DNA REPLIKASI, REPAIR, RECOMBINATION

-Replikasi : peristiwa penggandaan DNA yang terjadi pada semua sel hidup. DNA
perlu digandakan untuk mempersiapkan terjadinya pembelahan sel, karena tiap sel
baru yang terbentuk akan memiliki copian DNA yang sama.
-Repair : Perbaikan DNA yang mengalami kesalahan dalam post replikasi
-Recombinasi : penggabungan DNA molekul DNA dari dua spesies yang berbeda
yang dimasukkan dalam organisme inang.

A. REPLIKASI
Proses replikasi :

 Protein tertentu akan mengenal origo dan mengawali terbentuknya gelembung

replikasi.
 Enzim helikase (9) akan akan memutuskan ikatan hidrogen pada nukleotida
sehingga menyebabkan rantai ganda DNA berpisah.
 DNA yang telah terpisah akan diikat oleh protein pengikat rantai tunggal (10)
untuk mencegah rantai tunggal tersebut menyatu kembali.
 Dua rantai tunggal yang terbentuk memiliki formasi yang terbalik. Satu rantai
memiliki formasi awal 3’ - 5’, sedangkan rantai pasangannya memiliki formasi 5’ -
3’.
 Replikasi selalu berjalan dari ujung 3’ menuju ujung 5’. Oleh karena itu replikasi
akan berjalan pada arah yang berlawanan pada dua rantai tunggal DNA yang
ada.
 Rantai tunggal yang terbentuk awalnya akan tegang sehingga membutuhkan
kerja enzim topoisomerase (11) untuk merilekskannya.
 Rantai tunggal DNA masing-masing menjadi template atau cetakan untuk rantai
baru yang akan terbentuk. Molekul nukleotida sebagai bahan baku DNA akan
ditambahkan dan ditempelkan pada DNA tunggal yang menjadi cetakan tersebut
sehingga terbentuk kembali rantai ganda oleh enzim DNA Polimerase (3 & 8)
 Enzim primase (6) akan mensintesis primer (5) yang menjadi awal terjadinya
rantai baru. Primer (5) merupakan rantai pendek RNA yang akan menjadi
awalan untuk terbentuknya rantai DNA baru.
 Enzim DNA polimerase (3 & 8) yang bertugas memperpanjang rantai DNA tidak
dapat membentuk DNA baru. DNA polimerase hanya mampu menembahkan
 nukleotida ke rantai yang telah ada, dan diawali dengan menempelkan nukleotida
pada primer yang dibentuk primase.
 DNA polimerase akan menambahkan satu-persatu nukleotida pada rantai
tunggal yang ada. Pada bakteri dapat terjadi penambahan sekitar 500 nukleotida
per detik, sedangkan pada manusia terjadi penambahan sekitar 50 nukleotida
per detik.
 Rantai 3’-5’ disebut sebagai leading strand, artinya replikasi dapat terjadi hanya
dengan satu primer saja. Sedangkan rantai 5’-3’ disebut sebagai lagging strand
karena replikasi berjalan berkebalikan dengan arah pembukaan rantai ganda
DNA. Oleh karena itu lagging strand membutuhkan banyak primer dan
membentuk rantai-rantai pendek DNA yang disebut fragmen okazaki.
 Enzim ligase (4) akan menyambungkan rantai-rantai pendek DNA yang terjadi
pada lagging strand.

Enzim/ protein tambahan yang berperan dalam replikasi :

a. SSB Single-straind DNA- binding protein / helix destabilizing protein :
berfungsi untuk meluruskan DNA yang masih berbentuk hairpins, atau
membentuk lipatan agar DNA polimerase pada lagging strain dapat berjalan
dari 3’ ke 5’ (replikasi berlangsung lebih cepat, tanpa fragment okazaki.
b. DNA A : yang mengenali daerah DNA yang akan di replikasi
c. Enzim Telomerase : berada pada ujung-ujung daerah garpu replikasi agak
tetap berbentuk gelembung replikasi
d. DNA Clamping Protein : utuk menjaga DNA template dan DNA primer tetap
melekat dan tidak tergelincir. (pada in vitro di gunakan magnesium)
e. DNA Topoisomerase : Ada 2 tipe Topoisomerase 1 dengan cara memotong
salah satu strain kemudian di sambung kembali dan topoisomerase 2 dengan
cara memotong 2 strain kemudian menggabungkan kembali.

Pada siklus sel, REPLIKASI DNA terjadi pada

FASE S (SINTESIS)!!!
MISSPAIRING REPLIKASI
Pada saat replikasi dapat terjadi 1 error / misspair dalam 10 5-106. Dan dapat terjadi
perbaikan (editing) secara langsung di dalam DNA Polimerase yang dilakukan oleh
3’ – 5’ exonuclease, proses ini disebut DNA PROOFREADING (sistem pembacaan
DNA Polimerase) jadi di dalam DNA Polimerase ada dua mekanisme yaitu untuk
polimerasi dan untuk editing.
Tahapan DNA proofreading :
1. Ketika terjadi misspairing pada primer strand (seharusnya pasangan C adalah T,
tetapi dipasangkan dengan C  salah)
2. Karena ada kesalahan maka basa nukleutida yang salah akan otomatis tidak
melekat dengan pasangannya
3. DNA polimerase mengenali adanya kesalahan
4. Sehingga kerja polimerasi DNA polimerase akan di blok, dan masuk ke
mekanisme kerja editing.
5. Basa nukleotida yang misspairing di potong dengan enzim 3’ – 5’ exonuklease
pada mekanisme editing.
6. DNA polimerase kembali aktif dan membawa basa nulkleotida yang sesuai
dengan pasangannya

Kenapa arah DNA Polimerase harus dari 5’ ke 3’ ?

Karena jika arahnya dari 3’ ke 5’ maka reaksi akan terhenti. Dengan hipotesis
jika dipaksakan memasukkan basa nukleotida dari 3’ ke 5’ dan terjadi missmatch
akan terjadi mekanisme proofreading, setelah basa di potong dan digantikan
dengan basa nukleotida yang benar, fosfat bertemu gula mengakibatkan tidak
diproses. Harusnya fosfat bertemu dengan fosfat.
B. REPAIR
Mekanisme perbaikan DNA yang mengalami kerusakan / kesalahan yang
diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal, radiasi dengan sinar UV,
radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya kesalahan dalam
replikasi DNA.

Internal (Matabolik
intermediet, reactive
radical, DNA Replikasi)
DNA RESTRUCTIVE

External (radiasi,
karsinogen )

Masalah-masalah Kerusakan DNA yang biasa terjadi :

1. Pirimidine Dimer Formation
Terjadi dimer / perlengketan. pada basa pirimidin (TT, TA,AA) karena radiasi.
 2. Depurinasi
Penghilangan basa purin salah satu strain (contoh penghilangan Adenin),
sehingga saat replikasi strain yang hilang basanya tetap kosong (mutasi),
strain lainnya tidak mutasi.

3. Deaminasi
Penghilangan gugus amin, Deaminasi C berubah jadi U. Saat replikasi U di
pasangkan dengan A, U ada pada DNA (mutasi)

Cara memperbaiki masalah diatas (DNA REPAIR) :

1. DNA Repair 1
  Ketika terjadi deaminasi C,
penggantian Basa C diganti U,
maka akan dikenali terjadi
kesalahan.
 U akan di keluarkan oleh
enzim uracil DNA Glycosilase
 kemudian gugus gula dan
phosphat dihilangkan oleh Enzim
AP Endonuklease dan
Phospodiesterase.
 DNA polimerase
menambahkan basa nukleotida
baru yang benar
 Dilekatkan oleh DNA Ligase

2. DNA Repair 2

Mekanisme DNA repair 2 :

 Contohnya ketika terjadi pirimidin
dimer
 Enzim nuklease akan menandai
daerah strain yang bermasalah untuk
dipotong (sebanyak 12 basa)
 Kemudian DNA Helicase memotong
daerah tersebut
 DNA Polimerase menambahkan
basa yang baru
 Dilekatkan oleh enzim ligase.

ENZIM YANG BERPERAN MENGENALI

NUKLEOTIDA YANG MASALAH  DNA
GLYCOSYLASE FAMILY
 DNA REPAIR PADA DOUBLE HELIX YANG PATAH
Mekanisme perbaikannya 2 cara :
a. Non-homologous : Menyambung sendiri
b. Homologous : dengan cara meng-copy DNA Sequence dari kromosom
pasangannya (metode recombinasi)

C. DNA RECOMBINASI
DNA Rekombinasi ada 2 : rekombinasi umum/ homolog dan recombinasi spesifk
a. Rekombinasi homolog
Rekombinasi homolog menyebabkan terjadinya pertukaran antarmolekul DNA
yang merupakan homologi urutan nukleotida cukup besar. Ciri khusus
rekombinasi homolog adalah bahwa proses tersebut dapat terjadi setiap titik
di daerah homologi. Rekombinasi terjadi melalui tahap pemotongan untaian
DNA yang kemudian diikuti dengan proses penggabungan kembali.
Rekombinasi antarkromosom melibatkan proses pertukaran secara fisik
antara bagian-bagian kromosom. Proses rekombinasi terjadi secara akurat
sehingga tidak ada satupun pasangan basa nukleotida yang hilang atau
ditambahkan ke dalam kromosom rekombinan. Proses pertukaran tersebut
menyebabkan terbentuknya struktur yang dapat terlihat sebagai kiasma
(chiasma) pada waktu meiosis. Kiasma merupakan tempat pemotongan dan
penggabungan kembali untai DNA, yaitu ketika dua kromatid yang berbeda
(non-sister chromatids) terpotong dan tergabungkan satu sama lain.
Rekombinasi homolog dimulai ketika dua kromosom homolog terletak
berdekatan satu sama lain sehingga urutan nukleotida yang homolog dapat
dipertukarkan. Kontak antara dua pasang kromosom tersebut, disebut
sebagai proses sinapsis, terjadi pada awal meiosis yaitu pada profase.

b. Rekombinasi spesifik
Berbeda dari proses rekombinasi homolog, rekombinasi khusus hanya terjadi
pada tempat khusus di dalam segmen molekul DNA. Pertukaran materi
genetik dilakukan oleh protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan
penggabungan molekul DNA sekara tepat pada tempat terjadinya
rekombinasi. Proses rekombinasi semakam ini tidak tergantung pada protein
recA. Rekombinasi khusus mempunyai beberapa kirri, yaitu: (i) proses
rekombinasi terjadi di tempat khusus pada kedua fragmen DNA, (ii)
rekombinasi berlangsung timbal balik (reciprocal), artinya kedua hasil
pertukaran genetik tersebut dapat diperoleh kembali, (iii) rekombinasi terjadi
sekara konservatif, artinya proses pertukaran genetik tersebut dilakukan
melalui pemotongan dan penyambungan kembali bagian DNA yang
berekombinasi tanpa ada sintesis nukleotida baru, dan (iv) bagian yang
mengalami rekombinasi tersebut mempunyai homologi dalam hal urutan
nukleotida. Proses rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya
pemotongan bagian DNA yang akan berekombinasi pada daerah yang
mempunyai homologi sehingga dihasilkan ujung lekat (sticky end). Kedua
 ujung lekat pada kedua fragmen DNA yang berekombinasi tersebut kemudian
mengalami pertukaran untai DNA sehingga akan terbentuk konfigurasi
rekombinan.
Fungsi dari rekombinasi genetik bervariasi tergantung mekanismenya. Beberapa
fungsi rekombinasi genetik adalah memelihara perbedaan genetik, sistem perbaikan
DNA khusus, regulasi ekspresi gen tertentu, dan penyusunan kembali genetik yang
diprogram selama perkembangan

Ada alami (pindah silang, transduksi, transformasi) dan ada yang buatan (in vitro)
Untuk dapat terjadinya DNA Rekombinasi harus ada 3 faktor :
1. Enzim : Pemotong (restriksi endonuklease) dan penyambung (ligase)
2. Vektor : Transportasi perpindahan DNA (plasmid)
3. Agen : Sel Target  Bakteri