LAPORAN PRAKTIKUM

ACARA IV

I. Judul : Isolasi DNA dari Darah atau Jaringan Hewan

II. Tujuan : Untuk memperoleh DNA murni dari darah hewan.
III. Prinsip Dasar
Gen disusun oleh suatu substansi yang disebut dengan deoxyribonucleic acid
atau disingkat DNA. DNA merupakan material genetik yang diturunkan dari
generasi ke generasi berikutnya.7 Setiap penelitian manipulasi gen memerlukan
sumber asam nukleat, dalam bentuk DNA atau RNA. Pengisolasian komponen
tersebut dari sel penting dilakukan dengan menggunakan metode yang tersedia.8
Ekstraksi DNA merupakan suatu langkah awal pengisolasian molekul DNA.
Molekul DNA ini harus diekstraksi dari tempat asalnya.9 Pada seluruh jaringan dan
cairan tubuh terdapat DNA. Oleh karena itu, DNA genom dapat diisolasi dari semua
bahan biologis yang mengandung sel berinti, seperti darah, semen, akar, rambut,
tulang dan lain-lain (Siswanto et al., 2016).
Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan biomolekular yang
harus dikuasai di laboratorium. Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA
dari partikel-partikel lainnya seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat lainnya.
Isolasi DNA berguna untuk beberapa analisis molekuler dan rekayasa genetika
seperti genom editing, transformasi dan PCR. Banyak metode isolasi DNA yang
bisa digunakan, tetapi pada dasarnya tahapan dari isolasi DNA pada semua bahan
dan semua metode adalah sama, yakni lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi
kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi nuclease (Hariyadi et al., 2018).
Isolasi DNA dari darah dilakukan dengan melisiskan sel darah merah yang
tidak mengandung DNA genom agar dapat dipisahkan dari sel darah putih. Sel-sel
darah putih yang sudah dipisahkan kemudian dilisiskan dengan bantuan bahan
pengawet DNA yaitu, deterjen anionik yang dapat melarutkan komponen selular.
Bahan pengawet DNA juga dapat mengurangi aktivitas DNase yang terdapat di
dalam sel. Bila perlu dapat ditambahkan RNase untuk menyingkirkan kontaminasi
RNA. Selanjutnya dengan presipitasi garam, DNA genom dipisahkan dari protein
plasma dan inti (Siswanto et al., 2016).

Universitas Sriwijaya
IV. Cara Kerja
4.1. Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada hari Jum’at, 17 Februari 2023 pada pukul
13.30 WIB sampai dengan selesai. Bertempat di Laboratorium Genetika dan
Bioteknologi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Sriwijaya Indralaya.

4.2. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum ini yaitu collection tube, drybath atau
waterbath, inkubasi, mikropipet set, mikrotip, sentrifuge, spin coloumn, tabung
eppendorf, dan vortex. Sedangkan bahan yang digunakan yaitu darah hewan segar
dan TIANamp Genomic DNA Kit DP304-02.

4.3. Cara Kerja

Adapun langkah pertama yang dilakukan yaitu preparasi sampel. Darah
segar sebanyak 200 mikroliter disiapkan, kemudian diinkubasi pada suhu ruang
selama 5 menit dan disentrifus 12.000 rpm selama 1 menit. Supernatan dibuang dan
diambil bagian pelletnya. Ditambahkan dengan Buffer GA sebanyak 200
mikroliter. Tahapan berikutnya yaitu ditambahkan 20 mikroliter proteinase K dan
dihomogenkan menggunakan vortex. Setelah homogen, diinkubasi pada suhu 56°C
selama kurang lebih 1 jam. Ditambahkan Buffer GB sebanyak 200 mikroliter
kedalam sampel, dihomogenkan menggunakan vortex lalu diinkubasi pada suhu
70°C selama 10 menit.
Setelah diinkubasi selama 10 menit, ditambahkan ethanol 96-100%
sebanyak 200 mikroliter ke dalam sampel kemudian dihomogenkan menggunakan
vortex selama 15 detik lalu spin down. Campuran tersebut dipipet dan dimasukkan
ke dalam TIANamp spin colom CB3. Lalu disentrifus 30 detik 12.000 rpm. Cairan
yang ada di dalam microtube dibuang dan spin colom ditempatkan ke dalam
collection tube. Ditambahkan 500 mikroliter buffer GD ke dalam spin colom,
disentrifus 12.000 rpm selama 30 detik. Cairan yang ada di dalam kolom mikrotube
dibuang dan spin colom ditempatkan ke dalam collection tube. Ditambahkan 700

Universitas Sriwijaya
mikroliter buffer PW ke dalam spin colom, lalu disentrifus 12.000 rpm selama 30
detik. Cairan dibuang dan spin colom ditempatkan ke dalam collection tube.
Ditambahkan kembali buffer PW sebanyak 500 mikroliter ke dalam spin
colom. Lalu disentrifus 12.000 rpm selama 30 detik. Cairan yang ada di dalam
kolom mikrotube dibuang dan spin colom ditempatkan ke dalam collection tube.
Setelah itu disentrifus 12.000 rpm selama 2 menit untuk mengeringkan membran.
Kolom CB3 ditempatkan ke dalam tube 1,5ml yang baru. Lalu ditambahkan buffer
TE sebanyak 50-200 mikroliter ke tengah membran. Diinkubasi pada suhu ruang
selama 2-5 menit, lalu disentrifus 12.000 rpm selama 2 menit. Kemudian bisa
dilakukan identifikasi molekular atau disimpan pada suhu -20°C hingga 80°C.

Universitas Sriwijaya
V. Pembahasan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan diketahui bahwa isolasi DNA
hewan diambil dari darah ayam. Isolasi DNA hewan menggunakan darah karena
lebih mudah diperoleh. Sampel yang diambil berupa komponen darah putih karena
memiliki inti sel yang mengandung DNA. Menurut Siswanto et al. (2016),
keuntungan penyimpanan sampel dalam bentuk buffy coat (konsentrat pada sel
darah putih), yaitu sampel dapat disimpan lebih lama dan stabil, bahkan masih
dapat digunakan untuk analisis genetik sesudah penyimpanan.
Konsentrasi DNA yang didapatkan dari pengambilan sel darah putih pada
darah akan mendapatkan hasil yang lebih tinggi daripada memakai seluruh
komponen darah. Menurut Ariyanti (2019), hal itu dikarenakan hanya terdapat
konsentrasi sel-sel darah putih yang memiliki inti sel dan terdapat DNA genom
didalamnya. Sedangkan apabila kita memakai seluruh komponen darah, masih
terdapat komponen sel darah merah yang tidak mengandung DNA genom. Leukosit
atau sel darah putih memiliki nukleus (inti sel). DNA, protein, dan molekul RNA
terdapat di inti sel.
DNA murni merupakan hasil isolasi DNA yang baik. Hal ini sejalan dengan
pendapat Siswanto et al. (2016), asil isolasi DNA dikatakan baik apabila didapatkan
DNA yang murni dan utuh. Pengukuran konsentrasi DNA maupun penentuan
kemurniannya merupakan suatu tahapan yang sangat diperlukan dari serangkaian
proses isolasi DNA. Hal ini dilakukan untuk melihat kandungan DNA yang
diperoleh secara kuantitatif maupun untuk melihat kontaminan yang mungkin
masih ada dari isolat DNA yang diperoleh. Penambahan RNAse pada proses isolasi
DNA hewan berfungsi untuk menyingkirkan adanya kontaminasi RNA.
Rendahnya konsentrasi DNA yang didapatkan bisa disebabkan oleh protein
yang tercampur pada DNA yang dihasilkan. Menurut Suhaemi (2022), rasio OD
akan lebih besar atau lebih kecil dari nilai 1,8-2,0 jika ditemukan kontaminasi dari
protein atau fenol. Jika nilai indeks kemurnian DNA lebih kecil dari 1,8 maka DNA
tersebut terkontaminasi oleh protein. Hasil pemeriksaan kemurnian DNA yang
bagus atau murni, akan menunjukan nilai indeks diatas 1,8 dari DNA yang diisolasi.
Fungsi penambahan buffer GS pada proses isolasi DNA hewan yaitu untuk
melarutkan komponen selular dan dapat mengurangi DNAse dalam sel.

Universitas Sriwijaya
VI. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, didapatkan kesimpulan
sebagai berikut:
1. Hasil isolasi DNA yang baik yaitu DNA yang memiliki nilai indeks
kemurnian diatas 1,8.
2. Bagian sel darah putih yang digunakan saat ekstraksi DNA akan
menghasilkan konsentrasi DNA yang lebih tinggi.
3. Leukosit atau sel darah putih memiliki inti sel yang mengandung DNA,
protein, dan molekul RNA.
4. Penambahan RNAse pada proses isolasi DNA hewan berfungsi untuk
menyingkirkan adanya kontaminasi RNA.
5. Fungsi buffer GS pada proses isolasi DNA hewan untuk melarutkan
komponen selular dan dapat mengurangi DNAse dalam sel.

Universitas Sriwijaya
 DAFTAR PUSTAKA

Ariyanti, Y. 2019. Ekstraksi DNA Total dari Sumber Jaringan Hewan (Ikan
Kerapu) Menggunakan Metode Kit For Animal Tissue. Journal of Science
and Applicative Technology. 3(1):40-44.

Hariyadi, S., Narulita, E., Rais, M. A. 2018. Perbandingan Metode Lisis Jaringan
Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih
(Rattus norvegicus). Proceding Biology Education Conference. 15(1) : 689-
692.

Siswanto, J. E., Berlian, T., Putricahya, E., Panggalo, L. V., Yuniani, L. 2016.
Isolasi DNA pada Sampel Darah Tepi dan Swab Buccal pada Bayi Penderita
ROP: Perbandingan Hasil Uji Konsentrasi dan Indeks Kemurnian. Jurnal
Sari Pediatri. 18 (4) : 270-277

Suhaemi, Z. 2022. Intensitas dan presentase Keberhasilan Isolasi DNA Darah Itik
Lokal Sumatera Barat pada Lama Inkubasi Lysis Sel Yang Berbeda. Jurnal
Inspirasi Peternakan. 2(2):293-298.

Universitas Sriwijaya
LAMPIRAN

Universitas Sriwijaya