNA
 Untuk menlihat molekul pada DNA dengan metode elektroforesis dengan
diberikan ethidium bromida dan cahaya ultraviolet
 Untuk mengetahui metode elektroforesis serta tujuannya
 II. Metode
Praktikum Visualisasi Asam Deoksiribonukleat (DNA) akan dilaksanakan pada
hari Selasa, tanggal 24 Maret 2020 di Laboratorium Mikrobiologi Pertanian,
Departemen Mikrobiologi Pertanian, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah
Mada. Alat dan bahan yang akan digunakan yaitu, Sampel DNA plasmid (utuh
dan terpotong), marker DNA, 10 X buffer TAE, agarosa, loading dye, kertas
parafilm, ethidium bromida, akuades, tangki elektroforesis, UV transiluminator,
mikropipet 10 µL, dan mikrotip 10 µL (mikrotip warna putih), microwave oven,
cetakan khusus yang telah dipasangi sisir, sumuran gel, dan sumber tegangan DC.

Diencerkan 10 X Dilarutkan agarosa dalam buffer 1 X TAE (0,8gr

TAE menjadi buffer agarosa dalam 100ml TAE) kemudian dipanaskan
1 X TAE dengan microwave oven atau pemanas lainnya,
dan dipastikan semua agarosa larut

Dicetak gel agarosa dengan

menggunakan cetakan khusus
Disiapkan larutan ethidium
yang telah dipasangi sisir (comb)
bromida (EtBr) dengan
untuk membuat sumuran (well),
mencampurkan 100 µL EtBr
kemudian, biarkan terjadi
dengan 300 mL akuades
polimerisasi (gel memadat)

Setelah gel memadat, dilepaskan Disiapkan 1 µL loading

sisir dari cetakan dan dimasukan gel dye diatas parafilm dan
beserta cetakannya kedalam tangki dicampurkan dengan 3
elektroforesis, kemudian dituangkan µL sampel DNA
buffer 1 X TAE hingga gel terendam menggunakan mikropipet

Dihubungkan tangki Dimasukkan 4 µL sampel

elektroforesis dengan DNA yang telah dicampur
sumber tegangan DC dengan loading dye ke
dalam sumuran gel
Dibiarkan hingga DNA bermigrasi. Setelah jarak
migrasi dianggap cukup, dimatikan sumber Gel agarosa diangkat dan
tegangan kemudian direndam gel agarosa kedalam dilihat migrasi DNA dengan
larutan ethidium bromide yang telah disiapkan menggunakan UV
selama 5 menit kemudian dilanjutkan dengan transiluminator. Jarak migrasi
direndam di dalam akuades selama 2 menit dapat dibandingkan dengan
menggunakan marker
III. Hasil dan Pembahasan

Gambar 1. Struktur Nukleotida DNA

Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) merupakan suatu
polimer berbentuk linier (polinukleotida) yang tersusun atas tiga molekul utama,
yaitu gula pentosa, basa nitrogen, dan gugus fosfat (Morihito et al, 2017). Basa
nitrogen sendiri dibagi lagi menjadi purin yang tersusun atas adenin dan guanin,
serta pirimidin yang tersusun atas
sitosin dan timin. DNA sendiri
menjadi proses dalam perlakuan
taksonomi karena DNA memiliki
informasi yang sangat
memungkinkan dalam morfologi,
perilaku, dan ekologi pada suatu
mahluk hidup (Salokannel et al,
2010). DNA sendiri memiliki
struktur double helix yang telah
Gambar 2. Komponen pada DNA berpasangan serta arah dan gaya
putarannya memilin. Hal ini yang
membuat sistem DNA yang sangat kompleks sehingga struktural DNA yang
tergantung pada urutannya. Sehingga variabel struktural biologis ini penting
karena adanya interaksi protein dan ligan dengan DNA dengan pembacaan dan
pengidentifikasian bentuk pola interaksi secara tidak langsung (Ricci et al, 2010)
dan strukturnya dapat berbentuk linear dan sirkular.
Elektroforesis merupakan suatu teknik pemisahan dan pemurnian molekul
asam nukleat (DNA & RNA) dan protein berdasarkan perbedaan ukurannya.
Tujuan elektroforesis sendiri agar molekul yang bermuatan listrik intrinsik agar
terpisah menggunakan agarosa yang merupakan suatu polisakarida membentuk
suatu ekstrak dari rumput laut (Langga et al, 2012). Metode ini sering digunakan
pada percobaan yang meneliti DNA seperti genetika, biologi molekuler, dan
biokimia karena perlakuannya sangat mudah dan sederhana (Nuryadi, 2011).
Pada proses perpindahan pada DNA yang elektroforesisnya dipengaruhi oleh
ukuran pori gel agarosa, panjang DNA, serta konformasi DNA, dan voltase yang
akan digunakan. Hal ini yang berpengaruh dalam laju DNA pada
elektroforesisnya karena berpengaruh terhadap tingkat kekentalan agarose tersebut
sehingga makin kental suatu agarose, maka makin tinggi laju molekul DNAnya
(Harahap, 2018). Protein yang terdapat pada molekul akan pindah ke media padat
dengan direndam pada larutan buffer dibawah pengaruh medan listrik. Sehingga
migrasi sangat bergantung pada muatan listrik netto, titik isoelektrik, dan massa
molekul proteinnya (Giot, 2010).
 Gambar 3. Hasil Visualisasi DNA. (A) marker (B) hasil visualisasi
menggunakan UV-VIS
Pada gambar, ditandai dengan M sebagai marker yang digunakan untuk suatu
indikator pengukur besar suatu DNA, sedangkan ditandai angka 1-6 merupakan
sampel DNA tersebut. Sampel 1 menunjukkan bahwa ada dua band (ukuran) DNA
yang berkisar pada 1.000bp-1.500bp dan 2.000bp-2.500bp. Pada sampel 2,
menunjukkan adanya tiga ukuran DNA dimulai dari 250bp, 1.000-1.500bp, dan
2.000-2.500bp. Pada sampel 3 menunjukkan bahwa ada dua ukuran yang berkisar
pada 1.000bp-1.500bp dan 2.000bp-2.500bp. Pada sampel 4, 5, 6, memiliki
ukuran DNA yang sama yaitu berkisar pada 6.000bp-8.000bp hingga 10.000bp
keatas. Sehingga nilai ukuran dan bentuk pada DNA akan berpengaruh pada jarak
tempuh yang semakin jauh dari markernya. Sementara jika semakin kecil ukuran
pasang basa nukleotidanya, maka akan semakin mudah untuk bermigrasi karena
fragmen tersebut telah berfluorensi dengan etidium bromida pada cahaya UV
transilluminator dan dekat dengan anoda (Radji et al, 2010). Pada sampel 1, 2, 3
terdapat suatu smear yang sangat panjang sehingga dapat diketahui bahwa DNA
ini telah rusak/terkontaminasi. Hasil elektroforesis ini biasanya terkena zat protein
atau asam humat yang dapat mengganggu proses visualisasi DNA (Wirajana et al,
2013). Sehingga smear pada sampel 1, 2, dan 3 memiliki kualitas yang tidak baik
karena smear berasal dari sisa larutan saat melakukan isolasi atau DNA yang telah
terdegradasi saat proses isolasi berlangsung (Iqbal et al, 2016).
Visualisasi DNA sendiri memiliki keuntungan pada bidang mikrobiologi
secara umum dan mudah dilakukan adalah dengan cara pembiakan, namun hal ini
memiliki kekurangan karena tidak efisiennya dalam waktu yang lama. Namun,
visualisasi ini sendiri memiliki keuntungan lain seperti memiliki pola karakteristik
pada kodon-Guanin dan Sitosin karena memiliki kemampuan dalam membedakan
DNA primer dengan DNA non-primer (Ali et al, 2012). Dalam penerapannya,
 ilmu DNA yang dipakai dalam cabang ilmu mikrobiologi adalah mengetahui
teknik Polymerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis, serta visualisasi pada
agarosa dengan UV Transilluminator (Prasetya, 2018).
IV. Kesimpulan
Dari hasil praktikum Visualisasi Asam Deoksiribonukleat (DNA) disimpulkan
bahwa :
 Asam Deoksiribonukleat terdiri atas basa nitrogen, gula
pentosa, dan gugus fosfat
 Komponen basa nitrogen pada DNA adalah adenin, guanin,
sitosin, dan timin
 Elektroforesis bertujuan untuk memisahkan molekul intrinsik
menggunakan agarosa sebagai media yang berasal dari ekstraksi
rumput laut
 Smear pada bentuk DNA terjadi karena telah rusak atau
terkontaminasi oleh protein atau asam humat
 Daftar Pustaka
Ali, S. S., Xia, B., Liu, J., & Navarre, W. W. (2012). Silencing of foreign DNA in bacteria. Current
Opinion in Microbiology, 15(2), 175–181.
Giot, J. F. 2010. Agarose gel electrophoresis-Applications in clinical chemistry. Journal of Medical
Biochemistry, 29(1), 9-14.
Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika. CIRCUIT:
Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1).
Iqbal, M., Buwono, I. D., & Kurniawati, N. 2016. Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk
Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname (Litopenaeus
vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1): 54-65.
Langga, I. F., Restu, M., & Kuswinanti, T. 2012. Optimalisasi suhu dan lama inkubasi dalam ekstraksi
DNA tanaman bitti (Vitex cofassus Reinw) serta analisis keragaman genetik dengan teknik
RAPD-PCR. J. Sains & Teknologi, 12(3), 265-276.
Morihito, R. V., Chungdinata, S. E., Nazareth, T. A., Pulukadang, M. I., Makalew, R. A., &
Pinontoan, B. 2017. Identifikasi perubahan struktur DNA terhadap pembentukan sel
kanker menggunakan dekomposisi graf. Jurnal Ilmiah Sains, 17(2), 153-160.
Nuryadi, R. 2011. Efek adsorpsi dye ke dalam lapisan TiO2 dengan metode elektroforesis: DSSC
berbasis lapisan TiO2 terbuat dengan metode slip casting dan metode elektroforesis. Jurnal
Rekayasa Kimia & Lingkungan, 8(1).
Prasetya, Y. A. (2018). Deteksi gen SHV pada isolat klinik Esherichia coli penghasil Extended
Spectrum Beta-Lactamases (ESBLs) dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dari
urin pasien di RSUD Dr. Soetomo Surabaya. AL-Kauniyah: Journal of Biology, 2(11), 91-98.
Radji, M., Puspaningrum, A., & Sumiati, A. 2010. Deteksi cepat bakteri Escherichia Coli dalam sampel
air dengan metode Polymerase Chain Reaction menggunakan primer 16e1 dan 16e2. Makara
Journal of Science.
Ricci, C. G., de Andrade, A. S. C., Mottin, M., & Netz, P. A. 2010. Molecular dynamics of DNA:
comparison of force fields and terminal nucleotide definitions. The Journal of Physical
Chemistry B, 114(30), 9882–9893.
Salokannel, J., Rantala, M., & Wahlberg, N. 2010. DNA-barcoding clarifies species definitions of
Finnish Apatania (Trichoptera: Apataniidae). Entomologica Fennica, 21(1), 1-11.
Wirajana, I. N., Yuliana, D. A., & Ratnayani, K. 2013. Isolasi DNA metagenomik dari tanah hutan
mangrove pantai suwung bali. Jurnal Kimia (Journal of Chemistry), 7(1): 19-24.
Gambar 1. Hasil Visualisasi DNA (A) Marker (B) Hasil Visualisasi
Menggunakan UV-VIS

Lampiran