INFORMASI BIOLOGIS
(REPLIKASI, RESTRIKSI, DAN REKOMBINASI)
DOSEN :
Rusdi, S.Si, M.Si
DISUSUN OLEH :
Agustina Tsaniyah Annisa Fitria
Alfajri Adi Annisa Rahmah
Andi Friski Pratama Bainatul Nuraida
Anggie Chintia Wardani Cindy Atika Sari
Anisa Rizda Nabila Dedy Arisyandi HS.
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas segala Rahmat-Nya
sehingga makalah ini dapat tersusun hingga selesai . Tidak lupa kami juga
mengucapkan banyak terimakasih atas bantuan dari pihak yang telah berkontribusi
dengan memberikan sumbangan baik materi maupun pikirannya.
Penyusun
i
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR..............................................................................................i
DAFTAR ISI............................................................................................................ii
BAB I PENDAHUUAN..........................................................................................1
A. Latar Belakang..............................................................................................1
B. Rumusan Masalah.........................................................................................2
C. Tujuan Pembuatan Makalah..........................................................................2
D. Metode Penulisan..........................................................................................2
BAB II PEMBAHASAN.........................................................................................3
A. Pengertian Replikasi.....................................................................................3
B. Proses Replikasi DNA..................................................................................4
C. Pengertian Rekombinasi...............................................................................6
D. Proses Rekombinasi......................................................................................7
E. Pengertian Restiksi........................................................................................8
BAB III PENUTUP...............................................................................................14
A. Kesimpulan.................................................................................................14
DAFTAR PUSTAKA............................................................................................15
ii
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
1
prokariotik (bakteri dan arkaea) menyimpan DNA-nya hanya dalam
sitoplasma. Dalam kromosom, protein kromatin seperti histon berperan dalam
penyusunan DNA menjadi struktur kompak. Struktur kompak inilah yang
kemudian berinteraksi antara DNA dengan protein lainnya, sehingga
membantu kontrol bagian-bagian DNA mana sajakah yang dapat
ditranskripsikan.
B. Rumusan Masalah
Adapun rumusan masalah ini antara lain :
D. Metode Penulisan
Metode yang digunakan dalam penyusunan makalah ini dengan
mencari beberapa daftar pustaka berupa buku, sumber internet ataupun modul
yang terkait dengan materi pembahasan makalah ini.
2
BAB II
PEMBAHASAN
A. Pengertian Replikasi
3
Enzim Replikasi DNA
Berikut ini adalah enzim dan protein yang mengambil bagian dalam
mekanisme replikasi DNA.
a. DNA girase – enzim DNA girase ini membuat potongan dalam struktur
heliks ganda DNA dan memisahkan masing-masing pihak.
b. Helikase – Enzim ini mengurai molekul DNA untai ganda.
c. Strand tunggal Binding Protein – Ini adalah protein kecil yang mengikat
sementara untuk setiap sisi untai untuk menjaga mereka terpisah satu sama
lain.
d. DNA Polimerase – kompleks Enzim ini berjalan ke untai DNA
menambahkan basa nukleotida ke setiap helai. Nukleotida ditambahkan
untuk melengkapi nukleotida yang terdapat pada untai yang ada.
e. DNA polimerase juga mengoreksi DNA baru.
f. DNA Ligase – enzim DNA ligase menutup fragmen menjadi untai yang
kontinu.
g. DNA Polimerase
4
jika dalam garam tersebut terdapat sumber atom nitrogen untuk pembuatan
protein dan asam nukleat. Meselson dan Stahl memakai ion amonium
(NH4+)dalam penelitiannya. Meskipun isotop nitrogen yang paling lazim 14N,
tetapi mereka menggunakan ion amonium yang mengandung isotop nitrogen
yang lebih berat, yaitu 15N.
Pertama-tama Meselson dan Stahl memelihara E. coli selama beberapa
generasi dalam media yang mengandung 15NH4+ . Pada akhir periode ini,
mereka menemukan DNA sel lebih berat dari normal. Selanjutnya, mereka
memindahkan sel-sel itu ke media yang mengandung ion ammonium normal
(14NH4+) dan membiarkan sel tersebut hanya sekalimembelah diri. DNA pada
generasi baru ini memiliki berat di antara berat DNA normal dari DNA
generasi sebelumnya. Hal ini menggambarkan bahwa pengaruh dari atom
nitrogen dalam DNA baru yaitu 14N dan separuh 15N. Namun, apabila bakteri
itu dibiarkan membelah diri lagi dalam ion amonium normal (14NH4+) maka
terbentuklah dua jenis DNA dengan berat yang berbeda. Separuh dari DNA
mempunyai berat normal dan separuh DNA lainnya mempunyai berat di
tengah-tengah. Hal tersebut membuktikan bahwa molekul DNA tidak
mengalami pemecahan dan penyusunan kembali di antara pembelahan sel-sel,
tetapi tiap pita induk tidak mengalami perubahan saat ia membentuk pita
komplementer. Berdasarkan uraian di atas maka hipotesis yang paling tepat
yaitu hipotesis semikonservatif.
Mekanisme replikasi DNA terjadi dalam tiga langkah terkoordinasi
yang dikatalisasi secara enzimatis. Langkah-langkah replikasi DNA adalah
sebagai berikut:
1. Inisiasi
Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang dikenal sebagai
“asal” yang dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan asal adalah A – T. Di
lokasi situs asal protein inisiator membentuk kompleks pra-replikasi yang
membuka ritsleting DNA untai ganda.
2. Elongasi
5
Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah menambahkan sedikit
asam amino pada rantai protein yang sedang tumbuh. Sintesis leading
strand dimulai dengan dengan sintesis RNA primer dengan primase di
lokasi asal. Urutan nukleotida yang ditambahkan ke primer oleh enzim
DNA polimerase III arah 5 ‘ke 3’.
3. Garpu Replikasi
Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA. Garpu Replikasi
diciptakan oleh enzim helikase yang memutus ikatan hidrogen yang
memegang untai DNA bersama-sama. Helai ini berfungsi sebagai template
untuk leading strand dan lagging strand.
4. Terminasi
Terminasi replikasi DNA selesai oleh protein terminasi.
C. Pengertian Rekombinasi
6
D. Proses Rekombinasi
Teknologi DNA Rekombinan banyak melibatkan bakteri atau virus
sebagai vektor (perantara). Proses DNA Rekombinan diakukan dengan 3
tahapan.
1. Isolasi DNA
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memilih dan
memisahkan DNA maupun gen yang dikehendaki. Isolasi ini dilakukan
dengan cara mengekstrak kromosom dari organisme donor. DNA dalam
kromosom yang dipilih atau diambil harus dipotong terlebih dahulu.
Pemotongan gen dalam satu untaian DNA menggunakan enzim
endonuklease restriksi. Enzim ini berperan sebagai gunting biologi.
2. Memotong dan Menyambung DNA
DNA dari suatu organisme dapat di isolasi dengan memotongnya
menjadi segmen-segmen kecil dengan menggunakan enzim tersebut.
Bagian segmen DNA yang diperoleh, kemudian dimasukkan dalam suatu
vektor. Vektor ini harus dapat berikan dengan gen, memperbanyak, dan
mengekspresikan gen tersebut. Vektor (organisme pembawa) pada proses
ini adalah plasmid atau virus.
Plasmid adalah rantai DNA melingkar di luar kromosom bakteri.
Plasmid maupun DNA virus harus dipotong terlebih dahulu sebelum dapat
digunakan sebagai vektor. Pemotongan ini menggunakan enzim
endonuklease restriksi. Gen atau DNA yang telah di isolasi selanjutnya
dicangkokkan ke dalam plasmid. Proses pencangkokkan ini dikenal
dengan sebutan transplantasi gen. Transplantasi dilakukan dengan cara
mencangkokkan (atau menyambung) gen yang telah di isolasi ke dalam
DNA plasmid vektor.
Penyambungan gen tersebut menggunakan enzim ligase yang
mampu menyambungkan ujung-ujung nukleotida. Enzim ligase berfungsi
sebagai lem bioogi. Setelah proses penyambungan ini, maka vektor
mengandung DNA asli dan DNA sisipan (asing). Dengan demikian,
7
didapatkan organisme dengan rantai DNA gabungan atau kombinasi baru.
Rantai DNA gabungan atau kombinasi baru ini disebut DNA rekombinan.
3. Memasukan ke Sel Hidup
DNA baru yang telah membawa segmen DNA cangkokan
kemudianmemasuki tahapan akhir, yaitu dimasukkan ke dalam vektor sel
bakteri maupun virus. Pemasukan ini meaui proses pemanasan dalam
larutan NaCl atau melalui proses elektroporasi. Kemudian, bakteri ini
(misalkan saja: Escherichia coli) melakukan replikasi dengan cara
membelah diri. Melalui proses pembelahan ini, didapatkan plasmid-
plasmid hasil dari transplantasi gen (DNA rekmbinan) dalam jumlah
banyak.
DNA rekombinan merupakan teknik atau metode yang paling
banyak digunakan untuk mendapatkan organisme transgenetik (dengan
melalui transplantasi gen). Selain menggunakan teknologi DNA
rekombinan, dapat juga menggunakan prinsip lain yaitu dengan
menggunakan prinsip fusi protoplasma.
E. Pengertian Restiksi
Enzim restriksi atau endonuklease restriksi adalah enzim yang
memotong molekul DNA. Enzim ini memotong DNA pada rangka gula-fosfat
tanpa merusak basa. Setiap enzim mempunyai sekuens pengenalan yang unik
pada utas DNA, biasanya sepanjang 4-6 pasang basa.
8
PuGATCPy
Xholl
PyCTAGPu
Table 1 Contoh enzim restriksi beserta sekuen pengenalannya
9
Situs pengenalan satu enzim, dapat mengandung situs pengenalan
enzim lainnya. Situs pengenalan BamHI mengandung situs pengenalan
Sau3AI.Oleh karena itu, semua sekuen pemotongan BamHI akan dipotong
oleh Sau3AI, tetapi tidak sebaliknya.
10
Enzim restriksi tipe II ini merupakan enzim restriksi yang tidak
digunakan dalam laboratorium. Hal ini dikarenakan enzim ini memotong
di luar situs pengenalan dan membutuhkan dua sekuen dengan orientasi
berlawanan pada DNA yang sama untuk menyelesaikan pemotongan
sehingga enzim ini jarang menghasilkan potongan sempurna.
Keadaan Restriksi
Enzim restriksi pada umumnya bekerja pada pH 7,4; suhu 37 °C;
dan memerlukan bermacam-macam kekuatan ionik, tergantung dari jenis
enzimnya. Akan tetapi, beberapa enzim memerlukan optimasi khusus agar
proses restriksi berjalan dengan baik. Dalam larutan stok, enzim restriksi
biasanya dikemas bersama dengan 10X larutan penyangga reaksi yang
telah dioptimasi. Buffer reaksi dapat digolongkan menjadi empat jenis
berdasarkan kekuatan ionik-nya:
11
pengenalan normal G AAATTC, namun akan juga memotong situs
pengenalan A ATT. Aktifitas seperti ini dinamakan star activity.
1. Ujung menggantung 5’
2. Ujung menggantung 3’
12
ujung 3’. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah
KpnI
3. Ujung tumpul
13
14
BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
Replikasi DNA adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli
menghasilkan dua salinan identik DNA. Replikasi DNA adalah proses
biologis yang terjadi pada semua organisme hidup. Replikasi DNA merupakan
dasar untuk pewarisan. Proses Replikasi terdiri dari : Inisiasi, Elongasi, Garpu
Replikasi, dan Terminasi. Rekombinasi adalah proses dimana potongan DNA
yang rusak dan digabungkan untuk menghasilkan kombinasi baru alel.
Rekombinasi genetika merupakan proses pemutusan seunting bahan genetika
(biasanya DNA, namun juga bisa RNA) yang kemudian diikuti oleh
penggabungan dengan molekul DNA lainnya. Proses Rekombinasi terdiri
dari : Isolasi DNA, pemotong dan penyambung DNA, dan memasukkan ke sel
hidup. Enzim restriksi atau endonuklease restriksi adalah enzim yang
memotong molekul DNA.
15
DAFTAR PUSTAKA
Langkah Sembiring, Sudjino. 2009. Biologi: Kelas XII untuk SMA dan MA.
Jakarta : Pusat Pembukuan, Departemen Pendidikan Nasional.
Admin. “Pengertian dan proses replikasi”. 07 Oktober 2018.
https://usaha321.net/pengertian-dan-proses-replikasi-dna.html. Diakses 15
Oktober 2018
Alistigna. “Pengertian Rekombinasi”. https://budisma.net/2015/03/pengertian-
rekombinasi.html. Diakses 15 Oktober 2018.
Aditya, Albertus. “Rekombinasi Genetika”. Tahun 2016.
https://id.m.wikipedia.org/wiki/Rekombinasi_genetika. Diakses 11 Oktober
2018.
16