MEKANISME

PERBAIKAN DNA
Kelompok 1:

❑ HIKMAH AL MAUN (1910305035)

❑ WAHYU PUTRIAMBAR ARUM (1910305045)
❑ MUHAMMAD TAUFIQURROHMAN (1910305047)
 MEKANISME PERBAIKAN DNA
Ecoli memiliki lima mekanisme yang dicirikan dengan
baik untuk perbaikan cacat dalam DNA:

01 02 03
Perbaikan atau
fotoreaktivasi yang Perbaikan eksisi Ketidakcocokan
bergantung pada perbaikan
cahaya

04 05
Sistem perbaikan
Perbaikan rawan kesalahan (SOS
pascareplikasi tanggapan)
Lanjutan

Mamalia memiliki semua mekanisme

perbaikan ditemukan pada E. coli kecuali
fotoreaktivasi. Karena kebanyakan sel
mamalia melakukannya tidak memiliki
akses ke cahaya, fotoreaktivasi akan
menjadi nilai yang relatif kecil bagi
mereka.
Perbaikan Tergantung Cahaya

Perbaikan atau fotoreaktivasi DNA

yang bergantung pada cahaya pada
bakteri dilakukan oleh aktivasi cahaya
enzim yang disebut DNA fotoliase.
DNA fotoliase mengenali dan
mengikat dimer timin dalam DNA,
dan menggunakan energi cahaya
untuk memotong ikatan silang
kovalen (Gambar 13.25).
 Perbaikan Eksi
Perbaikan eksisi DNA yang rusak melibatkan setidaknya tiga langkah:

A B C
Perbaikan DNA DNA polimerase enzim DNA ligase
endonuklease atau mengisi celah menutup celah
kompleks enzim
Yaitu dengan Yaitu yang ditinggalkan
Mengandung endonuklease menggunakan untai oleh DNA polimerase
mengenali, mengikat, dan komplementer DNA untuk melengkapi
mengeluarkan basa atau yang tidak rusak proses perbaikan.
basa yang rusak dalam sebagai template.
DNA.
Terdapat dua jenis
utama perbaikan
eksisi:
 01
sistem perbaikan eksisi dasar
menghilangkan basa abnormal
atau yang dimodifikasi secara
kimia dari DNA. Perbaikan
eksisi dasar dapat dimulai oleh
salah satu kelompok enzim
disebut DNA glikosilase yang Perbaikan eksisi dasar
mengenali basa abnormal
dalam DNA.

Perbaikan eksisi nukleotida.
02
perbaikan eksisi menghilangkan cacat
yang lebih besar seperti dimer timin.
Perbaikan eksisi nukleotida
menghilangkan lesi yang lebih besar
seperti dimer timin dan basa dengan
kelompok samping yang besar dari
DNA. Perbaikan eksisi nukleotida pada
manusia terjadi melalui jalur yang mirip
dengan satu di E. coli, tetapi melibatkan
sekitar empat kali lebih banyak
proteinsedangkan nukleotida jalur.
Mekanisme Perbaikan Dna Lainnya
Pada bakteri, perbedaan ini
dapat dibuat berdasarkan pola
Ketidakcocokan sering metilasi pada bakteri baru DNA
melibatkan empat basa yang direplikasi. Dalam E. coli, A
normal dalam DNA. dalam urutan GATC dimetilasi
Misalnya, T mungkin tidak setelah perpaduan. Dengan
berpasangan dengan G. demikian, interval waktu terjadi
Karena T dan G adalah selama untai cetakan dimetilasi,
komponen normal DNA, dan untai yang baru disintesis
sistem perbaikan tidak termetilasi. Sistem
ketidakcocokan perbaikan ketidakcocokan
memerlukan beberapa menggunakan perbedaan dalam
cara untuk menentukan keadaan metilasi ini untuk
apakah T atau G adalah mengeluarkan nukleotida yang
basis yang benar di lokasi tidak cocok di nascent untai dan
tertentu. menggantinya dengan
nukleotida yang benar dengan
menggunakan untai DNA induk
yang termetilasi sebagai
templat.
Lanjutan
Dalam E. coli, perbaikan ketidakcocokan membutuhkan produkdari empat
gen, mutH, mutL, mutS, dan mutU (uvrD). Protein MutS mengenali
ketidakcocokan dan mengikat kepada mereka untuk memulai proses
perbaikan. Mut dan Protein MutL kemudian bergabung dengan kompleks.
MutH mengandung aktivitas endonuklease spesifik GATC yang membelah
untai yang tidak termetilasi pada hemimetilasi (yaitu, setengah termetilasi)
situs GATC baik 5 atau 3 ke ketidakcocokan. Situs sayatan mungkin 1000
nukleotida pasangan atau lebih dari ketidakcocokan. Selanjutnya proses
eksisi membutuhkan MutS, MutL, DNA helicase II (MutU), dan
eksonuklease yang sesuai. Jika sayatan terjadi pada urutan GATC 5 ke
ketidakcocokan, a 5 → 3 exonuclease seperti E. coli exonuclease VII adalah
yg dibutuhkan. Jika sayatan terjadi 3 untuk ketidakcocokan, a 3 → 5
aktivitas exonuclease seperti E. coli exonuclease saya dibutuhkan. Setelah
proses eksisi dihilangkan nukleotida yang tidak cocok dari yang tidak
termetilasi untai, DNA polimerase III mengisi sebagian besar — hingga
1000 bp—celah, dan DNA ligase menutup nick.
Lanjutan
Pada E. coli, perbaikan bergantung cahaya, perbaikan eksisi,
dan perbaikan ketidakcocokan dapat dihilangkan dengan
mutasi di phr (photoreactivation), uvr, dan gen mut, masing-
masing. Pada mutan yang kekurangan lebih dari satu dari
mekanisme perbaikan ini, masih ada DNA lain sistem
perbaikan, yang disebut perbaikan pascareplikasi
beroperasi.
Lanjutan
Molekul DNA yang rusak diperbaiki dengan rekombinasi- proses
perbaikan tergantung yang dimediasi oleh Produk gen E.coli recA.
Protein RecA, yaitu diperlukan untuk rekombinasi homolog,
merangsang pertukaran untai tunggal antara homolog heliks ganda.
Selama perbaikan pascareplikasi, Protein RecA mengikat untai tunggal
DNA pada kesenjangan dan menengahi berpasangan dengan homolog
segmen heliks ganda saudara perempuan. Kesenjangan yang
berlawanan dimer diisi dengan untai DNA homolog dari molekul DNA
saudara perempuan. Kesenjangan yang dihasilkan dalam heliks ganda
saudara diisi oleh DNA polimerase, dan nick disegel oleh DNA ligase.
Dimer timin tetap berada di untai cetakan dari molekul DNA keturunan
asli, tetapi untai komplementer sekarang utuh. Jika dimer timin tidak
dihilangkan oleh sistem perbaikan eksisi nukleotida, ini perbaikan
pascareplikasi harus diulang setelah setiap putaran replikasi DNA.
Ketika DNA sel E. coli rusak berat oleh agen
mutagenik seperti sinar UV, sel mengambil
beberapa langkah drastis dalam upaya
mereka untuk bertahan hidup. Mereka melalui
apa yang disebut SOS respons, di mana
seluruh baterai perbaikan, rekombinasi, dan
replikasi DNA protein disintesis. Dua dari
protein ini, dikodekan oleh umuC dan umuD
(UV bisa berubah), adalah subunit DNA
polimerase V, enzim yang mengkatalisis
replikasi DNA di daerah kromosom yang
rusak — daerah tempat replikasi oleh DNA
polimerase III diblokir
Mekanisme dimana sistem SOS diinduksi oleh kerusakan DNA
telah dikerjakan dengan cukup detail. Dua protein pengatur
utama—LexA dan RecA— mengontrol respon SOS. Keduanya
disintesis pada tingkat latar belakang rendah di dalam sel tidak
adanya DNA yang rusak. Dalam kondisi ini, LexA mengikat ke
daerah DNA yang mengatur transkripsi gen yang diinduksi
selama respons SOS dan menjaga tingkat ekspresi mereka
tetap rendah. Ketika sel terkena sinar ultraviolet atau agen lain
yang menyebabkan kerusakan DNA, protein RecA berikatan
dengan untai tunggal daerah DNA yang disebabkan oleh
ketidakmampuan DNA polimerase III untuk mereplikasi daerah
yang rusak. Interaksi RecA dengan DNA mengaktifkan RecA,
yang kemudian merangsang LexA untuk menonaktifkan dirinya
sendiri dengan pembelahan diri. Dengan LexA tidak aktif,
levelnya ekspresi gen SOS—termasuk recA, lexA, umuC, umuD,
dan lainnya— meningkat dan sistem perbaikan rawan kesalahan
diaktifkan.
Thank You