Dosen Pengampu:
DISUSUN OLEH:
1. Filda Sari Dani (1913353011)
TAHUN 2020
KATA PENGANTAR
Puji Syukur kehadirat Allah SWT. atas limpahan rahmat-Nya kami dapat
menyelesaikan makalah kami yang berjudul “Replikasi DNA dan RNA Asam Nukleat”.
Penulisan makalah ini merupakan salah satu tugas dan persyaratan untuk menyelesaikan
tugas Mata Kuliah Biologi Sel dan Molekuler.
Dalam proses penyusunan makalah ini, tidak sedikit hambatan yang kami hadapi.
Namun kami menyadari bahwa kelancaran dalam penyusunan materi ini tidak lain berkat
bantuan, dorongan dan bimbingan para dosen, sehingga kendala-kendala yang kami hadapi
dapat teratasi.
Dalam menyusun makalah ini juga kami menyadari masih banyaknya kekurangan,
sehingga kami juga sangat membutuhkan kritik dan saran yang bersifat membangun guna
dapat lebih menyempurnakan lagi penyusunan makalah dimasa yang akan datang.
Akhir kata semoga makalah ini berguna dan bermanfaat bagi yang membacanya dan
khususnya bagi kami, terimakasih atas perhatiannya.
Kelompok 5
DAFTAR ISI
KATAPENGANTAR..................................................................................
DAFTAR ISI..............................................................................................
BAB I. PENDAHULUAN ……………………………………………………..
1. Latar Belakang.......................................................................................
2. Tujuan...................................................................................................
3. Rumusan Masalah...................................................................................
BAB II. PEMBAHASAN ………………………………………………………..
1. Pengertian Asam dan Basa
1.1 Asam
1.2 Basa
2. Pengaturan Keseimbangan Asam-Basa
Penutup...............................................................................................614.
Daftar Pustaka........................................................................................7
BAB I
PENDAHULUAN
DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam bentuk
heliks ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis
dari seluruh bentuk kehidupan sel. DNA berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode
barisan residu asam amino dalam protein dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode
nukleotida triplet.
DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk
penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini
misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan sel,
DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan selama reproduksi.
DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang
digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan
hidrogen di antara mereka. Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?batu bata
penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari empat tipe: Adenine (A), Cytosine (C), Guanine
(G) dan Thymine (T). DNA mengandung informasi genetika yang diwariskan oleh keturunan
dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh barisan pasangan basa. Sebuah untai
DNA mengandung gen, sebagai ?cetak biru? organisme. DNA membuat genom organisme.
BAB II
PEMBAHASAN
“REPLIKASI DNA”
1. Pengertian Replikasi
Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA mampu
mensisntesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai
nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui proses menggunakan komplementasi
pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul
DNA lama, proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase,
dan ligase (Necel, 2009).
Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai tunggal DNA bertindak
sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru; seluruh untai tunggal cetakan
dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida-nukleotida (Necel, 2009).
Gambar 2. Hasil eksperimen Meselson dan Stahl untuk menentukan replikasi DNA yang
terjadi di alam (Pray, 2010)
14
Bila sel – sel dibiarkan meningkat lagi dua kali jumlah pada media N, DNA yang
diisolasi memperlihatkan dua pita, satu menunjukkan densitas yang setara dengan DNA
ringan yang normal dan lainnya menunjukkan densitas DNA baru yang terlihat setelah sel
pertama jumlahnya mejadi dua kali, Meselson dan Stahl dengan demikian tiba pada
kesimpulan bahwa tiap dupleks DNA keturunan pada dua generasi sel – sel mengandung satu
untaian induk dan satu untaian yang baru dibuat, tepat dengan pernyataan hipotesis Watson-
Crick. Jenis replikasi ini disebut semikonservatif, karena hanya satu untaian induk
dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Pengamatan mereka dengan jelas meniadakan
replikasi konservatif, dimana satu dupleks DNA keturunan mempunyai dua untaian baru. Hal
ini juga meniadakan suatu mekanisme dispersif dimana tiap untaian keturunan DNA
mengandung potongan pendek dari kedua induk da DNA baru yang bergabung bersama
secara acak (Lehninger, et.al., 2005).
4. Tahapan Replikasi
Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik yang disebut dengan
Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti gelembung kecil,
dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan basanya terpisah. Heliks
mulai membuka uliran (Ma, et.al., 1998).
Tahapan replikasi DNA pada sel eukariot adalah sebagai berikut (Anonymous1, 2011):
1. Tahapan pertama (inisiasi) dalam proses replikasi DNA terjadi adalah pemutusan ikatan
hidrogen antara basa-basa nitrogen dari dua untai yang antiparalel. Pemutusan ikatan
tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan ikatan A-T. Hal tersebut dikarenakan ikatan
antara adenin dan timin yang hanya merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan pada ikatan
antara sitosin dan guanin adalah ikatan rangkap tiga. Helikase adalah enzim yang
berfungsi untuk membuka untai ganda DNA. Titik awal dimana terjadinya splitting
disebut sebagai origin of replication. Struktur yang dihasilkan disebut dengan Replication
Fork.
Setiap organisme yang memiliki asam nukleat akan melakukan perbanyakan atau
penggandaan pada molekul DNA atau RNA. Proses penggandaan DNA ini disebut sebagai
proses repikasi DNA atau RNA. Proses ini akan menghasilkan molekul anakan yang identik,
meskipun ada perkecualian. Dalam bahasan kali ini, penulis akan menjelaskan replikasi
DNA.
Sebelum membahas replikasi DNA secara biokimiawi, maka penulis akan menjelasakan
sejarah model replikasi DNA. Sebelum tahun 1958, ada tiga hipotesis model replikasi DNA
yaitu model semikonservatif, konservatif, dan dispersif. Hipotesis pertama adalah
semikonservatif yang dikemukakan oleh Watson dan Crick. Menurut hipotesis ini, setiap
molekul untaian ganda (double helix) anakan terdiri atas satu untaian tunggal DNA induk dan
satu untaian tunggal DNA hasil sintesis baru. Hipotesis kedua adalah konservatif yang
menyatakan bahwa molekul DNA untaian ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua
untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil sintesis yang baru. Hipotesis ketiga yaitu
model dispersif yang menyatakan bahwa molekul DNA indul mengalami fragmentasi,
sehinngga DNA anakan terdiri atas campuran molekul lama (induk) dan molekul baru hasil
sintesis yang baru (lihat gambar 1).
Gambar 1. Model-model replikasi DNA
Pada tahun 1958, Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan model
replikasi DNA secara empiris dengan menggunakan isotop 15N dan 14N. Mereka menguji
ketiga hipotesis tersebut dan sebagai hasilnya model replikasi DNA yang teruji secara
eksperimental adalah semikonservatif (lihat gambar 2).
Pada prsoses replikasi, sebagai contoh manusia yang memiliki 46 kromosom atau setara
dengan 6 miliar pasang molekul basa nitrogen A-T dan G-C (jika dibukukan akan
mengasilkan sekitar 900 buku dengan ketebalan sekitar 1000 halaman.
Pada saat permulaan, replikasi dimulai pada tempat-tempat khusus yang disebut pangkal
replikasi (origin of replication). Pada kromosom eukariotik yang memiliki molekul DNA
yang lebih panjang, maka pangkal replikasi dimulai dari tempat-tempat spesifik di mana
kedua untai DNA induk membentuk gelembung replikasi. Adanya peristiwa gelembung
replikasi ini ditemukan oleh Elizabeth Gyurasist dan R.B. Wake. (lihat gambar 3).
Gambar 3. Gelembung
replikasi
Tahap selanjutnya adalah pemanjangan untaian DNA baru. Enzim yang berfungsi untuk
pemanjangan DNA adalah enzim DNA polimerase (DNA polymerase). Pada saat nukleotida-
nukleotida berjejer dengan basa-basa komplementer di sepanjang untaian pola cetakan DNA,
nukleotida-nukleotida ini ditambahkan oleh polimerase satu demi satu ke ujung baru tumbuh
dari untai DNA yang baru. Laju pemanjangannya kurang lebih 500 nukleotida per detik pada
bakteri dan 50 nukleotida per detik pada sel-sel manusia.
Fakta yang tidak boleh diabaikan yakni, DNA bersifat antipararel yang memiliki untaian
DNA ujung 3’→ 5’ dan 5’→ 3’. Dengan adanya fakta ini, maka replikasi berjalan dengan
sistem dua arah (bidirectional replication). Peristiwa ini ditemukan oleh J. Huberman dan A.
Tsai pada lalat buah (Drosophila melanogaster). Replikasi DNA berjalan dari arah 5’→ 3’
dan polimerase hanya menambahkan nukleotida pada 5’. Di sepanjang salah satu untaian
cetakan, DNA polimerase dapat mensintesis untaian komplementer secara kontinu dengan
arah 5’→ 3’ yang disebut leading strand. Sementara untaian yang satunya bekerja secara
diskontinu atau disebut lagging strand. Berbeda dengan leading strand, yang bekerja secara
terus menerus, maka lagging strand bekerja secara bertahap sehingga membentuk
serangkaian potongan ata segemen. Potongan ini disebut sebagai fragmen Okazaki. Panjang
fragmen ini sekitar 100 sampai 200 nukleotida. Selanjutnya, enzim ligase akan
menggabungkan antarfragmen Okazaki membentuk satu untai DNA tunggal (lihat gambar 4).
Gambar 4. Replikasi dua arah (bidirectional replication)
Ada hal lain yang perlu diketahui yakni DNA polimerase hanya dapat memulai bekerja
menambahkan sebuah nukleotida jika sudah ada polinukleotida yang sudah berpasangan
dengan komplementer. Dalam hal ini DNA polimerase tidak akan bekerja jika tidak ada yang
memulai terlebih dahulu karna DNA polimerase hanya dapat meneruskan nukleotida yang
sudah ada. Untuk mengatasi hal ini, maka ada polinukleotida yang disebut sebagai primer.
Primer ini bukanlah DNA melainkan RNA. Primer ini dibentuk oleh enzim primase yang
panjangnya kurang dari 10 nukleotida pada eukariota. Pada tahap selanjutnya DNA
polimerase akan menggantikan nukleotida-nukleotida RNA dari primer menjadi DNA. Pada
leading strand hanya membutuhkan satu primer, sedangkan pada lagging strand
membutuhkan primer di setiap fragmennya. Primer-primer tersebut harus dikonversi ke DNA
sebelum disambung oleh enzim ligase (lihat gambar 5).
Gambar 5. RNA primer
DAFTAR PUSTAKA
Amir, F. M.; Malik, A.; Darmawati; Fikri R. M., 2010, REPLIKASI DNA,
http://www.scribd.com/doc/32301253/Replikasi-Dna, diakses pada tanggal 2 Maret 2011
Lehninger, A.L.; Nelson, D.L. and Cox, M.M., 2005, LEHNINGER’S PRINCIPLES OF
BIOCHEMISTRY, WH Freeman, Ltd., New York
Necel, 2009, DNA dan RNA, www.scribd.com/doc/23427509/DNA dan RNA , diakses pada
tanggal 2 Maret 2011
Ngili, Y., 2010, BIOKIMIA DASAR, Penerbit Rekayasa Sains, Bandung