“Analisis DNA Secara Kualitatif (Elektroforesis)”

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

Oleh:
Nama : Amrina Rosyadah
NIM : 190210103088
Kelas :B

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS JEMBER
2022
 BAB 1 PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA menjadi salah satu kajian materi dalam biologi molekuler banyak
membahas mengenai DNA. DNA mengandung materi genetik yang memiliki
semua informasi yang dibutuhkan demi berjalannya proses metabolisme dalam
setiap organisme. DNA tersusun atas basa nitrogen, gula, dan fosfat. Isolasi DNA
merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. DNA dapat diisolasi
dari sel tanaman, hewan, manusia, maupun bakteri. Isolasi DNA digunakan untuk
berbagai macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui
elektroforesis, dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein, lemak, dan karbohidrat. Melalui isolasi DNA kita dapat memperoleh
DNA murni, yaitu tanpa protein maupun RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Keberhasilan proses isolasi DNA dapat diukur melalui beberapa proses, di
antaranya adalah melalui pengecekan keberadaan band DNA dengan metode
elektroforesis (Sundari & Priadi, 2020).
Prinsip dasar elektroforesis adalah pergerakan molekul bermuatan atau ion
melalui medium semi-solid di bawah pengaruh suatu medan listrik.
Elektroforesis dapat digunakan untuk mengetahui ukuran DNA dengan
menggunakan DNA marker yang sudah diketahui ukurannya. DNA marker ini
berfungsi sebagai pembanding sehingga bisa diketahui perkiraan ukuran DNA
sampel. Jika molekul yang bermuatan negatif (DNA) dilewatkan melalui gel
agarosa, kemudian dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan
muatannya, maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif, sehingga elektroforesis dapat memisahkan DNA berdasarkan ukuran
panjangnya (Sundari & Priadi, 2020). Adapun melalui praktikum ini, akan
dijelaskan terkait analisis DNA secara kualitatif melalhi elektroforesis.
1.2 Rumusan Masalah
1.2.1 Apa pengertian dan prinsip analisis DNA Secara Kualitatif melalui
Elektroforesis?
1.2.2 Apa fungsi dari elektroforesis
1.2.3 Bagaimana penerapan dari elektroforesis
1.2.4. Apa saja bahan elektroforesis beserta contohnya
1.2.5 Apa saja faktor faktor yang mempengaruhi elektroforesis?

1.3 Tujuan
1.3.1 Mengetahui pengertian dan prinsip analisis DNA secara kualitatif
melalui elektroforesis
1.3.2 Mengetahui fungsi dari elektroforesis
1.3.3 Mengetahui penerapan dari elektroforesis
1.3.4 Mengetahui bahan yang digunakan dalam elektroforesis
1.3.5 Mengetahui faktor apa saja yang mempengaruhi elektroforesis
 BAB 2 METODE

2.1 Alat dan Bahan

2.1.1 Alat:
a. mikropipet
b. adaptor
c. elektroforesis chamber
2.1.1 Bahan:
a. reagen-reagen
b. sampel DNA yang sudah di PCR

2.2 Langkah Kerja

Menyiapkan alat dan bahan berupa reagen-reagen, mikropipet, adaptor,

elektroforesis chamber (dengan katup hitam: bermuatan negatif; katup merah:
bermuatan posistif), dan sampel DNA yang sudah di PCR

Meletakkan gel yang telah disediakan ke chamber, dimana lubang yang ada di
dalam gel harus diletakkan lebih dekat ke kutup negatif

Menambahkan cairan/larutan TBE sampai pada batas maksimum atau setara

dengan gel

Menyiapkan sampel yang sudah di pcr

 Mengambil sampel menggunakan mikropipet, sesuai kebutuhan

Memasukkan sampel yang telah diambil dengan mikropipet dengan hati-hati ke

dalam lubang yang terdapat pada gel, diusahakann jangan sampai menusuk gel
agar tidak terjadi kebocoran sampel

Menutup chamber dengan penutupnya beserta kabel-kabel nya , dan menyalakan

adaptor

Memasangkan kabel seuai dengan warna

Mengatur tegangan dan waktu, didalam vide menggunakan tegangan 100 volt
dan waktu 60 menit

Munculnya buih atau busa menandakan arus listrik sudah berjalan di chamber
 DNA yang ada di lubang akan berjalan ke kutup positif sampai mendekati akhir
gel yang sudah ditaruh, apabila sudah mendekati akhir gel, arus listrik dimatikan
dan siap diamati

BAB 3 HASIL DAN PEMBAHASAN

Tabel Hasil

Gambar Keterangan

a. Kabel
b. Adaptor
c. Katup warna hitam (negatif)
d. Katup warna merah (positif)
e. Cairan TBE
f. Gel
g. Lubang gel berisi sampel DNA

Pembahasan

Elektroforesis merupakan suatu proses dalam analisis kualitatif DNA dimana

partikel bergerak secara tersebar sebanding dengan fluida dan berada di bawah
pengaruh medan listrik yang seragam. Elektroforesis dengan partikel bermuatan positif
(kation) dapat disebut sebagai kataforis, sedangkan elektroforesis dengan partikel
bermuatan negatif (anion) disebut sebagai anaphoresis (Gummadi & Kandula, 2020).
Proses elektroforesis memanfaatkan teknologi untuk memisahkan molekul mikro
seperti asam amino dari DNA. Terpisahnya molekul tersebut dikarenakan massa,
muatan, dan ukuran, dimana partikel membran dalam DNA yang berukuran lebih kecil
dapat berjalan dengan lebih cepat, begitupun sebaliknya. Hal ini dibutuhkan dalam
proses elektroforesis untuk sekuensing DNA dan fingerprinting (Cai, 2020). Prinsip
Elektroforesis didasarkan pada perpindahan partikel di bawah pengaruh medan listrik
dan merupakan metode yang signifikan dalam analisis biomolekul. Saat ini, campuran
protein dan DNA kompleks sebagian besar dipisahkan berdasarkan ukuran dalam
kombinasi dengan muatan menggunakan metode elektroforesis berbasis gel, misalnya
: gel agarosa atau poliacrilamida (Heinsohn et al, 2022).
Teknik yang digunakan untuk memisahkan molekul dalam matriks yang
diberikan medan listrik merupakan pengertian dari elektroforesis menurut Maftuchah.,
et al (2014: 193). Elektroforesis gel misalnya yang dilakukan pada matriks gel sehingga
molekul dengan muatan listrik yang sama dapat dipisahkan berdasarkan ukurannya.
Elektroforesis gel sendiri terbagi menjadi 2 yaitu elektroforesis gel agarosa dan
poliacrilamida. Elektroforesis gel agarosa menggunakan suatu matriks yang
merupakan bentuk murni agarosa yang digunakan untuk memisahkan DNA ukuran
lebih besar dan molekul RNA berkisar 20.000 nukleotida sedangkan elektroforesis gel
poliakrilamida menggunakan suatu matriks terdiri dari polimer sintetis. Gel agarosa ini
merupakan salah satu polisakarida linier yang terdiri atas unit agarobiosa berulang
dengan sifat fisikokimia yang dimilikinya menguntungkan (Sarkozy dan Guttman,
2022 : 1).
Elektroforesis berfungsi untuk memisahkan molekul seperti asam amino dari
DNA berdasarkan massa, muatan dan ukurannya. Selain untuk pemisahan,
elektroforesis ini juga berfungsi untuk identifikasi dan pemurnian fragmen DNA (Cai,
2020). Penerapan elektroforesis dalam berbagai aplikasi membuat jenis teknik
elektroforesis gel agarosa menjadi teknik yang sangat penting meskipun banyak
bermunculan teknologi sekuensing pada generasi berikutnya yang memiliki potensi
untuk menggantikan penggunaan gel agarosa, tetapi kemudahan serta keserbagunaan
dari teknik elektroforesis gel agarosa ini memungkinkan akan bertahan di masa
mendatang. Beberapa penerapan teknik elektroforesis meliputi pemisahan fragmen
DNA untuk sidik jari dalam menyelidiki TKP serta analisis gen yang terkait dengan
penyakit tertentu, selain itu juga dapat diterapkan untuk membedakan spesies yang
berbeda dalam pembuatan profil DNA dalam studi taksonomi, studi struktur dan fungsi
protein, analisis resistensi antibiotik, dan kesamaan genetik di antara populasi atau
spesies. Hal tersebut sangat tergantung pada spesifisitas setiap aplikasi. Dalam
aplikasi klinik, elektroforesis dapat digunakan untuk mendeteksi pengotor dan
konsentrasi antibiotik serta vaksin, juga untuk menentukan dosis antibiotik secara lebih
akurat. Teknik elektroforesis juga digunakan dalam industri seperti ilmu makanan dan
pertambangan. Sebagian besar komponen makanan dapat diperiksa dengan teknik ini,
terutama protein, ion, asam organik, gula, dan berbagai bahan kimia tumbuhan. Dalam
mikrobiologi, elektroforesis gel digunakan untuk memisahkan serta mengatur DNA
dan RNA sehingga memudahkan untuk mempelajarinya pada tingkat molekuler.
Dalam virologi, digunakan untuk menilai diagnosis beberapa jenis virus. Dan dalam
biokimia, elektroforesis bekerja dengan komponen seluler terutama protein dan asam
nukleat (Syaifudin, 2021).
Keunggulan dari penggunaan elektroforesis gel agarosa yakni dapat disimpan
dalam bentuk visualisasinya untuk selanjutnya, kemudian tidak beracun atau
mengandung toksik, mudah dicetak, dan juga cepat dijalankan. Adapun kekurangannya
yakni membutuhkan biaya yang tidak sedikit dan juga tidak bisa mencapai pemisahan
biomolekul yang sangat kecil karena pori gel agarosa memiliki ukuran yang lebih besar
dibandingkan dengan ukuran protein yang kecil sekali tadi (Hassan, 2020 : 34).
Teknik pada elektroforesis memiliki faktor-faktor yang mempengaruhi
keberhasilan dalam penggunaanya. Adapun beberapa faktor ini dapat menentukan
keberhasilan dari teknik elektroforesis ini, yakni ada pengaruh sampel, elektroforesis
zona, buffer, larutan penyangga, dan juga medan listrik. Adapun larutan sampel dapat
mempengaruhi keberhasilan elektroforesis dikarenakan larutan sampel itulah yang
akan mempengaruhi kecepatan migrasi muatan, ukuran dan juga bentuk molekul zat.
Faktor yang kedua yakni elektroforesis zona. Ada 2 jenis elektroforesis, yakni free
boundary dan juga elektroforesis zona. Pada elektroforesis zona terdapat pita protein
yang lebih stabil dengan menggunakan pemisahan pada medium penyangga seperti
kertas selulosa asetat, gel pati, gel agarosa, dan gel poliakrilamid. Karena hal inilah
perbedaan dari medium penyangga pada elektroforesis zona akan mempengaruhi
keberhasilan elektroforesis. Konsentrasi gel juga mempengaruhi keberhasilan
elektroforesis, tidak boleh terlalu pada dan juga terlalu cair Gel pati biasanya 9%-14%,
Gel poliakrilamid biasanya 7,5%-10%, dan Gel agarose biasanya 0,8%-1.2%. Faktor
selanjutnya yakni ada buffer. Buffer yang bertujuan untuk mempertahankan pH dalam
reservoir dan juga media penyangga dan juga sebagai elektrolit pembawa aliran listrik.
Buffer mempengaruhi elektroforesis karena ketika pH yang digunakan dalam
elektroforesis tidak tepat, maka campuran molekul tidak dapat terpisah satu sama lain
atau dapat terjadi denaturasi. Faktor selanjutnya yakni larutan penyangga. Larutan
penyangga ini berpengaruh pada keberhasilan elektroforesis sebab ia akan berinteraksi
dengan medium dan juga berinteraksi dengan senyawa yang diteliti, apabila pemilihan
larutan penyangga tidak sesuai, maka bisa menyebabkan daya ionic yang tidak sesuai,
ketika daya ionic terlalu rendah maka pergerakan molekul akan cepat dan produksi
panas juga akan rendah. Sedangkan ketika daya ionic terlalu tinggi, maka dapat
menimbulkan panas yang tinggi dan pergerakan molekul berada pada jarak yang
pendek. Faktor selanjutnya yakni ada medan listrik. Pemanasan yang berlebih akan
dapat menyebabkan senyawa-senyawa yang dielektroforesis mengalami denaturasi
(Bintang, et.al, 2020 : 106-107). Pada teknik elektroforesis ini juga diperhatikan ukuran
gel yang digunakan, misalnya pada gel poliakrilamida yang dapat menyesuaikan
ukuran gelnya sehingga dapat menggunakan mini gel, midi gel, dan juga gel pada
peralatan sekuensing sesuai dengan jumlah gel yang digunakan. Hal ini akhirnya pada
penelitian Kumar, et.al. (2018) telah dilakukan resolusi SSR yang dapat
memperlihatkan atau sebagai penanda gel sekuensing pada teknik elektroforesis
dengan menggunakan aloe vera (Kumar, et.al, 2018 : 622).
Dalam melakukan proses elektroforesis, diperlukan bahan-bahan yang
digunakan, seperti sampel DNA, DNA marker, gel agarose, dan buffer (TBE). Sampel
DNA berfungsi sebagai DNA yang akan diuji Elektroforesis. Marker DNA atau DNA
marker merupakan segmen DNA spesifik yg telah diketahui ukurannya, marker DNA
yang terdapat di dalam ruang elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi pasangan
basa dari molekul DNA yang bermigrasi, sehingga memudahkan pembacaan ukuran
DNA sample. Gel agarose digunakan untuk mendeteksi kompleks kompleks Antigen
antibodi dan untuk analisis molekul DNA molekul protein. menurut Green, et al.,
(2019) Gel agarosa memiliki daya pisah yang lebih rendah daripada gel poliakrilamida,
tetapi memiliki jangkauan yang lebih luas dari pemisahan. DNA dengan panjang 50 bp
hingga beberapa megabasa dapat dipisahkan pada gel agarosa dari berbagai konsentrasi
dan konfigurasi. Fragmen DNA kecil (50-20.000 bp) paling baik diselesaikan dalam
gel agarosa berjalan dalam konfigurasi horizontal dalam medan listrik dengan kekuatan
dan arah yang konstan. Sedangkan menurut Harahap (2018) merupakan metode standar
untuk mengidentifikasi serta memurnikan fragmen-fragmen Deoxyribonucleic Acid
(DNA) dan Ribose Nucleic Acid. Senyawaan tersebut merupakan pembawa genetika
pada makhluk hidup-dilakukan pada medan listrik horizontal. Kelebihan dari gel ini
lebih mudah, sederhana dan laju pemisahannya lebih cepat membentuk fragmen-
fragmen dan tidak bersifat toksik. Hanya saja kelemahannya gel ini memiliki
sensitifitas tinggi dan mudah rusak sehingga memerlukan ketelitian dan kehati-hatian
pada proses pengerjaannya. .TBE digunakan sebagai buffer elektroforesis dikarenakan
memiliki kapasitas transferring yang tinggi pada titik isoelektriknya. Fungsi dari Buffer
(TBE) ini, yaitu untuk mempertahankan keseimbangan ion h+ dan oh- yg dialirkan oleh
elektroda. Menurut Green, et al., (2020) yang menyebutkan bahwa Gel poliakrilamida
dituangkan dan dijalankan dalam 0,5× atau 1× TBE pada tegangan rendah (1–8 V/cm)
untuk mencegah denaturasi fragmen kecil DNA dengan pemanasan Joulic. Terdapat
buffer elektroforesis lain seperti 1× TAE yang dapat digunakan, tetapi tidak sebaik
TBE. Gel harus dijalankan lebih lambat dalam 1× TAE, yang tidak memberikan banyak
buffering kapasitas sebagai TBE. Untuk elektroforesis berjalan lebih dari 8 jam, maka
lebih disarankan untuk menggunakan buffer 1× TBE untuk memastikan bahwa
kapasitas buffering yang memadai tersedia sepanjang proses.
 BAB 4 PENUTUP

4.1 Kesimpulan
a) Analisis DNA dapat dilakukan secara kualitatif melalui proses elektroforesis,
yaitu suatu cara untuk memisahkan fraksi suatu zat berdasarkan migrasi partikel
bermuatan atau ion makromolekul di bawah pengaruh medan listrik. Prinsip
Elektroforesis didasarkan pada perpindahan partikel di bawah pengaruh medan
listrik dan merupakan metode yang signifikan dalam analisis biomolekul.
b) Fungsi dari elektroforesis yaitu untuk yaitu untuk memisahkan molekul asam
amno dari DNA berdasarkan massa, muatan, dan ukurannya.
c) Teknik elektroforesis dalam analisis DNA banyak berperan untuk
fingerprinting dalam kasus penyelidikan TKP, analisis gen terkait penyakit
tertentu, dan pembuatan profil DNA untuk membedakan taksonomi makhluk
hidup dan kesamaan genetik, serta masih banyak lagi peran elektroforesis
dalam berbagai bidang.
d) Bahan yang diperlukan untuk elektroforesis diantaranya : sampel DNA, DNA
marker, gel agarosa, dan buffer (TBE).
e) Faktor yang menentukan keberhasilan elektroforesis diantaranya : pengaruh
sampel, zona elektroforesis, buffer, larutan penyangga, dan medan listrik

4.2 Saran
Saran dari praktikum acara 2 ini, yaitu :
a) Praktikan perlu mempersiapkan wawasan sebagai pengetahuan awal sebelum
melasanakan praktikum
b) Asistan perlu menambahkan visualisasi berupa video terkait demonstrasi alat
dan bahan laboratorium bioteknologi agar praktikan dapat mengetahui bagian
bagian serta prosedur pengerjaannya.
 DAFTAR PUSTAKA
Bintang, D. M., Rahmawati, F., Safira, U. M., Si, S., Andrianto, D., & Bintang, D. M.
2020. Biokimia Fisik. PT Penerbit IPB Press.
Cai, Y. (2020). Analysis on Gel Electrophoresis in Biology. In E3S Web of
Conferences (Vol. 145, p. 01009). EDP Sciences.
Gummadi, S., & Kandula, N. (2020). A Review on Electrophoresis, Capillary
Electrophoresis, and Hyphenations. International Journal of Pharmaceutical
Sciences and Research, 11(12), 6038-56.
Green, M. R., & Sambrook, J. (2019). Analysis of DNA by agarose gel electrophoresis.
Cold Spring Harbor Protocols, 2019(1), pdb-top100388.
Green, M. R., & Sambrook, J. (2020). Polyacrylamide gel electrophoresis. Cold Spring
Harbor Protocols, 2020(12), pdb-prot100412.
Hassan, S. U. 2020. Microchip Electrophoresis. Encyclopedia, 1(1), 30-41.
Harahap, M. R. (2018). Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia
genetika. CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1).
Heinsohn, N. K., Niedl, R. R., Anielski, A., Lisdat, F., & Beta, C. (2022).
Electrophoretic µPAD for Purification and Analysis of DNA
Samples. Biosensors, 12(2), 62.
Kumar, R., Salar, R. K., Kumar, A., Kumar, A., & Chhokar, V. 2018. A low cost, high
throughput gel electrophoresis method for separation of SSR markers in Aloe
vera. The Pharma Innovation Journal, 7(3), 622-627.
Maftuchah., A.Winaya., A.Zainudin. (2014). Teknik Dasar Analisis Biologi
Molekuler. Yogyakarta; Deepublish
Sarkozy, D., & Guttman, A. 2022. Capillary Sodium Dodecyl Sulfate Agarose Gel
Electrophoresis of Proteins. Gels, 8(2), 67.
Syaifudin, M. (2021). Gel electrophoresis: The applications and its improvement with
nuclear technology. In AIP Conference Proceedings (Vol. 2331, No. 1, p.
050008). AIP Publishing LLC.
Sundari, S., & Priadi, B. (2020). Teknik Isolasi dan Elektroforesis DNA Ikan TAPAH.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur, 17(2), 87-90.
LAMPIRAN