Nama : Adelia Nurul Aisyah

NIM : 19/439305/PN/15967
No Presensi : 07
Kel/Golongan : 2 / A1
Asisten : Almira Wafa Emma

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ACARA V
VISUALISASI ASAM DEOKSIRIBONUKLEAT (DNA)

I. Tujuan :
1. Memahami dan melakukan teknik pemisahan senyawa dengan metode elektroforesis.
2. Mengetahui cara mengukur fragmen DNA.

II. Metode
Praktikum Biokimia acara V dengan judul “Visualisasi Asam Deoksiribonukleat (DNA)”
dilaksanakan pada hari Senin, 23 Maret 2020 pukul 13.30 WIB hingga 16.00 WIB di
Laboratorium Terpadu Agro Kompleks, Program studi Mikrobiologi, Fakultas Pertanian,
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Alat- alat yang digunakan pada praktikum ini antara
lain mikropipet, mikrotip, kertas parafilm, sisir agarosa, cetakan agarosa, mesin elektroforesis,
dan UV-VIS transilluminator . Bahan – bahan yang digunakan antara lain yaitu sampel DNA,
aquadest, buffer TAE, etidium bromida, loading dye, agarosa, dan DNA marker. Adapun
langkah kerja yang dilakukan yaitu,
 Buffer 10 X TAE diencerkan menjadi buffer 1 X TAE

0,8 gr agarosa dilarutkan dalam 100 mL buffer 1 TAE kemudian dipanaskan

dipanaskan dengan microwave oven atau pemanas lainnya dan semua agarose
dipastikan larut

Larutan ethidium bromide (EtBr) disiapkan dengan mencampurkan 100 uL EtBr

dengan 300 mL akuades

Gel agarose dicetak dengan menggunakan cetakan khusus yang telah dipasangi sisir
(comb)

Setelah memadat, sisir dilepaskan dari cetakannya dan gel beserta cetakannya
dimasukkan ke dalam tangka elektroforesis

Buffer 1 X TAE dituangkan hingga gel terendam

1 μL loading dye disiapkan di atas parafilm dan dicampurkan dengan 3 μL sampel

DNA menggunakan mikropipet

4 μL sampel DNA tersebut dimasukkan ke dalam sumuran gel

Tangki elektroforesis dihubungkan dengan sumber tegangan DC

Dibiarkan hingga DNA bermigrasi

Setelah jarak migrasi dianggap cukup, sumber tegangan dimatikan

Gel agarose (tanpa cetakan) direndam ke dalam larutan ethidium bromide selama 5
menit
 Gel agarose direndam dalam akuades selama 2 menit

Gel agarose diangkat

Dilihat migrasi DNA dari gel agarosa menggunakan UV transiluminator

Jarak migrasi dibandingkan dengan menggunakan marker

III. Hasil dan Pembahasan

DNA merupakan komponen kimia utama kromoson dan merupakan bahan yang
menghasilkan gen. Ia kadang kala dianggap juga menjadi molekul warisan, lantaran DNA
mewariskan sifat-sifat oragnisme induk (Tamimi, 2014). Sebagian besar DNA terletak di inti
sel (di mana ia disebut DNA inti), tetapi sejumlah kecil DNA juga dapat ditemukan di
mitokondria (di mana ia disebut DNA mitokondria atau mtDNA). DNA tersusun atas fosfat,
basa nitrogen, dan gula. Informasi dalam DNA disimpan dalam basa nitrogen sebagai kode
yang terdiri dari empat basis kimia: adenin (A), guanin (G), sitosin (C), dan timin (T). Sifat
DNA yaitu dapat bereplikasi atau membuat salinannya sendiri, serta dapat bermigrasi menuju
kutub positif.

Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan
molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik atau titik isoelektrik dengan
metode pemisahan senyawa berdasarkan kecepatan migrasi dari senyawa yang bermuatan
listrik di bawah pengaruh medan listrik. Prinsip dasar metode ini yaitu DNA, RNA atau
protein bisa dipisahkan oleh medan listrik, pada hal ini molekul-molekul tadi dipisahkan
menurut laju perpindahannya oleh gaya mobilitas listrik di dalam matriks gel (Syamsiah,
2012). Terdapat beberapa tujuan digunakannya elektroforesis yaitu untuk mengetahui ukuran
dan bentuk suatu partikel baik DNA, RNA dan protein ; untuk fraksionasi yang dapat
digunakan untuk mengisolasi masing-masing komponen dari campurannya, mempelajari
fitogenetika, kekerabatan dan mempelajari penyakit yang diturunkan ; dan elektroforesis
dalam bidang genetika, juga dapat digunakan untuk mengetahui ukuran dan jumlah basa yang
dikandung suatu sekuen DNA tertentu (Klug dan Cummings, 1994).

Terdapat beberapa faktor yang mampu mempengaruhi elektroforesis seperti pemilihan

medium, sampel, larutan buffer, serta medan listrik (Harahap, 2018). Terdapat dua medium
yang biasa digunakan dalam elektroforesis yaitu gel agarose dan gel poliakrilamida yang
pastinya memiliki kelemahan dan kelebihan masing-masing, maka dari itu diperlukan
pemilihan medium yang sesuai dengan sampel dan hasil yang diinginkan ; Sampel yang akan
dipisahkan sangat memungkinkan memberi pengaruh laju perpindahan ditinjau dari muatan
yang berbanding lurus dengan laju perpindahan, ukuran, dan bentuk molekul DNA yang
mengikuti pola supercoil > linear > open circular ; Larutan buffer yang harus memiliki
interkasi dengan molekul yang dipisahkan, dan pH yang digunakan menjadi perhatian
sehingga kumpulan molekul dapat dipisahkan satu sama lain tetapi tidak mengalami
perubahan struktur (Harahap, 2018); dan medan listrik yang apabila pada voltase rendah, laju
migrasi DNA linear proporsional dengan voltase yang digunakan.

Pada pengujian elektroforesis DNA Plasmid dilakukan pengenceran buffer terlebih

dahulu. Larutan buffer disini berfungsi untuk mempertahankan pH di dalam medium pemisah
dan berfungsi sebagai media penyedia elektrolit pada proses pergerakan aliran listrik.
Sementara itu pengenceran dilakukan supaya konsentrasi buffer yang digunakan sesuai
dengan yang dibutuhkan oleh sampel (Harahap, 2018). Selanjutnya agarose dilarutkan dalam
buffer tersebut dan dipanaskan agar dapat larut dengan baik (Yuwono, 2017). Setelah agarose
larut, gel agarose dicetak menggunakan cetakan khusus yang telah dipasangi sisir untuk
membuat sumuran dan gel agarose didiamkan dengan maksud agar terjadi polymerase atau
pemadatan gel. Setelah gel memadat, sisir dilepaskan dari cetakan dan gel dimasukkan ke
dalam tangki elektroforesis dan dituang buffer yang sama dengan yang digunakan untuk
membuat agarose hingga gel terendam.

Untuk penyiapan sampel DNA, pada awalnya disiapkan loading dye di atas parafilm
dan dicampurkan dengan sampel DNA sebanyak 3μL menggunakan mikropipet. Loading dye
ini berfungsi untuk memuat pewarna membantu melacak seberapa jauh sampel DNA telah
melakukan perjalanan, dan juga memungkinkan sampel tenggelam ke dalam gel (Lee at al.,
2012). Lalu sampel DNA yang sudah tercampur loading dye dimasukkan ke dalam sumuran
gel yang tadi dibuat. Selanjutnya arus listrik dialirkan, kutub yang sejajar dengan lubang
sampel DNA berupa kutub negatif, sedangkan kutub lainnya positif. Hal tersebut dimaksutkan
karena DNA bermuatan negatif maka DNA akan bergerak ke arah kutub positif (Yuwono,
2017). Setelah jarak migrasi DNA dianggap cukup, sumber tegangan dimatikan dan gel
agarose direndam ke dalam larutan ethidium bromide selama 5 menit dengan tujuan
membantu visualisasi karena EtBr akan berpendar di bawah sinar ultraviolet (Karacan dan
Okay, 2013). Kemudian dilanjutkan dengan merendam gel di dalam akuades selama 2 menit
untuk membersihkan DNA. Lalu DNA dimasukkan ke dalam UV Transiluminator untuk men-
visual-kan DNA setelah di loading atau running dalam DNA elektroforesis. Marker digunakan
untuk membandingkan jarak migrasi.

Pada hasil elektroforesis didapatkan hasil sebagai berikut,

Gambar tersebut menunjukkan bahwa pada sumuran 1 pita memiliki ukuran antara
250-500 bp yaitu sekitar 375 bp, pada sumuran 2 tidak terlihat adanya pita, pada sumuran 3
pita juga memiliki ukuran pada 250-500 bp yaitu sekitar 375 bp, dan pada sumuran 4 pita
terlihat pada ukuran 250 bp. Sementara itu terdapat lebih dari satu pita pada sumuran 5, 6 dan
7. Pada sumuran 5 terdapat tiga pita, pita terkecil yaitu memiliki ukuran 275 bp, lalu pita kedua
memiliki ukuran 750, dan pita ketiga yang paling tebal memiliki ukuran 1,500 bp. Pada
sumuran 6 terdapat empat pita di mana pita ke satu, dua, dan tiga memiliki ukuran yang sama
dengan pita pada sumuran 5 yaitu 275, 750, dan 1,500 bp lalu pita keempat memiliki 2,500
bp. Ketebalan pada sumuran 6 dipegang oleh pita tiga dan empat. Sementara itu, pada sumuran
7, terdapat empat pita yang ukurannya sama persis dengan sumuran 6 yaitu 275, 750, 1500,
dan 2,500 bp dengan pita ketiga sebagai pita yang paling tebal.

Ukuran pita yang berbeda-beda ini menunjukkan pola pita yang unik, perbedaan ini
mengarah pada penggambaran perbedaan genetik sampel (Sinaga et al., 2017). Sementara itu,
terdapatnya lebih dari satu pita terjadi karena DNA tidak murni atau bukan DNA target yang
terlihat. Hal ini sesuai dengan buku yang ditulis Banoon (2018), elektroforesis gel dari plasmid
yang tidak murni akan menunjukkan tiga atau empat pita. Tebal dan tipisnya bentuk pita
dipengaruhi oleh bentuk DNA yang mana bentuk supercoil akan lebih besar dibandingkan
bentuk yang lainnya (Banoon, 2018). Dapat dilihat semua sumuran kecuali nomor 2 terdapat
smear, smear ini menandakan bahwa terdapat molekul lain selain sampel DNA yang ikut
terelektroforesis (Iqbal et al., 2016). Untuk sumuran dua mengapa tidak terdapat smear
ataupun DNA menandakan sampel tersebut negatif atau tidak terdapat sampel (Iqbal et al,
2016).

Terdapat beberapa fungsi mengetahui ilmu DNA sesuai dengan jurusan perikanan
yaitu dapat mengetahui keragaman spesies ikan pada suatu tempat (Hariyanto et al., 2015),
rekayasa genetik seperti penyisipan gen warna agar didapatkan kualitas ikan yang lebih baik
(Hadie et al., 2010), serta perbaikan mutu genetik. Mempelajari ilmu DNA juga dapat
digunakan dalam teknologi ikan transgenik yang memiliki beberapa keunggulan seperti
pertumbuhan cepat, tahan terhadap serangan penyakit, dan tahan terhadap lingkungan yang
cukup ekstrem.
 Daftar Pustaka

Banoon, S. 2018. Agarose Gel Electrophoresis. University of Misan, Iraq.

Hadie, W., E. Kusrini, A.Priyadi, dan A. Alimuddin. 2010. Penyisipan gen warna pada ikan
Carassius auratus menggunakan metode elektroforasi dalam upaya meningkatkan
kualitas ikan hias. Jurnal Riset Akuakultur, 5 (3) : 335-343.

Harahap, M.R. 2018. Elektroforesis: analisis elektronika terhadap biokimia genetika. Jurnal
Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2 (1) : 21-26.

Hariyanto, D.S.T., I. G. N. K. Mahardika, dan N. Wandia. 2015. Keragaman spesies ikan tuna
di pasar Ikan Kedonganan Bali dengan analisis sekuen kontrol daerah mitokondria
DNA. Jurnal Veteriner, 16 (3) : 416-422.

Iqbal, M., I. D. Buwono, dan N. Kurniawati. 2016. Analisis perbandingan metode isolasi DNA
untuk deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada udang vaname (Litopenaeus
vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, 8 (1) : 54-65.

Karacan, P. dan O. Okay. 2013. Ethidium bromide binding to DNA cryogels. Reactive and
Functional Polymers,73 (3) : 442-450.

Klug, W.S. dan M.R. Cummings. 1994. Concept of Genetics. Prentice Hall, Englewood Cliffs.

Lee, P.Y., J. Costumbrado, C.Y. Hsu, dan Y. H. Kim. 2012. Agarose gel electrophoresis for
the separation of DNA fragments. Journal of Visualized Experiments, 62 : 1-5.

Sinaga, A., L. A. P. Putri, dan M. K.Bangun. 2017. Analisis pola pita andaliman (Zanthoxylum
Acanthopodium D.C) berdasarkan primer OPD 03, OPD 20, OPC 07, OPM 20, OPN
09. Jurnal Agroekoteknologi 5 (1) : 55- 64.

Syamsiah, M. 2012. Analisis pola pita protein Cymbidium mosaic virus pada Protocorm likes
bodies anggrek dendrobium Jayakarta dan tanaman anggrek dendrobium menggunakan
metode elektroforesis gel komposit. Jurnal Agroscience, 2 (1) : 77-87.

Tamimi, M. 2014. Tes DNA dalam menetapkan hubungan nasab. Jurnal Hukum Islam, 13 (1)
: 83-98.

Yuwono, T. 2017. Biologi Molekular. Erlangga, Jakarta.

 Lampiran

Gambar 1.

Gambar 1. Hasil visualisasi DNA. (A) marker dan (B) hasil visualisasi menggunakan UV-VIS.
Lajur M merupakan marker sedangkan lajur 1-7 merupakan sampel DNA.