Disusun oleh:

Jenny dwi hartani

Akademi Kimia Analisis Caraka Nusantara

Jl. Tugu RayaKomplek Timah, Kelapa Dua Cimanggis, Depok – 16951

1
 DAFATR ISI

Kata Pengantar ....................................................................................................................3

Bab I Pendahuluan ............................................................................................................4

1.1 Latar Belakang...................................................................................................4

1.2 Identifikasi Masalah ...........................................................................................4

1.3 Tujuan Penulisan ...............................................................................................5

1.4 Metode Penulisan...............................................................................................5

1.5 Manfaat Penulisan .............................................................................................5

1.6 Sistematika Penulisan ........................................................................................5

Bab II .........................................................................................................................6

2.1 Definisi ..............................................................................................................6

2.2. Letak DNA .......................................................................................................6

2.3 Karakteristik Kimia............................................................................................6

2.4 Ciri-Ciri Heliks Ganda .......................................................................................10

2.5 Sifat-Sifat Fisik ..................................................................................................12

2.6 Tatanan Urutan DNA .........................................................................................13

2.7 Reaksi-Reaksi dalam Replikasi ..........................................................................14

.Bab III .........................................................................................................................22

3.1 Perubahan-Perubahan dalam Pesan Genetik .......................................................17

3.1.1 Asal Usul Kesalahan ................................................................................17

3.1.2 Perbaikan DNA .......................................................................................20

Daftar Pustaka .....................................................................................................................23

2
 KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh.

Alhamdulillahirabbilalamin, banyak nikmat yang Allah berikan, tetapi sedikit sekali

yang kita ingat. Segala puji hanya layak untuk Allah SWT atas segala berkat, rahmat, taufik,

serta hidayah-Nya yang tiada terkira besarnya, sehingga penulis dapat menyelesaikan

makalah dengan judul ”Sel DNA”.

Tujuan penulisan ini adalah untuk mengetahui dan mempelajari hal-hal yang

mengenai sel DNA.

Dalam penyusunan makalah ini, penulis mendapatkan banyak pengarahan dan

bantuan dari berbagai pihak, untuk itu dalam kesempatan ini penulis tidak lupa mengucapkan

terima kasih kepada dosen pembimbing kami dan semua pihak yang telah membantu dalam

penulisan makalah ini.

Meskipun penulis berharap isi dari makalah ini bebas dari kekurangan dan kesalahan,

namun selalu ada yang kurang. Oleh karena itu, penulis mengharapkan kritik dan saran yang

membangun agar makalah ini dapat lebih baik lagi.

Akhir kata penulis berharap agar makalah ini bermanfaat bagi semua pembaca.

Jakarta, 25 Desember 2013

Penyusun

Jenny dwi hartani

3
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA merupakan materi genetik yang akan membawa informasi genetik. Informasi tidak

hanya mencakup bentuk, tetapi juga pola perilaku jaringan-jaringan ; sel-sel pada manusia

dewasa bereaksi terhadap perubahan-perubahan kimiawi maupun fisik lingkungan sekitarnya

sebagai jawaban atas perintah inti sel. Untuk semua itu hanya diperlukan 6 pikogram, 6 x 10 2

g, asam deoksiribonukleat (DNA) yang mengandung informasi, baik untuk struktur maupun

untuk fungsinya.

Tidak ada satu kemampuan pun sepanjang sejarah kehidupan manusia yang dapat

menandingi kemampuan DNA dalam menyimpan begitu banyak informasi. Mikrochip,

silikon yang cukup canggih dengan ukuran panjang 5 mm dan tebal 0,2 mm dapat memiliki

rangkaian elemen listrik sebanyak 100.000 buah. Dengan ukuran sekecil ini, ruangan yang

ditempati oleh 200 elemen seperti itu cukup untuk dapat menampung DNA yang diperlukan

untuk mengatur pertumbuhan dan pemeliharaan 180.000 manusia!

1.2 Identifikasi Masalah

 Apa yang dimaksud dengan DNA?

 Dimanakah letak DNA?

 Bagaimana karakteristik kimianya?

 Bagaimana ciri-ciri heliks ganda?

 Bagaimana sifat-sifat fisik DNA?

 Bagaimana tatanan urutan DNA?

4
  Bagaimana reaksi-reaksi dalam replikasi DNA?

 Faktor-faktor apa yang menyebebkan terjadinya perubahan-perubahan dalam

pesan genetika dan bagaimana cara mengatasinya?

1.3 Tujuan Penulisan

Maksud dan tujuan dari penulisan makalah yang berjudul “Sel DNA” ini adalah untuk

memberikan penjelasan lebih lanjut mengenai hal-hal yang berkaitan dengan DNA seperti

letak DNA didalam tubuh, proses terjadinya mutasi genetik, dan lain sebagainya.

1.4 Metode Penulisan

Metode yang penulis gunakan dalam menyusun makalah yang berjudul “Sel DNA” ini

adalah metode perpustakaan.

1.5 Manfaat Penulisan

Dengan diselesaikan makalah ini diharapakan dapat memberikan manfaat berupa

pengetauhuan lebih lanjut mengenai DNA baik untuk penulis maupun untuk pembacanya.

1.6 Sistematika Penulisan

Sistematika dari penulisan makalah ini terdiri atas 3 bab, yaitu bab I yang memuat

pendahuluan yang terdiri dari latar belakang, identifikasi masalah, tujuan, metode, manfaat,

dan sistematika penulisan ; bab 2 merupakan pembahasan ; bab 3 memuat penutup yang

terdiri dari kesimpulan serta saran.

5
 BAB II

2.1 Definisi

DNA adalah singkatan dari Deoxyribonucleic Acid. DNA adalah perintah genetik,

sistematika keturunan, manual regenerasi, peta biologis, cetak-biru individu dari setiap

makhluk hidup secara unik. DNA merupakan cetak biru individu karena DNA memiliki

instruksi genetik yang membentuk sel-sel dalam organisme. Peran utama molekul DNA

adalah penyimpanan informasi jangka panjang.

2.1.2 Letak DNA

DNA hanya dapat ditemukan di dalam nukleus, yaitu di dalam kromosom,

mitokondria, plastida, dan sentriol.

2.3 Karakteristik Kimia

DNA adalah suatu polinukleotida. Asam nukleat adalah polimer nukleotida, dan

nukleotida disusun dari cincin heterosiklik yang mengandung N, gula dan gugus fosfat

(turunan ion dari asam ortofosfat, H3PO4). Komponan heterosikliknya disebut basa

nukleotida.

DNA terdapat dalam bentuk Heliks Ganda. DNA yang terdapat dalam sel terdiri dari dua

rantai polinukleotida yang berbeda tetapi sejenis. Kedua rantai tersebut saling terpilin

6
membentuk heliks ganda sedemikian rupa sehingga basa-basa kedua rantai terletak di dalam

dan saling berikatan. Dalam struktur yang stabil ini, basa-basa heterosiklik kedua rantai

disusun menumpuk berpasangan yang dapat diibaratkan seperti papan yang terbentuk dari

atom-atom cincin heterosiklik, dihubungkan dengan 2 tali yang terdiri dari rantai utama gula-

fosfat. Informasi yang terdapat dalam DNA terdiri dari urutan nukleotida dengan berbagai

pasangan basa yang terletak di bagian tengah molekul. Panjang molekul DNA pada berbagai

organisme kira-kira sebanding dengan jumlah informasi yang dikandungnya, meskipun

variasinya cukup besar. Hampir semua DNA dalam inti sel telur manusia yang telah dibuahi

terdapat dalam 46 molekul besar, masing-masing membentuk satu kromosom (molekul-

molekul lebih kecil terdapat dalam mitokondria dan sentriol). Bila molekul-molekul DNA

besar yang terdapat dalam inti sel tersebut direntangkan dan disambung, panjangnya akan

menyamai tinggi seorang manusia yang jangkung, hampir 2 meter. Meskipun demikian,

mereka dapat dilipat sampai kecil sekali sehingga dapat ditempatkan dalam inti sel, karena

garis tengahnya hanya 2 nanometer saja. Karena tiap pasangan basa membentuk lempeng

setebal 0,34 nanometer (ukuran tebal satu atom), maka jumlah lempeng yang tertumpuk

adalah kira-kira 6 x 109 (1 nanometer = 10-9 meter).

Urutan basa pada DNA menentukan urutan asam amino pada polipeptida. Karena bentuk

dan fungsi protein tergantung pada urutan-urutan asam aminonya, sedangkan konstruksi dan

pengendalian konstituen sel lain juga termasuk salah satu fungsi protein, maka DNA

menentukan sifat khas organisme.

Asam deoksiribonukleat merupakan molekul kompleks yang dibentuk oleh 3 macam

molekul yaitu :

 Gula pentosa (deoksiribosa)

 Fosfat (PO4-)

7
  Basa nitrogen yang terdiri dari:

a) Purin: guanin (G) dan adenin (A)

b) Pirimidin: timin (T) dan sitosin (C).

Ciri penting senyawa-senyawa heterosiklik ini adalah bahwa pada posisi tertentu

mereka dapat membentuk ikatan hidrogen. Dalam konfigurasi ini, adenin berpasangan

dengan timin dengan 2 ikatan hidrogen (gambar sebelah kanan), sedangkan guanin

berpasangan dengan sitosin dengan 3 ikatan hidrogen (gambar sebelah kiri). Oleh sebab itu,

adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin dikatakan sebagai basa komplementer.

Basa-basa yang tertumpuk di tengah heliks ganda DNA akan membentuk pasangan-pasangan

berikut:

adenin = timin

rantai timin = adenin rantai

polipeptida I guanin = sitosin polipeptida II

sitosin = guanin

Rantai DNA tidak akan bergabung membentuk heliks ganda bila urutan basa pada

satu rantai bukan merupakan basa komplementer rantai yang lain. Pembentukan pasangan-

pasangan ini merupakan dasar pengalihan informasi.

8
 DNA Mengandung Purin Dan Pirimidin Dalam Jumlah Yang Sama. Karena DNA

berutas ganda mengandung basa-basa yang merupakan komplemen satu dengan yang lain,

maka sebagai akibatnya jumlah adenin akan sama dengan jumlah timin, dan jumlah guanin

sama dengan jumlah sitosin. Jumlah keseluruhan gugusan purin sama dengan jumlah

keseluruhan gugusan pirimidin. Hal ini berlaku baik pada DNA secara keseluruhan yang ada

di dalam sel, maupun sebagian saja dari heliks ganda tersebut. Ini merupakan ciri khas DNA

yang kedua utasnya bersifat komplementer.

Rantai-rantai pada DNA adalah Antiparalel. Rantai

utama gula-fosfat pada polinukleotida tidaklah simetris.

Gambar di samping menunjukkan bahwa unit-unit

nukleotida dihubungkan satu sama lain dengan ikatan ester

fosfat antara C-5' gugusan deoksiribosa dari satu

nukleotida dengan C-3' gugusan yang sama pada

nukleotida berikutnya. Artinya, ujung-ujung 5' dan 3' rantai

utama polinukleotida bukan merupakan bayangan cermin.

Rantai-rantai tersebut mempunyai polaritas. Hubungan

antar rantai paling stabil bila urutan basa-basa

komplementernya terletak antiparalel, yaitu urutan ikatan-

ikatan dari ujung 5' ke ujung 3' berjalan dengan arah berlawanan. Dengan demikian kedua

rantai tersebut menunjukkan polaritas yang berlawanan.

9
2.4 Ciri-Ciri Heliks Ganda

Gambar struktur variasi model DNA

Keterangan gambar : DNA-B (kiri), DNA-A (tengah), DNA-Z (kanan).

Beberapa jenis heliks ganda dapat dibentuk dengan model DNA. Dengan teknik

kristalografi dan cara-cara pengukuran fisik lain dapat diketahui adanya 2 jenis bentuk

heliks dengan putaran ke kanan, yang disebut sebagai heliks A dan heliks B. Di samping itu

terdapat pula heliks berputaran ke kiri dengan urutan basa tertentu. Bentuk ini dinamakan

heliks Z. Kebanyakan DNA mempunyai bentuk heliks B. Meskipun demikian perlu diingat

bahwa bentuk molekul tersebut tidak terpaku pada satu bentuk saja, melainkan dapat

berubah-ubah ke dalam bentuk lain. Sejauh mana perubahan bentuk tersebut terjadi, tidaklah

jelas. yang pasti, heliks dapat membelok.

Bagian Luar Polar dan Bagian Dalam Nonpolar. Gambar di atas menunjukkan model

molekul DNA dipandang dari berbagai sudut. Dari gambar tersebut terlihat bahwa semua

gugus fosfat terletak di luar. Diester asam fosfat adalah asam kuat dan DNA mengion

sempurna, sehingga sisi-sisinya diselimuti oleh muatan negatif yang harus dinetralkan

dengan kation. Seluruh basanya tertumpuk di bagian dalam sehingga permukaannya yang

hidrofobik dihindarkan dari air. Dengan demikian ikatan hidrogen antar pasangan basa

10
terjadi dalam lingkungan non polar, sehingga kekuatannya hampir maksimal. Nukleosida

yang terlarut dalam air, tidak akan mem-bentuk ikatan yang kuat dengan komplemennya,

karena permukaan cincinnya tak dilindungi dari molekul air. Sebaliknya dalam larutan non

polar, senyawa tersebut dapat membentuk ikatan yang kuat dengan pasangannya. Hal inilah

yang terjadi pada bagian dalam heliks ganda. Kekuatan tersebut lebih besar bila

dibandingkan dengan kekuatan ikatan antara basa yang bukan merupakan pasangannya.

Penumpukan basa-basa juga menimbulkan gaya tambahan melalui interaksi aromatik

dan tataletak yang rapat dari cincin-cincin yang berdekatan. Keadaan ini menambah

kestabilan bentuk heliks tersebut.

Cekungan Lebar dan Cekungan Sempit. Ciri yang menonjol pada bentuk heliks ganda

ialah terdapatnya cekungan yang dalam di antara rantai utama gula-fosfat. Lebar cekungan-

cekungan tersebut dalam DNA tidak sama. Untuk membedakannya diberi nama cekungan

besar dan cekungan kecil. Nama-nama tersebut tidak menggambarkan besar kecilnya

fungsi, dan cekungan kecil bukan berarti hanya merupakan lekukan kecil saja pada,

permukaan.

Cekungan-cekungan tersebut merupakan satu-satunya peluang bagi basa-T>asa yang

terletak di bagian dalam dari heliks ganda untuk bereaksi dengan molekul yang berasal dari

luar. Orientasi letak basa-basa tersebut terhadap poros heliks adalah sedemikian rupa

sehingga pada setiap dasar cekungan terletak atom yang sama. Misalnya pada dasar

cekungan besar selalu terdapat atom-atom C-6.N-7 dan C-8 dari cincin purin, serta C-4.C-5

dan C-6 dari cincin pirimidin. Pada dasar cekungan kecil selalu terdapat atom-atom C-2 dan

N-3 cincin purin, serta C-2 cincin pirimidin. Dengan demikian terbuka kemungkinan bagi

protein-protein tertentu untuk berikatan dengan heliks DNA melalui atom-atom yang

11
 terpapar di dasar cekungan tersebut tanpa merusak heliks. Keadaan seperti ini memang telah

terjadi, dan dimanfaatkan sebagai cara pengendalian informasi yang akan dialihkan.

2.5 Sifat-Sifat Fisik

Rantai ganda DNA dapat saling dipisahkan (mengalami denaturasi) dengan

meningkatkan suhu larutan. Suhu yang menyebabkan setengah dari molekul DNA

mengalami denaturasi dinamakan tiiik lebur DNA. Istilah ini juga mempunyai arti fisiologis.

Misalnya : pengalihan informasi dari DNA juga terjadi karena adanya pemisahan kedua

rantai DNA, sehingga faktor-faktor yang diperlukan dalam pemisahan kedua rantai tersebut

dapat dikatakan menurunkan titik lebur di bawah suhu sel. Titik lebur DNA sendiri dalam

kondisi eksperimental terletak di sekitar 85°C. Nilai sebenarnya tergantung dari komposisi

basanya, karena untuk melepaskan tiga ikatan hidrogen pada pasangan G-C diperlukan

energi lebih banyak dari pada yang diperlukan untuk memisahkan dua ikatan yang sama

pada pasangan A-T.

Dari sekian banyak sifat DNA, yang sering dipakai sebagai ukuran pertambahan ataupun

pengurangan struktur heliks ganda adalah absorpsi spektrum ultra violet. Baik nukleosida

maupun nukleotida menunjukkan spektrum ultra violet yang khas. Sifat ini ditimbulkan oleh

adanya ikatan konjugasi pada gugus purin dan pirimidin. Absorbansi akan berkurang dengan

adanya ikatan hidrogen pada heliks ganda. Pengurangan atau hipokromisitas ini dapat

digunakan sebagai indeks dari bagian molekul yang berbentuk heliks.

Bila suhu suatu larutan DNA yang terdenaturasi (tetapi komplementer) dipertahankan di

bawah titik lebur, heliks ganda akan terbentuk kembali. Proses ini dinamakan penggabungan

(annealing) DNA. Kecepatan proses tersebut tergantung pada fraksi molekul DNA yang tepat

berpasangan. Makin besar fraksi demikian, makin besar pula proporsi benturan antar

molekul yang mengakibatkan urutan-urutan komplementer saling mendekat.

12
 Kepadatan Terapung, ρ (rho) dari DNA dalam larutan garam pekat akan meningkat

dengan bertambah banyaknya proporsi pasangan guanidin-sitosin :

ρ (rho) = 1,660 + 0,098 (G + C)/(nukleosida total)

Perbedaan yang ditimbulkan cukup besar untuk dapat memisahkan molekul-molekul DNA-

nya ke dalam golongan-golongan dengan kandungan basa yang sama. Keadaan ini

didapatkan dengan cara memusingkannya melalui gradien larutan garam dengan kadar yang

makin meningkat (yang sering digunakan adalah larutan Sesium Klorida, CsCl). Molekul-

molekul dengan komponen G-C lebih banyak atau komponen A-T lebih sedikit, akan

mengendap lebih jauh sebelum mencapai larutan dengan kepadatan yang sama.

2.6 Tatanan Urutan DNA

Pada dasarnya urutan nukleotida dapat dibagi menjadi urutan berulang (repetitif) dan

urutan tak berulang (nonrepetitif).

Pada DNA eukariota fraksi tak berulang, yaitu fraksi yang mengandung urutan

tunggal atau beberapa kembaran, pada umumnya berisi sandi ( code ) untuk menentukan

urutan asam amino dalam rantai suatu polipeptida. Pada eukariota, kebanyakan gen yang

menyandi rantai polipetida ternyata terpecah, yaitu urutan nukleotida yang merupakan sandi

diselingi oleh urutan yang bukan penyandi. Gen semacam itu disebut sebagai gen terpecah

(split genes). Pada gen demikian, urutan penyandi disebut ekson, sedangkan urutan bukan

penyandi disebut intron. Jumlah intron dalam satu gen dapat mencapai 40 buah. Panjang

intron dapat menyamai bahkan melebihi panjang ekson.

Fraksi yang berulang dibagi menjadi fraksi berulang sedang (moderately repetitive)

dan fraksi berulang tinggi (highly repetitive). Fraksi berulang sedang berisi gen-gen yang

13
memang didapatkan dalam banyak kembaran beserta urutan-urutan sisipan yang di

dalamnya terdapat banyak urutan nukleotida yang sangat mirip, membentuk satu keluarga.

Fraksi berulang tinggi (highly repetitive) berisi urutan-urutan pendek dalam

puluhan ribu kembaran atau lebih. Fraksi ini pada pemusingan sering dapat dipisahkan, dan

disebut DNA satelit. Karena fraksi ini memiliki urutan nukleotida yang sangat berbeda

dengan fraksi DNA sisanya, maka kepadatannya berbeda, sehingga pada pemusingan akan

tampak sebagai "pita satelit" yang terpisah dari fraksi DNA yang lain. (Terdapat perbedaan

dalam kcpadatan relatif dan jumlah fraksi satelit antar spesies). Banyak diantara DNA satelit

ini merupakan heterokromatin konstitutif, yaitu fraksi DNA yang bersangkutan dengan

hukleolus dan mungkin mempunyai fungsi struktural.

2.1 Reaksi-Reaksi dalam Replikasi

Replikasi DNA terjadi dengan

perpanjangan utas baru dengan

menggunakan utas yang telah ada

sebagai acuan. Gugusan

deoksinukleotida dibawa ke tempat

replikasi dalam bentuk

deoksiribonukleosida-5'-trifosfat

(kanan), dan diikatkan kepada rantai yang tumbuh (kiri) pada gugusan hidroksil-3' yang

bebas. Pengikatan ini diikuti dengan dilepaskannya pirofosfat anorganik (PPi).

Pemilihan gugusan nukleotida komplementer yang tepat meliputi pembentukan ikatan

hidrogen antara gugusan tersebut dengan utas DNA acuan. Ikatan tersebut diperkuat

oleh DNA polymerase.

14
 Replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme semikonservatif. Pada saat

pembuatan DNA baru, DNA lama yang merupakan acuannya terlebih dahulu melepaskan diri

dari lilitannya, kemudian masing-masing utas bertindak sebagai acuan untuk membentuk utas

baru yang merupakan komplemen antiparalelnya :

Gambar B
Gambar A

Dalam gambar A, DNA yang mengalami replikasi terdiri atas 2 utas komplementer A

(abu-abu) dan B (hitam). Ujung 5' kedua utas terletak pada tempat-tempat yang

berlawanan pada heliks ganda. Bila kedua utas tersebur melepaskan diri dari lilitannya,

molekul-molekul DNA polimerase akan bekerja pada masing-masing utas untuk

meletakkan komplemen-komplemen baru dalam arah yang berlawanan. Komplemen baru,

B', akan dibuat untuk untuk utas A, sedangkan komplemen baru A' untuk utas B. Bila

replikasi telah usai seluruhnya, masing-masing utas lama akan mendapatkan pasangan

komplemennya yang baru. Kedua pasangan tersebut akan berpilin sehingga terbentuklah

dua molekul heliks ganda baru yang masing-masing terdiri dari satu utas lama dan satu utas

baru (Gambar B). Inilah yang dimaksud dengan replikasi semikonservatif. Karena

replikasi biasanya berjalan sempurna, setiap molekul tersebut akan identik dengan heliks

ganda semula yang terdiri atas 2 utas yang lama.

Jadi singkatnya (gambar B) replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme

semikonservatif yang berarti tiap utas DNA yang baru disintesis sebagai komplemen satu

15
utas DNA lama. Setiap molekul turunan pertama mengandung satu utas yang berasal dari

induk (warna putih) dan satu utas yang berasal dari DNA yang baru dibentuk (warna

gelap). Pada generasi berikutnya, kedua utas tersebut mendapat giliran untuk dipisahkan

dan didistribusikan diantara molekul turunan kedua, yang masing-masing mengandung satu

utas DNA yang baru dibentuk.

16
 BAB III

3.1 Perubahan-Perubahan dalam Pesan Genetik

3.1.1 Asal Usul Kesalahan

 Kesalahan dalam Replikasi

Kadang-kadang terjadi sesuatu yang salah dalam polimerisasi utas DNA yang

baru seperti peniadaan salah satu nukleotida, atau penyisipan suatu nukleotida

baru, tetapi yang paling sering terjadi adalah disisipkannya suatu nukleotida

yang bukan merupakan komplemen suatu basa pada utas cetakan.

Beberapa kesalahan dapat terjadi sebagai akibat adanya basa-basa dalam bentuk

lebih dari satu macam, misalnya: biasanya kita menulis cincin adenin dalam

bentuk aromatik penuh, sedang basa-basa lain digambarkan dalam bentuk

tautomer keto karena bentuk ini yang lebih sering dijumpai, namun pada setiap

saat sebagian kecil basa-basa tersebut dapat berada dalam bentuk tautomer

lainnya (Gambar di atas) dan tautomer-tautomer tersebut dapat membentuk ikatan

hidrogen dengan basa komplementer yang bukan semestinya. Demikian pula bila

nitrogen imida dalam cincin guanin atau timin mengalami ionisasi, basa-basa

tersebut dapat membentuk ikatan satu sama lain.

17
 Modifikasi Kimiawi

Kesalahan pada DNA dapat terjadi

pada setiap saat sejak DNA tersebut

terbentuk, misalnya gugusan sitosin

kadang-kadang mengalami

deaminasi hidrolitik (gambar

disamping). Perubahan yang sama,

walaupun berjalan lebih lambat

terjadi pula pada gugusan adenin. Deaminasi hidrolitik adenin menghasilkan

hipoxantin yang perilakunya dalam membentuk pasangan adalah sama dengan

guanin (dalam membentuk pasangan, hipoxantin bertindak seperti guanin). Ikatan

basa-deoksiribosa dalam DNA dapat pula putus oleh hidrolisis. Nukleosida purin

paling peka terhadap reaksi spontan ini.

 Kerusakan karena Radiasi

Elektron dalam molekul DNA dapat dikeluarkan oleh radiasi tinggi energi

seperti sinar-X, sinar r atau partikel-partikel terionisasi. Sebagai akibatnya

akan terjadi kerusakan rantai polinukleotida karena putusnya ikatan

fosfodiester serta terbukanya cincin-cincin basa. Bila ada oksigen, molekul ini

pun akan diaktivasi sehingga mengakibatkan kerusakan yang lebih parah,

karena rantai polinukleotida yang telah rusak tadi juga mengalami oksidasi.

DNA juga dapat rusak oleh

absorpsi foton sinar ultra

violet atau gelombang cahaya

yang lebih pendek. Absorpsi

cahaya di daerah ultra violet

18
 merusak basa-basa pirimidin, tenitama timin, dengan cara mengaktivasi ikatan

etilen dalam cincinnya. Bila pirimidin yang diaktivasi terletak berurutan

dengan pirimidin lain, maka dapat terbentuk ikatan antara kedua molekul

tersebut sehingga terbentuklah dimer. Kemungkinan lain ialah masuknya

molekul air ke dalam pirimidin yang teraktivasi tersebut. Pembentukan dimer

lebih bersifat merusak daripada masuknya air ke dalam molekul tersebut.

Peristiwa ini dapat terjadi dalam satu utas atau melibatkan kedua utas.

 Mutagenesis Kimiawi

Oksidator, umumnya dikenal sebagai radikal bebas, adalah zat yang secara

kimiawi dapat memodifikasi nukleotida dengan cara yang mengubah kapasitas

dasar pasangan mereka. Misalnya, dioxin intercalates antara pasangan basa,

mengganggu integritas dari heliks DNA dan predisposisi tempat tersebut untuk

insersi dan delesi. Demikian pula, benzo [a] pyrene, karsinogen dikenal dan

komponen asap rokok, telah terbukti menyebabkan lesi di pangkalan guanin di

P53 gen supresor tumor pada kodon 157, 248, dan 273. Kodon Ini adalah

penting hot spot mutasi terlihat dalam studi klinis kanker paru-paru manusia

(Denissenko et al., 1996). Mutasi seperti ini yang cukup spesifik untuk

mutagen tertentu disebut mutasi signature. Berbagai bahan kimia di luar yang

disebutkan di sini diketahui menyebabkan mutasi tersebut.

19
 3.1.2 Perbaikan DNA

Perbaikan DNA bisa dilakukan dengan

cara pemotongan. Salah satu

mekanisme untuk memperbaiki DNA

yang rusak ialah dengan membuang

segmen yang mengandung bagian

yang rusak tersebut. Tempat yang

kosong kemudian diisi dengan

pertolongan DNA polimerase, diikuti

dengan penyambungan oleh DNA

ligase (Gambar di samping ). Paling

sedikit terdapat 2 macam mekanisme

jenis ini, yaitu perbaikan potongan

panjang dan perbaikan potongan

pendek.

Tahap yang menentukan ialah pengenalan adanya kerusakan. Satu enzim atau lebih akan

bergabung dengan utas DNA yang mengandung dimer pirimidin atau basa abnormal lain, dan

kemudian menghidrolisis rantai utama polinukleotida yang terletak berdekatan dengan bagian

yang rusak. Setelah rantai utama DNA putus enzim eksonuklease akan membuang gugusan

nukleotida yang rusak dan memperlebar tempat yang kosong sampai mencapai 100 gugusan

nukleotida atau lebih. Kekosongan tersebut akan diisi dengan pertolongan DNA polimerase

(polimerase ini mungkin β polimerase dan bukan α polimerase yang bekerja pada proses

replikasi). Akhirnya segmen yang baru dibentuk disambung oleh DNA ligase. Pembentukan

utas DNA dengan cara ini merupakan "sintesis DNA tak terjadwal" karena terjadi tanpa

mempedulikan tahap siklus sel.

20
 Bila rantai polinukleotida putus karena terkena radiasi, hanya satu atau gugusan nukleotida

saja yang dihidrolisis oleh eksonuklease sebelum tempat yang kosong diisi dan rantai yang

putus disambung (perbaikan DNA potongan kecil).

Perbaikan DNA juga dapat dilakukan dengan aktivasi oleh sinar. Pembentukan dimer

pirimidin kadang-kadang dapat diperbaiki dengan suatu cara yang dapat diibaratkan sebagai

"menangkap maling dengan maling." Paling tidak beberapa sel mempunyai protein yang

dapat berikatan dengan dimer yang mengakibatkan perubahan spektrum sinar yang dapat

diabsorpsi dari gelombang pendek ke gelombang yang lebih panjang. Absorpsi cahaya yang

dapat terlihat ini akan mengaktivasi pemecahan dimer pirimidin sehingga kembali ke dalam

bentuk monomer dan fungsinya kembali normal. Karena sel yang dapat mengalami

perubahan dari monomer pirimidin menjadi dimer harus terletak pada tempat yang mudah

terkena cahaya, maka dengan sendirinya cahaya yang dapat mengembalikannya ke bentuk

monomer pun akan tersedia bagi sel tersebut. Tidak hanya itu, cahaya yang dapat terlihat

tersebut bahkan dapat menembus lebih jauh ke dalam kulit daripada sinar ultra violet.

Cara memperbaiki DNA yang terakhir adalah dengan

pembuangan Urasil atau Hipoxantin. Gugusan urasil atau

hipoxantin kadang-kadang dijumpai pada rantai DNA

sebagai hasil hidrolisis gugusan sitosin atau adenin.

Tersedia dua macam enzim yang dapat melepas basa-basa

cacat ini, kemudian memacu proses perbaikan potongan

panjang dan menggantinya dengan basa-basa yang benar

(Gambar di samping). Enzim yang dimaksud adalah :

DNA-glikosilase dan AP-endonuklease. DNA-glikosilase

melepas urasil atau hipoxantin dengan menghidrolisis ikatan basa-deoksiribosa, sedangkan AP-

endonuklease mengenali gugusan deoksiribosa yang telanjang ini dan memecah ikatan

21
fosfodiester terdekat dalam rantai utama DNA (AP = apurinik/apirimidinik). Gula tanpa basa

yang terpapar ini kemudian dilepaskan oleh eksonuk lease. Perbaikan DNA dilanjutkan

dengan pelepasan lebih banyak nukleotida dan diakhiri dengan sintesis urutan DNA yang

benar.

Deaminasi sitosin menjadi urasil relatif sering terjadi. Bila urasil merupakan komponen

normal DNA, maka proses seperti itu akan terjadi juga pada setiap gugusan urasil yang terdapat

pada rantai DNA, sehingga akibatnya malah merugikan. Kemungkinan ini merupakan penyebab

timin menggantikan tempat urasil dalam DNA.

22
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2011. “Biokimia DNA”. http://bemb17afidin.blogspot.com/2011/11/biokimia-

dna.html. Diakses pada tanggal: 25 Desember 2013.

Hafifi, Iqbal. tt. “Mengenali DNA”. http://stifinlamongan.blogspot.com/2012/01/mengenali-

dna.html. Diakses pada tanggal: 25 Desember 2013.

Kurniawati, Gita Mey. 2008. “Fleksibilitas Struktur Heliks Ganda DNA”.

http://meyi.wordpress.com/2008/09/24/fleksibilitas-struktur-heliks-ganda-dna/. Diakses pada

tanggal: 28 Desember 2013.

McGilvery, Robert W. & Gerald W. Goldstein. 1996. Biokimia Suatu Pendekatan

Fungsional. Surabaya: Airlangga University Press.

Pratiwi, D. A., dkk. 2007 a. Biologi untuk SMA Kelas VI. Jakarta: Erlangga.

..........2007 b. Biologi untuk SMA Kelas VII. Jakarta: Erlangga.

Sridianti. 2013.” Apakah Penyebab Terjadinya Mutasi”. http://www.sridianti.com/apakah-

penyebab-terjadinya-mutasi.html. Diakses pada tanggal: 28 Desember 2013.

23