CRITICAL JOURNAL REVIEW

MK. BIOLOGI MOLEKULER

PRODI S1 PENDIDKAN
BIOLOGI

CRITICAL JOURNAL REPORT Skor Nilai:

TEKNIK ISOLASI DNA HEWAN EUKARIOTIK PADA HEWAN

NAMA MAHASISWA : ALLOY TIFANI BR SINGARIMBUN 4182141022

EZRA ELISA SIAHAAN 4183341055
NOVITA RULI FRANSISKA 4183141049
RISCAL BONI TAMARO SITORUS 4181141034
SILVIA ANGGRENI 4183341016
CINDY OCTAVIA BR TARIGAN 4173341009

DOSEN PENGAMPU : Drs. IDRAMSA, M.Si.

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
MEDAN
2020
 KATA PENGANTAR

Puji Syukur saya ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa, karena atas Berkat dan
Anugerah Kasihnya sehingga saya dapat menyelesaikan tugas “Critical Journal Review” mata
kuliah Biologi molekuler yang membahas tentang “ Isolasi DNA Pada Hewan Eukariotik”.
Berkat bantuan dan dorongan dari Bapak dosen yang mengajar pada mata kuliah Biologi
molekuler , sehingga tugas ini dapat terselesaikan.
Saya menyadari bahwa baik isi maupun teknik penyajian tulisan masih jauh dari
sempurna, maka dari itu penulis mengharapkan kepada para pembaca untuk memberi
tanggapan berupa kritik dan saran yang sifatnya membangun untuk meningkatkan mutu
penulisan selanjutnya. Akhir kata semoga tugas makalah ini bermanfaan tuntuk kalangan
umum maupun pendidikan.

Medan, 30 April 2021

Kelompok 4
 DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ...............................................................................................i
DAFTAR ISI...............................................................................................................ii
BAB I PENDAHULUAN...........................................................................................1
BAB II RINGKASAN ISI JURNAL.........................................................................3
A. Jurnal 1 ...................................................................................................................3
B. Jurnal 2....................................................................................................................
C. Jurnal 3....................................................................................................................11
D. Jurnal 4....................................................................................................................11
E. Jurnal 5....................................................................................................................11
F. Jurnal 6....................................................................................................................11
G. Jurnal 7....................................................................................................................11
H. Jurnal 8....................................................................................................................11
I. Jurnal 9....................................................................................................................11
J. Jurnal 10..................................................................................................................11
BAB IIIPENUTUP
A. Kesimpulan.............................................................................................................24
B. Saran ......................................................................................................................24
DAFTAR PUSTAKA.................................................................................................25
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel
akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-
fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen danintergen (Suryo, 2004).          

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-
sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari
kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein
histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein
histon (Kirsman, 2010).

Pada sel eukariotik termasuk tanaman dan hewan bagian terbesar dari DNA berada
pada nukleus yaitu organel yang dipisahkan dari sitoplasma dengan membran. Nukleus terdiri
dari 90 % keseluruhan DNA seluler. Sisa DNA adalah organel lain seperti mitokondria dan
kloroplas. Karena DNA terdapat pada nukleus, maka perlu adanya metode pelisisan sel
sampai pemanenan sel. Dimana metode tersebut merupakan bagian  dari metode isolasi DNA
(Elrod, 2007).

Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsipisolasi DNA
yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untukmemisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar
akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung
. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada
bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Rachmat, 2012).

B. Tujuan CJR
1). Mengetahui cara dan macam-macam teknik isolasi DNA pada hewan eukariotik.
2). Penyelesaian tugas CJR biologi molekuler.
3). Membahas isi dari 10 jurnal yang membahas teknik isolasi DNA pada hewan eukariotik.
4). Menguatkan pengetahuan tentang biologi molekuler khususnya teknik isolasi DNA pada
hewan eukariotik.
5).Mencari dan mengetahui informasi yang ada dalam Jurnal.
6). Meningkatkan atau melatih diri untuk berpikir kritis dan baik mencari informasi yang
diberikan pada jurnal, agar dapat menambah ilmu kita dalam melaporkan hasil bandingan
dari 10 Jurnal.
 BAB II
RINGKASAN ISI JURNAL

1.1 Tujuan

ISOLASI DNA TANAMAN BAYAM (Amaranthus sp) DAN IKAN LELE (Clarias sp)
SEBAGAI KAJIAN DALAM BIOLOGI MOLEKULER ( JUNAL 1 )
Salah satu rangkaian teknik rekayasa genetika adalah isolasi DNA, yang melibatkan
suatu proses memindahkan DNA dari suatu organisme ke organisme lain dengan tujuan
tertentu. Melalui isolasi DNA kita dapat memeroleh DNA murni, yaitu tanpa protein maupun
RNA dari suatu sel dalam jaringan. DNA murni yang sudah diperoleh dapat digunakan sebagai
bahan pengayaan pokok bahasan sel yaitu DNA berada di sel tumbuhan maupun hewan,
sebagai kajian genetika bahwa gen merupakan bagian dari DNA (terdapat sebagai lokus-
lokus) yang berfungsi untuk mengontrol perkembangan fisik maupun perilaku dari setiap
mahluk hidup, sebagai kajian bioteknologi yang jika kita kaji lebih lanjut salah satu
kemanfaatannya yaitu sebagai tanaman transgenik.

PERBANDINGAN METODE ISOLASI DNA PADA PRODUK PERIKANAN SEGAR

DAN OLAHAN ( JURNAL 2 )
Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi dan kemurnian DNA
berdasarkan beberapa metode isolasi pada produk perikanan segar dan olahan. Metode isolasi
DNA yang digunakan pada penelitian ini adalah metode konvensional cetyl
trimethylammonium bromide (CTAB) dan beberapa kit komersial (DNAzol, TianGen,
Qiagen, dan Fasmac).

PERBANDINGAN METODE LISIS JARINGAN HEWAN DALAM PROSES

ISOLASI DNA GENOM PADA ORGAN LIVER TIKUS PUTIH (Rattus norvegicus)
(JURNAL 3 )
Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel lainnya seperti
lipid, protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna untuk beberapa analisis
molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing, transformasi dan PCR.

TEKNIK ISOLASI DNA SEL HAYATI AYAM SECARA TRADISIONAL ( JURNAL

4
Tujuan praktik ini ialah menggunakan teknik isolasi DNA secara tradisional dengan
menggunakan bahan isolasi DNA berupa hati ayam yang mudah diperoleh dari ekstrasi
mandiri sel daun papaya.

AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN 18S rRNA PADA DNA METAGENOMIK MADU

DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) ( JURNAL 5 )
Tujuan nya ialah untuk menganalisis komposisi kandungan kimia pada madu sebagai
acuan untuk membedakan antara madu asli dengan madu palsu. Kandungan yang dimaksud
adalah kadar gula pereduksi, kadar HMF (hidroksimetilfurfural), nilai pH, sukrosa, dan kadar
Air.
ISOLASI DAN KUANTIFIKASI RNA PADA ORGAN USUS IKAN BETOK
(ANABAS TESTUDINEUS) DENGAN MENGGUNAKAN METODE
ISOGEN/GENEZOL ( JURNAL 6 )
Tujuan Isolasi asam nukleat adalah salah satu teknik yang dapat membuang dan
memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya (protein, karbohidrat, lemak, dll)
sehingga asam nukleat yang diperoleh dapat dianalisis atau dimodifikasi lebih lanjut dengan
teknik biologi molekular lainnya.

ANALISIS DNA MIKROSATELIT UNTUK IDENTIFIKASI PATERNITAS PADA

BERUK (MACACA NEMESTRINA) DI PENANGKARAN PUSAT STUDI SATWA
PRIMATA IPB ( JURNAL 7 )
Penelitian bertujuan untuk menentukan paternitas karakteristik genetik dan sosial
yang berkorelasi dengan ukuran kelompok simpanse yang dikandangkan.

PELACAKAN GEN AEROLYSIN DARI AEROMONAS HYDROPHILA PADA

IKAN MAS YANG DIBERI PAKAN EKSTRAK BAWANG PUTIH ( JURNAL 8 )
Penelitian ini menggunakan primer olygonukleotida sintetis bertujuan untuk melacak
gen aerolysin dari A. hydrophila pada ikan mas yang diberi pakan mengandung ekstrak
bawang putih selama 30 hari kemudian diinfeksi dengan A. hydrophila. Polymerase Chain
Reaction (PCR) dapat mendeteksi gen aerolysin dari A. hydrophila.

IDENTIFIKASI MOLEKULER KAPANG ASOSIASI SPONS MENGGUNAKAN

METODE DNA BARCODING ( JURNAL 9 )
Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi dua isolat kapang yang telah
diisolasi dari inang spons di ekosistem mangrove dengan menggunakan DNA barcoding.

AMPLIFIKASI DNA GEN MEAT TENDERNES PADA SAPI BALI (Bos sondaicus)
( JURNAL 10 )
Tujuan bagimanakah profil hasil amplifikasi DNA untuk komposisi karkas yang
diinginkan dan sifat kualitas daging pada sapi Bali. Profil hasil amplifikasi DNA pada meat
tenderness dijadikan sebagai langkah awal untuk analisis polimorfisme gen tersebut pada sapi
Bali.
1.2 Alat dan Bahan

ISOLASI DNA TANAMAN BAYAM (Amaranthus sp) DAN IKAN LELE (Clarias sp)
SEBAGAI KAJIAN DALAM BIOLOGI MOLEKULER ( JUNAL 1 )
Sebanyak 5 gram daging ikan lele dicuci, larutan NACl 80% , mortar dan pistel, 2,5
ml aquadest, kertas saring atau kain bersih, beaker glass 250 ml, 2 ml laurutan (1 sendok
detergent + 1 sendok garam dalam 50 ml aquadest), dalam tabung reaksi, 2 ml ekstrak buah
papaya yang telah digerus (20 gram tanpa ditambah aquadest) dan 5 ml ethanol 96%.

PERBANDINGAN METODE ISOLASI DNA PADA PRODUK PERIKANAN SEGAR

DAN OLAHAN ( JURNAL 2 )
Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah ikan cakalang (Katsuwonus
pelamis) dari perairan Binuangeun Banten, ikan nila (Oreochromis niloticus) dari kolam budi
daya IPB, steik tuna, crab stick dan bakso ikan yang diperoleh dari pasar swalayan di daerah
Bogor Jawa Barat. Bahan kimia yang digunakan pada penelitian ini adalah akuades, fenol
(Merck), kloroform (Merck), isoamilalkohol (Merck), larutan CTAB 2%, proteinase K
(Sigma Aldrich), buffer TE (Sigma Aldrich), kit isolasi DNA (QIAGEN DNeasy Blood &
Tissue, QIAGEN DNeasy Food Mericon, TIANamp Genomic DNA Kit (TianGen),
DNAzol® Genomic DNA Isolation Reagent, GenCheck® DNA Extraction Reagent
(FASMAC), gel agarosa, cybergreen, loading dye, bufer TBE. Alat yang digunakan pada
penelitian ini meliputi pipet tips RC-10/20-L dan RC250/20-C (Mettler Toledo, Bekasi
Indonesia), 4 micropipette 1-10 μL, dan 20-200 μL (ThermoFisher Scientific, Vantaa,
Finlandia), vortex (V1-Plus, Biosan, Warren, AS), spin down (Corning, New York, AS),
mikrosentrifugasi (Centurion Scientific 2041, Libertyville, AS), microwave (Sharp, Osaka,
Jepang), timbangan digital (PHW 254, ADAM®, Inggris), spektrofotometri nanodrop
(Implan NP-80), UV-Transilluminator (UVitec, Cambridge, Inggris) dan elektroforesis
horizontal (HU6, SCIE-PLAS, Cambridge, Inggris).

PERBANDINGAN METODE LISIS JARINGAN HEWAN DALAM PROSES

ISOLASI DNA GENOM PADA ORGAN LIVER TIKUS PUTIH (Rattus norvegicus)
(JURNAL 3 )
Tikus putih tersebut di aklimatisasi selama 7 hari dan diberi makan dan minum
selama duakali sehari. Setelah tahap aklimatisasi berakhir, tikus putih tersebut di bedah dan
diambil organ hati dari tikus putih tersebut dengan menggunakan alat seksi yang steril. Organ
tersebut kemudian di potong dan dimasukkan dalam tabung eppendorf baru yang steril.
Selanjutnya disimpan dalam suhu -20oC sampai tahap isolasi DNA akan dilakukan. Sampel
yang digunakan kemudian di timbang sebanyak 60 mg kemudian masing-masing diberi
buffer ekstraksi (10mM Tris, 100mM EDTA, 400mM NaCl, 3% SDS) dan proteinase-K
sebanyak 5 mikroliter, selanjutnya perlakuan lisis yaknidengan berbagai cara inkubasi dengan
suhu 55 derajat selama overnight, inkubasi selama 2 jam dengan suhu 65 derajat, dan dengan
cara penggerusan
TEKNIK ISOLASI DNA SEL HAYATI AYAM SECARA TRADISIONAL ( JURNAL
4
Alat dan bahan yang digunakan berupa garam dapur, sabun cuci dan protease yang
berasal dari meat tenderizer yang berfungsi sebagai pengempuk daging.

AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN 18S rRNA PADA DNA METAGENOMIK MADU

DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) ( JURNAL 5 )
Bahan penelitian yang digunakan adalah madu yang baru dipanen yang berasal dari
salah satu tempat penghasil madu di Bali, yaitu di Desa Seraya Tengah, Kabupaten
Karangasem. Bahan kimia yang digunakan mempunyai kualitas proanalisis (p.a) dan biologi
molekuler. Bahan kimia yang digunakan yaitu, Na2EDTA.2H2O, Sodium Dodecyl Sulphate
(SDS), fenol, NaCl, HCl, kloroform, isoamil alkohol, isopropanol, Na-asetat, etanol, agarosa,
Flourescent, basa Tris, asam asetat glasial, akuades steril, loading bufer 1x [loading bufer
6x : bromophenol blue 0,25% (b/v) dan sukrosa 40% (b/v)], primer forward dan reverse
(Integrated DNA Technologies, Singapore), KAPA Taq Extra HotStart with dye 2x (buffer
PCR, dNTP mix, enzim Taq DNA polimerase), PowerSoil DNA Isolation Kit (MO BIO
Laboratories, Inc).
Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah pipet volum, gelas beaker, gelas
ukur, Erlenmeyer, labu ukur, tabung reaksi, batang pengaduk, plastik polietilen, botol kaca,
kertas indikator pH (Merck), spatula, sarung tangan, mikro pipet, tip mikro putih (10 μL),
kuning (200 μL), dan biru (1000 μL), tabung mikro 1,5 mL (Eppendorf), tabung mikro untuk
PCR, magnetic stirer, neraca analitik, freezer, alat elektroforesis horizontal (Mupid-2Plus
Advance), autoklaf (Sanyo Labo Autoclave), vorteks (Labnet ATT-101), Centrifuge Hettich
EBA III, Microcentrifuge (TOMY MX-301 High Speed Refrigerated Micro Centrifuge),
GelDoc Enduro GDS, Thermocycle (Sensoquest Gradien Thermal Cycler With Thermoblock
96 ).

ISOLASI DAN KUANTIFIKASI RNA PADA ORGAN USUS IKAN BETOK

(ANABAS TESTUDINEUS) DENGAN MENGGUNAKAN METODE
ISOGEN/GENEZOL ( JURNAL 6 )
Ikan uji yang digunakan pada praktikum isolasi RNA adalah ikan betok (Anabas
testudineus). Organ yang digunakan untuk pengamatan isolasi RNA adalah bagian usus ikan
betok. Alat yang digunakan yaitu mikrotube, mikropipet, vortex, sentrifuge, gene quant,
grinder. Bahan yang digunakan yaitu organ usus ikan betok, isogen, kloroform, isopropanol,
ethanol 70%, DEPC.

ANALISIS DNA MIKROSATELIT UNTUK IDENTIFIKASI PATERNITAS PADA

BERUK (MACACA NEMESTRINA) DI PENANGKARAN PUSAT STUDI SATWA
PRIMATA IPB ( JURNAL 7 )
 Sampel yang digunakan untuk analisis keragaman, berasal dari 4 jantan dan 32 betina
dari koral A dan B.

PELACAKAN GEN AEROLYSIN DARI AEROMONAS HYDROPHILA PADA

IKAN MAS YANG DIBERI PAKAN EKSTRAK BAWANG PUTIH ( JURNAL 8 )
Ikan percobaan diberi pakan jenis 781-2 (Central Pangan Pertiwi) jenis 781-2
dicampur dengan ekstrak etanol bawang putih. Pembuatan ekstrak etanol bawang putih
dilakukan dengan cara bawang putih dikupas, dicuci bersih dan dikering anginkan. Bawang
putih diblender dengan ethanol 70 % dengan perbandingan 1 : 5 bahan pelarut ( 1kg bawang
putih ditambah 5 liter ethanol 70 %), disaring dengan kertas saring. Filtrat hasil penyaringan
dicampur pada pakan pelet sesuai dengan dosis perlakuan hingga rata. Setelah filtrat terserap
oleh pelet diangin-anginkan, kemudian dioven 600C selama 24 jam.

IDENTIFIKASI MOLEKULER KAPANG ASOSIASI SPONS MENGGUNAKAN

METODE DNA BARCODING ( JURNAL 9 )
Stok kapang yang tersimpan pada gliserol dilakukan peremajaan pada cawan petri
dengan media Potato Dextrose Agar (PDA) kemudian dilakukan inkubasi selama 7 x 24 jam.

AMPLIFIKASI DNA GEN MEAT TENDERNES PADA SAPI BALI (Bos sondaicus)
( JURNAL 10 )
Sebanyak 3 ml darah dicampur dengan 3 ml PBS pH 7,4 dan disentrifugasi dan
dimasukkan di atas larutan 3 ml ficoli histopaque 10077 (Sigma Diagnostic) dalam tabung
sentrifuse dan disentrifugasi selama 20 menit dengan kecepatan 1500 rpm. Lapisan
mononuklearnya dipipet menggunakan mikropipet. Sel yang diperoleh dicuci dua klai dalam
1 ml PBS dan disentrifuse sekalilagi dengan waktu dan kecepatan yang sama. Sel limfosit
yang telah dipiashkan ditambah 30 ul K buffer (20 ul PBS-Tween + 10 ul proteinase K 300
ug/ml). kemudian diinkubasi pada suhu 56 0C dan pada suhu 95 0Cselama 10 menit.
Ditambahkan ke dalamnya etanol : kloroform (1 : 24) dengan volume yang sama,
dihomogenkan dan dibiarkan sampai membentuk 3 lapisan. Lapisan teratas dalam (DNA)
dipipet dan ditambahkan satu kali volume etanol dingin, kemudian disentrifuse dan diambil
isolat DNA nya.
1.3 Prosedure Kerja
Prinsip dasar isolasi DNA umumnya terdiri atas perbanyakan atau kultivasi sel
sehingga diperoleh DNA dalam jumlah besar. Kultivasi sel kemudian diakhiri dengan panen
sel pada saat usia sel mencapat tingkat pembelahan tertinggi dan kepadatan sel terbesar.
Selanjutnya dilakukan pemecahan dinding sel dengan bantuan enzim. Pada saat itu,
dibutuhkan detergen untuk membantu lisis inti sel dan melepaskan DNA. Sel biasanya akan
lisis dalam larutan SDS yang mengandung sukrosa. Sukrosa dibutuhkan untuk meningkatkan
viskositas sel dan membantu mengeluarkan DNA. Setelah DNA diperoleh maka harus
dilindungi dari nuklease dan dibebaskan dari kontaminasi protein lain. Kontaminasi protein
akan menghambat reaksi enzimatik pada tahap manipulasi berikutnya. Aktivitas nuklease
akan dihambat oleh EDTA sedangkan degradasi protein akan dilakukan oleh Protease K.
Selanjutnya DNA akan dimurnikan menggunakan ekstraksi fenol dan dipresipitasi
menggunakan etanol. Penentuan kemurnian dan konsentrasi DNA dilakukan dengan cara
mengukur absorbansi DNA dengan spektrofotometer (OD) pada panjang gelombang 260 nm
dan OD 280 nm. Kemurnian DNA diperoleh dari rasio antara absorbansi pada OD260 dan
OD280. Kemurnian kurang dari 1.8 menunjukkan bahwa DNA telah terkontaminasi dengan
fenol dan protein. Nilai kemurnian diatas 1.8 menunjukkan DNA telah terkontaminasi RNA.
Kemurnian DNA dikatakan baik aoabila perbandingan absorbansi pada panjang gelombang
260 nm dibandingkan dengan panjang gelombang 280 nm adalah 1.8.
Konsentrasi DNA dihitung dengan rumus:
Konsentrasi DNA (g/ml) = Abs OD260 x 50 g/ml x pengenceran Konsentrasi DNA aktual
(g) = Konstr DNA (g/ml) x volume aktual (l) 100.

ISOLASI DNA TANAMAN BAYAM (Amaranthus sp) DAN IKAN LELE (Clarias sp)
SEBAGAI KAJIAN DALAM BIOLOGI MOLEKULER ( JUNAL 1 )
Prosedur Kerja Isolasi DNA Ikan Lele
Sebanyak 5 gram daging ikan lele dicuci lalu direndam dalam larutan NACl 80%
selama 2 menit. Daging lele ditiriskan lalu direbus menggunakan mortar dan pistel dan
ditambahkan 2,5 ml aquadest. Ekstrak daging ikan lele disaring menggunakan kertas saring
atau kain bersih dan ditampung di beaker glass 250 ml. larutan hasil saringan ditambahkan 2
ml laurutan (1 sendok detergent + 1 sendok garam dalam 50 ml aquadest). Larutan
dipindahkan ke dalam tabung reaksi dan ditambahkan dengan 2 ml ekstrak buah papaya yang
telah digerus (20 gram tanpa ditambah aquadest). Ditambahkan 5 ml ethanol 96% dingin
perlahan-lahan melewati dinding tabung reaksi. Diamati DNA yang terbentuk.
Data yang dihasilakn berupa gumpalan DNA yang berwana putih keruh yang berasal
dari atas permukaan larutan. Dimana akan terbentuk 3 lapisan yaitu lapisan bawah filtrat,
tengah ethanol dan lapisang paling atas adalah gumpalan DNA. Data akan dianalisis secara
deskriptif isolasi DNA pada ikan lele.
PERBANDINGAN METODE ISOLASI DNA PADA PRODUK PERIKANAN SEGAR
DAN OLAHAN ( JURNAL 2 )

Prosedur Kerja Isolasi DNA Pada Produk Perikanan Segar Dan Olahan
Isolasi DNA sampel dengan metode CTAB
Isolasi DNA menggunakan metode CTAB mengacu pada metode Hseih et al. (2005)
menggunakan larutan CTAB 2% yang memiliki komposisi 100 mL Tris HCl 1M pH 8, 280
mL NaCl 5M, 40 mL asam etilenadiaminatetraasetat (EDTA) 0,5 M, 20 g CTAB, dan 1 L
akuades. Isolasi diawali dengan penimbangan masing-masing sampel sebanyak 0,1-0,5 g.
Sampel ditambah 500 μL larutan CTAB 2% dan 14 μL proteinase K, selanjutnya dilakukan
inkubasi pada suhu 55 °C selama 2 jam. Cairan kemudian disentrifugasi pada kecepatan
13.000 g selama 10 menit. Endapan yang diperoleh ditambahkan larutan PCI (fenol,
kloroform, isomilalkohol) sebanyak 500 μL. Campuran tersebut dihomogenisasi dan
disentrifugasi 13.000 g selama 5 menit. Langkah selanjutnya natan dibuang dan ditambahkan
400 μL larutan CIA (kloroform dan isoamil alkohol). Campuran tersebut dihomogenisasi dan
disentrifugasi dengan kecepatan 13.000 g selama 5 menit, kemudian natan dibuang dan
ditambahkan 400 μL larutan CIA. Campuran tersebut kembali dihomogenisasi dan
disentrifugasi 13.000 g selama 5 menit. Supernatan sebanyak 1,5 ml dipindahkan ke
microtube baru. Campuran tersebut ditambah 600 μL isopropanol lalu dipresipitasi semalam
pada suhu -4°C dan disentrifugasi 13.000 g selama 10 menit. Larutan isopropanol dibuang
dan ditambah 500 μL etanol 70% kemudian disentrifugasi 13.000 g selama 10 menit.
Supernatan yang dihasilkan dibuang. Pelet yang diperoleh dikeringkan selama 1 jam,
kemudian ditambahkan 100 μL buffer TE. Pelet DNA yang telah larut kemudian disimpan
sebagai DNA stok pada suhu -20 °C.
Isolasi DNA sampel dengan kit isolasi DNAzol® Genomic DNA Isolation Reagent
Proses isolasi DNA menggunakan kit komersial DNAzol® Genomic DNA Isolation
Reagent pada ikan segar dan produk olahan dimulai dengan menimbang 25 mg sampel
kemudian dipindahkan ke dalam microtube. Sampel tersebut ditambahkan 1 mL DNAzol
genomic. Suspensi selanjutnya diaduk sebanyak 10× di dalam microtube dan disimpan pada
suhu ruang selama 10 menit. Sampel disentrifugasi pada kecepatan 10.000 g selama 10 menit.
Supernatan yang diperoleh lalu dipindahkan ke dalam microtube baru. Supernatan
ditambahkan 0,5 mL etanol 100%, lalu diaduk dengan cara microtube dibolak-balik sebanyak
8 kali, kemudian disimpan pada suhu ruang selama 3 menit. Apabila terbentuk serabut putih
(DNA) maka dilakukan penempelan DNA pada dinding microtube dengan tip, namun apabila
tidak terbentuk serabut putih (DNA) maka akan dilakukan sentrifugasi pada kecepatan 5.000
g selama 5 menit, lalu supernatan dibuang. Campuran DNAzol dan etanol dengan rasio 7:3
ditambahkan sebanyak 1 mL, microtube dibolak-balik sebanyak 6 kali, dan selanjutnya
disentrifugasi pada kecepatan 1.000 g selama 2 menit. Supernatan kembali dibuang. Proses
mulai dari penambahan DNAzol dan etanol hingga pembuangan supernatan ini dilakukan
sebanyak 2 kali, kemudian DNA dilarutkan pada 300 µL 8 mM NaOH. Isolat DNA yang
diperoleh disimpan pada -20 o C untuk dianalisis lebih lanjut.

Isolasi DNA sampel dengan kit isolasi TIANamp Genomic DNA Kit (TianGen)
Isolasi DNA menggunakan kit komersial TIANamp Genomic DNA Kit, TianGen
diawali dengan menimbang sampel sebanyak 10- 25 mg diletakkan dalam microtube. Sampel
tersebut ditambahkan dengan 200 µL bufer GA dan 20 µL proteinase-K, kemudian
dihomogenisasi dengan vortex dan di-spin down. Sampel kemudian diinkubasi pada suhu 56
°C selama 2 jam. Sampel kemudian ditambahkan dengan 200 µL bufer GB, lalu
dihomogenisasi dengan vortex dan di-spin down kemudian diinkubasi kembali pada suhu 70
°C selama 10 menit. Sampel selanjutnya ditambahkan dengan 200 µL etanol (96-100%),
kemudian dihomogenisasi dengan vortex dan di-spin down. Filtrat dipindahkan ke dalam spin
column dan disentrifugasi dengan kecepatan 12.000 g selama 30 detik. Supernatan yang
dihasilkan dibuang kemudian ditambahkan 700 µL bufer PW dan disentrifugasi dengan
kecepatan 12.000 g selama 30 detik. Supernatan yang dihasilkan dibuang, kemudian
ditambahkan 500 µL bufer PW dan disentrifugasi dengan kecepatan 12.000 g selama 30
detik, selanjutnya dilakukan pemindahan kolom ke microtube baru. Cairan tersebut kemudian
ditambahkan 100 µL bufer TE, lalu diinkubasi pada suhu 15-25 o C selama 2-5 menit dan
disentrifugasi 12.000 g selama 2 menit. Isolat DNA disimpan pada suhu -20 o C untuk
dianalisis lebih lanjut.

Isolasi DNA sampel dengan kit isolasi Qiagen

Isolasi dengan kit QIAGEN DNeasy Blood and Tissue untuk produk segar diawali
dengan penimbangan sampel sebanyak 0,05 g daging ikan kemudian dimasukkan ke dalam
microtube. Sampel ditambahkan 180 μL bufer ATL dan 20 μL proteinase K, lalu
dihomogenisasi dengan vortex. Sampel diinkubasi dalam waterbath selama 8 menit pada suhu
60 °C. Sampel ditambahkan etanol 96% sebanyak 200 μL, dihomogenisasi dengan vortex dan
disimpan selama 30 menit pada suhu -20 °C. Sampel dipindahkan ke dalam spin column yang
telah ditempatkan pada collection tube sebanyak 2 mL kemudian disentrifugasi dengan
kecepatan 8.000 g selama 1 menit. Collection tube beserta larutan yang berada di dalamnya
dibuang. Spin column ditempatkan pada collection tube baru dan ditambahkan bufer AW1
sebanyak 500 μL, dilanjutkan sentrifugasi dengan kecepatan 8.000 g selama 1 menit.
Collection tube beserta larutan yang berada di dalamnya dibuang, selanjutnya spin column
ditempatkan pada collection tube baru dan ditambahkan 500 μL bufer AW2 kemudian
disentrifugasi dengan kecepatan 14.000 rpm selama 3 menit. Spin column ditempatkan pada
microtube baru dan ditambahkan 100 μL bufer AE, inkubasi selama 10 menit pada suhu
ruang, kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 8.000 g selama 1 menit dan diperoleh isolat
DNA pada bagian bawah tube. Isolat DNA yang diperoleh disimpan pada -20 o C untuk
dianalisis lebih lanjut. Isolasi untuk produk olahan menggunakan kit QIAGEN DNeasy
Mericon Food Kit. Sampel sebanyak 0,25 gram diletakkan dalam microtube. Sampel
ditambahkan 1 ml bufer food lysis dan 2,5 μL proteinase K. Campuran tersebut
dihomogenisasi dengan vortex selama 8 detik. Sampel kemudian diinkubasi pada suhu 60 °C
selama 16 jam dan di-vortex setiap satu jam. Sampel disentrifugasi dengan kecepatan 2.500 g
selama 5 menit. Supernatan diambil sebanyak 700 μL, dimasukkan ke dalam tube baru dan
ditambahkan kloroform sebanyak 500 μL. Sampel dihomogenisasi menggunakan vortex dan
spin down selama 15 detik, kemudian disentrifugasi selama 15 menit dengan kecepatan
14.000 g. Supernatan diambil sebanyak 350 μL dan ditambahkan larutan bufer PB sebanyak
350 μL pada tube baru kemudian dihomogenisasi dengan vortex. Campuran larutan tersebut
dipindahkan ke spin column dalam collection tube dan disentrifugasi dengan kecepatan
17.900 g selama 1 menit, selanjutnya ditambahkan bufer AW2 sebanyak 500 μL dan
disentrifugasi kembali dengan kecepatan 17.900 g selama 1 menit. Cairan pada bagian
collection tube dibuang dan collection tube dipasang kembali, kemudian disentrifugasi
kembali dengan kecepatan dan waktu yang sama. Tube kemudian dipindahkan ke microtube
yang baru, selanjutnya ditambahkan bufer EB sebanyak 150 μL dan diinkubasi selama 1
menit pada suhu 25 °C, kemudian disentrifugasi pada kecepatan 17.900 g selama 1 menit dan
diperoleh isolat DNA pada bagian bawah tube. Isolat DNA yang diperoleh disimpan pada -20
o C untuk dianalisis lebih lanjut.
Isolasi DNA sampel dengan kit isolasi GenCheck® DNA Extraction Reagent
(FASMAC)
Isolasi DNA dengan menggunakan kit GenCheck® DNA Extraction Reagent
(FASMAC) diawali dengan penimbangan sampel sebanyak 10 g kemudian dimasukkan ke
dalam microtube ukuran 1,5 mL. Sampel dalam microtube ditambahkan 100 μL reagen
ekstraksi DNA, kemudian dihomogenisasi menggunakan vortex lalu di-spindown agar
seluruh sampel mengendap di dasar microtube. Sampel diinkubasi pada suhu 100 °C selama
10 menit, kemudian didinginkan dalam es selama 1 menit dan disentrifugasi pada 15.000 g
selama 1 menit pada suhu ruang dan diperoleh isolat DNA. Isolat DNA yang diperoleh
disimpan pada -20 o C untuk dianalisis lebih lanjut.
Elektroforesis isolat DNA
Elektroforesis isolat DNA sampel dilakukan dengan mengacu pada metode
Westermeier (2004). Elektroforesis dilakukan untuk mengamati keberhasilan isolat DNA
yang didapatkan dari sampel. Kuat arus yang digunakan 60 A dengan tegangan 90 volt.
Elektroforesis dilakukan selama 30 menit. Media gel yang digunakan yaitu gel agarosa 1,2%.
Agarosa ditimbang sebanyak 0,6 g, kemudian ditambahkan bufer TBE sebanyak 1×50 mL,
selanjutnya dipanaskan menggunakan oven pada suhu 100 °C selama 30 menit. Larutan
didiamkan pada suhu ruang selama 15 menit, kemudian dimasukkan ke dalam alat
elektroforesis horizontal. Tahapan uji kualitas DNA yaitu, pertama disiapkan larutan
cybergreen sebanyak 3 µL, kemudian ditambahkan loading dye sebanyak 3 µL dan isolat
DNA sebanyak 3 µL. Isolat kemudian divisualisasi mengunakan UVtransiluminator.
Konsentrasi dan kemurnian DNA
 Konsentrasi dan kemurnian DNA merupakan tahapan penting bagi rangkaian proses
isolasi DNA. Analisis konsentrasi dan kemurnian DNA pada penelitian ini dilakukan dengan
mengacu pada metode Chen et al. (2010). Konsentrasi dan kemurnian (rasio absorbansi pada
260/280) dari DNA yang diekstraksi ditentukan menggunakan spektrofotometer nanodrop
(Implan NP-80). Bufer lisis yang digunakan pada isolasi DNA diteteskan pada sensor
nanodrop sebanyak 1 μL lalu dijalankan sebagai blangko, kemudian sensor dibersihkan dan
diteteskan isolat DNA sampel sebanyak 1 μL lalu dianalisis menggunakan nanodrop®
(Implan NP-80). Tahap tersebut dilakukan pada setiap sampel isolat DNA. Pengukuran
konsentrasi DNA dengan nanodrop dilakukan pada panjang gelombang 260 nm, sedangkan
protein diukur pada panjang gelombang 280 nm dengan DNA murni didefinisikan memiliki
rasio absorbansi 260/280 berkisar antara 1,6 dan 2,0.
Isolasi DNA Hewan Modifikasi Metode Ausubel (1995)
Sumber DNA untuk isolasi biasanya dari alat gerak atau daging hewan. Sampel
diambil dan dikeringkan diatas tisu, dijepit, kemudian dipotong-potong kecil dengan
menggunakan pinset dan gunting steril. Hasil yang lebih baik akan didapat bila daging
diblender terlebih dahulu. Hasil blender atau potongan langsung ditampung di dalam mortar
steril kemudian dihancurkan (digerus) atau diratakan dengan pastle steril sampai benar-benar
hancur di atas es batu. Sampel ditambah dengan 2,4ml bufer digesti, 10 μL Lizosim 10mg/ml,
dan 1 ml SDS 10%. Sampel digerus hingga tercampur merata dengan bahan-bahan tersebut.
Semua sampel dimasukkan ke dalam eppendorf. Semua sampel dalam eppendorf diinkubasi
pada suhu 50°C selama 12 jam. Setiap 30 menit sekali digojog. Hasil dari inkubasi ditambah
dengan fenol : kloroform 1:1 kemudian divortex selama 10 detik dan dimasukan ke dalam
sentrifug selama 5 menit dengan kecepatan 6.000 rpm. Fase paling atas hasil sentrifugasi
dipindahkan kedalam mikrosentrifuga yang baru dan ditambah dengan sodium asetat 3M pH
5,2 sebanyak 1/10 volume fase atas yang didapat kemudian dihomogenkan sampai merata.
Sampel yg sudah tercampur merata dengan sodium asetat ditambah dengan etanol 100%
sebanyak 2 volume, dihomogenkan sampai merata dan didiamkan pada suhu dingin dalam es
batu yang sudah hancur selama 5 menit. Semua sampel disentrifugasi kembali dengan
kecepatan 6.000 rpm selama 5 menit, kemudian supernatan yang terbentuk dipindahkan ke
mikrosentrifuga yang baru. Supernatan yang didapatkan ditambah dengan etanol 70% pada
suhu ruang dan disentrifugasi kembali untuk mendapatkan supernatan. Supernatan baru yang
terbentuk dipindahkan ke mikrosentrifuga baru dan dikering anginkan. Pelet yang sudah
kering ditambah dengan bufer TE pH 8. Hasil disimpan dalam freezer untuk kemudian masuk
ke tahap elektroforesis. Metode lain yang digunakan untuk mengisolasi DNA hewan
umumnya menggunakan metode Chelex. Metode ini memberikan cara yang sangat cepat
untuk mengisolasi DNA dan menghindarkannya dari enzim degradatif dan beberapa
kontaminan potensial yang mungkin menghambat proses tersebut. Pada prinsipnya, Chelex
resin kehendak perangkap kontaminan seperti, meninggalkan DNA dalam larutan. Dalam
prakteknya, Chelex ekstraksi dapat rentan terhadap degradasi, dan harus disimpan dalam
freezer saat tidak digunakan, atau pencabutan tersebut harus digunakan dalam waktu 24 jam
dari ekstraksi. Jika jaringan diekstrak mengandung pigmen dan inhibitor lainnya untuk
eksperimen hilir, sering berhasil untuk mencairkan ekstraksi Chelex 1 : 9 dengan air suling
sebelum digunakan. Pengambilan ekstrak perlu dilakukan menggunakan pipet dari lapisan
atas untuk menghindari resin yang dapat menkontaminasi DNA yang akan diperoleh.
PERBANDINGAN METODE LISIS JARINGAN HEWAN DALAM PROSES
ISOLASI DNA GENOM PADA ORGAN LIVER TIKUS PUTIH (Rattus norvegicus)
(JURNAL 3 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus Norvegicus)
Tikus putih yang digunakan untuk diambil sampelnya pada penelitian kali ini berasal
dari strain wistar yang didapatkan dari toko petshop aneka hewan jember. Tikus putih
tersebut di aklimatisasi selama 7 hari dan diberi makan dan minum selama duakali sehari.
Setelah tahap aklimatisasi berakhir, tikus putih tersebut di bedah dan diambil organ hati dari
tikus putih tersebut dengan menggunakan alat seksi yang steril. Organ tersebut kemudian di
potong dan dimasukkan dalam tabung eppendorf baru yang steril. Selanjutnya disimpan
dalam suhu -20oC sampai tahap isolasi DNA akan dilakukan. Sampel yang digunakan
kemudian di timbang sebanyak 60 mg kemudian masing-masing diberi buffer ekstraksi
(10mM Tris, 100mM EDTA, 400mM NaCl, 3% SDS) dan proteinase-K sebanyak 5
mikroliter, selanjutnya perlakuan lisis yaknidengan berbagai cara inkubasi dengan suhu 55
derajat selama overnight, inkubasi selama 2 jam dengan suhu 65 derajat, dan dengan cara
penggerusan. Setelah jaringan tersebut tampak homogen, dilakukan proses sentrifugasi
dengan kecepatan 12.000 rpm selama 10 menit, supernatan dari hasil sentrifugasi tersebut
kemudian dipindah kedalam tabung eppendorf baru, kemudian protein dan lipid di presipitasi
dengan menggunakan Phenol Chlorofom Isoamyl Alcohol (25 : 24 : 1) di sentrifugasi dengan
kecepatan 12.000 rpm selama 10 menit diambil bagian supernatantnya. Proses tersebut
dilakukan selama 2 kali dan selanjutnya zat lainnya seperti polisakarida di presipitasi dengan
menggunakan chlorofom isoamyl alcohol (25:1) sebanyak 1 kali. Supernatant yang di
dapatkan kemudian di presipitasi dengan menggunakan isopropanol absolut, kemudian untuk
memaksimalkan perolehan DNA, di inkubasi dalam suhu -20oC selama 1 jam. Setelah itu
DNA kemudian di peletkan dengan cara di sentrifugasi dengan kecepatan 12.000 rpm selama
5 menit dengan suhu 4oC. Pelet DNA kemudian di cuci dengan menggunakan etanol 70%,
kemudian pelet dikering anginkan dan diencerkan dengan buffer TE sebanyak 30-50
mikroliter tergantung dari banyaknya pelet DNA yang terbentuk. Proses elektroforesis DNA
dilakukan dengan mengambil larutan DNA sebanyak 5 mikroliter kemudian memberikan
pewarnaan DNA dengan menggunakan loading dye sebanyak 1 mikroliter. DNA tersebut
selanjutnya di running pada TAE gel agarosa 1% dengan arus 100volt dan waktu selama 30
menit.

TEKNIK ISOLASI DNA SEL HAYATI AYAM SECARA TRADISIONAL ( JURNAL

4
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Sel Hayati Ayam Secara Tradisional
Hati ayam 100 gram dipotong berukuran besar dan ditaruh dalam lumping. Kemudian
kedalamnya diberikan air es dan garam sebanyak setengah sendok teh. Selanjutnya bahan-
bahan tersebut digerus bersama menggunakan lumpang dan mortal hingga halus. Tambahkan
1 sendok teh sunlight, aduk hingga menjadi kental dan berlendir tambahkan air es hingga
menjadi lebih encer, namun tetap berlendir. Diamkan selama 15 menit. Pindahkan larutan
kedalam tabung reaksi hingga ketinggiannya dari dasar tabung mencapai lebih kurang 2 cm.
AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN 18S rRNA PADA DNA METAGENOMIK MADU
DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) ( JURNAL 5 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Metagenomik Madu Dengan Teknik Pcr (Polymerase
Chain Reaction)
*Pemilihan Primer PCR
Program Clone Manager Suite 6 digunakan dalam memilih primer forward dan
reverse dan simulasi amplifikasi PCR. Pemilihan pasangan primer dilakukan dengan tahapan
yang sudah ditentukan dalam program Clone Manager Suite 6. Beberapa urutan basa
nukleotida primer forward dan reverse dengan mengacu pada urutan basa nukleotida DNA
template dimasukkan dan diproses dalam program. Beberapa hasil pasangan primer terbaik
digunakan untuk simulasi secara in silico amplifikasi PCR.
*Pengambilan Sampel Madu Sampel madu asli diambil langsung dari 2 peternak lebah Desa
Seraya Tengah, Kecamatan Karangasem, Kabupaten Karangasem. Sarang lebah yang telah
berisi madu dipotong menjadi beberapa bagian. Pengambilan madu dilakukan dengan cara
pemerasan secara steril.
*Isolasi DNA Metagenomik Isolasi DNA metagenomik dilakukan dengan tiga metode.
Pertama, isolasi dengan lisis sel secara secara langsung dari metode isolasi DNA
metagenomik berdasarkan metode Kuske et al. (1997) [7] dan telah dikembangkan oleh
Hartawan et al. (2014) untuk madu [5]. Kedua, isolasi DNA metagenomik menggunakan
PowerSoil DNA Isolation Kit dari MO BIO Laboratories, Inc dilakukan sesuai dengan
manual yang tersedia dalam kit. Ketiga, isolasi DNA metagenomik yang diawali dengan
preparasi sampel berdasarkan protokol yang diusulkan oleh Waiblinger et al. (2012) [8] dan
dipadukan dengan menggunakan PowerSoil DNA Isolation Kit. Sebanyak 1,2 gram sampel
madu didistribusikan ke empat tabung Eppendorf 1,5 mL (0,3 gram madu per tabung), diikuti
dengan penambahan 960 L air steril untuk setiap tabung lalu diinkubasi pada suhu 40oC
selama 10 menit. Setelah sentrifugasi selama 10 menit pada 11.000 x g, supernatan dibuang,
pellet diresuspensi dengan 120 L akuadest steril dan digabungkan dalam satu tabung
Eppendorf 1,5 mL. Suspensi diencerkan dengan dengan akuadest steril sampai volume sekitar
1080 L dan disentrifugasi selama 10 menit pada 11.000 x g. Supernatan dibuang, pelet
diresuspensi dengan 50 L akuadest steril. Pelet resuspensi yang diperoleh dilanjutkan ke
tahap isolasi dengan menggunakan PowerSoil DNA Isolation Kit.
*Amplifikasi DNA Metagenomik Madu Hasil isolasi DNA metagenomik madu diamplifikasi
dengan teknik PCR menggunakan alat thermocycle. Hasil pemilihan primer digunakan pada
proses amplifikasi dalam 10 μL campuran reaksi dengan komposisi: 3 μL ddH2O (aquadest
steril), masing- masing 0.5 μL primer forward dan reverse, 1 μL DNA metagenomik madu
sebagai template, dan 5 μL KAPA Taq Extra HotStart with dye 2x master mix. Kondisi
amplifikasi PCR yang dilakukan adalah sebagai berikut: denaturasi awal pada 95oC selama 3
menit; siklus PCR 30 kali yang terdiri dari denaturasi (95oC, 1 menit), annealing (55oC, 1
menit), dan ekstensi (72oC, 2 menit); serta ekstensi akhir (72oC, 5 menit).
*Analisis dengan Elektroforesis Gel Agarosa Gel agarosa 1,5% dibuat dengan melarutkan
0,52 g agarosa dalam 35 mL bufer TAE 1x (Tris-asetat 40 mM dan Na2EDTA 1 mM pH 8)
dengan pemanasan. Setelah agarosa terlarut dan didinginkan sampai kira-kira suhunya 45oC,
selanjutnya gel agarosa ditambahkan 4 μL Flourescent dituangkan pada cetakan dan
dibiarkan memadat. Sampel DNA yang akan dielektroforesis dicampur dengan loading bufer
1x [loading bufer 6x: bromophenol blue 0,25% (b/v) dan sukrosa 40% (b/v)], dan
dimasukkan kedalam sumur-sumur alat elektroforesis. Elektroforesis dilakukan dalam bufer
TAE pada tegangan 50 Volt. Elektroforesis dihentikan ketika bromophenol blue telah
bermigrasi kira-kira 2/3 dari panjang gel. Pita DNA dapat diamati dengan sinar UV
menggunakan GelDoc Enduro GDS.

ISOLASI DAN KUANTIFIKASI RNA PADA ORGAN USUS IKAN BETOK

(ANABAS TESTUDINEUS) DENGAN MENGGUNAKAN METODE
ISOGEN/GENEZOL ( JURNAL 6 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Organ Usus Ikan Betok (Anabas Testudineus) Dengan
Menggunakan Metode Isogen/Genezol
Pertama yang dilakukan adalah mengambil organ usus ikan betok sebanyak 20 mg
dan dimasukkan ke dalam tube yang sudah diisi dengan isogen 200µl. Lalu usus ikan betok di
grinder menggunakan mikropestel sampai halus. Setelah halus, isogen ditambahkan sebanyak
600µl, lalu disimpan selama 5 menit dengan suhu ruangan. Setelah 5 menit, kloroform
ditambahkan kedalam tube sebanyak 200µl, lalu di vortex selama 15 detik dan didiamkan
selama 2-3 menit. Setelah itu sampel di sentrifuge (HR-1500FR) selama 5 menit dengan
kecepatan 13000 rpm. Setelah itu supernatan yang terbentuk dipindahkan kedalam tube yang
baru yang sudah berisi cairan isopropanol sebanyak 400µl, lalu sampel di vortex kembali dan
dismpan dalam suhu ruanng selama 5-10 menit. Setelah itu, sampel di sentrifuge selama 10
menit dengan kecepatan yang sama 13000 rpm, lalu supernatant dibuang. Setelah supernatant
dibuang, lalu tambahkan cairan ETOH 70% atau ethanol dingin sebanyak 1 ml kedalam tube,
lalu di sentrifuge selama 5 menit dengan suhu 4°C dan kecepatan 13000 rpm. Setelah itu
buang supernatan, lalu keringkan di udara selama 15-30 menit. Setelah itu, larutan DEPC
(Diethylpyrocarbonate) ditambahkan kedalam tube sebanyak 50µl, lalu di vortex. Setelah itu
pengukuran sampel dengan menggunakan gene quant.

ANALISIS DNA MIKROSATELIT UNTUK IDENTIFIKASI PATERNITAS PADA

BERUK (MACACA NEMESTRINA) DI PENANGKARAN PUSAT STUDI SATWA
PRIMATA IPB ( JURNAL 7 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Beruk (Macaca Nemestrina) Di Penangkaran Pusat
Studi Satwa Primata Ipb
Beruk disedasi dengan Ketamin HCl 10-15 mg/kg bobot badan, darah diambil melalui
vena femoralis dengan alat suntik ± 3,5 ml, kemudian disimpan dalam tabung EDTA
(Ethylenediaminetetraacetic Acid). Darah disentrifugasi pada kecepatan 3.500 rpm selama 10
menit dan akan terbentuk tiga lapisan plasma, buffy coat (sel darah putih) dan sel darah
merah. Ekstraksi DNA. DNA diekstraksi dari buffy coat, dengan mengacu pada metode
penelitian yang digunakan oleh Kan et al. (1997) dengan beberapa modifikasi. Buffy coat
yang diperoleh dimasukkan ke dalam tabung mikro 1,5 ml, kemudian dicuci dengan Nacl
0,2% dan 1mM EDTA lalu dikocok hingga tercampur merata tanpa ada endapan di dasar
tabung lagi. Setelah itu disentrifugasi dengan kecepatan 3.500 rpm selama 10 menit.
Pencucian dilanjutkan yaitu dengan memasukkan NaCl 0,9% dan 1mM EDTA ke dalam
tabung dan diputar kembali dengan kecepatan 3.500 rpm selama 10 menit. Sel darah putih
yang sudah dicuci, ditambah 300 µl 1x STE (Sodium Tris-EDTA), 20 µl Proteinase K (10
mg/ml) dan 40 µl 10% SDS (Sodiumdodesilsulfate). Campuran ini dikocok pelan-pelan
selama 2 jam pada suhu 55°C. DNA dimurnikan dengan metode fenol-kloroform, yaitu
dengan menambahkan 40 µl 5M NaCl, 450 µl kloroform iso amil alkohol (24:1) dan 450 µl
fenol (saturasi dengan 1M Tris-HCl, pH 8.0), kemudian diputar perlahan pada suhu 27°C
menggunakan rotator selama satu jam. Proses ekstraksi dilanjutkan dengan sentrifugasi
dengan kecepatan 8.000 rpm selama 10 menit. DNA dipindahkan ke dalam tabung baru dan
ditambahkan 40 µl 5M NaCl dan 800 µl etanol absolut yang berfungsi untuk mengendapkan
DNA. Campuran diinkubasi selama semalam minimal tiga jam pada suhu - 20°C. Pada
endapan yang dihasilkan dilakukan pencucian dengan menambahkan 800 µl 70% etanol,
kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 8.000 rpm selama 10 menit, setelah itu etanol
dibuang dan diuapkan dengan menggunakan pompa vakum. DNA kemudian dilarutkan
dengan 80 µl 80% larutan penyangga TE (10-2 M Tris, 10-3 M EDTA pH 8.0).

PELACAKAN GEN AEROLYSIN DARI AEROMONAS HYDROPHILA PADA

IKAN MAS YANG DIBERI PAKAN EKSTRAK BAWANG PUTIH ( JURNAL 8 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Ikan Mas Yang Diberi Pakan Ekstrak Bawang Putih
Ikan percobaan diberi pakan jenis 781-2 (Central Pangan Pertiwi) jenis 781-2
dicampur dengan ekstrak etanol bawang putih. Pembuatan ekstrak etanol bawang putih
dilakukan dengan cara bawang putih dikupas, dicuci bersih dan dikering anginkan. Bawang
putih diblender dengan ethanol 70 % dengan perbandingan 1 : 5 bahan pelarut ( 1kg bawang
putih ditambah 5 liter ethanol 70 %), disaring dengan kertas saring. Filtrat hasil penyaringan
dicampur pada pakan pelet sesuai dengan dosis perlakuan hingga rata. Setelah filtrat terserap
oleh pelet diangin-anginkan, kemudian dioven 600 C selama 24 jam. Ikan ukuran 10-15 cm
dari sentra pembenihan Cangkringan Jogjakarta ditempatkan pada aquarium 30 x 15 x 26 cm,
1 ekor/ aquarium, diadaptasi diberi pakan standar secara ad libitum selama tujuh hari. Setelah
adaptasi, ikan diberi pakan mengandung berbagai konsentrasi ekstrak etanol bawang putih
sesuai dengan bobot badannya sebanyak 3 %. Bakteri yang dipakai menginfeksi ikan adalah
SA2. A. hydrophila isolat FKH-UGM. Perlakuan yang diberikan kepada ikan-ikan percobaan
adalah : (1) Ikan kontrol positip / ikan diberi pakan standart kemudian diinfeksi dengan
A.hydrophila (2) Ikan kontrol negatip / ikan diberi pakan standart tidak diinfeksi (3) Ikan
yang diberi pakan mengandung ekstrak bawang putih 2,5 % /kg (4) Ikan yang diberi pakan
mengandung ekstrak bawang putih 5 %/kg (5) Ikan yang diberi pakan mengandung ekstrak
ekstrak bawang putih 10 %/kg Masing-masing perlakuan ulangannya 10 ekor. Pemberian
pakan dilakukan pada pagi hari dan sore hari selama 30 hari. Dilakukan penyifonan setiap
hari pada siang hari. Setelah hari ke 30 ikan diinfeksi dengan A. hydrophila secara
intramuskuler dengan bakteri 106 sel/ml, dosis 0,1 ml/ekor. Pada hari ke-14 pascainfeksi
ginjal ikan bagian anterior semua perlakuan diambil sebesar 25 mg guna diekstraksi
DNAnya.
IDENTIFIKASI MOLEKULER KAPANG ASOSIASI SPONS MENGGUNAKAN
METODE DNA BARCODING ( JURNAL 9 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Kapang Asosiasi Spons Menggunakan Metode Dna
Barcoding
*Peremajaan Isolat Stok kapang yang tersimpan pada gliserol dilakukan peremajaan pada
cawan petri dengan media Potato Dextrose Agar (PDA) kemudian dilakukan inkubasi selama
7 x 24 jam (Gobalakrishnan & Bhuvaneswari, 2019).
*Identifikasi Makroskopik dan Mikroskopik Kapang berfilamen diidentifikasi berdasarkan
karakteristik makroskopis (kolonial) dan mikroskopisnya. Deskripsi kolonial termasuk
karakteristik koloni seperti warna , tekstur, margin, ketinggian dan karakteristik hifa udara.
Teknik slide culture dari Sibero et al. (2017) digunakan untuk pemeriksaan mikroskopis
isolat kapang yang mencakup morfologi spora, warna, bentuk, ornamen atau tekstur dinding,
ukuran, pembentukan konidia dan karakteristik terkait lainnya seperti pola phialide dan
konidiasi. Deskripsi kapang di MycoBank (www.mycobank.com) digunakan sebagai
panduan untuk identifikasi lebih lanjut dari isolat kapang.
*Ekstraksi DNA Metode chelex dimulai dengan mengisolasi DNA dengan metode saponin
(Sibero et al. 2018). Miselia kapang diambil dan dimaukkan ke dalam microtube steril dan
ditambahkan 1 mL saponin dan 100 µL ddH2O dan PBS, kemudian disimpan pada suhu 4 ̊C
selama 24 jam. Sampel microtube dicuci dengan cara disentrifugasi pada kecepatan 12.000
r.p.m. selama 10 menit, selanjutnya supernatannya dibuang dan ditambahkan ddH2O steril
yang baru kemudian dicampur menggunakan vortex. Proses ini dilakukan sebanyak 2-3 kali
dengan tujuan menghilangkan residu saponin. Pelet yang diperoleh dari hasil pencucian
selanjutnya ditambahkan 100 µL Chelex 100 20% kemudian dipanaskan menggunakan
heating block pada suhu 85 ̊C selama 5 menit kemudian dicampur lagi menggunakan vortex
lalu disentrifugasi kembali selama 5 menit. Sampel kembali dipanaskan lagi dengan suhu dan
waktu yang sama dan disentrifugasi.
*Amplifikasi DNA DNA kapang yang telah diisolasi selanjutnya diamplifikasi secara in vitro
menggunakan polymerase chain reaction (PCR) (Sibero et al., 2018). Campuran PCR yang
digunakan terdiri atas 12.5 µL PCR mix master, 1 µL primer forward (ITS1), 1 µL primer
reverse (ITS4), 1 µL DNA kapang dan 9.5 µL ddH2O steril sehingga volume maksimal PCR
tube adalah 25 µL. Protokol kondisi PCR untuk amplifikasi DNA akan sebanyak 30 kali
siklus, yang terdiri atas: denaturasi DNA: 95 ̊C, selama 1 menit; annealing : suhu optimasi,
selama 1 menit; ekstensi : 72 ̊C, selama 1 menit
*Pengecekan Kualitas Produk PCR Pengecekan kualitas produk PCR dilakukan
menggunakan elektroforesis dengan buffer Tris base, asam asetat dan EDTA (TAE) 1X.
Agarose direndam di dalam larutan pewarna ethidium bromide (Etbr) selama 30 menit.
Agarose selanjutnya dimasukkan ke dalam gel documentation untuk disinari dengan lampu
UV. Sampel dengan band DNA selanjutnya dikirim untuk disekuensing (Sibero et al., 2018).
Tahapan sekuensing dilakukan oleh 1st Base Malaysia.
*Analisis Sekuens dan Pembuatan Pohon Filogenetik Sekuens yang diperoleh selanjutnya
diolah menggunakan software MEGA X. Untuk mengetahui spesies kapang maka sekuens
yang diterima dari 1st Base Malaysia dicocokkan pada pangkalan data di GenBank
menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) yang terdapat di
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Pohon filogenetik dilakukan dengan cara
mensejajarkan seluruh sekuens dan sekuens pembandingnya. Analisis algortima dilakukan
menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) kemudian pengujian dilakukan dengan nilai
bootstrap 10000 kali.

AMPLIFIKASI DNA GEN MEAT TENDERNES PADA SAPI BALI (Bos sondaicus)
( JURNAL 10 )
Prosedur Kerja Isolasi Dna Pada Gen Meat Tendernes Pada Sapi Bali (Bos Sondaicus)
*Isolasi dan Uji Kemurnian DNA DNA diisolasi dari sel limfosit darah (Robyt and White,
1987). Sebanyak 3 ml darah dicampur dengan 3 ml PBS pH 7,4 dan disentrifugasi dan
dimasukkan di atas larutan 3 ml ficoli histopaque 10077 (Sigma Diagnostic) dalam tabung
sentrifuse dan disentrifugasi selama 20 menit dengan kecepatan 1500 rpm. Lapisan
mononuklearnya dipipet menggunakan mikropipet. Sel yang diperoleh dicuci dua klai dalam
1 ml PBS dan disentrifuse sekalilagi dengan waktu dan kecepatan yang sama. Sel limfosit
yang telah dipiashkan ditambah 30 ul K buffer (20 ul PBS-Tween + 10 ul proteinase K 300
ug/ml). kemudian diinkubasi pada suhu 56 0C dan pada suhu 95 0Cselama 10 menit.
Ditambahkan ke dalamnya etanol : kloroform (1 : 24) dengan volume yang sama,
dihomogenkan dan dibiarkan sampai membentuk 3 lapisan. Lapisan teratas dalam (DNA)
dipipet dan ditambahkan satu kali volume etanol dingin, kemudian disentrifuse dan diambil
isolat DNA nya. Untuk menguji kemurnia DNA digunakan metode Fritsh. Sample isolate
DNA dipipet 10 ul, ditambah TE sampai 20 ml, dimasukkan dalam cuvet quart dan diukur
serapannya dengan menggunakan spektrofotometer UV-VIS pada panjang gelombang 260
nm dan 280 nm dan sebagai blanko digunakan TE.
*Amplifikasi DNA Pengambilan sampel sebagaimana yang telah dirancang sebelumnya
bertujuan untuk memilih marka yang polimorforfis diantara kelompok-kelompok ternak.
Untuk melacak gen pertumbuhan marka digunakan PCR (plimerase chain reaction). Dengan
menggunakan primer yang menggunakan kepada daerah promoter dan exons 9, fragmen
DNA dari gen pengendali meat tenderness diamplifikasi dari DNA genom yang diperoleh
dari 81 ekor sapi Bali dengan umur yang berbeda. Primer untuk gen pengendali gen
pengemdali meat tenderness yang digunakan berturut-turut sebanyak 2 buah (Casas et al.,
2005). Jumlah ini merupakan hasil screening yang telah dilakukan sebelumnya dari jumlah
sekitar 35 buah (Page et al., 2002). Empat macam SNP pada gen CAPN1 sapi (Gen Bank
accession AF 248054 dan AF252504) dianalisis untuk genotipnya. Marka CAOPN316
merupakan poimorfisme cystidin/guanosin (C/G) pada exon 9 dari gen yang menghasilkan
sustitusi asam amino (alel C mengkodekan alanin, dan G untuk glisin (Page et al., 2002).
Marka CAPN530 merupakan polimorfisme adenosine/guanosin (A/G) pada exon 14 dalam
gen yang menghasilkan subtitusi asam amino (kode alel A untuk isoleusin, alel G untuk
valin). Marka CAPN475 merupakan polimorfisme adenosine/cystidin yang terletak pada
interon /timidin (A/T) yang terdapat pada interon 1 dari gen (Page et al., 2004).
1.3 Hasil dan Pembahasan

PADA JURNAL KE-3 (PERBANDINGAN METODE LISIS JARINGAN HEWAN

DALAM PROSES ISOLASI DNA GENOM PADA ORGAN LIVER TIKUS PUTIH
(Rattus norvegicus))
Hasil menunjukkan bahwa DNA yang di ekstraksi dengan metode lisis secara
overnight (12 jam) (Sambrook et al, 1987) menunjukkan hasil yang lebih Hasil menunjukkan
bahwa DNA yang di ekstraksi dengan metode lisis secara overnight (12 jam) (Sambrook et
al, 1987) menunjukkan hasil yang lebih baik dibandingkan dengan metode yang lain (metode
lisis selama 2 jam, metode lisis selama 10 menit, dan metode gerus) sedangkan metode lisis
dengan suhu 65 derajat menunjukkan hasil yang lebih bagus dibandingkan dengan metode
penggerusan. Metode penggerusan menunjukkan hasil DNA yang kurang bagus, akan tetapi
masih menunjukkan keberadaan DNA pada hasil elektroforesis. Pada perlakuan inkubasi
dengan suhu 80 derajat selama 10 menit tidak menunjukkan adanya kemunculan DNA pada
saat hasil elektroforesis.
 Berdasarkan hasil isolasi diatas, DNA yang di ekstraksi selama 12 jam dengan metode
lisis secara overnightmenunjukkan hasil yang lebih jelas dibandingkan dengan metode lisis 2
jam, metode lisis 10 menit, dan metode gerus. Hal ini disebabkan protein yang dapat
mengkontaminasi kemurnian DNA akan mengalami denaturasi pada suhu diantara 45-60
derajat ketika di inkubasi selama 10-12 jam (Paul, 1996). Selain itu enzim yang dapat
mengakibatkan kerusakan DNA seperti enzim nuklese akan dinonaktifkan pada kondisi
tersebut. Inkubasi dengan suhu 55 derajat akan membuat Proteinase-K akan bekerja secara
maksimal dan optimum dalam menghancurkan protein dan menginaktivasi enzim nuklease
yang dapat merusak DNA (Qamar, 2017).Kerja EDTA akan maksimal dalam waktu yang
cukup lama sehingga pada perlakuan inkubasi selama overnight 12 jam menunjukkan hasil
yang lebih baik dibandingkan dengan hasil yang lain.Selanjutnya pada metode lisis dengan
suhu 65 derajat selama 2 jam menunjukkan hasil yang bagus dibandingkan dengan metode
penggerusan. Pada suhu 65 derajat, protein dapat terdenaturasi dengan baik akan tetapi
beberapa polisakarida tidak terdenaturasi secara sempurna apabila hanya dilakukan pada
waktu 2 jam saja.
Protein dan polisakarida akan berinteraksi dengan air sehingga mengalami denaturasi
paling tidak membutuhkan waktu selama 3 jam (Christensen, 2012).Ketika pada saat tahap
lisis, buffer ekstraksi yang mengandung larutan EDTA akan mencegah dan merusak enzim
nuklease, sehingga aktivitas dari endonuklease yang ada dalam sel dan jaringan dapat di
tekan atau bahkan dihilangkan (Kotikalapudi,, 2015). Pada metode penggerusan
menunjukkan hasil DNA yang kurang baik, akan tetapi masih menunjukkan keberadaan DNA
pada hasil elektroforesis. Penggerusan yang dilakukan tidak menggunakan nitrogen cair,
melainkan hanya di gerus dengan menggunakan mortar biasa, sehingga protein, lipid, dan
polisakarida lainnya tidak dapat hancur dan mengkontaminasi DNA.
Hal tersebut dapat terlihat ketika tahapan ekstraksi dengan menggunakan PCI pada
saat akan mengambil supernatant yang mengandung DNA, maka middle layer yang
merupakan protein dan lipid juga akan ikut terambil dan mengotori DNA. Pada saat protein
mengkontaminasi DNA dan DNA tersebut kemudian di elektroforesis terlihat band DNA
mengalami degradasi (Tan, 2009). Enzim nuklease yang ada pada setiap sel dan jaringan juga
kurang terkendali sehingga menyebabkan rusaknya sebagian molekul DNA. Terakhir pada
perlakuan inkubasi dengan suhu 80 derajat selama 10 menit tidak menunjukkan adanya
kemunculan DNA pada saat hasil elektroforesis. Hal ini dapat dimungkin bahwa pada suhu
mencapai 80 derajat. DNA yang berada pada suhu tinggi akan mengalami kerusakan dan
mengalami putusnya ikatan fosfat dan ikatan kovalen pada DNA (Karni, 2013) sehingga yang
terlihat pada hasil elektroforesis adalah DNA yang terdegradasi dan RNA yakni partikel yang
jauh lebih ringan dari DNA.
 BAB IV
PENUTUP
4.1 Kesimpulan

1. Isolasi DNA menggunakan metode yang berbeda menunjukkan hasil yang berbeda
pada tingkat konsentrasi dan kemurnian isolat DNA. Isolat DNA yang diisolasi
menggunakan metode konvensional CTAB relatif murni, begitu pula dengan metode
kit The DNeasy Mericon Food (Qiagen) pada sampel crab stick dan metode kit
TianGen pada sampel steik tuna dan ikan segar (ikan cakalang dan nila). Isolat DNA
produk perikanan segar memiliki kandungan konsentrasi DNA yang lebih tinggi
dibandingkan dengan isolat DNA pada produk perikanan olahan.
2. Proses lisis yang baik dalam proses isolasi DNA hewan adalah dengan menggunakan
inkubasi selama overnight (12 jam) dengan suhu 55 derajat. Apabila mendadak, lisis
dapat dilakukan dengan inkubasi selama 2 jam dengan suhu 65 derajat. Penggerusan
dapat pula mempercepat dalam proses lisis akan tetapi hasil yang diperoleh tidak
maksimal. Inkubasi dengan suhu 80 derajat selama 10 menit dapat mempercepat
proses lisis akan tetapi akan merusak DNA sehingga DNA tidak muncul saat proses
elektroforesis.
3. Teknik isolasi DNA tradisional dapat dilakukan untuk mengisolasi DNA dari hati
meskipun tidak dapat dibuktikan secara meyakin bahwa DNA yang diisolasi itu murni
hanya berasal dari DNA inti ayam.
4. Primer terbaik hasil pengujian in silico digunakan pada proses amplifikasi, yakni
primer forward F1 (Euk-18SRG-F) dengan sekuen
5’CTGCCCTATCAACTTTCGATGGTA-3’ dan primer reverse R1 (Euk-18SRG-R)
dengan sekuen 5’TTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCA-3’. Ukuran amplikon
diperoleh sekitar 100 pb dengan kondisi optimum amplifikasi sebagai berikut:
denaturasi awal pada 95°C selama 3 menit, dilanjutkan dengan 30 siklus amplifikasi
(denaturasi pada suhu 95°C selama 1 menit, annealing pada 55°C selama 1 menit dan
elongasi pada 72°C selama 2 menit), dan diakhiri dengan extension pada 72°C selama
5 menit.

4.2. Saran
Dalam mereview sebuah jurnal, kita harus membaca jurnal tersebut dengan teliti
terlebih dahulu agar kita dapat memahami apa yang dipaparkan di dalam jurnal tersebut dan
dapat mereview nya dengan baik dan benar.
 DAFTAR PUSTAKA

Anggraeni, N., Ayuningsih, E., Farajallah, D., & Pamungkas, J. (2009). Analisis Dna
Mikrosatelit Untuk Identifikasi Paternitas Pada Beruk (Macaca Nemestrina) Di
Penangkaran Pusat Studi Satwa Primata Ipb. Jurnal Primatologi Indonesia, 6(2), 32–39.

Hapsari, A. I. (2015). Isolasi dna tanaman bayam (. Didaktika, 13, 23–30.

Hariyadi, S., Narulita, E., & Rais, M. A. (2018). Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan
dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih ( Rattus norvegicus )
The Comparison Lysis Methods of Animal Tissue in Genomic DNA Isolation Process in
Liver Organ of White Rat ( Rattus Norvegicus ). Biology Education Conference, 15(1),
689–692.

Jessica, S., Larasati, H., Sabdono, A., & Sibero, M. T. (2021). Identifikasi Molekuler Kapang
Asosiasi Spons menggunakan Metode DNA Barcoding. Journal of Marine Research,
10(1), 48–54.

Lukistyowati, I., & Kurniasih, K. (2012). Pelacakan gen aerolysin dari Aeromonas
hydrophila pada ikan Mas yang diberi pakan ekstrak bawang putih. Jurnal Veteriner,
13(1), 43–50. Retrieved from https://ojs.unud.ac.id/index.php/jvet/article/view/2137

Mardiyyaningsih, A. N. (2013). Teknik Isolasi DNA Sel Hati Ayam Secara Tradisional.
Jurnal Pendidikan Matematika Dan IPA, 2(1), 23–28.
https://doi.org/10.26418/jpmipa.v2i1.2175

Prakoso, S. P., Wirajana, I. N., & Suarsa, I. W. (2017). AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN
18S rRNA PADA DNA METAGENOMIK MADU DENGAN TEKNIK PCR
(POLYMERASE CHAIN REACTION). Indonesian Journal of Legal and Forensic
Sciences (IJLFS), 7(3), 1. https://doi.org/10.24843/ijlfs.2017.v07.i01.p03

Setiaputri, A. A., Barokah, G. R., Arbajayanti, R. D., Fabella, N., Pertiwi, R. M., Nurilmala,
M., … Abdullah, A. (2020). Perbandingan Metode Isolasi DNA pada Produk Perikanan
Segar dan Olahan: Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 23(3), 447–458.
https://doi.org/10.17844/jphpi.v23i3.32314

Susilo, A., Soeparno, Hartatik, T., & Artama, W. T. (2012). Amplifikasi Dna Gen Meat
Tendernes Pada Sapi Bali. Jurnal Ilmu Dan Teknologi Hasil Ternak, 7(1), 19–23.

Tiara, S., Arziani, A., Siti, N., Aprilia, E., Retalia, S., Yunus, D., … Alkahfi, M. (2014).
Laporan Praktikum m . k Bioteknologi Akuakultur Isolasi dan Kuantifikasi RNA pada
organ usus ikan betok ( Anabas testudineus ) dengan menggunakan metode Isogen /
Genezol Material dan Prosedur Pembahasan, 1–4.