Perbaikan DNA

Pentingnya
DNA dalam sel hidup tunduk pada banyak perubahan kimia (fakta yang sering dilupakan dalam
kegembiraan dapat melakukan sekuensing DNA pada spesimen kering dan / atau beku [ Link ]).
Jika informasi genetik yang dikodekan dalam DNA tetap tidak rusak, setiap perubahan kimia
harus diperbaiki.

Kegagalan memperbaiki DNA menghasilkan mutasi .

Publikasi terbaru dari genom manusia [ Link ] telah mengungkapkan 130 gen yang produknya
berpartisipasi dalam perbaikan DNA. Lebih banyak kemungkinan akan diidentifikasi segera.

Agen yang Merusak DNA

 Panjang gelombang radiasi tertentu
o radiasi pengion seperti sinar gamma dan sinar-X
o sinar ultraviolet , terutama sinar UV-C (~ 260 nm ) yang diserap kuat oleh DNA
tetapi juga panjang gelombang-panjang UV-B yang menembus perisai ozon [
Link ].
 Radikal oksigen yang sangat reaktif yang dihasilkan selama respirasi seluler normal
serta oleh jalur biokimia lainnya. [ Tautan ke diskusi lebih lanjut. ]
 Bahan kimia di lingkungan
o banyak hidrokarbon , termasuk beberapa yang ditemukan dalam asap rokok

Tautan ke deskripsi tes yang mengukur mutasi yang disebabkan oleh benzopir
hidrokarbon.

o beberapa tanaman dan produk mikroba, misalnya aflatoksin yang diproduksi

dalam kacang tanah
 Bahan kimia yang digunakan dalam kemoterapi , terutama kemoterapi kanker

Jenis Kerusakan DNA

1. Keempat basa dalam DNA ( A, T, C, G ) dapat dimodifikasi secara kovalen di berbagai
posisi.
o Salah satu yang paling sering adalah hilangnya gugus amino ("deaminasi") -
menghasilkan, misalnya, dalam C yang diubah menjadi U.
2. Ketidaksesuaian basis normal karena kegagalan proofreading selama replikasi DNA .
o Contoh umum: penggabungan U pirimidin (biasanya hanya ditemukan pada
RNA) daripada T.
3. Beristirahat di tulang punggung.
 o Dapat terbatas pada salah satu dari dua untai (istirahat tunggal-untai, SSB ) atau
o pada kedua helai (a dreadable tranded b reak ( DSB ).
o Radiasi pengion adalah penyebab sering, tetapi beberapa bahan kimia
menghasilkan istirahat juga.
4. Kaitan silang Hubungan kovalen dapat dibentuk antara basis
o pada untai DNA yang sama ("intrastrand") atau
o pada untai yang berlawanan ("interstrand").

Beberapa obat kemoterapi yang digunakan untuk melawan DNA crosslink kanker [ Link
].

Memperbaiki Rusak Dasar

Basis yang rusak atau tidak sesuai dapat diperbaiki dengan beberapa mekanisme:

 Pembalikan kimia langsung dari kerusakan

 Perbaikan Eksisi , di mana pangkalan atau basa yang rusak dikeluarkan dan kemudian
diganti dengan yang benar dalam ledakan sintesis DNA lokal. Ada tiga mode perbaikan
eksisi, yang masing-masing menggunakan set enzim khusus.
1. Perbaikan Eksisi Basis ( BER )
2. Nucleotide Excision Repair ( NER )
3. Mismatch Repair ( MMR )

Hadiah Nobel Kimia tahun 2015 dibagikan oleh tiga peneliti untuk pekerjaan merintis mereka
dalam perbaikan DNA: Tomas Lindahl (BER), Aziz Sancar (NER), dan Paul Modrich (MMR).

Pembalikan Langsung dari Kerusakan Dasar

Mungkin penyebab mutasi titik yang paling sering pada manusia adalah penambahan spontan
kelompok metil (CH 3 -) (contoh alkilasi ) untuk Cs diikuti oleh deaminasi ke T. Untungnya,
sebagian besar perubahan ini diperbaiki oleh enzim, yang disebut glikosilase, yang
menghilangkan T yang tidak cocok untuk memulihkan C. yang benar. Hal ini dilakukan tanpa
perlu mematahkan tulang punggung DNA (berbeda dengan mekanisme perbaikan eksisi yang
dijelaskan di bawah).

Beberapa obat yang digunakan dalam kemoterapi kanker ("chemo") juga merusak DNA melalui
alkilasi. Beberapa kelompok metil dapat dihilangkan dengan protein yang dikodekan oleh gen
MGMT kami. Namun, protein hanya dapat melakukannya sekali, sehingga penghilangan setiap
kelompok metil memerlukan molekul protein lain.

Ini menggambarkan masalah dengan mekanisme pembalikan langsung perbaikan DNA: mereka
cukup boros. Setiap jenis perubahan kimia ke basis membutuhkan mekanisme sendiri untuk
memperbaiki. Apa yang dibutuhkan sel adalah mekanisme yang lebih umum yang mampu
memperbaiki segala macam kerusakan kimia dengan toolbox yang terbatas. Persyaratan ini
dipenuhi oleh mekanisme perbaikan eksisi .
Perbaikan Eksisi Basis (BER)

Langkah-langkah dan beberapa pemain kunci:

1. pengangkatan basa yang rusak (diperkirakan terjadi sekitar 20.000 kali sehari di setiap sel
dalam tubuh kita!) oleh glikosilase DNA. Kami memiliki setidaknya 8 gen yang
mengkodekan glikosilase DNA yang berbeda setiap enzim yang bertanggung jawab
untuk mengidentifikasi dan menghapus jenis kerusakan dasar tertentu.
2. penghilangan fosfat deoksiribosa di tulang punggung, menghasilkan celah. Kami
memiliki dua gen yang mengkodekan enzim dengan fungsi ini.
3. penggantian dengan nukleotida yang benar. Ini bergantung pada DNA polymerase beta ,
salah satu dari setidaknya 11 polimerase DNA yang dikodekan oleh gen kita.
4. ligasi istirahat di untai. Dua enzim diketahui dapat melakukan ini; keduanya
membutuhkan ATP untuk menyediakan energi yang dibutuhkan.

Nucleotide Excision Repair (NER)

NER berbeda dari BER dalam beberapa cara.

 Ia menggunakan enzim yang berbeda.

 Meskipun mungkin hanya ada satu dasar "buruk" untuk diperbaiki, nukleotidanya
dilepaskan bersama dengan banyak nukleotida lain yang berdekatan; yaitu, NER
menghilangkan "tambalan" besar di sekitar kerusakan.

Langkah-langkah dan beberapa pemain kunci:

1. Kerusakan diakui oleh satu atau lebih faktor protein yang berkumpul di lokasi.
2. DNA tidak menghasilkan "gelembung". Sistem enzim yang melakukan ini adalah
Transcription Factor IIH , TFIIH , (yang juga berfungsi dalam transkripsi normal).
3. Potongan dibuat di sisi 3 'dan sisi 5' dari area yang rusak sehingga saluran yang
mengandung kerusakan dapat dihilangkan.
4. Embusan baru sintesis DNA - menggunakan untai utuh (berlawanan) sebagai template -
mengisi nukleotida yang benar. Polimerase DNA bertanggung jawab adalah polimerase
delta dan epsilon .
5. DNA ligase secara kovalen menyisipkan potongan segar ke tulang punggung.

Xeroderma Pigmentosum (XP)

XP adalah penyakit bawaan yang langka pada manusia yang, antara lain, membuat pasien
menjadi predisposisi

 lesi berpigmen pada area kulit yang terpapar matahari dan

 insidensi kanker kulit yang tinggi.

Ternyata XP dapat disebabkan oleh mutasi pada salah satu dari beberapa gen - yang semuanya
memiliki peran dalam NER . Beberapa dari mereka:
  XPA , yang mengkodekan protein yang mengikat situs yang rusak dan membantu
mengumpulkan protein lain yang diperlukan untuk NER.
 XPB dan XPD , yang merupakan bagian dari TFIIH. Beberapa mutasi di XPB dan XPD
juga menghasilkan tanda-tanda penuaan dini. [ Tautan ]
 XPF , yang memotong tulang punggung di sisi 5 'dari kerusakan
 XPG , yang memotong tulang punggung di sisi 3 '.

Transkripsi NER-Ditambah

Perbaikan eksisi nukleotida berlangsung paling cepat

 dalam sel-sel gen yang sedang aktif ditranskripsi

 pada untaian DNA yang berfungsi sebagai template untuk transkripsi .

Peningkatan NER ini melibatkan XPB, XPD, dan beberapa produk gen lainnya. Gen untuk dua
dari mereka yang ditunjuk CSA dan CSB (mutasi di dalamnya menyebabkan gangguan warisan
yang disebut sindrom Cockayne ).

Rekan produk CSB dalam nukleus dengan RNA polimerase II , enzim yang bertanggung jawab
untuk mensintesis RNA pembawa pesan (mRNA), menyediakan hubungan molekuler antara
transkripsi dan perbaikan.

Satu skenario yang masuk akal: Jika RNA polimerase II, melacak sepanjang templat ( antisense )
strand), bertemu dengan basis yang rusak, ia dapat merekrut protein lain, misalnya protein CSA
dan CSB, untuk membuat perbaikan cepat sebelum bergerak untuk menyelesaikan transkripsi.
dari gen.

Mismatch Repair (MMR)

Perbaikan ketidaksesuaian berurusan dengan mengoreksi ketidakcocokan dari basa normal ;

yaitu, kegagalan untuk mempertahankan pasangan basis Watson-Crick normal (A • T, C • G)

Ini dapat meminta bantuan enzim yang terlibat dalam perbaikan base-excision (BER) dan
perbaikan eksisi nukleotida (NER) serta menggunakan enzim khusus untuk fungsi ini.

 Pengakuan ketidakcocokan membutuhkan beberapa protein yang berbeda termasuk yang

dikodekan oleh MSH2 .
 Pemotongan ketidaksesuaian juga membutuhkan beberapa protein, termasuk yang
dikodekan oleh MLH1 .

Mutasi pada salah satu gen ini mempengaruhi orang ke bentuk kanker usus yang diwariskan. Jadi
gen ini memenuhi syarat sebagai gen supresor tumor .

Pertanyaan: Bagaimana sistem MMR mengetahui mana nukleotida yang salah? Dalam E. coli ,
adenin tertentu menjadi termetilasi segera setelah untaian DNA baru telah disintesis. Sistem
MMR bekerja lebih cepat, dan jika mendeteksi ketidaksesuaian, ia mengasumsikan bahwa
nukleotida pada untaian yang sudah termetilasi (orangtua) adalah yang benar dan
menghilangkan nukleotida pada untai putri yang baru disintesis. Bagaimana pengakuan seperti
itu terjadi pada mamalia belum diketahui.

Sintesis dari perbaikan patch dilakukan oleh DNA polymerase delta .

Sel juga menggunakan sistem MMR untuk meningkatkan kesetiaan rekombinasi ; yaitu,
memastikan bahwa hanya daerah homolog dari dua molekul DNA yang berpasangan untuk
menyeberang dan menyatukan kembali segmen (misalnya, dalam meiosis).

Memperbaiki Strand Breaks

Radiasi pengion dan bahan kimia tertentu dapat menghasilkan pemecahan single-strand ( SSBs )
dan double-strand breaks ( DSBs ) di tulang punggung DNA.

Single-Strand Breaks (SSBs)

Terobosan dalam untai tunggal dari molekul DNA diperbaiki menggunakan sistem enzim yang
sama yang digunakan dalam Base-Excision Repair (BER).

Double-Strand Breaks (DSBs)

Ada dua mekanisme yang digunakan sel untuk memperbaiki kerusakan total dalam molekul
DNA:

 Bergabung langsung dengan ujung yang putus. Ini membutuhkan protein yang
mengenali dan mengikat ujung yang terbuka dan menyatukannya untuk ligasi. Mereka
lebih suka melihat beberapa nukleotida komplementer tetapi dapat melanjutkan tanpa
mereka sehingga jenis ini bergabung juga disebut Nonhomologous End-Joining ( NHEJ
).

Protein yang disebut Ku sangat penting untuk NHEJ. Ku adalah heterodimer dari
subunit Ku70 dan Ku80 . Dalam edisi 9 Agustus 2001 Nature , Walker, JR, dkk,
melaporkan struktur tiga dimensi Ku yang melekat pada DNA. Struktur mereka
menunjukkan dengan indah bagaimana protein meluruskan ujung DNA yang rusak
untuk bergabung kembali.

 Kesalahan dalam penggabungan langsung dapat menjadi penyebab berbagai translokasi

yang terkait dengan kanker.
 Contoh:
o Limfoma Burkitt
o kromosom Philadelphia pada leukemia myelogenous kronis (CML)
o Leukemia sel-B
 Generasi Keanekaragaman Antibodi

Beberapa enzim yang sama digunakan untuk memperbaiki DSBs dengan direct join
juga digunakan untuk memecah dan merakit kembali segmen gen yang digunakan untuk
membuat

o daerah variabel antibodi ; yaitu, untuk mencapai V (D) J bergabung - (tikus

yang gen Ku80nya telah dipukul tidak dapat melakukan ini);
o kelas antibodi yang berbeda; yaitu, untuk menyelesaikan pengalihan kelas .

 Homologous Recombination (juga dikenal sebagai Homological-Directed Repair -

HDR). Di sini ujung yang rusak diperbaiki dengan menggunakan informasi pada intak
o sister chromatid (tersedia dalam G 2 setelah duplikasi kromosom), atau pada
o kromosom homolog (dalam G 1 ; artinya sebelum setiap kromosom diduplikasi).
Ini membutuhkan pencarian di sekitar nukleus untuk homolog - sebuah tugas
yang cukup tidak pasti bahwa sel G 1 biasanya lebih suka memperbaiki DSB
mereka dengan NHEJ . atau pada
o kromosom yang sama jika ada duplikat salinan gen pada kromosom yang
berorientasi pada arah yang berlawanan (head-to-head atau back-to-back). [
Contoh ]

Dua dari protein yang digunakan dalam rekombinasi homolog dikodekan oleh gen
BRCA1 dan BRCA2 . Mutasi yang diwariskan pada gen ini mempengaruhi wanita untuk
kanker payudara dan ovarium dan laki-laki untuk kanker prostat.

Meiosis juga melibatkan DSBs

Rekombinasi antara kromosom homolog dalam meiosis Saya juga melibatkan pembentukan DSB
dan perbaikannya. Jadi tidak mengherankan bahwa proses ini menggunakan enzim yang sama. [
Tautkan ke diskusi dengan diagram yang menunjukkan bagaimana ini bisa berhasil. ]

Meiosis I dengan penyelarasan urutan homolog menyediakan mekanisme untuk memperbaiki

DNA yang rusak; artinya, mutasi. Faktanya, banyak ahli biologi merasa bahwa fungsi utama seks
adalah menyediakan mekanisme ini untuk menjaga integritas genom. [ Lebih ]

Namun, sebagian besar gen pada kromosom Y manusia tidak memiliki pasangan pada kromosom
X, dan dengan demikian tidak dapat memperoleh manfaat dari mekanisme perbaikan ini. Mereka
tampaknya memecahkan masalah ini dengan memiliki banyak salinan gen yang sama -
berorientasi pada arah yang berlawanan. Looping intervening DNA membawa duplikat bersama
dan memungkinkan perbaikan dengan rekombinasi homolog.

Konversi gen
Jika urutan yang digunakan sebagai template untuk memperbaiki gen dengan rekombinasi
homolog sedikit berbeda dari gen yang memerlukan perbaikan; yaitu, adalah alel , gen yang
diperbaiki akan memperoleh urutan donor. Pengalihan informasi genetik nonreciprocal ini
disebut konversi gen.

Donatur dari urutan gen baru mungkin:

 kromosom homolog (selama meiosis)

 sister chromatid (juga selama meiosis)
 duplikat gen pada kromosom yang sama (selama mitosis) [ Lainnya ]

Konversi gen selama meiosis mengubah rasio normal mendelian . Biasanya, meiosis pada
orangtua heterozigot ( A , a ) akan menghasilkan gamet atau spora dalam rasio 1: 1; misalnya,
50% A ; 50% a . Namun, jika konversi gen terjadi, rasio lain akan muncul. Jika, misalnya, alel A
menyumbangkan urutannya karena ia memperbaiki alel rusak, gen yang diperbaiki akan menjadi
A , dan rasionya akan 75% A ; 25% a .

Kemoterapi Kanker
 Ciri khas dari semua kanker adalah pembelahan sel yang berkelanjutan.
 Setiap divisi membutuhkan keduanya
o replikasi DNA sel (dalam fase S ) dan
o transkripsi dan terjemahan banyak gen yang dibutuhkan untuk pertumbuhan
lanjutan.
 Jadi, setiap zat kimia yang merusak DNA berpotensi menghambat penyebaran kanker.
 Banyak (tetapi tidak semua) obat yang digunakan untuk terapi kanker melakukan
pekerjaan mereka dengan merusak DNA.

Daftar tabel (dengan nama dagang serta nama generik) beberapa obat antikanker yang secara
khusus menargetkan DNA.

6- analog purin . Salah satu efek: pengganti G,

Purinethol®
merkaptopurin memicu gagal MMR dan istirahat
pengganti analog pirimidin untuk
Gemcitabine Gemzar®
perpanjangan elongasi pencekaman C
Siklofosfamid Cytoxan®
Melphalan Alkeran®
agen alkilasi ; membentuk interstrand dan /
Busulfan Myleran®
atau intrastrand crosslinks
Chlorambucil Leukeran®
Mitomisin Mutamycin®
Cisplatin Platinol® membentuk tautan silang
Bleomycin Blenoxane® memotong untaian DNA antara GT atau GC
 Irinotecan Camptosar®
Mitoxantrone Novantrone®
Doxorubicin Adriamycin®
Dactinomycin Cosmegen®
menghambat berfungsinya enzim (
topoisomerase ) yang diperlukan untuk
melepaskan DNA untuk replikasi dan
transkripsi
menyisipkan ke heliks ganda mencegah
unwinding-nya

Sayangnya,

 pasien kanker memiliki banyak tipe sel lain yang juga berproliferasi cepat, misalnya sel-
sel dari
o endotel usus
o sumsum tulang
o folikel rambut

dan obat antikanker juga merusak ini - menghasilkan banyak efek samping yang tidak
menyenangkan dari "kemo".

 Agen yang merusak DNA itu sendiri bersifat karsinogenik, dan kemoterapi menimbulkan
risiko signifikan untuk menciptakan kanker baru, seringkali leukemia.
Kerusakan DNA dan Perbaikan
Kerusakan DNA dan Mekanisme Perbaikan

Kerusakan DNA seluler terlibat dalam mutagenesis dan perkembangan kanker. DNA dalam sel
manusia mengalami beberapa ribu hingga satu juta kejadian merusak per hari, yang dihasilkan
oleh proses eksternal (eksogen) dan internal (endogen). Perubahan pada genom seluler dapat
menghasilkan kesalahan dalam transkripsi DNA dan terjadilah translasi ke dalam protein yang
diperlukan untuk pemberian sinyal dan fungsi seluler. Genomik mutasi juga dapat terbawa ke
generasi anak-anak sel jika mutasi tidak diperbaiki sebelum mitosis. Setelah sel kehilangan
kemampuan mereka untuk memperbaiki DNA yang rusak secara efektif, ada tiga kemungkinan
respons (lihat Gambar 1 ).

1. Sel dapat menjadi senescent, yaitu, dorman ireversibel. Pada tahun 2005, beberapa
laboratorium melaporkan bahwa penuaan bisa terjadi pada sel kanker in vivo maupun in
vitro, menghentikan mitosis dan mencegah sel berkembang lebih lanjut. 1-4
2. Sel bisa menjadi apoptosis. Kerusakan DNA yang cukup dapat memicu kaskade sinyal
apoptosis, memaksa sel menjadi kematian sel terprogram.
3. Sel dapat menjadi ganas, yaitu, mengembangkan karakteristik abadi dan memulai
pembagian yang tidak terkontrol.

Gambar 1. Jalur kerusakan DNA seluler dan perbaikan yang mengarah ke penuaan, apoptosis,
atau kanker

Untuk mengimbangi tingkat dan jenis kerusakan DNA yang terjadi, sel-sel telah
mengembangkan beberapa proses perbaikan termasuk ketidaksesuaian, eksisi pangkalan, dan
mekanisme perbaikan eksisi nukleotida, dengan sedikit redundansi proses. Sel mungkin telah
berevolusi untuk berlanjut menjadi apoptosis atau penuaan jika kerusakan yang luar biasa terjadi
daripada mengeluarkan energi untuk memperbaiki kerusakan secara efektif. Tingkat di mana sel
mampu melakukan perbaikan bergantung pada faktor termasuk jenis sel dan usia sel.

Sumber Kerusakan DNA

Selama bertahun-tahun, sumber kerusakan eksogen telah dianggap sebagai penyebab utama
mutasi DNA yang menyebabkan kanker. Namun, Jackson dan Loeb mengusulkan bahwa sumber
endogen kerusakan DNA juga berkontribusi secara signifikan terhadap mutasi yang mengarah ke
keganasan. 5 Baik sumber lingkungan dan seluler dapat menghasilkan kerusakan DNA yang
serupa.

DNA dapat diserang oleh mutagen fisik dan kimia. Mutagens fisik terutama sumber radiasi,
termasuk radiasi sinar UV (200-300 nm panjang gelombang) dari matahari. Radiasi UV
menghasilkan ikatan kovalen yang bertaut silang dengan pirimidin (sitosin dan timin) di dalam
untaian DNA. Radiasi pengion (sinar-X) memulai mutasi DNA dengan menghasilkan radikal
bebas di dalam sel yang menciptakan spesies oksigen reaktif (ROS) dan menghasilkan untaian
single-strand dan double-strand di helix ganda. Mutagens kimia dapat mengikat gugus alkil
secara kovalen ke basa DNA; Senyawa nitrogen mustard yang dapat memetilasi atau
mengalkilkan basa DNA adalah contoh dari agen alkilasi DNA. Procarcinogen adalah prekursor
kimia inert yang secara metabolik diubah menjadi karsinogen yang sangat reaktif. Karsinogen ini
dapat bereaksi dengan DNA dengan membentuk DNA adduct, yaitu entitas kimia yang melekat
pada DNA. Benzo [a] pyrene, heterocycle polyaromatic, tidak bersifat karsinogenik. Ia
mengalami dua reaksi oksidasi berurutan yang dimediasi oleh enzim sitokrom P450, yang
menghasilkan benzo [a] pyrenediol epoxide (BPDE), metabolit karsinogenik yang mampu
membentuk DNA adduct kovalen (lihat Gambar 2 ).

Gambar 2. Benzo [a] pyrene dioksidasi oleh enzim P450 untuk menciptakan benzo yang sangat
karsinogenik [a] pyrenediolepoxide.

Kerusakan DNA juga dapat dihasilkan dari reaksi metabolisme dan biokimia endogen, beberapa
di antaranya tidak dipahami dengan baik. 6 Reaksi hidrolisis dapat secara parsial atau sepenuhnya
membelah basa nukleotida dari untai DNA. Ikatan kimia yang menghubungkan basis purin
(adenin atau guanin) ke rantai fosfat deoksiribosil dapat secara spontan pecah dalam proses yang
dikenal sebagai depurinasi. Diperkirakan 10.000 kejadian depurasi terjadi per hari dalam sel
mamalia. 7 Depyrimidinasi (hilangnya pirimidin berdasarkan thymine atau cytosine) juga terjadi,
tetapi pada tingkat 20 hingga 100 kali lipat lebih rendah daripada depurasi.
Deaminasi terjadi di dalam sel dengan hilangnya gugus amina dari cincin adenin, guanin, dan
sitosin, yang menghasilkan hipoksantin, xantin, dan urasil. Enzim perbaikan DNA mampu
mengenali dan memperbaiki pangkalan tak alami ini. Namun, basis uracil yang tidak terkoreksi
dapat salah membaca sebagai timin selama replikasi DNA berikutnya dan menghasilkan mutasi
C → T.

Metilasi DNA, suatu bentuk alkilasi spesifik, terjadi di dalam sel karena reaksi dengan S-
adenosyl methionine (SAM). SAM adalah perantara metabolik intraseluler yang mengandung
gugus metil yang sangat reaktif. Pada sel mamalia, metilasi terjadi pada 5 posisi cincin cytosine
dari cytidine base (C) yaitu 5 'ke basis guanosin (G), yaitu, urutan CpG. Sumber yang signifikan
dari kesalahan mutasi adalah deaminasi spontan dari produk methylcytosine 5 metil-asi.
Hilangnya kelompok amina menghasilkan basis thymine, yang tidak terdeteksi oleh enzim
perbaikan DNA sebagai basis yang tidak alami. Substitusi yang dihasilkan dipertahankan dalam
replikasi DNA, menciptakan mutasi titik C → T (lihat Gambar 3 ).

Gambar 3. Mutasi 2-fase hasil sitosin dalam timin, menciptakan mutasi titik C → T.

Proses metabolisme normal menghasilkan spesies oksigen reaktif (ROS), yang memodifikasi
basa melalui oksidasi. Basa purin dan pirimidin tunduk pada oksidasi. Mutasi yang paling umum
adalah guanin teroksidasi menjadi 8-okso-7,8-dihydroguanine, menghasilkan nukleotida 8-okso-
deoksi guano sinus (8-okso-dG). 8-okso-dG mampu pasangan basa dengan deoxyadenosine,
bukannya berpasangan dengan deoxycytotidine seperti yang diharapkan. Jika kesalahan ini tidak
terdeteksi dan diperbaiki oleh enzim perbaikan ketidaksesuaian, DNA yang kemudian direplikasi
akan mengandung suatu mutasi titik C → A. ROS juga dapat menyebabkan depurinasi,
depyrimidinasi, dan untai tunggal atau untai ganda patah di DNA.

Mutasi genom lain dapat terjadi selama replikasi DNA pada fase S dari siklus sel. Polimerase
yang menduplikasi DNA template memiliki tingkat kesalahan kecil namun signifikan, dan
mungkin menggabungkan nukleotida yang salah berdasarkan pasangan Watson-Crick versus
DNA template. Prekursor nukleotida yang diubah secara kimia dapat dimasukkan ke dalam DNA
yang dihasilkan oleh polimerase, bukan basa normal. Selain itu, polimerase rentan terhadap
"gagap" ketika menyalin bagian DNA yang mengandung sejumlah besar nukleotida berulang
atau urutan berulang (daerah mikrosatelit). Ini "gagap" enzimatik adalah karena selip strand,
ketika template dan replikasi untaian DNA menyelinap keluar dari keselarasan yang tepat.
Akibatnya, polimerase gagal untuk memasukkan jumlah nukleotida yang benar yang ditunjukkan
oleh DNA template, sehingga terlalu sedikit atau terlalu banyak nukleotida pada untaian anak
perempuan.
Single strand dan double strand cleavage dari DNA dapat terjadi. Istirahat tunggal untai dapat
dihasilkan dari kerusakan pada bagian deoksiribosa dari rantai deoksiribosilfosfat DNA. Pecah
juga hasil sebagai langkah perantara dari jalur perbaikan eksisi pangkal setelah penghilangan
fosfat deoksiribosa oleh AP-endonuklease. 8 8 Ketika satu untai putus terjadi, baik basa
nukleotida dan tulang punggung deoksiribosa hilang dari struktur DNA. Pembelahan untai ganda
paling sering terjadi ketika sel melewati S-fase, karena DNA mungkin lebih rentan terhadap
kerusakan sementara itu terurai untuk digunakan sebagai template untuk replikasi.

Mekanisme Perbaikan DNA

Sementara sel mampu berevolusi menjadi keadaan apoptosis atau senescent, tindakan ini
dilakukan sebagai upaya terakhir. Untuk setiap jenis kerusakan DNA, sel telah mengembangkan
metode khusus untuk memperbaiki kerusakan atau menghilangkan senyawa yang merusak.

O6-Methylguanine DNA methyltransferase (MGMT; DNA alkyltransferase) memotong kedua

aduk dan etil aduk dari guanin basa pada struktur DNA. Reaksinya bukan reaksi katalitik
(enzimatik) tetapi bersifat stoikiometrik (kimia), mengkonsumsi satu molekul MGMT untuk
setiap adisi dihilangkan. Sel yang telah direkayasa untuk diekspresikan berlebih MGMT lebih
tahan terhadap kanker, kemungkinan karena mereka mampu meniadakan sejumlah besar
kerusakan alkylating. Sebuah penelitian terbaru oleh Niture, dkk., Melaporkan peningkatan
ekspresi MGMT dengan penggunaan sistein / glutathione yang meningkatkan obat dan
antioksidan alami. 9

DNA polimerase seperti polimerase-δ berisi kegiatan proofreading dan terutama terlibat dalam
perbaikan kesalahan replikasi. Ketika kesalahan terdeteksi, polimerase ini menghentikan proses
replikasi DNA, bekerja mundur untuk mengeluarkan nukleotida dari rantai DNA anak sampai
jelas nukleotida yang tidak tepat hilang, dan kemudian memulai kembali proses replikasi ke
depan. Tikus dengan mutasi titik pada kedua salinan gen Pold1 menunjukkan hilangnya aktivitas
pengkoreksian oleh DNA polimerase-δ dan kanker epitel yang dikembangkan pada tingkat yang
secara signifikan lebih tinggi daripada tikus dengan gen wild type atau dengan mutasi salinan
tunggal. 10

Sekelompok protein yang dikenal sebagai mismatch excision repair (MMR) enzim mampu
memperbaiki kesalahan replikasi yang tidak terdeteksi oleh aktivitas proofreading DNA
polimerase. Enzim MMR mengeluarkan nukleotida yang salah dari DNA anak dan memperbaiki
untaian menggunakan pasangan WC dan untaian DNA induk sebagai templat yang benar. 11 Ini
sangat penting untuk kesalahan yang dihasilkan selama replikasi daerah mikrosatelit, karena
aktivitas proofreading DNA polimerase tidak mendeteksi kesalahan ini. Untuk tingkat yang lebih
rendah, enzim MMR juga memperbaiki berbagai anomali pasangan basa yang dihasilkan dari
oksidasi DNA atau alkilasi. Mutasi ini termasuk pasangan basa termodifikasi yang mengandung
O6-methylguanine dan 8-oxoguanine, dan adduct karsinogen dan cisplatin. 12,13 Mutasi pada gen
perbaikan eksisi ketidakcocokan manusia MSH2 dan MLH1 dikaitkan dengan sindrom kanker
kolorektal non-poliposis herediter (HNPCC). 14

Perbaikan Pengangkatan Dasar dan Perbaikan Pengangkatan Nukleotida

Basis perbaikan eksisi (BER) melibatkan beberapa enzim untuk cukai dan mengganti basis
tunggal nukleotida yang rusak. Modifikasi dasar terutama diperbaiki oleh enzim BER adalah
yang rusak oleh oksidasi endogen dan hidrolisis. Glikosilase DNA memotong ikatan antara basa
nukleotida dan ribosa, meninggalkan rantai fosfat ribosa DNA utuh tetapi menghasilkan situs
apurinik atau aprimiritin (AP). 8-Oxoguanine DNA glycosylase I (Ogg1) menghilangkan 7,8-
dihidro-8-oxoguanine (8-oksoG), salah satu mutasi basa yang dihasilkan oleh spesies oksigen
reaktif. Polimorfisme pada gen OGG1 manusia dikaitkan dengan risiko berbagai kanker seperti
paru-paru dan kanker prostat. Uracil DNA glycosylase, enzim BER lainnya, mengeluarkan uracil
yang merupakan produk deaminasi sitosin, sehingga mencegah mutasi C → T berikutnya. 15 N-
Methylpurine DNA glycosylase (MPG) mampu menghapus berbagai basis purin termodifikasi. 16

Situs AP di DNA yang dihasilkan dari aksi enzim BER, serta yang dihasilkan dari tindakan
depyrimidination dan depurination, diperbaiki oleh aksi AP-endonuclease 1 (APE1). APE1
memotong rantai phosphodiester 5 'ke situs AP. Untai DNA kemudian mengandung gugus 3'-
hidroksil dan 5'-abasic deoksiribosa fosfat. DNA polimerase β (Polβ) menyisipkan nukleotida
yang benar berdasarkan pasangan WC yang sesuai dan menghilangkan fosfat deoksiribosa
melalui aktivitas AP-lyase yang terkait. Kehadiran X-ray repair cross-complementing group 1
(XRCC1) diperlukan untuk membentuk heterodimer dengan DNA ligase III (LIG3). XRCC1
bertindak sebagai protein perancah untuk menyajikan situs pengikatan non-reaktif untuk Polβ,
dan membawa enzim Polβ dan LIG3 bersama-sama di lokasi perbaikan. 17 Poly (ADP-ribose)
polymerase (PARP-1) berinteraksi dengan XRCC1 dan Polβ dan merupakan komponen penting
dari jalur BER. 18,19 Langkah terakhir dalam perbaikan dilakukan oleh LIG3, yang
menghubungkan deoksiribosa dari nukleotida pengganti ke tulang punggung deoksiribosilfosfat.
Jalur ini diberi nama "short-patch BER". 20

Jalur alternatif yang disebut "BER panjang-patch" menggantikan seuntai nukleotida dengan
panjang minimal 2 nukleotida. Perbaikan panjang 10 hingga 12 nukleotida telah dilaporkan. 21,22
Longpatch BER membutuhkan kehadiran proliferasi sel antigen nuklir (PCNA), yang bertindak
sebagai protein perancah untuk enzim restrukturisasi. 23 polimerase DNA lainnya, mungkin Polδ
dan Polε, 24 digunakan untuk menghasilkan flap oligonukleotida. Urutan nukleotida yang ada
dihilangkan dengan flap endonuklease-1 (FEN1). Oligonukleotida kemudian diikat ke DNA oleh
DNA ligase I (LIG1), menyegel istirahat dan menyelesaikan perbaikan. 17 Proses yang digunakan
untuk menentukan pemilihan short-patch versus panjang patch BER jalur masih dalam
penyelidikan (lihat Gambar 4 ). 25
Gambar 4. Skematik jalur short-patch dan long-patch BER.

Sementara BER dapat menggantikan beberapa nukleotida melalui jalur patch panjang, acara
inisiasi untuk patch pendek dan patch panjang adalah kerusakan pada nukleotida tunggal,
menghasilkan dampak minimal pada struktur heliks ganda DNA. Nucleotide excision repair
(NER) memperbaiki kerusakan untai nukleotida yang mengandung setidaknya 2 basa dan
menciptakan distorsi struktural dari DNA. NER bertindak untuk memperbaiki kerusakan untai
tunggal selain kerusakan serial dari sumber eksogen seperti adduct DNA yang besar dan radiasi
UV. 26 Jalur yang sama dapat digunakan untuk memperbaiki kerusakan dari stres oksidatif. 27
Lebih dari 20 protein terlibat dalam jalur NER dalam sel mamalia, termasuk XPA, XPC-
hHR23B, protein replikasi A (RPA), faktor transkripsi TFIIH, XPB dan XPD DNA helicases,
ERCC1-XPF dan XPG, Polδ, Polε, PCNA, dan replikasi faktor C. 28 Ekspresi gen eksisi
perbaikan cross-complementing (ERCC1) telah dikaitkan dengan resistensi cisplatin oleh sel-sel
kanker paru non-sel-kecil 29 dan sesuai dengan peningkatan kapasitas perbaikan DNA. 30 Global
genomic NER (GGR) memperbaiki kerusakan di seluruh genom, sementara jalur NER spesifik
yang disebut Transcription Coupled Repair (TCR) memperbaiki gen selama transkripsi RNA
polimerase aktif. 31

Perbaikan Double-Strand Breaks

Istirahat untai ganda dalam DNA dapat menyebabkan hilangnya dan penataan ulang urutan
genomik. Istirahat ini diperbaiki oleh non-endologikal bergabung (NHEJ) atau dengan
rekombinasi homolog (HR), juga disebut perbaikan rekombinasi atau perbaikan berbantuan
template.

Jalur SDM diaktifkan ketika sel berada di tahap akhir S / G2 dan templat baru saja diduplikasi.
Mekanisme ini membutuhkan adanya urutan identik atau hampir identik terkait dengan wilayah
DNA yang rusak melalui sentromer untuk digunakan sebagai template perbaikan. Istirahat
beruntai ganda yang diperbaiki oleh mekanisme ini biasanya disebabkan oleh mesin replikasi
yang mencoba untuk mensintesis melintasi lesi untai tunggal atau lesi yang tidak diperbaiki,
yang mengakibatkan runtuhnya garpu replikasi.

Non-homolog end-joining (NHEJ) digunakan pada titik-titik lain dari siklus sel ketika sister
chromatids tidak tersedia untuk digunakan sebagai template HR. Ketika istirahat ini terjadi, sel
belum mereplikasi wilayah DNA yang berisi istirahat, jadi tidak seperti jalur SDM, tidak ada
untaian template yang sesuai yang tersedia. Dalam NHEJ, protein heterodimerik Ku
memposisikan kedua ujung untai DNA yang rusak untuk diperbaiki tanpa template yang tersedia,
kehilangan informasi urutan dalam proses. Beberapa enzim terlibat dalam proses rejoining,
termasuk DNA ligase IV, XRCC4, dan protein kinase DNA-dependent (DNA-PK). 32,33 NHEJ
secara inheren bersifat mutagenik karena bergantung pada pasangan kesempatan, yang disebut
mikrohomologi, antara ekor tunggal untai dari dua fragmen DNA yang akan disambung (lihat
Gambar 5 ). Pada eukariota yang lebih tinggi, DNA-PK diperlukan untuk perbaikan NHEJ, baik
melalui mekanisme utama dan melalui mekanisme cadangan alternatif (D-NHEJ). 34
Gambar 5. Mekanisme umum perbaikan NHEJ dari double-strand istirahat dalam DNA.

Aplikasi Masa Depan

Sementara kerusakan DNA merupakan faktor kunci dalam perkembangan dan evolusi sel kanker,
kerusakan lanjutan digunakan sebagai bagian dari perawatan klinis untuk kanker, memaksa sel-
sel ganas menjadi apoptosis atau penuaan. Banyak obat kemoterapi seperti bleomycin,
mitomycin, dan cisplatin, efektif karena mereka menyebabkan kerusakan DNA lebih lanjut pada
sel kanker yang bereplikasi lebih cepat daripada jaringan di sekitarnya. Mekanisme perbaikan
DNA seluler adalah pedang ganda; dengan mengurangi mutasi yang dapat menyebabkan kanker,
proses ini berusaha untuk integritas genomik, tetapi mekanisme yang sama pada sel-sel ganas
memungkinkan sel-sel tersebut untuk bertahan hidup kerusakan DNA tambahan dan melanjutkan
pertumbuhan yang tidak terkontrol. Untuk memblokir mekanisme bertahan hidup ini dalam sel
kanker, uji klinis sekarang dilakukan menggunakan inhibitor untuk enzim perbaikan DNA
spesifik, termasuk MGMT, PARP, dan DNA-PK. 35-38

Material

We were unable to return a product list due to a system problem. Please refresh this page or
try viewing it later.
Referensi
baca abstrak
1. Tumor biologi: penuaan pada tumor premalignant.
Manuel Collado, Jesús Gil, Alejo Efeyan, Carmen Guerra, Alberto J Schuhmacher, Marta
Barradas, Alberto Benguría, Angel Zaballos, Juana M Flores, Mariano Barbacid, David Beach,
Manuel Serrano
Alam 2005-08-04
Penuaan yang diinduksi Oncogene adalah respon seluler yang mungkin penting untuk
perlindungan terhadap perkembangan kanker, tetapi penyelidikannya sejauh ini terbatas pada sel-
sel kultur yang telah dimanipulasi untuk overekspresi onkogen. Di sini kita menganalisis tumor
yang diprakarsai oleh onkogen endogen, ras, dan menunjukkan bahwa sel senescent ... Baca
Lebih Lanjut
baca abstrak
2. Peran penting dari penuaan seluler p53-dependen dalam penekanan tumorigenesis defisiensi-
P.
Zhenbang Chen, Lloyd C Trotman, David Shaffer, Lin Hui-Kuan, Zohar A Dotan, Masaru Niki,
Jason A Koutcher, Howard I Scher, Thomas Ludwig, William Gerald, Carlos Cordon-Cardo,
Pier Paolo Pandolfi
Alam 2005-08-04
Sel-sel penuaan telah berteori untuk menentang transformasi neoplastik yang dipicu oleh aktivasi
jalur onkogenik in vitro, tetapi relevansi senescence in vivo belum ditetapkan. The PTEN dan
p53 tumor suppressors adalah salah satu gen yang paling aktif inactivated atau bermutasi pada
kanker manusia termasuk prostate cance ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
3. BRAFE600-terkait penangkapan siklus sel seperti senesen naevi manusia.
Chrysiis Michaloglou, Liesbeth CW Vredeveld, Maria S Soengas, Christophe Denoyelle,
Thomas Kuilman, Chantal MAM van der Horst, Donné M Majoor, Jerry W Shay, Wolter J
Mooi, Daniel S Peeper
Alam 2005-08-04
Kebanyakan sel mamalia normal memiliki jangka hidup yang terbatas, dianggap merupakan
mekanisme perlindungan terhadap proliferasi tak terbatas. Fenomena ini, disebut penuaan,
didorong oleh gesekan telomer, yang memicu induksi penekan tumor termasuk p16 (INK4a) (ref.
5). Dalam sel berbudaya, penuaan dapat diperoleh sebelum ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
4. penuaan diinduksi onkogen sebagai penghalang awal dalam perkembangan limfoma.
Melanie Braig, Soyoung Lee, Christoph Loddenkemper, Cornelia Rudolph, Antoine HFM
Peters, Brigitte Schlegelberger, Harald Stein, Bernd Dörken, Thomas Jenuwein, Clemens A
Schmitt
Alam 2005-08-04
Induksi akut dari Ras onkogenik memprovokasi penuaan selular yang melibatkan jalur
retinoblastoma (Rb), tetapi potensi penekan tumor dari senescence in vivo tetap sulit dipahami.
Baru-baru ini, Rb-dimediasi membungkam gen pertumbuhan-mempromosikan oleh
pembentukan heterochromatin terkait dengan metilasi histone H3 lysine 9 (H3K9me) ... Baca
lebih lanjut
baca abstrak
5. Kontribusi sumber endogen kerusakan DNA pada beberapa mutasi pada kanker.
AL Jackson, LA Loeb
Penelitian Mutasi / Mekanisme Fundamental dan Molekuler Mutagenesis 2001-06-02
Ada semakin banyak bukti bahwa kebanyakan kanker manusia mengandung banyak mutasi.
Pada saat tumor secara klinis dapat dideteksi mungkin telah mengumpulkan puluhan ribu mutasi.
Dalam sel normal, mutasi adalah kejadian langka yang terjadi pada tingkat 10 (-10) mutasi per
nukleotida per sel per generasi. Kami telah menyatakan bahwa ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
6. Kerusakan DNA endogen pada manusia: review data kuantitatif.
Rinne De Bont, Nik van Larebeke
Mutagenesis 2004-05-01
Kerusakan DNA memainkan peran utama dalam mutagenesis, karsinogenesis dan penuaan.
Sebagian besar mutasi pada jaringan manusia tentu berasal dari endogen. Pengetahuan mendalam
tentang jenis dan prevalensi kerusakan DNA endogen dengan demikian penting untuk
memahami interaksi proses endogen dengan eksogen ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
7. Tingkat depurinasi asam deoksiribonukleat asli.
T Lindahl, B Nyberg
Biokimia (Washington) 1972-09-12
Baca lebih banyak
baca abstrak
8. XRCC1 diperlukan untuk perbaikan untai tunggal DNA dalam sel manusia.
Reto Brem, Janet Hall
Penelitian Asam Nukleat 2005-01-01
X-ray perbaikan silang melengkapi 1 (XRCC1) protein diperlukan untuk kelangsungan hidup
dan perbaikan efisien DNA untai tunggal istirahat (SSBs) pada hewan pengerat. Tikus XRCC1-
kekurangan atau sel-sel hamster yang hipersensitif terhadap DNA merusak agen menghasilkan
SSBs dan menampilkan ketidakstabilan genetik setelah kerusakan DNA tersebut. Kehadiran
polym ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
9. Peningkatan ekspresi protein perbaikan MGMT dimediasi oleh prodrugs cysteine dan produk
alami kemopreventative dalam limfosit manusia dan garis sel tumor.
Suryakant K Niture, Chinavenmani S Velu, Quentin R Smith, G Jayarama Bhat, Kalkunte S
Srivenugopal
Karsinogenesis 2007-02-01
O6-methylguanine-DNA methyltransferase (MGMT) adalah protein perbaikan DNA yang
melindungi genom seluler dan gen onkogenik penting dari aksi mutagenik agen alkilasi endogen
dan eksogen. Penghapusan O6-alkilguanin yang dipercepat dengan meningkatkan tingkat
aktivitas MGMT cenderung menjadi kemopreventio yang sukses ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
10. Insiden tinggi kanker epitel pada tikus kekurangan untuk DNA polymerase delta
proofreading.
Robert E Goldsby, Laura E Hays, Xin Chen, Elise A Olmsted, William B Slayton, Gerry J
Spangrude, Bradley D Preston
PNAS 2002-11-26
Mutasi adalah tanda kanker. Sel normal meminimalkan mutasi spontan melalui tindakan
gabungan selektivitas basis polimerase, proofreading eksonukleolitik 3 '-> 5', koreksi
ketidakcocokan, dan perbaikan kerusakan DNA. Untuk menentukan konsekuensi dari
proofreading cacat pada mamalia, kami membuat tikus dengan mutasi titik ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
11. Struktur dan fungsi protein perbaikan ketidakcocokan.
W Yang
Penelitian Mutasi / Mekanisme Fundamental dan Molekuler Mutagenesis 2000-08-30
Perbaikan DNA mismatch diperlukan untuk menjaga stabilitas genomik dan sangat lestari dari
prokariota hingga eukariota. Kesalahan yang dibuat selama replikasi DNA, seperti penghapusan,
penyisipan dan basep yang tidak cocok, adalah substrat untuk perbaikan ketidakcocokan.
Perbaikan ketidaksesuaian adalah untaian-spesifik dan target hanya yang baru dibuat ... Baca
Lebih Lanjut
baca abstrak
12. DNA mismatch repair: fungsi dan mekanisme.
Ravi R Iyer, Anna Pluciennik, Vickers Burdett, Paul L Modrich
Ulasan Kimia 2006-02-01
Baca lebih banyak
baca abstrak
13. Mekanisme dalam perbaikan mismatch eukariotik.
Paul Modrich
Jurnal Kimia Biologi 2006-10-13
Baca lebih banyak
baca abstrak
14. Mismatch perbaikan dan sindrom kanker kolorektal non-poliposis herediter (HNPCC).
Annegret Müller, Richard Fishel
Investigasi Kanker 2002-01-01
Kanker kolorektal non-poliposis herediter (HNPCC) -syndrome adalah bentuk paling umum dari
kanker kolorektal herediter, dan menyumbang 2-7% dari total beban kanker kolorektal. Karena
tidak ada fitur klinis tunggal spesifik untuk HNPCC, diagnosis didasarkan pada riwayat keluarga
(kriteria Amsterdam atau Bethesda) dan ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
15. N-glikosidase dari Escherichia coli yang melepaskan urasil bebas dari DNA yang
mengandung residu sitosin yang terdeaminasi.
T Lindahl
PNAS 1974-09-01
Enzim yang membebaskan urasil dari DNA beruntai tunggal dan beruntai ganda yang
mengandung residu sitosin yang terdeaminasi dan dari kopolimer deoksikitidilat-deoksiuridilat
dalam ketiadaan Mg (++) telah dimurnikan 30 kali lipat dari ekstrak sel E.coli. Enzim tidak
melepaskan uracil dari deoxyuridine, dUMP, uridin, atau RNA, atau ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
16. Fitur struktural apa yang menentukan perbaikan spesifisitas enzim dan mekanisme dalam
DNA yang dimodifikasi secara kimia?
B Singer, B Hang
Penelitian Kimia dalam Toksikologi 1997-07-01
Pertanyaan penting dalam perbaikan adalah bagaimana enzim mengenali substrat. Dalam
mensurvey literatur yang relevan, menjadi jelas bahwa tidak ada aturan yang dapat diterapkan
dengan jelas. Pada saat ini nampak bahwa glikosilase urasil adalah satu-satunya enzim perbaikan
dimana semua substrat yang diketahui dapat dirasionalisasi berdasarkan ... Lihat lebih lanjut
baca abstrak
17. Kontrol kualitas dengan perbaikan DNA.
T Lindahl, RD Wood
Sains 1999-12-03
Pemeliharaan genome yang setia sangat penting bagi individu dan spesies. Kerusakan DNA
muncul dari kedua sumber endogen seperti air dan oksigen dan sumber eksogen seperti sinar
matahari dan asap tembakau. Dalam sel manusia, perubahan dasar umumnya dihapus oleh jalur
perbaikan eksisi yang melawan efek mutagenik ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
18. XRCC1 polypeptide berinteraksi dengan DNA polymerase beta dan mungkin poly (ADP-
ribose) polimerase, dan DNA ligase III adalah 'sensor-nick' baru secara in vitro.
KW Caldecott, S Aoufouchi, P Johnson, S Akan
Penelitian Asam Nukleat 1996-11-15
Protein perbaikan DNA XRCC1 dan DNA ligase III secara fisik terkait dalam sel manusia dan
langsung berinteraksi in vitro dan in vivo. Di sini, kami menunjukkan bahwa XRCC1 juga terkait
dengan DNA polimerase-beta dalam sel manusia dan bahwa polipeptida ini juga langsung
berinteraksi. Kami juga menyajikan data yang menunjukkan bahwa poli (AD ... Baca Lebih
Lanjut
baca abstrak
19. Perbaikan eksisi dasar terganggu pada sel mamalia yang kurang Poli (ADP-ribosa)
polimerase-1.
F Dantzer, G de La Rubia, JMénissier-De Murcia, Z Hostomsky, G de Murcia, V Schreiber
Biokimia (Washington) 2000-06-27
Dalam sel mamalia, basa yang rusak dalam DNA dikoreksi oleh jalur perbaikan eksisi pangkal
yang dibagi menjadi dua jalur yang berbeda tergantung pada panjang patch yang disintesis,
penggantian satu nukleotida untuk perbaikan patch pendek, dan resintesis beberapa nukleotida
untuk jangka panjang. perbaikan patch. Keterlibatan poli (ADP ... Read More
baca abstrak
20. Perbaikan perbaikan eksisi situs abasic mamalia. Identifikasi urutan reaksi dan langkah-
langkah penentuan tingkat.
DK Srivastava, BJ Berg, R Prasad, JT Molina, WA Beard, AE Tomkinson, SH Wilson
Jurnal Biologi Kimia 1998-08-14
Basis perbaikan eksisi (BER) adalah salah satu mekanisme pertahanan seluler memperbaiki
kerusakan pada residu nukleosida 5'-monofosfat dalam DNA genomik. Jalur perbaikan ini
diprakarsai oleh pemutusan ikatan N-glycosidic secara spontan atau enzimatik yang menciptakan
situs abasic atau apurinic-apyrimidinic (AP) dalam DNA beruntai ganda. Kelas II AP endonuclea
... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
21. AP endonuclease 1 mengkoordinasikan aktivitas flap endonuclease 1 dan DNA ligase I
dalam perbaikan eksisi pangkalan patch panjang.
Tamara A Ranalli, Samson Tom, Robert A Bambara
Jurnal Kimia Biologi 2002-11-01
Kehilangan dasar adalah umum pada DNA seluler, yang dihasilkan dari degradasi spontan dan
penghapusan enzimatik dari basa yang rusak. Apurinic / apyrimidinic (AP) endonuklease
mengenali dan membersihkan abasic (AP) situs selama perbaikan eksisi dasar (BER). APE1
(REF1, HAP1) adalah endonuklease AP dominan dalam sel mamalia. Di sini kami menganalisis
... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
22. Long-patch perbaikan DNA sintesis selama perbaikan eksisi pangkalan di sel mamalia.
Ulrike Sattler, Philippe Frit, Bernard Salles, Patrick Calsou
Laporan EMBO 2003-04-01
Proses perbaikan eksisi dasar (BER) menghilangkan kerusakan dasar seperti oksidasi, alkilasi
atau situs abasic. Dua BER sub-jalur telah dikarakterisasi menggunakan metode in vitro, dan
telah diklasifikasikan sesuai dengan panjang patch perbaikan sebagai salah satu 'short-patch'
BER (satu nukleotida) atau 'long-patch' BER (LP-BER; lebih dari pada ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
23. Polimerase DNA yang berbeda terlibat dalam perbaikan eksisi dasar patch pendek dan
panjang pada sel mamalia.
P Fortini, B Pascucci, E Parlanti, RW Sobol, SH Wilson, E Dogliotti
Biokimia (Washington) 1998-03-17
Sel mamalia memiliki dua jalur yang berbeda untuk penyelesaian perbaikan eksisi pangkal
(BER): jalur short-patch dependen DNA polimerase beta (Pol beta) (penggantian satu
nukleotida), yang merupakan rute utama, dan jalur patch panjang ( resynthesis dari 2-6
nukleotida), yang bergantung pada PCNA. Untuk mengatasi masalah bagaimana ... Baca Lebih
Lanjut
baca abstrak
24. Jalur kedua untuk penyelesaian perbaikan eksisi DNA manusia: rekonstitusi dengan protein
yang dimurnikan dan persyaratan untuk DNase IV (FEN1).
A Klungland, T Lindahl
EMBO Journal 1997-06-02
Dua bentuk perbaikan eksisi basa DNA (BER) telah diamati: jalur 'short-patch' BER yang
melibatkan penggantian satu nukleotida dan jalur 'patch panjang' BER dengan pengisian celah
beberapa nukleotida. Modus perbaikan yang terakhir telah diteliti menggunakan ekstrak bebas
sel manusia atau protein yang dimurnikan. Koreksi rutin ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
25. Peran sub-tugas perbaikan pemutusan dasar dalam mengoreksi situs abas teroksidasi di DNA.
Jung-Suk Sung, Bruce Demple
Jurnal FEBS 2006-04-01
Perbaikan eksisi dasar DNA (BER) pada dasarnya penting dalam menangani lesi yang beragam
yang dihasilkan sebagai akibat ketidakstabilan intrinsik DNA atau oleh berbagai spesies reaktif
endogen dan eksogen. Cacat dalam proses BER telah dikaitkan dengan kerentanan kanker dan
gangguan neurodegeneratif. BER corong beragam ba ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
26. Heterogenitas genomik perbaikan eksisi nukleotida.
AS Balajee, VA Bohr
Gen 2000-05-30
Perbaikan eksisi nukleotida (NER) adalah salah satu jalur seluler utama yang menghilangkan
adduct DNA yang besar dan lesi heliks-distorsi. Konsekuensi biologis dari NER yang rusak pada
manusia termasuk karsinogenesis kulit imbas sinar UV dan neurodegenerasi yang luas.
Memahami mekanisme proses APM adalah impor besar ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
27. Enzim perbaikan dari kerusakan DNA radikal bebas yang diinduksi.
Laurent Gros, Murat K Saparbaev, Jacques Laval
Oncogene 2002-12-16
Sejumlah mutagen intrinsik dan ekstrinsik menginduksi kerusakan struktural pada DNA seluler.
Kerusakan DNA ini adalah sitotoksik, kesalahan pengkodean atau keduanya dan diyakini berasal
dari lethality sel, degenerasi jaringan, penuaan dan kanker. Untuk segera menangkal efek
merusak dari lesi tersebut, menyebabkan genomik ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
28. Analisis biokimia dari proses pengenalan kerusakan dalam perbaikan eksisi nukleotida.
Jin-Sam You, Mu Wang, Lee Suk-Hee
Jurnal Kimia Biologi 2003-02-28
XPA, XPC-hHR23B, RPA, dan TFIIH semuanya adalah protein pengenalan kerusakan yang
penting untuk tahap awal perbaikan eksisi nukleotida. Meskipun demikian, tidak jelas bagaimana
protein-protein ini bekerja bersama di situs DNA yang rusak. Untuk mendapatkan wawasan
tentang mekanisme molekuler pengakuan kerusakan, kami melakukan analisis komprehensif
pada ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
29. Jalur perbaikan eksisi nukleotida yang terlibat dalam resistensi Cisplatin pada kanker paru
non-sel kecil.
Rafael Rosell, Miguel Taron, Agusti Barnadas, Giorgio Scagliotti, Carme Sarries, Barbara Roig
Kontrol Kanker 2003-01-01
Terlepas dari daftar semakin banyak kelainan genetik diidentifikasi sebagai terlibat dalam jalur
perbaikan DNA yang mengubah chemosensitivity pada pasien kanker paru non-sel kecil
(NSCLC), tes translasi belum dikembangkan untuk digunakan dalam kemoterapi individual.
Dalam metastatic NSCLC, tidak ada kemoterapi berbasis cisplatin ... Read More
baca abstrak
30. Kapasitas perbaikan DNA: inkonsistensi antara efek dari ekspresi berlebihan dari lima gen
NER dan korelasi ke tingkat mRNA di limfosit primer.
U Vogel, M Dybdahl, G Frentz, BA Nexo
Penelitian Mutasi / Mekanisme Fundamental dan Molekuler Mutagenesis 2000-11-09
Kami sebelumnya telah menunjukkan bahwa kapasitas perbaikan DNA yang tinggi melindungi
pasien psoriasis terhadap karsinoma sel basal yang diinduksi secara kimiawi [Dybdahl et al.
Mutat. Res. 433 (1999) 15-22]. Kami telah menggunakan orang yang belajar yang sama untuk
menyelidiki korelasi antara ekspresi delapan gen yang terlibat dalam perbaikan eksisi nukleotida
dan ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
31. Subway perbaikan eksisi nukleotida dan pengaturannya.
Philip C Hanawalt
Oncogene 2002-12-16
Perbaikan eksisi nukleotida memberikan pertahanan seluler yang penting terhadap berbagai
macam perubahan DNA yang tidak terkait secara struktural. Sebagian besar perubahan ini, jika
tidak diperbaiki, dapat berkontribusi pada mutagenesis, onkogenesis, dan kelainan
perkembangan, serta mematikan sel. Ada dua subway dari excisio nukleotida ... Baca Lebih
Lanjut
baca abstrak
32. DNA akhir-bergabung: dari ragi ke manusia.
SE Critchlow, SP Jackson
Tren dalam Ilmu Biokimia 1998-10-01
DNA end-joining non-homolog (NHEJ) adalah proses penting yang telah dilestarikan sangat
sepanjang evolusi eukariotik. Pada intinya adalah kompleks multiprotein yang mengandung
heterodimer KU70-KU80. Pekerjaan terbaru telah mengidentifikasi protein tambahan yang
terlibat dalam jalur ini, memberikan wawasan ke dalam mekanisme NHEJ dan reveali ... Baca
Lebih Lanjut
baca abstrak
33. Bukti biokimia untuk jalur cadangan Ku-independen dari NHEJ.
Huichen Wang, Ange Ronel Perrault, Yoshihiko Takeda, Wei Qin, Hongyan Wang, George
Iliakis
Penelitian Asam Nukleat 2003-09-15
Sel-sel proses eukariota yang lebih tinggi dalam beberapa menit untai ganda istirahat (DSBs)
dalam genom mereka menggunakan non-homologous end join (NHEJ) aparat yang melibatkan
DNA-PKcs, Ku, DNA ligase IV, XRCC4 dan lainnya sebagai faktor yang belum teridentifikasi.
Meskipun inhibisi kimia, atau mutasi, dalam salah satu faktor ini menunda pemrosesan, sel ...
Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
34. Jalur cadangan NHEJ ditekan oleh DNA-PK.
Ronel Perrault, Huichen Wang, Minli Wang, Bustanur Rosidi, George Iliakis
Jurnal Biokimia Seluler 2004-07-01
Dalam sel-sel eukariota yang lebih tinggi, double strand breaks (DSBs) yang diinduksi dalam
DNA setelah paparan radiasi pengion (IR) dengan cepat bergabung kembali dengan jalur
penggabungan ujung non-homolog (NHEJ) yang membutuhkan DNA dependent protein kinase
(DNA-PK) dan Oleh karena itu disebut di sini D-NHEJ. Ketika jalur ini secara kimia atau
genetik ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
35. inhibitor perbaikan DNA dalam pengobatan kanker.
Isabel Sánchez-Pérez
Clinical & Translational Oncology 2006-09-01
Kemoterapi dan radiasi adalah dua modalitas penting untuk pengobatan kanker. Banyak agen
dalam klinis yang digunakan memiliki kemampuan untuk menginduksi kerusakan DNA, namun
mereka mungkin sangat sitotoksik sebagai efek sekunder. Mekanisme yang berbeda juga terlibat,
dalam mendeteksi dan memperbaiki kerusakan DNA. Modulasi jalur ini, memiliki ... Baca Lebih
Lanjut
baca abstrak
36. Penghambatan perbaikan DNA: strategi penargetan tumor selektif.
Srinivasan Madhusudan, Ian D Hickson
Tren Kedokteran Molekuler 2005-11-01
Kanker stadium lanjut adalah penyebab utama kematian di negara maju. Kemoterapi dan radiasi
adalah dua modalitas pengobatan utama yang tersedia saat ini. Sitotoksisitas dari banyak agen ini
secara langsung berkaitan dengan kecenderungan mereka untuk menginduksi kerusakan DNA.
Namun, kemampuan sel kanker untuk mengenali kerusakan ini dan ... Baca Lebih Lanjut
baca abstrak
37. Penghambatan polimerase poli (ADP-ribosa) pada kanker.
Elizabeth Ruth Plummer
Opini Saat Ini dalam Farmakologi 2006-08-01
Penghambatan perbaikan DNA enzim poli (ADP-ribosa) polimerase-1 (PARP-1) telah banyak
diteliti dalam pengaturan pra-klinis sebagai strategi untuk kemoterapi atau radio-potensiasi.
Bukti terbaru menunjukkan bahwa inhibitor PARP mungkin aktif sebagai agen tunggal pada
kanker langka tertentu yang membawa kerusakan DNA ... Baca lebih lanjut
baca abstrak
38. Memanfaatkan peran O6-methylguanine-DNA-methyltransferase (MGMT) dalam terapi
kanker.
Ami Sabharwal, Mark R Middleton
Opini Saat Ini dalam Farmakologi 2006-08-01
Meningkatkan kemanjuran kemoterapi standar dengan menargetkan mekanisme perbaikan DNA
tetap merupakan bidang penelitian yang penting. O6-methylguanine-DNA-methyltransferase
(MGMT), yang memperbaiki kerusakan alkylating agent, adalah salah satu dari target tersebut.
Downregulation dari gen melalui pembungkaman epigenetik telah ditunjukkan untuk
memprediksi respon terhadap alkylati
Perbaikan DNA
biologi
Ditulis oleh:

 Cindy Chang

Lihat Artikel Sejarah

Perbaikan DNA , salah satu dari beberapa mekanisme di mana sel mempertahankan integritas
kode genetiknya . Perbaikan DNA memastikan kelangsungan hidup suatu spesies dengan
memungkinkan orang tua DNA diwariskan setepat mungkin dengan keturunan. Ini juga menjaga
kesehatan seorang individu. Mutasi pada kode genetik dapat menyebabkan kanker dan penyakit
genetik lainnya.

Baca Lebih Lanjut tentang Topik Ini

asam nukleat: Perbaikan

Sangat penting bahwa integritas DNA dipertahankan untuk memastikan kerja sel yang akurat
selama masa hidupnya dan untuk memastikan bahwa informasi genetik dilewatkan secara akurat
dari satu generasi ke generasi berikutnya. Pemeliharaan ini tercapai ...

Keberhasilan replikasi DNA membutuhkan dua basis purin , adenin (A) dan guanin (G),
berpasangan dengan pasangan pirimidin , thymine (T) dan cytosine (C). Namun, jenis kerusakan
yang berbeda dapat mencegah pasangan basa yang benar, di antaranya adalah mutasi spontan,
kesalahan replikasi, dan modifikasi kimia. Mutasi spontan terjadi ketika basa DNA bereaksi
dengan lingkungannya , seperti ketika air menghidrolisis basa dan mengubah strukturnya,
menyebabkannya berpasangan dengan dasar yang salah. Kesalahan replikasi diminimalkan
ketika mesin replikasi DNA "mengoreksi" sintesisnya sendiri, tetapi kadang-kadang pasangan
basis yang tidak cocok melarikan diri dari proofreading. Agen kimia memodifikasi basa dan
mengganggu replikasi DNA. Nitrosamin, yang ditemukan dalam produk seperti bir dan makanan
acar, dapat menyebabkan alkilasi DNA (penambahan gugus alkil). Oksidator dan radiasi pengion
menciptakan radikal bebas di dalam sel yang mengoksidasi basa, terutama guanin. Sinar
ultraviolet (UV) dapat menghasilkan produksi radikal bebas yang merusak dan dapat meleburkan
pirimidin yang berdekatan , menciptakan dimer pirimidin yang mencegah replikasi DNA.
Radiasi pengion dan obat-obatan tertentu, seperti chemotherapeutic agent bleomycin, juga dapat
memblokir replikasi, dengan menciptakan double-strand break dalam DNA. (Agen-agen ini juga
dapat membuat istirahat single-strand, meskipun bentuk kerusakan ini sering lebih mudah untuk
sel-sel untuk diatasi.) Basis analog dan agen interkalasi dapat menyebabkan penyisipan abnormal
dan penghapusan dalam urutan.

Ada tiga jenis mekanisme perbaikan: pembalikan langsung kerusakan, perbaikan eksisi, dan
perbaikan postreplication. Perbaikan pembalikan langsung khusus untuk kerusakan. Sebagai
contoh, dalam proses yang disebut photoreactivation, pirimidin basa yang disebarkan oleh sinar
UV dipisahkan oleh DNA photolyase ( enzim yang digerakkan oleh cahaya). Untuk pembalikan
langsung peristiwa alkilasi, metiltransferase DNA atau glikosilase DNA mendeteksi dan
menghilangkan gugus alkil. Perbaikan eksisi bisa spesifik atau nonspesifik. Di perbaikan eksisi
pangkalan , glikosilase DNA secara khusus mengidentifikasi dan menghilangkan dasar yang
tidak sesuai. Di perbaikan eksisi nukleotida , mesin perbaikan mengakui beragam distorsi dalam
heliks ganda yang disebabkan oleh basis yang tidak sesuai; dalam bentuk perbaikan ini, seluruh
daerah terdistorsi dieksisi. Perbaikan postreplication terjadi di bagian hilir lesi, karena replikasi
diblokir di situs kerusakan sebenarnya. Agar replikasi terjadi, segmen pendek DNA yang disebut
fragmen Okazaki disintesis. Kesenjangan yang tersisa di situs yang rusak diisi melalui perbaikan
rekombinasi, yang menggunakan urutan dari kromosom adik yang tidak rusak untuk
memperbaiki yang rusak, atau melalui perbaikan rawan kesalahan, yang menggunakan untaian
yang rusak sebagai template urutan. Perbaikan rawan kesalahan cenderung tidak akurat dan
rentan terhadap mutasi.

Seringkali ketika DNA rusak, sel memilih untuk mereplikasi lesi alih-alih menunggu perbaikan (
sintesis translesi). Meskipun hal ini dapat menyebabkan mutasi, hal ini lebih baik untuk
menghentikan replikasi DNA, yang menyebabkan kematian sel. Di sisi lain, pentingnya
perbaikan DNA yang tepat disorot ketika perbaikan gagal. Oksidasi guanin oleh radikal bebas
mengarah ke transversion GT, salah satu mutasi paling umum pada kanker manusia.

Kanker kolorektal nonpolyposis keturunan hasil dari mutasi pada protein MSH2 dan MLH1,
yang memperbaiki ketidakcocokan selama replikasi. Xeroderma pigmentosum (XP) adalah
kondisi lain yang dihasilkan dari perbaikan DNA yang gagal. Pasien dengan XP sangat sensitif
terhadap cahaya, menunjukkan penuaan kulit dini, dan rentan terhadap tumor kulit ganas karena
protein XP, banyak yang memediasi perbaikan eksisi nukleotida, tidak lagi berfungsi.
Perbaikan DNA atau DNA Repair

DNA dalam inti sel di tubuh kita bisa mengalami kerusakan dari berbagai agen luar (eksternal
agent) maupun kerusakan secara langsung (spontaneous endogenous processes). Proses kerusakan
DNA oleh agen dapat menimbulkan meliputi : radikal bebas, single & double strand breaks,
merusak residu deoxyribose, menginduksi base alterations misalnya metilasi, perubahan basa
karena proses kimia tertentu. Kerusakan DNA dapat terjadi karena metabolisme seluler, eksposur
dengan sinar UV, radiasi ion, eksposur dengan bahan kimia, kesalahan replikasi.

Perbaikan kerusakan DNA dengan cara aktivasi cek point pada siklus sel, aktivasi program
transkripsi, DNA repair (direct reversal, base excision repair, nucleotide excision repair, mismatch
repair, double strand break repair, homolog recombination), apoptosis.

Kerusakan DNA diklasifikasikan dalam beberapa cara, yaitu :

• Modifikasi basa:

- Perubahan kimia

- Ikatan kovalen antara basa yang berdekatan

- Kehilangan basa

• Intrastrand cross-linking, mencegah replikasi dan transkripsi DNA

• Kerusakan DNA tipe tiga

- Kerusakan strand DNA, yang paling hebat yaitu kerusakan double-strand DNA (DSBs) yang
menyebabkan DNA-nya putus.
Pada deaminasi C. C mengalami deaminasi sehingga menjadi U. Maka pada saat DNA replikasi
G diganti A. Setelah replikasi terjadi mutasi (seharusnya G diganti U). Pasangannya mengalami
deaminasi sehingga pasangannya diganti atau dengan merubah U menjadi C sementara G tetap.

Poin mutation merupakan perubahan 1 basa.

Depurinasi A. Kehilangan A: mutasinya dengan memotong (kehilangan 1 basa) atau mengganti

pasangan yang hilang.

Abnormalitas dari DNA repair bisa menyebabkan cancer dan penuaan.

Beberapa cara untuk repair / memperbaiki

- Single step reactions, direct reversal (langsung diganti) dengan single enzyme seperti
photolyase atau O-6-methyl-DNA-alkyltransferase.

- Single and multi-step base excision repair mechanisms. (glikosilasis)

- Multi-step reaction

Perbaikan DNA / DNA repair dikelompokkan menjadi 3 cara:

- Damage reversal: langsung digantikan

- Damage removal: dihilangkan

- Damage tolerance: mentoleransi kesalahan

keterangan:

Damage reversal

- Cara mudah untuk memperbaiki DNA

- Enzim yang mereparasi tidak perlu memotong DNA tetapi hanya menggantikan saja (pada proof
reading).

- Photorectivation merupakan contoh damage reversal .

Kalau terjadi kesalahan, misal DNA polymerase melakukan kesalahan sehingga timbul
misincorporated nucleotide sehingga kalau tidak sesuai (misalnya harusnya G dipasang A) maka
akan timbul tonjolan, sehingga proof reading akan mundur karena memiliki exonuclease activity,
membetulkan kesalahan dan selanjutnya maju lagi.

Damage removal

Lebih kompleks karena melibatkan replacing (penggantian) dengan dipotong-potong. Ada tiga tipe
damage removal, yaitu:

• Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang lain.

• Mismatch repair, penggantian basa yang tidak sesuai yang dilakukan dengan enzim.

• Nucleotide excision repair, memotong pada salah satu segmen DNA yang mengalami kerusakan.

Base Excision repair

Uracil (U) dipotong (Glycosylase) --> dikeluarkan (phosphodiesterase) --> diganti (DNA
polymerase) dengan C --> ditempelkan (ligase)

Nucleotide Excision repair

Kesalahannya pyrimidine dimer (kesalahan 2 basa tetangga), maka yang dilakukan dengan
memotong pada satu tempat tertentu dan dilepas oleh DNA helicase, selanjutnya DNA polymerase
dan DNA ligase bekerja untuk memperbaikinya.

Pada mismatch proofreading karena kesalahan pada kedua strand sehingga harus dipotong-potong.

Damage tolerance dilakukan bila kesalahan tidak dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa
ditoleransi dan yang terpotong adalah kedua strand. Ada 2 cara:

- Homolongous recombination (HR), menggunakan sister kromatid untuk memperbaiki kerusakan.

Pada cara ini tidak akan terjadi delesi.

- Non homologous end joining (NHEJ), bila putusnya tidak sama makan akan diratakan dulu
dengan eksonukleuse, kemudian ada enzim tertentu yang bekerja dan akan menggabungkan.
Tetapi akan terjadi delesi.

Sumber : Molecular Biology of the cell Fifth Edition 2008

PROTEIN YANG BERPERAN DALAM PERBAIKAN DNA (DNA REPAIR)

1.Protein hHR23a
Rad23 keluarga protein, termasuk protein manusia homologs hHR23a dan hHR23b, merangsang
perbaikan eksisi nukleotida dan telah ditunjukkan untuk memberikan hubungan antara sebuah
novel yang ditengahi proteasome degradasi protein dan perbaikan DNA. Proteasomal mengatur
S5a subunit hHR23a struktur protein. Rad 23a berisi empat terstruktur domain dihubungkan oleh
linker fleksibel daerah. Domain tersebut berinteraksi dalam mode intramolekul, dan dengan
menggunakan data coupling dipolar residu dalam kombinasi dengan Usikan pergeseran kimia
analisis. hHR23a konformasi yang tertutup didefinisikan oleh interaksi N-terminal ubiquitin-
seperti domain dengan dua ubiquitin-terkait domain. Pengikatan S5a subunit proteasomal
mengganggu hHR23a interaksi interdomain dan dengan demikian menyebabkannya untuk
mengadopsi konformasi yang dibuka.

2. protein MLH 1
Fungsi protein MLH 1

Memperbaiki kesalahan saat replikasi, termasuk dalam mismatch repair (MMR). Protein ini
memiliki 3 domain, yaitu domain PSM, MutS a dan ATP ase.
Mekanisme kerja : MLH1 berikatan dengan PSM2 membentuk kompleks MutL a, MutL a
berikatan dengan MutS a (MSH2-MSH6), kompeks ini mengaktivasi protein lain untuk
memperbaiki kesalahan (membuang sekuen DNA yang keliru & mengganti dengan sekuens yang
benar / removal).
Gangguan patologis protein MLH1
Mutasi pada MLH1 menyebabkan rentan terhadap kanker, yaitu pada usus besar (Hereditary non-
polyposis colorectal cancer (HNPCC)) dan risiko kanker pada rahim, ovarium, payudara, perut,
usus halus dan laring.

3. Protein MSH2
Gen MutS H2 yang disandi oleh MSH2 terletak pada kromosom 2p22-p21, dimulai dari
47.483.767 bp sampai 47.593.877 bp, terdiri dari 16 exon dan 15 intron, 80.098 bp, 110,111 basa,
932 asam amino, berat molekul 104.743 Da.
MSH2 sebagai komponen dari sistem MMR pasca replikasi DNA.
Protein MSH2 memiliki peran ganda dalam DNA repair dan apoptosis.
2 bentuk heterodimer berbeda yaitu MutS α (MSH2-MSh6) dan MutS  (MSH2-MSH3).
Perbaikan DNA
dari Wikipedia, ensiklopedia gratis
Lompat ke navigasi Lompat ke pencarian
Untuk jurnal, lihat Perbaikan DNA (jurnal) .

Kerusakan DNA menghasilkan beberapa kromosom yang rusak

Perbaikan DNA adalah kumpulan proses di mana sel mengidentifikasi dan memperbaiki
kerusakan pada molekul DNA yang menyandikan genomnya . Dalam sel manusia, aktivitas
metabolisme normal dan faktor lingkungan seperti radiasi dapat menyebabkan kerusakan DNA,
yang menghasilkan sebanyak 1 juta lesi molekuler per sel per hari. [1] Banyak lesi ini
menyebabkan kerusakan struktural pada molekul DNA dan dapat mengubah atau menghilangkan
kemampuan sel untuk mentranskripsikan gen yang dikodekan DNA yang terkena. Lesi lain
menginduksi mutasi berpotensi berbahaya dalam gen sel, yang mempengaruhi kelangsungan
hidup sel anak perempuannya setelah mengalami mitosis . Sebagai akibatnya, proses perbaikan
DNA terus aktif karena merespon kerusakan dalam struktur DNA. Ketika proses perbaikan
normal gagal, dan ketika apoptosis seluler tidak terjadi, kerusakan DNA yang tidak dapat
diperbaiki dapat terjadi, termasuk istirahat untai ganda dan DNA crosslinkages (interstrand
crosslinks atau ICLs). [2] [3] Hal ini akhirnya dapat menyebabkan tumor ganas, atau kanker sesuai
dengan dua hipotesis hit .

Tingkat perbaikan DNA tergantung pada banyak faktor, termasuk jenis sel, usia sel, dan
lingkungan ekstraseluler. Sel yang telah mengakumulasi sejumlah besar kerusakan DNA, atau
yang tidak lagi efektif memperbaiki kerusakan yang terjadi pada DNA-nya, dapat memasuki
salah satu dari tiga kondisi yang mungkin:

1. keadaan dormansi ireversibel, yang dikenal sebagai penuaan

2. bunuh diri sel, juga dikenal sebagai apoptosis atau kematian sel terprogram
3. pembelahan sel yang tidak diatur, yang dapat mengarah pada pembentukan tumor yang
bersifat kanker

Kemampuan memperbaiki DNA suatu sel sangat penting untuk integritas genomnya dan dengan
demikian berfungsi normal dari organisme itu. Banyak gen yang pada awalnya terbukti
mempengaruhi rentang hidup ternyata terlibat dalam perbaikan dan perlindungan kerusakan
DNA. [4]

Mainkan media
Paul Modrich

Hadiah Nobel Kimia tahun 2015 diberikan kepada Tomas Lindahl , Paul Modrich , dan Aziz
Sancar untuk pekerjaan mereka pada mekanisme molekuler proses perbaikan DNA. [5] [6]

Isi
 1 kerusakan DNA
o 1.1 Sumber
o 1,2 Jenis
o 1.3 Nuklir versus mitokondria
o 1.4 Senescence dan apoptosis
o 1,5 Mutasi
 2 Mekanisme
o 2.1 Pembalikan langsung
o 2.2 Kerusakan single-strand
o 2.3 Istirahat dua untai
o 2.4 Sintesis translesi
 3 Respons global terhadap kerusakan DNA
 o 3.1 Langkah awal
o 3.2 titik pemeriksaan kerusakan DNA
o 3.3 Respons SOS prokariotik
o 3.4 Tanggapan transkripsi Eukariotik terhadap kerusakan DNA
 4 Aging
o 4.1 Efek patologis dari perbaikan DNA yang buruk
o 4.2 Batasan umur panjang dan kalori
 5 Obat dan modulasi perbaikan DNA
o 5.1 gangguan perbaikan DNA herediter
 6 Kanker
o 6.1 memperbaiki cacat DNA pada kanker
o 6.2 Perbaikan kerusakan DNA epigenetik pada kanker
o 6.3 Frekuensi epilatorasi dalam gen perbaikan DNA
o 6.4 Distribusi DNA secara genom dalam sel somatik manusia
 7 Evolusi
o 7.1 Tingkat perubahan evolusioner
 8 Teknologi
 9 Lihat juga
 10 Referensi
 11 tautan eksternal

Kerusakan DNA
Informasi lebih lanjut: kerusakan DNA (alami) dan kerusakan radikal bebas pada DNA

Kerusakan DNA, karena faktor lingkungan dan proses metabolisme yang normal di dalam sel,
terjadi pada tingkat 10.000 hingga 1.000.000 lesi molekuler per sel per hari. [1] Meskipun ini
merupakan hanya 0,000165% dari genom manusia sekitar 6 miliar basa (3 miliar pasangan basa),
lesi yang tidak diperbaiki pada gen-gen kritis (seperti gen supresor tumor ) dapat menghambat
kemampuan sel untuk menjalankan fungsinya dan meningkatkan kemungkinan pembentukan
tumor dan berkontribusi terhadap heterogenitas tumor .

Sebagian besar kerusakan DNA mempengaruhi struktur utama helix ganda; yaitu, basa itu
sendiri dimodifikasi secara kimia. Modifikasi ini pada gilirannya dapat mengganggu struktur
heliks teratur molekul dengan memperkenalkan ikatan kimia non-asli atau adduct besar yang
tidak sesuai dengan standar heliks ganda. Tidak seperti protein dan RNA , DNA biasanya tidak
memiliki struktur tersier dan oleh karena itu kerusakan atau gangguan tidak terjadi pada tingkat
itu. DNA, bagaimanapun, supercoiled dan melilit protein "pengemasan" yang disebut histones
(dalam eukariota), dan kedua superstruktur adalah rentan terhadap efek kerusakan DNA.

Sumber

Kerusakan DNA dapat dibagi menjadi dua jenis utama:

 1. kerusakan endogen seperti serangan oleh spesies oksigen reaktif yang dihasilkan dari
produk sampingan metabolik normal (mutasi spontan), terutama proses deaminasi
oksidatif
1. juga termasuk kesalahan replikasi
2. kerusakan eksogen yang disebabkan oleh agen eksternal seperti
1. ultraviolet [UV 200–400 nm ] radiasi dari matahari
2. frekuensi radiasi lainnya, termasuk sinar-x dan sinar gamma
3. hidrolisis atau gangguan termal
4. racun tanaman tertentu
5. bahan kimia mutagenik buatan manusia, terutama senyawa aromatik yang
bertindak sebagai agen interkalasi DNA
6. virus [7]

Replikasi DNA yang rusak sebelum pembelahan sel dapat menyebabkan penggabungan basis
yang salah dengan yang rusak. Sel anak perempuan yang mewarisi basis yang salah ini
membawa mutasi dari mana urutan DNA asli tidak dapat dipulihkan (kecuali dalam kasus yang
jarang terjadi mutasi punggung , misalnya, melalui konversi gen ).

Jenis

Ada beberapa jenis kerusakan pada DNA karena proses seluler endogen:

1. oksidasi basa [misalnya 8-okso-7,8-dihidroguanin (8-oksoG)] dan generasi interupsi

strand DNA dari spesies oksigen reaktif,
2. alkilasi basa (biasanya metilasi ), seperti pembentukan 7-methylguanosine , 1-
methyladenine, 6-O-Methylguanine
3. hidrolisis basa, seperti deaminasi , depurinasi , dan depyrimidinasi.
4. "formasi besar adisi" (yaitu, benzo [a] pyrene diol epoxide-dG adduct, aristolactam I-dA
adduct)
5. ketidaksesuaian basis, karena kesalahan dalam replikasi DNA , di mana basis DNA yang
salah dijahit pada untaian DNA yang baru terbentuk, atau pangkalan DNA dilewati atau
disisipkan secara salah.
6. Kerusakan monoadduct disebabkan oleh perubahan dalam basis nitrogen tunggal DNA
7. Kerusakan kerusakan

Kerusakan yang disebabkan oleh agen eksogen datang dalam berbagai bentuk. Beberapa contoh
adalah:

1. Sinar UV-B menyebabkan ikatan silang antara sitosin dan basis thymine yang berdekatan
menciptakan pyrimidine dimer . Ini disebut kerusakan DNA langsung .
2. Sinar UV-A menciptakan sebagian besar radikal bebas. Kerusakan yang disebabkan oleh
radikal bebas disebut kerusakan DNA tidak langsung .
3. Radiasi pengion seperti yang diciptakan oleh peluruhan radioaktif atau sinar kosmik
menyebabkan terputusnya untaian DNA. Radiasi ionisasi tingkat menengah dapat
menyebabkan kerusakan DNA yang tidak dapat diperbaiki (menyebabkan replikasi dan
 transkripsi kesalahan yang diperlukan untuk neoplasia atau dapat memicu interaksi virus)
yang mengarah ke penuaan dini dan kanker.
4. Gangguan termal pada suhu tinggi meningkatkan laju depurinasi (kehilangan basa purin
dari tulang punggung DNA) dan istirahat untai tunggal. Sebagai contoh, depurasi
hidrolitik terlihat pada bakteri termofilik , yang tumbuh di air panas pada suhu 40–80 ° C.
[8] [9]
Tingkat depurinasi (300 residu purin per genom per generasi) terlalu tinggi pada
spesies ini untuk diperbaiki oleh mesin reparasi normal, sehingga kemungkinan respons
adaptif tidak dapat dikesampingkan.
5. Bahan kimia industri seperti vinil klorida dan hidrogen peroksida , dan bahan kimia
lingkungan seperti hidrokarbon aromatik polisiklik yang ditemukan dalam asap, jelaga
dan tar menciptakan keragaman yang sangat besar dari DNA adisi-etenobasa, basa
teroksidasi, fosfoterriester teralkilasi dan ikatan silang DNA , hanya untuk beberapa
nama .

Kerusakan UV, alkilasi / metilasi, kerusakan X-ray dan kerusakan oksidatif adalah contoh
kerusakan yang diinduksi. Kerusakan spontan dapat termasuk hilangnya basis, deaminasi,
kerutan cincin gula dan pergeseran tautomer.

Nuklir versus mitokondria

Dalam sel manusia, dan sel eukariotik pada umumnya, DNA ditemukan di dua lokasi seluler - di
dalam nukleus dan di dalam mitokondria . DNA nukleus (nDNA) ada sebagai kromatin selama
tahap non-replikatif dari siklus sel dan dikondensasi menjadi struktur agregat yang dikenal
sebagai kromosom selama pembelahan sel . Di kedua negara itu DNA sangat padat dan berakhir
di sekitar protein mirip manik yang disebut histones . Kapanpun suatu sel perlu mengekspresikan
informasi genetik yang dikodekan dalam nDNAnya, wilayah kromosom yang diperlukan terurai,
gen-gen yang terletak di sana diekspresikan, dan kemudian wilayah tersebut dikondensasikan
kembali ke konformasi istirahatnya. DNA Mitokondria (mtDNA) terletak di dalam organel
mitokondria, ada dalam beberapa salinan, dan juga terkait erat dengan sejumlah protein untuk
membentuk kompleks yang dikenal sebagai nukleoid. Di dalam mitokondria, spesies oksigen
reaktif (ROS), atau radikal bebas , produk samping dari produksi konstan adenosin trifosfat
(ATP) melalui fosforilasi oksidatif , menciptakan lingkungan yang sangat oksidatif yang
diketahui merusak mtDNA. Enzim penting dalam menangkal toksisitas spesies ini adalah
superoksida dismutase , yang hadir di kedua mitokondria dan sitoplasma sel eukariotik.

Senescence dan apoptosis

Senescence, sebuah proses ireversibel di mana sel tidak lagi membelah , adalah respons
pelindung terhadap pemendekan ujung kromosom . Telomere adalah daerah panjang dari DNA
non - kode berulang yang menutup kromosom dan mengalami degradasi parsial setiap kali sel
mengalami pembelahan (lihat batas Hayflick ). [10] Sebaliknya, quiescence adalah keadaan
dormansi seluler yang reversibel yang tidak terkait dengan kerusakan genom (lihat siklus sel ).
Senescence dalam sel dapat berfungsi sebagai alternatif fungsional untuk apoptosis dalam kasus
di mana keberadaan fisik sel untuk alasan spasial diperlukan oleh organisme, [11] yang berfungsi
sebagai "upaya terakhir" mekanisme untuk mencegah sel dengan DNA yang rusak dari
mereplikasi tidak tepat tanpa adanya sinyal seluler pro-pertumbuhan. Pembelahan sel yang tidak
diatur dapat mengarah pada pembentukan tumor (lihat kanker ), yang berpotensi mematikan bagi
organisme. Oleh karena itu, induksi penuaan dan apoptosis dianggap sebagai bagian dari strategi
perlindungan terhadap kanker. [12]

Mutasi

Penting untuk membedakan antara kerusakan DNA dan mutasi, dua jenis kesalahan utama dalam
DNA. Kerusakan DNA dan mutasi pada dasarnya berbeda. Kerusakan menghasilkan kelainan
fisik pada DNA, seperti putus untai tunggal dan ganda, residu 8-hydroxydeoxyguanosine , dan
aduk hidrokarbon aromatik polisiklik. Kerusakan DNA dapat dikenali oleh enzim, dan dengan
demikian dapat diperbaiki dengan benar jika informasi berlebihan, seperti urutan yang tidak
rusak di untaian DNA komplementer atau dalam kromosom homolog, tersedia untuk menyalin.
Jika sel mempertahankan kerusakan DNA, transkripsi gen dapat dicegah, dan dengan demikian
terjemahan ke dalam protein juga akan diblokir. Replikasi juga dapat diblokir atau sel dapat mati.

Berbeda dengan kerusakan DNA, mutasi adalah perubahan dalam urutan basa DNA. Suatu
mutasi tidak dapat dikenali oleh enzim setelah perubahan basa hadir di kedua untai DNA, dan
dengan demikian mutasi tidak dapat diperbaiki. Pada tingkat sel, mutasi dapat menyebabkan
perubahan dalam fungsi dan regulasi protein. Mutasi direplikasi ketika sel bereplikasi. Dalam
populasi sel, sel mutan akan menambah atau mengurangi frekuensi sesuai dengan efek mutasi
pada kemampuan sel untuk bertahan hidup dan bereproduksi.

Meskipun jelas berbeda satu sama lain, kerusakan DNA dan mutasi terkait karena kerusakan
DNA sering menyebabkan kesalahan sintesis DNA selama replikasi atau perbaikan; kesalahan
ini merupakan sumber utama mutasi.

Mengingat sifat-sifat kerusakan DNA dan mutasi, dapat dilihat bahwa kerusakan DNA adalah
masalah khusus dalam sel-sel yang tidak membelah atau sel yang membelah secara perlahan, di
mana kerusakan yang tidak diperbaiki akan cenderung menumpuk seiring waktu. Di sisi lain,
dalam sel yang cepat membelah, kerusakan DNA yang tidak diperbaiki yang tidak membunuh
sel dengan memblokir replikasi akan cenderung menyebabkan kesalahan replikasi dan dengan
demikian mutasi. Sebagian besar mutasi yang tidak netral dalam efeknya merusak kelangsungan
hidup sel. Jadi, dalam populasi sel yang menyusun jaringan dengan sel yang bereplikasi, sel
mutan akan cenderung hilang. Namun, mutasi jarang yang memberikan keuntungan
kelangsungan hidup akan cenderung berkembang secara klonal dengan mengorbankan sel-sel
tetangga di jaringan. Keuntungan pada sel ini tidak menguntungkan bagi seluruh organisme,
karena sel-sel mutan semacam itu dapat menimbulkan kanker. Dengan demikian, kerusakan
DNA pada sel yang sering membelah, karena menyebabkan mutasi, merupakan penyebab kanker
yang menonjol. Sebaliknya, kerusakan DNA dalam sel-sel yang jarang terjadi mungkin
merupakan penyebab utama penuaan. [13]

Mekanisme
Sel tidak dapat berfungsi jika kerusakan DNA merusak integritas dan aksesibilitas informasi
penting dalam genom (tetapi sel tetap berfungsi secara dangkal ketika gen yang tidak penting
hilang atau rusak). Tergantung pada jenis kerusakan yang ditimbulkan pada struktur heliks ganda
DNA, berbagai strategi perbaikan telah berevolusi untuk mengembalikan informasi yang hilang.
Jika memungkinkan, sel menggunakan untaian komplementer yang tidak dimodifikasi dari DNA
atau sister chromatid sebagai template untuk memulihkan informasi asli. Tanpa akses ke
template, sel menggunakan mekanisme pemulihan rawan kesalahan yang dikenal sebagai sintesis
translesi sebagai upaya terakhir.

Kerusakan DNA mengubah konfigurasi spasial heliks, dan perubahan tersebut dapat dideteksi
oleh sel. Setelah kerusakan terlokalisir, molekul perbaikan DNA tertentu mengikat pada atau
dekat lokasi kerusakan, mendorong molekul lain untuk mengikat dan membentuk kompleks yang
memungkinkan perbaikan yang sebenarnya terjadi.

Pembalikan langsung

Sel diketahui menghilangkan tiga jenis kerusakan pada DNA mereka dengan cara
membalikkannya secara kimia. Mekanisme ini tidak memerlukan templat, karena jenis kerusakan
yang mereka hadapi dapat terjadi hanya di salah satu dari empat basis. Mekanisme pembalikan
langsung semacam itu khusus untuk jenis kerusakan yang terjadi dan tidak melibatkan kerusakan
tulang punggung fosfodiester. Pembentukan pyrimidine dimer pada iradiasi dengan sinar UV
menghasilkan ikatan kovalen abnormal antara pangkalan pirimidin yang berdekatan. Proses
fotoreaktivasi langsung membalikkan kerusakan ini oleh aksi enzim photolyase , yang aktivasi
tergantung pada energi yang diserap dari cahaya biru / UV (300-500 panjang gelombang nm)
untuk mendorong katalisis. [14] Photolyase, enzim tua yang ada pada bakteri , jamur , dan
sebagian besar hewan tidak lagi berfungsi pada manusia, [15] yang justru menggunakan perbaikan
eksisi nukleotida untuk memperbaiki kerusakan dari radiasi UV. Tipe lain dari kerusakan,
metilasi basa guanin, secara langsung dibalik oleh protein methyl guanine methyl transferase
(MGMT), setara dengan bakteri yang disebut ogt . Ini adalah proses yang mahal karena setiap
molekul MGMT hanya dapat digunakan sekali; yaitu, reaksi bersifat stoikiometri dan bukan
katalitik . [16] Respons umum terhadap agen methylating dalam bakteri dikenal sebagai respons
adaptif dan memberikan tingkat resistensi terhadap agen alkilasi pada paparan berkelanjutan
dengan peningkatan regulasi perbaikan alkilasi. [17] Jenis kerusakan DNA ketiga yang terbalik
oleh sel adalah metilasi tertentu dari basa sitosin dan adenin.

Kerusakan single-strand
Struktur perbaikan eksisi-pangkalan enzim uracil-DNA glikosilase yang mengeksitasi residu
urasil yang dihasilkan secara hidrolitik dari DNA. Residu urasil ditunjukkan dengan warna
kuning.

Ketika hanya satu dari dua helai heliks ganda yang memiliki cacat, untaian lainnya dapat
digunakan sebagai templat untuk memandu koreksi untaian yang rusak. Untuk memperbaiki
kerusakan pada salah satu dari dua molekul DNA yang berpasangan, terdapat sejumlah
mekanisme perbaikan eksisi yang menghilangkan nukleotida yang rusak dan menggantikannya
dengan pelengkap nukleotida yang tidak rusak yang ditemukan pada untai DNA yang tidak
rusak. [16]

1. Basis perbaikan eksisi (BER) memperbaiki kerusakan pada satu basa nitrogen tunggal
dengan mengerahkan enzim yang disebut glikosilase . [18] Enzim-enzim ini
menghilangkan satu basa nitrogen tunggal untuk membuat situs apurinic atau
apyrimidinic ( situs AP ). [18] Enzim yang disebut endonucleases AP nick tulang
punggung DNA yang rusak di situs AP. DNA polimerase kemudian menghilangkan
daerah yang rusak menggunakan aktivitas eksonuklease 5 'hingga 3' dan dengan benar
mensintesis untai baru menggunakan untai komplementer sebagai templat. [18]
2. Perbaikan eksisi nukleotida (NER) memperbaiki DNA yang rusak yang umumnya terdiri
dari kerusakan besar, heliks-distorsi, seperti dimerisasi pirimidin yang disebabkan oleh
sinar UV. Daerah yang rusak akan dihilangkan dalam 12-24 helai panjang-nukleotida
dalam proses tiga langkah yang terdiri dari pengakuan kerusakan, eksisi DNA yang rusak
baik hulu dan hilir dari kerusakan oleh endonuklease , dan resynthesis dari wilayah DNA
yang dilepas. [19] NER adalah mekanisme perbaikan yang sangat evolusioner yang
dilestarikan dan digunakan di hampir semua sel eukariotik dan prokariotik. [19] Pada
prokariota, NER dimediasi oleh protein Uvr . [19] Pada eukariot, banyak protein yang
terlibat, meskipun strategi umumnya sama. [19]
3. Sistem perbaikan ketidakcocokan hadir di dasarnya semua sel untuk memperbaiki
kesalahan yang tidak diperbaiki oleh proofreading . Sistem ini terdiri dari setidaknya dua
protein. Satu mendeteksi ketidakcocokan, dan yang lain merekrut endonuklease yang
memotong untaian DNA yang baru disintesis mendekati daerah kerusakan. Dalam E. coli
, protein yang terlibat adalah protein kelas Mut. Ini diikuti dengan pengangkatan daerah
yang rusak oleh eksonuklease, resintesis oleh DNA polimerase, dan penyekatan nick oleh
DNA ligase. [20]

Istirahat dua untai

Istirahat dua untai, di mana kedua helai di helix ganda diputuskan, sangat berbahaya bagi sel
karena mereka dapat menyebabkan penyusunan ulang genom. Telah dicatat dalam beberapa
penelitian bahwa untaian ganda putus dan "hubungan silang yang menghubungkan kedua helai
pada titik yang sama tidak dapat diperbaiki karena kedua untai dapat berfungsi sebagai templat
untuk perbaikan. Sel akan mati pada mitosis berikutnya atau pada beberapa langka. contoh,
bermutasi. " [2] [3] Ada tiga mekanisme untuk memperbaiki double-strand breaks (DSBs): non-
homologous end joining (NHEJ), microhomology-mediated end joining (MMEJ), dan
rekombinasi homolog (HR). [16] [21] Dalam sistem in-vitro , MMEJ terjadi pada sel mamalia pada
tingkat 10-20% dari HR ketika kedua mekanisme HR dan NHEJ juga tersedia. [22]
DNA ligase, ditunjukkan di atas memperbaiki kerusakan kromosom, adalah enzim yang
bergabung dengan nukleotida bersama-sama dengan mengkatalisis pembentukan ikatan ester
internukleotida antara tulang punggung fosfat dan nukleotida deoksiribosa.

Di NHEJ, DNA Ligase IV , ligase DNA khusus yang membentuk kompleks dengan kofaktor
XRCC4 , langsung bergabung dengan kedua ujungnya. [23] Untuk memandu perbaikan yang
akurat, NHEJ bergantung pada urutan homolog pendek yang disebut mikrohomologi yang ada
pada ujung untai tunggal dari ujung DNA yang akan disambung. Jika overhang ini kompatibel,
perbaikan biasanya akurat. [24] [25] [26] [27] NHEJ juga dapat memperkenalkan mutasi selama
perbaikan. Hilangnya nukleotida yang rusak di lokasi istirahat dapat menyebabkan penghapusan,
dan bergabung dengan nonmatching termini bentuk sisipan atau translokasi. NHEJ sangat
penting sebelum sel telah mereplikasi DNA-nya, karena tidak ada template yang tersedia untuk
diperbaiki dengan rekombinasi homolog. Ada "cadangan" jalur NHEJ di eukariota yang lebih
tinggi. [28] Selain perannya sebagai juru kunci genome, NHEJ diperlukan untuk bergabung
dengan hairpin-capped double-strand break yang diinduksi selama rekombinasi V (D) , proses
yang menghasilkan keragaman sel B dan reseptor sel-T pada kekebalan vertebrata. sistem [29]

Rekombinasi homolog mensyaratkan adanya urutan yang identik atau hampir sama untuk
digunakan sebagai template untuk memperbaiki jeda. Mesin enzimatik yang bertanggung jawab
untuk proses perbaikan ini hampir identik dengan mesin yang bertanggung jawab untuk
kromosom crossover selama meiosis. Jalur ini memungkinkan kromosom yang rusak diperbaiki
dengan menggunakan kromatid saudara (tersedia di G2 setelah replikasi DNA) atau kromosom
homolog sebagai templat. DSBs yang disebabkan oleh mesin replikasi yang mencoba untuk
mensintesis di seluruh putus single-strand atau lesi yang tidak diperbaiki menyebabkan
keruntuhan garpu replikasi dan biasanya diperbaiki dengan rekombinasi.

MMEJ dimulai dengan reseksi akhir jarak pendek oleh MRE11 nuklease di kedua sisi dari
double-strand break untuk mengungkapkan daerah mikrohomologi. [22] Dalam langkah lebih
lanjut, [30] Poli (ADP-ribosa) polimerase 1 (PARP1) diperlukan dan mungkin merupakan langkah
awal dalam MMEJ. Ada pasangan dari daerah mikrohomologi diikuti dengan perekrutan flap
struktur spesifik endonuklease 1 (FEN1) untuk menghilangkan flap yang menggantung. Ini
diikuti dengan perekrutan XRCC1 - LIG3 ke situs untuk mengikat ujung DNA, yang mengarah
ke DNA utuh. MMEJ selalu disertai dengan penghapusan, sehingga MMEJ adalah jalur
mutagenik untuk perbaikan DNA. [31]

The extremophile Deinococcus radiodurans memiliki kemampuan yang luar biasa untuk
bertahan dari kerusakan DNA dari radiasi pengion dan sumber lainnya. Setidaknya dua salinan
genom, dengan DNA acak rusak, dapat membentuk fragmen DNA melalui annealing . Sebagian
fragmen tumpang tindih kemudian digunakan untuk sintesis daerah homolog melalui D-loop
yang bergerak yang dapat melanjutkan ekstensi sampai mereka menemukan untaian mitra
pelengkap. Pada langkah terakhir ada crossover dengan cara rekombinasi recologen RecA -
dependen . [32]

Topoisomerase memperkenalkan baik istirahat untai tunggal dan ganda dalam perjalanan
mengubah keadaan DNA supercoiling , yang sangat umum di daerah dekat garpu replikasi
terbuka. Istirahat semacam itu tidak dianggap kerusakan DNA karena mereka adalah perantara
alami dalam mekanisme biokimia topoisomerase dan segera diperbaiki oleh enzim yang
menciptakannya.

Sintesis translesi

Translesion synthesis (TLS) adalah proses toleransi kerusakan DNA yang memungkinkan mesin
replikasi DNA untuk mereplikasi lesi DNA masa lalu seperti dimer thymine atau situs AP . [33]
Ini melibatkan beralih dari DNA polimerase biasa untuk polimerase translesion khusus (yaitu
DNA polimerase IV atau V, dari keluarga Y Polymerase), sering dengan situs aktif yang lebih
besar yang dapat memfasilitasi penyisipan basa yang berlawanan dengan nukleotida yang rusak.
Peralihan polimerase dianggap dimediasi oleh, di antara faktor-faktor lain, modifikasi pasca-
translasi faktor proses replikasi PCNA . Transiion sintesis polimerase sering memiliki kesetiaan
yang rendah (kecenderungan tinggi untuk memasukkan basis yang salah) pada templat yang
tidak rusak relatif terhadap polimerase biasa. Namun, banyak yang sangat efisien dalam
memasukkan basa yang benar berlawanan jenis kerusakan tertentu. Sebagai contoh, Pol η
memediasi bypass kesalahan-bebas dari lesi yang diinduksi oleh radiasi UV , sedangkan Pol α
memperkenalkan mutasi pada situs-situs ini. Pol η dikenal untuk menambahkan adenin pertama
di photodimer T T T menggunakan pasangan basa Watson-Crick dan adenin kedua akan
ditambahkan dalam konformasi syn menggunakan pairing basis Hoogsteen . Dari perspektif
seluler, mempertaruhkan pengenalan mutasi titik selama sintesis translesi mungkin lebih baik
untuk menggunakan mekanisme perbaikan DNA yang lebih drastis, yang dapat menyebabkan
penyimpangan kromosom kasar atau kematian sel. Singkatnya, proses ini melibatkan polimerase
khusus baik melewati atau memperbaiki lesi di lokasi replikasi DNA yang terhenti. Sebagai
contoh, DNA polimerase Manusia eta dapat memotong lesi DNA kompleks seperti guanin-
thymine intra-strand crosslink, G [8,5-Me] T, meskipun dapat menyebabkan mutasi yang
ditargetkan dan semi-target. [34] Paromita Raychaudhury dan Ashis Basu [35] mempelajari
toksisitas dan mutagenesis lesi yang sama di Escherichia coli dengan mereplikasi plasmid T-
modifikasi G [8,5-Me] di E. coli dengan knockout DNA polimerase spesifik. Viabilitas sangat
rendah pada strain yang kurang pol II, pol IV, dan pol V, tiga polimerase DNA yang diinduksi-
SOS, menunjukkan bahwa sintesis translesi dilakukan terutama oleh polimerase DNA khusus ini.
Platform bypass disediakan untuk polymerase ini oleh Proliferating cell nuclear antigen (PCNA).
Dalam keadaan normal, PCNA terikat pada polimerase mereplikasi DNA. Di situs lesi , PCNA
adalah ubiquitinated, atau dimodifikasi, oleh RAD6 / RAD18 protein untuk menyediakan
platform untuk polimerase khusus untuk memotong lesi dan melanjutkan replikasi DNA. [36] [37]
Setelah sintesis translesi, diperlukan ekstensi. Ekstensi ini dapat dilakukan oleh polimerase
replikatif jika TLS bebas kesalahan, seperti dalam kasus Pol η, namun jika hasil TLS dalam
ketidaksesuaian, diperlukan polimerase khusus untuk memperluasnya; Pol ζ . Pol ζ adalah unik
karena dapat memperpanjang ketidakcocokan terminal, sedangkan polimerase yang lebih
progresif tidak bisa. Jadi ketika lesi ditemukan, garpu replikasi akan macet, PCNA akan beralih
dari polymerase processive ke polimerase TLS seperti Pol ι untuk memperbaiki lesi, kemudian
PCNA dapat beralih ke Pol ζ untuk memperpanjang ketidakcocokan, dan PCNA terakhir akan
beralih ke polymerase processive untuk melanjutkan replikasi.

Tanggapan global terhadap kerusakan DNA

Sel yang terpapar radiasi pengion , sinar ultraviolet atau bahan kimia rentan untuk mendapatkan
banyak situs lesi DNA besar dan putus untai ganda. Selain itu, agen perusak DNA dapat merusak
biomolekul lainnya seperti protein , karbohidrat , lipid , dan RNA . Akumulasi kerusakan, untuk
menjadi spesifik, istirahat untai ganda atau adducts mengulur garpu replikasi , berada di antara
sinyal stimulasi yang dikenal untuk respon global terhadap kerusakan DNA. [38] Respons global
terhadap kerusakan adalah tindakan yang ditujukan terhadap pelestarian sel itu sendiri dan
memicu beberapa jalur perbaikan makromolekul, bypass lesi, toleransi, atau apoptosis . Ciri
umum respon global adalah induksi beberapa gen , penangkapan siklus sel , dan penghambatan
pembelahan sel .

Langkah awal

Pengemasan DNA eukariotik menjadi kromatin menghadirkan penghalang bagi semua proses
berbasis DNA yang memerlukan perekrutan enzim ke tempat kerja mereka. Untuk
memungkinkan perbaikan DNA, kromatin harus dimodifikasi . Pada eukariot, kompleks
remodeling kromatin tergantung ATP dan enzim yang memodifikasi histone adalah dua faktor
utama yang digunakan untuk menyelesaikan proses remodeling ini. [39]

Pelepasan kromatin terjadi dengan cepat di lokasi kerusakan DNA. [40] Dalam salah satu langkah
paling awal, kinase protein yang diaktifkan oleh stres, c-Jun N-terminal kinase (JNK) ,
memfosforilasi SIRT6 pada serin 10 sebagai respons terhadap pemecahan untai ganda atau
kerusakan DNA lainnya. [41] Modifikasi pasca-translasi ini memfasilitasi mobilisasi SIRT6 ke
situs kerusakan DNA, dan diperlukan untuk perekrutan poli (ADP-ribosa) polimerase 1 yang
efisien (PARP1) ke situs pemecahan DNA dan untuk perbaikan DSB yang efisien. [41] Protein
PARP1 mulai muncul di situs kerusakan DNA dalam waktu kurang dari satu detik, dengan
setengah akumulasi maksimum dalam 1,6 detik setelah kerusakan terjadi. [42] PARP1 mensintesis
polymeric adenosine diphosphate ribose (poly (ADP-ribose) atau PAR) pada dirinya sendiri.
Selanjutnya chromatin remodeler ALC1 dengan cepat menempel pada produk tindakan PARP1,
sebuah rantai ribose poli-ADP, dan ALC1 menyelesaikan kedatangan pada kerusakan DNA
dalam 10 detik setelah terjadinya kerusakan. [40] Sekitar setengah dari relaksasi kromatin
maksimum, mungkin karena aksi ALC1, terjadi 10 detik. [40] Ini kemudian memungkinkan
perekrutan enzim perbaikan DNA MRE11 , untuk memulai perbaikan DNA, dalam waktu 13
detik. [42]

γH2AX, bentuk terfosforilasi H2AX juga terlibat dalam langkah awal yang mengarah ke
dekondensasi kromatin setelah putusnya untai DNA. Varian histone H2AX merupakan sekitar
10% dari histone H2A dalam kromatin manusia. [43] γH2AX (H2AX terfosforilasi pada serin
139) dapat dideteksi segera setelah 20 detik setelah iradiasi sel (dengan pembentukan untaian
DNA untai ganda), dan setengah akumulasi maksimum γH2AX terjadi dalam satu menit. [43]
Tingkat kromatin dengan terfosforilasi γH2AX adalah sekitar dua juta pasangan basa di lokasi
DNA untai ganda. [43] γH2AX tidak, dengan sendirinya, menyebabkan dekondensasi kromatin,
tetapi dalam 30 detik iradiasi, protein RNF8 dapat dideteksi berhubungan dengan γH2AX. [44]
RNF8 memediasi dekondensasi kromatin ekstensif, melalui interaksi berikutnya dengan CHD4 ,
[45]
komponen dari renodeling nukleosom dan kompleks deacetylase NuRD .

DDB2 terjadi dalam kompleks heterodimerik dengan DDB1 . Kompleks ini semakin kompleks
dengan protein ligase ubiquitin CUL4A [46] dan dengan PARP1 . [47] Kompleks yang lebih besar
ini dengan cepat berasosiasi dengan kerusakan imbas UV di dalam kromatin, dengan asosiasi
separuh-maksimum selesai dalam 40 detik. [46] Protein PARP1, melekat pada DDB1 dan DDB2,
kemudian PARUMAT (menciptakan rantai ribose poly-ADP) pada DDB2 yang menarik protein
DNA remodeling ALC1 . [47] Tindakan ALC1 melemaskan kromatin di lokasi kerusakan UV
pada DNA. Relaksasi ini memungkinkan protein lain dalam jalur perbaikan eksisi nukleotida
untuk memasuki kromatin dan memperbaiki kerusakan dimer peptidin cyclobutane yang
diinduksi oleh UV.

Setelah remodeling kromatin cepat, checkpoint siklus sel diaktifkan untuk memungkinkan
perbaikan DNA terjadi sebelum siklus sel berlangsung. Pertama, dua kinase , ATM dan ATR
diaktifkan dalam 5 atau 6 menit setelah DNA rusak. Ini diikuti oleh fosforilasi protein
checkpoint siklus sel Chk1 , memulai fungsinya, sekitar 10 menit setelah DNA rusak. [48]

Titik pemeriksaan kerusakan DNA

Setelah kerusakan DNA, pos pemeriksaan siklus sel diaktifkan. Aktivasi pos pemeriksaan
menghentikan siklus sel dan memberikan waktu sel untuk memperbaiki kerusakan sebelum
melanjutkan untuk membagi. Titik pemeriksaan kerusakan DNA terjadi pada batas G1 / S dan
G2 / M. Sebuah pos pemeriksaan intra- S juga ada. Aktivasi pos pemeriksaan dikendalikan oleh
dua master kinase , ATM dan ATR . ATM merespon terhadap putusnya untai ganda DNA dan
gangguan dalam struktur kromatin, [49] sedangkan ATR terutama menanggapi garpu replikasi
yang macet. Kinase ini memfosforilasi target hilir dalam kaskade transduksi sinyal , yang
akhirnya mengarah pada penangkapan siklus sel. Sebuah kelas protein mediator checkpoint
termasuk BRCA1 , MDC1 , dan 53BP1 juga telah diidentifikasi. [50] Protein ini tampaknya
diperlukan untuk mentransmisikan sinyal aktivasi pos pemeriksaan ke protein hilir.

Checkpoint kerusakan DNA adalah jalur transduksi sinyal yang menghalangi progresi siklus
sel di G1, G2 dan metafase dan memperlambat laju perkembangan fase S ketika DNA rusak. Ini
menyebabkan jeda dalam siklus sel yang memungkinkan waktu sel untuk memperbaiki
kerusakan sebelum terus membelah.
Checkpoint Protein dapat dipisahkan menjadi empat kelompok: phosphatidylinositol 3-kinase
(PI3K) -seperti protein kinase , proliferating cell nuclear antigen (PCNA) -seperti kelompok, dua
serine / threonine (S / T) kinase dan adaptor mereka. Pusat untuk semua kerusakan DNA yang
diinduksi pos pemeriksaan adalah sepasang protein besar kinase milik kelompok pertama protein
kinase seperti PI3K-ATM ( Ataxia telangiectasia mutated ) dan ATR (Ataxia- dan Rad-terkait)
kinase, yang urutan dan fungsinya telah dilestarikan dengan baik dalam evolusi. Semua respon
kerusakan DNA membutuhkan ATM atau ATR karena mereka memiliki kemampuan untuk
mengikat kromosom di lokasi kerusakan DNA, bersama dengan protein aksesori yang
merupakan platform di mana komponen respon kerusakan DNA dan perbaikan DNA kompleks
dapat dirakit.

Target hilir yang penting dari ATM dan ATR adalah p53 , karena diperlukan untuk menginduksi
apoptosis setelah kerusakan DNA. [51] The kinase-kinase inhibitor siklin p21 diinduksi oleh
kedua p53-dependent dan p53-independen mekanisme dan dapat menangkap siklus sel di G1 / S
dan G2 / M pos pemeriksaan dengan menonaktifkan kompleks cyclin / cyclin-dependent kinase .
[52]

Respons SOS prokariotik

Respon SOS adalah perubahan ekspresi gen pada Escherichia coli dan bakteri lain sebagai
respons terhadap kerusakan DNA yang luas. Sistem SOS prokariotik diatur oleh dua protein
utama: LexA dan RecA . LexA homodimer adalah represor transkripsi yang berikatan dengan
urutan operator yang biasa disebut sebagai kotak SOS. Di Escherichia coli diketahui bahwa
LexA mengatur transkripsi sekitar 48 gen termasuk gen lexA dan recA. [53] Respon SOS dikenal
luas di domain Bakteri, tetapi kebanyakan tidak ada dalam beberapa filum bakteri, seperti
Spirochetes . [54] Sinyal seluler yang paling umum mengaktifkan respons SOS adalah wilayah
DNA beruntai tunggal (ssDNA), yang timbul dari garpu replikasi yang macet atau putus untai
ganda, yang diproses oleh DNA helicase untuk memisahkan dua untai DNA. [38] Pada langkah
inisiasi, protein RecA mengikat ssDNA dalam reaksi hidrolisis ATP yang digerakkan
menciptakan filamen RecA-ssDNA. Filamen RecA-ssDNA mengaktifkan aktivitas auto protease
LexA, yang akhirnya mengarah pada pembelahan LexA dimer dan degradasi LexA berikutnya.
Hilangnya represor LexA menginduksi transkripsi gen SOS dan memungkinkan induksi sinyal
lebih lanjut, penghambatan pembelahan sel dan peningkatan tingkat protein yang bertanggung
jawab untuk pemrosesan kerusakan.

Di Escherichia coli , kotak SOS adalah sekuens 20-nukleotida dekat promotor dengan struktur
palindromik dan tingkat konservasi urutan tinggi. Di kelas dan filum lain, urutan kotak SOS
bervariasi, dengan panjang dan komposisi yang berbeda, tetapi selalu sangat lestari dan salah
satu sinyal pendek terkuat dalam genom. [54] Kandungan informasi yang tinggi dari kotak SOS
memungkinkan pengikatan diferensial LexA ke promotor yang berbeda dan memungkinkan
waktu respon SOS. Gen perbaikan lesi diinduksi pada awal respon SOS. Polimer translesi yang
rawan kesalahan, misalnya, UmuCD'2 (juga disebut DNA polimerase V), diinduksi kemudian
sebagai upaya terakhir. [55] Setelah kerusakan DNA diperbaiki atau dilewati menggunakan
polimerase atau melalui rekombinasi, jumlah DNA untai tunggal dalam sel menurun,
menurunkan jumlah filamen RecA menurunkan aktivitas pembelahan LexA homodimer, yang
kemudian mengikat ke kotak SOS dekat promotor dan mengembalikan ekspresi gen normal.
Tanggapan transkripsi eukariotik terhadap kerusakan DNA

Sel eukariotik yang terpapar dengan agen perusak DNA juga mengaktifkan jalur pertahanan
penting dengan menginduksi beberapa protein yang terlibat dalam perbaikan DNA, kontrol
pemeriksaan siklus sel , perdagangan protein dan degradasi. Respons transkripsi luas genom
tersebut sangat kompleks dan diatur secara ketat, sehingga memungkinkan respons global
terkoordinasi terhadap kerusakan. Paparan ragi Saccharomyces cerevisiae ke agen perusak DNA
menghasilkan profil transkripsi yang tumpang tindih tetapi berbeda. Kesamaan dengan respon
guncangan lingkungan menunjukkan bahwa jalur respons tegangan global umum ada pada
tingkat aktivasi transkripsional. Sebaliknya, jenis sel manusia yang berbeda menanggapi
kerusakan yang berbeda menunjukkan tidak adanya respons global umum. Penjelasan yang
mungkin untuk perbedaan antara ragi dan sel manusia mungkin dalam heterogenitas sel mamalia
. Pada hewan, berbagai jenis sel didistribusikan di antara berbagai organ yang telah berevolusi
kepekaan yang berbeda terhadap kerusakan DNA. [56]

Secara umum respon global terhadap kerusakan DNA melibatkan ekspresi gen yang bertanggung
jawab untuk perbaikan postreplication , rekombinasi homolog, perbaikan eksisi nukleotida,
pemeriksaan kerusakan DNA , aktivasi transkripsi global, gen yang mengendalikan peluruhan
mRNA, dan banyak lainnya. Sejumlah besar kerusakan pada sel meninggalkannya dengan
sebuah keputusan penting: menjalani apoptosis dan mati, atau bertahan hidup dengan biaya
hidup dengan genom yang dimodifikasi. Peningkatan toleransi terhadap kerusakan dapat
menyebabkan peningkatan tingkat kelangsungan hidup yang akan memungkinkan akumulasi
mutasi yang lebih besar. Ragi Rev1 dan polimerase manusia η adalah anggota dari [Y family
translesion DNA polymerases yang ada selama respon global terhadap kerusakan DNA dan
bertanggung jawab untuk meningkatkan mutagenesis selama respon global terhadap kerusakan
DNA pada eukariota. [38]

Penuaan
Artikel utama: DNA merusak teori penuaan

Efek patologis perbaikan DNA yang buruk

Tingkat perbaikan DNA merupakan penentu penting patologi sel

Hewan percobaan dengan defisiensi genetik dalam perbaikan DNA sering menunjukkan rentang
hidup yang menurun dan peningkatan kejadian kanker. [13] Sebagai contoh, tikus yang
kekurangan jalur NHEJ yang dominan dan dalam mekanisme pemeliharaan telomere
mendapatkan limfoma dan infeksi lebih sering, dan, sebagai konsekuensinya, memiliki rentang
hidup yang lebih pendek daripada tikus wild-type. [57] Dengan cara yang sama, tikus kekurangan
dalam perbaikan kunci dan protein transkripsi yang melepaskan heliks DNA memiliki onset dini
penyakit terkait penuaan dan memperpendek usia pemakaian. [58] Namun, tidak setiap
kekurangan perbaikan DNA menciptakan efek yang diprediksi; kekurangan tikus di jalur NER
menunjukkan rentang hidup yang diperpendek tanpa tingkat mutasi yang lebih tinggi. [59]

Jika tingkat kerusakan DNA melebihi kapasitas sel untuk memperbaikinya, akumulasi kesalahan
dapat membanjiri sel dan menyebabkan penuaan dini, apoptosis, atau kanker. Penyakit yang
diwariskan terkait dengan perbaikan fungsi DNA yang salah mengakibatkan penuaan dini, [13]
meningkatkan kepekaan terhadap karsinogen, dan dengan demikian meningkatkan risiko kanker
(lihat di bawah ). Di sisi lain, organisme dengan sistem perbaikan DNA yang disempurnakan,
seperti Deinococcus radiodurans , organisme yang paling dikenal tahan radiasi, menunjukkan
ketahanan yang luar biasa terhadap efek radioaktivitas imbas ganda, kemungkinan karena
peningkatan efisiensi perbaikan DNA dan khususnya NHEJ. [60]

Batasan umur panjang dan kalori

Sebagian besar rentang kehidupan mempengaruhi gen mempengaruhi tingkat kerusakan DNA

Sejumlah gen individu telah diidentifikasi sebagai mempengaruhi variasi dalam rentang hidup
dalam populasi organisme. Efek dari gen ini sangat tergantung pada lingkungan, khususnya,
pada diet organisme. Pembatasan kalori bereproduksi menghasilkan perpanjangan umur dalam
berbagai organisme, kemungkinan melalui jalur penginderaan nutrisi dan penurunan tingkat
metabolisme . Mekanisme molekuler dengan mana pembatasan tersebut menghasilkan rentang
hidup yang panjang belumlah jelas (lihat [61] untuk beberapa diskusi); Namun, perilaku banyak
gen yang diketahui terlibat dalam perbaikan DNA diubah di bawah kondisi pembatasan kalori.
Beberapa agen dilaporkan memiliki sifat anti-penuaan telah ditunjukkan untuk menipiskan
tingkat konstitutif dari mTOR signaling, bukti pengurangan aktivitas metabolik , dan bersamaan
untuk mengurangi tingkat konstitutif dari kerusakan DNA yang disebabkan oleh spesies oksigen
reaktif endogen yang dihasilkan. [62]

Misalnya, meningkatkan dosis gen dari gen SIR-2, yang mengatur pengemasan DNA pada
cacing nematoda Caenorhabditis elegans , dapat memperpanjang jangka hidup secara signifikan.
[63]
Homolog mamalia dari SIR-2 dikenal untuk menginduksi faktor-faktor perbaikan DNA hilir
yang terlibat dalam NHEJ, suatu kegiatan yang secara khusus dipromosikan di bawah kondisi
pembatasan kalori. [64] Pembatasan kalori telah terkait erat dengan tingkat perbaikan eksisi
pangkalan dalam DNA inti tikus, [65] meskipun efek serupa belum diamati pada DNA
mitokondria. [66]

Gen C. elegans AGE-1, sebuah efektor hulu dari jalur perbaikan DNA, secara dramatis
memperpanjang masa hidup di bawah kondisi makan bebas tetapi mengarah ke penurunan
kebugaran reproduksi di bawah kondisi pembatasan kalori. [67] Pengamatan ini mendukung teori
pleiotropi asal-usul biologis penuaan , yang menunjukkan bahwa gen memberi manfaat
kelangsungan hidup besar di awal kehidupan akan dipilih karena bahkan jika mereka membawa
kerugian yang terkait di akhir kehidupan.

Kedokteran dan modulasi perbaikan DNA

Artikel utama: gangguan perbaikan-kekurangan DNA

Gangguan perbaikan DNA herediter

Cacat pada mekanisme APM bertanggung jawab atas beberapa kelainan genetik, termasuk:

 Xeroderma pigmentosum : hipersensitivitas terhadap sinar matahari / UV, menghasilkan

peningkatan insiden kanker kulit dan penuaan dini
 Cockayne syndrome : hipersensitivitas terhadap UV dan agen kimia
 Trichothiodystrophy : kulit sensitif, rambut rapuh dan kuku

Retardasi mental sering menyertai dua gangguan terakhir, menunjukkan peningkatan kerentanan
neuron perkembangan.

Gangguan perbaikan DNA lainnya termasuk:

 Sindrom Werner : penuaan dini dan pertumbuhan terhambat

 Sindrom Bloom : hipersensitivitas sinar matahari, tingginya insiden keganasan (terutama
leukemia ).
 Ataksia telangiectasia : kepekaan terhadap radiasi pengion dan beberapa agen kimia

Semua penyakit di atas sering disebut " progerias segmental" (" penyakit penuaan dipercepat ")
karena korban mereka tampak tua dan menderita penyakit yang berhubungan dengan penuaan
pada usia muda yang tidak normal, sementara tidak memanifestasikan semua gejala usia tua.

Penyakit lain yang terkait dengan fungsi perbaikan DNA berkurang termasuk Fanconi anemia ,
kanker payudara herediter dan kanker usus besar keturunan.

Kanker
Karena keterbatasan inheren dalam mekanisme perbaikan DNA, jika manusia hidup cukup lama,
mereka semua akhirnya akan mengembangkan kanker. [68] [69] Setidaknya ada 34 mutasi gen
DNA yang diwariskan manusia yang meningkatkan risiko kanker . Banyak dari mutasi ini
menyebabkan perbaikan DNA menjadi kurang efektif dari biasanya. Secara khusus, kanker
kolorektal Hereditary nonpolyposis (HNPCC) sangat terkait dengan mutasi spesifik dalam jalur
perbaikan DNA mismatch. BRCA1 dan BRCA2 , dua gen penting yang mutasinya memberikan
risiko kanker payudara yang sangat meningkat pada karier, [70] keduanya terkait dengan sejumlah
besar jalur perbaikan DNA, terutama rekombinasi NHE dan homolog.

Prosedur terapi kanker seperti kemoterapi dan radioterapi bekerja dengan membanjiri kapasitas
sel untuk memperbaiki kerusakan DNA, yang mengakibatkan kematian sel. Sel-sel yang paling
cepat membelah - sebagian besar biasanya sel-sel kanker - secara istimewa terpengaruh. Efek
sampingnya adalah sel non-kanker yang lain tetapi dengan cepat membelah seperti sel progenitor
dalam usus, kulit, dan sistem hematopoietik juga terpengaruh. Perawatan kanker modern
berupaya melokalisasi kerusakan DNA pada sel dan jaringan yang hanya terkait dengan kanker,
baik dengan cara fisik (memusatkan agen terapeutik di wilayah tumor) atau dengan cara
biokimia (mengeksploitasi fitur unik untuk sel kanker dalam tubuh) . ...; dalam konteks terapi
yang menargetkan gen respons kerusakan DNA, pendekatan terakhir telah disebut 'letalitas
sintetis'. [71]

Mungkin yang paling terkenal dari obat-obatan 'sintetis mematikan' ini adalah poly (ADP-ribosa)
polymerase 1 ( PARP1 ) inhibitor olaparib , yang telah disetujui oleh Food and Drug
Administration pada 2015 untuk pengobatan pada wanita dari BRCA-cacat ovarium kanker. Sel
tumor dengan kehilangan sebagian respon kerusakan DNA (khususnya, perbaikan rekombinasi
homolog ) tergantung pada mekanisme lain - perbaikan hentian untai tunggal - yang merupakan
mekanisme yang terdiri, sebagian, dari produk gen PARP1. [72] Olaparib dikombinasikan dengan
kemoterapi untuk menghambat perbaikan untai tunggal yang disebabkan oleh kerusakan DNA
yang disebabkan oleh kemoterapi yang diberikan bersama. Sel-sel tumor yang mengandalkan
mekanisme perbaikan DNA sisa ini tidak dapat memperbaiki kerusakan dan karenanya tidak
dapat bertahan hidup dan berproliferasi, sedangkan sel-sel normal dapat memperbaiki kerusakan
dengan mekanisme rekombinasi homolog yang berfungsi.

Banyak obat lain yang digunakan untuk melawan mekanisme perbaikan DNA sisa lain yang
umumnya ditemukan pada kanker saat ini sedang diselidiki. Namun, pendekatan terapeutik
letalitas sintetis telah dipertanyakan karena bukti yang muncul dari resistensi yang diperoleh,
dicapai melalui rewiring jalur respon kerusakan DNA dan pengembalian defek yang sebelumnya
terhambat. [73]

Perbaikan DNA cacat pada kanker

Telah menjadi jelas selama beberapa tahun terakhir bahwa respon kerusakan DNA bertindak
sebagai penghalang bagi transformasi sel prenoplastik yang ganas. [74] Penelitian sebelumnya
telah menunjukkan respon kerusakan DNA yang meningkat dalam model kultur sel dengan
aktivasi onkogen [75] dan adenoma usus prenoplastik. [76] Mekanisme respon kerusakan DNA
memicu penangkapan sel-siklus, dan upaya untuk memperbaiki lesi DNA atau meningkatkan
kematian sel / penuaan jika perbaikan tidak mungkin dilakukan. Stres replikasi diamati pada sel
prenoplastik karena peningkatan sinyal proliferasi dari mutasi onkogenik. Stres replikasi
dicirikan oleh: peningkatan inisiasi replikasi / penembakan asal; peningkatan transkripsi dan
tabrakan kompleks transkripsi-replikasi; defisiensi nukleotida; peningkatan spesies oksigen
reaktif (ROS). [77]

Stres replikasi, bersama dengan pemilihan untuk menonaktifkan mutasi pada gen respon
kerusakan DNA dalam evolusi tumor, [78] menyebabkan downregulation dan / atau kehilangan
beberapa mekanisme respon kerusakan DNA, dan karenanya kehilangan perbaikan DNA dan /
atau penuaan / kematian sel terprogram. Dalam model tikus eksperimental, hilangnya kerusakan
DNA respon-mediated cell senescence diamati setelah menggunakan short hairpin RNA
(shRNA) untuk menghambat respon double-strand break kinase ataxia telangiectasia ( ATM ),
yang menyebabkan peningkatan ukuran tumor dan invasi. [76] Manusia yang lahir dengan cacat
bawaan dalam mekanisme perbaikan DNA (misalnya, sindrom Li-Fraumeni ) memiliki risiko
kanker yang lebih tinggi. [79]

Prevalensi mutasi respon kerusakan DNA berbeda di seluruh jenis kanker; misalnya, 30%
karsinoma invasif payudara memiliki mutasi pada gen yang terlibat dalam rekombinasi homolog.
[74]
Pada kanker, downregulation diamati di semua mekanisme respon kerusakan DNA
(perbaikan eksisi dasar (BER), perbaikan eksisi nukleotida (NER), perbaikan DNA mismatch
(MMR), perbaikan rekombinasi homolog (HR), penggabungan ujung non-homolog ( NHEJ) dan
sintesis DNA translesi (TLS). [80] Serta mutasi terhadap gen perbaikan kerusakan DNA, mutasi
juga muncul pada gen yang bertanggung jawab untuk menangkap siklus sel untuk
memungkinkan waktu yang cukup untuk perbaikan DNA terjadi, dan beberapa gen yang terlibat
baik dalam perbaikan kerusakan DNA dan kontrol checkpoint siklus sel, misalnya ATM dan
checkpoint kinase 2 (CHEK2) - penekan tumor yang sering tidak ada atau di bawah regulasi
pada kanker paru-paru sel non-kecil. [81]

HR NHEJ SSA FA BER NER MMR

ATM x x x
ATR x x x
PAXIP x x
RPA x x x
BRCA1 x x
BRCA2 x x
RAD51 x x
RFC x x x
XRCC1 x x
PCNA x x x
PARP1 x x
ERCC1 x x x x
MSH3 x x x

Tabel: Gen yang terlibat dalam jalur respon kerusakan DNA dan sering bermutasi pada kanker
(HR = rekombinasi homolog; NHEJ = penggabungan ujung non-homolog; SSA = single-strand
annealing; FA = fanconi anemia pathway; BER = perbaikan eksisi pangkal; NER = nukleotida)
perbaikan eksisi; MMR = mismatch repair)

Perbaikan kerusakan DNA epigenetik pada kanker

Secara klasik, kanker telah dilihat sebagai serangkaian penyakit yang didorong oleh kelainan
genetik progresif yang mencakup mutasi pada gen penekan tumor dan onkogen, dan
penyimpangan kromosom. Namun, telah menjadi jelas bahwa kanker juga didorong oleh
perubahan epigenetik . [82]

Perubahan epigenetik mengacu pada modifikasi yang relevan secara fungsional terhadap genom
yang tidak melibatkan perubahan pada urutan nukleotida. Contoh modifikasi tersebut adalah
perubahan dalam metilasi DNA (hipermetilasi dan hipometilasi) dan modifikasi histone , [83]
perubahan dalam arsitektur kromosom (yang disebabkan oleh ekspresi protein yang tidak tepat
seperti HMGA2 atau HMGA1 ) [84] dan perubahan yang disebabkan oleh microRNAs . Setiap
perubahan epigenetik ini berfungsi untuk mengatur ekspresi gen tanpa mengubah urutan DNA
yang mendasarinya. Perubahan ini biasanya tetap melalui pembelahan sel , bertahan untuk
beberapa generasi sel, dan dapat dianggap sebagai epimutasi (setara dengan mutasi).

Sementara sejumlah besar perubahan epigenetik ditemukan pada kanker, perubahan epigenetik
pada gen perbaikan DNA, yang menyebabkan berkurangnya ekspresi protein perbaikan DNA,
tampaknya sangat penting. Perubahan semacam ini diperkirakan terjadi pada awal perkembangan
kanker dan menjadi penyebab kemungkinan karakteristik ketidakstabilan genetik kanker. [85] [86]
[87] [88]

Pengurangan ekspresi gen perbaikan DNA menyebabkan perbaikan DNA yang kurang baik.
Ketika perbaikan DNA kekurangan DNA yang rusak tetap berada di sel pada tingkat yang lebih
tinggi dari biasanya dan kerusakan berlebih ini menyebabkan peningkatan frekuensi mutasi atau
epimutasi. Tingkat mutasi meningkat secara substansial pada sel-sel yang rusak dalam perbaikan
ketidakcocokan DNA [89] [90] atau dalam perbaikan rekombinasi homolog (HRR). [91] penyusunan
ulang kromosom dan aneuploidy juga meningkatkan sel-sel yang rusak HRR. [92]

Tingkat kerusakan DNA yang lebih tinggi tidak hanya menyebabkan peningkatan mutasi, tetapi
juga menyebabkan peningkatan epimutasi. Selama perbaikan kerusakan DNA untai ganda, atau
perbaikan kerusakan DNA lainnya, situs perbaikan yang tidak diperbaiki dapat menyebabkan
pembungkaman gen epigenetik. [93] [94]

Ekspresi defisien protein perbaikan DNA akibat mutasi yang diwariskan dapat menyebabkan
peningkatan risiko kanker. Individu dengan gangguan warisan di salah satu dari 34 gen
perbaikan DNA (lihat artikel DNA perbaikan-kekurangan gangguan ) memiliki peningkatan
risiko kanker, dengan beberapa cacat yang menyebabkan hingga 100% kesempatan seumur
hidup kanker (misalnya mutasi p53). [95] Namun, mutasi germline (yang menyebabkan sindrom
kanker sangat penetrer) adalah penyebab hanya sekitar 1 persen kanker. [96]

Frekuensi epimutasi pada gen perbaikan DNA

Sebuah bagan dari agen-agen perusak DNA umum, contoh-contoh lesi yang mereka timbulkan
dalam DNA, dan jalur yang digunakan untuk memperbaiki lesi ini. Juga ditunjukkan banyak gen
dalam jalur ini, indikasi gen yang secara epigenetis diatur untuk mengurangi (atau
meningkatkan) ekspresi di berbagai kanker. Hal ini juga menunjukkan gen dalam kesalahan
rawan microhomology-mediated end join pathway dengan peningkatan ekspresi pada berbagai
jenis kanker.

Kekurangan dalam enzim perbaikan DNA kadang-kadang disebabkan oleh mutasi somatik yang
baru muncul dalam gen perbaikan DNA, tetapi jauh lebih sering disebabkan oleh perubahan
epigenetik yang mengurangi atau menghilangkan ekspresi gen perbaikan DNA. Sebagai contoh,
ketika 113 kanker kolorektal diperiksa secara berurutan, hanya empat yang memiliki mutasi
missense pada gen perbaikan DNA MGMT , sementara mayoritas telah mengurangi ekspresi
MGMT karena metilasi dari daerah promotor MGMT (perubahan epigenetik). [97] Lima studi
yang berbeda menemukan bahwa antara 40% dan 90% kanker kolorektal telah mengurangi
ekspresi MGMT karena metilasi daerah promotor MGMT. [98] [99] [100] [101] [102]

Demikian pula, dari 119 kasus kanker kolorektal yang tidak memperbaiki perbaikan mectatch
yang tidak memiliki ekspresi gen PMS2 gen perbaikan, PMS2 kekurangan pada 6 karena mutasi
pada gen PMS2, sementara pada 103 kasus ekspresi PMS2 kekurangan karena pasangan
pasangannya MLH1 ditekan karena untuk metilasi promotor (protein PMS2 tidak stabil dengan
tidak adanya MLH1). [103] Dalam 10 kasus lainnya, hilangnya ekspresi PMS2 kemungkinan
karena overekspresi epigenetik dari microRNA , miR-155 , yang menurunkan-mengatur MLH1.
[104]

Dalam contoh lebih lanjut (ditabulasikan pada Tabel 4 referensi ini [105] ), cacat epigenetik
ditemukan pada frekuensi antara 13% -100% untuk gen perbaikan DNA BRCA1 , WRN ,
FANCB , FANCF , MGMT , MLH1 , MSH2 , MSH4 , ERCC1 , XPF , NEIL1 dan ATM . Cacat
epigenetik ini terjadi pada berbagai jenis kanker (misalnya payudara, ovarium, kolorektum dan
kepala dan leher). Dua atau tiga kekurangan dalam ekspresi ERCC1, XPF atau PMS2 terjadi
secara bersamaan di sebagian besar 49 kanker usus besar yang dievaluasi oleh Facista et al. [106]

Bagan di bagian ini menunjukkan beberapa agen perusak DNA, contoh lesi DNA yang
disebabkannya, dan jalur yang menangani kerusakan DNA ini. Setidaknya 169 enzim langsung
digunakan dalam perbaikan DNA atau mempengaruhi proses perbaikan DNA. [107] Dari jumlah
ini, 83 secara langsung digunakan dalam memperbaiki 5 jenis kerusakan DNA yang
diilustrasikan dalam bagan.

Beberapa gen yang dipelajari dengan lebih baik yang menjadi pusat dari proses perbaikan ini
ditunjukkan dalam bagan. Penentuan gen ditunjukkan dalam gen merah, abu-abu atau cyan
menunjukkan gen sering epigenetically diubah dalam berbagai jenis kanker. Artikel Wikipedia
pada masing-masing gen yang disorot oleh merah, abu-abu atau cyan menggambarkan perubahan
epigenetik (s) dan kanker (s) di mana epimutasi ini ditemukan. Dua artikel ulasan, [105] [108] dan
dua artikel survei eksperimental yang luas [109] [110] juga mendokumentasikan sebagian besar
kekurangan perbaikan DNA epigenetik pada kanker.

Gen yang ditandai merah sering dikurangi atau didiamkan oleh mekanisme epigenetik pada
berbagai jenis kanker. Ketika gen ini memiliki ekspresi rendah atau tidak ada, kerusakan DNA
dapat terakumulasi. Kesalahan replikasi masa lalu kerusakan ini (lihat sintesis translesi ) dapat
menyebabkan peningkatan mutasi dan, akhirnya, kanker. Reproduksi epigenetik dari gen
perbaikan DNA di jalur perbaikan DNA yang akurat tampaknya menjadi pusat karsinogenesis .

Dua gen yang disorot abu-abu RAD51 dan BRCA2 , diperlukan untuk perbaikan rekombinasi
homolog . Mereka kadang-kadang diekspresikan secara epigenetis dan kadang-kadang kurang
diekspresikan pada kanker tertentu. Seperti yang ditunjukkan dalam artikel Wikipedia di RAD51
dan BRCA2 , kanker seperti itu biasanya memiliki kekurangan epigenetik pada gen perbaikan
DNA lainnya. Perbaikan kekurangan ini kemungkinan akan menyebabkan peningkatan
kerusakan DNA yang tidak diperbaiki. Ekspresi berlebihan RAD51 dan BRCA2 yang terlihat
pada kanker ini dapat mencerminkan tekanan selektif untuk kompensasi RAD51 atau BRCA2
over-ekspresi dan peningkatan perbaikan rekombinasi homolog setidaknya untuk sebagian
mengatasi kerusakan DNA yang berlebihan. Dalam kasus-kasus di mana RAD51 atau BRCA2
kurang diekspresikan, ini sendiri akan menyebabkan peningkatan kerusakan DNA yang tidak
diperbaiki. Kesalahan replikasi masa lalu kerusakan ini (lihat sintesis translesi ) dapat
menyebabkan peningkatan mutasi dan kanker, sehingga ekspresi bawah RAD51 atau BRCA2
akan menjadi karsinogenik dalam dirinya sendiri.
Gen-gen yang disorot Cyan berada di jalur akhir microhomology-mediated end (MMEJ) dan
diregulasi pada kanker. MMEJ adalah jalur perbaikan tidak akurat kesalahan tambahan untuk
istirahat double-strand. Dalam perbaikan MMEJ dari double-strand break, homologi dari 5–25
pasangan basa komplementer antara kedua untai yang dipasangkan cukup untuk menyelaraskan
untaian, tetapi ujung-ujung yang tidak serasi (flap) biasanya ada. MMEJ menghilangkan ekstra
nukleotida (flaps) di mana untaian bergabung, dan kemudian mengikat untaian untuk membuat
heliks ganda DNA yang utuh. MMEJ hampir selalu melibatkan setidaknya penghapusan kecil,
sehingga itu adalah jalur mutagenik. [111] FEN1 , flap endonuklease dalam MMEJ, secara
epigenetically meningkat oleh promotor hypomethylation dan diekspresikan secara berlebihan
pada mayoritas kanker payudara, [112] prostat, [113] lambung, [114] [115] neuroblastoma, [ 116]
pankreas, [117] dan paru-paru. [118] PARP1 juga diekspresikan secara berlebihan ketika situs ETS
promotornya secara epigenetically hypomethylated, dan ini memberikan kontribusi untuk
perkembangan ke kanker endometrium, [119] kanker ovarium BRCA-bermutasi, [120] dan kanker
ovarium serosa bermutasi BRCA. [121] Gen-gen lain dalam jalur MMEJ juga diekspresikan
berlebihan dalam sejumlah kanker (lihat MMEJ untuk ringkasan), dan juga ditampilkan dalam
cyan.

Distribusi DNA perbaikan genom secara luas pada sel somatik manusia

Aktivitas diferensial jalur perbaikan DNA di berbagai wilayah genom manusia menyebabkan
mutasi sangat tidak merata dalam genom tumor. [122] [123] Secara khusus, daerah genome yang
bereplikasi gen di genom manusia menunjukkan frekuensi mutasi yang lebih rendah daripada
heterochromatin yang miskin gen, yang bereplikasi ganda . Satu mekanisme yang mendasari ini
melibatkan modifikasi histone H3K36me3 , yang dapat merekrut protein perbaikan mismatch ,
[124]
sehingga menurunkan tingkat mutasi di daerah bertanda H3K36me3. [125] Mekanisme
penting lainnya menyangkut perbaikan eksisi nukleotida , yang dapat direkrut oleh mesin
transkripsi, menurunkan tingkat mutasi somatik pada gen aktif [123] dan daerah kromatin terbuka
lainnya. [126]

Evolusi
Proses dasar perbaikan DNA sangat lestari di antara prokariota dan eukariota dan bahkan di
antara bakteriofag ( virus yang menginfeksi bakteri ); Namun, organisme yang lebih kompleks
dengan genom yang lebih kompleks memiliki mekanisme perbaikan yang lebih kompleks. [127]
Kemampuan sejumlah besar motif struktural protein untuk mengatalisasi reaksi kimia yang
relevan telah memainkan peran penting dalam elaborasi mekanisme perbaikan selama evolusi.
Untuk tinjauan yang sangat rinci tentang hipotesis yang berkaitan dengan evolusi perbaikan
DNA, lihat. [128]

Rekaman fosil menunjukkan bahwa kehidupan sel tunggal mulai berkembang biak di planet ini
pada beberapa titik selama periode Pra -ambria , meskipun persis ketika kehidupan modern
diakui muncul pertama adalah tidak jelas. Asam nukleat menjadi satu-satunya dan alat universal
pengkodean informasi genetik, membutuhkan mekanisme perbaikan DNA yang dalam bentuk
dasarnya telah diwarisi oleh semua bentuk kehidupan yang masih ada dari leluhur mereka yang
sama. Munculnya atmosfer kaya oksigen Bumi (dikenal sebagai " bencana oksigen ") karena
organisme fotosintetik , serta adanya radikal bebas yang berpotensi merusak dalam sel akibat
fosforilasi oksidatif , mengharuskan evolusi mekanisme perbaikan DNA yang bertindak secara
khusus. untuk melawan jenis kerusakan yang disebabkan oleh stres oksidatif .

Tingkat perubahan evolusioner

Pada beberapa kesempatan, kerusakan DNA tidak diperbaiki, atau diperbaiki oleh mekanisme
rawan kesalahan yang menghasilkan perubahan dari urutan aslinya. Ketika ini terjadi, mutasi
dapat merambat ke dalam genom dari keturunan sel. Jika peristiwa seperti itu terjadi pada sel
garis germinal yang pada akhirnya akan menghasilkan gamet , mutasi memiliki potensi untuk
diteruskan ke keturunan organisme. Tingkat evolusi pada spesies tertentu (atau, dalam gen
tertentu) adalah fungsi dari laju mutasi. Sebagai akibatnya, tingkat dan keakuratan mekanisme
perbaikan DNA memiliki pengaruh terhadap proses perubahan evolusioner. [129] Perlindungan
dan perbaikan kerusakan DNA tidak mempengaruhi tingkat adaptasi oleh regulasi gen dan oleh
rekombinasi dan pemilihan alel. Di sisi lain, perbaikan dan perlindungan kerusakan DNA
mempengaruhi tingkat akumulasi yang tidak dapat diperbaiki, menguntungkan, pengembangan
kode, mutasi yang diwariskan, dan memperlambat mekanisme evolusi untuk perluasan genom
organisme dengan fungsionalitas baru. Ketegangan antara evolvabilitas dan perbaikan dan
perlindungan mutasi perlu penyelidikan lebih lanjut.

Teknologi
Sebuah teknologi yang disebut secara berkelompok, secara berkala, merangkum palindromic
ulangan pendek (disingkat menjadi CRISPR -Cas9) ditemukan pada tahun 2012. Teknologi baru
ini memungkinkan siapa pun yang memiliki pelatihan biologi molekuler untuk mengubah gen-
gen spesies apa pun dengan tepat. [130]
Lebih murah, lebih efisien, dan lebih tepat daripada teknologi lainnya. Dengan bantuan CRISPR
– Cas9, bagian-bagian genom dapat diedit oleh para ilmuwan dengan menghilangkan,
menambahkan, atau mengubah bagian-bagian dalam rangkaian DNA.

BAB I
PENDAHULUAN

Sejarah Penemuan Mekanisme Perbaikan DNA

 Thomas Carell dan Eva Bürckstümmer di Ludwig Maximillan University of Munich,
Jerman, telah membuat rantai-rantai DNA pendek yang mengandung lesi (cacat/luka). Carell
menjelaskan bahwa ini adalah kunci untuk memahami reparasi DNA. Lesi-lesi yang terdapat pada
DNA ini analog dengan lesi yang timbul apabila sinar UV mengenai DNA yang tersimpan dalam
spora seperti spora bakteri Bacillus. Di alam, spora-spora ini bisa menjadi tidak aktif (dorman)
selama bertahun-tahun, dengan menyimpan DNA, tetapi kemudian hidup kembali.

Carell dan Bürckstümmer membuat rantai-rantai DNA mereka dengan mensintesis dua
isomer dari sebuah analog lesi dinukleotida dan memasukkannya ke dalam DNA. Mereka
menemukan bahwa salah satu DNA lebih stabil dibanding yang lainnya, sehingga menandakan
bahwa lesi alami bisa memiliki struktur yang mirip dengan analognya dalam DNA yang lebih
stabil. Carell menyebutkan bahwa analog-analog lesi yang serupa adalah substrat untuk enzim
reparasi DNA spora sehingga rantai-rantai DNA yang baru bisa membantu dalam meneliti lebih
lanjut tentang mekanisme enzim ini.

Glen Burley, seorang ahli di bidang nanoteknologi DNA di Universitas Leicester, Inggris,
mengatakan bahwa penelitian ini menarik karena menemukan sebuah metode untuk meneliti
bagaimana spora bakteri mereparasi DNA yang rusak. "Mekanisme yang terlibat perlu segera
diketahui karena proses kerusakan DNA pada spora berbeda dengan yang terjadi pada mamalia,"
kata dia. "Metode-metode ini kemungkinan akan membuka pemahaman yang lebih besar tentang
bagaimana spora bisa bertahan hidup selama periode waktu yang lama dan pada kondisi-kondisi
yang tidak cocok – misalnya pada sumber mata air panas atau dibawah keterpaparan sinar UV."

Carell menjelaskan bahwa walaupun proses reparasi pada spora berbeda, tetapi fenomena
pengenalan lesi oleh enzim bersifat umum. Enzim-enzim seperti ini juga bekerja dalam sel-sel kita,
sehingga pemahaman yang lebih mendalam tentang kelompok enzim yang membingungkan ini
diperlukan. Kegagalan-kegagalan reparasi DNA ini bertanggungjawab untuk terjadinya mutasi
yang selanjutnya mengarah pada situasi seluler berbahaya yang bisa menghasilkan kanker. <--
more-->

BAB II
ISI
A. Mutasi DNA
 DNA merupakan bahan genetik yang harus disampaikan kepada generasi berikutnya.
Terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula 5-karbon (deoksiribosa) dan basa
nitrogen. DNA akan mengalami proses perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting
dalam proses pertumbuhan sel. DNA sebagai materi genetic yang selalu mengalami berbagai
reaksi kimia dan selalu melakukan copy DNA. Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi DNA
yang dapat terjadi pada saat proses replikasi DNA. Ada beberapa tipe mutasi gen:
 Missense mutation
Adalah mutasi yang menyebabkan perubahan kodonspesifik suatu asam amino ke asam amino
yang lain
 Nonsense mutation
Adalah mutasi yang menyebabkan perubahan kodon spesifik suatu asam amino ke kodon terminasi
 Insertion
Insersi mengakibatkan suatu perubahan jumlah basaDNA pada gen dengan menambahkan
sebagiandari DNA (pada nukleotidanya). Hasilnya, protein yang dibuat oleh gen tersebut tidak
dapat berfungsi semestinya.
 Deletion
Delesi mengakibatkan perubahan jumlahbasa DNA pada gen denganmenghilangkan sebagian dari
DNA. DNA yang hilang akan mengubah fungsidari protein tersebut.
 Duplication
Duplikasi terdiri dari sebagian DNA yangterkopi satu atau lebih dari satu kali. DNA yang terkopi
akan mengubah fungsi dariprotein tersebut.
 Frameshift mutation
Mutasi frameshift menggeser pengelompokan daribasa dan mengubah pengkodean untuk
asamamino. Protein yg dihasilkan biasanya tidak berfungsi.
 Repeat expansion
Repeat expansion atau penguraianberulang adalah mutasi yangmeningkatkan banyaknya rantai
pendek DNA berkali-kali, mengakibatkan proteinyang dihasilkan tidak dapat berfungsidengan
benar.
Untuk menstabilkan hal tersebut maka DNA memiliki kemampuan untuk memperbaiki
(repair) kesalahan yang terjadi pada dirinya sendiri. Jika mutasi DNA yang terjadi cukup banyak
dan DNA tidak sempat untuk memperbaiki (repair) dirinya sendiri maka akan terjadi kelainan
ekspresi genetic bahkan menyebabkan terjadinya penyakit genetik. Konsumsi makanan yang
bergizi serta istirahat yang cukup memungkinkan tubuh untuk dapat melakukan repair DNA.

B. DNA Repair
DNA bukanlah substansi yang lemah, telah dilengkapi dengan mekanisme tertentu yang
mampu menetralisasi “gangguan-gangguan” yang terjadi sehingga tidak membawa efek negatif.
Mekanisme yang dimiliki DNA tersebut adalah mekanisme DNA repair (perbaikan DNA) yang
terjadi pada fase tertentu dalam siklus sel.
Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check point yaitu suatu tempat dimana susunan DNA akan
dikoreksi dengan seteliti-telitinya. Apabila ada kesalahan, sel mempunyai dua pilihan : Pertama,
kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun, apabila kesalahan
yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk mengambil pilihan kedua
yaitu “dimatikan” daripada hidup membawa pengaruh buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Saat
itulah keputusan untuk berapoptosis diambil. Sel dengan DNA normal akan meneruskan
perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).
Mengapa perbaikan DNA sangat penting?
Singkatnya: untuk menanggulangi 'erosi timedependent dari genom'. Yang sedikit lebih
panjang jawabannya adalah bahwa ribuan masalah dengan DNA muncul setiap hari di setiap sel
tubuh, yang masing-masing harus berhasil terdeteksi dan, jika perlu, diubah. Sistem perbaikan
DNA mendeteksi dan mengkoordinasikan respon terhadap serangan tersebut, mempengaruhi
langkah-langkah untuk mencegah kematian sel atau menghapus sel-sel kanker dari sistem tubuh.
Dilakukan oleh serangkaian protein sel inti, untuk mempertahankan integritas DNA, melindungi
kita dari kanker, penuaan, dan berbagai macam terkait penyakit, menjaga sistem kekebalan tubuh
dan lebih penting melestarikan gen kita untuk anak-anak kita.
Kerusakan DNA akibat bahan kimia, fisik, dan lingkungan diklasifikasikan menjadi empat
tipe, yaitu:
 I. Perubahan satu basa
A. Depurinasi
B. Deaminasi sitosin menjadi uraasil
C. Deaminasi adenine menjadi hipoxantin
D. Alkilasi basa
E. Insersi atau delesi nukleotida
F. Penyertaan analog basa
II. Perubahan dua basa
A. Dimmer antartimin (pirimidin) yang diinduksi oleh sinar UV
B. Ikatan silang agen pengalkil bifungsional
III. Pemutusan rantai
A. Radiasi pengionan
B. Disintegrasi elemen rangka (tulang punggung) oleh radioaktivitas
C. Pembentukan radikal bebas oksidatif
IV. Ikatan silang
A. Antara basa di untai yang sama atau berlawanan
B. Antara DNA dan molekul protein (mis. Histon)

C. Mekanisme Perbaikan Dna

Region abnormal DNA, baik karena kesalahan penyalinan atau kerusakan DNA, diganti
melalui empat mekanisme, yaitu:
1. Mismatch repair (perbaikan ketidakcocokan)
2. Base excision repair (perbaikan dengan memotong basa)
3. Nucleotide excision repair (perbaikan dengan mengeluarkan/memotong nukleotida)
4. Double strand break repair (perbaikan kerusakan untai ganda)
Tabel. Mekanisme perbaikan DNA
Mekanisme Masalah Solusi
Mismatch repair Kesalahan penyalinan Pemotongan untai yang
(perbaikan (lengkung tak diarahkan oleh metal,
ketidakcocokan) berpasangan dengan dua pencernaan oleh
 sampai lima basa atau satu eksonuklease, dan
basa) penggantian
Pengeluaran basa oleh
Base excision repair Kerusakan satu basa yang
N-glikosilase,
(perbaikan dengan timbul spontan akibat
pengeluaran gula tanpa
memotong basa) bahan kimia atau radiasi
basa, penggantian
Nucleotide excision Kerusakan suatu segmen
Pengeluaran oligomer
repair DNA secara spontan
sekitar 30 nukleotida
(perbaikan dengan akibat bahan kimia atau
dan penggantian
memotong nukleotida) radiasi
Double strand break
Radiasi pengionan,
repair Sinapsis, penguraian,
kemoterapi, radikal bebas
(perbaikan kerusakan penyusunan, dan ligasi.
oksidatif
untai ganda)

1. Mismatch repair (Perbaikan yang tidak berpasangan/ketidakcocokan)

Mismatch repair memperbaiki kesalahan yang dibuat ketika DNA disalin. Contohnya, C dapat
terselip berhadapan dengan A, atau polymerase dapat “tergelincir” atau “tersendat” dan
menyisipkan dua sampai lima basa tambahan yang tidak berpasangan. Protein-protein yang
spesifik memindai DNA yang baru dibentuk menggunakan metilasi adenine di dalam sekuens
GATC sebagai titik referensi. Untai cetakan mengalami metilasi, dan untai yang baru dibentuk
tidak demikian. Perbedaan ini tidak memungkinkan enzim perbaikan mengidentifikasi untai yang
mengandung kesalahan nukleotida dan memerlukan pergantian. Jika ditemukan ketidakcocokan
atau lengkung kecil, suatu GATC endonuklease memotong untai yang mengandung mutasi di
tempat yang berkorespondensi dengan GATC. Suatu eksonuklease kemudianmencerna untai ini
dari GATC dan melalui mutasi sehingga DNA yang cacat tersebut dapat dibuang. Hal ini dapat
berlangsung dari kedua ujung jika cacat tersebut diapit oleh dua tempat GATC. Cacat ini kemudian
di isi oleh enzim sel normal sesuai aturan pembentukan pasangan basa.
Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan harus diketahui pasangan basa mana yang salah.
Pada E. coli, ini dapat diketahui oleh methylase yang disebut dengan "Dam methylase", dimana
dapat memetilasi adenines yang terdapat pada urutan (5')GATC . Segera sesudah replikasi
DNA, template strand dimetilasi, tetapi strand yang baru disintesa belum dimetilasi. Jadi antara
template strand dan new strand akan berbeda. Pada E. coli, diperlukan tiga protein (Mut S, Mut C,
dan Mut H) untuk mengenali mutasi dan memotong untai. Enzim lain di dalam sel, termasuk ligase,
plimerase, dan SSB mengeluarkan dan mengganti untai.
Dimulai dengan berikatannya protein MutS pada mismatched base pairs. Kemudian MutL
mengaktifkan MutH untuk bergabung bersama pada urutan GATC. MutH akan membelah strand
yang tidak dimetilasi pada tempat GATC . Selanjutnya, segment dari tempat pembelahan akan
dibuang oleh enzim exonuclease (dengan bantuan enzim helicase II dan SSB proteins).
Bila pembelahannya pada bagian 3' dari kerusakan, akan dipotong oleh enzim exonuclease I dan
bila pada bagian 5' oleh enzim exonuclease VII atau RecJ untuk mendegradasi single
tranded DNA. Kekosongannya akan diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase III dan DNA
ligase.
Jarak antara tempat GATC dengan kerusakan bisa mencapai sepanjang 1,000 base pairs .
DNA. Mekanisme ini
memperbaiki kesalahan
pembentukan satu
pasangan basa (mis. C
dengan A, bukannya T
dengan A) atau sepotong
pendek DNA yang tidak
berpasangan. Bagian
yang cacat dikenali oleh
suatu endonuklease yang
melakukan pemotongan
untai-tunggal di sekuens
GATC termetilasi. Untai
DNA dikeluarkan
melalui mutasi, diganti,
lalu disambung kembali.
 2. Base excision repair (Perbaikan dengan memotong Basa)

Depurinasi DNA, yang terjadi secara spontan karena labilitas termal ikatan N-gglikosida purin,
terjadi dengan kecepatan 5.000-10.000/sel/hari pada suhu 370 C. enzim-enzim spesifik mengenali
bagian yang mengalami depurinasi dan menggantikannya dengan purin yang secara langsung,
tanpa interupsi pada tulang punggung phospodiester.
Basa sitosin, adenine, dan guanine di DNA secara spontan membentuk, masing-masing, urasil,
hipoxantin, xantin. Karena tidak ada satupun dari ketiga basa tersebut yang terdapat di DNA pada
keadaan normal, tidaklah mengherankan jika N-glikosilase spesifik dapat mengenali basa-basa
abnormal ini yang mengeluarkan sendiri basa dari DNA. Pengeluaran ini menandai letak kecacatan
dan memungkinkan endonuklase apurinik atau apirimidinik memotong gula tanpa basa. Basa yang
sesuai kemudian memotong gula tanpa basa ini. Basa yang sesuai kemudian dipasang oleh DNA
polymerase, dan ligase memperbalikkan DNA ke keadaannya semula. Rangkaian kejadian ini
disebut base excision repair (perbaikan dengan memotong basa). Dengan rangkaian langka serupa
yang mula-mula melibatkan defek, basa teralkilasi dan analog basa dapat dikeluarkan dari DNA
dan DNA dipulihkan kebentuknya semula. Mekanisme ini cocok untuk menggantikan basa
tunggal, tetapi tidak efektif untuk mengganti region DNA yang rusak.
Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deamination atau alkylation. Tempat kerusakan basa
tersebut disebut dengan "abasic site" atau "AP site". Pada E.coli, enzim DNA glycosylase dapat
mengenal AP site dan membuang basanya. Kemudian AP endonuclease membuang AP site
dan nucleotida sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA polymerase I dan DNA
ligase.

Gambar. Base Excison-repair DNA, enzim urasil DNA glikosilasil membuang urasil
yang terbentuk dari deaminasi spontan sitosin di DNA. Suatu endonuklease memotong
kerangka utama untai di dekat defek; lalu setelah endonuklease mengeluarkan beberapa
 basa, defek tersebut diisi melalui kerja polimerasi dan untai tersebut kembali
dihubungkan oleh suatu ligase.

3. Nucleotide excision repair (perbaikan dengan memotong nukleotida)

Mekanisme ini digunakan untuk menggantikan suatu regio DNA dengan panjang30 bp yang
mengalami kerusakan. Penyebab umum kerusakan DNA semacam ini adalah sinar ultraviolet
(UV), yang memicu pembentukan dimmer antarpirimidin siklobutan, dan merokok, yang
menyebabkan pembentukan adduct (addition product) benzo [a]piren-guanin. Radiasi pengion,
obat kemoterapi kanker, dan berbagai bahan kimia yang terdapat dilingkungan yang dan dapat
menyebabkan modifikasi basa, putusnya untai, ikatan silang antara basa di untai yang berhadapan
atau DNA dan protein, dan berbagai defek lain. Cacat-cacat ini diperbaiki oleh suatu proses yang
disebut perbaikan yang disebut eksisi nukleotida. Proses rumit, yang melibatkan lebih banyak
produk gen dibandingkan dengan dua tipe perbaikan sebelumnya, pada dasar mencakup hidrolisis
dua ikatan phospodiester di untai yang mengandung kecacatan. Suatu nuclease eksisi khusus
(eksinuklease), yang terdiri dari paling sedikit tigan subunit pada E. coli dan 16 polipeptida pada
manusia, melaksanakan tugas ini. Di sek eukariot, enzim-enzim memotong antara ikatan
phospodiester ketiga dan kelima 3’ dari lesi, dan dari sisi 5’ potongan terletak di suatu tempat antara
ikatan keduapuluh satu dan keduapuluh lima. Karena itu, terjadi eksisi suatu fragmen DNA dengan
panjang 27-29 nukleotida. Untai yang dikeluarkan kemudian diganti, juga pembentukan pasangan
basa yang tepat, melalui kerja polymerase lain yang belum diketahui (/ pada manusia), dan
ujung-ujung untai disatukan dengan untai yang sudah ada oleh DNA ligase. Pada E. coli, protein
UvrA, UvrB, dan UvrC berperan dalam membuang nukleotida ( dimer akibat UV
light). Kemudian kekosongan akan diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase I dan DNA
ligase. Pada yeast, proteins Uvr's dikenal dengan nama RADxx ("RAD" kependekan dari
"radiation"), seperti RAD3, RAD10, dan lain-lain.

Gambar. Perbaikan-eksisi nukleotida (nukleotida excision repair). Mekanisme

ini digunakan untuk memperbaiki defek besar DNA dan umumnya melibatkan
lebih banyak protein disbanding mismatch repair atau perbaikan eksisi basa.
 Setelah kelainan dideteksi (ditandai oleh XXXX) dan DNA yang mengandung
kelainan tersebut diraikan/(unwinding), suatu nuclease eksisi (eksinuklease)
memotong DNA disebelah hulu dan hilir dari bagian yang cacat. Celah ini
kemudian diisi oleh polymerase dan disambung kembali.

4. Double strand break repair (perbaikan kerusakan untai ganda)

Perbaikan kerusakan untai ganda merupakan bagian dari proses fisiologis tata ulang gen
imunoglobulin. Perbaikan ini merupakan mekanisme penting untuk memperbaiki DNA yang
rusak, seperti yang terjadi akibat radiasi pengion atau pembentukan radikal bebas oksidatif.
Sebagian obat kemoterapi merusak sel dengan merusak untai ganda atau perbaikannya.
Mula-mula terdapat dua protein yang berperan dalam penyatuan kembali non homolog suatu
kerusakan untai ganda. Ku, suatu heterodimer subunit 70 kDa dan 86 kDa, berikatan dengan ujung-
ujung bebas DNA aktivitas helikase dependen-ATP laten. Heterodimer Ku yang berikatan dengan
DNA merekrut suatu protein kinase unit, protein kinase dependen DNA (DNA PK). DNA-PK
memiliki satu ikatan bagi ujung-ujung bebas DNA dan satu tempat ikatan untuk dsDNA tepat di
bagian dalam ujung-ujung unit. Karena itu, enzim-enzim ini memungkinkan aproksimasi kedua
ujung yang terpisah. Ujung bebas kompleks DNA-Ku-DNA-PK membangkitkan aktivitas kinnase
pada ujung-ujung yang terpisah. DNA-PK secara timbale balik memphosporilasi KU dan molekul
DNA-PK lain di untai yang berlawanan, ditrans. DNA-PK kemudian kemudian terlepas dari DNA
dan KU, menyebabkan aktivasi Ku helikase. Hal ini menyebabkan penguraian kedua ujung DNA.
DNA yang telah di urai dan sudah diaproksimasi kemudian membentuk pasangan basa; kelebihan
ekor nukleotida dibuang oleh eksonuklease; dan celah yang ada di isi dan ditutup oleh DNA ligase.
Gambar. Perbaikan
kerusakan untai ganda DNA.
Protein Ku dan protein
kinase dependen-DNA
berikatan untuk
mendekatkan kedua untai
dan menguraikannya.
 Fragmen-fragmen yang telah
berjajar membentuk
pasangan basa; kelebihan
ujung dikeluarkan, mungkin
oleh endonuklease atau
eksonuklease terkait DNA-
PK, dan celah kemudian
diisi; dan kontinuitas untai
dipulihkan oleh ligase.

D. Perbaikan Dna dan Penuaan: Life-Span, Diet dan Dna

Mengapa kura-kura dapat memiliki umur yang lebih panjang? Para ilmuwan menemukan
sesuatu yang menarik, mengapa spesies yang berbeda memiliki rentang hidup yang berbeda. Salah
satunya berhubungan dengan metabolisme. Manusia dan mamalia lain memiliki tingkat
metabolisme lebih tinggi daripada reptil. Seperti kita menghirup udara, oksigen berdifusi ke dalam
sel kita, memicu proses combustive dari respirasi, mendorong metabolisme, untuk pertumbuhan
dan perkembangan. Proses tersebut memiliki efek samping berbahaya yang dapat merusak DNA,
disebut reaktif oksigen (ROS). Semakin tinggi metabolisme, semakin besar potensi kerusakan dan
semakin besar kemungkinan sel kita untuk bermutasi dan kerusakan. Reptil, seperti kura-kura
mungkin kurang rentan terhadap kerusakan DNA yang disebabkan oleh ROS, karena mereka
menghasilkan bahan kimia reaktif dalam tingkat yang lebih rendah.
Kita tidak tahu berapa banyak kerusakan DNA menyebabkan penuaan, penelitian baru-
baru ini menunjukkan bahwa mengetahui lebih banyak tentang pemeliharaan genetik dapat
meningkatkan kualitas hidup. Tidak ada gunanya hidup selama kura-kura jika tidak cukup fit untuk
menikmatinya.
Penelitian diet pada tikus, monyet, tikus, laba-laba, lalat buah dan cacing lebih menekankan
hubungan antara metabolisme dan rentang hidup. Membatasi asupan kalori (60-70% asupan
harian), diberikan vitamin yang cukup, mineral dan nutrisi lainnya. Berpikir bahwa kalori lebih
sedikit akan menghasilkan tingkat metabolisme yang lebih rendah, sehingga ROS bekurangr dan
kerusakan DNA juga berkurang. "Itu adalah rahasia di balik pembatasan kalori memperpanjang
rentang hidup dengan cara alami," kata Jan Hoeijmakers. Penyimpangan kromosom, yang
berhubungan dengan karsinogenesis, disebabkan oleh interstrand crosslink (ICL). Dalam
ketiadaan protein perbaikan Ercc1/Xpf DNA ICLS menyebabkan penyimpangan banyak
kromosom, terutama fusi kromatid. Pembatasan kalori mengurangi metabolisme, menurunkan
ROS dan stres yang dihasilkan pada sistem perbaikan DNA sehingga menjaga sel-sel sehat lebih
lama.
Oksigen reaktif adalah molekul yang dapat mengganggu atau mengubah ikatan energi
antara molekul lain. Bahan kimia seperti superoksida dan hidrogen peroksida hasil dari respirasi
di mitokondria di setiap sel-sel kita. Jika bertemu dengan ion besi atau tembaga membentuk radikal
hidroksil yang dapat merusak basa organik (A, T, C atau G) dalam DNA.
Penghapusan basis rusak diperkirakan terjadi 20 000 kali hari dalam setiap sel tubuh.
Untungnya kita memiliki sistem canggih perbaikan DNA. Para ilmuwan telah mengidentifikasi
lebih dari seratus gen terlibat dalam berbagai perbaikan DNA, jalur kerusakan, sinyal dan efek
respon perbaikan. Sementara kerusakan DNA belum terbukti dapat menyebabkan penuaan secara
langsung, suatu gangguan, disebabkan oleh mutasi pada perbaikan DNA, termasuk gejala penuaan
dini. Hanya beberapa tahun lalu, tim Jan Hoeijmaker diErasmus MC menggambarkan sindrom
penuaan baru dalam remaja laki-laki yangPenuaan bahkan sebelum dia mencapai pubertas
(Niedernhofer et al, Nature 2006). Pasien memiliki mutasi pada gen (Disebut XPF) terlibat
bersama-sama dengan ERCC1 mitranya dalam perbaikan DNA. Kompleks dua protein
(disebutXPF/ERCC1) melindungi kerusakan DNA yang disebabkan oleh UV sinar matahari, yang
dapat mengacaukan urutan DNA. Mutasi pada gen XPF diketahui menyebabkan kondisi langka.
Xeroderma pigmentosum dikenal sebagai (XP). Pasien dengan XP sangat sensitif terhadap sinar
matahari, mereka harus benar-benar menutupi diri mereka ketika mereka pergi luar dan ketika di
dalam ruangan. Pasien 'XFE' bukan hanya sensitif terhadap sinar matahari, namun juga keriput.

E. Gen P53, Penekan Kanker

Salah satu gen penekan kanker adalah gen p53 yang merupakan pelindung siklus sel. Bila sel
terluka, p53 dalam inti memicu sel untuk melakukan “arrest” pada perbatasan G1/S dengan
menginduksi penghambat CDK (cyclin D kinase) dan sistem perbaikan DNA terlebih dahulu
menghilangkan luka tersebut sebelum sel
memasuki fase S tanpa adanya DNA yang terluka. Program “arrest” dan apoptosis ini
tergantung pada lingkungan fisiologik ataupun jenis sel. Oleh karena itu kehilangan fungsi gen
p53 ini merupakan penyebab munculnya malignansi. Inaktivasi gen p53 ini biasanya terjadi dalam
dua tahap yakni inaktivasi pada satu alel oleh mutasi titik atau delesi kecil dan berikutnya adalah
kehilangan alel normal oleh delesi segmen kromosom. Inaktivasi alel pertama dapat terjadi pada
sel somatik maupun sel germ. Gen ini juga disebut “guardian of the cell”.
Beberapa jenis virus terlibat dalam proses perubahan fungsi p53 dengan mengkode
onkoprotein yang berikatan dengan protein ini. Sel yang tidak memiliki p53 menunjukkan ketidak
stabilan genom dan memperbesar karsinogenesis.
Gen penekan tumor p53 adalah protein yang mempunyai berat molekul 53 kilodalton (kD)
dan pertama kali ditemukan pada 1979 [17]. Gen p53 yang merupakan faktor transkripsi dan
mempunyai panjang 20 kilobasa. Representasi skematik p53 selengkapnya diperlihatkan dalam
Gambar 1. Gen ini diberi gelar “molecule of the year” pada tahun 1993 oleh majalah Science [18].
Gen ini juga terbukti mempertinggi radioresistensi suatu sel [19]. Penelitian lain membuktikan
bahwa pemberian p53 ke dalam sel kanker atau cell line yang telah kehilangan fungsi gen p53
endogen akan memperkecil tumorigenesis, sebaliknya mutan p53 memperbesar proses
pembentukan tumor [20-22]. Protein p53 dalam bentuk aktif atau stabil mengkode pengaktif
transkripsi yang targetnya dapat meliputi gen-gen yang mengatur kestabilan genomik, respon
selular pada luka DNA dan progresi siklus sel. Contoh gen-gen tersebut adalah WAF1, GADD45
dan MDM2. Di samping stabilisasi, aktivitas trans-aktivasi p53 juga diatur oleh fosforilasi
residuamino-ujung [23]. Untuk menjalankan fungsinya, p53 mengikat DNA dalam bentuk yang
spesifik sehingga memungkinkan p53 mengaktifkan transkripsi gen sasaran. Bagian tengah
protein tersebut (residu asam amino 102-292) adalah deret spesifik daerah DNA-binding, dimana
mutasi p53 spontanberada pada daerah ini dan secara langsung atau tidak langsung mempengaruhi
interaksi p53 dengan DNA.

F. Bakteri dengan Mekanisme Perbaikan DNA yang Sangat Baik

Bakteri yang ditemukan di Corvalis, Oregon dan mempunyai kemampuan untuk bertahan
hidup terhadap radiasi yang sangat tinggi ini dinamai Deinococcus radiodurans. Bentuk dari
bakteri ini berupa bulat dengan diameter yang relatif besar. Kebanyakan diameternya sekitar 1,5
sampai 3,5 mikrometer.
Bakteri ini mempunyai kemampuan untuk dapat bertahan hidup terhadap radiasi yang sangat
tinggi karena bakteri ini mempunyai mekanisme perbaikan DNA yang cepat dan mempunyai
banyak copy dari genomenya sendiri. Jika dibandingkan dengan manusia, bakteri ini dapat
bertahan terhadap radiasi 300 kali lipat daripada yang dapat dilakukan oleh manusia.
Deinococcus radiodurans ini banyak ditemukan di berbagai macam lingkungan hidup, sehingga
sulit untuk menentukan dimana habitat aslinya. Para ilmuwan banyak mengembangbiakkan
bakteri ini di dalam laboratorium dengan media kotoran hewan, contohnya gajah. Namun, para
ilmuwan juga menemukan bakteri ini hidup dengan baik di berbagai jenis tanah, termasuk di
daerah batuan granite yang kering. Karena banyak ditemukan di berbagai jenis tanah, para
ilmuwan mengklasifikasikan bakteri ini ke dalam bakteri tanah. Belum ada bukti yang
menunjukkan bahwa bakteri ini berinteraksi dengan organisme lain.
Deinococcus radiodurans dapat bertahan dalam 1,5 juta rads- ribuan kali lebih kuat
daripada semua makhluk hidup yang ada di bumi dan 300 kali lebih kuat daripada ketahanan
manusia. Bakteri ini memiliki ketahanan terhadap radiasi karena memiliki salinan ganda dari
genomnya dan mekanisme perbaikan DNA yang cepat. Tidak seperti organisme lain yang
kehilangan DNA karena radiasi, mikroba ini tidak kehilangan informasi genetik karena fragmen-
fragmen DNA yang terputus disimpan di dalam cincin plasmid yang terkunci rapat. Fragmen-
fragmen ini tersusun rapat, pada akhirnya tersusun bersama menjadi tataan yang original dan
benar. Bakteri ini biasanya memperbaiki kerusakan kromosom dalam 12-24 jam melalui proses
dua tahap.
Pertama, D. radiodurans menyambungkan ulang fragmen-fragmen kromosom melalui
proses yang disebut penempelan untai-tunggal. DNA memperbaiki diri di dalam ring yang telah
disebut. Lalu sang bakteri melakukan aksi yang sangat tidak umum. Bakteri ini terdiri dari empat
kompartmen, masing-masing mengandung satu salinan DNA. Ada dua jalan kecil diantara
kompartmen. Setelah sekitar satu setengah jam perbaikan di dalam cincin, DNA membuka lipatan
dan bermigrasi ke kompartmen yang berdekatan—dimana terjadi saling baur dengan DNA yang
telah ada disana.
Pada tahap kedua, protein memperbaiki kerusakan untai-ganda melalui rekombinasi
homolog. Proses ini tidak melibatkan mutasi apapun dari replikasi normal yang biasa. Mesin
perbaikan reguler, umum di manusia dan juga bakteri, melaksanakan tugasnya—memperbaiki
enzim diantara dua salinan DNA, memakai templete untuk memperbaiki yang lain.
Dari empat salinan DNA, selalu ada dua atau tiga yang terkemas rapat di dalam cincin
sementara yang lain dapat bergerak bebas. Sehingga kapanpun, selalu ada salinan DNA yang
mengatur produksi produksi protein dan lain-lain yang tidak aktif namun terlindungi terus
menerus.
Pertanyaan mengenai Deinococcus radiodurans adalah bagaimana ketahanan radioaktif
yang demikian tinggi dapat berkembang. Level radiasi lingkungan alam sangat rendah—di
kebanyakan tempat, tingkatnya 0.4 mGy per tahun, dan radiasi lingkungan yang diketahui paling
tinggi, dekat Guarapari, Brazil, hanya 175 mGy per tahun. Dengan level radiasi lingkungan alam
yang terjadi sangat rendah, organisme yang mengembangkan mekanisme untuk menahan efek
radiasi tinggi sangat unik.
Valerie Mattimore dan John R. Battista dari Lousiana State University mengusulkan bahwa
ketahanan radioaktif D. Radiodurans hanyalah efek samping dari mekanisme untuk bertahan
terhadap kekeringan sel berkepanjangan. Untuk mendukung hipotesis ini, mereka melakukan
eksperimen dimana mereka mendemonstrasikan strain mutan D. radiodurans yang sangat rentan
terhadap bahaya radiasi ion juga sangat rentan terhadap bahaya kekeringan berkepanjangan,
sementara tipe galur liar resisten terhadap keduanya. Sebagai tambahan untuk perbaikan DNA, D.
radiodurans menggunakan ekspresi protein LEA (Late Embryogenesis Abundant) untuk
melindungi diri dari kekeringan.
Michael Daly mengusulkan bahwa bakteri ini menggunakan mangan sebagai
antioksidan untuk melindungi dir terhadap bahaya radiasi. Pada tahun 2007 timnya menunjukkan
bahwa level mangan(II) intrasel yang tinggi pada D. radiodurans melindungi protein dari oksidasi
radiasi, dan mengemukakan ide bahwa protein, bukan DNA, adalah target pelaku dari aksi biologis
;pada bakteri sensitif, dan ketahanan ekstrim pada bakteri yang mengandung mangan didasar
perlindungan protein. Deinococcus radiodurans melindungi protein, bukan DNA, sehingga
memungkinkan untuk memperbaiki DNA yang rusak.
Banyak penelitian yang dilakukan untuk maenjelaskan struktur protein khusus pada D.
radiodurans. Salah satu struktur protein bakteri ini yang baru-baru ini ditemukan adalah
thioredoxin reductase. Reductase adalah sebuah enzim yang berperan sangat penting dalam respon
sel terhadap tekanan oksidatif, termasuk kerusakan DNA rantai ganda.
Namun poin penting lain mengenai spesies ini adalah kemampuannya untuk memperbaiki
kerusakan DNA rantai ganda dengan cepat dan akurat tanpa enzim RecBCD yang pada normalnya
ada di bakteri lain. Penelitian sekarang ini menunjukkan bahwa D. radiodurans mengandung
rangkaian gen yang mengkode sebuah protein yang sangat mirip dengan enzim RecD pada yang
ditemukan pada E.coli. Penemuan yang sangat penting ini memberi kesan bahwa enzim RecD
yang seperti protein dalam D. radiodurans adalah bagian penting dalam sistem perbaikan yang ia
gunakan. Telah ditunjukan bahwa penghilangan dari gen RecD mengakibatkan kepekaan terhadap
radiasi meningkat dengan besar.

BAB III
PENUTUP
 Ribuan masalah dengan DNA muncul setiap hari di setiap sel tubuh, yang masing-masing
harus berhasil terdeteksi dan, jika perlu, diubah. Sistem perbaikan DNA mendeteksi dan
mengkoordinasikan respon terhadap serangan tersebut, mempengaruhi langkah-langkah untuk
mencegah kematian sel atau menghapus sel-sel kanker dari sistem tubuh. Dilakukan oleh
serangkaian protein sel inti, untuk mempertahankan integritas DNA, melindungi kita dari kanker,
penuaan, dan berbagai macam terkait penyakit, menjaga sistem kekebalan tubuh dan lebih

Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check point yaitu suatu tempat dimana susunan DNA akan
dikoreksi dengan seteliti-telitinya. Apabila ada kesalahan, sel mempunyai dua pilihan : Pertama,
kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun, apabila kesalahan
yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk mengambil pilihan kedua
yaitu “dimatikan” daripada hidup membawa pengaruh buruk bagi lingkungan sekelilingnya. Saat
itulah keputusan untuk berapoptosis diambil. Sel dengan DNA normal akan meneruskan
perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis)

DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A., et al. 2002. Biologi. Erlangga. Jakarta.

Francoise C., Gregory R., Qing W., Nathalie D., Fre´de´ric C., Jean-Marc L.,Jean-Christophe S., Alain P.,
Sylviane O., Thierry F.2000. Detection of Exon Deletions and Duplications of the Mismatch
 Repair Genes in Hereditary Nonpolyposis Colorectal Cancer Families Using Multiplex
Polymerase Chain Reaction of Short Fluorescent Fragments.
Funayama, Tomoo, Issay Narumi, dkk. Mutation Research / DNA Repair, Volume 435, Issue 2, 22
Oktober 1999, halaman 151-161
Hua, Xiaoting, Lifen Huang, dkk. DNA Repair Volume 6, Issue 2, 4 Februari 2007, halaman 167-176
Murray, R.K., [et.al]. 2003. Biokimia Harper Edisi 25. Jakarta : EGC.
O'Brien, PJ. (2006). "Catalytic promiscuity and the divergent evolution of DNA repair enzymes". Chem
Rev 106 (2): 720–52.
Rajan, Rakhi dan Charles E. Bell. Journal of Molecular Biology, Volume 344, Issue 4, 3 Desember 2004,
halaman 951-963
Robert K. M. Daryl K.G. Victor W., 2009.Biokimia Harper.Edisi 27.cetakan I. Penerbit Buku Kedokteran
EGC
Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Erlangga: Jakarta

DNA Repair
26 Apr
25 Votes

DNA sebagai materi genetic yang selalu mengalami berbagai reaksi kimia dan selalu melakukan
kopi DNA. Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi DNA yang dapat terjadi pada saat proses
replikasi DNA. Untuk menstabilkan hal tersebut maka DNA memiliki kemampuan untuk
memperbaiki (repair) kesalahan yang terjadi pada dirinya sendiri. Jika mutasi DNA yang terjadi
cukup banyak dan DNA tidak sempat untuk memperbaiki (repair) dirinya sendiri maka akan terjadi
kelainan ekspresi genetic bahkan menyebabkan terjadinya penyakit genetik. Konsumsi makanan
yang bergizi serta istirahat yang cukup memungkinkan tubuh untuk dapat melakukan repair DNA.

DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami kerusakan / kesalahan
yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal, radiasi dengan sinar UV, radiasi
ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme
perbaikan yang terdapat ditingkat selular secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan
yang tentu saja terkait erat dengan jenis factor penyebabnya. Sel-sel menggunakan mekanisme-
mekanisme perbaikan DNA untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul
DNA. Kesalahan dapat terjadi saat aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan
sasaran untuk berbagai kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan.

Apabila ada kesalahan / kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :

1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun apabila
kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk beralih
ke pilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang fatal maka
akan dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang buruk bagi lingkungan
sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan meneruskan perjalanan untuk
melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis) G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).

Proses perbaikan DNA itu harus melibatkan berbagai macam komponen, yang sangat berperan
penting dalam mekanisme perbaikan DNA tersebut. Komponen-komponen yang terlibat dalam
mekanisme perbaikan DNA dapat dijelaskan secara rinci pada penjelasan berikut ini.

Komponen yang Terlibat dalam Proses DNA Repair

Repair system Enzim/protein Repair sistem Enzim/protein

DNA glycosylase Dam metilase
Base excision AP Endonuklease mismatch MutS,MutL,MutH
DNA Polymerase I Exonuclease
 DNA ligase DNA Helicase II
UVrA,UVrB,UVrC SSB Protein
Nucleotid exicion DNA polymerase I DNA plomerase III
DNA Ligase DNA Ligase

Mekanisme DNA repair

Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu :

1. Demage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan cara

perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA yang rusak oleh
sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada bakteri E. Coli enzim itu
dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada suatu segmen pirimidin (timin dan sitosin)
yang telah berpasangan (dimer) pada suatu struktur DNA, akan mengaktifkan suatu proses
perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim fotoreaktif akan memutuskan ikatan
hydrogen tetapi tanpa memutuskan ikatan fosfodiester antar nukleotida. Perubahan urutan
akan diperbaiki dengan pergantian sesame nukleotida dengan basa pirimidin, dan akan
diikuti proses penangkupan kembali celah yang semula tercipta.
2. Demage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau penggantian
dengan dipotong-potong. Pada excision repair diawali dengan proses pengidentifikasian
ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA dalam suatu proses pengawasan yang dilakukan oleh
endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim tersebut akan menginisiasi proses
pemisahan DNA heliks utas ganda menjadi suatu segmen utas tunggal. Proses ini akan
diakhiri dengan pertautan kembali antara dua utas tunggal tersebut untuk kembali menjadi
bagian dari heliks utas ganda, dengan perantaraan enzim DNA ligase.
3. Demage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan tidak dapat
diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang terotong adalah kedua strand.
Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan kesalahan (error-phone) yang memprbaiki
kerusakan-kerusakan pada DNA tanpa mengembalikan sekuens basa awal. Tipe perbaikan
ini bisa dipicu oleh kerusakan DNA dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E. Coli, system
tersebut diatur oleh gen-gen recA dan umu yang dihipotesiskan mengubah fidelitas
(ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose situ, polymerase melakukan replikasi
melewati kerusakan DNA, sehingga memungkinkan sel untuk bertahan hidup atau sintas.
Jika sel tersebut berhasil sintas melalui seluruh kerusakan DNA, besar kemungkinan sel
itu mengandung satu atau lebih mutasi.

Ada 3 tipe demage removal yaitu :(a) Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan digantikan
dengan yang lain. Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deaminasi. Tempat kerusakan basa
tersebut dinamakan dengan”Abasic site” atau “AP site”. Pada E.coli enzim DNA glycosilase dapat
mengenal AP site dan membuang basanya. Kemudian AP endonuklease membuang AP site dan
Nukleotida sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA Polymerase I dan DNA
Ligase. DNA polymerase I berperan didalam mensintesis atau menambahkan pasangan basa yang
sesuai dengan pasangannya.sedangkan DNA Ligase berperan dalam menyambungkan pasangan
basa yang telah disintesis oleh DNA polymerase I. (b)Nucleotide excision repair,
adalah memotong pada bagian / salah satu segmen DNA, dari DNA yang mengalami kerusakan.
Kerusakan nukleotida yang disebabkan oleh sinar UV, sehingga terjadi kesalahan pirimidin dimer
(kesalahan dua basa tetangga). Pada E. Coli terdapat protein yang terlibat dalam proses
pembuangan atau pemotongan DNA yang mengalami kerusakan, protein tersebut adalah UVrA,
UVrB, UVrC, setelah protein tersebut mengenali kesalahan, maka nukleotida yang rusak tersebut
dihilangkan (dipotong) sehingga terjadi kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut.
Selanjutnya untuk mengisi kekosongan tersebut maka RNA polymerase I mensintesis nukleotida
yang baru untuk dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan tadi, tentu saja
dengan bekerja sama dengan DNA ligase dalam proses penyambungan segmen DNA tersebut. (c)
Mismatch repair. Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA
disalin. Selama replikasi DNA, DNA polymerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah
pasang. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida
ditambahkan pada untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang pasangannya tidak benar,
polymerase memindahkan nukleotida tersebut kemudian melanjutkan kembali sintesis, (tindakan
ini mirip dengan mengoreksi kesalahan pada pengolah kata dengan menggunakan tombol “delete”
dan kemudian menuliskan kata yang benar). Protein-protein lain selain DNA polymerase juga
melakukan perbaikan salah pasang. Para peneliti mempertegas pentingnya protein-protein tersebut
ketika mereka menemukan bahwa suatu cacat herediter pada salah satu dari protein-protein ini
terkait dengan salah satu bentuk dari kanker usus besar. Rupanya cacat ini mengakibatkan
kesalahan penyebab kanker yang berakumulasi di dalam DNA. Pada intinya mekanisme perbaikan
mismatch ini mendeteksi terlebih dahulu pasangan basa yang tidak “cocok (matched)” atau tidak
berpasangan dengan benar. Kesalahan berpasangan basa atau mismatch dapat terjadi saat replikasi
ataupun rekombinasi DNA, dimana untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan, terlebih
dahulu harus diketahui pasangan basa mana yang mengalami kesalahan basa pada untai DNA.
Caranya segmen DNA yang membawa basa yang salah dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di
dalam untai DNA. Selanjutnya dengan bantuan enzim polymerase celah ini akan diisi oleh segmen
baru yang membawa basa yang telah diperbaiki, yang kemudian dilekatkan dengan bantuan enzim
ligase.
Base Excision Repair
Nucleotide Excision Repair
Mismatch Repair