BIOMOLEKUL DAN REKAYASA GENETIKA

STRUKTUR GEN

Dosen Pengampu Mata Kuliah :

Dr. Senam, M.Si.

Oleh Kelompok 3 :
1. Julia Dian Wijayanti (17728251003)
2. Arina Diana Fatma (17728251018)
3. Afsari Amiati (17728251020)
4. Daud Dakabesi (17728251022)

PENDIDIKAN KIMIA
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2017
A. PENGERTIAN, LETAK, FUNGSI, dan SIFAT GEN
Gen didefinisikan sebagai unit pewarisan sifat. Istilah gen pertama kali
disebutkan oleh W. Johanssen pada tahun 1909. Gen merupakan bagian dari
kromosom yang mengendalikan ciri-ciri genetik dari suatu makhluk hidup. Thomas
Hunt Morgan menyatakan bahwa gen adalah materi yang mengandung unit informasi
genetik yang mengatur sifat-sifat genetik (turunan), yang memenuhi lokus suatu
kromosom. Di dalam lokus kromosom, gen ditemukan berpasangan dan setiap gen
dalam pasangan tersebut disebut dengan alel. Gen diwariskan dari individu ke
individu keturunannya melalui suatu proses reproduksi.
Nukleus merupakan bagian utama dari sebuah sel. Di dalam nukleus terdapat
kromatin, yaitu benang-benang halus yang mengandung materi genetik dan terdiri
dari nukleoprotein (gabungan dari asam nukleat berupa DNA dan protein seperti
histon atau protamin). Ketika sel mengalami pembelahan baik secara mitosis maupun
meiosis, kromatin dapat menebal, memendek, dan mudah menyerap zat warna
membentuk kromosom. Menurut Suryo (1997), bagian pada kromosom yang
membawa keterangan genetik hanyalah asam nukleat saja. Asam nukleat terdiri atas
DNA dan RNA. Bagian dari rantai DNA yang dapat mengkode suatu polipeptida
melalui proses transkripsi dan translasi disebut gen. Gen terletak secara teratur
disepanjang benang-benang halus pada kromosom. Total keseluruhan informasi
genetik yang tersimpan di dalam kromosom disebut genom.
Gen adalah substansi genetik yang terdiri atas sepotong DNA yang
menentukan sifat dan karakter suatu individu. Gen adalah unit dari molekul DNA
atau RNA yang membawa urutan asam amino dari suatu protein. Gen diwariskan
secara turun temurun dari satu individu ke individu keturuannya. Sebagai salah satu
substansi hereditas, gen memiliki beberapa sifat dan fungsi sebagai berikut:
a. Sifat Gen:
1. Mengandung informasi genetik.
2. Setiap gen memiliki tugas dan fungsi yang berbeda-beda baik dalam hal
mengatur proses metabolisme dan perkembangan, maupun dalam
menyampaikan factor genetik.
 3. Pada saat terjadi pembelahan mitosis dan meiosis, gen dapat mengadakan
duplikasi.
4. Kerja gen ditentukan oleh susunan kombinasi basa nitrogennya.
5. Sebagai zarah yang terdapat di dalam kromosom.
b. Fungsi Gen:
1. Menyampaikan informasi genetika dari generasi ke generasi.
2. Mengontrol, mengatur metabolisme, dan perkembangan tubuh.
3. Menentukan sifat-sifat pada keturunannya, misalnya bentuk rambut, bentuk
badan, warna kulit, warna rambut, bentuk wajah, dsb.
4. Mengontrol pembentukan dan proses kerja enzim.
5. Mengatur hormon yang digunakan pada proses perkembangan makhluk
hidup.

Berdasarkan komposisi kimiawinya, materi genetik harus memenuhi dua

kebutuhan utama yaitu:
1. Fungsi genotif atau replikasi. Materi genetik harus mampu menyimpan
informasi genetik, dan juga harus bisa mewariskan informasi genetik
tersebut secara tepat dari satu generasi ke generasi keturunan selanjutnya
2. Fungsi fenotip atau ekspresi gen. Materi genetik harus mengendalikan
perkembangan fenotip organisme, apakah itu suatu virus, bakteri, tanaman,
atau hewan. Materi genetik harus mampu mengarahkan proses pertumbuhan
dan juga diferensiasi organisme, mulai dari sel telur sampai dewasa.

Struktur Gen
Gen adalah bagian dari kromosom yang mengendalikan ciri-ciri genetik dari
makhluk hidup atau organisme. Fred (2005) menyatakan bahwa gen tersusun dari 4
bagian utama yaitu daerah pengkode, promoter, operator, dan terminator.
 Gambar 1. Susunan Gen secara Sederhana

1. Daerah pengkode atau bagian struktural (coding region).

Daerah pengkode adalah bagian dari gen yang membawa kode-kode genetik
yang nantinya akan ditranskripsikan dan selanjutnya ditranslasi atau hanya
ditranskripsi saja. Coding region adalah bagian yang mengkode urutan dari
nukleotida RNA. Pada gen prokaryotik tidak memiliki sekuens intron, dan
hanya memiliki sekuens ekson. Intron (berasal dari kata intervening
sequences) adalah sekuens nukleotida yang tidak akan ditemukan
“terjemahannya” di dalam rangkaian asam amino protein yang dikode oleh
suatu gen. Intron tetap mengalami proses transkripsi, akan tetapi selanjutnya
mengalami pemotongan sehingga tidak akan mengalami proses translasi.
Dengan kata lain, intron merupakan sekuens dari nukleotida yang tidak dapat
diekspresikan. Ekson (exon, berasal dari kata expressed) adalah sekuens
nukleotida yang akan diterjemahkan atau diekspresikan. Hal ini merupakan
salah satu perbedaan utama antara gen prokaryotik dan gen eukaryotik.
2. Promoter.
Promoter adalah bagian dari gen yang bertugas sebagai pengatur proses
ekspresi genetik (transkripsi) bagian struktural. Promoter terletak pada
daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen. Promoter berfungsi
sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang akan melakukan
transkripsi pada bagian struktural.
 3. Operator.
Operator merupakan urutan nukleotida yang letaknya berada diantara
promoter dan bagian struktural. Operator berfungsi sebagai tempat pelekatan
protein repressor, yaitu penekan atau penghambat ekspresi gen. Adanya
protein repressor yang melekat di operator menyebabkan proses ekspresi gen
tidak dapat berlangsung karena enzim RNA polimerase tidak bisa berjalan.
Selain adanya repressor, terdapat pula enhancer yang berfungsi untuk
meningkatkan proses transkripsi dengan meningkatkan jumlah dari enzim
RNA polimerase. Akan tetapi, enhancer tidak terletak pada lokasi yang
spesifik.
4. Terminator.
Terminator adalah bagian dari gen yang berperan dalam proses penghentian
transkripsi. Terminator terletak pada bagian downstream (hilir) dari bagian
struktural gen. Terminator berfungsi sebagai pemberi sinyal pada enzim
RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi.

B. STRUKTUR GEN PROKARYOT

Gen prokaryotik tersusun atas beberapa bagian penting, yaitu: promoter,
bagian struktural, dan terminator. Secara skematis, struktur gen dapat digambarkan
seperti gambar dibawah ini:

Gambar 2. Struktur Gen Prokaryotik

1. Struktur Promoter pada Prokaryot
Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalikan
transkripsi gen struktural dan terletak di sebelah hulu (upstream) dari bagian
struktural suatu gen. Bagian promoter adalah bagian gen tempat awal pelekatan
enzim polimerase yang melakukan transkripsi bagian struktural. Promoter pada
prokaryot terdiri atas beberapa bagian penting yang sekuensnya selalu ada
(conserved) pada semua atau sebagian besar gen. Salah satu bagian penting dalam
promoter disebut dengan kotak Pribnow (Pribnow Box) pada urutan nukleotida
posisi -10 dan posisi -35. Angka minus menyatakan letak suatu nukleotida di sebelah
hulu dari titik awal transkripsi (pada posisi +1) dan tidak ditranskripsi. Analisis
terhadap 100 gen menunjukkan bahwa pada posisi -10 dan -35 terdapat urutan
nukleotida konsensus, sebagai berikut:

Posisi -10 : T89 A81 T50 A65 A65 T100

Posisi -35 : T85 T83 G81 A61 C69 A52

Angka yang mengikuti simbol nukleotida (misalnya T) menyatakan bahwa

frekuensi presentase adanya nukleotida pada posisi yang spesifik di promoter. Urutan
nukleotida diantara -35 dan -10, tidak memiliki kekhasan tertentu. Pengubahan jarak
antara kotak -35 dan -10 mengakibatkan perubahan aktivitas atau kekuatan promoter.
Jarak optimum antara kedua kotak tersebut adalah 17 nukleotida. Sehingga, urutan
konsensus pada kotak Pribnow adalah TATAAT, maka kotak Pribnow disebut juga
dengan kotak TATA (TATA box). Kotak -10 dan -35 disebut sebagai elemen-
elemen promoter inti (core promoter elements).
Elemen UP terdapat pada promoter gen rrn pada E.Coli. Elemen UP terletak
pada posisis -40 sampai -60 dan merupakan bagian promoter sesungguhnya karena
dikenal sebagai RNA Polimerase (enzim yang melakukan proses transkripsi). Pada
gen rrnB P1, elemen UP mampu meningkatkan transkripsi hingga 30 kali lipat
dengan adanya RNA polimerase saja. Promoter gen ini juga mempunyai kaitan
dengan elemen lain yang disebut sisi Fis (Fis site) pada posisi -60 sampai -150. Sisi
Fis merupakan tempat pelekatan faktor transkripsi yang disebut protein Fis. Sisi Fis
tidak berikatan dengan RNA Polimerase, sehingga tidak dianggap sebagai bagian
promoter.
Kotak Pribnow merupakan daerah promoter yag berperan dalam
mengarahkan enzim RNA Polimerase, sehingga arah transkripsnya adalah dari ujung
5’ ke 3’ seperti terjadi pada replikasi. Selain itu, daerah ini merupakan tempat
pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks promoter yang terbuka.
Promoter prokaryot mengandung elemen khusus yaitu operator. Operator
adalah urutan nukleotida yang terletak diantara promoter dan bagian struktural dan
merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau penghambat proses
ekspresi genetik). Jika ada protein represor melekat pada daerah ini, maka RNA
polimerase yang melekat ada promoter tidak dapat berjalan untuk melakukan
transkripsi.

2. Gen Stuktural pada Prokaryot

Gen struktural adalah bagian yang mengkode urutan asam amino suatu
polipeptida atau urutan nukleotida RNA. Gen struktural pada prokaryot diawali
dengan urutan ATG yang mengkode asam amino metionin. Dengan demikian, proses
transkripsi tidak diawali dari urutan ATG, tetapi pada beberapa nukleotida di sebelah
hulu dari ATG. Ciri utama gen struktural adalah mengkode suatu polipeptida pada
semua sekuens yang ada, mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon
terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP, yaitu TAA/TAG/TGA)
kemudian diterjemahkan (ditranslasi) menjadi rangkaian asam-asam amino. Dengan
kata lain, tidak ada sekuens yang tidak mengkode asam amino (noncoding sequence).
Jika gen struktural tersusun atas 900 nukleotida, maka gen struktural akan mengkode
300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang
berurutan. Dengan demikian pada prokaryot tidak ada sekuens penyisip (intervening
sequence atau intron).
Perlu dipahami bahwa tidak semua gen mengkode asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein. Oleh karena itu, gen dibagi menjadi 3
kelompok, yaitu: (1) gen yang mengkode protein (protein-coding genes), (2) gen
yang mengkode RNA ribosom, (3) gen yang mengkode tRNA (transfer RNA).

3. Struktur Terminator pada Prokaryot

Terminator adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari gen
struktural. Terminator berfungsi sebagai pemberi sinyal pada enzim RNA polimerase
agar menghentikan proses transkripsi. Pada bakteri E.coli, sinyal penghentian
(terminasi) transkripsi dicirikan sebagai struktur jepit rambut (hairpin) dan
lengkungan (loop) yang kaya akan urutan GC yang terbentuk pada molekul RNA
hasil transkripsi. Proses terminasi transkripsi dapat dikelompokkan menjadi dua
kelas, yaitu (1) terminasi yag ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-
independent), dan (2) terminasi yang diatur oleh suatu proses (faktor rho) atau
disebut dengan rho dependent.
Bagian terminator mempunyai urutan nukleotida konsensus pada daerah
dekat ujung 3’ gen yang bersangkutan. Urutan nukleotida konsensus akan
menghasilkan struktur batang dan lengkungan (steam-and-loop) sepanjang 7-10
nukleotida yang terletak sekitar 16-20 nukleotida dari bagian paling ujung gen 3’gen
yang bersangkutan. Selain itu juga ada urutan nukleotida A sepanjang 4-8 residu tepat
pada bagian hulu dari titik terminasi. Terminator tidak bergantung pada faktor rho,
tidak mempunyai residu A, tetapi mempunyai bagian yang dapat membentuk struktur
batang-lengkung yang stabil. Struktur jepit rambut dan lengkung pada ujung 3’
transkrip E.coli diperkirakan berfungsi untuk menstabilkan mRNA dari aktivitas
degradatif eksonuklease 3’  5’.
 Gambar 3. Stuktur Terminator pada Prokaryot
Gambar di atas menunjukkan struktur RNA hasil transkripsi gen pada daerah
terminator. Pada transkrip yang mewakili daerah terminator yang tidak tergantung
pada faktor rho, terdapat struktur jepit rambut kaya akan GC, sedangkan daerah
terminator yang tergantung pada faktor rho terdapat struktur jepit rambut yang kaya
akan AU.

RNA POLIMERASE PADA PROKARYOT

Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:
1. Faktor-faktor yang mengendalikan transkripsi menempel pada bagian
promoter.
2. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya
kompleks promoter yang terbuka (open promoter complex).
3. RNA polimerase membaca cetakan (DNA template) dan mulai melakukan
pengikatan nukleotida yang komplementer dengan cetakannya.
4. Setelah terjadi proses pemanjangan untaian RNA hasil sintesis, selanjutnya
diikuti proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan
pelepasan RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi. Lihat gambar 4.
 Gambar 4. Proses transkripsi pada RNA Polimerase
Pada jasad prokaryot tidak ada struktur subselular dengan fungsi spesifik
seperti yang dapat diamati pada sel eukaryot. Sebagai contoh, pada jasad prokaryot
tidak ada struktur inti sel (nukleus) sehingga tidak ada pemisahan ruang antara
molekul bahan genetik dengan peralatan selular lainnya. Hal ini mempunyai implikasi
yang sangat penting dalam hal mekanisme transkripsi pada prokaryot. Pada jasad
prokaryot, sebelum transkripsi selesai dilakukan, proses translasi juga sudah
berlangsung. Sebaliknya, pada eukaryot terdapat struktur nukleus yang memisahkan
bahan genetik dari peralatan selular lainnya. Oleh karena itu, pada jasad eukaryot,
proses transkripsi terjadi di dalam nukleus sedangkan proses translasi terjadi di
sitoplasma. Dengan demikian translasi baru dapat dilakukan jika proses transkripsi
sudah selesai.
Meskipun ada perbedaan yang fundamental dalam hal mekanisme transkripsi
antara prokaryot dan eukaryot, namun secara umum pola mekanisme sintesis RNA-
nya serupa. Beberapa karakteristik kimiawi sintesis RNA pada prokaryot dan
eukaryot dapat dijelaskan sebagai berikut.
1. Prekursor untuk sintesis RNA adalah empat macam ribonukleotida yaitu 5’-
trifosfat ATP, GTP, CTP, dan UTP (pada RNA tidak ada timin).
 2. Reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA,
yaitu dengan arah 5’ 3’.
3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu
urutan DNA yang ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan adalah
nukleotida yang komplementer dengan cetakannya.
4. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah molekul untai-ganda, tetapi yang
berperanan sebagai cetakan hanya salah satu untaiannya.
5. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.

RNA polimerase (DNA-direct RNA polimerase) adalah enzim yang

mengkatalisis proses transkripsi. Pada prokaryot hanya ada satu macam enzim RNA
polimerase. Dalam satu sel bakteri E. Coli terdapat sekitar 7000 molekul RNA
polimerase. RNA polimerase berperan dalam melakukan transkripsi gen yang
mengkode protein, gen rRNA dan gen tRNA. RNA polimerase melakukan aktivitas
transkripsi menggunakan DNA sebagi cetakan. Pada dasarnya, transkripsi adalah
polimerisasi nukleotida (dalam bentuk trifosfat) menjadi molekul RNA. Polimerisasi
nukleotida RNA berjalan dengan orientasi 5’  3’ dan bersifat komplementer dengan
salah satu untaian DNA cetakan, yaitu yang mempunyai orientasi berlawanan dengan
RNA transkrip.
RNA polimerase pada bakteri E. Coli tersusun atas dua subunit protein
berukuran besar, yaitu subunit 𝛽 (beta) dan (beta prime) yang masing-masing
berukuran 150.000 dalton atau (150 kDa) dan 160.000 dalton (160 kDa), disamping
itu masih ada subunit yang lain, yaitu sigma dengan ukuran 70 kDa dan subunit
𝛼 (alpha) dengan ukuran 40 kDa.
Fungsi subunit sigma 𝛿 adalah untuk mengarahkan agar RNA polimerase
holoenzim hanya menempel pada promoter, tidak pada bagian yang lain. Enzim inti
memiliki afinitas terhadap molekul DNA tetapi tidak dapat membedakan antara
promoter dengan bagian DNA yang lain. Dengan adanya faktor sigma, maka afinitas
enzim inti terhadap DNA dikurangi sehingga ikatan antara RNA polimerasi
holoenzim menjadi spesifik pada promoter. Selain itu, faktor sigma juga mampu
mengendalikan sisi pengikatan yang spesifik. Faktor sigma hanya berikatan
sementara dengan subunit lainnya dalam RNA polimerase holoenzim.

C. STRUKTUR GEN EUKARYOT

Pada prokaryot organisasi gen bersifat polisistronik sedangkan gen pada
eukaryot bersifat monosistonik artinya satu transkip yang dihasilkan hanya
mengkode satu macam produk ekspresi. Pada eukaryot tidak dikenal adanya sistem
operon karena promoter hanya dikendalikan dengan satu gen struktural. Gen-gen
eukaryot tesebar pada beberapa kromosom yang membedakan dengan prokaryot yang
umumnya terdapat dalam satu unit genetik utama. Gen eukaryot yang bagian
strukturalnya berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik
disebut ekson dan sekuen yang tidak mengkode urutan spesifik disebut intron.
Secara genetis, eukaryot yang paling sederhana mempunyai organisasi gen yang lebih
kompleks dibandingkan dengan prokaryot.
Pada eukaryot terdapat tiga macam RNA polimerase yang bertanggung
jawab di dalam proses transkripsi tiga kelas gen. Pada eukaryot dapat dibedakan
menjadi tiga kelas gen yaitu:
1. Gen Kelas I
Gen kelas I mengkode rRNA yang digunakan untuk menyusun ribosom
yaitu 18S rRNA, 28S rRNA dan 5,8S rRNA. Gen ini hanya ditranskripsikan tetapi
tidak ditranslasi karena produk ekspresi yang digunakan adalah molekuler RNAnya.
Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polimerase I. Gen yang mengkode rRNA
terdapat dalam jumlah yang besar sehingga molekul rRNA adalah molekul RNA
yang paling besar terdapat dalam sel. Akan tetapi, masing-masing gen memiliki
struktur yang sama. Sintesis rRNA dalam jumlah besar dapat dicapai karena terdapat
ratusan kopi gen berukuran 6-5 kb yang mengkode satu prekursor tunggal yang
mengandung rRNA berukuran 18S, 5,8S dan 28S. Setiap gen rRNA yang aktif dapat
membawa 100 molekul RNA polimerase I.
 Struktur gen yang mengkode rRNA tersusun dalam bentuk unit-unit
transkripsi yang bersambung (tandem) dan terdapat di dalam nukleolus. Unit-unit ini
dipisahkan oleh sekuens.
Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter, yaitu:
a. Promoter antara (space promoter) yaitu suatu promoter yang terletak di daerah
NTS. NTS (non-transcribed Spaces) yatiu DNA pemisah yang tidak
ditranskripsikan.
b. Promoter utama yaitu promoter yang berukuran 45 pasangan basa dan terletak
pada posisi -35 dan +9.
Proses transkripsi berawal dari promoter antara dan berakhir pada suatu
daerah terminator yang terletak tepat disebelah hulu promoter utama. Hal ini
dimaksudkan untuk mengumpulkan molekul RNA polimerase I dalam jumlah
banyak pada daerah promoter utama. Pada Xenopus transkripsi berlanjut sampai
daeran NTS akan tetapi RNA yang dihasilkan bersifat tidak stabil karena akan segera
didegradasi. Transkripsi daerah NTS akan berakhir pula pada daerah terminator yang
terletak di sebelah hulu promoter utama. Terminator ini terletak tumpang tindih
dengan promoter utama dan meliputi sekuens berulang sepanjang 18pb (pasangan
basa) yang bersambung (tandem repeat).

Gambar 5. Struktur dan Organisasi Gen Kelas I

2. Gen kelas II
Promoter
Semua gen yang mengkode segala macam protein. Gen kelas ini
ditranskripsi dengan menggunakan RNA polimerase II. Pada eukaryot, satu gen
struktural kelas II diatur ekspresinya oleh satu promoter sehingga transkripsi yang
dihasilkan bersifat monosisterik karena hanya membawa informasi untuk satu macam
polipeptida atau protein. Promoter gen kelas II dapat terdiri dari empat elemen yaitu
sekuens pemulai (intiator) yang terletak pada daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir
(downstream) yang terletak disebelah hilir dan titik awal transkripsi. Kotak TATA
dan suatu elemen hulu (upstream) akaan tetapi tidak semua gen memiliki salah satu
elemen tersebut.
Promoter gen kelas II mempunyai struktur yang mirip dengan promoter
prokaryot karena ada daerah konsensus (kotak TATA). Kotak TATA pada promoter
gen kelas II mempunyai sekuens konsensus yaitu:
T82 A99 T93 A83 A63 A83 A50

Angka-angka dibelakang huruf tersebut menyatakan frekuensi nukleotida

pada gen-gen yang dianalisis. Kotak TATA pada gen kelas II terletak pada posisi -25
tetapi pada khamir saccaharomyces cerevisiae posisinya lebih bervariasi yaitu antara
-30 sampai -120 dari titik awal transkripsi. Sekuens pada kotak TATA menentukan
titik inisiasi transkripsi secara tepat. Penghilangan kotak TATA pada gen ß-globin
menyebabkan penurunan transkripsi secara in vitro sampai 20 kali lebih rendah.
Pengubahan sekuens TATA menjadi TAGA atau TAAA pada gen konalbumin
menghilangkan transkripsi. Meskipun kotak TATA mempunyai peranan sangat
penting dalam proses inisiasi tetapi ada cukup banyak gen yang tidak mempunyai
kotak TATA. Contohnya pada gen hipoxantin fosforibosil transferase fungsi kotak
TATA digantikan oleh GC yaitu GGGCGGAGC yang terletak pada posisi -33.
Gen yang tidak mempunyai kotak TATA dikelompokkan menjadi dua
kelompok yaitu:
a. Gen hause-keeping yaitu gen-gen yang diekspresikan secara konstitutif di dalam
semua sel karena diperlukan dalam metabolisme utama misalnya gen yang
mengkode adenin deaminase, timidilat sintetase dan dihidrofolat desuktase yang
semuanya terlibat dalam biosintesi nukleotida.
b. Gen-gen yang diatur ekspresinya berdasarkan perkembangan jasad hidup
misalnya gen-gen homeotik yang mengatur perkembangan lalat buah atau gen-
gen yang terlibat dalam perkembangan sistem kekebalan pada mamalia.
Dalam proses transkripsi kotak TATA menentukan ketepatan awal proses
transkripsi. Akan tetapi, kotak TATA tidak menentukan efisiensi transkripsi. Dengan
demikian dapat disimpulkan bahwa pada beberapa gen keberadaan kotak TATA
diperlukan untuk aktivitas promoter sedangkan pada beberapa gen yang lain kotak
TATA hanya diperlukan untuk menentukan posisi awal yang tepat untuk memulai
proses traskripsi.
Selain kotak TATA ada sekuens lain yang terletak di sebelah hulu dari
TATA yang juga diperlukan dalam proses transkripsi yaitu kotak GC yang terletak
pada posisi sekitar -47 sampai -61 dan antara -80 sampai -10. Penghilangan atau
mutasi kotak GC dapat menghilangkan aktivitas promoter. Sekuens GC terdiri dari
urutan GGGCGG atau CCGCCC. Kotak GC pada promoter bisa lebih dari satu dan
fungsi kotak GC tidak tergantung pada orientasinya sehingga urutannya dapat dibalik
dan masih dapat menstimulasi transkripsi. Akan tetapi letaknya tidak boleh berubah
karena jika kotak GC dipindahkan maka fungsinya untuk memengaruhi transkripsi
menjadi hilang.
Selain itu terdapat pula kotak pada posisi sekitar -100 yang disebut dengan
kotak CCAAT yang juga sangat penting dalam mengawali transkripsi. Kotak ini
biasanya ditemukan pada promoter hause-keeping yang tidak mempunyai kotak
TATA. Mutsi pada kotak CCAAT dapat menyebabkan hilangnya aktivitas promoter.
Kotak CCAAT diketahui mengikat protein faktor transkripsi.
Enhancer dan Enhanson
Elemen pengatur lain yang terletak pada hulu yaitu enhancer yaitu suatu
elemen pengatur transkripsi yang dapat bekerja tanpa tergantung pada orientasi
bahkan dapat bekerja di daerah hilir suatu gen. Sekuens konsensus pada enhancer
yang diketahui adalah TGTGGAATTAG. Enhancer tersusun atas modul-modul yang
lebih kecil. Modul ini terdiri dari sekuens-sekuens DNA berukuran pendek yang
disebut enhanson yang merupakan unit-untit dasar enhancer.

Gen struktural kelas II

Telah dijelaskan sebelumnya bahwa pada eukaryot satu bagian struktural
hanya bisa diatur oleh satu promoter. Pada bagian struktural gen kelas II umumnya
dijumpai adanya urutan nukleotida yang tidak akan ditranslasi dalam bentuk urutan
asam amino. Sekuens ini disebut intron (intervening sequences) dan urutan
nukleotida yang dapat ditranslasi menjadi asam-asam amino disebut ekson
(expressed).
Urutan intron sangat bervariasi antara satu gen dan gen yang lain. Dalam
proses genetik, RNA polimerase II tidak dapat membedakan antara sekuens intron
dan ekson sehingga dalam proses transkripsi semua sekuens gen struktural akan
ditranskripsikan menjadi transkripsi primer. Transkripsi mRNA yang mengandung
sekuens intron selanjutnya akan diproses sehingga sekuens intron akan dihilangkan.
Potongan-potongan ekson selanjutnya akan digabungkan lagi dalam proses yang
disebut splicing sehingga dihasilkan mRNA yang siap ditranslasi (mature transcript)
dengan demikian urutan nukleotida pada intron tidak akan ikut ditranslasi karena
sudah dipotong dari transkripsi primer.
Intron tidak hanya terdapat pada struktur gen kelas II yang mengkode
protein, melainkan juga terdapat pada gen kelas I (gen rRNA) dan gen kelas III (gen
tRNA). Intron juga terdapat pada gen mitokondria pada eukaryot tingkat rendah,
kloroplas dan juga terdapat pada archaebacteria dan bakterofag yang menginfeksi
E.coli.
 Di sebelah hilir gen struktural kelas II terdapat urutan nukleotida yang
merupakan sinyal poliadenilasi yatu AATAAA. Transkripsi mRNA eukaryot yang
sudah ‘matang’ (mature mRNA) akan mengalami poliadenilasi yaitu penambahan
serangkaian nukleotida A pada ujung 3’.

Gambar 6. Struktur dan Organisasi Gen Kelas II

Sampai saat ini mekanisme pengakhiran transkripsi pada eukaryot masih

belum jelas dipahami. Bukti yang ada menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi
terjadi pada daerah beberapa ratus atau bahkan beberapa ribu nukleotida dari ujung 3’
mRNA. Posisi ini kurang lebih 35 nukleotida disebelah hilir dari sinyal poliadenilasi
(AAUAAA). Sinyal khusus yang menandai pengakhiran transkripsi pada eukaryot
sampai saat ini belum diketahui secara jelas kecuali pada khamir S.cerevisiae yang
diduga mempunyai sekuens sinyal pengakhir transkripsi berupa sekuens
TAG...TAGT... (daerah kaya AT)...TTT.

3. Gen kelas III

Gen kelas III mengkode tRNA, 5S rRNA dan beberapa molekul RNA kecil
yang ada dalam nukleus. Gen kelas III ditranskripsi oleh RNA polimerase III. Gen
kelas III mempunyai struktur yang unik karena berbeda dari struktur gen kelas I dan
II, promoter terletak pada daerah hulu dari bagian strukturalnya. Sedangkan pada gen
kelas III, promoter terletak pada bagian dalam (internal) gen strukturalnya. Secara
umum ada dua kelompok gen kelas III yaitu:
a. Gen kelas III “klasik”
Gen yang mempunyai promoter pada bagian dalam gen strukturalnya.
Contoh gen kelas III “klasik” adalah gen yang mengkode rRNA 5S pada xenopus
leavis. Promoter gen ini terletak secara internal pada posisi +45 dan +83 sedangkan
bagian struktur rRNA terbagi menjadi dua yaitu yang terletak pada posisi antara +8
dan +30 dan posisi antara +1 dan +72. Pada gen 5S rRNA terdapat tiga jenis daerah
sensitif yang jika diubah akan mengurangi fungsi promoter. Daerah tersebut disebut
kotak A, elemen antara dan kotak C. Gen kelas III yang lain yaitu tRNA dan RNA
VA (virus-associated) adenovirus mempunyai kotak A dan kotak B. Pengakhiran
transkripsi 5S dilakukan dengan adanya rangkaian sekuens A diantara daerah kaya
akan GC.
b. Gen kelas III “nonklasik”
Gen yang promoternya mirip dengan gen kelas II tetapi masih ada promoter
yang terletak di bagian dalam gen struktural meskipun promoter itu lemah sifatnya.
Gen kelas III “nonklasik” yang mempunyai promoter yang mirip promoter gen kelas
II adalah gen RNA 7SL (terlibat dalam proses pengenalan sinyal peptida dalam
proses sintesis protein yang disekresikan).

Gambar 7. Struktur dan Organisasi Gen Kelas III

RNA Polimerase pada eukaryot
RNA polimerase yang mengkatalis proses RNA (transkripsi) pada eukaryot
ada tiga macam yatu RNA polimerase I, RNA polimerase II, dan RNA polimerase III.
Ketiga macam enzim tersebut digunakan dalam proses sintesis molekul RNA yang
berbeda seperti yang dijelaskan pada bagian sebelumnya.
Tabel 1. Perbedaan Sifat antara RNA Polimerase I, II, dan III
Pembeda RNA Polimerase I RNA Polimerase RNA Polimerase
II III
Peranan Transkripsi gen Transkripsi gen Transkripsi gen
kelas I kelas II kelas III
menghasilkan 18S menghasilkan menghasilkan
rRNA, 5,8S rRNA, mRNA dengan tRNA, 5S rRNA,
dan 28S rRNA. snRNA (kecuali snRNA U6, RNA
snRNA U6) 75L, RNA 75K,
RNA VA, dan
RNA EBER2
Berat molekul 630 kDa 567 kDa 697 kDa
Jumlah subunit 13 12 14
Aktivitas Aktif pada Aktif pada Aktif pada
kekuatan ionik kekuatan ionik kekuatan ionik
rendah, distimulasi tinggi, lebih aktif dengan kisaran
oleh Mn2+ maupun dengan adanya cukup lebar, lebih
Mg2+ Mn2+ daripada aktif dengan
Mg2+ adanya Mn2+
Tanggapan Sangat tahan Sangat rentan Terhambat pada
terhadap 𝛼- konsentrasi tinggi
amanitin
Lokasi dalam sel Nukleolus Nukleoplasma Nukleoplasma
 DAFTAR PUSTAKA

Aberdeen.Krumlauf, Robb., 1994, Analysis Of Gene Expression By Northern Blot,

Molecular Biotechnology, Vol 2, 1994.
Aryati, G. Y., 2010. Enzim Restriksi dan Model Pemotongannya. Universitas
Pendidikan Indonesia. Bandung.
Ngili, Yohanis. 2009. Biokimia struktur & fungsi biomolekul. Yogyakarta: Graha
Ilmu.
Robert K. Murray dkk. 1999. Biokimia Harper Edisi 25. Penerbit Buku Kedokteran;
Jakarta
Sudjadi., 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Kanisius.
Susanto, Agus Heri. 2011. Genetika. Graha Ilmu: Yogyakarta
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Penerbit Erlangga; Yogyakarta.