NAMA

NIM

: STEVANI SOSELISA
: 201404023

PRODI/SMTR

: FARMASI/ V

A. REPARASI DAN REPLIKASI DNA

1. REPARASI DNA

DNA sebagai materi genetic yang selalu mengalami berbagai reaksi kimia dan selalu
melakukan kopi DNA. Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi DNA yang dapat
terjadi pada saat proses replikasi DNA. Untuk menstabilkan hal tersebut maka DNA
memiliki kemampuan untuk memperbaiki (reparasi) kesalahan yang terjadi pada dirinya
sendiri. Jika mutasi DNA yang terjadi cukup banyak dan DNA tidak sempat untuk
memperbaiki (reparasi) dirinya sendiri maka akan terjadi kelainan ekspresi genetic
bahkan menyebabkan terjadinya penyakit genetik. Konsumsi makanan yang bergizi serta
istirahat yang cukup memungkinkan tubuh untuk dapat melakukan reparasi DNA.
DNA reparasi merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal,
radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya
kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular
secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan yang tentu saja terkait erat dengan
jenis factor penyebabnya. Sel-sel menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA
untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan
dapat terjadi saat aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran
untuk berbagai kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan.
Apabila ada kesalahan / kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :
1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA reparasi. Namun apabila
kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk
beralih ke pilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang fatal maka
akan dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang buruk bagi lingkungan
sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan meneruskan perjalanan
untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis) G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).
1

Proses perbaikan DNA itu harus melibatkan berbagai macam komponen, yang sangat
berperan penting dalam mekanisme perbaikan DNA tersebut. Komponen-komponen
yang terlibat dalam mekanisme perbaikan DNA dapat dijelaskan secara rinci pada
penjelasan berikut ini.
Komponen yang Terlibat dalam Proses DNA Reparasi
Reparasi
system
Base
excision
Nucleotid
exicion

Enzim/protein

Reparasi sistem

Enzim/protein

DNA glycosylase
AP Endonuklease
DNA Polymerase I
DNA ligase
UVrA,UVrB,UVrC
DNA polymerase I
DNA Ligase

mismatch

Dam metilase
MutS,MutL,MutH
Exonuclease
DNA Helicase II
SSB Protein
DNA plomerase III
DNA Ligase

Mekanisme DNA reparasi

Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu :
1. Demage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan cara
perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA yang rusak oleh
sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada bakteri E. Coli enzim itu
dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada suatu segmen pirimidin (timin dan
sitosin) yang telah berpasangan (dimer) pada suatu struktur DNA, akan mengaktifkan
suatu proses perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim fotoreaktif akan
memutuskan ikatan hydrogen tetapi tanpa memutuskan ikatan fosfodiester antar
nukleotida. Perubahan urutan akan diperbaiki dengan pergantian sesame nukleotida
dengan basa pirimidin, dan akan diikuti proses penangkupan kembali celah yang semula
tercipta.
2. Demage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau
penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision reparasi diawali dengan proses
pengidentifikasian ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA dalam suatu proses
pengawasan yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim
tersebut akan menginisiasi proses pemisahan DNA heliks utas ganda menjadi suatu
segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan pertautan kembali antara dua utas

tunggal tersebut untuk kembali menjadi bagian dari heliks utas ganda, dengan
perantaraan enzim DNA ligase.
3. Demage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan tidak dapat
diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang terotong adalah kedua
strand. Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan kesalahan (error-phone) yang
memprbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA tanpa mengembalikan sekuens basa awal.
Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh kerusakan DNA dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E.
Coli, system tersebut diatur oleh gen-gen recA dan umu yang dihipotesiskan mengubah
fidelitas (ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose situ, polymerase melakukan
replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga memungkinkan sel untuk bertahan hidup
atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas melalui seluruh kerusakan DNA, besar
kemungkinan sel itu mengandung satu atau lebih mutasi.
Ada 3 tipe demage removal yaitu :(a) Base excision reparasi, hanya 1 basa yang rusak
dan digantikan dengan yang lain. Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deaminasi.
Tempat kerusakan basa tersebut dinamakan denganAbasic site atau AP site. Pada
E.coli enzim DNA glycosilase dapat mengenal AP site dan membuang basanya.
Kemudian AP endonuklease membuang AP site dan Nukleotida sekitarnya. Kekosongan
akan diisi dengan bantuan DNA Polymerase I dan DNA Ligase. DNA polymerase I
berperan didalam mensintesis atau menambahkan pasangan basa yang sesuai dengan
pasangannya.sedangkan DNA Ligase berperan dalam menyambungkan pasangan basa
yang telah disintesis oleh DNA polymerase I. (b)Nucleotide excision reparasi, adalah
memotong pada bagian / salah satu segmen DNA, dari DNA yang mengalami
kerusakan. Kerusakan nukleotida yang disebabkan oleh sinar UV, sehingga terjadi
kesalahan pirimidin dimer (kesalahan dua basa tetangga). Pada E. Coli terdapat protein
yang terlibat dalam proses pembuangan atau pemotongan DNA yang mengalami
kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB, UVrC, setelah protein tersebut
mengenali kesalahan, maka nukleotida yang rusak tersebut dihilangkan (dipotong)
sehingga terjadi kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut. Selanjutnya
untuk mengisi kekosongan tersebut maka RNA polymerase I mensintesis nukleotida
yang baru untuk dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan tadi,
tentu saja dengan bekerja sama dengan DNA ligase dalam proses penyambungan
3

segmen DNA tersebut. (c) Mismatch reparasi. Pada tahap ini yaitu memperbaiki
kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA
polymerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang. Polimerase ini
mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada
untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang pasangannya tidak benar, polymerase
memindahkan nukleotida tersebut kemudian melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini
mirip dengan mengoreksi kesalahan pada pengolah kata dengan menggunakan tombol
delete dan kemudian menuliskan kata yang benar). Protein-protein lain selain DNA
polymerase juga melakukan perbaikan salah pasang. Para peneliti mempertegas
pentingnya protein-protein tersebut ketika mereka menemukan bahwa suatu cacat
herediter pada salah satu dari protein-protein ini terkait dengan salah satu bentuk dari
kanker usus besar. Rupanya cacat ini mengakibatkan kesalahan penyebab kanker yang
berakumulasi di dalam DNA. Pada intinya mekanisme perbaikan mismatch ini
mendeteksi terlebih dahulu pasangan basa yang tidak cocok (matched) atau tidak
berpasangan dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau mismatch dapat terjadi saat
replikasi ataupun rekombinasi DNA, dimana untuk memperbaiki basa yang tidak
berpasangan, terlebih dahulu harus diketahui pasangan basa mana yang mengalami
kesalahan basa pada untai DNA. Caranya segmen DNA yang membawa basa yang salah
dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam untai DNA. Selanjutnya dengan
bantuan enzim polymerase celah ini akan diisi oleh segmen baru yang membawa basa
yang telah diperbaiki, yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim ligase.
2. REPLIKASI DNA

Pengertian Replikasi
Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena DNA
mampu mensisntesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis
rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui proses menggunakan
komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama
dengan molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim
helikase, enzim polimerase, dan ligase (Necel, 2009).
Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai tunggal DNA
bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru; seluruh untai

tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida-nukleotida
(Necel, 2009).
2

Komponen Penting dalam Replikasi

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama yaitu (Amir,
dkk, 2010):
1
2

DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP. Deoksi
ribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu basa purin atau pirimidin, gula 5-

karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.

Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA.
Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA yang baru
terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki DNA yang
rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida DNA sangat stabil

dan mutasi jarang terjadi (Desy, 2010).

Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai

5
6

replikasi DNA.
Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzim girase.
Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu protein

SSB (single strand binding protein).

Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung fragmen-

fragmen DNA
Model Replikasi

Gambar 1. Tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA (Pray, 2008)

Ada 3 cara terjadinya replikasi DNA dalam sel eukariot, yaitu (Desy, 2010):

1) Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi
sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan
molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru
2) Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.
Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu
rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis (Desy, 2010).
3) Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan
sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya
diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru.
Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling
4

berselang-seling pada setiap untai

Tahapan Replikasi DNA
Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik yang disebut dengan
Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti gelembung
kecil, dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan basanya terpisah.
Heliks mulai membuka uliran (Ma, et.al., 1998).
Tahapan replikasi DNA pada sel eukariot adalah sebagai berikut (Anonymous1, 2011):
1

Tahapan pertama (inisiasi) dalam proses replikasi DNA terjadi adalah pemutusan
ikatan hidrogen antara basa-basa nitrogen dari dua untai yang antiparalel. Pemutusan
ikatan tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan ikatan A-T. Hal tersebut dikarenakan
ikatan antara adenin dan timin yang hanya merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan
pada ikatan antara sitosin dan guanin adalah ikatan rangkap tiga. Helikase adalah
enzim yang berfungsi untuk membuka untai ganda DNA. Titik awal dimana terjadinya
splitting disebut sebagai origin of replication. Struktur yang dihasilkan disebut dengan

Replication Fork.
Salah satu hal penting dalam tahapan replikasi DNA adalah pengikatan primase RNA
pada titik awal rantai induk 3-5. Primase RNA dapat menarik nukleotida RNA yang
berikatan dengan nukleotida DNA dari untai 3-5 dikarenakan ikatan hidrogen antar

basanya. Nukleotida RNA adalah primer (starter) untuk ikatan nukleotida DNA.
Tahapan elongasi berbeda untuk cetakan 5-3 dan 3-5, yaitu:
a. Cetakan 5-3

Cetakan 5-3 disebut sebagai leading strand karena DNA polimerase dapat
membaca cetakan dan secara kontinu menambah nukleotida(komplemen dari
cetakan nukleotida, sebagai contoh adenin berlawanan dengan timin).
b. Cetakan 3-5
Cetakan 3-5 tidak dapat dibaca dengan DNA polimerase . Replikasi dari
cetakan ini rumit dan DNA barunya disebut lagging strand. Pada lagging strand
RNA primase menambah lebih banyak RNA primer. DNA polimerase membaca
cetakan. Jarak antara dua RNA primer disebut sebagai fragmen Okazaki. RNA
primer penting untuk DNA polimerase berikatan dengan nukleotida pada bagian
4

ujung 3. Untai baru dielongasi dengan mengikat lebih banyak DNA nukleotida.
Pada lagging strand DNA Polimerase I - eksonuklease membaca fragmen dan
memindahkan RNA Primer. Jarak didekatkan dengan adanya pengaruh DNA
polymerase (menambahkan nukleotida komplementer pada jarak tersebut) dan DNA

ligase (menambahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula

Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini terjadi
ketika DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan mudah
memahami bahwa pada akhir tahapan lagging strand, ketika RNA primer dipindahkan
tidak mungkin bagi DNA polymerase untuk mengisi kekosongan tersebut (karena
tidak ada primer). Sehingga, ujung dari untai induk dimana primer terakhir tidak
direplikasi. Ujung dari DNA linear terdiri dari DNA noncoding yang berulang ulang
dan disebut telomere. Sebagai hasilnya, bagian dari telomere dipindahkan pada tiap

siklus replikasi DNA.

Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme perbaikan terhadap
kesalahan-kesalahan yang mungkin terjadi selama replikasi. Enzim seperti nuklease
akan memindahkan nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan mengisi
kekosongan (gap) tersebut.
Pembentukan leading strand
Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA yang
disintesis dengan arah 5'3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA
polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah
primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan
arah pergerakan garpu replikasi (Necel, 2009).
Pembentukan lagging strand
7

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang berseberangan
dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmensegmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase membentuk primer
RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada
primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA
tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan
deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati
oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut
sehingga sintesis lagging strand menjadi lengkap (Necel, 2009).
Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang
terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase
yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat
terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari
sebuah untaian tunggal DNA. Masingmasing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk
pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya.
DNA

polimerase

membentuk

untaian

DNA

baru

dengan

memperpanjang

oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer (Necel,
2009).
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan
nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida
rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA "anak")
disintesis dari arah 5'3', sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA "induk"
dengan arah 3'5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu
replikasi berorientasi 3'5', sementara untaian lainnya berorientasi 5'3', dan helikase
bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'3'. Oleh karena itu, replikasi
harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut (Necel, 2009).
5

Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot

Tabel 1. Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot (Amir, dkk., 2010)
8

EUKARIOT
Replikasi DNA terjadi

PROKARIOT
di Replikasi DNA terjadi di protoplasma

nukleus
Replikasi DNA terjadi pada Replikasi terjadi pada semua fase dalam siklus sel
fase S (fase sintesis) dalam
fase interfase pada siklus sel
Terdapat
5 macam DNA Terdapat 3 macam DNA polimerisasi yang terlibat
polimerisasi

yang

terlibat dalam proses replikasi

dalam proses replikasi

Terdapat banyak titik awal Titik awal replikasi (ori) lebih sedikit dibanding
replikasi (ori)
Pergerakan garpu

eukariot
replikasi Pergerakan garpu replikasi pada replikasi prokariot

pada

eukariot bergerak lebih cepat dibanding pada eukariot

replikasi

bergerak lebih lambat

Selanjutnya
gelembung Replikasi terjadi kedua arah. Selanjutnya gelembung
replikasi akan bertemu, dan replikasi akan bertemu, dan sintesis DNA anak selesai
sintesis DNA anak selesai
B. EKSPRESI GEN

Ekspresi gen adalah proses dimana informasi dari gen yang digunakan dalam sintesis produk gen
fungsional. Produk-produk ini seringkali protein, tetapi dalam non-protein coding gen seperti gen
rRNA atau gen tRNA, produk adalah RNA fungsional. Proses ekspresi gen digunakan oleh
semua kehidupan yang dikenal - eukariota (termasuk organisme multisel), prokariota (bakteri
dan archaea) dan virus - untuk menghasilkan mesin makromolekul untuk hidup.
Proses Ekspresi Gen dalam Organisme: Dalam istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah
Dogma Sentral Biologi Molekuler. Apakah itu? Dogma di sini adalah suatu kerangka kerja untuk
dapat memahami urutan transfer informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara
yang paling umum dalam organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral
maksudnya adalah semua informasi terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk
menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan
digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang disebut translasi.
a. Transkripsi
9

Ini merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses tersebut akan
berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk
mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang harus kita ketahui adalah bagaimana
mekanisme sintesis protein sehingga dapat terekspresi sebagai fenotip. Transkripsi
merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA templat. Proses ini terjadi pada inti sel /
nukleus (Pada organisme eukariotik. Sedangkan pada organisme prokariotik berada di
sitoplasma karena tidak memiliki inti sel) tepatnya pada kromosom.
Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu :

DNA templat (cetakan) yang terdiri atas basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin
(T), Sitosin (S)

enzim RNA polimerase

faktor-faktor transkripsi

prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai penginduksi).

Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu :mRNA (messeger RNA),
, tRNA (transfer RNA), dan rRNA (ribosomal RNA) Sebelum itu saya akan memaparkan
terlebih dahulu bagian utama dari suatu gen. Genterdiri atas : promoter, bagian struktural
(terdiri dari gen yang mengkode suatu sifat yang akan diekspresikan), dan terminator.
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas : beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada
struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. Struktur sigma
untuk mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim hanya menempel pada promoter.
Bagian yang disebut core enzim terdiri atas alpha, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :
1. Inisiasi (pengawalan): Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi
di bagian hulu (upstream) dari gen yaitu promoter. Salah satu bagian terpenting dari
promoter adalah kotak Pribnow (TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA
polimerase menempel pada promoter. Tahapannya dimulai dari pembentukan
10

kompleks

promoter

tertutup,

pembentukan

kompleks

promoter

terbuka,

penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase

karena struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.
2. Elongasi (pemanjangan ): Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini
adalah pemanjangan nukleotida. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter
maka enzim tersebut akan terus bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan
meluruskan heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada
ujung 3 molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya nukleotida DNA cetakan A,
maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya. Laju
pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara 30 60 nukleotida
per detik. Kecepatan elongasi tidak konstan.
3. Terminasi (pengakhiran): Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat.
Transkripsi berakhir ketika menemui nukleotida tertentu berupa STOP kodon.
Selanjutnya RNA terlepas dari DNA templat menuju ribosom. Untuk proses
selanjutnya (proses pembentukan protein) akan dijelaskan pada artikel selanjutnya.
b. Translasi
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah suatu
proses penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam rangkaian asam
amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Apa yang dibutuhkan dalam proses
penerjemahan adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino. Sebelumnya, saya
pertama akan menjelaskan tentang struktur ribosom. Ribosom terdiri atas subunit besar
dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan untuk membentuk sebuah monosom. subunit
kecil berisi peptidil (P), dan Aminoasil (A). Sedangkan subunit besar mengandung Exit
(E), P, dan A. Kedua subunit mengandung satu atau lebih molekul rRNA. rRNA sangat
penting untuk mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi molekuler, pada prokariotik
dan eukariotik 16 S 18 S.
Seperti transkripsi, terjemahan ini juga dibagi menjadi tiga tahap:

11

1. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara diaktifkan atau tRNA
disebut

asilasi-amino. Amino-asilasi

proses

dikatalisis

oleh

enzim

tRNA

sintetase. Kemudian ribosom mengalami pemisahan menjadi subunit besar dan

kecil.Selanjutnya molekul mRNA subunit kecil menempel pada tongkat dengan kodon
awal: 5 - AGGAGG 3. Situs order dimana subunit kecil disebut urutan ShineDalgarno. Subunit kecil dapat menempel pada mRNA bila IF-3. IF-3/mRNA-fMet IF2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam amino yang disebut N-formylmethionine
dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber energi. tRNA-fMet, melekat pada kodon
pembuka P subunit kecil.Selanjutnya, subunit besar menempel pada subunit kecil. Dalam
proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis terhadap GDP, dan siap untuk
perpanjangan.
2. Pemanjangan
Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino diperpanjang. Langkahlangkah yang diambil dalam proses perpanjangan, yang pertama adalah pengikatan tRNA
ke sisi A pada ribosom. Transportasi akan membentuk ikatan peptida.
3. Penghentian
Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG)
yang berada dalam posisi A pada mRNA mencapai ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal
penghentian proses translasi diakui oleh protein yang disebut faktor rilis (RF).Anil RF
pada kodon terminasi mengaktifkan enzim transferase peptidil yang menghidrolisis ikatan
antara polipeptida dng tRNA pada P dan menyebabkan tRNA kosong translokasi ke sisi
memiliki E (exit).
Itulah mekanisme transkripsi dan proses penerjemahan. Proses selanjutnya adalah protein
tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotipe.
c. Dogma Central Genetika Molekuler
Yang dimaksud disini adalah Dogma central semua informasi yang terkandung dalam
DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi,
dan beberapa informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein
melalui proses yang disebut translasi.
12

Berikut adalah mekanisme prosesnya:

Sebenarnya dalam proses dogma central, ada beberapa referensi yang mencakup
replikasi DNA, dan ada yang tidak. Karena ada yang mengartikan dogma central adalah
proses ekspresi gen dari DNA > RNA > protein. Ada pula yang menyebutkan sebelum
ekspresi gen berlangsung, DNA harus dilipat gandakan dulu
1.

Replikasi: Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini
diperlukan dalam pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya DNA
dilipatgandakan menjadi lebih banyak. Proses replikasi DNA pada dasarnya adalah 1
double stranded DNA dicopy menjadi 2 buah, dari 2 buah akan dicopy menjadi 4
buah. Jadi berawal dari denaturasi DNA yang akan membuka pilinan dari double stranded
menjadi single stranded. Kemudian dengan bantuan sebuah enzim yang disebut DNA
polimerase, DNA akan terikat DNA polimerase kemudian copy DNA terjadi. Melalui

prinsip replikasi DNA ini lah PCR (Polymerase Chain Reaction) dilakukan.
2. Transkripsi: Ini merupakan tahap awal dalam proses sintesis protein yang pada akhirnya
proses ini akan mengekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk
mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang perlu kita ketahui adalah bagaimana
mekanisme sintesis protein dapat dinyatakan sebagai sehingge fenotipe.
Transkripsi adalah sintesis molekul RNA dalam template DNA.Proses ini terjadi dalam
inti sel (nukleus) tepatnya pada kromosom. Komponen yang terlibat dalam proses
transkripsi yaitu: DNA template yang terdiri dari basa nukleotida Adenin (A), Guanin
(G), Timin (T), Sitosin (S); enzim polimerase RNA, faktor transkripsi, prekursor (bahan
yang ditambahkan sebagai diinduksi).
Hasil dari proses sintesis tiga jenis RNA, yaitu mRNA messeger RNA), tRNA (transfer
RNA), rRNA (RNA ribosomal).Sebelum itu saya akan menjelaskan terlebih dahulu
bagian utama dari gen. Gen terdiri atas: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang
mengkode sifat yang akan diekspresikan), dan terminator
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas: beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada
struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. struktur
Sigma untuk polimerase RNA holoenzim berlangsung hanya menempel promotor.Bagian
yang disebut enzim inti terdiri dari alfa, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap:

13

1.Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di mana saja pada DNA, tapi di hulu (upstream) dari gen
promotor. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA
box). Inisiasi

dimulai

ketika

holoenzim

RNA

polimerase

menempel

pada

promotor. Tahapan dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan

kompleks promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan
konformasi RNA polimerase karena struktur sigma holoenzim kompleks dihapus.
2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah perpanjangan. Berikut ini adalah pemanjangan nukleotida
perpanjangan. Setelah promotor RNA polimerase melekat pada enzim tersebut akan terus
bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks tersebut. Dalam
pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang
baru dibentuk. Misalnya, DNA template nukleotida A, maka nukleotida RNA yang
ditambahkan adalah U, dan seterusnya. Pemanjangan maksimum tingkat molekul
transkrip RNA berrkisar antara 30-60 nukleotida per detik. Pemanjangan kecepatan tidak
konstan.
3.Penghentian (terminasi)
Penghentian juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika sebuah
nukleotida spesifik melihat kodon STOP.Selain itu, terlepas dari template DNA RNA
ribosom.
d. Dogma Central

Gen tertentu membawa informasi yang dibutuhkan untuk membuat protein dan informasi
itulah yang disebut sebagai kode genetik. Dengan kata lain, kode genetik adalah cara
pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA utnuk menentukan urutan asam
amino pada saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik ditentukan oleh basa
nitrogen pada rantai DNA yang akan menentukan susunan asam amino. Dalam tahun
1968 nirenberg, khorana dan Holley menerima hadiah nobel untuk penelitian mereka
yang sukses menciptakan kode-kode genetik yang hingga sekarang kita kenal. Seperti
kita ketahui asam amino dikenal ada 20 macam. Yang menjadi masalah bagaimana 4 basa
nitrogen ini dapat mengkode 20 macam asam amino yang diperlukan untuk mengontrol
semua aktifitas sel? Para peneliti melakukan penelitian pada bakteri E. Coli mula mula
digunakan basa nitrogen singlet maka diper oleh 4 asam amino saja yang dapat
14

diterjemahkan padahal ke 20 asam amino ini harus diterjemahkan semua agar protein
yang dihasilkan dapat digunakan, kemudian para ilmuwan mencobalagi dengan kodon
duplet dan baru dapat untuk menterjemahlkan 16 asam amino ini pun belum cukup juga.
Kemudian dicoba dengan triplet dan dapat menterjemahkan 64 asam amino hal ini tidak
mengapa sekalipun melebihi 20 asam amino toh dari 64 asam amino yang diterjemahkan
ada yang memilii simbul/fungsi yang sama diantaranya (kodon asam assparat(GAU dan
GAS) sama dengan asam asam tirosin(UAU,UAS) sama juga dengan triptopan(UGG)
bahkan ini sangat menguntungkan pada proses pembentukkan protein karena dapat
menggantikan asam amino yang kemungkinan rusan selain itu dari 20 asam amino
diantaranya ada yang berfungsi sebagai agen pemotong gen atau tidak dapat bersambung
lagi dengan doubel helix asam amino yang berfungsi sebagai agen pemotong gen
diantaranya (UAA,UAG,UGA) beberapa sifat dari kode triplet diantaranya :
1) kode genetik ini mempunyai banyak sinonim sehingga hampir setiap asam amino
dinyatakan oleh lebih dari sebuah kodon. Contoh semua kodon yang diawali
dengan SS memperinci prolin,(SSU,SSS,SSA dan SSG) semua kodon yang
diawali dengan AS memperinci treosin(ASU,ASS,ASA,ASG).
2) tidak tumpang tindih,artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat mengambil
bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon,sehingga 64 itu berbeda-beda
nukleotidanya.
3) kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat memperinci
lebih dari satu asam amino.
4) kode genetik itu ternyata universal
Tiap triplet yang mewakili informasi bagi suatu asam amino tertentu dinyatakan
sebagai kodon.Kode genetika bersifat degeneratif dikarenakan 18 dan 20 macam
asam amino ditentukan oleh lebih dari satu kodon, yang disebut kodon
sinonimus.Hanya metionin dan triptofan yang memiliki kodon tunggal.Kodon
sinonimus

tidak ditempatkan secara acak, tetapi dikelompokkan.Kodon

sinnonimus memiliki perbedaan pada urutan basa ketiga.

C. MUTASI GEN
1. Pengertian Mutasi

Mutasi berasal dari kata mutatus (bahasa latin) yang artinya

perubahan. Mutasi didefinisikan sebagai mutasi materi genetik (DNA)
yang dapat diwariskan secara genetis pada keturunannya. Mutagen
15

adalah agen yang menyebabkan mutasi. Mutan adalah manusia yang

mengalamai

mutasi.

Perubahan

sususan

genetik

menyebabkan

perubahan gen dan akhirnya menyebabkan perubahan alel dan

fenotip pada makhluk hidup. Tidak setiap perubahan DNA adalah
mutasi. Syarat mutasi adalah:
1) Adanya perubahan materi genetik (DNA)
2) Perubahan tersebut bersifat dapat atau tidak dapat di perbaiki
3) Hasil perubahan tersebut diwariskan secara genetik pada
keturunannya.
2. Mekanisme Mutasi
Mutasi dapat mempengaruhi DNA maupun kromosom. DNA dapat
dipengaruhi pada saat sintesis. Pada saat tersebut terjadi mismatch
pemasangan nukleotida basa. Kromosom juga dapat dipengaruhi oleh
mutagen pada saat pemaketan DNA dalam kromosom (profase),
pemisahan kromatid, penarikan kromosom oleh benang spindel, dan
sintesis dinding sel (sitokinesis) setelah anaphase.
3. Tempat Terjadinya Mutasi
a. Mutasi Gametik
Mutasi yang terjadi pada sel gamet dan mutasi tersebut diwariskan
pada keturunannya. Gen-gen yang mengalami mutasi di dalam
gamet dapat berupa mutasi autosomal (jika gen-gennya terdapat
pada kromosom autosomal
b. Mutasi Somatik
Mutasi yang terjadi pada sel-sel soma (sel tubuh) dan mutasi
tersebut tidak diwariskan pada keturunannya. Kejadian mutasi
somatik terjadi pada janin yang sedang sikandung oleh ibunya
dapat mengakibatkan cacat bawaan. Penyebabnya dapat berupa si
ibu terkena sinar radioaktif atau meminum obat-obatan atau
ramuan jamu yang bersifat mutagenik.
4. Mutasi Berdasarkan Sumbernya
a. Mutasi Alami (Mutasi Spontan)
Mutasi alami (mutasi spontan) adalah mutasi yang terjadi di alam
secara acak (random), tanpa diketahui sebabnya secara pasti. Mutasi
ini jarang terjadi, tingkat kemungkinannya pun sangat kecil. Mutasi
spontan mungkin terjadi karena mekanisme tertentu di dalam sel
16

yang

tidak

beberapa

sempurna.

alasan

Mutasi

berikut:

spontan

dapat

ketidakstabilan

disebabkan

nukleotida,

oleh

kesalahan

replikasi, serta ketidaksempurnaan meiosis. Umumnya mutasi spontan

bersifat resesif sehingga jarang mampu bertahan hidup. Jika mampu
bertahan hidup maka mutan akan berkembang menghasilkan variasi
baru. Ketidakstabilan Nukleotida, Keempat basa nukleotida dapat
bersifat tidak stabil dan berada pada dua bentuk yang berbeda
(tautomer). Saat suatu basa membentuk tautomernya, basa ini dapat
berpasangan dengan basa lainnya yang berbeda. Misalnya, basa G
biasanya berpasangan dengan basa S. Namun, jika basa G pada
kondisi tautomer saat replikasi DNA, maka basa G tersebut akan
berpasangan dengan basa T.Oleh karena itu, ada mutasi basa S ke
basa T Kesalahan Replikasi DNA polimerase dapat melakukan
kesalahan saat replikasi. Misalnya insersi basa S yang seharusnya
basa T. Kebanyakan kesalahan replikasi semacam ini akan diperbaiki
oleh kompleks DNA polimerase yang mempunyai kemampuan untuk
memperbaiki

(proofreading).

Namun,

kemungkinan

kesalahan

semacam itu tetap ada dan menjadi permanen. Ketidaksempurnaan

Meiosis, Gagal berpisah dapat terjadi akibat ketidaksempurnaan
proses meiosis yang mengarah pada pembagian kromosom yang tidak
merata, terlalu banyak, atau terlalu sedikit.
b. Mutasi Buatan (Mutasi Terinduksi)
Mutasi Buatan (Mutasi Terinduksi) merupakan mutasi yang berasal
dari luar atau kejadian yang disengaja oleh manusia. Mutasi terinduksi
merupakan program yang dikerjakan oleh para pemulia tanaman dan
hewan guna memperbaiki fenotip tanaman agronomi atau holtikultura
serta hewan budidaya.
5. Berdasarkan Tingkat Mutasinya
1) Mutasi titik
Mutasi gen merupakan perubahan yang terjadi pada nukleotida DNA
yang membawa pesan suatu gen tertentu, dapat disebut juga mutasi
17

titik. Mutasi titik merupakan perubahan kimiawi pada satu atau

beberapap

pasangan

pasangan

basa

basa

dalam

merupakan

satu

gen

penggantian

tunggal.

satu

Substitusi

nukleotida

dan

pasangannya di dalam untai DNA komplementer dengan pasangan

nukleotida lain.
2) Mutasi kromosom
Mutasi kromosom adalah perubahan materi genetik yang disebabkan
oleh perubahan sususan atau jumlah kromosom. Mutasi kromosom
dapat disebabkan oleh gangguan fisik dan kimia yang menyebabkan
kesalahan di dalam pembelahan sel (meiosis dan mitosis) sehingga
merusak susunan kromosom atau mengubah jumlah kromosom. Pada
prinsipnya, mutasikromosom digolongkan rnenjadi dua, yaitu sebagai
berikut.
a)

Mutasi Komosom Akibat Perubahan Jumlah Kromosom

1) Euploid
eu = benar; ploid = unit) Makhluk hidup yang terjadi dari
perkembangbiakan secara kawin , pada umumnya bersifat diploid,
memiliki 2 perangkat kromosom atau 2 genom pada sel somatisnya
(2n kromosom).
2) Aneuploid
Alopoid adalah variasi jumlah kromosom yang diakibatkan adanya
pengurangan

atau

penambahan

satu

atau

sejumlah

kecil

kromosom, tetapi tidak berlangsung pada seluruh genom. Idealnya,

pada pembelahan benang spindel mendistribusikan kromosom
pada

sel-sel

anak

tanpa

kesalahan.

Akan

tetapi

adakalnya

kecelakaan yang disebut gagal berpisah. Bisa terjadi pada tahap

meiosis I atau di meiosis II.
b)

Mutasi Komosom terjadi karena perubahan struktur kromosom

Mutasi karena perubahan struktur kromosom atau kerusakan bentuk
kromosom disebut juga dengan istilah aberasi. Macam-macam aberasi
dapat dijelaskan sebagai berikut:

18

a. Delesi atau defisiensi adalah mutasi karena kekurangan segmen

kromosom
b. Duplikasi adalah mutasi karena kelebihan segmen kromosom.
c. Translokasi ialah mutasi yang mengalami pertukaran segmen
kromosom ke kromosom non homolog.
d. Inversi ialah mutasi yang mengalami perubahan letak gen-gen,
karena selama meiosis kromosom terpilin danterjadi kiasma
e. lsokromosom ialah mutasi kromosom yang terjadi pada waktu
menduplikasikan

diri,

pembelahansentromernya

mengalami

perubahan arah pembelahan sehingga terbentuklah dua kromosom

yang masing– masing berlengan identik (sama).
f. Katenasi ialah mutasi kromosom yang terjadi pada dua kromosom
non homolog yang pada waktu membelahmenjadi empat kromosom,
salinq bertemu ujung-ujungnya sehingga membentuk lingkaran.
6. Kelainan-kelainan pada Manusia yang disebabkan oleh Perubahan
Kromosom
Perubahan jumlah dan susunan kromosom berkaitan dengan sejumlah
kelainanserius pada manusia. Terdapatnya jumlah kromosom yang
abnormaldi dalam gamet yang diproduksi dan kemudian di dalam
zigot.
1) Syndrom down
Terdapat kelainan di kromosom 21.ciri-ciri:
a.
jari-jari tangan pendek dan tebal/ tapak monyet
b.
leher pendek dan muka mongol
c.
suka senyum, biasa cenderung terkena leukimia
d.
gigi jarang / tidak teratur
e.
biasa terdapat sidik loop radial pada puncak jari
2) Sindrom turner
Biasanya terjadi pada wanita, yaitu jumlah kromosomnya ada 45 buah
dengan kromosom seksnya cuma 1 X, bukan XX seperti umumnya.
Otomatis, anak perempuan yang mengalami sindrom ini tak bisa
mentruasi.
ciri-ciri :
a. mandul
b. payudara kecil dan melebar
c. ovarium tidak sempurna
d. mempunyai gelambir leher yang lebar
19

e. Sindrom poli-X atau superfemale

Terjadi pada wanita. Jumlah kromosomnya 47 XXX. Biasanya anak
dengan sindrom ini jadi kurang IQ-nya atau retardasi mental ringan.
dan biasanya kelainan organ sex ( mandul )
3) Sindrom kleinefelter
Biasanya terjadi pada lelaki, yaitu jumlah kromosomnya 47 XXY.
Padahal, kromosom lelaki harusnya XY. Jadi, dalam kelainan ini, meski
kromosomnya lelaki tapi fisiknya perempuan. Soalnya, ia tak punya
uterus atau rahim, hingga ia tak akan bisa mengalami menstruasi
apalagi punya anak. Hal ini disebabkan pertumbuhan hormon yang tak
bisa ke testis, hingga larinya ke payudara. Jadi, testis biasanya ada tapi
kecil. Pun vaginanya sangat kecil dan cetek.
7. Sumber Mutasi
Mutagen dapat berupa faktor kimia. Beberapa macam zat kimia yang
mempengaruhi susunan DNA dan mempengaruhi jalanya replikasi DNA
disebut zat-zat mutagenik. Zat tersebut misalnya asam nitrat dan
trurnannya yang dapat mengubah sitosin di dalam DNA menjadi urasil
dengan mekanisme deaminasi. Akibatnya basa berpasangan secara
acak. Selain itu, ada faktor dari radiasi pengionisasi (sinar X)
menghasilkan gugus kimia yang reaktif yang disebut radikal bebas.
Radikal tersebut dapat mengubah basa-basa nitrogen di dalam DNA
menjadi tidak dapat dikenali oleh DNA polimerase. Radikal tersebut
dapat memutus ikatan antara gula dan fosfat yang menyebabkan
abnormalitas kromosom.
8. Pengaruh Mutasi
Mutasi dapat menjadi menguntungkan, mutasi yang menguntungkan
adalah terdapat varietas baruyang lebih unggul, baik hewan maupun
tumbuhan. Mutasi dapat merugikan juga, munulnya kelainan-kelainan
genetik.
9. Pengertian Rekombinasi DNA
Proses menyambungkan DNA disebut rekombinasi DNA.Karena tujuan
rekombinasi DNA adalah untuk menyambungkan gen yang ada di
20

dalam DNA maka disebut juga rekombinasi gen. Rekombinasi DNA

terbagi menjadi:
a. Alami : konjugasi (pindah silang), transduksi, transformasi
1)
Konjugasi merupakan merupakan perpindahan DNA dari satu sel
(sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya (sel resipien) melalui kontak
fisik antara kedua sel.
2)
Transformasi merupakan pengambilan DNA oleh bakteri dari
lingkungan di sekelilingnya. Ingat: Griffith (1928), Avery dkk (1944)
3)
Transduksi adalah cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam
sel lainnya melalui perantaraan fage.
DNA yang masuk ke dalam sel bakteri selanjutnya dapat ber-integrasi
dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk kromosom
rekombinan.
b. Buatan
: penyambungan DNA secara in vitro
Alasan dapat dilakukan rekombinasi DNA
1) Struktur DNA semua spesies sama
2) DNA dapat disambung-sambungkan
3) Ditemukan enzim pemotong dan penyambung
4) Gen dapat terekspresi di sel apa pun
10.
Faktor-faktor DNA Rekombinan
a. Enzim

Enzim pemotong

Enzim pemotong dikenal dengan nama enzim restriksi endonuklease

Fungsi enzim ini adalah untuk memotong-motong benang DNA yang
panjang menjadi pendek agar dapat disambung-sambungkan kembali

Enzim penyambung

Nama lain dari enzim penyambung adalah enzim ligase

Enzim ligase berfungsi menyambung untaian-untaian nukleotida
Beberapa enzim restriksi endonuclease dan tempat pemotongannya
1. Sifat enzim ligase: Ligase DNA tidak dapat menyambungkan DNA
untai tunggal, jadi hanya bisa digunakan pada DNA rangkap karena
mengkatalisis ikatan fosfodiester antara dua rantai DNA
2.

vector: DNA yang akan diklonigkan membutuhkan alat transportasi

untuk menuju tempat pembiakannya, alat transportasi disebut
21

wahana

kloning

atau

vector

Vektor yang digunakan biasanya berupa plasmid.

3. Agen/sel target
Agen / sel target yang digunakan biasanya berupa mikroba, umunya
bakteri.

Contohnya

E.

coli

Bakteri

yang

telah

diinfeksi

memperbanyak plasmid titipan ketika bereproduksi

4. Alasan pemilihan bakteri untuk rekombinasi DNA
Daya reproduksi bakteri tinggi dan cepat sehingga diperoleh jumlah
keturunan ynag banyak dalam waktu singkat.Merupakan mikroba
yang mengandung banyak plasmid.Tidak mengandung gen yang
membahayakan.
11.

Proses Rekombinasi DNA

Para penderita diabetes melitus (kencing manis) membutuhkan

asupan insulin Gen insulin manusia dari pulau Langerhans diambil

kemudian disambungkan ke dalam plasmid bakteri yang sudah dipotong
oleh enzim restriksi endonuklease membentuk kimera (DNA rekombinan)
Kimera dimasukkan ke dalam agen (E. coli) dan disambungkan dengan
bantuan enzim ligase untuk dikembangbiakkan.
D. REKAYASA GENETIKA

Rekayasa

genetika Rekayasa

genetika

merupakan

suatu

cara

memanipulasikan gen untuk menghasilkan makhluk hidup baru dengan

sifat yang diinginkan. Rekayasa genetika disebut juga pencangkokan gen
atau rekombinasi DNA. Dalam rekayasa genetika digunakan DNA untuk
menggabungkan sifat makhluk hidup. Hal itu karena DNA dari setiap
makhluk

hidup

mempunyai

struktur

yang

sama,

sehingga

dapat

direkomendasikan. Selanjutnya DNA tersebut akan mengatur sifat-sifat

makhluk

hidup

secara

turun-temurun.

Obyek

rekayasa

genetika

mencakup hampir semua golongan organisme, mulai dari bakteri, fungi,

hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi, hingga tumbuh-tumbuhan.
Bidang kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di bidang
22

yang relatif baru ini. Sementara itu bidang lain, seperti ilmu pangan,
kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan perikanan),
serta

teknik

lingkungan

juga

telah

melibatkan

ilmu

ini

untuk

mengembangkan bidang masing-masing.

Ilmu terapan ini dapat dianggap sebagai cabang biologi maupun
sebagai ilmu-ilmu rekayasa (keteknikan). Dapat dianggap, awal mulanya
adalah dari usaha-usaha yang dilakukan untuk menyingkap material
yang diwariskan dari satu generasi ke generasi yang lain. Ketika orang
mengetahui bahwa kromosom adalah material yang membawa bahan
terwariskan itu (disebut gen) maka itulah awal mula ilmu ini. Tentu saja,
penemuan struktur DNA menjadi titik yang paling pokok karena dari
sinilah orang kemudian dapat menentukan bagaimana sifat dapat diubah
dengan mengubah komposisi DNA, yang adalah suatu polimer bervariasi.
Tahap-tahap penting berikutnya adalah serangkaian penemuan enzim
restriksi (pemotong) DNA, regulasi (pengaturan ekspresi) DNA (diawali
dari penemuan operon laktosa pada prokariota), perakitan teknik PCR,
transformasi genetik, teknik peredaman gen (termasuk interferensi RNA),
dan teknik mutasi terarah (seperti Tilling). Sejalan dengan penemuanpenemuan

penting

itu,

perkembangan

di

bidang

biostatistika,

bioinformatika dan robotika/automasi memainkan peranan penting dalam

kemajuan dan efisiensi kerja bidang ini.
Untuk mengubah DNA sel dapat dilakukan melalui banyak cara,
misalnya melalui transplantasi inti, fusi sel, teknologi plasmid, dan
rekombinasi DNA. Rekayasa genetika merupakan salah satu penerapan
dari bioteknologi yang paling banyak dimanfaatkan manusia.
2. Transplantasi inti
Transplantasi inti adalah pemindahan inti dari suatu sel ke sel yang
lain agar didapatkan individu baru dengan sifat sesuai dengan inti
yang diterimanya. Transplantasi inti pernah dilakukan terhadap sel
katak. Inti sel yang dipindahkan adalah inti dari sel-sel usus katak
yang bersifat diploid. Inti sel tersebut dimasukkan ke dalam ovum
tanpa inti, sehingga terbentuk ovum dengan inti diploid. Setelah diberi
23

inti baru, ovum membelah secara mitosis berkali-kali sehingga

terbentuklah morula yang berkembang menjadi blastula. Blastula
tersebut selanjutnya dipotong-potong menjadi banyak sel dan diambil
intinya. Kemudian inti-inti tersebut dimasukkan ke dalam ovum tanpa
inti yang lain. Pada akhirnya terbentuk ovum berinti diploid dalam
jumlah banyak. Masing-masing ovum akan berkembang menjadi
individu baru dengan sifat dan jenis kelamin yang sama.
3. Fusi sel
Fusi sel adalah peleburan dua sel baik dari spesies yang sama
maupun berbeda supaya terbentuk sel bastar atau hibridoma. Fusi sel
diawali oleh pelebaran membran dua sel serta diikuti oleh peleburan
sitoplasma (plasmogami) dan peleburan inti sel (kariogami). Manfaat
fusi sel, antara lain untuk pemetaan kromosom, membuat antibodi
monoklonal, dan membentuk spesies baru. Di dalam fusi sel
diperlukan adanya:

sel sumber gen (sumber sifat ideal)

sel wadah (sel yang mampu membelah cepat)

fusigen (zat-zat yang mempercepat fusi sel)

4. Teknologi plasmid
Plasmid adalah lingkaran DNA kecil yang terdapat di dalam sel bakteri
atau ragi di luar kromosomnya. Sifat-sifat plasmid, antara lain:
1) merupakan molekul DNA yang mengandung gen tertentu;
2) dapat beraplikasi diri;
3) dapat berpindah ke sel bakteri lain;
4) sifat plasmid pada keturunan bakteri sama dengan plasmid induk.
Karena sifat-sifat tersebut di atas plasmid digunakan sebagai vektor
atau pemindah gen ke dalam sel target.
5. Rekombinasi DNA
Rekombinasi DNA adalah proses penggabungan DNA-DNA dari sumber
yang berbeda. Tujuannya adalah untuk menyambungkan gen yang
ada di dalamnya. Oleh karena itu, rekombinasi DNA disebut juga

24

rekombinasi gen. Rekombinasi DNA dapat dilakukan karena alasanalasan sebagai berikut.

Struktur DNA setiap spesies makhluk hidup sama.

DNA dapat disambungkan

E. FERMENTASI DAN PRODUKNYA

1. Pengertian Fermentasi
Kata fermentasi berasal dari Bahasa Latin yang berarti merebus . Arti kata dari Bahasa
Latin tersebut dapat dikaitkan atau kondisi cairan bergelembung atau mendidih.
Keadaan ini disebabkan adanya aktivitas ragi sepenuhnya ekstraksi buah-buahan atau
biji-bijian. Gelembung gelembung karbondioksida dihasilkan dari katabolisme
anaerobik terhadap kandungan gula.

Untuk beberapa lama fermentasi terutama

dihubungkan atau karbohidrat, bahkan sampai sekarang pun masih sering digunakan.
Sepenuhnya hal arti fermentasi tersebut lebih luas lagi, menyangkut juga perombakan
protein dan lemak oleh aktivitas mikroorganisme. Dari uraian tersebut dapat disarikan
bahwa fermentasi mempunyai arti suatu proses terjadinya perubahan kimia sepenuhnya
suatu substrat organik melalui aktivitas enzim yang dihasilkan oleh mikroorganisme.
Gula adalah bahan yang umum dalam fermentasi. Beberapa contoh hasil fermentasi
adalah etanol, asam laktat, dan hidrogen. Akan tetapi beberapa komponen lain dapat
juga dihasilkan dari fermentasi seperti asam butirat dan aseton. Ragi dikenal sebagai
bahan yang umum digunakan dalam fermentasi untuk menghasilkan etanol dalam bir,
anggur dan minuman beralkohol lainnya. Respirasi anaerobik dalam otot mamalia
selama kerja yang keras (yang tidak memiliki akseptor elektron eksternal), dapat
dikategorikan sebagai bentuk fermentasi yang mengasilkan asam laktat sebagai produk
sampingannya. Akumulasi asam laktat inilah yang berperan dalam menyebabkan rasa
kelelahan pada otot.
2. Jenis-jenis fermentasi.
Fermentasi ada tiga, yaitu :
1) Fermentasi alkohol
Fermentasi alkohol merupakan suatu reaksi pengubahan glukosa menjadi etanol
(etil alkohol) dan karbondioksida. Organisme yang berperan yaitu Saccharomyces
cerevisiae (ragi) untuk pembuatan tape, roti atau minuman keras.
Reaksi Kimia:
25

C6H12O6> 2 C2H5OH + 2 CO2 + 2 H2O + 2 ATP

2) Fermentasi asam laktat
Fermentasi asam laktat adalah respirasi yang terjadi pada sel hewan atau manusia,
ketika kebutuhan oksigen tidak tercukupi akibat bekerja terlalu berat. Di dalam sel
otot asam laktat dapat menyebabkan gejala kram dan kelelahan. Laktat yang
terakumulasi sebagai produk limbah dapat menyebabkan otot letih dan nyeri,
namun secara perlahan diangkut oleh darah ke hati untuk diubah kembali menjadi
piruvat.
Reaksi:
C6H12O6 > 2 Asam Piruvat> 2 Asam laktat + 2 ATP
3) Fermentasi asam cuka
Merupakan suatu contoh fermentasi yang berlangsung dalam keadaan aerob.
fermentasi ini dilakukan oleh bakteri asam cuka (acetobacter aceti) dengan substrat
etanol. Energi yang dihasilkan 5 kali lebih besar dari energi yang dihasilkan oleh
fermentasi alkohol secara anaerob.
Reaksi:
C6H12O6> 2 C2H5OH> 2 CH3COOH + H2O + 116 kal (glukosa)
c. Sumber energi dalam kondisi anaerobik
Fermentasi diperkirakan menjadi cara untuk menghasilkan energi pada organisme purba
sebelum oksigen berada pada konsentrasi tinggi di atmosfer seperti saat ini, sehingga
fermentasi merupakan bentuk purba dari produksi energi sel. Produk fermentasi
mengandung energi kimia yang tidak teroksidasi penuh tetapi tidak dapat mengalami
metabolisme lebih jauh tanpa oksigen atau akseptor elektron lainnya (yang lebih highlyoxidized) sehingga cenderung dianggap produk sampah (buangan).
Konsekwensinya adalah bahwa produksi ATP dari fermentasi menjadi kurang effisien
dibandingkan oxidative phosphorylation, di mana pirufat teroksidasi penuh menjadi
karbon dioksida. Fermentasi menghasilkan dua molekul ATP per molekul glukosa bila
dibandingkan dengan 36 ATP yang dihasilkan respirasi aerobik.

26

"Glikolisis aerobik" adalah metode yang dilakukan oleh sel otot untuk memproduksi
energi intensitas rendah selama periode di mana oksigen berlimpah. Pada keadaan rendah
oksigen, makhluk bertulang belakang (vertebrata) menggunakan "glikolisis anaerobik"
yang lebih cepat tetapi kurang effisisen untuk menghasilkan ATP. Kecepatan
menghasilkan ATP-nya 100 kali lebih cepat daripada oxidative phosphorylation.
Walaupun fermentasi sangat membantu dalam waktu pendek dan intensitas tinggi untuk
bekerja, ia tidak dapat bertahan dalam jangka waktu lama pada organisme aerobik yang
kompleks. Sebagai contoh, pada manusia, fermentasi asam laktat hanya mampu
menyediakan energi selama 30 detik hingga 2 menit. Tahap akhir dari fermentasi adalah
konversi piruvat ke produk fermentasi akhir. Tahap ini tidak menghasilkan energi tetapi
sangat penting bagi sel anaerobik karena tahap ini meregenerasi nicotinamide adenine
dinucleotide (NAD+), yang diperlukan untuk glikolisis. Ia diperlukan untuk fungsi sel
normal karena glikolisis merupakan satu-satunya sumber ATP dalam kondisi anaerobik.
F. KULTUR JARINGAN TANAMAN

1.

Pengertian Kultur Jaringan

Menurut Suryowinoto (1991), kultur jaringan dalam bahasa asing disebut sebagai tissue
culture. Kultur adalah budidaya dan jaringan adalah sekelompok sel yang mempunyai
bentuk dan fungsi yang sama. jadi, kultur jaringan berarti membudidayakan suatu
jaringan tanaman menjadi tanaman kecil yang mempunyai sifat seperti induknya. Kultur
jaringan (Tissue Culture) merupakan salah satu cara perbanyakan tanaman secara
vegetatif. Kultur jaringan merupakan teknik perbanyakan tanaman dengan cara
mengisolasi bagian tanaman seperti daun, mata tunas, serta menumbuhkan bagianbagian tersebut dalam media buatan secara aseptik yang kaya nutrisi dan zat pengatur
tumbuh dalam wadah tertutup yang tembus cahaya sehingga bagian tanaman dapat
memperbanyak diri dan bergenerasi menjadi tanaman lengkap. Prinsip utama dari teknik
kultur jaringan adalah perbayakan tanaman dengan menggunakan bagian vegetatif

2.

tanaman menggunakan media buatan yang dilakukan di tempat steril.

Prinsip Dasar Kultur Jaringan
Kultur jaringan merupakan suatu metode untuk mengisolasi bagian dari tumbuhan
seperti protoplasma, sekelompok sel, jaringan atau organ serta menumbuhkannya dalam
kondisi aseptik sehingga bagian-bagian tersebut dapat memperbanyak diri dan
beregenerasi menjadi tanaman lengkap kembali. Teori yang mendasari tehnik kultur
27

jaringan adalah teori sel oleh Schawann dan Scheleiden (1838) yang menyatakan sifat
totipotensi (total genetic potential) sel, yaitu bahwa setiap sel tanaman yang hidup
dilengkapi dengan informasi genetik dan perangkat fisiologis yang lengkap untuk
tumbuh dan berkembang menjadi tanaman utuh, jika kondisinya sesuai.
Manfaat Kultur Jaringan
1) Melestarikan sifat tanaman induk
2) Menghasilkan tanaman yang memiliki sifat sama
3) Menghasilkan tanaman baru dalam jumlah banyak dalam waktu yang singkat
4) Dapat menghasilkan tanaman yang bebas virus
5) Dapat dijadikan sarana untuk melestarikan plasma nutfah
6) Untuk menciptakan varietas baru melalui rekayasa genetika. Sel yang telah

3.

direkayasa dikembangkan melalui kultur jaringan sehingga menjadi tanaman baru

secara lengkap
7) Pelaksanaannya tidak tergantung pada musim.
4.
Kelemahan Kultur Jaringan
1) Diperlukan biaya awal yang relatif tinggi
2) Hanya mampu dilakukan oleh orang-orang tertentu, karena memerlukan keahlian
khusus
3) Bibit hasil kultur jaringan memerlukan proses aklimatisasi, karena terbiasa dalam
kondisi lembap dan aseptik.
Keuntungan Kultur Jaringan
1) Pengadaan bibit tidak tergantung musim
2) Bibit dapat diproduksi dalam jumlah banyak dengan waktu yang relatif lebih cepat

5.

(dari satu mata tunas yang sudah respon dalam 1 tahun dapat dihasilkan minimal
3)
4)
5)
6)

10.000 planlet/bibit)
Bibit yang dihasilkan seragam
Bibit yang dihasilkan bebas penyakit (menggunakan organ tertentu)
Biaya pengangkutan bibit relatif lebih murah dan mudah
Dalam proses pembibitan bebas dari gangguan hama, penyakit, dan deraan

lingkungan lainnya
7) Dapat diperoleh sifat-sifat yang dikehendaki
8) Metabolit sekunder tanaman segera didapat tanpa perlu menunggu tanaman dewasa
6. Tahapan yang dilakukan dalam perbanyakan tanaman dengan teknik kultur jaringan
a. Pemilihan dan Penyiapan Tanaman Induk Sumber Eksplan
Tanaman tersebut harus jelas jenis, spesies, dan varietasnya serta harus sehat dan
bebas dari hama dan penyakit. Tanaman indukan sumber eksplan tersebut harus
dikondisikan dan dipersiapkan secara khusus di rumah kaca atau greenhouse agar
eksplan yang akan dikulturkan sehat dan dapat tumbuh baik serta bebas dari sumber
kontaminan pada waktu dikulturkan secara in-vitro.
28

b. Inisiasi Kultur
Tujuan utama dari propagasi secara in-vitro tahap ini adalah pembuatan kultur dari
eksplan yang bebas mikroorganisme serta inisiasi pertumbuhan baru (Wetherell,
1976). ini mengusahakan kultur yang aseptik atau aksenik. Aseptik berarti bebas
dari mikroorganisme, sedangkan aksenik berarti bebas dari mikroorganisme yang
tidak diinginkan. Dalam tahap ini juga diharapkan bahwa eksplan yang dikulturkan
akan menginisiasi pertumbuhan baru, sehingga akan memungkinkan dilakukannya
pemilihan bagian tanaman yang tumbuhnya paling kuat,untuk perbanyakan
(multiplikasi) pada kultur tahap selanjutnya (Wetherell, 1976).
c. Sterilisasi
Sterilisasi adalah bahwa segala kegiatan dalam kultur jaringan harus dilakukan di
tempat yang steril, yaitu di laminar flow dan menggunakan alat-alat yang juga
sterail. Sterilisasi juga dilakukan terhadap peralatan, yaitu menggunakan etanol
yang disemprotkan secara merata pada peralatan yang digunakan. Teknisi yang
melakukan kultur jaringan juga harus steril.
d. Multiplikasi atau Perbanyakan Propagul
Tahap ini bertujuan untuk menggandakan propagul atau bahan tanaman yang
diperbanyak seperti tunas atau embrio, serta memeliharanya dalam keadaan tertentu
sehingga sewaktu-waktu bisa dilanjutkan untuk tahap berikutnya. Pada tahap ini,
perbanyakan dapat dilakukan dengan cara merangsang terjadinya pertumbuhan
tunas cabang dan percabangan aksiler atau merangsang terbentuknya tunas pucuk
tanaman secara adventif, baik secara langsung maupun melalui induksi kalus
terlebih dahulu. Seperti halnya dalam kultur fase inisiasi, di dalam media harus
terkandung mineral, gula, vitamin, dan hormon dengan perbandingan yang
dibutuhkan secara tepat (Wetherell, 1976). Hormon yang digunakan untuk
merangsang pembentukan tunas tersebut berasal dari golongan sitokinin seperti
BAP, 2-iP, kinetin, atau thidiadzuron (TDZ).
e. Pemanjangan Tunas, Induksi, dan Perkembangan Akar
Tujuan dari tahap ini adalah untuk membentuk akar dan pucuk tanaman yang cukup
kuat untuk dapat bertahan hidup sampai saat dipindahkan dari lingkungan in-vitro
ke lingkungan luar. Dalam tahap ini, kultur tanaman akan memperoleh
ketahanannya terhadap pengaruh lingkungan, sehingga siap untuk diaklimatisasikan
(Wetherell, 1976). Tunas-tunas yang dihasilkan pada tahap multiplikasi di

29

pindahkan ke media lain untuk pemanjangan tunas. Media untuk pemanjangan

tunas mengandung sitokinin sangat rendah atau tanpa sitokinin. Tunas tersebut
dapat dipindahkan secara individu atau berkelompok. Pemanjangan tunas secara
berkelompok lebih ekonomis daripada secara individu. Setelah tumbuh cukup
panjang, tunas tersebut dapat diakarkan. Pemanjangan tunas dan pengakarannya
dapat dilakukan sekaligus atau secara bertahap, yaitu setelah dipanjangkan baru
diakarkan. Pengakaran tunas in-vitro dapat dilakukan dengan memindahkan tunas
ke media pengakaran yang umumnya memerlukan auksin seperti NAA atau IBA.
Keberhasilan tahap ini tergantung pada tingginya mutu tunas yang dihasilkan pada
tahap sebelumnya.
f. Aklimatisasi
Dalam proses perbanyakan tanaman secara kultur jaringan, tahap aklimatisasi
planlet merupakan salah satu tahap kritis yang sering menjadi kendala dalam
produksi bibit secara masal. Pada tahap ini, planlet atau tunas mikro dipindahkan ke
lingkungan di luar botol seperti rumah kaca , rumah plastik, atau screen house
(rumah kaca kedap serangga). Proses ini disebut aklimatisasi. Aklimatisasi adalah
proses pengkondisian planlet atau tunas mikro (jika pengakaran dilakukan secara
ex-vitro) di lingkungan baru yang aseptik di luar botol, dengan media tanah, atau
pakis sehingga planlet dapat bertahan dan terus menjadi bibit yang siap ditanam di
lapangan. Prosedur pembiakan dengan kultur jaringan baru bisa dikatakan berhasil
jika planlet dapat diaklimatisasi ke kondisi eksternal dengan keberhasilan yang
7.

tinggi.
Macam-Macam Kultur Jaringan
1) Kultur meristem, menggunakan jaringan (akar, batang, daun) yang muda atau
meristematik
2) Kultur anter, menggunakan kepala sari sebagai eksplan
3) Kultur embrio, menggunakan embrio. Misalnya pada embrio kelapa kopyor yang
sulit dikembangbiakan secara alamiah
4) Kultur protoplas, menggunakan sel jaringan hidup sehingga eksplan tanpa dinding
5) Kultur kloroplas, menggunakan kloroplas. Kultur ini biasanya untuk memperbaiki
atau membuat varietas baru
6) Kultur polen, menggunakan serbuk sari sebagai eksplannya.

30