REPLIKASI DNA, DAN MEKANISME PERBAIKAN DNA

(Makalah Biologi Sel)

Dosen Pengampu: Riza Dwiningrum, S.Si., M.Biomed

Disusun Oleh:

Nama : Syarla Putri S.A

Npm : 210106131
Kelas : Farmasi 1D

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS KESEHATAN

UNIVERSITAS AISYAH PRINGSEWU

LAMPUNG

2021

A. Rumusan Masalah
Rumusan masalah dari makalah replikasi DNA dan mekanismen perbaikan
DNA adalah :
 1. Bagimana Tahap Terjadinya Replikasi DNA?
2. Bagiamana Mekanisme Perbaikan DNA?

B. Tahap Replikasi DNA

Replikasi DNA yaitu proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota bertali-tali
menerapkan replikasi DNA. Pada eukariota, saat terjadinya replikasi DNA
sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang menolong
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA.
Proses replikasi DNA bisa pula diterapkan in vitro dalam proses yang disebut
reaksi berantai polimerase (PCR).
Replikasi DNA dilakukan untuk memperbanyak molekul DNA, agar DNA
tidak termutasi. Hal ini disebabkan karena DNA adalah cetak biru (blue print)
bagi segala aktivitas sel. Apabila ditemukan masalah pada DNA, maka
seluruh aktivitas sel di dalam tubuh akan mengalami gangguan fungsi.
Dibawah ini adalah Proses dan Tahapan Replikasi DNA
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah susunan yang
terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini diwujudkan dampak
enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi
dua cabang yang masing-masing terdiri dari suatu untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua
untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA
polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang
oligonukleotida yang diwujudkan oleh enzim primase dan disebut primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan
nukleotida—dalam hal ini, deoksiribonukleotida—ke ujung 3'-hidroksil lepas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA
baru disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA polimerase memainkan
usaha pada DNA "induk" dengan arah 3'→5'. Namun demikian, aib satu
untaian DNA induk pada garpu replikasi berpandangan 3'→5', sementara
untaian lainnya berpandangan 5'→3', dan helikase memainkan usaha
membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'→3'. Oleh karena itu,
replikasi mesti berlanjut pada kedua arah berlawanan tersebut.

1. Inisiasi
Replikasi diawali dengan proses pemutusan ikatan hydrogen yang
menghubungkan dua basa nitrogen, dimulai dari tempat atau lokasi yang
bisa dikenali. Pemutusan ikatan ini dilakukan oleh enzim helicase. Setelah
ikatan terpelas, ada protein SSB di rantai tersebut yang berfungsi
mencegah basa nitrogen untuk berikatan kembali.
2. Sintesis Primer
RNA Polymerase mensintesis bentangan-bentangan pendek RNA ke
untaian DNA yang ada. DNA Polymerase platform digunakan untuk
menyalin rantai DNA. Setelah primer terbentuk di kedua untai, DNA
Polymerase akan memperjanjang primer menjadi untaian DNA baru.

Gambar 1. Sintesis DNA Primer

3. Sintesis Leading Strand

DNA Polymerase dapat menambahkan nukleotida baru (hanya
untuk ujung 3’ dari untaian yang ada), karena itu dapat mensintesis
DNA dalam arah 5’ à 3’ saja. Walau demikian, untai DNA berjalan di
arah yang berlawanan dan sintesis DNA pada satu untai dapat erjadi
terus menerus, yang disebut sebagai Leading Strand.
 Gambar 2. Sintesis Leading Strand

4. Sintesis Lagging Strand

Pada untaian yang berlawanan, DNA disintesis secara terputus
dengan menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru
dalam arah 5’ à 3’. Fragmen ini disebut dengan Okazaki, lalu
kemudian bergabung untuk membentuk Lagging Strand.

Gambar 3. Sintesis Lagging Strand

5. Penghapusan Primer
 Meskipun untaian DNA baru telah disintesis primer, RNA yang
hadir pada untaian baru yang terbentuk harus digantikan oleh DNA.
Proses ini dilakukan oleh enzim DNA Polymerase 1. Khusus
menghilangkan primer RNA melalui 5’ à 3’ aktivitas
eksonukleasenya, dan menggantikan mereka dengan deoksiri-
bonukleotida baru oleh aktivitas polymerase DNA.
6. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai, untaian tertinggal masih
mengandung celah antara fragmen Okazaki yang berdekatan. Enzim
ligase mengidentifikasi celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3′ gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan.
7. Pemutusan
Replikasi ini menghentikan dilokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus
yang disebut tus, yang secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika
helikase bertemu protein, tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal
protein pengikat.

C. Mekanisme Perbaikan DNA

DNA repair adalah suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak
normal. Bila ada kesalahan / kerusakan maka sel memiliki 2 pilihan yaitu
mengaktifkan DNA repair atau diapoptosis bila DNA sudah tidak bisa
diperbaiki. Perbaikan DNA (atau pembenahan DNA, Ingg. DNA repair)
merujuk pada sekumpulan proses mengenali dan membenahi kerusakan pada
molekul DNA yang berlangsung dalam sel. Dalam sel manusia, aktivitas
metabolisme normal maupun faktor lingkungan seperti sinar ultraviolet dan
pancaran radiasi dapat menyebabkan kerusakan DNA. Kerusakan ini dapat
mencapai satu juta molekul per sel per hari.[1] Banyak kerusakan ini berupa
kerusakan struktural pada molekul DNA, sehingga dapat mengubah ataupun
menghilangkan kemampuan transkripsi gen. Walaupun demikian, proses
pembenahan DNA secara terus-menerus tidak selalu dapat memulihkan
kerusakan tersebut. Ketika pembenahan normal gagal dan apoptosis sel tidak
terjadi, maka "kerusakan DNA permanen" terjadi.

Gambar 4. DNA yang rusak menyebabkan banyaknya kromosom

yang terputus

Laju pembenahan DNA bergantung pada banyak faktor, meliputi jenis sel,
usia sel, dan lingkungan eksternal. Sel yang telah mengakumulasi banyak
kerusakan DNA ataupun yang tidak dapat secara efektif memperbaiki
kerusakan lagi dapat berujung pada tiga keadaan:
1. keadaan dormansi ireversibel, dikenal sebagai proses penuaan
2. bunuh diri sel, dikenal sebagai apoptosis
3. pembelahan sel yang tak teregulasi, menyebabkan pembentukan tumor
ataupun kanker
Kemampuan suatu sel mereparasi DNA sangatlah penting bagi integritas
genom sel tersebut. Banyak gen yang pada awalnya menunjukkan pengaruh
terhadap harapan hidup ternyata berhubungan dengan perlindungan dan
reparasi kerusakan DNA.[4] Kegagalan memperbaiki kerusakan dalam sel
yang membentuk gamet dapat mencetuskan mutasi pada genom keturunan,
sehingga memengaruhi laju evolusi.
DNA Repair dapat dibagi menjadi mekanisme yang mengidentifikasi dan
memperbaiki kerusakan pada molekul DNA. Ada dua jenis umum DNA
Repair, pembalikan langsung dari proses kimia yang menghasilkan kerusakan
dan penggantian basa nukleotida yang rusak. Pada mekanisme DNA repair ini
dibagi menjadi 3 mekanisme yaitu:
1. Damage Reversal : penggantian secara langsung dimana mekanisme
perbaikan ini tidak memerlukan template dan diterapkan ke dua jenis
kerusakan utama. Sinar UV menginduksi pembentukan dimer
pirimidin yang dapat merusak struktur rantai DNA, memblokir
transkripsi di luar area kerusakan setalah itu akan mengaktifkan suatu
proses perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim fotoreaktif
akan memutuskan ikatan hydrogen tetapi tanpa memutuskan ikatan
fosfodiester antar nukleotida. Pembalikan langsung melalui
fotoreaktivasi dapat membalikkan dimerisasi ini reaksi dengan
memanfaatkan energi cahaya untuk penghancuran kovalen abnormal
ikatan antara pangkalan pirimidin yang berdekatan. Jenis
photoreactivation tidak terjadi pada manusia
2. Damage Removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan
replacing atau penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision
repair diawali dengan proses pengidentifikasian ketidaksesuaian
sekuen / urutan DNA dalam suatu proses pengawasan yang dilakukan
oleh endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim tersebut akan
menginisiasi proses pemisahan DNA heliks utas ganda menjadi suatu
segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan pertautan
kembali antara dua utas tunggal tersebut untuk kembali menjadi bagian
dari heliks utas ganda, dengan perantaraan enzim DNA ligase. Damage
Removal memiliki 3 tipe yaitu :
a. Base excision repair : hanya 1 basa yang rusak dan digantikan
dengan yang lain. Basa-basa DNA dapat dirusak melalui
deaminasi. Tempat kerusakan basa tersebut dinamakan
dengan”Abasic site” atau “AP site”. Pada E.coli enzim DNA
glycosilase dapat mengenal AP site dan membuang basanya.
Kemudian AP endonuklease membuang AP site dan
Nukleotida sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan
DNA Polymerase I dan DNA Ligase. DNA polymerase I berperan
didalam mensintesis atau menambahkan pasangan
basa yang sesuai dengan pasangannya, sedangkan DNA Ligase
 berperan dalam menyambungkan pasangan basa yang telah
disintesis oleh DNA polymerase I.
b. Nucleotide excision repair : adalah memotong pada bagian /
salah satu segmen DNA, dari DNA yang mengalami
kerusakan. Kerusakan nukleotida yang disebabkan oleh sinar
UV, sehingga terjadi kesalahan pirimidin dimer (kesalahan dua
basa tetangga). Pada E. Coli terdapat protein yang terlibat
dalam proses pembuangan atau pemotongan DNA yang
mengalami kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB,
UVrC, setelah protein tersebut mengenali kesalahan, maka
nukleotida yang rusak tersebut dihilangkan (dipotong) sehingga
terjadi kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut.
Selanjutnya untuk mengisi kekosongan tersebut maka RNA
polymerase I mensintesis nukleotida yang baru untuk
dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan
tadi, tentu saja dengan bekerja sama dengan DNA ligase dalam
proses penyambungan segmen DNA tersebut.
c. Mismatch repair : Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-
kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. Selama replikasi
DNA, DNA polymerase sendirilah yang melakukan perbaikan
salah pasang. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida
terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada
untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang pasangannya
tidak benar, polymerase memindahkan nukleotida tersebut
kemudian melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini mirip
dengan mengoreksi kesalahan pada pengolah kata dengan
menggunakan tombol “delete” dan kemudian menuliskan kata
yang benar). Protein-protein lain selain DNA polymerase juga
melakukan perbaikan salah pasang. Para peneliti mempertegas
pentingnya protein-protein tersebut ketika mereka menemukan bahwa
suatu cacat herediter pada salah satu dari protein-protein
ini terkait dengan salah satu bentuk dari kanker usus besar.
 Rupanya cacat ini mengakibatkan kesalahan penyebab
kanker yang berakumulasi di dalam DNA. Pada intinya
mekanisme perbaikan mismatch ini mendeteksi terlebih dahulu
pasangan basa yang tidak “cocok (matched)” atau tidak
berpasangan dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau
mismatch dapat terjadi saat replikasi ataupun rekombinasi
DNA, dimana untuk memperbaiki basa yang tidak
berpasangan, terlebih dahulu harus diketahui pasangan basa
mana yang mengalami kesalahan basa pada untai DNA.
Caranya segmen DNA yang membawa basa yang salah
dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam untai DNA.
Selanjutnya dengan bantuan enzim polymerase celah ini akan
diisi oleh segmen baru yang membawa basa yang telah
diperbaiki, yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim
ligase
3. Damage tolerance: Mentoleransi kesalahan. Hal ini dilakukan bila
kesalahan tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa
ditoleransi dan yang terpotong adalah kedua strand. Mekanisme ini
adalah sebuah bentuk replikasi rawan kesalahan (error-phone) yang
memperbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA tanpa mengembalikan
sekuens basa awal. Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh kerusakan DNA

dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E. Coli, system tersebut diatur oleh
gen-gen recA dan umu yang dihipotesiskan mengubah fidelitas
(ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose situ, polymerase
melakukan replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga
memungkinkan sel untuk bertahan hidup atau sintas. Jika sel tersebut
berhasil sintas melalui seluruh kerusakan DNA, besar kemungkinan sel

itu mengandung satu atau lebih mutasi.

 DAFTAR PUSTAKA

Broad, William J. 2015. "Nobel Prize in Chemistry Awarded to Tomas Lindahl,

Paul Modrich and Aziz Sancar for DNA Studies". The New York
Times.

Haiyul, F. 2010. Mekanisme Perbaikan DNA. Universitas Hasanuddin: Makassar.

Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky SL,
Darnell J. 2004. Molecular Biology of the Cell, p963. WH Freeman: New
York,

Paul Modrich. S. 2017. Modul Ajar Replikasi DNA. Universitas Padjajaran .

Sandi, A. 2016. Perbaikan DNA (DNA Repairing). ITB: Bandung.