MK.

BIOLOGI SEL
SKORE NILAI :

CRITICAL JOURNAL REVIEW

Disusun untuk memenuhi
tugas terstruktur KKNI

Dosen Pengampu : Prof.Dr.Herbert Sipahutar, M.Sc

DISUSUN OLEH : KELOMPOK 5

LAILA SAPNI (4213151018)

MITA RAMADHANI (4213151017)
AFIFAH WARDAH (4213151003)
DUMASARI SIMANJORANG (4212351001)

KELAS PIPA REGULER A 2021

PRODI S1 PENDIDIKAN IPA FAKULTAS MATEMATIKA DAN

ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
TAHUN 2022
 KATA PENGANTAR

Puji syukur saya ucapkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena dengan rahmat, karunia, serta

taufik dan hidayah-Nya sehingga penulis mampu menyelesaikan tugas Critical Journal Review ini guna

memenuhi tugas mata kuliah Biologi Sel. Penulis mengucapkan terima kasih kepada Bapak Prof. Dr.

Herbert Sipahutar, M.Sc selaku dosen pembimbing pada mata kuliah ini atas bimbingan dan arahannya

sehingga penulis dapat menyelesaikan tugas Critical Journal Review ini.

Penulis sangat berharap tugas ini dapat berguna dalam rangka menambah wawasan serta

pengetahuan kita mengenai Biologi Sel. Penulis juga menyadari bahwa kelancaran dalam penyusunan

materi ini tidak lain berkat bantuan, dorongan, dan bimbingan orang tua, sehingga kendala-kendala yang

saya hadapi teratasi. Di dalam makalah ini mungkin terdapat kekurangan dan jauh dari kata sempurna.

Oleh sebab itu, Penulis berharap adanya kritik, saran dan usulan demi perbaikan CJR yang telah Kami

buat di masa yang akan datang, mengingat tidak ada sesuatu yang sempurna tanpa saran yang

membangun.

Semoga Critical Journal Review ini dapat dipahami bagi siapapun yang membacanya. Sekiranya

CJR yang telah disusun ini dapat berguna bagi Penulis sendiri maupun orang yang membacanya. Akhir

kata penulis memohon maaf apabila terdapat kesalahan dan kekurangan di dalam pembuatan Critical

Journal Review.

Medan, April 2022

Penulis
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................................................................. 2

DAFTAR ISI ........................................................................................................................................... 3
BAB I PENDAHULUAN ........................................................................................................................ 1
1.1 Rasionalisasi Pentingnya CJR ........................................................................................................ 1
1.2 Tujuan CJR .................................................................................................................................... 1
1.3 Manfaat CJR .................................................................................................................................. 1
1.4 Identitas Jurnal............................................................................................................................... 2
BAB II RINGKASAN JURNAL ............................................................................................................. 3
BAB III KELEBIHAN DAN KEKURANGAN JURNAL........................................................................ 9
1.1 Kelebihan Jurnal ............................................................................................................................ 9
1.2 Kekurangan Jurnal ......................................................................................................................... 9
BAB IV PENUTUP ............................................................................................................................... 10
1.1 Kesimpulan .................................................................................................................................. 10
1.2 Saran ........................................................................................................................................... 10
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................................................ 11

i
 BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Rasionalisasi Pentingnya CJR

Laporan Critical Jurnal Review adalah penganalisisan, penilaian, dan pengevaluasikan

mengenai keunggulan & kelemahan suatu artikel atau jurnal, bagaimana isi jurnal tersebut
bisa mempengaruhi cara berpikir kita & menambah pemahaman kita terhadap kajian
perkembangan peserta didik. Melalui ulasan kritis kita menguji pikiran pengarang atau penulis
berdasarkan sudut pandang kita, berdasarkan pengetahuan & pengalaman yang kita miliki.
Keterampilan membuat CJR pada penulis dapat menguji kemampuan dalam meringkas dan
menganalisi sebuah artikel serta membandingkan dengan jurnal yang lain, mengenal dan
memberi nilai serta mengkritik sebuah karya tulis yang dianalisis.

1.2 Tujuan CJR

Adapun tujuan dalam penulisan Critical Jurnal Review ini antara lain:
1.2.1 Mengulas beberapa jurnal dengan cara meringkas jurnal tersebut.
1.2.2 Mencari dan mengetahui informasi mengenai topik tersebut yang terkandung dalam
jurnal.
1.2.3 Melatih diri untuk berpikir kritis dalam mencari informasi yang diberikan pada
jurnal.
1.2.4 Kemampuan membandingkan dengan isi jurnal lainnya.

1.3 Manfaat CJR

Adapun manfaat dalam penulisan Critical Jurnal Review ini antara lain:
1.3.1 Mengetahui tentang struktur DNA dan fungsi DNA
1.3.2 Menjadi pegangan dalam meningkatkan pengetahuan tentang Biologi Sel khususnya
pada materi DNA

1
1.4 Identitas Jurnal

Judul jurnal : DNA Structure and Function

Penulis : Andrew Travers & Georgi Musckhelishvili
Nama jurnal : The FEBS Journal
Tahun terbit : 2015
ISSN :-
Volume : 282
Halaman : 2279-2295
Penerbit : Departement of Biochemistry, University of Cambridge, UK

2
 BAB II
RINGKASAN JURNAL

Lebih dari 60 tahun yang lalu Watson dan Crick menerbitkan makalah klasik mereka tentang
struktur DNA. Di dalamnya, mereka menekankan dua fitur utama molekul komplementaritas
urutan basa pada dua untai dan sifat heliks ganda dari polimer. Komplementaritas urutan basa,
dengan adenin komplementer dengan timin dan guanin komplementer dengan sitosin,
memberikan penjelasan molekuler yang elegan untuk penemuan pada dekade sebelumnya oleh
Avery, McCarty dan Macleod bahwa DNA kemungkinan merupakan 'prinsip transformasi'
yang memungkinkan transfer informasi genetik antara strain yang berbeda dari bakteri. Lebih
dari itu, ini menegaskan penemuan mendasar Chargaff tentang kesetaraan A dan T dan basa G
dan C dalam DNA beruntai ganda. Yang paling penting, struktur tersebut menyiratkan bahwa
informasi dalam urutan basa DNA dapat memiliki, berdasarkan komplementaritas,
kemampuan untuk direplikasi menjadi dua salina identik. Wawasan tentang dasar dasar
genetika ini telah mendukung kemajuan besar dalam pemahaman dan manipulasi genetika
selama 60 tahun terakhir

DNA sebagai penyimpan informasiPembacaan langsung dan tidak langsung situs pengenalan
DNA oleh protein merupakan penentu utama selektivitaspengikatan. Dalam pembacaan
langsung, basa individu dalam urutan pengikatan membuat kontak langsung dan spesifik ke
permukaan protein, sedangkan dalam pembacaan tidak langsung, afinitas pengikatan
tergantung pada pengenalan struktur, seperti atau gelembung DNA, yang pembentukannya
dipengaruhi oleh DNA. urutan, tetapi secara umum tidakmemerlukan protein yang
menghubungi basa tertentu. Dalam praktiknya, pengenalan DNA oleh protein secara efektif
mencakupkontinum dari sepenuhnya digital hingga sepenuhnya analog dengan banyak protein
yang menggunakan kedua mode tersebutUntuk kedua mode pengenalan, heliks ganda DNA
berbeda dari, dan bisa dibilang lebih efektif daripada, heliks ganda RNA. Pembacaan langsung
membutuhkan kontak intim antara kelompok kimia yang terpapar pada permukaan protein dan
asamnukleat. Untuk pengenalan DNA, pembacaan langsung di sebagian besar contoh
mengambil bentuk motif pengikatan DNA yang dimasukkan ke dalam alur utama. Dalam alur
ini, kelompokeksosiklik yang berbeda dari basa dalam pasangan dieksposdibandingkan
3
dengan yang ada di alur minor. Akibatnya, meskipun pasangan basa A–T dan T–A dalam
suatu urutan dapatdibedakan berdasarkan posisi pola muatan gugus metil timin dialur utama,
di alur kecil, pola muatan yang terbuka dari basa T–A dan A–T pasangan identik. Demikian
pula, pola muatan pasangan basa C–G dan G–C di alur utama dapat dibedakan berdasarkan
posisi relatif gugus 4- amino sitosin. Namun, sekalilagi, ada sedikit perbedaan dalam
pengaturan spasial relatif dari pola muatan pasangan basa C–G dan G–C di alur kecil. Alur
utama dengan demikian memberikan lebih banyak informasi urutan dari alur kecil.

Modus alternatif urutan pengakuan

Standar emas pengenalan urutan dalam heliks ganda yang digunakan bak dalam transkripsi
dan replikasi menggunakan aturan pasangan basa yang dirumuskan oleh Watson dan Crick.
Namun, seperti yang mereka ketahui, basa dapat berpasangan dengan cara yang berbeda.
Secara khusus geomet pasangan basa yang berbeda, basis Hoogsteen pasangan, di mana basa
punin diputar relatif terhadap bahwa dalam pasangan basa standar, mengurangi jarak antara
atom karbon C1 dan gula. Meskipun jenis pangkalan in pasangan tidak sesuai dengan struktur
heliks ganda DNA kanank, ditemukan di lainnya bentuk struktural DNA, terutama H-DNA
dan G quadruples 121-24) hat di bawah). Demikian pulsa belum jenis lain dal pasangan basa
nonkanonk telah didalilkan untuk menstabilkan motifi yang dibentuk oleh urutan
komplementer dengan yang membentuk G-quadruples (25) Namun bentuk lain dat interaksi
DNA-ONA yang telah menerima perhatian yang relatif sedikit, adalah kemampuan dua heliks
ganda dari unutan yang sama untuk menyelaraskan dengan satu sama lain (26.27), Gaya sak
yang menyebabkan ini Self-assembly DNA mungkin berfungsi dalam proses biologis sepers
pelipatan DNA berulang, rekombinasi antara sekuens homolog, dan sinapsis dalam meiosis.
Tetapi bagaimana jenis pengenalan homolog ini dilakukan? Mekanisme yang mungkin adalah
penyelarasan timbal balik dari tanda tangan elektrostatik dari urutan basa. Saran lain, tidak
eksklusif, adalah bahwa pembalikan basa dari heliks ganda mungkin juga terlibat.

DNA sebagai penyimpan energi

Fungsi DNA yang sering diabaikan dalam inti sel atau nukleoid bakteri adalah bahwa ia dapat
bertindak sebagai penyimpan energi untuk memfasilitasi transit DNA dan RNA polimerase.
4
Sifat yang muncul ini merupakan akibat langsung dari sifat heliks ganda molekul tersebut.
Tidak hanya ada sebagai kumparan interwound intramolecular sederhana, tetapi di bawah
tekanan torsi, rantai DNA dapat mengadopsi konfigurasi melingkar, atau super coil [50,51].
Supercoil semacam itu memiliki energi intrinsik yang lebih tinggi daripada molekul DNA
yang tidak mengalami tekanan puntir.
Di dalam nukleus eukariotik dan supercoiling nukleoid bakteri ada di mana-mana [52-54].

Jika DNA yang dikemas merupakan penyimpan energi untuk memodulasi ekspresi gen, sifat
kemasan mungkin tergantung pada ketersediaan energi. Pada bakteri, ada bukti bahwa hal ini
memang terjadi. Selama fase stasioner akhir pertumbuhan ketika sel-sel kekurangan energi,
tubuh nukleoid runtuh dan DNA dikemas oleh protein yang sangat melimpah [87]. Mode
pengemasan yang diusulkan oleh E. coli Dps adalah sangat berbeda dari ikatan DNA yang
melimpah karakteristik protein pertumbuhan eksponensial [88] dan tidak ada bukti bahwa itu
membatasi superheliks DNA, menunjukkan bahwa kepadatan superheliks yang ti diperlukan
bersamaan dengan pemadatan. Dalam. 8/17 inti, seperti pada bakteri, kehilangan energi
menghasilkan pemadatan timah kroma [89]. Di sini, bagaimanapun, sifat molekuler dari
mekanisme yang terlibat belum dipahami. Meskipun demikian, tampaknya proposisi yang
masuk akal bahwa kopling antara ketersediaan energi dan organisasi DNA lebih erat pada
bakteri daripada pada eukariota.

DNA dan organisasi genetik

Sifat fisikokimia yang diberikan oleh DNA urutan tidak hanya menentukan lentur dan leleh
preferensi, tetapi juga berkorelasi kuat dengan organisasi genetik eukariotik dan bakteri
kromosom. Secara umum, urutan pengkodean dari gen memiliki bias kaya G/C [45.112].
Sebagian, ini adalah karena kodon untuk amino yang paling melimpah

asam juga memiliki bias kaya G/C [113.114]. Bagian mahkota adalah urutan DNA nonkode,
termasuk dalam tron serta 50 dan 30 urutan DNA mengapit, umumnya lebih kaya A/T.
DNA yang kaya dan paling tidak stabil secara termodinamika asi urutan dalam genom
Saccharomyces cerevisiae adalah terletak di 30 wilayah mengapit [110]. distribusi ini
komposisi dasar pada skala genomik menyiratkan bahwa, rata-rata, urutan pengkodean lebih
5
kaku atau kurang mampu ditekuk, sedangkan urutan noncoding keduanya lebih fleksibel dan
lebih rentan terhadap pemisahan untai. Namun, dalam kontradiksi yang nyata dengan variasi
dalam fleksibilitas ini, dalam pengkodean kromosom eukariotik urutan memiliki hunian
nukleosom yang lebih tinggi daripada urutan noncoding [45.112]. Tapi, sekali lagi, pola ini
hunian mungkin terkait dengan properti fisik polimer yang bergantung pada urutan lain,
entropi intrinsik yang lebih tinggi dari urutan kaya A/T tertentu [32].

Terjadinya urutan yang lebih kaya A/T di daerah mengapit gen memiliki signifikansi
fungsional. Di ujung ke-50 unit transkripsi ada korelasi yang jelas dengan persyaratan untuk
RNA polimerase untuk melelehkan DNA sebelum inisiasi transkripsi.

Tetapi pada ujung ke- 30 unit transkripsi, ase polimer berdisosiasi dan melepaskan ikatan yang
tidak terikat. DNA sehingga membentuk heliks ganda. Satu kemungkinan adalah bahwa
daerah tersebut berfungsi sebagai sink topologi, menyerap dengan menggeliat setiap
superhelisitas positif yang dihasilkan di kemajuan enzim transkripsi. Ini akan memblokir
transmisi superhelisitas semacam itu ke gen tetangga yang berpotensi mengganggu struktur
kromatinnya. Sebaliknya, DNA yang menggeliat akan berfungsi sebagai substrat yang tepat
untuk relaksasi oleh poisomerase; khususnya, topoisomerase II, yaitu secara istimewa terkait
dengan gen yang ditranskripsi secara aktif [115]. Topoisomerase II, bersama dengan
topoisomer ase I, juga ditemukan di daerah dengan nukleosom rendah yang menempati
promotor [115]. Namun, pengukuran asosiasi topoisomerase II dengan optimalnya situs
pengikatan dihalangi karena sifatnya yang sangat berulang dan berlebihan.

Hubungan sifat fisikokimia

DNA ke organisasi dan fungsi kromosom dalam tidak hanya terlihat pada tingkat gen individu
dan unit transkripsi, tetapi juga merupakan fitur dari keseluruhan kromosom bakteri.
Kromosom ini terdiri secara umum, sebuah molekul DNA sirkular tunggal yang dapat
bervariasi panjangnya dari - 0,5 Mb hingga 6-10 Mb. Hebatnya dalam kromosom ini,
setidaknya di sebagian besar bakteri c Proteo, urutan gen sangat dilestarikan sedemikian rupa
sehingga gen-gen yang diekspresikan tinggi selama pertumbuhan.

6
topoisomerase yang menyisipkan negatif superhelikal berubah menjadi DNA [55]. Sekali lagi
ini terkonsentrasi terutama di dekat asal usul replikasi dan dengan demikian menciptakan
potensi DNA masuk wilayah ini menjadi superkoil negatif yang lebih tinggi dari yang dekat
dengan terminal. Pola keseluruhan ini organisasi dapat menggabungkan struktur kromosom
untuk ketersediaan energi [69]. Ketika bakteri digeser ke media pertumbuhan kaya segar,
tingkat ATP naik, mengaktifkan DNA girase dan dengan demikian meningkatkan kepadatan
superhelik negatif kromosom [60]. Ini akan menjadi terlokalisasi ke wilayah asal-proksimal
dan akan, di gilirannya, aktifkan gen yang memproduksi komponen yang diperlukan untuk
pertumbuhan - transkripsi dan translasi mesin - serta menyediakan lingkungan yang sesuai
untuk replikasi DNA. Sekali replikasi DNA dimulai, bagian dari replisom sepanjang dua
replika dengan sendirinya akan menghasilkan gradien superhelisitas oleh prinsip Liu/Wang
[56], dengan DNA superkoil yang lebih negatif lagi berada lebih dekat ke asal dan DNA lebih
santai dekat ke terminal. Sekali lagi, dengan analogi transkripsi, DNA yang dekat dengan
ujung, bersama dengan beberapa topoi, mungkin bertindak sebagai penghalang topologi antara
dua replika. Kromosom bakteri dengan demikian berfungsi sebagai mesin topologi yang
secara keseluruhan distribusi urutan DNA mencerminkan kopling antara pemrosesan replisom
dan gen ekspresi

Kapasitas informasi

Meskipun sifat fisikokimia DNA menentukan peran dinamisnya dalam konteks enzim manipulasi
matic, bagaimana mereka terintegrasi dengan fungsi utama DNA sebagai penyimpan informasi?

Seperti DNA, sifat dasar RNA adalah untuk mengkodekan urutan protein, tetapi tidak seperti genom
DNA,genom RNA harus menggabungkan kedua informasi penyimpanan dan ekspresi fungsionalnya
selama translasi urutan nukleotida menjadi protein. Ini dua persyaratan belum tentu sepenuhnya
kompatibel. Misalnya,ketika ada selektif yang kuattekanan untuk menjaga integritas genomic urutan
nukleotida, pilihan untuk mengatur translasi denganmemodulasi waktu paruh molekul RNA
dikecualikan secara efektif. Mungkin lebih jitu, di sistem biologis yang dikenal saat ini, molekul RNA
yang berfungsi sebagai pembawa pesan, dan juga sebagai genom (misalnya virus polio dan Qb
bakteriofag) adalah, relatif terhadap sebagian besar DNA genom molekul, sangat pendek, hanya terdiri
dari beberapa nukleotida pasir. Keuntungan dari pemisahan

7
Tanggung jawab antara dua jenis pasang surut polinukleus adalah bahwa penjajaran dan kategorisasi
gen individu menjadi molekul yang lebih panjang meningkatkan repertoar regulasi potensial ekspresi
gen. Di dalam khususnya, koordinasi ekspresi gen dapat difasilitasi di tingkat lokal oleh interaksi
structuraltimbul dari aktivitas transkripsi yang berdekatan gen, tergantung pada apakah mereka diatur
dalam.tandem atau transkripsi konvergen atau divergen.Pada tingkat organisasi struktural yang lebih
tinggi, kontinuitas yang diberikan oleh heliks ganda DNA tunggal dalam a kromosom memungkinkan
organisasi gen, dan maka informasi DNA yang tersedia, menjadi berbeda domain struktural dan
fungsional yang terdiri dari banyak elemen pengkode protein. Terlepas dari pertimbangan ini,
kemampuan DNA untuk bertambah semakin banyak paket informasi sebagai gen atau sebagai pengatur
elemen - menjadi molekul kromosom yang lebih panjang dan lebih panjang, bisa dibilang merupakan
faktor penting yang berkontribusi terhadap meningkatkan kompleksitas organisme. Memang, postulat
perampasan RNA oleh DNA sebagai informasi simpan di dalam sel dengan sendirinya melambangkan
evolusi peningkatan kompleksitas biologis; yang memungkinkan - dan pemrosesan dan karenanya,
menyediakan substrat untuk peningkatan kemungkinan untuk penyimpanan informasi seperti sebagai
pengkodean diferensial pada untai komplementer seleksi alam lebih lanjut.

molekul harus digabungkan ke dan mungkin dibatasi angiik Setiap peningkatan panjang DNA
kromosom oleh mekanisme untuk pembangkitan dan pemeliharaan integritas genom. Dalam konteks
ini, biologis yang relevan contoh disediakan oleh ciliates- sekelompok bersel tunggal organisme
termasuk agen penyebab malaria dan penyakit tidur di mana regulasi diarahkan oleh DNA.

8
 BAB III
KELEBIHAN DAN KEKURANGAN JURNAL

1.1 Kelebihan Jurnal

1. Didalam jurnal ini juga banyak menggunakan refrensi sehingga jurnal terkesan lebih
mendukung pembuktian nya dapat kita lihat dibagian daftar Pustaka jurnal tersebut.
2. Didalam jurnal ini juga terdapat pendukung dari materi nya seperti gambar.
3. Gambar didalam jurnal memiliki warna sehingga menarik perhatian.

1.2 Kekurangan Jurnal

1. Gambar didalam jurnal ini tidak bisa di copy

2. Menggunakan bahasa inggris yg sulit dipahami

9
 BAB IV
PENUTUP

1.1 Kesimpulan

Meskipun, cukup tepat, kemampuan DNA untuk mengkode urutan protein sering ditekankan, sama
pentingnya adalah pengkodean informasi yang memungkinkan pengemasan polimer dan regulasi ekspresi
dan aksesibilitas informasi pengkode protein. Sifat yang terakhir ini lebih bergantung pada sifat
fisikokimia molekul yang bergantung pada urutan dan dengan demikian pada sifat kumulatif dari suksesi
sejumlah kecil pasangan basa. Karakteristik analog ini kontras dengan pengkodean digital urutan protein.
Aspek penting lebih lanjut dari fungsi DNA adalah sifat dinamis dari transisi struktural yang diamati
selama replikasi dan transkripsi. Transisi ini melibatkan deviasi dari heliks ganda kanonik dan juga
transformasi topologi dari lintasan heliks ganda yang memfasilitasi pengemasan dan regulasi. Secara
keseluruhan, sifat-sifat ini memungkinkan DNA berfungsi sebagai perangkat pengkodean yang sangat
efisien dan serbaguna.

1.2 Saran

Terlepas dari kelebihan dan kekurangan yang dimiliki oleh Jurnal ini. Jurnal ini sangat bagus untuk
dijadikan referensi atau sumber bacaan bagi pelajar maupun mahasiswa. Penulis merekomendasikan
jurnal ini digunakan sebagai acuan pada pembelajaran mengenai Struktur DNA dan Fungsinya

10
 DAFTAR PUSTAKA

Avery OT, Macleod CM & McCarty M (1944) Studi tentang sifat kimiawi zat yang menginduksi
transformasi tipe pneumokokus: induksi transformasi oleh fraksi asam desoksiribonukleat yang
diisolasi dari pneumokokus tipe III. J Exp Med 79, 137-158

11