LAPORAN BIOKIMIA

“ISOLASI DNA”
“ Diajukan untuk Memenuhi Mata Kuliah Praktikum Biokimia ”

Disusun Oleh :

Nurhalim Jaya ( 24032118021)

PRODI PETERNAKAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS GARUT
2019
 KATA PENGANTAR

Ahamdulillahi Rabbil ‘Alamin kita panjat kan doa dan puji syukur kehadirat
Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmat dan karunianya kepada kita, sehingga
bisa menyusun tugas mata kuliah pratikum biokimia ini dengan lancar dan sehat
walafiat.

Laporan praktikum ini disusun dengan maksimal dan mendapatkan materi

dari berbagai pihak ataupun dari hasil searching di internet, sehingga bisa
memperlancar pembuatan makalah ini.

Laporan praktikum ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa. Saya

sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam
menyusunnya, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami
harapkan demi kesempurnaan laporan ini.

Akhirnya saya mengharapkan semoga laporran praktikum ini mendapatkan

keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi kita sendiri dan
kepada semua pembaca. Amin

Penyusun

i
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI .......................................................................................................... ii

BAB I PENDAHULUAN ...................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ......................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah .................................................................................... 2

1.3 Tujuan ....................................................................................................... 2

BAB II TINJAUAN PUSTAKA........................................................................... 3

BAB III ALAT BAHAN DAN PROSEDUR KERJA ........................................ 5

3.1 Alat Praktikum ......................................................................................... 5

3.2 Bahan Praktikum ...................................................................................... 5

3.3 Cara kerja ................................................................................................. 5

BAB IV HASIL PEMBAHASAN ........................................................................ 8

4.1 Hasil.......................................................................................................... 8

4.2 Pembahasan .............................................................................................. 8

BAB V PENUTUP ................................................................................................. 9

5.1 Kesimpulan ............................................................................................... 9

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 10

LAMPIRAN ......................................................................................................... 11

ii
 BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA atau Deoxyribose Nucleic Acid adalah molekul utama yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa
nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. Molekul DNA ini
terikat membentuk kromosom, ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas.
DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun
heliks ganda atau double helix, dimana basa nitrogen dan kedua benang
polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan
hidrogen. Antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan
dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup disebut
sebagai cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai
pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Agus dan Sjafarenan, 2013).
Sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak pada
kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan RNA
dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. DNA ada dalam setiap sel makhluk
hidup. Zat ini disebut cetak biru kehidupan karena memiliki peranan yang sangat
penting, yaitu sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur
protein dan proses metabolisme lain. DNA bisa mengalami denaturasi dan
renaturasi. Banyak hal yang mempengaruhi prosestersebut, antara lain suhu yang
tinggi, pH ekstrim, kandungan elektrolit Na+ atau K+ dan komposisi basa C-G.
(Hays, 2005). Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh
makhluk hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Zubaidah (2004: 38)
menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi
pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda,
antara lain karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA dan juga mempengaruhi enzim-
enzim seperti polimerase, ligase, endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan

1
molekuler lain yang dapat menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi
praktikum penelitian yang dilakukan.
Akan tetapi, pada kenyataannya terdapat organel-organel bermembran
ganda dalam sitoplasma, termasuk mitokondria baik pada tumbuhan maupun
hewan. Oleh karena itu perlu dilakukan isolasi DNA dari tanaman dan hewan
untuk mengetahui DNA dari tanaman dan hewan tersebut. Dikarenakan isolasi
DNA merupakan hal yang sangat penting untuk diketahui dan merupakan teknik
esensial dalam biologi molekuler untuk itulah makalah ini dibuat.

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagimana tahapan-tahapan melakukam pengamatan isolasi DNA ?

2. Metode apa saja yang digunakan dalam isolasi (pemisahan) DNA pda buah
tersebut ?
3. Deterjen manakah yang paling efektif untuk mengamati DNA buah?

1.3 Tujuan
1. Supaya mengetahui cara mengisolasi DNA pada buah
2. Supaya mengetahui kefektifan deterjen dan buah pada percobaan isolasi
DNA.

2
 BAB II TINJAUAN PUSTAKA

Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.

Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.
Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. Deoxyribo
nucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting dalam makhluk
hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik makhluk
hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo, 2004).

Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom

meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme.
DNA genom meliputi gen dan intergen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA
dapat menyebabkan rusaknya membrane sel, melalui ikatan yang dibentuk
melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane
membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia
(Chambell, 2002).

Ketika mendengar kata DNA, seolah kita berhadapan dengan sesuatu yang
begitu abstrak dan sangat kecil. Apalagi jika berbicara tentang isolasi DNA, sering
terpikirkan sebuah proses yang sangat rumit dengan alat-alat yang sangat canggih.
Padahal tidak selamanya isolasi DNA demikian, beberapa teknik isolasi DNA
sederhana terbukti efektif untuk mengisolasi DNA, bahkan selain prosedurnya
yang sederhana, bahan-bahan yang dipakaipun mudah didapatkan dari lingkungan
sekitar. DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama)
yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme
dalam setiap organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida.

3
Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
mitokondria dan kloroplas. (Arhan, 2009).

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen

dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Istianti, 1999).

menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan

antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan presipitasi
DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi
pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal
ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan
sampel buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di
dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan
sedikit (Achmad, 2010).

4
 BAB III ALAT BAHAN DAN PROSEDUR KERJA

3.1 Alat Praktikum

- Blender
- Gelas ukur 100 ml
- Beaker glass 100 ml
- Batang pengaduk
- Kertas saring
- Corong
- Tabung reaksi
- Saringan
- Botol selai
- Spatula

3.2 Bahan Praktikum

- Tomat
- Pisang
- Jeruk
- Nad
- Alcohol
- Deterjen bubuk
- Deterjen cair
- Deterjen cream

3.3 Cara kerja

1. Deterjen dilarukan kedalam 60 ml air, diaduk perlahan selama 15 menit,

usahakan jangan sampai berbusa.
2. Ambil 100 gram daging buah-buahan yang ada ditambah 100 ml air,
dimasukan kedalam blender, kemuadian diblender selama 40 detik.

5
3. Terus campurkan masing-masing 4 ml larutan sabun dengan 4 ml jus buah.
4. Tambahkan 1 sendok (spatula) garam dapur/ NaCl kemudian diaduk
selama 10 menit sampai memproleh larutan yang homogeny.
5. Terus, saring campuran yang dihasilkan pada pont sebelumya sebanyak 2
kali.
6. 6 ml larutan hasi penyaringan dimasukan kedalam tabung reaksi dan
tambahkan 5 ml alcohol 96%

6
 BAB IV HASIL PEMBAHASAN

4.1 Hasil

Sampel Alcohol (96%) Waktu

Deterjen bubuk + tomat (6ml) 5 ml 3,09 menit
Detrjen cair + pisang (2ml) 1,5 ml 1,38 menit
Deterjen cair + apel (6ml) 5 ml 8,48 menit
Deterjen cream + jeruk (6ml) 5 ml 1,10 menit

4.2 Pembahasan

Deterjen bubuk + Tomat

Pada penggunaan buah tomat sebagai sumber DNA, yang dicampur dengan deterjen
bubuk banyaknya larutan setelah dicampurkan dari keduanya yaitu 6 ml dan
ditambah alcohol (96%) sebanyak 5 ml. Terbentuk DNA nya selama 3.09 menit.
DNA yang dihasilkan pada isolasi tersebut paling banyak

Deterjen cair + Pisang

Pada penggunaan buah pisang sebagai sumber DNA, yang dicampur dengan
deterjen cair banyaknya larutan setelah dicampurkan dari keduanya yaitu 2 ml dan
ditambah alcohol (96%) sebanyak 1,5 ml. Terbentuk DNA nya selama 1.38 menit.
DNA yang dihasilkan pada isolasi tersebut banyak juga, hamper sama dengan
deterjen bubuk

Deterjen cair + Apel

7
Pada penggunaan buah Apel sebagai sumber DNA, yang dicampur dengan deterjen
cair banyaknya larutan setelah dicampurkan dari keduanya yaitu 6 ml dan ditambah
alcohol (96%) sebanyak 5 ml. Terbentuk DNA nya selama 8.48 menit. DNA yang
dihasilkan pada isolasi tersebut banyak, tidak jauh berbeda dengan deterjen bubuk.

Deterjen cream + Jeruk

Pada penggunaan buah jeruk sebagai sumber DNA, yang dicampur dengan deterjen
cream banyaknya larutan setelah dicampurkan dari keduanya yaitu 6 ml dan
ditambah alcohol (96%) sebanyak 5 ml. Terbentuk DNA nya selama 1.10 menit.
DNA yang dihasilkan pada isolasi tersebut lumayan banyak.

8
 BAB V PENUTUP

5.1 Kesimpulan
DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan
penambahan larutan deterjen, etanol serta garam untuk membantu
presipitasi DNA. Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah.
Terbukti dari hasil pengamatan, pada masing-masing buah didapatkan hasil
yang berbeda. Lapisan filtrasi buah selalu berada di bagian bawah karena
filtrasi ini cenderung untuk mengendap. Lapisan alcohol umumnya berada
di bagian tengah karena masa jenisnya lebih ringan. Sedangkan lapisan
DNA umumnya berada di bagian atas karena DNA sangat ringan dan
cenderung mengambang.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Asris, 2010, Isolasi DNA, http://asris07.student.ipb.ac.id, diakses pada tanggal 16

Maret 2014, pukul 20.30 WITA, Makassar.
Istanti, A., 1999, Biologi Sel, Universitas Malang, Malang.
Agus, Rosana dan Sjafarenan, 2013, Penuntun Praktikum Genetika, Universitas
Hasanuddin, Makassar.
Campbell, N. A., dan Jane B. R., 2010, Biologi Jilid I Edisi Kedelapan, Erlangga,
Jakarta.

10
LAMPIRAN

11