DNA sebagai materi genetic yang selalu mengalami berbagai reaksi kimia dan selalu

melakukan kopi DNA. Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi DNA yang dapat terjadi
pada saat proses replikasi DNA. Untuk menstabilkan hal tersebut maka DNA memiliki
kemampuan untuk memperbaiki (repair) kesalahan yang terjadi pada dirinya sendiri. Jika
mutasi DNA yang terjadi cukup banyak dan DNA tidak sempat untuk memperbaiki (repair)
dirinya sendiri maka akan terjadi kelainan ekspresi genetic bahkan menyebabkan terjadinya
penyakit genetik. Konsumsi makanan yang bergizi serta istirahat yang cukup memungkinkan
tubuh untuk dapat melakukan repair DNA.

DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami kerusakan /
kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal, radiasi dengan sinar
UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya kesalahan dalam replikasi
DNA. Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular secara garis besar disesuaikan
dengan jenis kerusakan yang tentu saja terkait erat dengan jenis factor penyebabnya. Sel-sel
menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA untuk memperbaiki kesalahan-
kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan dapat terjadi saat aktivitas selular
normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran untuk berbagai kerusakan: baik eksternal
agent maupun secara spontan.

Apabila ada kesalahan / kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :

1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun apabila
kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk
beralih ke pilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang fatal
maka akan  dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang buruk bagi
lingkungan sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan meneruskan
perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis) G2 (Gap 2) dan M
(Mitosis).

Proses perbaikan DNA itu harus melibatkan berbagai macam komponen, yang sangat
berperan penting dalam mekanisme perbaikan DNA tersebut. Komponen-komponen yang
terlibat dalam mekanisme perbaikan DNA dapat dijelaskan secara rinci pada penjelasan
berikut ini.

Komponen yang Terlibat dalam Proses DNA Repair

Repair system Enzim/protein Repair sistem Enzim/protein

DNA glycosylase Dam metilase
AP Endonuklease MutS,MutL,MutH
Base excision
DNA Polymerase I Exonuclease
DNA ligase mismatch DNA Helicase II
UVrA,UVrB,UVrC SSB Protein
Nucleotid exicion DNA polymerase I DNA plomerase III
DNA Ligase DNA Ligase

Mekanisme DNA repair

Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan  menjadi 3 yaitu :

1. Demage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan cara

perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA yang rusak
oleh sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada bakteri E. Coli enzim
itu dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada suatu segmen pirimidin (timin
dan sitosin) yang telah berpasangan (dimer) pada suatu struktur DNA, akan
mengaktifkan suatu proses perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim
fotoreaktif akan memutuskan ikatan hydrogen tetapi tanpa memutuskan ikatan
fosfodiester antar nukleotida. Perubahan urutan akan diperbaiki dengan pergantian
sesame nukleotida dengan basa pirimidin, dan akan diikuti proses penangkupan
kembali celah yang semula tercipta.
2. Demage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau
penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision repair diawali dengan proses
pengidentifikasian ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA dalam suatu proses
pengawasan yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim
tersebut akan menginisiasi proses pemisahan DNA heliks utas ganda menjadi suatu
segmen utas tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan pertautan kembali antara dua
utas tunggal tersebut untuk kembali menjadi bagian dari heliks utas ganda, dengan
perantaraan enzim DNA ligase.
3. Demage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan tidak
dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang terotong adalah
kedua strand. Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan kesalahan (error-phone)
yang memprbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA tanpa mengembalikan sekuens
basa awal. Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh kerusakan DNA dalam tingkat tinggi.
Pada bakteri E. Coli, system tersebut diatur oleh gen-gen recA dan umu yang
dihipotesiskan mengubah fidelitas (ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose
situ, polymerase melakukan replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga
memungkinkan sel untuk bertahan hidup atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas
melalui seluruh kerusakan DNA, besar kemungkinan sel itu mengandung satu atau
lebih mutasi.

Ada 3 tipe demage removal yaitu :

(a) Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang lain. Basa-basa
DNA dapat dirusak melalui deaminasi. Tempat kerusakan basa tersebut dinamakan
dengan”Abasic site” atau “AP site”. Pada E.coli enzim DNA glycosilase dapat mengenal AP
site dan membuang basanya. Kemudian AP endonuklease membuang AP site dan Nukleotida
sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA Polymerase I dan DNA Ligase.
DNA polymerase I berperan didalam mensintesis atau menambahkan pasangan basa yang
sesuai dengan pasangannya.sedangkan DNA Ligase berperan dalam menyambungkan
pasangan basa yang telah disintesis oleh DNA polymerase I.

(b)Nucleotide excision repair, adalah  memotong pada  bagian / salah  satu  segmen DNA,
dari DNA yang  mengalami kerusakan. Kerusakan nukleotida yang disebabkan oleh sinar
UV, sehingga terjadi kesalahan pirimidin dimer (kesalahan dua basa tetangga). Pada E. Coli
terdapat protein yang terlibat dalam proses pembuangan atau pemotongan DNA yang
mengalami kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB, UVrC, setelah protein tersebut
mengenali kesalahan, maka nukleotida yang rusak tersebut dihilangkan (dipotong) sehingga
terjadi kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut. Selanjutnya untuk mengisi
kekosongan tersebut maka RNA polymerase I mensintesis nukleotida yang baru untuk
dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan tadi, tentu saja dengan bekerja
sama dengan DNA ligase dalam proses penyambungan segmen DNA tersebut.

(c) Mismatch repair. Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi
ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA polymerase sendirilah yang melakukan
perbaikan salah pasang. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya
begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang
pasangannya tidak benar, polymerase memindahkan nukleotida tersebut kemudian
melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini mirip dengan mengoreksi kesalahan pada
pengolah kata dengan menggunakan tombol “delete” dan kemudian menuliskan kata yang
benar). Protein-protein lain selain DNA polymerase juga melakukan perbaikan salah pasang.
Para peneliti mempertegas pentingnya protein-protein tersebut ketika mereka menemukan
bahwa suatu cacat herediter pada salah satu dari protein-protein ini terkait dengan salah satu
bentuk   dari kanker usus besar. Rupanya cacat ini mengakibatkan kesalahan penyebab
kanker  yang berakumulasi di dalam DNA. Pada intinya mekanisme perbaikan mismatch ini
mendeteksi terlebih dahulu pasangan basa yang tidak “cocok (matched)” atau tidak
berpasangan dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau mismatch dapat terjadi saat
replikasi ataupun rekombinasi DNA, dimana untuk memperbaiki basa yang tidak
berpasangan, terlebih dahulu harus diketahui pasangan basa mana yang mengalami kesalahan
basa pada untai DNA. Caranya segmen DNA yang membawa basa yang salah dibuang,
sehingga terdapat celah (gap) di dalam untai DNA. Selanjutnya dengan bantuan enzim
polymerase celah ini akan diisi oleh segmen baru yang membawa basa yang telah diperbaiki,
yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim ligase.

Isnada (kamriani ramli).2011.DNA REPAIR.diperoleh pada 14 januari 2020 dari

https://kamriantiramli.wordpress.com/2011/04/26/dna-repair/
                                                        
   Base Excision Repair
                                           

Nucleotide Excision Repair

                                         
Mismatch Repair