Proteasome &Ubiquitin

Protein mempunyai pengaturan dengan temporal dan spasial yang baik. Ubiquitin adalah
salah satu pengubah yang paling penting, danb mempunyai fungsi menargetkan banyak
protein atau ratusan protein untuk melakukan degradasi cepat oleh proteosome, selain itu juga
sebagai agen pensinyalan dinamis yang mengatur fungsi dari protein yang terikat kovalen.
Efek bermacam-macam akan mencerminkan rakitan rantai ubiqutin yang berbeda-beda secara
struktural pada protein yang ditargetkan. Kode yang di hasilkan oleh ubiquitin ditafsirkan
oleh keluarga reseptor ubiquitin yang luas. Di situ juga di tinjau komponen jaringan peraturan
dan pengaruhnya di seluruh sel. Perubahan protein atau modifikasi protein dengan
dilekatkan kovalen ubiquitin ialah proses regulasi yang pengaruhnya rasakan diseluruh sel di
semua eukariota. Ubiquitylation mentargetkan protein ke proteosome yang terdegradasi, ialah
sebuah proses yang secara dinamis mempangkas proteom, dengan ratusan protein ragi yang
,mengalami degradasi sanggat cepat ( Belle et al 2006 ). Tetapi, banyak modifikasi ubiquiti
bertindak melalui mekanisme nonproteolitik, contohnya seperti dalam proses perbaikan
DNA, dinamika kromatin, ekspor mRNA, ekstraksi protein dari komplek multisubunit, dan
protein ,membran. Sedangkan protein ubiquitylated yang berbeda yang dikendalikan oleh
sifat modifikasi ubiquitin, Ubiquitin
tunggalseringkalitidakmencukupiuntukmenargetkansubstratkeproteasom, sedangkansubstrat
yang dimodifikasiolehrantaipoliuretanindapatditargetkansecarakhususkeproteasom. Tingkat
keaktifan ligase ubiquitin sangatlah penting dalam menentukan konsekuensi
modifikasi.Ubiquitin biasanya menempel pada residu protein lisin. Ubiquitin sendiri memiliki
tujuh lisin, yang kesemuanya dapat dikonjugasikan ke molekul ubiquitin kedua (Peng et al.,
2003). Hal ini memungkinkan untuk pembangunan rantai polyubiquitin yang berbeda secara
topologi dan keragaman mode pensinyalan di luar yang terkait dengan panjang rantai.
Sebagai contoh, rantai yang berhubungan dengan Lys48 sangat penting untuk degradasi
protein, sedangkan rantai terkait Lys63 digunakan dalam perbaikan DNA dan perdagangan
protein membran. Fleksibilitas dalam pemberian sinyal ini sangat penting bagi sistem
ubiquitin dan dapat menjelaskan pengaruh ubiquitin yang meluas dalam jalur peraturan
seluler. Reseptor Ubiquitin, yang banyak di antaranya menampilkan spesifisitas atau
preferensi untuk tipe hubungan atau jarak di mana-mana, memainkan peran kunci dalam
memecahkan kode sinyal yang tertanam dalam struktur rantai ubiquitin (Dikic et al., 2009).
Sistem dari Ubiquitin-proteasome dan autophagy mewakili mode utama pemecahan protein
intraseluler pada eukariota. Autophagy, hidrolisis protein intraselular dalam vakuola
(Nakatogawa et al., 2009), Autophagy berperan untuk pemecahan selektif dan keseluruhan
organel, seperti mitokondria dan peroksisom, serta satu kompleks protein besar, ribosom,
tetapi Saccharomyces cerevisiae, autophagy dianggap tidak selaras dibandingkan dengan
degradasi proteasomal. Seluruh protein yang cepat dalam sitoplasma dan nukleus sel
eukariotik, seperti contoh substrak seperti siklin, umumnya dimediasi oleh proteasome.

Paradigma ubiquitylation, dimana protein kecil dengan lipatan -pegang secara kovalen
memodifikasi molekul lain melalui gliserin C-terminalnya, meluas ke beberapa protein mirip
ubiquitin (UBLs), masing-masing dengan mesin konjugasi khusus: Smt3 (modifikasi ini
adalah Dikenal sebagai SUMOylation), Rub1 (NEDDylation), Urm1 (urmylation), dan faktor
autophagy Atg8 dan Atg12 (Hochstrasser 2009; Inoue dan Klionsky 2010). Sasaran konjugasi
tidak selalu merupakan protein; Atg8 dikonjugasikan ke phosphatidylethanolamine, sehingga
mengubahnya dari protein larut dalam membran, dan Urm1 bertindak baik sebagai pengubah
protein dan sebagai pembawa sulfur untuk mendukung tiolasi tRNA. Karena keterbatasan
ruang kita akan membahas jalur modifikasi ini di bawah hanya karena berhubungan dengan
ubiquitylation itu sendiri. Pembatasan ruang juga mencegah kita memberikan deskripsi
lengkap tentang sistem proteasom ubiquitin dalam ragi, dan kami mohon maaf atas celah
dalam cakupannya.

Ubiquitylation reaction

Ubiquitin dihubungkan kedalam substrak melalui ikatan isopeptida antara gugus E-amino
dari residu lisin substrat dan ujung karboksil ubiquitin. Konjugasi ubiquitin melibatkan
serangkaiyan enzim seperti enzim E1-E2-E3. Reaksi tersebut di pereaksikan dengan bantuan
enzim ubiquitin E1 ( Uba 1 ), yang di bentuk dengan ikatan thioester yang berenergi sangat
tinggi dengan kelompok rantai karboksil yang utama dari residu glisin terminal ubiquitin.
Langkan tersebut menggunakan ATP dalam bentuk intermediate terminal ubiquitin-adenylate
dengan melakukan pelepasan AMP dan pirofosfat lainya. Ubiquitin yang diaktivasi
dipindahkan ke salah satu enzim konjugasi-ubiquitin (enzim E2 atau Ubc) dengan
transesterifikasi. Akhirnya, enzim E3 (ubiquitin ligases) mengkatalisis pembentukan ikatan
isopeptida antara kelompok -amino residu lisin dalam protein substrat dan kelompok
karboksil teraktif ubiquitin (Deshaies dan Joazeiro 2009; Varshavsky 2012).

Melalui putaran konjugasi berturut-turut, rantai polijiquitin disintesis. Lysines sejauh ini
merupakan situs akseptor yang paling umum, namun pelepasan ubiquitin ke grup amino N-
terminal pada eukariota yang lebih tinggi (Bloom et al., 2003; Ben-Saadon et al., 2004;
Kirisako et al., 2006; Rahighi et al., 2009; Tokunaga Et al 2009), serta serin, treonin, atau
sistein pada ragi dan mamalia, telah diamati (Cadwell dan Coscoy 2005; Ravid and
Hochstrasser 2007; Wang et al 2007; Shimizu et al., 2010). Mesin konjugasi menunjukkan
organisasi hirarkis dengan satu atau dua E1 (satu di ragi), beberapa E2 (11 dalam ragi) (Tabel
1), dan keluarga besar E3 (ragi 60-100) (Tabel 2). E3s memediasi selektivitas indah di mana-
mana dengan interaksi langsung dengan substrat.

Topology of ubiquitin conjugates

Monoubiquitylation menggambarkan pelekatan molekul ubiquitin tunggal ke protein substrat,

sedangkan pelekatan lebih dari satu ubiquitin disebut polubiquitylation atau
multiubiquitylation (Gambar 1A). Polyubiquitylation mewakili sinyal degradasi karakteristik,
disintesis melalui pembentukan ikatan isopeptida antara residu lisin pada molekul ubiquitin
berlapis substrat dan bagian free-ubiquitin yang diaktivasi. Sebaliknya, multiubiquitylation
adalah pelekatan beberapa molekul ubiquitin tunggal ke beberapa residu lisin akseptor dalam
satu protein. Menandai protein untuk degradasi oleh proteasom adalah fungsi utama dari
kebanyakan rantai poli dioksida. Sebaliknya, multi-atau monoubiquitylation seringkali,
namun tidak selalu (Dimova et al 2012), memediasi fungsi proteasom-independen seperti
pengikatan protein, pelokalan subselular, perdagangan intraselular, dan modulasi aktivitas
(Hicke 2001; Kravtsova-Ivantsiv et al. 2009; Ziv dkk. 2011).
Rakitan rantai poliuretan melibatkan pembentukan konjugat ubiquitin-ubiquitin, dan salah
satu dari tujuh lisin ubiquitin (K6, K11, K27, K29, K33, K48, dan K63) dapat berfungsi
sebagai akseptor ikatan isopeptida pada ragi dan mamalia (Gambar 1B , Peng et al., 2003;
Tagwerker et al., 2006; Meierhofer et al., 2008; Xu et al.; 2009; Komander and Rape 2012).
Rantai yang dihasilkan dapat menentukan sinyal yang berbeda, meskipun semuanya kecuali
rantai K63 yang terkait muncul untuk menandai protein untuk degradasi oleh proteasom
(Meierhofer et al 2008; Xu et al., 2009; Kim et al., 2011). Bergantung pada substratnya,
beberapa rantai K63 juga bisa melakukannya (Saeki et al., 2009b). Mengingat bahwa rantai
K48 dan K63 telah lama dianggap sebagai topologi rantai kanonik, kuantisasi rantai poli
ompong berbeda dalam ragi menunjukkan kelimpahan hubungan inkonvensional yang sangat
tinggi. Pada sel yang tidak terganggu, ~29% dari semua hubungan ubiquitin-ubiquitin melalui
K48, 16% sampai K63, dan 28% melalui K11. Topologi yang tersisa kurang melimpah,
dengan K6 pada 11%, K27 pada 9%, dan ~ 3% masing-masing untuk K29 dan K33 (Xu et
al., 2009).

Konsep dari fungsi pensinyalan khusus yang dimediasi topologi rantai ubiquitin berbeda-beda
dilihat dari munculnya banyaknya sel-sel ragi yang mengekspresikan mutan ubi jalar K48R
atau K63R untuk mencegah pembentukan rantai ubiquitin K48 atau hipotetis terkait K63.
Rantai yang di hubungkan K48 digunakan untuk menargetkan protein untuk degradasi dan
penting untuk kelangsungan hidup, Sedangkan rantai K63 tidak dapat dihilangkan selama
pertumbuhan tanpa adanya tekanan dan juga tidak mempengaruhi degrasi substrak
proteasom, namun di perlukan untuk merespon keruskan DNA. Fungsi spesifik dari topologi
rantai lainnya kurang jelas. Selain itu juga mencegah pembentukan rantai K11 pada ragi
dengan mengganti K11-ubiquitin dan menghasilkan hipersessivitas terhadap induktor DT-DT
dan tunikamycin, yang menunjukkan bahwa rantai K11 penting untuk jalur degradasi terkait
retikulum endoplasma (Xu et al., 2009). ).

Ubiquitin-activating enzyme

Dalam ragi, satu enzim E1 bertanggung jawab untuk aktivasi ubiquitin. E1 dikodekan oleh
gen UBA1 penting (McGrath et al 1991). Beberapa alel uba1 yang sensitif suhu ada; Uba1-
206 adalah mutan yang ketat, dan menunjukkan penipisan cepat konjugat ubiquitin pada suhu
nonpermisif serta fenotipe lainnya yang diharapkan dari blok umum ubiquitylation (Ghaboosi
dan Deshaies 2007).

Proteosome

Proteosome mempunyai 33 sub unit yang berbeda-beda ( 4 ) dan merupakan protease yang
sangat kompleks yang ketahui ( Finley 2009 ). Fungsi utamanya adalah mendegrasi konjugat
ubiquitin-protein. Proteasom disemua eukariota dan sangat dilestarikan dalam evolusi.
Proteosom disusun dalam dua subassemblies, yaitu 19S regulatory particle ( RP ) dan
partikelintinya 20S ( CPS ). RP yang menganai substrat yang telah terdegradasi, sedangkan
CP yang mengandung situs aktif proteolitik. Metode sederhana tersedia untuk menguji
apakah protein yang tidak stabil terdegradasi dengan cara yang tergantung pada proteasom
(Fleming et al., 2002; Liu et al 2007).
 REFERENCES

Albert T. K., Hanzawa H., Legtenberg Y. I., De Ruwe M. J., Van Den Heuvel F. A., et al. ,
2002. Identification of a ubiquitin-protein ligase subunit within the CCR4-NOT
transcription repressor complex. EMBO J. 21: 355364 [PMC free article] [PubMed]

Amerik A. Y., Swaminathan S., Krantz B. A., Wilkinson K. D., Hochstrasser M., 1997.
In vivo disassembly of free polyubiquitin chain by yeast Ubp14 modulates rates of
protein degradation by the proteasome. EMBO J. 16: 48264838 [PMC free
article] [PubMed]

Amerik A. Y., Nowak J., Swaminathan S., Hochstrasser M., 2000a The Doa4
deubiquitinating enzyme is functionally linked to the vacuolar protein-sorting and
endocytic pathways. Mol. Biol. Cell 11: 33653380 [PMC free article] [PubMed]

Auld K. L., Brown C. R., Casolari J. M., Komili S., Silver P. A., 2006. Genomic
association of the proteasome demonstrates overlapping gene regulatory activity with
transcription factor substrates. Mol. Cell 21: 861871 [PubMed]