CRITICAL JOURNAL REVIEW (CJR)

“ASAM NUKLEAT”

Kelompok 4 PIPA 19 B

Anggota : Jessica Aprilyani br Ginting (4173351010)

Intan Ayuna Fahri (4191151003)

Ningrum Danuati (4191151008)

Endah Rezeki Fadlilah (4191151011)

Zifani Rosherina Sitio (4192451009

Indriani Laurensia br Tarigan (4192451014)

Kevin Parbarita Purba (4193151005)

Dosen Pengampu : Prof. Dr. Ramlan Silaban, M.Si.

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN IPA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

T.A 2020/2021
 KATA PENGANTAR

Pertama-tama kami mengucapkan puji syukur kehadirat Tuhan yang Maha Esa, sebab
telah memberikan rahmat dan karunia-Nya serta kesehatan kepada kami, sehingga mampu
menyelesaikan tugas “CRITICAL JOURNAL REVIEW” . Tugas ini dibuat untuk memenuhi
salah satu mata kuliah kami yaitu “BIOKIMIA”.

Tugas critical journal review ini membahas tentang isi jurnal yang di kritik dan materi
asam nukleat. Tugas ini disusun dengan harapan dapat menambah pengetahuan dan wawasan
kita semua. Kami menyadari bahwa tugas critical journal review ini masih jauh dari
kesempurnaan, apabila dalam tugas ini terdapat banyak kekurangan dan kesalahan, kami
mohon maaf karena sesungguhnya pengetahuan dan pemahaman kami masih terbatas , karena
keterbatasan ilmu dan pemahaman kami yang belum seberapa.

Karena itu kami sangat menantikan saran dan kritik dari pembaca yang sifatnya
membangun guna menyempurnakan tugas ini. Kami berharap semoga tugas critical journal
review ini dapat bermanfaat bagi pembaca dan bagi kami khususnya. Atas perhatian nya kami
mengucapkan terima kasih .

Medan, Oktober 2020

Kelompok 4

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR...............................................................................................................i

DAFTAR ISI.............................................................................................................................ii

BAB I PENDAHULUAN.........................................................................................................1

A. Latar Belakang................................................................................................................1

B. Tujuan Penulisan CJR.....................................................................................................1

C. Manfaat CJR....................................................................................................................1

D. Identitas Jurnal................................................................................................................1

BAB II PEMBAHASAN..........................................................................................................3

Ringkasan Jurnal Utama.........................................................................................................3

Ringkasan Jurnal Pembanding...............................................................................................4

BAB III KEUNGGULAN/KELEMAHAN JURNAL...........................................................9

Keunggulan Jurnal Utama......................................................................................................9

Keunggulan Jurnal Pembanding.............................................................................................9

Kelemahan Jurnal Utama.......................................................................................................9

Kelemahan Jurnal Pembanding..............................................................................................9

BAB IV PENUTUP................................................................................................................10

Kesimpulan...........................................................................................................................10

Saran.....................................................................................................................................10

DAFTAR PUSTAKA..............................................................................................................iii

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Melakukan Critical Journal Review pada suatu jurnal dengan membandingkannya dengan
jurnal lain sangat penting untuk dilakukan, dari kegiatan inilah kita dapat mengetahui
kelebihan dan kekurangan suatu jurnal. Dari mengkritik inilah kita jadi mendapatkan
informasi yang kompeten dengan cara merangkum isi dan menganalisis hasil penelitian yang
terdapat pada keseluruhan jurnal.

B. Tujuan Penulisan CJR

1. Mengulas isi suatu jurnal.
2. Mengetahui informasi suatu jurnal.
3. Membandingkan  isi jurnal utama dengan jurnal pembanding.

4. Melatih individu agar berfikir kritis dalam mencari informasi yang ada di setiap
jurnal.

C. Manfaat CJR
1. Untuk memenuhi tugas mata kuliah Biokimia.
2. Untuk menambah pengetahuan mengenai pembahasan Asam Nukleat.

3. Untuk mengetahui dan membandingkan banyak hal tentang ringkasan isi jurnal yang
dianalisis serta mengambil kesimpulan atas ringkasan jurnal tersebut.

D. Identitas Jurnal
Jurnal Utama

 Judul Jurnal : Asam nukleat bebas untuk deteksi DNA dan RNA Dalam
plasma dan serum
 Nama Jurnal : JKK
 Volume dan Halaman : Volume 3(4), Hal 117-120
 Tahun Terbit : 2017
 Penulis : Legiran
 ISSN : p-ISSN 2406-7431; e-ISSN 2614-0411

1
Jurnal Pembanding

 Judul Jurnal : Sensor Asam Nukleat Sebagai Aktivator Imunitas Intrinsik

Terhadap Patogen Intraseluler
 Nama Jurnal : Jurnal Farmasi Galenika
 Volume dan Halaman : Volume 3(2), Hal 174-190
 Tahun Terbit : 2017
 Penulis : Usmar, Rudi Arfiansyah, dan Firzan Nainu
 ISSN : e-2442-8744

2
 BAB II
PEMBAHASAN

Ringkasan Jurnal Utama

Konsep CNAPS telah dimulai sejak pertengahan abad keduapuluh ketika Mandel and
Métais untuk pertama kalinya melaporkan adanya cell-free DNA (cfDNA) dalam plasma.
Pengertian “CNAPS” merujuk pada perbedaan tipe dari cell-free nucleic acids (cfNAs),
seperti genomic-DNA (gDNA), mitochondrial-DNA (mitDNA), viral-DNA and RNA,
messenger (m)RNA, dan microRNA (miRNA), yang telah dilaporkan ada dalam plasma.
Metode analisis CAN
DNA sirkulasi umumnya diisolasi menggunakan kit seperti QIAmp 96 spin Blood
DNA extraction dari Qiagen. Sistem isolasi otomatis seperti MagNa Pure LC dapat
menghasilkan copy DNA/RNA yang tinggi secara signifikan dan tampak lebih baik dari
sistem manua. DNA plasma dengan kadar dibawah nanogram dapat dideteksi dengan radio
imunoassay. Dan sekarang dengan kadar dibawah picogram dapat dideteksi dengan PCR.
Bahkan sekarang dengan real time (RT) quantitative PCR digunakan untuk mengamplifikasi
dan mengkuantifikasi DNA/RNA. Light-cycler RT-PCR prosesnya cepat, mampu
mengeliminasi masalah kontaminasi serta tidak membutuhkan proses pasca PCR.
Efisiensi ekstraksi CNAPS juga lebih baik dengan memberikan representasi fragmen
DNA lebih kecil pada saat ekstraksi. Cell-free RNA (cfRNA) dapat dideteksi dalam cairan
tubuh lainnya seperti saliva dan urine, hasilnya memuaskan yaitu dilaporkan mampu
mendeteksi sebagai marka diagnosis kanker mulut dan urologi.
DNA sel bebas (cell-free DNA) dapat berasal dari sel nekrosis, apoptosis, atau yang
asalnya dari sel itu sendiri, khususnya sel limfosit dan dapat disimpulkan dua sumber yang
mungkin CNAPS adalah pelepasan pasif dari sel mati (apoptosis) dan dari pelepasan aktif
dari sekresi sel. Asal CNA pada orang normal dari hasil apoptosis limfosit dan inti sel lainnya
dan pada pasien kanker, dimana apoptosis sel hilang karena proliferasi sel meningkat yang
ditunjukkan seringkali pada elektroforesis muncul pola tangga (pada kanker paru dan
pankreas) yang mirip seperti pola apoptosis sel. Untuk DNA fetal yang masuk ke plasma
maternal, dapat berasal dari berbagai kemungkinan yaitu transfer DNA langsung, sel-sel
placenta dan hematopoeitic, dan placenta sebagai sumber predominan.

3
 Analisis fragmen cfDNA dapat dipahami dari asalnya yaitu dari sel nekrosis,
apoptosis, atau yang asalnya dari sel itu sendiri, khususnya sel limfosit. Sehingga dapat
disimpulkan dua sumber yang mungkin CNAPS adalah pelepasan pasif dari sel mati dan dari
pelepasan aktif dari sekresi sel. Teka-teki asal CNA masih mengemuka walaupun kadar DNA
dan RNA dalam plasma pada pasien terjadi peningkatan dari hari ke hari.
Pada orang normal, diyakini asal CNA dari hasil apoptosis limfosit dan inti sel
lainnya. Hal ini didukung oleh temuan bahwa kadar DNA plasma normal pada elektroforesis
menunjukkan ukuran pita ekuivalen dengan jumlah multiplikasi keseluruhan (1-5x) dari DNA
nucleosomal (185 – 200 bp) sehingga bisa dikatakan apoptosis merupakan sumber utama
CNAPS .Sementara pada pasien kanker, dimana apoptosis sel hilang karena proliferasi sel
meningkat sehingga sering kali pada elektroforesis muncul pola tangga (pada kanker paru dan
pankreas) yang mirip seperti pola apoptosis sel
Sumber DNA fetal yang masuk ke plasma maternal, berasal dari berbagai
kemungkinan yaitu transfer DNA langsung, sel-sel placenta dan hematopoeitic, dan placenta
sebagai sumber Untuk RNA dengan sifat yang sangat labil dan mudah terdegradasi karena
enzim RNA-ase yang ada dimana-mana, kemudian orang tidak menduga akan adanya cell-
free RNA dalam plasma. Namun hadirnya RNA endogenus stabil yang sama dengan
eksogenusnya dalam sirkulasi memberi kesan bahwa RNA bisa saja terkandung dalam badan
apoptosis (apoptosis bodies) atau terikat pada protein/phospolipid dan terlindungi dari
degradasi oleh enzim nuclease.

Ringkasan Jurnal Pembanding

Patogen intraseluler terbagi ke dalam dua grup: obligat (obligate) dan fakultatif
(facultative). Patogen obligat intraseluler tidak memiliki kemampuan untuk bereproduksi di
luar sel inang. Semua virus dan beberapa bakteri seperti Rickettsia dan Chlamydia spp. serta
protozoa seperti Plasmodium spp. termasuk ke dalam jenis ini. Sedikit berbeda dengan jenis
obligat, patogen fakultatif intraseluler memiliki kemampuan untuk tumbuh di luar sel inang.
Namun, pada kondisi tertentu dan sekaligus untuk menghindari respon imun ekstraseluler
seperti komplemen dan antibodi, patogen jenis ini memilih untuk bereplikasi di dalam sel.
Mycobacterium tuberculosis,Cryptococcus neoformans, dan Legionella pneumophila
merupakan beberapa mikroba yang hidup secara fakultatif intraseluler (Casadevall &
Pirofski, 2002).

4
 Patogen intraseluler dapat masuk ke dalam sel melalui proses endositosis (Bonazzi &
Cossart, 2006). Dengan masuk ke dalam sel, patogen dapat menghindari interaksi dengan
berbagai molekul sistem imun seperti komplemen, sitokin, dan antibodi serta dapat
menghindari ancaman fagositosis oleh fagosit profesional seperti makrofag (Casadevall,
2008; Medzhitov, 2007; Ploegh, 1998). Namun, beberapa hasil penelitian menunjukkan
bahwa bakteri dan virus juga dapat masuk ke dalam sel target melalui proses fagositosis
(Ribet & Cossart, 2015). Langkah pertama yang dilakukan patogen adalah menginfeksi sel
tertentu lalu selanjutnya menginduksi apoptosis pada sel tersebut. Peningkatan jumlah sel
apoptotik (yang mengandung virus atau bakteri patogen) selanjutnya memicu makrofag untuk
melakukan fagositosis terhadap sel-sel apoptotik tersebut. Ketika sel-sel apoptotik telah
mengalami fagositosis dan masuk ke dalam kompartemen khusus di dalam makrofag, yang
disebut fagosom, virus atau bakteri yang berada di dalam sel apoptotik tersebut akan keluar
dari fagosom untuk selanjutnya masuk ke dalam lingkungan sitoplasma makrofag yang
bersangkutan (Arandjelovic & Ravichandran, 2015; Zamboni & Rabinovitch, 2004). Melalui
proses ini, bakteri atau virus tersebut dapat menginfeksi makrofag. Terlepas dari metode yang
digunakan oleh patogen intraseluler untuk masuk ke dalam sel, gaya hidup ini tentunya
mendorong patogen-patogen tersebut untuk mengembangkan mekanisme tertentu agar
berhasil memasuki sel inang, bereplikasi di dalamnya, dan keluar dari sel yang terinfeksi
tersebut untuk kemudian mencari sel-sel baru sebagai target selanjutnya.
Respon imun alamiah (innate immune responses) merupakan bagian sistem imun
yang akan segera aktif mencari patogen dan berusaha menetralisir ancaman yang timbul
akibat keberadaan patogen tersebut di dalam tubuh (Medzhitov, 2007; Murphy, 2011).
Sebagai kunci utama yang diperlukan untuk mengaktifkan rangkaian proses sistem imun,
pengenalan patogen melalui berbagai komponen sistem imun alamiah (innate) menjadi sangat
penting (Crozat et al., 2009; Desmet & Ishii, 2012; Nainu et al., 2017). Pengenalan
komponenkomponen patogen yang bersifat antigenik oleh berbagai sensor maupun reseptor
terkait sistem imun dapat terjadi di luar maupun di dalam sel (Medzhitov, 2007; Takeuchi &
Akira, 2010).
Untungnya sel tubuh makhluk hidup, termasuk manusia, dilengkapi dengan berbagai
macam sensor untuk mendeteksi keberadaan molekul-molekul asing (antigen), termasuk di
antaranya adalah sensor asam nukleat yang berfungsi untuk mengidentifikasi keberadaan
genom patogen di dalam sitoplasma sel inang (Broz & Monack, 2013; Desmet & Ishii, 2012).
Dengan terdeteksinya asam nukleat (umumnya genom) dari patogen, maka sistem imun
intrinsik sel pun menjadi aktif. Hal ini kemudian mendorong proses eliminasi asam nukleat
5
asing tersebut dari lingkungan intraseluler yang kemudian berujung pada penghambatan
replikasi genom patogen yang bersangkutan. Bila berkelanjutan, hal ini akan memicu
kematian patogen (Broz & Monack, 2013; Takeuchi & Akira, 2010).
Ketika patogen intraseluler telah masuk ke dalam sel, perlindungan akan diberikan
oleh imunitas intrinsik melalui partisipasi sejumlah sensor intrasel (Schlee & Hartmann,
2016; Takeuchi & Akira, 2010). Seperti yang terlihat pada Tabel 1, beberapa PRR yang
dimiliki oleh sistem imun alamiah manusia bertugas mendeteksi asam nukleat patogen.
Beberapa jenis reseptor ataupun sensor yang akan mengaktifkan respon imun alamiah yang
berfungsi untuk mendeteksi dan melenyapkan ancaman asam nukleat asing adalah Toll-like
receptors (TLRs), RIG-I-like receptors (RLRs), Cyclic GMP-AMP synthase (cGAS), dan
Interferon-γ (IFNγ)-inducible protein 16 (IFI16) (Broz & Monack, 2013; Chan & Gack,
2016). Sebagai tambahan, peran sistem RNA interference juga turut membantu tubuh dalam
memerangi keberadaan patogen intraseluler (Ding, 2010).
Asam nukleat adalah makromolekul kompleks yang tersusun atas rantai nukleotida
yang menyimpan informasi genetik dari suatu makhluk hidup (Alberts et al., 2014). Asam
deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid,
RNA) merupakan dua jenis asam nukleat yang dimiliki oleh makhluk hidup. Secara umum,
DNA merupakan material genetik yang terletak di dalam inti sel manusia dan makhluk hidup
lainnya, termasuk bakteri. Akan tetapi, berbeda dengan spesies metazoan lainnya, sejumlah
besar virus justru menggunakan RNA sebagai genomnya (Alberts et al., 2014; Wagner et al.,
2007). Contoh virus RNA yang terkenal adalah virus influenza, virus hepatitis C, human
immunodeficiency virus (HIV), dan virus dengue. Namun demikian, beberapa virus seperti
virus herpes dan virus hepatitis B memiliki genom yang tersusun dari DNA (Wagner et al.,
2007).
Salah satu cara yang digunakan oleh invertebrata untuk mengenali asam nukleat
patogen adalah melalui mekanisme yang disebut RNA interference (RNAi). Konsep RNA
interference (RNAi) mulai dipopulerkan setelah tim Andrew Fire dan Craig Mello
membuktikan keberadaan RNAi pada nematoda C. elegans(Fire et al., 1998). Berkat
penemuan tersebut, keduanya dianugerahi Nobel Prize pada tahun 2006. Keberadaan sistem
RNAi juga telah dilaporkan pada lalat buah D. melanogaster (Kennerdell & Carthew, 1998)
dan belum lama ini pada mamalia (Maillard et al., 2013). Komponen RNAi yang paling
penting untuk diketahui adalah Dicer dan Argonaute (Ding, 2010). Namun, artikel ini tidak
ditulis untuk mengakomodir pembahasan mengenai RNAi. Bagi yang tertarik untuk

6
mendalami, penjelasan lebih detail dapat ditemukan dalam artikel-artikel berikut (Agrawal et
al., 2003; Ding, 2010; Siomi & Siomi, 2009).
Virus memulai siklus hidupnya ketika asam nukleat genomnya, yang dapat berupa
DNA atau RNA, masuk ke dalam sel inang. Asam nukleat genom virus tersebut akan
bersirkulasi di dalam sitoplasma sebelum akhirnya menuju ke lokasi ideal replikasi, pada
umumnya di sitoplasma untuk virus RNA, dan inti sel untuk virus DNA (Wagner et al.,
2007). Ketika berada di dalam sitoplasma, asam nukleat virus tersebut akan berpotensi
dikenali sebagai ligan oleh berbagai jenis PRR seperti TLR, RLR, cGAS, dan IFI16 (Chan &
Gack, 2016).
Kemampuan tubuh untuk mendeteksi DNA dan/atau RNA patogen melalui
penggunaan berbagai sensor asam nukleat menawarkan potensi yang sangat besar untuk
penemuan obat baru sebab beragam target obat baru dapat ditemukan di dalam jalur sinyal
sensor asam nukleat tersebut. Saat ini, beberapa senyawa agonis dan antagonis sensor asam
nukleattelah mulai dikembangkan untuk digunakan pada penyakit infeksi, kanker, dan
autoimun (Junt & Barchet, 2015).
Dengan menggunakan berbagai sensor asam nukleat, sel dapat mendeteksi patogen
intraseluler dan kemudian menginstruksikan aktivasi sistem imun intrinsik yang selanjutnya
akan berujung pada eliminasi asam nukleat patogen melalui jalur stimulasi interferon.
Dengan demikian, tubuh dapat mengeliminasi atau mengurangi ancaman infeksi letal akibat
aktivitas patogen intraseluler. Sayangnya, pada beberapa kondisi, sensor asam nukleat
mengalami disorientasi sehingga mengenali DNA atau RNA sel inang sebagai asam nukleat
asing yang harus dibasmi. Kejadian ini dapat menginduksi timbulnya berbagai penyakit
autoimun. Selain itu, beberapa virus memiliki kemampuan untuk menghindari sensor asam
nukleat sehingga replikasi virus tersebut dapat terus terjadi di dalam sel tanpa dapat dicegah.
Pada kondisi ini, ancaman infeksi letal pun menjadi tak terhindarkan.
Untuk mengatasi hal tersebut, beberapa pendekatan farmakologis telah mulai
dilakukan. Salah satunya adalah melalui penemuan dan pengujian beragam senyawa yang
bersifat agonis maupun antagonis terhadap sensor asam nukleat maupun jalur sinyal yang
berkaitan. Walaupun demikian, penemuan obat di bidang ini masih dianggap belum terlalu
pesat sebab hingga kini hanya satu agonis TLR7 yang telah disetujui oleh FDA untuk beredar
di pasaran. Salah satu penyebab langkanya jenis obat yang menjadikan sensor asam nukleat
sebagai target kerja adalah belum adanya gambaran komprehensif tentang jalur sinyal yang
teraktivasi. Untuk mengatasi hal tersebut, elusidasi jalur sinyal yang berkaitan dengan
aktivasi sensor asam nukleat merupakan satu hal yang hendaknya terus dilakukan. Selain
7
untuk mencari target kerja baru, hal ini dapat membantu dalam memprediksi efek samping
yang mungkin timbul dalam pengobatan.

8
 BAB III
KEUNGGULAN dan KELEMAHAN JURNAL

Keunggulan Jurnal Utama

- Pada jurnal ini sudah menggunakan EYD yang benar, sehingga memudahkan
pembaca dalam memahami isi jurnal
- Pada jurnal ini sudah dilengkapi dengan ISSN yang artinya sudah di sahkan
- Pada jurnal ini banyak menggunakan refrensi, dapat dilihat dari daftar pustaka dalam
jurnal ini

Keunggulan Jurnal Pembanding

- Pada jurnal ini sudah lengkap karena dalam jurnal sudah terdapat tabel dan bagan
sehingga memudahkan pembaca dalam memahami apa isi dari jurnal ini
- Pada jurnal ini juga menarik karena terdapat warna pada bagian bagan dan juga
tabelnya, sehingga membuat pembaca tidak bosan ketika membaca jurnal ini
- Pada jurnal ini juga menggunakan banyak refrensi, karena dapat dilihat dari daftar
pustaka yang ada

Kelemahan Jurnal Utama

- Pada jurnal ini banyak sekali menggunakan singkatan sehingga membuat pembaca
harus mengatahui terlebih dahulu apa yang kepanjangan dari singkatan tersebut

- Pada jurnal ini hasil lebih dahulu ditemukan daripada metode penelitian

- Pada jurnal ini terlalu singkat. Tidak terdapat pendahuluan pada bagian awal jurnal

Kelemahan Jurnal Pembanding

- Pada jurnal ini juga terdapat banyak sekali singkatan sehingga menyulitkan pembaca
dalam memahami isi dari jurnal

- Jurnal ini juga menggunakan tabel dan bagan yang terlalu besar sehingga membuat
jurnal terlihat memiliki lembaran yang banyak

9
 BAB IV
PENUTUP

Kesimpulan
Kesimpulan yang kami dapat setelah melakukan riview jurnal ini kami dapat
membedakan isi jurnal utama dengan jurnal pembanding. Kami juga mendapat kan informasi
dengan melakukan review jurnal ini, mengetahui apa kegunakaan asam nukleat dan apa
sebenarnya asam nukleat ini. Melatih kami dalam menganalisis isi jurnal, dalam mencari
informasi yang tepat. Dengan melakukan review jurnal ini juga kami dalam menyelesaikan
tugas “Critical Jurnal Review (CJR)” tepat waktu.

Saran
Saran dari kami untuk penulis jurnal utama adalah lebih teliti lagi dalam membuat
jurnal. Penggunaan singkatan lebih di minimalisirkan. Karena dapat menyulitkan pembaca
dalam memhami isi dari jurnal. Saran untuk penulis jurnal pembanding adalah agar tidak
terlalu besar dalam membuat tabel dan bagan karena pembaca akan cepat bosan dikarenakan
jurnal yang terlalu panjang.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Legiran. (2017). Asam Nukleat Bebas untuk Deteksi DNA dan RNA dalam Plasma dan
Serum. JKK, 117-120.

Usmar, Arfiansyah, R., & Nainu, F. (2017). Sensor Asam Nukleat sebagai Aktivator Imunitas
Intrinsik Terhadap Patogen Intraseluler. Jurnal Farmasi Galenika, 174-190.

iii