TUGAS MATA KULIAH

BIOLOGI SEL

“REPLIKASI DNA DAN MEKANISME PERBAIKAN DNA”

DOSEN : RIZA DWININGRUM

OLEH :

NAMA : SHINTA NUR SAFITRI

NPM : 210106129

KELAS : FARMASI D

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

UNIVERSITAS AISYAH PRINGSEWU

TAHUN 2021/2022
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas segala limpahan Rahmat, Inayah, Taufik dan
Hidayahnya sehingga kami dapat menyelesaikan penyusunan makalah ini dalam bentuk maupun
isinya yang sangat sederhana.

Semoga makalah ini dapat dipergunakan sebagai salah satu acuan, petunjuk maupun pedoman bagi
pembaca dalam memahami proses replikasi dan transkripsi DNA. Harapan kami semoga makalah ini
membantu menambah pengetahuan dan pengalaman bagi para pembaca, sehingga kami dapat
memperbaiki bentuk maupun isi makalah ini sehingga kedepanya dapat lebih baik lagi. Makalah ini
kami akui masih banyak kekurangan karena pengalaman yang kami miliki sangat kurang. Oleh kerena
itu kami harapkan kepada para pembaca untuk memberikan masukan-masukan yang bersifat
membangun untuk kesempurnaan makalah ini.

Pringsewu, 29 Oktober 2021

Shinta Nur Safitri

 DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN JUDUL .............................................................................. i

KATA PENGANTAR ............................................................................ ii

DAFTAR ISI ………………………………………………………….. iii

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang ............................................................................ 1

B. Rumusan Masalah ....................................................................... 1
C. Tujuan Penelitian ........................................................................ 1

BAB II TINJAUAN TEORI

A. Replikasi DNA ............................................................................... 2

B. Mekanisme Perbaikan DNA …………………..……………….. 2

BAB III PENUTUP

A. Kesimpulan …………………………………………………….. 6
B. Saran …………………………………………………………… 6

DAFTAR PUSTAKA ………………………………………………… 7

 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Reparasi DNA merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami mutasi.Mekanisme
perbaikan yang terdapat ditingkat selular secara garis besar disesuaikandengan jenis kerusakan yang
tentu saja terkait erat dengan jenis faktor penyebabnya. Sel-sel menggunakan mekanisme-mekanisme

perbaikan DNA untuk memperbaikikesalahan-

kesalahan pada sekuensbasa molekul DNA. Kesalahan dapat terjadi saataktivitas selular normal,
ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran untuk berbagaikerusakan: baik eksternal agent maupun
secara spontan. Mutasi dibedakan menjadi 2 jenis yaitu mutasi alami dan buatan. Mutasi alami
disebabkan oleh kesalahan dalamreplikasi DNA sedangkan mutasi buatan disebabkan oleh zat-zat dari
luar tubuh sepertimutagen.

Genetika adalah ilmu tentang hereditas yang terkait dengan gen. Gen adalah bagian dari DNA
kromosom yang mengkode satu buah molekul RNA spesifik, yang selanjutnya mengkode untuk
polipeptida tertentu. Gen tersusun dari DNA (Deoxyribo Nucleic Acid). DNA tersusun atas basa
nitrogen, asam deoxyribosa dan fosfat. Dimana DNA adalah dasar kimia hereditas (pewarisan)
dan diorganisasikan kedalam gen, yang menjadi unit dasar informasi genetika. Pembuktian bahwa
DNA mengandung informasi genetik dilakukn pertama kali pada tahun 1944 dalam serangkain
percobaan oleh Avery, MacLeod, McCarty. Ketiga peneliti ini memperlihatkan bahwa
penetapan genetik dari karakter kapsul pneumokukus spesifik dapat dipindahkan kepada
pneumokukus lain dengan tipe kapsul yang berbeda melalui penyisipan DNA yang dimurnikan
sehingga memiliki tipe yang spesifik dengan pneumokukus awalnya.

Kandungan informasi DNA (kode genetik) terletak didalam (rangkaian) sequence tempat tersusunnya
monomer-monomer deoksiribosanukleotida purin dan pirimidin yang saling berikatan sangat
kuat yaitu ikatan fosfodieter. Dimana dengan seperti ini dapat ditentukan stuktur DNA membentuk
heliks ganda. Gen juga mengendalikan sistesis berbagai tipe RNA (mRNA, rRNA, tRNA) dari
DNA yang sebagian besar diantaranya terlibat dalam sintesis protein. DNA diperoleh melalui
proses isolasi DNA didalam gen itu sendiri.

B. Rumusan Masalah
1. Apa Replikasi DNA?
2. Bagaimana proses mekanisme replikasi DNA?
3. Apa sifat gen?
4. Bagaimana struktur DNA?

C. Tujuan Penelitian
1. Untuk mengetahui Replikasi DNA
2. Untuk mengetahui proses mekanisme reparasi DNA
3. Untuk memahami bagaimana sifat gen.
4. Untuk mengetahui struktur DNA.
 BAB II

PEMBAHASAN

1. Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi DNA terjadi
sebelum pembelahan sel. Prokariota berjalin-jalin menerapkan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu
terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut menggunakan enzim DNA polimerase yang menolong pembentukan ikatan sela
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro
dalam proses yang dinamakan reaksi berantai polimerase (PCR).

Tahap Replikasi :

 Garpu replikasi

Garpu replikasi atau replikasi replikasi ( replication fork ) adalah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibuat dampak enzim helikase cabang yang memutus ikatan hidrogen
yang tidak memilih kedua untaian DNA, membuat untaian ganda tersebut menjadi dua dua yang
masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi
"cetakan" untuk pembentukan dua rantai DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibuat
oleh enzim primase dan disebut primer .
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida—dalam hal ini,
deoksiribonukleotida—ke 3'-hidroksil tidak mengikat nukleotida Rantai DNA yang sedang tumbuh.
Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA polimerase melakukan
usaha pada DNA "induk" dengan arah 3'→5'. Namun demikian, keliru satu untaian DNA induk pada
garpu replikasi berpandangan 3'→5', sementara untaian lainnya berpandangan 5'→3', dan helikase
melakukan usaha buka untaian rangkap DNA dengan arah 5'→3'. Oleh karena itu, replikasi harus
berlanjut pada kedua arah berlawanan tersebut.

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim
helikase dengan bantuan topoisomerase yang mengurangi tegangan untai DNA. Untaian DNA tunggal
dilekati oleh pengikat protein-protein untai tunggal untuk mencegahnya membentuk heliks ganda
kembali. Primase membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer dan molekul DNA
polimerase melekat pada seuntai tunggal DNA dan melakukan usaha sepanjang untai tersebut
memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading strand dan
lagging untai. DNA polimerase yang membentuk lagging strandharus mensintesis segmen-segmen
polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki). Enzim DNA ligase kemudian menyambungkan
potongan-potongan untai tertinggal tersebut.

 Pembentukan untai terkemuka

Pada replikasi DNA, untaian pengawal ( leading strand ) menemukan untaian DNA yang disintesis
dengan arah 5'→3' secara rilis. Pada untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA memakai
ujung 3'-OH tidak menggunakan sebuah RNA primer dan sintesis DNA terus berlanjut, searah dengan
arah pergerakan replikasi.

 Pembentukan untai tertinggal

Lagging strand yaitu untain DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan dengan leadingstrand
pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki .
Pada untaian ini, primase membentuk RNA primer. DNA polimerase dengan demikian dapat
memakai gugus OH 3' tidak bergantung pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan
arah 5'→3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA
Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya
dihancurkan oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut
sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap.

 Dinamika pada replikasi garpu

Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa enzim dan protein yang terlibat
dalam replikasi DNA tetap berada pada garpu replikasi DNA membentuk gelung untuk
mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini merupakan dampak dari interaksi selang
DNA polimerase, sliding clamp , dan clamp loader .

Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup ada struktur serupa dan mampu berinteraksi dengan
beragam proses polimerase DNA maupun non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding
clamp bekerja sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk gelungan yang
mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA
polimerase dan clamp loader ). Anggota dalam sliding clamp mendukung DNA melakukan usaha
melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A
akbar di tengah clampini. Lubang tersebut sesuai untuk dilalui DNA dan cairan di tempat-tempat sisa
sehingga klem dapat berpindah pada sepanjang DNA. Begitu polimerase mencapai ujung template
atau mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah), sliding clamp mengalami perubahan bentuk
yang melepaskan DNA polimerase.

Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu menempel pada sliding clamp dan
DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP , clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga DNA
polimerase menempel pada sliding clamp . Sliding clamp hanya dapat berikatan dengan polimerase
selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis, polimerase
mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan melakukan usaha ke posisi baru pada lagging
strand . Pada leading strand, DNA polimerase III bergabung dengan clamp loaderdan berikatan
dengan sliding clamp .

 Replikasi di prokariota dan eukariota

 Replikasi DNA prokariota

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus
pertumbuhannya. Kawasan ori pada E. coli, misalnya, telah tersedia pokoknya empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini
sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju
pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat
merasakan reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang
pertama akhir-akhirnya. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang
beberapa sudah bereplikasi.

Protein DnaA membentuk bangun kompleks yang terdiri atas 30 sampai 40 buah molekul, yang
masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Kawasan ori akan mengelilingi kompleks DnaA-
ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA
berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan mengakibatkan pembukaan tiga sekuens
repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya pengikatan
protein DnaB, yang adalah enzim helikase, yaitu enzim yang akan memakai energi ATP hasil
hidrolisis sbg melakukan usaha di sepanjang kedua untai DNA dan memisahkannya.

replikasi DNA terjadi berpegang pada kebenaran pada untai pengarah maupun pada untai ketinggalan.
Pada untai ketinggalan suatu kompleks yang dinamakan primosom akan menyintesis sebanyak RNA
primer dengan interval 1.000 sampai 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA
primase.

Primer berpegang pada kebenaran pada untai pengarah maupun pada untai ketinggalan akan
merasakan elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini
adalah dimer, separuh akan melakukan pekerjaan pada untai pengarah dan separuh lainnya melakukan
pekerjaan pada untai ketinggalan. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berlanjut dengan
kecepatan yang sama.

Masing-masing anggota dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang benar fungsi
polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang benar fungsi penyuntingan berupa eksonuklease 3’– 5’.
Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai ketinggalan dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera
dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diberi isi oleh DNA polimerase I,
yang benar aktivitas polimerase 5’ – 3’, eksonuklease 5’ – 3’, dan eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’.
Eksonuklease 5’ - 3’ membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan.
Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo,
dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk kompleks benar ukuran
agung yang dinamakan dengan replisom. Dengan hal telah tersedia replisom sintesis DNA akan
berlanjut dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan berjumpa aturan pada posisi 180 °C dari ori. Di sekitar kawasan ini
terdapat sebanyak terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi. Terminator tersebut
diantaranya berupa produk gen tus, suatu inhibitor untuk helikase DnaB. Ketika replikasi habis,
kedua lingkaran hasil replikasi sedang menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV.
Masing-masing lingkaran hasil replikasi yang belakang sekali disegregasikan ke dalam kedua sel hasil
pembelahan.

 Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Sbg memasuki fase S
diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang dinamakan siklin dan kinase tergantung siklin
atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang terus-menerus akan diaktivasi oleh sinyal
pertumbuhan yang sampai permukaan sel. Beberapa CDKs akan menerapkan fosforilasi dan
mengaktifkan protein-protein yang diperlukan sbg inisiasi pada masing-masing ori.

Berhubung dengan kompleksitas bangun kromatin, garpu replikasi pada eukariota melakukan usaha
hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum menerapkan penyalinan, DNA mesti dilepaskan
dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi
sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari sbg menyalin
molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.

Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 sampai 50 replikon merasakan inisiasi secara serempak
pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang merasakan inisasi sangat awal adalah eukromatin,
sedangkan deretan yang perkiraan lambat adalah heterokromatin. Kawasan sentromer dan telomer
dari DNA bereplikasi sangat lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas bangun kromatin
yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.

Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang dinamakan dengan
protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan sbg memisahkan kedua untai DNA.
Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang beda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-
masing fragmen untai ketinggalan diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang
adalah anggota integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tapi
yang belakang sekali segera digantikan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah dan DNA
polimerase e pada untai ketinggalan. Berpegang pada kebenaran DNA polimerase d maupun e benar
fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d sbg menyintesis DNA yang panjang
diakibatkan oleh hal telah tersedia antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear
antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli.
Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga merasakan penggandaan selama
fase S.

Mesin replikasi yang terdiri atas seluruh enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu replikasi akan
diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat divisualisasikan memakai
mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan memakai analog
timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi memakai antibodi yang mengenali BUdR.

Ujung kromosom linier tak dapat direplikasi sepenuhnya karena tak telah tersedia DNA yang dapat
menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5’ untai ketinggalan. Dengan demikian,
informasi genetik dapat hilang dari DNA. Sbg mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota (telomer)
mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tak telah tersedia pokoknya informasi
genetik dengan ujung 3’ melampaui ujung 5’. Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek,
yang beberapa sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini akan bertindak
sbg cetakan (templat) untuk penambahan sekuens repetitif pada ujung 3’.

Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase merasakan penekanan di dalam sel-sel somatis
pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan mengakibatkan pemendekan kromosom pada tiap
generasi sel. Ketika pemendekan sampai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan
menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan
reaktivasi enzim telomerase.

Proses replikasi DNA berlangsung melalui beberapa tahapan dasar, yaitu:

1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk

2) pengawalan (initiation,inisiasi) sintesis DNA

3) pemanjanan untaian DNA

4) ligasi fragmen-fragmen DNA, dan

5) pengakhiran (termination, terminasi) sintesi DNA.

2. Mekanisme perbaikan DNA

Sel tidak dapat berfungsi jika kerusakan DNA merusak integritas dan aksesibilitas informasi penting
dalam genom(tetapi sel tetap bekerja secara dangkal ketika gen non-esensial hilang atau rusak).
Tergantung pada jenis kerusakan yang ditimbulkan pada struktur heliks ganda DNA, berbagai strategi
perbaikan untuk mengembangkan informasi yang hilang. Jika memungkinkan, sel menggunakan untai
komplementer DNA yang tidak mengubah ataukromatidsaudara sebagai cetakan untuk pengakuan
informasi asli. Tanpa akses ke template, sel menggunakan mekanisme pemulihan rawan kesalahan
yang dikenal sebagaisintesis translesi sebagai upaya terakhir.
kerusakan DNA mengubah konfigurasi spasial heliks, dan perubahan tersebut dapat dideteksi oleh sel.
Setelah kerusakan terlokalisasi, molekuler DNA spesifik pengikatan atau dekat lokasi kerusakan,
mendorong molekul lain untuk mengikat dan membentuk kompleks yang memungkinkan perbaikan
yang sebenarnya.

 Pembalikan langsung Sunting

Sel menghilangkan tiga jenis kerusakan DNA dengan mengetahuinya secara kimiawi. mekanisme ini
tidak memerlukan template, karena jenis kerusakan yang mereka lawan hanya dapat terjadi di salah
satu dari empat pangkalan. Mekanisme pembalikan langsung seperti itu khusus untuk jenis kerusakan
yang terjadi dan tidak melibatkan kerusakan tulang punggung fosfodiester. Pembentukan
formasidimer pirimidinpada penyinaran dengan sinar UV menghasilkan kovalen yang abnormal
antara basa pirimidin yang berdekatan. Prosesfotoreaktivasi langsung langsung kerusakan ini dengan
aksi enzim fotoliase , yang aktivasinya pada energi yang diserap dari sinar biru/UV ( panjang
gelombang 300-500 nm ) untuk mendorong katalisis. Fotoliase, enzim lama yang ada pada bakteri ,
jamur , dan sebagian besar hewantidak lagi bekerja pada manusiayang malah menggunakan perbaikan
eksisi nukleotidauntuk memperbaiki kerusakan akibat iradiasi UV. Jenis kerusakan lain, metilasi basa
guanin, secara langsung dibalikkan oleh protein metil guanin metil transferase (MGMT), yang setara
dengan bakteri disebut ogt. Ini adalah proses yang mahal karena setiap molekul MGMT hanya dapat
digunakan sekali; yaitu, reaksi adalah stoikiometri lebih dari katalitik. Sebuah tanggapan umum untuk
agen metilasi pada bakteri yang dikenal sebagairespon adaptifdan memberikan tingkat resistensi
terhadap agen alkilasi pada paparan berkelanjutan oleh upregulasi enzim perbaikan alkilasi. Ketiga
jenis kerusakan DNA dibalik oleh sel adalah metilasi tertentu dari basa sitosin dan adenin.

 kerusakan untai tunggal Sunting

Struktur enzim perbaikan eksisi basa urasil-DNA glikosilasemengeluarkan residu urasil yang
diproduksi secara hidrolitik dari DNA. Residu urasil ditunjukkan dengan warna kuning. Ketika hanya
salah satu dari dua untai heliks ganda yang memiliki cacat, untai lainnya dapat digunakan sebagai
template untuk memandu koreksi untai yang rusak. Untuk memperbaiki kerusakan pada salah satu
dari dua pasangan molekul DNA, tidak terdapat beberapa mekanismeperbaikan eksisiyang
menghilangkan nukleotida yang rusak dan menggantinya dengan nukleotida komplementer yang tidak
rusak ditemukan pada untai DNA yang tidak rusak.

1) Perbaikan eksisi basa(BER): basa tunggal atau nukleotida yang rusak sering diperbaiki
dengan membuang basa atau nukleotida yang terlibat dan kemudian memasukkan basa atau
nukleotida yang benar. Dalam perbaikan eksisi basa, enzimglikosilase menghilangkan basa
yang rusak dari DNA dengan memutus antara basa dan deoksiribosa. Enzim-enzim ini
menghilangkan satu basa untuk membuat situs apurinic atau apyrimidinic (situs AP). Enzim
yang disebutAP endonucleases memotongtulang punggung DNA yang rusak di situs AP.
DNA polimerase kemudian menghilangkan daerah yang rusak menggunakan aktivitas
eksonuklease 5 'sampai 3' dan mensintesis untai baru dengan benar menggunakan untai
komplementer sebagai beton.Celah tersebut kemudian ditutup oleh enzim DNA ligase.

2) Perbaikan eksisi nukleotida (NER): besar, kerusakan heliks-distorsi, seperti dimerisasi

pirimidin yangSinar UV biasanya diperbaiki dengan proses tiga langkah. Pertama-tama
dikenal, kemudian 12-24 untaian panjang nukleotida DNA dihilangkan baik di bagian hulu
 maupun hilir dari situs kerusakan olehendonuklease, dan DNA daerah yang dihapus
kemudian disintesis ulang.
NER adalah mekanisme perbaikan yang sangat evolusioner dilestarikan dan digunakan di
hampir semua sel eukariotik dan prokariotik. Pada prokariota, APM dimediasi olehprotein
Uvr. Pada eukariota, lebih banyak protein yang terlibat, meskipun strategi umumnya sama.

3) Sistem ketidakcocokan pada dasarnya hadir di semua sel untuk memperbaiki kesalahan yang
tidak dikoreksi denganproofreading. Sistem ini terdiri dari setidaknya dua protein. Satu
ketidakcocokan, dan yang lain merekrut endonuklease yang untai DNA yang baru disintesis
dekat dengan daerah kerusakan. Dalam E. coli , protein yang terlibat adalah protein kelas
Mut: MutS, MutL, dan MutH. Pada kebanyakan Eukariota, analog untuk MutS adalah MSH
dan analog untuk MutL adalah MLH. MutH hanya ada pada bakteri. Ini diikuti dengan
penghapusanan daerah yang rusak oleh eksonuklease, resintesis oleh DNA polimerase, dan
penyegelan nick oleh DNA ligase.

 Istirahat untai ganda Sunting

Model jalur perbaikan untai ganda

Pemutusan untai ganda, di mana kedua untai dalam heliks ganda terputus, sangat berbahaya bagi sel
karena dapat menyebabkan penataan ulang genom. Ketika pemutusan untai ganda dengan ikatan yang
menghubungkan dua untai pada titik yang sama, tidak ada untai yang dapat digunakan sebagai
template untuk perbaikan, sehingga sel tidak akan dapat menyelesaikan mitosis saat selanjutnya
mendorong, dan akan mati, dalam kasus yang jarang terjadi, mengalami mutasi. Ada tiga mekanisme
untuk memperbaiki double-strand break (DSB):non-homologous end join (NHEJ), microhomology-
mediated end join (MMEJ), dan homologous recombination(SDM). Dalam sebuahsistem in vitro ,
MMEJ terjadi pada sel mamalia pada tingkat 10-20% HR ketika mekanisme HR dan NHEJ juga
tersedia.

DNA ligase, ditunjukkan di differences Memperbaiki kerusakan kromosom, Adalah enzim Yang
menggabungkan nukleotida Yang Rusak Bersama-sama DENGAN mengkatalisis pembentukan Ikatan
esterinter nukleotida antara tulang punggung fosfat dan nukleotida deoksiribosa.

Di NHEJ, DNA Ligase IV , ligase DNAkhusus yang membentuk kompleks dengan kofaktorXRCC4,
langsung bergabung dengan kedua ujungnya. Untuk memandu tunggal yang akurat, NHEJ
mengandalkan pada sekuens homolog pendek yang disebut mikrohomologi yang ada pada ekor untai
DNA yang akan digabungkan. Jika overhang ini kompatibel, perbaikan biasanya akurat NHEJ juga
dapat menyebabkan mutasi selama perbaikan. Hilangnya nukleotida yang rusak di tempat pemutusan
dapat menyebabkan delesi, dan bergabungnya termini yang tidak cocok untuk penyisipan atau
translokasi. NHEJ sangat penting sebelum sel mereplikasi DNA-nya, karena tidak ada template yang
tersedia untuk diperbaiki dengan rekombinasi homolog. Ada Jalur NHEJ "cadangan" dieukariota
yanglebih tinggi. Selain itu sebagai penjaga genom, NHEJ diperlukan untuk bergabung dengan
istirahat ganda penutupan jepit rambut yang diinduksi selamarekombinasi V(D)J, proses yang
menghasilkan keragaman dalam reseptor selBdan selTdalam kekebalanvertebrata sistem.

Rekombinasi homolog membutuhkan urutan yang identik atau hampir identik untuk digunakan
sebagai beton perbaikan pemutusan. Mesin enzimatik yang bertanggung jawab untuk proses
perbaikan ini hampir identik dengan mesin yang bertanggung jawab untuk persilangan kromosom
selamat meiosis. ini memungkinkan kromosom yang rusak untuk diperbaiki menggunakan kromatid
saudara perempuan (tersedia di G2 setelah replikasi DNA) atau kromosom homologsebagai beton.
DSB yang disebabkan oleh mesin replikasi yang mencoba mensintesis melintasi patahan untai
tunggal atau lesi yang tidak diperbaiki menyebabkan runtuhnyagarpu replikasi dan biasanya
diperbaiki dengan rekombinasi.

MMEJ dimulai dengan reseksi ujungjarak pendek oleh nukleaseMRE11di kedua sisi pemutusan untai
ganda untuk mengungkapkan daerah mikrohomologi. Pada langkah selanjutnya, Poli (ADP-ribosa)
polimerase 1(PARP1) Diperlukan dan mungkin merupakan langkah awal dalam MMEJ. Ada
pasangan wilayah mikrohomologi yang diikuti olehendonuklease 1(FEN1) spesifik struktur flap
untuk menghilangkan flap yang menggantung. Ini diikuti denganXRCC1 - LIG3ke situs untuk
mengikat ujung DNA, yang mengarah ke DNA utuh. MMEJ selalu disertai dengan delesi, sehingga
MMEJ merupakan jalur mutagenik untuk perbaikan DNA.

NS extremophile Deinococcus radiodurans memiliki kemampuan luar biasa untuk bertahan dari
kerusakan DNA dari radiasi pengiondan sumber-sumber lain. Dua hal yang sama genom, dengan
pemutusan DNA acak, dapat membentuk fragmen DNA melaluianil. Fragmen yang tumpang tindih
kemudian digunakan untuk sintesis daerahhomolog melalui D-loopyang bergerak yang dapat
melanjutkan ekstensi sampai mereka menemukan untai pasangan komplementer. Pada langkah
terakhir adacrossoverDENGAN Cara rekombinasi homolog Bergantung RecA.

Topoisomerase memperkenalkan pemutusan untai tunggal dan ganda dalam proses mengubah
keadaan superkoil DNA, yang sangat umum di daerah dekat garpu replikasi terbuka. kerusakan
tersebut tidak dianggap sebagai kerusakan DNA karena merupakan perantara alami dalam mekanisme
biokimia untuk poisomerase dan segera diperbaiki oleh enzim yang menciptakannya.

Tipe lain dari pemutusan untai ganda DNA berasal dari situs DNA yang peka terhadap panas atau
labil terhadap panas. Situs DNA ini bukan DSB awal. Namun, mereka berubah menjadi DSB setelah
diperlakukan dengan suhu tinggi. Iradiasi pengion dapat menginduksi bentuk kerusakan DNA yang
sangat kompleks sebagai kerusakan yang ada. Ini terdiri dari berbagai jenis lesi DNA di berbagai
lokasi heliks DNA. Beberapa dari lesi yang terletak dekat ini mungkin dapat berubah menjadi DSB
dengan paparan suhu tinggi. Tetapi sifat pasti dari lesi ini dan interaksinya belum ditemukan.

 Translasi sintesa Sunting

Sintesis translesi (TLS) adalah proses toleransi kerusakan DNA yang mendukung mesinreplikasi
DNA untuk mereplikasi lesi DNA masa lalu seperti dimer timin atau situs AP Ini melibatkan
pergantianDNA polimerasebiasa untuk polimerase translesi khusus (yaitu DNA polimerase IV atau V,
dari keluarga Y Polimerase), seringkali dengan situs aktif yang lebih besar yang dapat memfasilitasi
penyisipan basa berlawanan dengan nukleotida yang rusak. Polimerase switching dianggap dimediasi
oleh, antara faktor-faktor lainnya, modifikasi pasca-translasi dari replikasiprocessivity faktor PCNA.
Polimerase sintesis translesi sering memiliki fidelitas yang rendah untuk memasukkan basa yang
salah) pada template yang tidak rusak relatif terhadap polimerase biasa. Namun, banyak yang sangat
efisien dalam memasukkan dasar yang benar-benar berlawanan dengan jenis kerusakan tertentu.
Misalnya,Pol memediasi bypass bebas kesalahan pada lesi yang diinduksi oleh penyinaran UV ,
sedangkan Poldan adenin kedua akan ditambahkan dalam konformasi sin-nya menggunakan pasangan
basa Hoogsteen . Dari perspektif seluler, mempertaruhkan pengenalan mutasi titikmemperkenalkan
mutasi di situs ini. Pol diketahui menambahkan adenin pertama melintasifotodimer T^T menggunakan
pasangan basa Watson-Crickselama sintesis translesi mungkin lebih baik daripada menggunakan
mekanisme perbaikan DNA yang lebih drastis, yang dapat menyebabkan penyimpangan atau
kematian sel. sebelum, proses ini melibatkanpolimerasekhusus melewati atau memperbaiki lesi di
lokasi replikasi DNA yang terhenti. Sebagai contoh, Human DNA polymerase eta dapat melewati lesi
DNA kompleks seperti silang intra-strand guanin-timin, G[8,5-Me]T, meskipun menyebabkan mutasi
yang ditargetkan dan semi-target. Paromita Raychaudhury dan Ashis Basu mempelajari toksisitas dan
mutagenesis dari lesi yang sama pada Escherichia coli dengan mereplikasi plasmid yang mengubah
G[8,5-Me]T pada E. colidengan spesifik DNA polimerase knockout. Viabilitas sangat rendah pada
galur yang kekurangan pol II, pol IV, dan pol V, tiga polimerase DNA yang dapat diinduksi SOS,
menunjukkan bahwa sintesis translesi dilakukan terutama oleh polimerase DNA khusus ini. Sebuah
platform bypass disediakan untuk polimerase ini olehProliferating cell nuclear antigen(PCNA). Dalam
keadaan normal, PCNA yang memanfaatkan polimerase mereplikasi DNA. Di lokasilesi, PCNA
tersebar di mana-mana, atau dicari, oleh proteinRAD6 / RAD18 untuk menyediakan platform bagi
polimerase khusus untuk lesi dan melanjutkan replikasi DNA. Setelah sintesis translesi, ekstensi
diperlukan.Perpanjangan ini dapat dilakukan oleh polimerase replikatif jika TLS bebas kesalahan,
seperti dalam kasus Pol , namun jika TLS menghasilkan ketidakcocokan, diperlukan polimerase
khusus untuk memperpanjangnya; Pol . Pol unik karena dapat memperpanjang ketidakcocokan
terminal, sedangkan polimerase yang lebih proses tidak bisa. Jadi ketika lesi, garpu replikasi akan
terhenti, PCNA akan beralih dari proses polimerase ke polimerase TLS seperti Pol untuk
memperbaiki lesi, kemudian PCNA dapat beralih ke Pol untuk memperpanjang ketidakcocokan, dan
PCNA terakhir akan beralih ke proses polimerase untuk melanjutkan replikasi.

Mekanisme perbaikan DNA rusak selanjutnya yang membawa ilmuwan muslim Azis Sancar meraih
nobel kimia dinamakan nucleotide excision repair atau yang lebih familiar dengan istilah pemotongan
nukleotida

Terdapat beberapa mekanisme perbaikan DNA rusak selain pemotongan nukleotida. Mekanisme
pemotongan basa (base excision repair) dan perbaikan mismatch (mismatch repair) telah membawa
Thomas Lindahl dan Paul Modrich menemani Azis Sancar menerima Nobel Kimia. Secara khusus
tulisan kali ini akan membahas mekanisme perbaikan DNA rusak akibat paparan sinar Ultra Violet
(UV) penemuan Azis Sancar.

Paparan sinar Ultra Violet khususnya UV-B dengan panjang gelombang 280-315 nm dapat merubah
struktur DNA. Perubahan tersebut membentuk struktur cyclobutane-pyrimidine dimers (CPDs) dan 6-
4 photoproducts (6-4PPs). [2]. Perubahan struktur DNA pada akhirnya dapat membentuk sel kanker
dalam tubuh organisme (makhluk hidup).
 Gambar 1. Proses terbentuknya struktur CPDs dan 6-4PPs, yaitu reaksi antara basa nitrogen timin
dan sitosinin dalam DNA akibat paparan sinar UV

Konsistensi beliau mempelajari mekanisme perbaikan DNA rusak akibat sinar UV pada akhirnya
memunculkan penemuan-penemuan baru. Azis Sancar bergabung di Universitas Yale pada tahun
1977 dan merupakan cikal bakal beliau menemukan mekanisme pemotongan nukleotida. Berbeda
dengan mekanisme fotoliase yang hanya terjadi pada bakteri E. coli, kita dapat menemukan
mekanisme pemotongan nukleotida pada hampir semua organisme seluler .

 Memahami tahapan mekanismenya

Tidak hanya pada bakteri E.coli, Azis Sancar juga dapat menjelaskan mekanisme perbaikan
nukleotida pada manusia dengan sangat detail. Tahap demi tahap mekanisme ini dikontrol oleh gen
Uvr (meliputi protein UvrA, UvrB dan UvrC/uvrABC) untuk bakteri E. coli. Beliau juga mempelajari
mekanisme yang sama pada manusia terhadap seorang penderita kanker kulit Xeroderma
Pigmentosum (baca bagian 1). Dimana gen yang mengontrol mekanismenya mencakup 16 protein.
 Gambar 2. Mekanisme umum pemotongan nukleotida pada bakteri E. coli dan manusia.

Secara umum, terdapat beberapa tahapan dalam mekanisme pemotongan nukleotida sebagaimana
Azis Sancar memaparkannya. Pada saat radiasi UV atau cahaya tampak (biru) mengenai DNA,
nukleotida akan mengalami kerusakan akibat perubahan pada strukturnya (terbentuk timin
dimer/T<>T). Protein berupa enzim kemudian mendeteksi dan memotong beberapa nukleotida
disekitar area kerusakan. Selanjutnya enzim DNA-polimerase mengisi area yang kosong akibat
pemotongan ini dengan untai DNA baru. Tahap akhir mekanisme pemotongan nukleotida yaitu
berupa aksi enzim DNA-ligase yang menyegel untai DNA baru tersebut terhadap DNA induk.

Gambar 3. Mekanisme terperinci pemotongan nukleotida yang terjadi pada bakteri E. coli 
 Gambar 4. Mekanisme terperinci pemotongan nukleotida yang terjadi pada manusia 

Terdapat dua perbedaan mendasar mekanisme pemotongan nukleotida (Gambar 3) pada dua
organisme (makhluk hidup) tersebut, yaitu:

1. Adanya 3 protein (UvrABC) yang mendeteksi atau mengontrol kerusakan DNA akibat
paparan sinar UV pada bakteri E. coli. Sedangkan pada manusia proses ini didalangi oleh 16
protein yang disandikan beberapa gen dengan istilah ” 6 faktor perbaikan ” (XPA, RPA,
TFIIH, XPC, XPF/ERCC1 dan XPG).

2. Jumlah nukleotida yang terpotong pada saat perbaikan. Pada bakteri E. coli sekitar 12
nukleotida, sedangkan pada manusia kurang lebih 30 nukleotida.
 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan

Replikasi DNA adalah suatu proses penggandaan DNA sebagai materi genetik makhluk hidup. Proses
ini sangat penting dalam tahapan perkembangbiakan atau pembelahan sel (fase S siklus sel).
Materi DNA yang telah digandakan kemudian akan dibagi ke masing-masing anakan sel yang baru.

DNA bereplikasi dengan menggunakan DNA lama sebagai cetakan untuk DNA baru. DNA lama

disalin untuk membuat DNA baru yang sama persis tanpa mengubah DNA lama, membuat DNA lama
tetap bertahan pada replikasi pertama, kedua, dan seterusnya.

Replikasi DNA bersifat semikoservatif, yaitu kedua untai tunggal DNAbertindak sebagai cetakan
untuk pembuatan untai-untai DNA baru, seluruhuntai tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang
baru dibuat darinukleotida- nukleotida.3.

Proses replikasi DNA berlangsung melalui beberapa tahapan dasar yaitu:

1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk

2) pengawalan (initiation,inisiasi) sintesis DNA

3) pemanjanan untaian DNA

4) ligasi fragmen-fragmen DNA, dan

5) pengakhiran (termination, terminasi) sintesi DNA.

B. Saran

Dalam makalah ini masih banyak kekurangan, pembaca diharapkan lebih giat mempelajari dan
menelaan pelajaran khususnya materi Pancasila dan Kewarganegaraan dan dapat mengamalkan serta
mengingatkan penulis untuk memperbaiki kesalahan yang terdapat dalam makalah ini.
 DAFTAR PUSTAKA

Geoffrey M.Cooper (2000). Replikasi DNA.

https://p2k.unkris.ac.id/id3/1-3065-2962/Replikasi_167881_s2-unkris_p2k-unkris.html. Pada hari
Jum’at, 29 Oktober 2021.

Tomas Lindahl, Paul Modrich dan Aziz Sancaratas (2015). Mekanisme Perbaikan DNA. https://en-m-
wikipedia-org.translate.goog/wiki/DNA_repair?
_x_tr_sl=en&_x_tr_tl=id&_x_tr_hl=id&_x_tr_pto=nui,tc,sc. Pada hari Jum’at, 29 Oktober 2021.

Jumardin Rua (2015). Mekanisme Perbaikan DNA. https://warstek.com/dna-bagian-2/. Pada hari

Jum’at, 29 Oktober 2021.