Tugas Critical Book Report

Chapter 19: NONCODING RNA

Book by: David P. Clark

Disusun Oleh:
KELOMPOK 4

Nama Anggota Kelompok : Charmenita Pretty L. Tungkup (4203141026)

Nirmalita Ningsih (4201141023)
Sari Utami (4201141021)
Wiardah Kholijah Matondang (4201141025)
Kelas : PSPB 20 E
Mata Kuliah : Biologi Molekuler
Dosen Pengampu : Eko Prasetya, M.Sc

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERISTAS NEGERI MEDAN
MEDAN, 2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur atas hadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan rahmat

dan nikmat-Nya, kepada kedua orang tua kami yang senantiasa mendukung dan mendoakan

kami, kepada teman-teman kami yang memberikan saran dan solusi, serta kepada Dosen kami,

Eko Prasetya, M.Sc.sehingga kami dapat menyelesaikan tugas Critical Book Report ini.

Tugas Critical Book Report ini dibuat dengan harapan dapat menambah

pengetahuan dan wawasan pembaca. Kami menyadari bahwa tugas Critical Book Report ini

masih jauh dari kata sempurna. Apabila dalam tugas ini terdapat banyak kekurangan dan

kesalahan, kami mohon maaf karena keterbatasan pengetahuan dan pemahaman kami. Harapan

kami semoga para pembaca untuk ke depannya dapat memberikan perbaikan mengenai bentuk

maupun isi Critical Book Report ini agar menjadi lebih baik.

Terlepas dari itu semua, kami sangat mengharapkan kritik dan saran dari pembaca

yang sifatnya membangun guna menyempurnakan tugas ini. Kami berharap semoga tugas

Critical Book Report ini dapat bermanfaat bagi pembaca dan bagi kami khususnya.

Medan, 21 Maret 2023

Kelompok 4

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR .............................................................................................. 2

DAFTAR ISI ............................................................................................................ 3

BAB I: PENDAHULUAN ...................................................................................... 4

1.1 Rasionalisasi Pentingnya CBR ..................................................................... 4

1.2 Tujuan Penulisan CBR .................................................................................. 4

1.3 Manfaat Penulisan CBR................................................................................. 4

1.4 Identitas Buku yang Direview ....................................................................... 5

BAB II: RINGKASAN ISI BUKU/CHAPTER BUKU ....................................... 6

BAB III: PEMBAHASAN ...................................................................................... 16

2.1 Teori Baru yang Diperoleh ........................................................................... 16

2.2 Manfaat Topik yang Direview ....................................................................... 16

BAB IV: PENUTUP ................................................................................................ 18

4.1 Kesimpulan ................................................................................................... 18

4.2 Saran ............................................................................................................. 18

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................... 20

3
 BAB I: PENDAHULUAN

1.1 Rasionalisasi Pentingnya CBR

CBR (Critical Book Report) adalah salah satu tugas dari 6 tugas kurikulum KKNI
yang merupakan salah satu tolak ukur dalam pemenuhan tugas dari mata kuliah Biologi
Molekuler. Perihal seberapa pentingnya tugas CBR ini, maka dapat dilihat dari presentasi
penilaiannya, diharapkan bahwasanya penilaian dari Critical Book Report ini dapat
membantu nilai mahasiswa. Selain itu dapat menambah pengetahuan dan wawasan
mahasiswa. Dengan demikian, diharapkan tugas CBR ini dapat berguna bukan hanya
semata-mata sebagai pemenuhan tugas, namun juga sebagai sumber pengetahuan dan
wawasan bagi mahasiswa dan juga masyarakat.

1.2 Tujuan Penulisan CBR

Tujuan dari penulisan tugas Critical Book Report ini pada dasarnya sebagai
pemenuhan tugas mata kuliah Biologi Molekuler. Selain itu, jika ditinjau dari sudut
pandang lain, terdapat banyak manfaat yang diterima pembaca. Tujuan-tujuan penulis yaitu
agar pembaca mendapatkan pengetahuan dan ilmu yang berguna untuk menambah
wawasan mengenai RNA noncoding, khususnya mengetahui klasifikasi RNA, Ribosom
dan enzim yang bekerja dalam RNA, perbandingan RNA pada sel prokariot dan sel
eukariot, RNA regulasi pendek, fragmen tRNA, RNA noncoding yang panjang, dan
sirkulasi RNA.

1.3 Manfaat Penulisan CBR

Manfaat Critical Book Report bagi penulis adalah sebagai indikator pemenuhan
tugas sehingga diharapkan mendapat nilai yang memuaskan dan juga dapat menambah
pengetahuan serta pengalaman mahasiswa dalam mengkritik suatu materi dalam buku yang
diangkat. Adapun bagi masyarakat diharapkan tugas CBR dapat memberikan wawasan
bagi masyarakat terkait RNA noncoding.

4
1.4 Identitas Buku yang Direview

Judul Buku : Molecular Biology

Penulis : David P. Clark, Nanette Pazdernik,

Michelle McGehee

Penerbit : Academic Cell

Edisi : Ketiga

Tahun Terbit : 2019

p-ISBN : 9780128132883, 0128132884

e-ISBN : 9780128132890, 0128132892

5
 BAB II: RINGKASAN ISI BUKU/CHAPTER BUKU

Secara tradisional, peran RNA adalah sebagai perantara yang membawa informasi
antara DNA dan protein. Meskipun demikian, RNA mengisi banyak peran lain dalam sel. RNA
nonkode mengacu pada semua RNA yang tidak mengkodekan protein. RNA nonkode yang
paling terkenal adalah RNA ribosom dan molekul transfer RNA yang mengambil bagian dalam
sintesis protein. Namun, RNA juga memainkan banyak peran di luar sintesis protein. Sebagian
besar peran ini bergantung pada RNA nonkode yang mengenali urutan komplementer dalam
molekul asam nukleat lainnya. Urutan target ini mencakup daerah molekul RNA lain yang
memerlukan modifikasi atau penyambungan serta daerah RNA dan DNA milik virus musuh
dan perlu dihancurkan. Molekul RNA non-coding lainnya mengenali daerah pada mRNA atau
DNA dan berikatan untuk mengontrol ekspresi gen.

1. Survei Kelas RNA

Dalam versi tradisional dari Central Dogma of Molecular Biology, genom
terdiri dari DNA dan messenger RNA bertindak sebagai perantara untuk membawa
informasi genetik dari genom ke ribosom.
Syarat RNA nonkode (ncRNA) mencakup semua RNA yang tidak
menyandikan protein yaitu, semua RNA selain dari messenger RNA (mRNA). Dalam
beberapa tahun terakhir semakin banyak peran yang ditemukan untuk RNA dalam
pengaturan ekspresi gen dan juga dalam pertahanan sel dan genom, khususnya RNAi
pada eukariota dan CRISPR pada prokariota (dibahas secara terpisah di Bab 20:
Pertahanan Genom). Faktor utama dalam penemuan tipe baru RNA adalah kemajuan
besar dalam teknologi pengurutan, termasuk prosedur Seq RNA.
Beberapa RNA kecil mengambil bagian dalam pemrosesan mRNA sebelum
dapat diterjemahkan [RNA nuklir kecil (snRNA), RNA nukleolar kecil (snoRNA),
RNA pemandu (gRNA)] dan Pemrosesan RNA. Riboswitch dan beberapa RNA lainnya
berperan dalam regulasi sintesis protein. Meskipun sebagian besar enzim adalah
protein, beberapa urutan RNA dapat mengkatalisis reaksi enzim. Seperti yang telah
dicatat, pertahanan genom sekarang memiliki babnya sendiri dan mencakup RNA kecil
yang mengganggu (siRNA), Piwi RNA (piRNA), RNA CRISPR dan, sampai batas
tertentu, RNA mikro (miRNA). Banyak RNA yang tersisa memiliki peran dalam
mengatur ekspresi gen dan menjadi topik utama bab ini. Aribozim adalah molekul RNA
yang menunjukkan aktivitas enzimatik. Beberapa molekul RNA di kelas lain juga

6
 merupakan ribozim. Ini termasuk beberapa molekul RNA yang terlibat dalam
penyambungan RNA dan, yang terpenting, rRNA terbesar, yang bertanggung jawab
untuk membentuk ikatan peptida selama sintesis protein. Kontroversi yang sedang
berlangsung adalah seberapa banyak RNA nonkode yang ditranskripsi dari genom
besar benar-benar fungsional.
Dimungkinkan untuk mengklasifikasikan RNA dalam beberapa cara
berbeda. Kebanyakan mengelompokkan RNA sesuai dengan peran
biologisnya.Gambar 19.01 menunjukkan klasifikasi RNA yang agak berbeda
berdasarkan sebagian pada fungsi dan sebagian pada panjang. Perhatikan bahwa
banyak molekul RNA dapat dimasukkan ke dalam lebih dari satu kategori. Pada
diagram ini diilustrasikan oleh RNA ribosom terbesar (23S rRNA pada prokariota atau
28S rRNA pada eukariota), yang juga merupakan contoh ribozim. Klasifikasi RNA
menjadi sulit dengan adanya molekul RNA hibrida dengan banyak sifat atau peran.
Misalnya, transfer-messenger RNA (tmRNA) bertindak sebagian sebagai RNA transfer
dan sebagian lagi sebagai mRNA. Riboswitch adalah modul pengatur daerah molekul
mRNA.RNA dwifungsional(cncRNA5coding RNA noncoding) memiliki wilayah
pengkodean tetapi juga bertindak sebagai RNA pengatur. Terakhir, kita tidak boleh
melupakan RNA genomik. Banyak virus dan semua viroid memiliki genom RNA.
Selain itu, genom viroid tidak memiliki urutan pengkodean tetapi menunjukkan
aktivitas ribozim.
Beberapa cara lain untuk mengklasifikasikan RNA melintasi divisi yang
ditunjukkan sebelumnya. Dengan demikianRNA antisenseadalah RNA apa pun yang
saling melengkapi secara berurutan dengan molekul RNA atau DNA lainnya. Istilah
RNA antisense awalnya merujuk pada RNA yang melengkapi urutan pengkodean yang
dibawa oleh mRNA (atau DNA genomik yang sesuai). Namun, dari sudut pandang
yang lebih luas, adalah mungkin untuk memiliki antisense RNA yang “anti” versus
urutan DNA noncoding RNA atau noncoding. RNA antisense dapat bertindak dalam
berbagai peran dan, memang, RNA yang termasuk dalam banyak kelas lain dapat
dianggap sebagai RNA antisense. Misalnya, siRNA adalah RNA antisense yang
ditujukan untuk menyerang RNA.

2. Ribozim dan Aktivitas Enzim RNA

Dalam Central Dogma of Molecular Biology asli, DNA dianggap sebagai
gudang informasi genetik yang pada akhirnya mengkodekan protein. Protein adalah
7
molekul yang menjalankan fungsi utama sel, khususnya aktivitas enzim. RNA
dipandang sebagai perantara antara DNA dan protein. Meskipun demikian, meskipun
DNA dan RNA dapat membawa informasi genetik yang dikodekan sebagai rangkaian
basa linier, kedua jenis asam nukleat tersebut mampu membentuk struktur 3D yang
kompleks. Diakui sejak awal bahwa RNA melakukan peran struktural penting sebagai
tRNA dan rRNA selain perannya dalam transfer informasi sebagai mRNA. Namun,
molekul RNA dan DNA dengan struktur 3D kompleks juga dapat menunjukkan
aktivitas enzimatik. Sel hidup modern memang mengandung molekul RNA yang
bertindak sebagai enzim dan dikenal sebagai ribozim.
Meskipun sebagian besar enzim memang protein, kelompok enzim RNA kecil
tapi penting diketahui. Banyak yang dibahas di tempat lain dalam buku ini sehingga
peran mereka dirangkum di sini. Ini termasuk: Ribozim adalah molekul RNA yang
bertindak sebagai enzim. Beberapa fungsi ribozim penting dalam kehidupan modern.
a) Ribozim yang paling penting adalah rRNA utama dari subunit besar
ribosom (23S rRNA pada prokariota dan 28S rRNA pada eukariota).
Pada hari-hari awal biologi molekuler, diyakini bahwa protein
ribosomal mengkatalisis pembentukan ikatan peptida dan rRNA
menyediakan perancah struktural. Namun, sekarang diterima bahwa 23S
rRNA atau 28S rRNA mengkatalisasi langkah kritis dalam sintesis
polipeptida selain memainkan peran struktural utama. Peran RNA ini
adalah salah satu argumen utama yang mendukung model dunia RNA
tentang asal usul kehidupan. Protein ribosom dan molekul rRNA lainnya
memainkan peran penting tetapi tambahan. Sintesis protein tercakup
dalam Bab 13, Sintesis Protein.
b) Ribonuklease P (RNase P)adalah ribozim yang diselidiki dengan baik
yang merupakan keanehan yang aneh. Ribonuclease P adalah
endonuclease esensial yang mengambil bagian dalam pemrosesan
beragam substrat RNA termasuk tRNA, rRNA, beberapa mRNA,
tmRNA, riboswitch, RNA virus, dan snoRNA. RNase P memotong pre-
tRNA untuk menghasilkan ujung 5' bebas dari tRNA matang. RNase P
terdiri dari protein dan subunit ARN. Namun, aktivitas enzim
disebabkan oleh RNA, bukan protein. Memang, dalam larutan pekat di
laboratorium, RNA akan berfungsi sendiri, tanpa pasangan proteinnya.
Dengan demikian protein diperlukan untuk mengaktifkan RNA dalam
8
 kondisi fisiologis. Pada bakteri, RNase P terdiri dari RNA pendek (B400
nukleotida) ditambah satu protein kecil (B13 kDa). Pada eukariota
biasanya terdapat beberapa subunit protein dan RNA mungkin lebih
pendek. RNase P tidak sepenuhnya unik. MRP ribonuklease
(MRP5pemrosesan RNA mitokondria) ditemukan di mitokondria
eukariotik di mana ia memproses rRNA dan beberapa RNA lainnya.
Seperti RNase P, RNase MRP terdiri dari komponen RNA yang aktif
secara enzimatik ditambah protein terkait.
c) Sub-kelas lain dari ribozim termasuk intron self-splicing. Seperti
dibahas dalam Bagian 12.5, intron adalah urutan intervensi yang dihapus
selama konversi transkrip primer menjadi mRNA matang. Dalam
kebanyakan kasus ini dilakukan oleh spliceosome, kompleks protein
yang mengkatalisis reaksi bersama dengan RNA (snRNA) yang
bertindak sebagai pemandu. Namun, beberapa kelompok intron yang
kurang umum yang terletak di gen organel atau inti eukariota yang lebih
rendah adalah penyambungan sendiri. Intron itu sendiri bertindak
sebagai ribozim dengan aktivitas nuklease dan tidak diperlukan protein
terkait.
d) Viroid adalah entitas sub-genomik yang terdiri dari RNA telanjang yang
menginfeksi tumbuhan. Mereka berbeda dari virus karena tidak
memiliki cangkang protein pelindung luar, dan memang mereka tidak
menyandikan protein sama sekali. Genom viroid memiliki aktivitas
ribozim dan memotong dirinya sendiri selama siklus replikasi viroid.

Secara teknis, dapat dikatakan bahwa baik intron maupun viroid penyambungan
sendiri bukanlah enzim yang sebenarnya. Menurut definisi, enzim sejati mengkatalisasi
reaksi beberapa molekul substrat dan tidak berubah setelah melakukannya. Memang
23S/28S rRNA dan ribonuclease P bekerja pada banyak molekul lain dan merupakan
enzim sejati. Sebaliknya, intron dan viroid penyambungan sendiri hanya bereaksi satu
kali dan mengubah dirinya sendiri. Namun, reaksi diri mereka berarti bahwa enzim
protein tidak lagi diperlukan. Kesadaran bahwa RNA dapat bertindak baik sebagai
pembawa informasi genetik maupun sebagai enzim memunculkan konsep Dunia RNA.
Ide dasarnya adalah bahwa ada tahapan dalam asal usul kehidupan di mana RNA

9
 melakukan kedua peran tersebut. Baru kemudian DNA dan protein muncul untuk
berspesialisasi dalam penyimpanan informasi dan aktivitas enzimatik.

3. RNA pada Prokariota Versus Eukariota

Perbandingan berbagai domain kehidupan menunjukkan pelengkap RNA yang
agak berbeda. Semua organisme hidup memiliki rRNA, tRNA, mRNA, dan berbagai
RNA nonkode lainnya. Namun, ada perbedaan besar dalam jenis dan frekuensi banyak
kelas RNA antara eukariota dan prokariota. Karena berbagai jenis RNA ditangani
secara individual di tempat lain, kami akan meringkas perbedaan antara berbagai
domain kehidupan di sini. Prokariota menggunakan sistem CRISPR untuk pertahanan
antivirus sedangkan eukariota mengandalkan interferensi RNA. Akibatnya, prokariota
memiliki RNA yang terkait dengan sistem CRISPR tetapi kekurangan RNA yang
mengambil bagian dalam RNAi (siRNA, dan piRNA terkait). Prokariota juga
kekurangan miRNA, yang memiliki asal evolusi yang sama dengan siRNA dan
dihasilkan oleh mekanisme terkait. Alih-alih miRNA, prokariota memiliki repertoar
signifikan dari RNA pengatur kecil (sRNA) yang tidak memiliki pasangan pada
eukariota. Prokariota berbeda dari eukariota karena tidak memiliki nukleus. Akibatnya,
banyak molekul RNA yang berfungsi di dalam nukleus hilang pada prokariota.
Kurangnya nukleus, ditambah dengan genom yang lebih kecil dengan hanya daerah
intragenik yang pendek berarti bahwa prokariota tidak memiliki RNA nonkode
(lncRNA) paling panjang dan bentuk terkait [RNA penambah (eRNA), RNA sirkular
(circRNA), dll.].
Jumlah lncRNA meningkat dengan ukuran genom dan proporsi DNA nonkode.
lncRNA tampaknya merupakan perkembangan evolusi yang terlambat. Distribusi
snRNA dan snoRNA yang berperan dalam splicing dan modifikasi RNA lebih
kompleks. Ini ditemukan dalam inti eukariotik dan tidak ada pada bakteri. Namun, RNA
yang sesuai ditemukan di Archaea, domain prokariotik tempat eukariota mungkin
muncul. Akhirnya, prokariota memiliki beberapa RNA khusus yang tidak ada pada
eukariota. Ini termasuk RNA 6S yang mengatur transkripsi dan tmRNA yang
menyelamatkan ribosom yang terhenti. Selain itu, riboswitches, terletak di 50-ujung
mRNA, tipikal prokariota tetapi sangat jarang pada eukariota. Sebaliknya, eukariota
sering mengatur ekspresi mRNA dengan mengikat miRNA ke 30-wilayah yang tidak
diterjemahkan. Mengapa eukariota dan prokariota menyukai ujung mRNA yang
berbeda untuk regulasi pasca-transkripsi tidak diketahui. Sampai saat ini, diperkirakan
10
 bahwa eukariota berbeda dari prokariota karena memiliki RNA yang tertutup. Namun,
capping baru-baru ini juga terlihat pada prokariota.

4. RNA Regulasi Pendek

Seperti disebutkan sebelumnya, prokariota tidak memiliki sistem miRNA tetapi
tetap saja mereka memiliki jumlah yang signifikanmolekul RNA pengatur kecil (juga
hanya RNA pendek; sRNA)yang tidak memiliki pasangan di antara eukariota. RNA
prokariotik nonkode kecil pertama yang dicirikan adalah RNA antisense yang mengatur
replikasi plasmid dan nomor salinan. Belakangan, ditemukan beberapa RNA kecil yang
mengatur gen kromosom pada bakteri. Meskipun bakteri memang sebagian besar
mengontrol ekspresi gen pada tingkat transkripsi bakteri juga mengontrol sejumlah
besar gen pasca transkripsi dengan menggunakan sRNA.
Misalnya, Escherichia coli dan bakteri terkait (dengan sekitar 3000 gen
penyandi protein) memiliki sekitar 200 molekul sRNA. Panjang RNA kecil berkisar
dari sekitar 50 hingga 450 nukleotida. Sebagian besar bertindak sebagai RNA antisense
dan berikatan dengan mRNA target untuk menghambat translasi. Banyak dari ini
memerlukan partisipasi dari Hfq Protein pengikat RNA, terutama, jika mereka
menargetkan banyak mRNA. Hfq adalah protein pengikat RNA berukuran kecil 11,2
kDa yang terdiri dari 102 asam amino E.coli.
Regulasi ekspresi mRNA oleh sRNA jarang menyebabkan perubahan besar
dalam ekspresi gen, sehingga sRNA bakteri cenderung memodulasi level ekspresi
daripada mengaktifkan atau menonaktifkan gen. Akibatnya, KO genetik gen sRNA
cenderung hanya menunjukkan cacat fenotipik kecil dan biasanya hanya dalam kondisi
pertumbuhan khusus.
Karena sRNA biasanya menghambat translasi mRNA, level sRNA biasanya
meningkat pada kondisi di mana ekspresi gen target harus diturunkan. Misalnya, sRNA
RyhB dariE.colidan bakteri terkait ditranskripsi ketika zat besi terbatas untuk
pertumbuhan. RyhB RNA mengikat selusin atau lebih mRNA target yang menyandikan
protein yang dibutuhkan untuk metabolisme besi atau yang menggunakan besi sebagai
kofaktor. Pengikatan RyhB RNA memblokir terjemahan mRNA.

5. Fragmen tRNA

11
 Salah satu kategori terbaru dari RNA nonkode adalahfragmen tRNA (tRF).
Meskipun fragmen tRNA yang dihasilkan oleh nuklease telah lama terdeteksi dan
diidentifikasi, mereka pada awalnya dianggap hanya sebagai produk degradasi.
Memang, semua jenis RNA terusmenerus didegradasi di dalam sel oleh berbagai
nuklease dan konstituennya didaur ulang untuk digunakan dalam RNA yang baru
dibuat. Jadi membedakan turunan fungsional dari produk degradasi belaka bukanlah
hal yang sepele. Dalam praktiknya, peran biologis perlu ditunjukkan untuk
membuktikan bahwa molekul RNA berfungsi, bukan sebagai produk degradasi atau
perantara dalam pemrosesan.
Beberapa sub-kelas molekul tRF fungsional berasal dari tRNA seperti yang
diuraikan dalam. Tiga kategori utama tRF diketahui. Seri tRF-1 sebenarnya berasal dari
fragmen yang dipotong dari ujung 3' selama pemrosesan prekursor tRNA (pre-tRNA).
Seri tRF-5 dan tRF-3 masing-masing diturunkan dari ujung 5'- dan 3' melalui
pembelahan tRNA matang. Ini dilakukan oleh Dicer, atau enzim terkait, yang berperan
dalam interferensi RNA dan pemrosesan miRNA. Fragmen tRNA ini biasanya
memiliki panjang 18-26 nukleotida, kisaran ukuran yang sama dengan micro RNA
(miRNA). Memang, tampaknya tRF dapat berfungsi dengan cara yang mirip dengan
miRNA. Sama seperti miRNA yang dikaitkan dengan protein dari keluarga Argonaute
(AGO), demikian pula tRF berikatan dengan protein AGO dan kompleks kemudian
mulai berikatan dengan RNA target yang berisi wilayah urutan yang melengkapi tRF.
Mekanisme ini digunakan oleh miRNA untuk menekan translasi mRNA.
Tampaknya tRF oleh karena itu mengatur ekspresi berbagai gen dengan cara yang sama
seperti miRNA. Meskipun tRF tampaknya bertindak seperti miRNA pada eukariota,
beberapa molekul tRF juga ditemukan pada prokariota, baik pada Bakteri maupun
Archaea, yang tidak memiliki miRNA dan sistem kontrol miRNA. Akibatnya,
mekanisme aksi tRF agak berbeda.
Angiogenin awalnya dinamai untuk stimulasi angiogenesis — pertumbuhan
pembuluh darah baru. Karena pertumbuhan tumor bergantung pada angiogenesis,
angiogenin berperan penting dalam perkembangan kanker. Tidak mengherankan, telah
ditunjukkan bahwa kadar tiRNA berubah pada garis sel kanker tertentu. Peran pasti
yang dimainkan tiRNA dalam kanker masih harus dijelaskan.

6. RNA Noncoding Panjang

12
 Sebagian besar karena peningkatan teknologi pengurutan, sejumlah besarRNA
nonkode panjang (lncRNA)molekul telah ditemukan dalam sel eukariotik. Mereka
sangat umum pada eukariota yang lebih tinggi dengan genom besar dan akibatnya
bentangan DNA nonkode yang luas. lncRNA jarang ditemukan pada prokariota di mana
jarak antar gen biasanya sangat pendek dan hanya ada sedikit DNA nonkode.
Bahkan molekul lncRNA yang dianggap “asli” seringkali memiliki fungsi yang
masih belum diketahui atau hanya diselesaikan sebagian. Jelas bahwa banyak molekul
lncRNA terlibat dalam pengaturan genetik dan/atau mempertahankan struktur kromatin
tetapi mekanisme yang tepat masih sering tidak pasti. Salah satu properti jelas yang
dimiliki molekul lncRNA adalah panjangnya. Ini memungkinkan mereka untuk
mengikat banyak komponen lain dan menyatukan — atau menahan — mereka. DNA,
molekul dan protein RNA lain semuanya dapat dikumpulkan dengan cara ini oleh
lncRNA. Dalam praktiknya, molekul lncRNA cenderung terdiri dari situs pengikatan
yang dilestarikan dengan daerah intervensi yang panjang itu penting tetapi urutannya
tidak kritis (selain menghindari struktur sekunder yang akan mengganggu perannya).
Beberapa peran yang telah ditemukan sejauh ini untuk lncRNA meliputi:
(1)Mengatur ekspresi gen dengan merekrut protein yang mengatur transkripsi,
termasuk yang bertindak dengan memodifikasi histon. (2)Menghambat interaksi antara
microRNAs (miRNAs) dan mRNA targetnya sehingga mengendalikan translasi mRNA
target. (3)Mempengaruhi produksi isoform mRNA dengan mengikat dan
mengasingkan protein yang diperlukan untuk penyambungan alternatif. (4)Pegang
bersama kompleks penambah. (5)Bertindak sebagai perancah dalam struktur kromatin
dan arsitektur nuklir. (6)Sebenarnya, Xist RNA yang terlibat dalam membungkam
kromosom X dapat diklasifikasikan sebagai lncRNA.
Salah satu peran utama lncRNA adalah menghambat interaksi fisik antara
miRNA dan mRNA targetnya. Ini berkontribusi pada kontrol terjemahan mRNA target.
lncRNA ini terkadang dikenal sebagaibersaing RNA endogen (ceRNA)karena mereka
bersaing dengan mRNA untuk berikatan dengan miRNA. CeRNA bertindak sebagai
spons miRNA, yaitu mengikat banyak molekul miRNA dan mengeluarkannya dari
sirkulasi. Setiap ceRNA yang diberikan dapat mengikat hanya beberapa salinan dari
satu miRNA atau beberapa miRNA yang berbeda. (Catatan: istilah persaingan RNA
endogen terkadang digunakan untuk memasukkan jenis RNA lain, seperti transkrip dari
pseudogen, yang juga bersaing dengan mRNA untuk miRNA.)

13
 Istilah eRNA agak ambigu karena dapat digunakan untuk merujuk pada RNA
nonkode yang ditranskripsi dari daerah penambah atau ke RNA nonkode yang
menyatukan loop penambah dan kompleks mediator. Tidak mengherankan, sebagian
besar eRNA yang mempertahankan struktur loop penambah sebenarnya ditranskripsi
dari daerah penambah itu sendiri. Ini masuk akal karena eRNA tersebut melengkapi
DNA di wilayah penambah. Enhancer RNA dapat ditranskripsi dalam orientasi baik
dari DNA enhancer. Memang dua rakitan RNA polimerase dapat mentranskripsi keluar
dari penambah dalam arah yang berlawanan secara bersamaan. Ini menghasilkan dua
molekul eRNA, salah satunya adalah antisense relatif terhadap yang lain. Satu atau
keduanya dapat mengambil bagian dalam mempertahankan struktur loop penambah.
Tampaknya RNA penambah dapat bekerja saat masih terikat pada RNA polimerase
yang membuatnya melalui ujung 3'-nya. eRNA juga dapat bertindak dengan
mekanisme lain; misalnya, mungkin berikatan dengan protein represor dan
mencegahnya berikatan dengan kompleks promotor.
Dalam hal ini, eRNA tidak mengambil bagian dalam rakitan loop penambah.
RNA arsitektural (arcRNA)mengacu pada lncRNA yang berikatan secara bersamaan
ke situs di lebih dari satu kromosom, atau ke situs yang terpisah jauh di kromosom yang
sama. Dalam kedua kasus, ini menghasilkan atau mempertahankan interaksi struktural
antara lokus yang terpisah jauh. Tidak mengherankan, sering terbentuk loop kromatin
yang besar melibatkan lncRNA dan perakitan struktur dan kompleks nuklir besar
mungkin bergantung pada lncRNA yang bertindak sebagai perancah. Salah satu
penggunaan penting arsitektur RNA adalah perakitan beberapa badan nuklir. Ini adalah
struktur yang ditemukan di dalam inti eukariotik dan dikhususkan untuk melakukan
tugas tugas khusus. Yang paling terkenal adalah, tentu saja, nukleolus, yang
memproduksi rRNA dan dirangkai pada kelompok gen rRNA yang dikenal sebagai
“pengatur nukleolar”.
Badan nuklir lainnya tidak melakukan transkripsi dan karena itu tidak dapat
dibangun di sekitar DNA. Sebaliknya, mereka menggunakan molekul arsitektur
lncRNA sebagai perancah. Tubuh yang dikenal sebagai "bintik" mengandalkan RNA
Malat1 dan "paraspekkel" mengandalkan RNA NEAT1. Speckles menyimpan
komponen mesin splicing tidak dalam layanan aktif tetapi memainkan peran aktif dalam
merakit beberapa kompleks RNA-protein yang terlibat dalam splicing. Paraspeckle
kurang terdefinisi dengan baik tetapi mengambil bagian dalam pengeditan dan
pengaturan mRNA.
14
7. Srikular RNA
Kategori lain yang relatif baru dari RNA nonkode adalah RNA sirkular
(circRNA). Ini ditemukan dalam sel eukariotik dan merupakan produk penyambungan
transkrip alternatif dari gen pengkode protein. Transkrip utama dari gen pengkode
protein biasanya disambung untuk menghasilkan molekul mRNA linier yang terdiri
dari ekson (urutan pengkodean) dan menghilangkan intron. Namun, ribuan gen tersebut
dapat disambung dengan cara yang sama sekali berbeda, disebut sebagai "back-
splicing", yang dipicu oleh pasangan basa dari sekuens komplementer yang ditemukan
di intron. "Penyambungan balik" semacam itu membutuhkan keberadaan urutan
komplementer terbalik di dalam dua intron terpisah yang ditempatkan sehingga mereka
dapat berpasangan satu sama lain.

15
 BAB III: PEMBAHASAN

3.1 Teori Baru yang Diperoleh

Buku ini sangat bermanfaat bagi reviewer, karena teori dan penjelasan didalam buku
mendukung materi pada mata kuliah Biologi molekuler. Pada buku ini membahas
mengenai Noncoding RNA dimana terdapat 7 sub bab yang direview mengenai survei kelas
RNA, ribozim dan aktivitas enzim RNA, RNA pada Prokariota dan Eukariota, RNA
regulasi pendek, fragmen tRNA, RNA nonkode panjang, dan RNA sirkular. Pada setiap
sub bab menjelaskan secara rinci materi yang dibahas disertai dengan konsep penelitian
yang berkaitan sehingga reviewer mendapatkan informasi baru dari buku tersebut.
Misalnya pada sub bab 6. RNA Nonkode Panjang, yang menjelaskan bahwa molekul
IncRNA yang dianggap “asli” seringkali memiliki fungsi yang masih belum diketahui atau
hanya diselesaikan sebagian karena mekanisme pada molekul ini sering tidak pasti.
Sehingga, dalam praktiknya molekul lncRNA cenderung terdiri dari situs pengikatan yang
dilestarikan dengan daerah intervensi yang panjang itu penting tetapi urutannya tidak kritis
(selain menghindari struktur sekunder yang akan mengganggu perannya). Dari teori sub
bab ini dapat kita simpulkan bahwa walaupun molekul IncRNA memiliki mekanisme yang
tidak pasti namun molekul ini memiliki peran yang sangat penting salah satunya adalah
sebagai penghambat menghambat interaksi fisik antara miRNA dan mRNA targetnya dan
perancah pada arsitektur RNA pada beberapa badan nuklir.

3.2 Manfaat Topik yang Direview

Buku yang direview ini memiliki topik-topik teori yang sangat bermanfaat dan diharapkan
dapat diimplementasikan dalam bidang pendidikan dan sains. Melalui informasi yang
didapat dari buku ini, diharapkan reviewer beserta pembaca lainnya dapat
memanfaatkannya dengan tepat pada bidang ilmu yang berkaitan salah satunya pada bidang
genetika, biologi sel, ataupun biologi molekuler. Serta dengan mengetahui informasi yang
didapat dalam buku ini diharapkan dapat memahami konsep dari Noncoding RNA.

16
17
 BAB IV: PENUTUP

4.1 Kesimpulan

Dari pembahasan materi yang sudah dipaparkan, maka kami menarik kesimpulan
sebagai berikut:

1. RNA antisense adalah RNA apa pun yang saling melengkapi secara berurutan
dengan molekul RNA atau DNA lainnya RNA yang termasuk dalam banyak kelas
lain dapat dianggap sebagai RNA antisense. Misalnya, siRNA adalah RNA
antisense yang ditujukan untuk menyerang RNA.
2. Ribozim adalah molekul RNA yang bertindak sebagai enzim dimana DNA dan
RNA dapat membawa informasi genetik yang dikodekan sebagai rangkaian basa
linier dan mampu membentuk struktur 3D yang kompleks untuk aktivitas
enzimatik.
3. Prokariota menggunakan sistem CRISPR untuk pertahanan antivirus sedangkan
eukariota mengandalkan interferensi RNA dan diperkirakan bahwa eukariota
berbeda dari prokariota karena memiliki RNA yang tertutup.
4. Prokariota tidak memiliki sistem miRNA tetapi memiliki jumlah yang signifikan
molekul RNA pengatur kecil dan beberapa RNA kecil yang mengatur gen
kromosom pada bakteri dengan panjang RNA kecil berkisar dari sekitar 50 hingga
450 nukleotida.
5. Kategori terbaru dari RNA nonkode adalah fragmen tRNA (tRF) memiliki panjang
18-26 nukleotida, kisaran ukuran yang sama dengan micro RNA (miRNA).
6. Sejumlah besar RNA nonkode panjang (lncRNA)molekul telah ditemukan dalam
sel eukariotik dan jarang ditemukan pada prokariota di mana jarak antar gen
biasanya sangat pendek dan hanya ada sedikit DNA nonkode.
7. Kategori lain yang relatif baru dari RNA nonkode adalah RNA sirkular (circRNA)
yang ditemukan dalam sel eukariotik dan merupakan produk penyambungan
transkrip alternatif dari gen pengkode protein.
4.2 Saran

Diharapkan dengan CBR yang telah disusun oleh kelompok 4 mengenai "Noncoding
RNA” dapat memberikan informasi lebih jauh dan mendalam tentang materi terkait. Oleh
karena itu kami selaku penyusun CBR meminta maaf jika penulisan CBR dan materi yang
disampaikan terdapat kekeliruan, dan kami selaku penulis dan penyusun CBR berharap semoga

18
review yang telah kami susun bermanfaat bagi kita semua terutama untuk Mahasiswa jurusan
Pendidikan Biologi. Maka dengan demikian kami memerlukan kritik dan saran jika ada untuk
memperbaiki dan menyempurkan kembali CBR yang telah kami susun.

19
 DAFTAR PUSTAKA

David P. Clark, N. P., & McGehee, M. (2019). Noncoding RNA. In Molecular Biology (3rd
ed., pp. 604–621). Academic Cell. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-813288-3.00019-7

20