LAPORAN TETAP

ACARA VII

I. Judul : Pengukuran Konsentrasi DNA Secara Kualitatif

II. Tujuan : Untuk mengindentifikasi ada atau tidaknya DNA

III. Prinsip Dasar

Analisis DNA dapat dilakukan dengan cara elektroforesis. Elektroforesis
merupakan proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik.
Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan,
bentuk dan ukuran. Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk
separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat). Posisi molekul yang
terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi,
ataupun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer. Elektroforesis biasanya
memerlukan media penyangga sebagai tempat bemigrasinya molekul-mulekul
biologi. Media penyangganya bermacam-macam tergantung pada tujuan dan
bahan yang akan dianalisa (Karuwal, 2021).
Media penyangga yang sering dipakai dalam elektroforesis antara lain
yaitu kertas, selulose, asetat dan gel. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan
matriks penyangga yang umum dan banyak dipakai untuk separasi protein dan
asam nukleat. Penggunaan elektroforesis dengan gel poliakrilamida menggunakan
persentase gel yang berbeda untuk memiliki karakteristik migrasi yang berbeda
dari pola RNA sirkular. Single-hit nicking atau pembelahan RNase H yang
ditargetkan harus mengubah pita lingkaran menjadi spesies linier tunggal dengan
mobilitas elektroforetik yang diharapkan (Lasda dan Roy, 2019).
Kegunaan dari elektroforesis ini yaitu menentukan berat
molekul,mendeteksi terjadinya pemalsuan bahan, mendeteksi terjadinya
kerusakan bahan seperti protein dalam pengolahan dan penyimpanan, digunakan
untuk memisahkan molekul yang berbeda secara kualitatif dan
kuantitatif,menetapkan titik isoelektrik (untuk analisis protein), dan berguna
untukidentifikasi serta klasifikasi. Hasil elektroforesis akan didapatkan pita-pita
protein yang terpisahkan berdasarkan berat molekulnya. (Harahap, 2018)

Universitas Sriwijaya
IV. Metode Praktikum
IV.1. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada hari Jum’at, 10 Maret 2023 pada pukul
13.30 WIB sampai dengan selesai. Bertempat di Laboratorium Genetika dan
Bioteknologi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Sriwijaya Indralaya.

IV.2. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah mikropipet set, sarung
tangan lateks, elektroforesis gel agarosa sedangkan bahan yang digunakan adalah
agarose, buffer TBE, Loding dye, dan parafilm.

IV.3. Cara Kerja

Dibuat agarose 1 % dengan cara melarutkan 1 gr agarosa dengan 100 ml
TBE 1x, selanjutnya dididihkan dengan menggunakan hotplate. Lalu gel
dituangkan pada gel caster dan disisipkan comb untuk membuat well
(lubang/sumur), lalu biarkan hingga padat. Gel diletakkan pada chamber
elektroforesis dengan posisi well pada muatan negatif (-), kemudian buffer TBE
1x dituangkan hingga gel terendam dalam chamber elektroforesis dengan tidak
melebihi garis batas maksimum buffer. Selanjutnya campurkan DNA, loding dye
dan dan gel red dengan perbandingan (1 : 1 : 1) diatas parafilm, lalu dimasukkan
kedalam masing-masing sumur. Hubungkan elektroda dengan power supply dan
nyalahkan hingga 1 – 2 jam. Setelah selesai alat elektroforesis dimatikan dan gel
dipindahkan ke alat GelCoc untuk dilihat hasilnya dan didokumentasikan.

Universitas Sriwijaya
V. Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, dapat diketahui bahwa
pengukuran DNA secara kualitatif dapat dilakukan dengan menggunakan
elektroforesis. Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi DNA.
Menurut Harahap (2018), elektroforesis dilakukan melalui suatu metode
pemisahan dengan memanfaatkan medan listrik dari elektroda-elektroda guna
memisahkan senyawa-senyawa yang memiliki muatan berupa kation ataupun
anion. Proses elektroforesis dapat digunakan untuk mengetahui ukuran DNA
dengan menggunakan DNA marker yang ukurannya sudah diketahui.
Elektroforesis memiliki beberapa komponen yang berperan penting dalam
proses pengaplikasiannya diantaranya elektroda, larutan elektrolit dan media
pemisah. Elektroda berfungsi sebagai penghubung arus listrik dengan media
pemisah atau sebagai sumber energi. Larutan elektrolit yang digunakan pada
umumnya berupa buffer dengan pH sesuai karakteristik senyawa yang akan
dipisahkan. Media pemisah umumnya menggunakan gel poliakrilamid dan gel
agarose. Menurut Rumbiwati dan Trimuratno (2021), penggunaan gel agarosa
hanya dapat dilakukan dalam waktu sekali pakai.
Penggunaan gel agarose pada elektroforesis didasarkan pada jenis DNA.
DNA hasil isolasi akan di elektroforesis menggunakan gel agarose dengan
persentase sebesar 1%. Elektroforesis DNA hasil PCR dilakukan menggunakan
gel agarose dengan konsentrasi sebesar 2% karena DNA hasil PCR memiliki
ukuran partikel lebih kecil sehingga membutuhkan kerapatan medium yang tinggi.
Menurut Fahlevi et al. (2017), faktor yang sangat mempengaruhi keberhasilan
elektroforesis diantaranya adalah ukuran molekul DNA, konsentrasi gel agarose,
konformasi DNA, voltase, keberadaan pewarna DNA dan komposisi buffer.
Penggunaan buffer dilakukan dengan tujuan untuk menjaga pH guna
mengantar molekul pada masa migrasi. Penggunaan buffer TBE lebih tepat
digunakan karena sifatnya stabil dan mampu menjaga integritas DNA. Pewarnaan
pada proses elektroforesis DNA dapat menggunakan pewarna gel red yang
menghasilkan warna merah dan pewarna fluoresence yang menghasilkan warna
hijau. Menurut Dzikrina (2022), proses elektroforesis dilakukan hingga pewarna
mencapai dasar gel.

Universitas Sriwijaya
 Elektroforesis memiliki prinsip kerja memvisualisasikan keberadaan DNA
dengan cara migrasi partikel menggunakan medan listrik. Proses migrasi bergerak
dari kutub negatif menuju kutub positif. Menurut Sundari dan Priadi (2019),
elektroforesis memiliki prinsip dasar pergerakan molekul bermuatan melalui
medium semi solid dibawah pengaruh medan listrik. Molekul DNA bermuatan
negatif, diletakkan pada kutub negatif dan dialiri medan listrik akan bergerak
menuju kutub positif, sehingga elektroforesis dapat memisahkan DNA
berdasarkan ukuran panjangnya.
Proses elektroforesis diawali dengan pembuatan bahan seperti campuran
sampel DNA dengan loading dye, pembuatan agarose, campuran marker dan
buffer. Loading dye digunakan sebagai pemberat DNA PCR agar kedudukan
DNA tetap berada dibawah. Bahan selanjutnya dimasukkan kedalam sumuran.
Sumuran pada elektroforesis dibentuk menggunakan cetakan yang biasa disebut
sebagai sisiran. Menurut Napitupulu et al. (2019), bahan dirunning dengan
menggunakan tegangan 80 volts selama 30 menit. Hasil elektroforesis selanjutnya
didokumentasi berdasarkan ada tidaknya pita DNA menggunakan UV
Transluminator. Waktu yang lama saat memasukkan DNA kedalam sumuran
sebelum running akan menyebabkan terbentuknya fragmen DNA yang terpotong.
Hasil elektroforesis menunjukkan adanya pita-pita DNA yang
ketebalannya didasarkan pada berat dan jumlah DNA. Kemurnian DNA yang baik
memiliki persentase diantara 1,8 hingga 2,0 dengan nilai perbandingan absorbansi
λ sebesar 260/280 nm. Menurut Wahyuni et al. (2019), nilai kemurnian DNA
dibawah 1,8 menunjukkan bahwa DNA mengalami kontaminan berupa protein
sedangkan DNA dengan nilai kemurnian lebih tinggi dari 2,0 menunjukkan bahwa
DNA terkontaminan oleh RNA.

Universitas Sriwijaya
VI. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, didapatkan kesimpulan
sebagai berikut:
1. Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi DNA secara
kualitatif.
2. Elektroforesis memiliki beberapa komponen yang berperan penting dalam
proses pengaplikasiannya diantaranya elektroda, larutan elektrolit dan media
pemisah.
3. Proses elektroforesis diawali dengan pembuatan bahan seperti campuran
sampel DNA dengan loading dye, pembuatan agarose, campuran marker dan
buffer.
4. Penggunaan buffer TBE lebih tepat digunakan karena sifatnya stabil dan
mampu menjaga integritas DNA
5. Hasil elektroforesis menunjukkan adanya pita-pita DNA yang ketebalannya
didasarkan pada berat dan jumlah DNA.
6.

Universitas Sriwijaya
 DAFTAR PUSTAKA

Dzikrina, H., Sari, D. P., Faridah, N., Saidah, S. S., Alifah, S. A. N. dan
Kusumawaty, D. 2019. Penanda DNA: Uji Halal pada Makanan Olahan
Daging menggunakan Primer Multiplex PCR (Polymerase Chain
Reaction). Jurnal Bios Logos. 12(1): 1-8.
Fahlevi, M. R., Bakti, D. dan Sitepu, S. F. Karakterisasi Molekuler Elaeidobius
kamerunicus Faust. (Coleoptera: Curculionidae) Asal Sumatera Utara
Menggunakan Metode Amplified Fragment Length Polymorphism
(AFLP). Jurnal Agroekoteknologi FP USU. 5(4): 941-953.
Harahap, M. R. (2018). Elektroforesis: Analisis elektronika terhadap biokimia
genetika. CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1).
Harahap, M. R. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika terhadap Biokimia
Genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro. 2(1): 21-26.
Karuwal, R. L. 2021. Analisis Kualitas Dan Kuantitas Rna Total Varietas Kacang
Tunggak (Vigna Unguiculata L. Walp) Asal Kabupaten Maluku Barat
Daya. Biopendix: Jurnal Biologi, Pendidikan dan Terapan, 7(2), 102-108.
Lasda, E., dan Roy, P. 2019. Circular RNAs: diversity of form and function.
ColdSpring Harbor Laboratory Press.20(1):1829-1842
Napitupulu, H. G., Rumengan, I. F. M., Wullur, S., Ginting, E. L., Rimper, J. R.
T. S. L. dan Toloh, B. H. 2019. Bacillus Sp. sebagai Agensia Pengurai
dalam Pemeliharaan Brachionus Rotundiformis yang Menggunakan Ikan
Mentah sebagai Sumber Nutrisi. Jurnal Ilmiah Platax. 7(1): 158-169.
Rumbiwati dan Trimuratno, J. 2021. Daur Ulang Limbah Gel Agarose untuk
Efisiensi Reagen Elektroforesis. Indonesian Journal of Laboratory. 4(3):
111-115.
Sundari, S. dan Priadi, B. 2019. Teknik Isolasi dan Elektroforesis DNA Ikan
Tapah. Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur: E-Journal Balitbang. 17(2):
87-90.
Wahyuni, S., Maryam, S. dan Aminah. 2019. Validasi Metode Analisis Cemaran
DNA Babi pada Bakso Sapi Menggunakan Primer Mitokondria D-Loop22
dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Farmasi
Galenika. 5(1): 65-72.

Universitas Sriwijaya
 LAMPIRAN

Elektroforesis gel Mikropipet

Agarosa TBE Buffer

Loding dye Parafilm

Universitas Sriwijaya