MUTASI DNA DAN DNA REPAIR

PENDAHULUAN

DNA dapat mengalami perubahan atau kerusakan

yang disebabkan oleh faktor lingkungan, yaitu
kerusakan DNA dan mutasi.
Kerusakan DNA merupakan abnormalitas fisik DNA, seperti
patahnya untai tunggal dan ganda.
Kerusakan DNA dapat dikenali oleh enzim dan dapat
diperbaiki.
Jika sebuah sel tetap mempertahankan kerusakan
DNA, transkripsi gen akan dicegah dan translasi
akan terhalang, bahkan sel akan mati.
Mutasi adalah perubahan urutan basa dari
molekul DNA. Muttasi tidak dapat dikenali oleh
enzim sehingga tidak dapt diperbaiki.
Pada tingkat sel,mutasi dapat mengakibatkan
perubahan fungsi protein dan regulasi
Agar mutasi tidak dapat menyebabkan perubahan
sifat, maka DNA perlu diperbaiki dan direparasi.
 KERUSAKAN DAN MUTASI DNA

Sumber kerusakan DNA dibagi menjadi dua, yiatu

kerusakan endogen dan kerusakan eksogen.

Kerusakan endogen terjadi akibat oksigen reaktif

yang berasal dari hasil samping metabolisme
khusunya proses deaminasi oksidatif.

Kerusakan endogen dibagi menjadi empat macam,

yaitu oksidasi basa, alkalisasi basa, misalnya metilasi,
hidrolisis basa (deaminasi, depurinasi, dan
deprimidinasi) dan mismatch atau salah pasang.
Kerusakan eksogen disebabkan oleh agen eksternal,
misalnya radiasi UV, sinar X, sinar gama, gangguan
hidrolisis, senyawa metagenik.
Sinar UV-B: menyebabkan terbentuknya ikatan silang antar basa
sitosin dan timin dan menjadinak pirimidin dimer.

Sinar UV-A: menyebabkan terbentuknya radikal bebas, khusunya

bila radikal bebas bila tabir surya menembus kedalam kulit.

Radiasi ionik misalnya kerusakan oleh radioaktif atau sinar

kosmik yang menyebakan untaian DNA rusak.

Pemanasan, kenaikan suhu akan meningkatkan angka depurinasi

dan kerusakan pita tunggal.

Senyawa kimia industri seperti vinil klorida dan hidrogen

perioksida menjadikan adisi pada DNA.
Replikasi DNA dari molekul DNA yang rusak sebelum
pembelahan sel memicu penggabungan basa yang salah
pada molekul DNA yang rusak. Sel anak yang mewarisi basa
yang salah membawa mutasi dari urutan basa DNA asli,
tidak dapat dipulihkan kembali kecuali pada kasus mutasi
balik.

Mutasi merupakan sumber utama dari semua

variasi genetik.
Namun tidak semua mutasi menguntungkan, mutasi bisa
menyebabkan penyakit.
Mutasi digolongkan menurut perubahan-
perubahan yang terjadi pada struktur gen, yaitu:

Mutasi titik: mutasi yang terjadi pada unit gen paling

kecil yakni pada satu pasang nukleotida.

Mutasi banyak basa: mutasi yang terjadi pada beberapa

pasang nukleotida.

Mutasi pada segmen DNA sehingga dapt mngubah

struktur kromosom (abrasi kromosom)
Mutasi gen dapat terjadi melalui beberapa cara,
antara lain penggantian basa atau substitusi basa,
penambahan atau penyisipan basa, dan
pengurangan basa.

Mutasi substitusi basa dikenal ada dua macam, yaitu transisi

dan transversi.
Transisi adalah mutasi yang disebabkan oleh penggantian
basa sejenis.
Transversi: mutasi yang disebabkan oleh pergantian basa
yang tidak sejenis.
Mutasi silent
GTT GTC GTG GTA = valin
Mutasi ini tidak menimbulkan perubahan asam amino
yang menyusun polinukleotida.

Mutasi missens (mutasi salah arti)

DNA normal : ATG GCA ATT GCT TTT TTA CGT AAC CCG
Asam amino: Met-ala –ile-ala - phe-leu-arg -asr-pro
DNA mutan : ATT GCA ATT GCT TTT TCA CGT AAC CCG
Asam amino: Met-ala –ile-ala - phe- ser -arg -asr-pro
Mutasi nonsens (mutasi tak berarti)
DNA normal : ATG GCA ATT GCT TTT TTA CGT AAC CCG
Asam amino: Met-ala –ile-ala - phe-leu-arg -asr-pro
DNA mutan : ATT GCA ATT GCT TTT TGA CGT AAC CCG
Asam amino: Met-ala –ile-ala - phe- ser -arg -asr-pro
Mutasi ini menyebabkan munculnya kodon stop yang
menghentikan proses sintensis protein.

Mutasi penambahan/penyisisipan basa=adisi

DNA normal DNA mutan basa G menyisipi
AGA GTC TTC AGA GGT CTT C
Ser gln lis ser pro aglu
Mutasi pengurangan basa = delesi
DNA normal DNA mutan basa G menyisipi
AGA GTC TTC AGA GGT TC
Ser gli lis ser arg ser

Gambaran
terjadinya mutasi
ketika HNO2 hadir
pada saat replikasi
DNA
 Mekanisme perbaikan
• Kelainan/kerusakan DNA  suatu sinyal untuk
melakukan perbaikan DNA

• Dapat digolongkan menjadi:

 Perbaikan langsung (direct repair)
mengembalikan DNA ke struktur normal
tanpa merusak ‘tulang punggung’ DNA
 Perbaikan eksisi (excision repair)
menyingkirkan DNA yang rusak, diikuti
oleh sintesis DNA pengganti

12
Perbaikan langsung (direct repair)

a. Fotoreaktivasi
Memperbaiki dimer timin akibat radiasi UV
Dikatalisis oleh enzim fotoliase
Fotoliase terikat pada dimer timin  menggunakan energi cahaya tampak
untuk memecah ikatan antar timin
b. Dealkilasi
Memperbaiki basa DNA yang mengalami alkilasi
(penambahan gugus alkil)
O6-alkilguanin diperbaiki oleh enzim
O6-alkilguanin-DNA-alkiltransferase

13
Light-Dependent
Repair/Fotoreaktivasi:
Photolyase Cleaves
Thymine Dimers

14
 Perbaikan eksisi

• Perbaikan eksisi (excision repair)

• Ada 3 tipe:
– Nucleotide excision repair (NER)  memperbaiki
distorsi DNA
– Base excision repair (BER)  memperbaiki lesi
DNA yang melibatkan hanya satu basa nukleotida
– Mismatch repair

15
Jenis perbaikan eksisi

16
 PERBAIAKN MELALUI PROSES BER

Mekanisme BER digunakan untuk memperbaiki

kerusakan pada satu basa nukleotida
Basa yang rusak akan dipotong oelh enzim dan
digantikan dengan sintesa perbaikan.
BER merupakan mekanisme perbaikan DNA dengan
karakteristik adanya eksisi basa dalam bentuk bebas.
Secara umum BER meliputi empat tahapan, yaitu (1)
pengenalan bagian DNA yang rusak dan inisiasi, (2)
eksisi, (3) sintensis perbaiakn dan (4) ligasi
Deaminasi Cytosine menjadi Uracil

from Alberts et al., Molecular Biology of the Cell, 4 th ed., Fig 5-47

Cytosine is deaminated to uracil at a rate of 100-500/cell/day

Uracil is excised by uracil-DNA-glycosylase to form AP site

18
19
Sumber: goole.com
 PERBAIAKN MELALUI PROSES NER

NER dicirikan dengan adanya eksisi basa yang rusak

dalam fragmen oligonukleotida. NER bekerja dalam
sprectum yang luas dari kerusakan basa.
Pada manusi mekanisme NER bekerja pada
kerusakan basa yang disebabkan oleh radiasi UV.
Perbaikan nukleotida ( terbentuknya dimer karena sinar UV)
Tahap :
1.protein UvrA, UvrB, dan UvrC membuang
nukleotida
2.kekosongan akan diisi dengan bantuan enzim DNA
polymerase I dan DNA ligase
22
Nucleotide excision repair
(NER) of pyrimidine dimer
and other damage
induced distortions of
DNA.

23
 PERBAIAKN MELALUI PROSES MR

MR pada DNA terjadi karena beberapa faktor,

namun yang paling penting karen terjadi kesalahan
dalam proses replikasi.
Kekeliruan pasangan basa (mismatch base pair)
dapat terjad karena adanya deaminasi 5-
metilsitosin yang berakibat terjadinya perubahan
G-5mC menjadi G-T.
 Sumber:
Friedbreg, 1996
DEFISIENSI REPAIR DAN PENYAKIT

Sumber: diktat biomol

Don’t let this happen to you!!

27
06_27_humans_whales.jpg

28