HALAMAN SAMPUL LAPORAN PRAKTIKUM

BIOKIMIA II

Elektroforesis Agarosa

Disusun Oleh:

Nama : Muchammad Ismail

NIM : 17630100

Kelompok : Kelas A

Tanggal : 12 April 2021

Asisten : Hanan Adi Widodo

Dosen Pengampu : Anik Mauatin,M.P

LABORATORIUM BIOKIMIA

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

PRODI KIMIA

2021
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Masalah

Teknik pemisahan dan pemurnian DNA/RNA merupakan teknik yang tidak dapat
dipisahkan dari biologi molekular. Hampir semua penelitian DNA/RNA mesti
melibatkan pemisahan dan pemurnian yang tekniknya cukup beragam. Elektroforesis
adalah salah satu teknik pemisahan paling populer, maka tak heran jika elektroforesis
disebut sebagai pintu gerbang dari berbagai penelitian biologi molekular. Nah,
sekarang ada baiknya kita telusuri dulu teknik-teknik tersebut dari masa ke masa.
pada prinsipnya elektroforesis itu adalah teknik pemisahan campuran molekul yang
didasarkan pada perbedaan muatan listriknya sehingga pergerakan molekul-molekul
tersebut pada suatu fasa diam (stationary phase) dalam sebuah medan listrik akan
berbeda-beda.

Elektroforesis dikatakan sebagai analisis yang ideal untuk memurnikan komponen

protein dari campuran sampel dengan cara penambahan medium yang dapat
mengikat protein selama elektroforesis. Metode terbaik dalam pemurnian protein
dengan tehnik elektroforesis adalah dengan bahan polyacrylamide gel electrophoresis
(PAGE). Gel poliakrilamid merupakan larutan dari akrilamid dan bisakrilamid
(Hames, 1990; Matsudaira, 1993; Davis,et.al, 1994).

Elektroforesis gel agarosa adalah teknik paling baik yang pernah dibuat dan secara
rutin digunakan di laboratorium klinis untuk analisis protein dan DNA pada berbagai
cairan biologis (serum, urin, CSF). Teknik ini merupakan teknik yang menggunakan
prinsip elektroforesis zona. Seperti yang diketahui, molekul protein bermigrasi pada
medium padat/gel yang direndam dengan suatu larutan penyangga di bawah
pengaruh medan listrik. Migrasi ini tergantung pada muatan listrik, titik isoelektrik
bersih dan massa molekul protein (Jean and Francois G., 2010)
 2

1.2 Tujuan

Percobaan ini bertujuan untuk mempelajari analisis pemisahan DNA sampel

dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa dengan pewarnaan etidium bromida.
 BAB II

KAJIAN PUSTAKA

2.1 Dasar Teori

Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan

suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan
ukuran.  Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat ini dalam
percobaan biokimia dan biologi molekuler (Magdeldin, 2012). 

Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi

dan muatan dari protein dan asam nukleat.  Elektroforesis dalam skala besar
memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan
untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap individu
(Fairbanks & Andersen, 1999). 

Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya

melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik.  Elektroforesis gel memisahkan
suatu campuran molekul DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas
molekul DNA dengan panjang yang sama (Campbell dkk, 2002). 

Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA, yaitu:

1.      Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda

oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer.

2.      Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran
besar.

3.  Gel agarose formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem

elektroforesis yang digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran standar

(Davis dkk. 1994).

 4

Biasanya, gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang lebih besar
(lebih dari 200 bp) dan gel poliakrilamida digunakan untuk fragmen kecil (kurang
dari 200 bp). Jarak antara dua fragmen DNA yang berbeda ukuran dapat ditentukan
berdasarkan konsentrasi matriks agarose. Mobilitas/pergerakan DNA relatif
tergantung pada faktor-faktor tertentu, terutama pada konsentrasi agarosa dalam gel,
kekuatan arus yang digunakan, kekuatan ionik dari larutan buffer, dan konformasi
fragmen DNA itu sendiri. Molekul DNA bermigrasi melalui pori-pori kecil yang
terbentuk dalam padatan gel agarosa. Secara umum, molekul yang lebih kecil
bergerak lebih cepat dan bermigrasi lebih jauh dari molekul kecil karena memiliki
gesekan yang lebih rendah saat bergerak menuju elektroda positif. Konsentrasi yang
rendah pada gel agarosa memberikan resolusi yang lebih baik untuk fragmen besar,
dengan memberikan pemisahan yang lebih besar antara band yang secara ukuran
tidak terlalu jauh berbeda. Konsentrasi gel yang lebih tinggi, di sisi lain, dapat
mengurangi kecepatan migrasi fragmen panjang yang sementara itu dapat
memfasilitasi pemisahan yang lebih baik pada fragmen DNA kecil (Lee & Bahaman,
2010).

Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari: 

Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarose.

Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarose.

Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarose.

Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis

(Birren and Lai, 1993).

Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium Bromida  yang

bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut karena Etidium Bromida
dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA sehingga dapat terlihat jelas,
 5

sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai pewarna untuk memantau kecepatan
molekul DNA pada gel (Birren and Lai, 1993).

Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari
produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran, lalu
dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA.  Elektroforesis
dapat diaplikasikan untuk berbagai macam kegiatan, antara lain membandingkan gen
homolog dari spesies yang berbeda, mengetahui susunan sekuens berbagai genom,
DNA finger printing, mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan
genetik atau penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau
jaringan tertentu, mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel
organisme atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu,
mempelajari evolusi di tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam populasi
natural di alam, menentukan atau mengidentifikasi berat molekul fragmen DNA,
RNA, protein dan aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen DNA yang diamplifikasi
melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan perbedaan genetik antar individu, dan
menentukan jumlah fragmen DNA yang diklon dalam rekombinan plasmid DNA
(Russell, 1994; Fairbanks and Andersen, 1999).

Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik
ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik.  Molekul-molekul tersebut akan
bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang
terkandung di dalamnya (Magdeldin, 2012).  Molekul-molekul yang bermuatan
negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-
molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif
(katoda) (Klug and Cummings, 1994).

2.2 Tinjauan Bahan

2.2.1 Etidium Bromida

 6

Pewarnaan DNA juga memegang peranan penting dalam proses elektroforesis gel.

Pewarna yang sering digunakan dalam elektroforesis adalah Ethidium bromide

(EtBr), dimana EtBr akan mengikat pada sela-sela pasangan basa. Dengan demikian

keberadaan EtBr dapat mengurangi mobilitas DNA hingga 15% (Ardhana, 2012).

2.2.2 EDTA

EDTA adalah asam karboksilat poliamino dan berwarna, larut pada air. Kemampuan

EDTA membentuk senyawa kompleks dengan logam berat telah mendorong lahirnya

banyak penelitian seputar adsorpsi logam berat pada EDTA murni dan EDTA

termodifikasi. EDTA bersifat pengkhelat yang dapat mengikat logam berat, sehingga

dapat berfungsi sebagai adsorben terhadap logam berat dalam air limbah Modifikasi

kimia EDTA menjadi bentuk gel dapat meningkatkan kemampuan dan kapasitas

jerapnya terhadap ion logam berat. Hal ini disebabkan karena bentuk gel mempunyai

volume pori yang lebih besar dibandingkan dengan bentuk serpihan. Agar

penggunaan adsorben EDTA lebih efektik maka perlu dilakukan modifikasi EDTA

dengan penambahan alginat untuk meningkatkan kemampuan dan kapasitas jerapnya

terhadap ion logam (Khopkar, 1990).

2.2.3 DNA Marker

DNA marker atau penanda molekuler DNA yang ideal memiliki kriteria sebagai

berikut: a) memiliki tingkat polimorfisme yang sedang sampai tinggi, b) terdistribusi

merata diseluruh genom, c) memberikan resolusi perbedaan genetik yang cukup, d)

pewarisan bersifat kodominan (dapat membedakan kondisi homozigot dan

 7

heterozigot dalam organisme diploid), e) berprilaku netral, f) secara teknik

sederhana, cepat dan murah, g) butuh sedikit jaringan dan DNA sampel, h) berkaitan

erat dengan fenotipe, i) tidak memerlukan informasi tentang genom organisme. j)

data mudah dipertukarkan antar laboratorium (Mondini et al., 2009; Agarwal et al.,

2008; Weising et al., 2005)

2.2.4 Tris-HCL

Larutan Tris-HCl berfungsi sebagai penjaga kestabilan pH dengan kondisi pH yang

optimum (Husniyati, 2012). Agar menjaga struktur DNA selama proses lisis dan

pemurnian

2.2.5 Agarosa

Agarosa adalah polisakarida netral dengan sruktur linear dari ulangan unit
Agarobiosa (agarobiosa), yaitu disakarida yang terdiri dari D-Galaktosa dan 3,6-
anhidro-Lgalaktosa. Agarosa dikenal sebagai fraksi pembentuk gel dari agar karena
sifat yang dihasilkannya mendekati sifat-sifat gel Ideal yaitu mengandung kadar
sulfat yang rendah (<0,7%) Fraksi lain dari agar berupa agaropektin dikenal sebagai
polimer sulfate. Agaropektin adalah polisakarida asam berisi gugus sulfate, asam
pirufat, dan Dglukuronat asam yang terkonjugasi pada agarobiosa (Kun Harismah et
al, 2015). Rasio kedua jenis polimer tersebut bervariasi dan persentase agarose
Berkisar antara 50-90%, Tergantung pada spesies dan metoda produksinya.
(Fransiska & Murdinah, 2007).
 BAB III

METODE PERCOBAAN

3.1 Alat

Alat yang digunakan pada percobaan ini adalah UV Transiluminator, seperangkat

alat elekroforesis berupa gel casting trays, sampel combs, dan chamber elekroforesis,

hot plate stirer, magnetic stirrer, seperangkat alat gelas, pH meter.

3.2 Bahan

Adapun Bahan yang dibutuhkan dalam percobaan ini adalah Agarosa, Asam borat,

Tris-HCl, Loading dye, HCl , Etidium bromide, EDTA, DNA marker, DNA sampel

(hasil isolasi),.

3.3 Cara Kerja

Percobaan ini diawali dengan mempersiapkan electrophoresis chamber dan power

supply. Selanjutnya, gel casting dipersiapkan dan sisir sampel dipersiapkan dan

dijepitkan 2 lapis kaca elektroforesis dengan penjepitnya, diperiksa kebocoran alat

elektroforesis dengan cara mengaliri air perlahanlahan di antara 2 lapis kaca tersebut,

lalu diserap sisa air dengan tisu, dipasang sisir sampel pada salah satu bagian alat

elektroforesis Langkah kedua dibuat larutan penyangga elektroforesis (TBE).

Membuat larutan penyangga Tris-Borate-EDTA (TBE) 5x yang terbuat dari TrisHCl

1 M pH 8,3, asam borat 0,83 M dan EDTA 10 mM. Ditimbang Tris-Base, asam

borat, EDTA dan tambahkan ddH2O. Kemudian imasukkan Tris-HCl, EDTA dan

asam borat ke dalam labu erlenmeyer 500 mL. Dilarutkan Tris-HCl, EDTA dan
 9

asam borat yang sudah ditimbang dengan 450 mL ddH 2O. Selanjutnya, diperiksa pH

larutan dengan pH meter, tambahkan HCl hingga pH 8,3. Ditambahkan ddH 2O

hingga tanda 500 mL (Simpan larutan stok di kulkas). Diencerkan larutan penyangga

TBE 5X hingga konsentrasi TBE 1X 30. Setelah itu, dibuat gel agarosa 1,0% b/v.

dengan ditimbang 0,5 g agarosa dan dimasukkan ke dalam labu erlenmeyer 200 mL

dan dilarutkan ke dalam 50 mL larutan penyangga TBE 1X kemudian panaskan.

Kemudian diletakkan magnetic stirrer di dalam labu tersebut dan letakkan labu itu di

atas hot plate stirrer, diatur hot plate suhu 100 oC dan kecepatan magnetic stirrer 100

rpm. Ditunggu hingga larut sempurna, didiamati dan dinginkan sesaat hingga suhu

50oC. Kemudian ditambahkan 2 µl etidium bromide dengan dituangkan larutan ke

dalam cetakan gel agarosa dengan bagian atas kemudian didiamati hingga membeku.

Diletakkan gel tersebut ke dalam chamber yang telah diisi 5x larutan penyangga TBE

hingga gel terendam. Kemudian dilepaskan sisir dengan hati-hati dan dimasukkan gel

agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang telah diisi dengan larutan penyangga

TBE 5X. Kemudian, dibuat Loading buffer. Dengan igunakan mikropipet untuk

mencampurkan masing-masing 5 µl DNA sampel dan 5 µl marker dengan 1 µl

loading dye (0,25% bromfenol biru dan 40% sukrosa). Dilakukan vortex untuk

menyempurnakan pencampurannya. Lalu, Dilakukan Running dengan cara dipetakan

sampel dan marker di atas kertas. Diinjeksikan sampel dan marker ke dalam sumur

gel elektroforesis dengan mikropipet. Dinyalakan power supply dengan voltase 85 V

selama 45 menit. Setelah elektroforesis selesai, dimatikan alat elektroforesis, dilepas

power supply. Terakhir, dilakukan pengamatan dan perhitungan. dikeluarkan gel dari
 10

tangki dan dipindahkan ke ruang gelap untuk observasi di bawah UV transiluminator.

Diamati dan dokumentasikan hasil elektroforesis. Dihitung bobot molekul sampel.

 BAB IV

HASIL PENELITIAN

4.1 Data iPengamatan

4.1.1 Pembuatan iLarutan iPenyangga iElektroforesis i(TBE)

No Perlakuan Hasil
.

1 ditimbang iTris-HCl i1M i60, i57 diperoleh iTris-HCl i1M i60, i57
igram igram

2 ditimbang iasam iborat i25,67 igram diperoleh iasam iborat i25,67 igram

3 ditimbang iEDTA i1,46 igram diperoleh iEDTA i1,46 igram

4 dimasukkan iTris-HCl, iEDTA idan diperoleh icampuran iTris-HCl,

iasam iborat ike idalam ilabu iEDTA idan iasam iborat idalam
ierlenmeyer i500 imL ilabu ierlenmeyer i500 imL

5 dilarutkan idengan i450 imL iddH2O diperoleh icampuran iTris-HCl,

iEDTA idan iasam iborat ilarut
idalam i450 imL iddH2O

6 dilakukan ipengukuran ipH idengan diperoleh ipH ibelum isesuai

ipH imeter

7 ditambahkan iHCl ihingga ipH isesuai diperoleh ipH ilarutan i8,3 i

11
 12
Continued
8 ditambahkan iddH2O ihingga itanda diperoleh ilarutan icampuran i500
i500 imL imL

9 diencerkan ilarutan ipenyangga iTBE diperoleh ilarutan ipenyangga iTBE

i5x ihingga ikonsentrasi iTBE i1x. ikonsentrasi i1x

4.1.2 Pembuatan iGel iAgarose i1,0% ib/v

No Perlakuan Hasil

1 ditimbang i0,5 igram iagarose diperoleh i0,5 igram iagarosa

2 dimasukkan ike idalam ilabu diperoleh i0,5 igram iagarosa

ierlenmeyer i200 imL idalam ilabu ierlenmeyer i200 imL

3 dilarutkan ike idalam i50 imL ilarutan diperoleh ilarutan iagarose idalam
ipenyangga iTBE i1x iErlenmeyer i200 imL

4 diletakkan imagnetic istirrer idi idalam diperoleh ilabu ierlemmeyer iberisi

ilabu idan iletakkan ilabu iitu idi iatas ilarutan iagarosa idan imagnetic
ihot iplate istirrer i istirrer idiatas ihot iplate istirrer

5 diatur ihot iplate isuhu i100oC idan diperoleh ilarutan iagarosalarut

ikecepatan imagnetic istirrer i100 irpm isempurna

6 diamati idan idinginkan isesaat ihingga diperoleh ilarutan iagarose

isuhu i50oC imengalami ipenurunan isuhu
 13
Continued
7 ditambahkan i2 iμl ietidium ibromida diperoleh ilarutan iagarose
ibercampur idengan ietidium
ibromide

8 dituangkan ilarutan ike idalam icetakan diperoleh iagarosa imembentuk igel

igel iagarosa idengan ibagian iatas idan ilunak idan iterjadi ipoimerisasi
idiamati ihingga imembeku iagarosa

9 diletakkan igel itersebut ike idalam diperoleh igel itertutup idengan

ichamber iyang itelah idiisi i5x ilarutan ilarutan ipenyangga iTBE
ipenyangga iTBE ihingga igel
iterendam

10 dilepaskan isisir idengan ihati-hati diperoleh isisir iterlepas idari igel

iagarose

11 dimasukkan igel iagarosa ike idalam diperoleh itangki ielektroforesis

itangki ielektroforesis iyang itelah iberisi igel iagarose idan isumur
idiisi idengan ilarutan ipenyangga iterisi ilarutan ipenyangga iTBE i5x
iTBE i5x

4.1.3 Loading iBuffer

No Perlakuan Hasil

1 dicampurkan i5 iμl iDNA isampel idan diperoleh ilarutan ibuffer iloading

i5 iμl imarker idengan i1 iμl iloading iberwarna ibiru
idye i(0,25% ibromfenol ibiru idan
i40% isukrosa)

2 dilakukan ivortex diperoleh ipencampuran ilarutan

iyang isempurna
 14
Continued

4.1.4 Running

No Perlakuan Hasil

1 dipetakan isampel idan imarker idi iatas diperoleh isampel idan imarker
ikertas iterpetakan idiatas ikertas

2 diinjeksikan isampel idan imarker ike diperoleh isampel idan imarker

idalam isumur igel ielektroforesis itenggelam ike idasar isumur
idengan imikropipet

3 dinyalakan ipower isupply idengan diperoleh igelembung idi idalam

ivoltase i85 iV iselama i45 imenit. ielectrode idan iterjadi ipergerakan
iDNA ike ianoda

4 dimatikan ialat ielektroforesis, ilepas diperoleh ialat ielektroforesis imati

ipower isupply idan iterdapat iarus iatau iarah
ipergerakan iDNA

4.1.5 Pengamatan i

No Perlakuan Hasil

1 dikeluarkan gel dari tangki dan diperoleh gel hasil elektroforesis

pindahkan ke ruang gelap untuk
observasi di bawah UV transiluminator

2 diamati dan dokumentasikan hasil diperoleh hasil visualisasi DNA

elektroforesis (etidium bromida)
 15
Continued
4.1 Pembahasan

Secara singkat, elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul selular

berdasarkan ukurannya, dengan menggunakan medan listrik yang dialirkan pada
suatu medium yang mengandung sampel yang dipisahkan. Teknik ini dapat
digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul,
misalnya DNA yang bermuatan negatif (Yuwono, 2005).

Prinsip kerjanya adalah jika molekul yang bermuatan negatif (DNA) dilewatkan
melalui suatu medium, misalnya gel agarose, kemudian dialiri arus listrik dari satu
kutub ke kutub yang berlawanan muatannya (positif), maka molekul tersebut akan
bergerak dari kutub negatif ke kutub positif (Elektroforesis) melalui membran
matriks gel agarose tersebut (Yuwono, 2005).

Adapun bahan bahan yang ditambahkan saat percobaan berlangsung memiliki fungsi
sebagaimana berikut, Penambahan running buffer dilakukan dengan tujuan
mempermudah pengerasan gel saat dilakukan pemanasan (Gardner dkk, 1991).
mencampurkan DNA dengan loading buffer yang memiliki fungsi membantu sampel
turun ke dalam well dan membantu memonitor berapa lama proses elektroforesis
telah berlangsung karena memiliki pewarna bromofenol biru (Magdeldin, 2012).
Marker berfungsi sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA hasil ampifikasi. 
Marker DNA yang terdapat di dalam ruang elektroforesis berfungsi sebagai penanda
posisi pasangan basa dari molekul DNA yang bermigrasi.  Marker-marker DNA
tersebut merupakan marker yang telah dibuat oleh pabrik sehingga tanda pasangan
basanya jelas. Salah satu contoh marker DNA adalah lambda HindIII.  Marker
tersebut memiliki delapan fragmen DNA dengan kisaran 125 pb hingga 23.130 pb
(Birren and Lai, 1993; Martin, 1996). Kecepatan migrasi DNA sangat dipengaruhi
oleh tegangan listrik dan arus listrik yang di berikan oleh power supply ke tangki
elektroforesis. Fragmen DNA yang besar akan bergerak lebih cepat dibandingkan
dengan fragmen DNA yang kecil (Magdeldin, 2012).

Pada hasil praktikum ini terlihat bahwa pita fragmen DNA yang tersinari UV
menunjukkan adanya pergerakan atau migrasi, terlihat migrasi dari marker DNA
 16
Continued
pada sisi gel agaros ditunjukkan dengan adanya pita yang tajam pada semua
fragmenm terlihat pada pita fragmen DNA yang tersinari UV bahwa adanya migrasi
dari marker DNA pada sisi gel agarosa. Hasil pengamatan dilakukan pada kelima
sampel diperoleh amplifikasi ukuran pergeseran pita sebesar 100 bp hingga 3 Kb.
Pada sampel 1 dan 5 menghasilkan masing-masing pergeseran pita sebesar 765 bp,
sedangakan pada sampel 2 menghasilkan pergeseran pita sebesar 880 bp, dan pada
sampel 3 dan 4 menghasilkan masing-masing pergeseran pita sebesar 1022 bp,
dimana pergeseran pita DNA tersebut dapat menunjukkan kualitas dari karakteristik
genetik sampel yang dianalisis.
 BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Pada percobaan ini dapat disimpulkan bahwa memisahkan DNA pada suatu sampel
dapat dilakukan dengan metode elektroforesis gel agarosem dimana molekul yang
telah berpindah kebagian ujung gel sudah dapat dibaca hasil elektoroforesisnya
dengan etidium bromide yang berfungsi sebagai pewarna

17
18
 DAFTAR PUSTAKA

Biosciences, Amersham. 1999. Protein Electrophoresis. Amersham Biosciences :

USA.
Birren, B., E. Lai. 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide. Academic
Press, Inc., San Diego.

Boffey, S. A. (1984). Isolation of high molecular weight DNA, in Methods in

Molecular Biology, vol. 2: Nucleic Acids (Walker, J. M., ed.), Humana, Totowa, NJ.

Campbell, N.A., J. B. Reece & L. G. Mitchell. 2002. BIOLOGI. Ed ke-5. Erlangga :

Jakarta.

Davis, L., M. Kuehl, & J. Battey. 1994. Basic methods: Molecular biology 2nd ed.
Appleton & Lange, Norwola.

Fairbanks, D.J., W.R. Andersen. 1999. Genetics: The continuity of life. Brooks/Cole

Publishing Company, New York.

Gardner, E.J., M.J. Simmons, & D.P Snustad. 1991. Principles of genetics 8th ed.
John Wiley & Sons Inc., New York.

Jean, Francois Giot. 2010. Agarose Gel Electrophoresis – Aplications in Clinical

Chemistry. Journal of Medical Biochemistry 2010; 29 (1).

Klug, W.S., M.R. Cummings. 1994. Concept of genetics 4th ed. Merrill Publishing

Co. : Columbus, Ohio.

Lee, S.V., Bahaman, A.R. 2010. Modified gel preparation for distinct DNA fragment
analysis in agarose gel electrophoresis. Tropical Biomedicine 27(2): 351-354 (2010).

Lisdiyanti. 1997. Polymerase Chain Reaction: Cara Mudah Memperbanyak DNA.

Warta Biotek : Bogor.

Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech

Publisher : Rijeka, Croatia.

19
 20

Martin, R. 1996. Gel electrophoresis: Nucleid acids. Bros Scientific Publishers Ltd.,

Oxford.

Russell, P.J. 1994. Fundamentals of genetics. Harper Collins College Publishers,

New York.

Tarigan, Simson. 2011. Penggunaan Polymerase Chain Reaction Enzyme Linked

Oligonucelotide Sorbent Assay (PCR-ELOSA) untuk Deteksi Agen
Penyakit. WARTAZOA Vol. 21, No.1, Th.2011.

Wolfe, S. L. 1995. Introduction to cell and molecular biology. Wardworth Publishing

Company, Belmont.

Wijaya. S.K.S & Rohman, L. 2005. Fraksinasi dan Karakterisasi protein Utama Biji
Kedelai.Fakultas MIPA Universitas Jember

Hadioetomo, R.S. 1993. Mikrobiologi Dasar dalam Praktek. Jakarta: UI Press

Bachrudin. Z. 1999.  Petunjuk Laboratorium: Isolasi, Identifikasi, dan Pewarnaan

Protein. PAU Bioteknologi: UGM Yogyakarta.

Hames, B.D & Rickwood.1990.  A Practical Approach: Gel elektrophoresis protein.

Huntington: Robert E Krieger Publishing Company

Matsudaira, P. 1993. A Practical Guide to Protein and Peptide Purification for

Microsequencing. 2nd Ed. California: Academic Press. Inc
 21

LAMPIRAN-LAMPIRAN

Diagram Alir

 Gel Casting dan sisir

Persiapan gel casting dan

sisir sampel
disiapkan dan dijepitk 2 lapis kaca elektroforesis dengan penjepit

diperiksa kebocoran alat elektroforesis dengan cara mengaliri air perlahan-lahan

di antara 2 lapis kaca tersebut

diserap sisa air dengan tisu

dipasang sisir sampel pada salah satu bagian alat elektroforesis

Hasil

 Larutan Buffer TBE

TrisHCl 1 M pH 8,3 ,
asam borat 0,83 M dan
EDTA 10 mM

ditimbang Tris-HCl, asam borat, EDTA dan ditambahkan ddH2O.

dimasukkan Tris-HCl, EDTA dan asam borat ke dalam labu erlenmeyer 500 mL.
dilarutkan Tris-HCl, EDTA dan asam borat yang sudah ditimbang dengan 450
mL ddH2O.
diperiksa pH larutan menggunakan pH meter.
ditambahkan HCl hingga pH 8,3.
ditambahkan ddH2O hingga tanda 500 mL (disimpan larutan stok didalam lemari
pendingin).
diencerkan larutan penyangga TBE 5X hingga konsentrasi TBE 1X 30.

Hasil

 Gel Agarosa 1 %
 22

Agarosa

ditimbang 0,5 g agarosa

dimasukkan ke dalam labu erlenmeyer 200 mL
dilarutkan ke dalam 50 mL larutan penyangga TBE 1X
dipanaskan dan diletakkan magnetic stirrer dalam labu erlenmeyer
diletakkan labu erlenmeyer di atas hot plate stirrer.
diatur hot plate suhu 100oC pada kecepatan magnetic stirrer 100 rpm.
ditunggu hingga larut sempurna.
didiamati dan dinginkan sesaat hingga suhu 50oC.
ditambahkan 2 µl etidium bromide.
dituangkan larutan ke dalam cetakan gel agarosa pada bagian atas.
didiamati hingga membeku.
diletakkan gel tersebut ke dalam chamber yang telah diisi 5x larutan penyangga
TBE hingga gel terendam.
dilepaskan sisir dengan hati-hati.
dimasukkan gel agarosa ke dalam tangki elektroforesis yang telah diisi dengan
larutan penyangga TBE 5X

Hasil

 Loading Dye

Bromfenol biru 0,25% dan

sukrosa 40

digunakan mikropipet untuk mencampurkan masing-masing 5 µl DNA sampel

dan 5 µl marker dengan 1 µl loading dye (Bromfenol biru 0,25% dan sukrosa
40%).

dilakukan vortex untuk menyempurnakan pencampurannya.

Hasil