REPLIKASI DNA, DAN MEKANISME PERBAIKAN DNA

(Makalah Biologi Sel)

Dosen Pengampu: Riza Dwiningrum, S.Si., M.Biomed

Disusun Oleh:

NAMA : NURUL FATONAH

NPM : 210106148
KELAS : Farmasi D

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS KESEHATAN

UNIVERSITAS AISYAH PRINGSEWU

LAMPUNG

2021

KATA PENGANTAR

i
 Segala puji syukur saya ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa karena
atas berkat dan rahmatnya saya dapat menyelesaikan penyusunan makalah ini.
Dimana dalam makalah Biologi Sel ini saya membahas tentang “Replikasi DNA,
dan Mekanisme Perbaikan DNA”. Makalah ini disusun agar pembaca dapat
menambah pengetahuannya mengenai Biologi Sel. Isi makalah ini saya sajikan
berdasarkan pengamatan dari berbagai sumber informasi dan referensi.

Ucapan terimakasih saya ucapkan kepada dosen pembimbing mata kuliah

Biologi Sel yaitu Ibu Riza Dwiningrum, S.Si., M.Biomed atas bimbingannya
sehingga makalah ini dapat terselesaikan dengan baik. Semoga makalah ini dapat
memberikan wawasan yang lebih luas dan menjadi sumbangan pemikiran kepada
pembaca. Saya sadar bahwa makalah ini masih banyak kekurangan dan jauh dari
sempurna. Untuk itu, kepada dosen pembimbing saya meminta masukan dan saran
demi perbaikan pembuatan makalah saya di masa yang akan datang dan
mengharapkan kritik dan saran dari para pembaca.

Pringsewu, 29 Oktober 2021

Penulis

DAFTAR ISI

ii
HALAMAN JUDUL.............................................................................i

KATA PENGANTAR...........................................................................ii

DAFTAR ISI..........................................................................................iii

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang.......................................................................1

1.2 Rumusan Masalah.................................................................1
1.3 Tujuan....................................................................................2

BAB II PEMBAHSAN

2.1 Pengertian Replikasi DNA....................................................3

2.2 Tahap Replikasi DNA...........................................................3

2.3 Mekanisme Perbaikan DNA..................................................5

BAB III KESIMPULAN

DAFTAR ISI

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Replikasi DNA adalah ronde penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota berjalin-jalin
memperagakan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi
DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau
meiosis I. Penggandaan tersebut menggunakan enzim DNA polimerase yang
membantu pembentukan ikatan sela nukleotida-nukleotida penyusun polimer
DNA. Ronde replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam ronde yang
disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
DNA bertugas untuk menurunkan sifat induk kepada turunnya karena
DNA memiliki kemampuan replikasi. Replikasi adalah pembentukan DNA
baru yang sesuai dengan sifat DNA itu sendiri. Replikasi DNA dapat
dijelaskan oleh tiga teori yaitu teori semi-konservatif, teori konservatif, dan
teori dispersif di mana ketiganya mnghasilkan DNA yang sama dengan DNA
induknya.
Sel-sel prokariotik maupun eukariotik memiliki sejumlah sistem perbaikan
yang berhubungan dengan kerusakan DNA. Perbaikan dilakukan oleh sistem
dengan menggunakan DNA enzimatis. Beberapa sistem memprbaiki
kerusakan DNA akibat mutasi yang terjadi secara langsung. Yang sebagian
lainnya memotong bagian yang rusak, sehingga untuk sementara terbentuk
celah satu unting DNA, celah tersebut kemudian pulih karena polimerisasi
DNA yang dikatalisasi oleh polimerisasi DNA yang dikatalisasi oleh enzim
polymerase DNA. Atau perbaikan tersebut juga bias berlangsung karena
aktivitas penyambungan oleh enzim ligase DNA.

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah sebagai berikut:
1. Apa pengetian dari replikasi DNA?

1
 2. Bagaimana tahap terjadinya repliasi DNA?
3. Bagaimana mekanisme perbaikan DNA?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui pengertian replikasi DNA
2. Untuk mengetahui tahap terjadinya replikasi DNA
3. Untuk mengetahui mekanisme perbaikan DNA

2
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Replikasi DNA

Replikasi DNA merupakan proses biologis yang terjadi pada semua

organisme (makhluk hidup), ketika sebuah molekul DNA menghasilkan dua
salinan identik DNA. Seperti yang sudah dijelaskan sebelumnya, replikasi
DNA adalah dasar utama untuk pewarisan sifat. Replikasi DNA adalah proses
semi-konservatif, di mana setiap sel anak menerima satu untai DNA induk dan
untai yang baru disintesis. DNA untai induk bertindak sebagai template untuk
sintesis untai komplementer baru.

Sebelumnya, hanya ada 1 molekul DNA untai ganda pada awal proses.
Selanjutnya, akan ada 2, karena setiap untai merupakan replika dari molekul
induknya. Replikasi DNA dilakukan untuk memperbanyak molekul DNA,
agar DNA tidak termutasi. Hal ini disebabkan karena DNA adalah cetak biru
(blue print) bagi segala aktivitas sel. Apabila ditemukan masalah pada DNA,
maka seluruh aktivitas sel di dalam tubuh akan mengalami gangguan fungsi.

2.2 Tahap Replikasi DNA

Ada beberapa tahap dalam replikasi DNA diantaranya, yaitu:

2.2.1 Inisiasi

Replikasi diawali dengan proses pemutusan ikatan hydrogen yang

menghubungkan dua basa nitrogen, dimulai dari tempat atau lokasi
yang bisa dikenali. Pemutusan ikatan ini dilakukan oleh enzim helicase.
Setelah ikatan terpelas, ada protein SSB di rantai tersebut yang
berfungsi mencegah basa nitrogen untuk berikatan kembali.

3
2.2.2 Sintesis Primer

RNA Polymerase mensintesis bentangan-bentangan pendek RNA ke

untaian DNA yang ada. DNA Polymerase platform digunakan untuk
menyalin rantai DNA. Setelah primer terbentuk di kedua untai, DNA
Polymerase akan memperjanjang primer menjadi untaian DNA baru.

2.2.3 Sintesis Leading Strand

DNA Polymerase dapat menambahkan nukleotida baru (hanya untuk

ujung 3’ dari untaian yang ada), karena itu dapat mensintesis DNA
dalam arah 5’ à 3’ saja. Walau demikian, untai DNA berjalan di arah
yang berlawanan dan sintesis DNA pada satu untai dapat erjadi terus
menerus, yang disebut sebagai Leading Strand.

2.2.4 Sintesis Lagging Strand

Pada untaian yang berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan

menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5’
à 3’. Fragmen ini disebut dengan Okazaki, lalu kemudian bergabung
untuk membentuk Lagging Strand.

2.2.5 Penghapusan Primer

Meskipun untaian DNA baru telah disintesis primer, RNA yang hadir
pada untaian baru yang terbentuk harus digantikan oleh DNA. Proses
ini dilakukan oleh enzim DNA Polymerase 1. Khusus menghilangkan
primer RNA melalui 5’ à 3’ aktivitas eksonukleasenya, dan
menggantikan mereka dengan deoksiri-bonukleotida baru oleh aktivitas
polymerase DNA.

2.2.6 Ligasi

Setelah penghapusan primer selesai, untaian tertinggal masih

mengandung celah antara fragmen Okazaki yang berdekatan. Enzim

4
 ligase mengidentifikasi celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3′ gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan.

2.2.7 Pemutusan

Replikasi ini menghentikan dilokasi terminasi khusus yang terdiri dari

urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein
khusus yang disebut tus, yang secara fisik menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein, tus itu jatuh bersama dengan untai
tunggal protein pengikat.

Poin Penting dalam Replikasi DNA

1. Replikasi DNA terjadi dalam dua arah yang berbeda/berlawanan

(bidireksional)
2. Setiap pemanjangan sebuah rantai DNA baru, akan diawali oleh primer
3. Enzim DNA Polymerase hanya aktif melakukan replikasi DNA pada arah
3’ – 5’ rantai DNA (dengan demikian, proses pemanjangan rantai
nukleotida berjalan normal pada salah satu rantai DNA saja).
4. Okazaki fragmen akan terbentuk pada rantai DNA yang lainnya, untuk
melakukan pemanjangan rantai DNA yang baru.
5. Fragmen yang telah terputus-putus akan disambung dengan enzim ligase.

2.3 Mekanisme Perbaikan DNA

2.3.1 Perbaikan oleh Aktivitas Enzim Polymerase DNA

Selain mempunyai aktivitas polimerisasi dalam arah 5’-3’, enzim

polymerase pada bakteri juga memiliki aktivitas eksonuklease dalam
arah 3’-5’. Aktivitas tersebut memiliki fungsi antara lain adalah
memperbaiki kerusakan DNA akibat mutasi pada bakteri. Sebagai
gambaran tentang efektuvitas kerja perbaikan kerusakan DNA tersebut

5
 mari kita perhatikan fenomena yang berhubungan dengan selisih antara
frekuensi selama polimerisasi DNA dan frekuensi akibat substitusi
pasangan basa yang berkisar antara 10-7hingga 10-11, sedangkan
frekuensi kesalahan insersi nukleotida selama polimerisasi DNA
sebesar dalam 1 dalam 10.

Pengenalan kesalahan insersi nukleotida selama polimerisasi oleh

enzim polymerase DNA mungkin sebagai akibat adanya semacam
bonggol pada unting ganda molekul DNA yang ditimbulkan oleh
adanya pasangan basa yang salah. Pengenalan tersebut diduga terjadi
karena pada basa yang salah tidak terbentuk ikatan hydrogen. Dengan
adanya kesalahan karena tidak terbentuk ikatan hydrogen tersebut,
dimungkinkan enzim polymerase DNA memang tidak akan menambah
nukleotida baru pada ujung 3’. Polimerisasi DNA akan terhenti dan
tidak berlaku hingga nukleotida yang salah dipotong diikuti dengan
penggantian nukleotida yang benar dan terbentuknya ikatan hydrogen
yang diperlukan. Pemotongan nukleotida tersebut dilakukan oleh
aktivitas eksonuklease berlangsung dalam arah 3’-5’. Jika tersebut
sudah dilakukan, aktivitas polymerisi dalam arah 5’-3’ dari enzim
polymerase DNA akan pulih kembali.

2.3.2 Perbaikan Kerusakan Akibat Alkilasi

Kerusakan DNA yang diakibatkan oleh alkilasi dapat dipulihkan

oleh enzim perbaikan DNA khusus yang disebut metiltransferase O6-
metilguanin atau O6 methylguanine mrthyltransferas. Enzim tersebut
dikode oleh enzimada. Secara operasional enzim itu akan menemukan
O6-metilguanin pada molekul DNA dan selanjutnya menyingkirkan
gugus metal tersebut dan dengan demikian molekul DNA itu kembali
pulih seperti semula.

2.3.3 Perbaikan Kerusakan DNA dengan Cara Membuang Pasangan Basa

Yang tergolong dalam perbaikan dengan cara membuang pasangan basa

adalah perbaikan melalui pemotongan, perbaikan dengan

6
 bantuanglikosilase, serta perbaikan melalui koreksi pasangan yang
salah.

2.3.4 Perbaikan Melalui Pemotongan (excision repair)

Perbaikan melalui pemotongan bisa disebut juga dengan pemotongan

gelap atau dark repair karena tidak dibutuhkan cahaya. Proses ini juga
memperbaiki dimer pirimidin yang terbentuk akibat induksi cahaya UV.
Mekanisme perbaikan ini ditemukan pada tahun 1964 oleh R.P. Boyea
dan P. Howard serta R. Selow dan W. Carrier. Penelitian dilakukan
dengan mengisolasi beberapa mutan E. Coli yang sensitive terhadap
UV. Setelah dilakukan radiasi, mutan-mtan tersebut memperlihatkan
laju mutasi dalam gelap yang labih tinggi dari pada normal. Mutan
tersebut adalah uvr A, di mana mutan ini diketahui sebagai mutan yang
dapat memperbaiki dimer hanya dengan bantuan cahaya. Dalam
hubungan ini wild type dari mutan avr A disebut avr A+. Wild type dari
mutan uvr A+ ini mampu memperbaiki dimer dalam gelap.

2.3.5 Perbaikan Dengan Bantuan Glikosilase

Basa yang rusak (cacat) dapat juga disingkirkan dari molekul

DNA dengan bantuan enzim glikosilase. Enzim tersebut mendeteksi
basa yang tidak lazim dan selanjutnya megkatalisasi penyingkiran dari
gula deoksiribosa. Aktivitas katalik enzim tersebut (yang
menyingkirkan suatu basa cacat) menimbulkan suatu lubang pada DNa.
Lubang ini disebut sengan tapak AP atauAp site. Tpak AP merupakan
tapak apurinik (tidak ada purinberupa guanine dan adenine) atau tapak
pirimidinik (tidak ada pirimidin yang berupa triosin dan timin).
“Lubang” tadi juga terbentuk akibatnya lepasnya basa secara spontan
alami. “Lubang” ini kemudian ditemukan oleh suatu enzim khusus yang
disebut endonuklease AP. Enzim tersebut selanjutnya memotong ikatan
fosfodiester disamping basa yang lepas tadi. Pemotongan tersebut
memungkinkan bekerjanya enzim polymerase I DNA. Selanjutnya
enzim polymerase I DNA menyingkirkan beberapa nukleotida di depan

7
 basa yang lepas itu dengan menggunakan aktivitas eksonuklease dalam
arah 5’-3’ dan sebaliknya melakukan polimerisasi mengisi celah yang
terbentuk dengan menggunakan aktivitas polimerisasinya. Pada
akhirnya enzim ligase DNA menyambung penggalan nukleotida baru
itu kea rah ujung 3’ dengan penggalan nukleotida yang lama.

2.3.6 Perbaikan Melalui Koreksi Pasangan Basa yang Salah

Meskipun aktivasi dari polymerase DNA efisien memperbaiki

banyak kerusakan polimerisasi dengan segera, namun hal ini masih
menyisakan suatu oermasalahn dimana terdapat sejumlah kesalahan
yang tetap belum diperbaiki di saat replikasi sudah selesai. Kesalahan-
kesalahan yang masih tersisa itu biasanya berupa psangan basa yang
tidak berpasangan dan pada proses replikasi berikutnya kondisi tersebut
ddapat berakibat terjadi mutasi spontan.

8
 BAB III

KESIMPULAN

Replikasi DNA merupakan proses biologis yang terjadi pada semua

organisme (makhluk hidup), ketika sebuah molekul DNA menghasilkan dua
salinan identik DNA. Walau demikian, untai DNA berjalan di arah yang
berlawanan dan sintesis DNA pada satu untai dapat erjadi terus menerus, yang
disebut sebagai Leading Strand. Enzim DNA Polymerase hanya aktif melakukan
replikasi DNA pada arah 3’ – 5’ rantai DNA (dengan demikian, proses
pemanjangan rantai nukleotida berjalan normal pada salah satu rantai DNA saja).

Okazaki fragmen akan terbentuk pada rantai DNA yang lainnya, untuk
melakukan pemanjangan rantai DNA yang baru. Perbaikan Kerusakan Akibat
Alkilasi Kerusakan DNA yang diakibatkan oleh alkilasi dapat dipulihkan oleh
enzim perbaikan DNA khusus yang disebut metiltransferase O6-metilguanin atau
O6 methylguanine mrthyltransferas.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Dianti, S. 2015. Biologi Sel. Universitas Negeri Yogyakarta: Yogyakarta.

Fadhli, H. 2013. Mekanisme Perbaikan DNA. Universitas Hasanudin: Makassar.

Herwanto, A. 2019. Replikasi DNA. Universitas Islam: Jakarta.

Sinta, S. 2020. Replikasi DNA. ITB: Bandung.

Wibowo, A. 2013. Mekanisme Perbaikan DNA. UHAMZAH: Medan.

10