MAKALAH BIOKIMIA LANJUTAN

REPLIKASI DNA

disusun oleh:

Anita Rahelea Rangga Bua (H031191031)

Farihah Rayhana Firdausi (H031191033)

A.Fadhillah Aulia Ramadhani (H031191049)

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2021
 KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah ‫ سبحانه و تعالى‬yang telah memberikan kami kemudahan

sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini dengan tepat waktu. Atas limpahan

nikmat sehat-Nya pula, baik itu berupa sehat fisik maupun akal pikiran, kami mampu

menyelesaikan pembuatan makalah ini. Sebagai salah-satu tugas dari mata kuliah

Biokimia Lanjutan dengan judul “Replikasi DNA”.

Sebagaimana yang telah kita ketahui bahwa asam deoksiribonukleat (DNA)

merupakan kode genetik yang menjamin bahwa sel dari anak akan mewarisi

karakteristik yang sama dari sel induknya. Selain itu, DNA juga mengandung semua

pengkodean genetik yang digunakan untuk mengontrol fungsi, perilaku dan juga

pengembangan suatu organisme hidup

Kami tentu menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari kata sempurna dan

masih banyak kekurangan di dalamnya. Oleh karena itu, kami mengucapkan

permohonan maaf yang besar dan kami mengharapkan kritik serta saran dari

pembaca agar menjadi makalah yang lebih baik lagi. Tidak lupa pula, kami

mengucapkan terima kasih kepada semua pihak khususnya kepada Bapak dosen

Biokimia Lanjutan.

Makassar, 11 Mei 2021

Penyusun

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ................................................................................... ii

DAFTAR ISI ................................................................................................. iii

BAB I PENDAHULUAN............................................................................... 1

1.1. Latar Belakang ....................................................................................... 1

1.2. Rumusan Masalah................................................................................... 2

1.3. Tujuan .................................................................................................... 2

BAB II PEMBAHASAN ....................................................... 3

Replikasi DNA ................................................................................................ 3

BAB III PENUTUP ....................................................................................... 14

3.1 Kesimpulan.......................................................................................... 14

3.2 Saran ................................................................................................... 14

DAFTAR PUSTAKA .................................................................................... 15

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA adalah makromolekul yang menyimpan segala informasi biologis yang

sangat berperan dalam kehidupan organisme hidup. DNA tersusun atas tiga macam

molekul, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen. Dalam

pembentukan DNA, terdapat berbagai proses yang terjadi di antaranya sintesis

protein, replikasi DNA, dan proses hibridisasi yang diperlukan untuk membentuk

ikatan antara DNA dengan DNA (Aisah dkk., 2017).

Materi genetis perlu diketahui untuk melihat pewarisan sifat. Replikasi

materi genetis perlu diketahui untuk mengetahui cara materi tersebut diperbanyak

dan diwariskan dari satu sel ke sel berikutnya dan dari satu generasi ke generasi baru

makhluk hidup. Model DNA yang ditemukan oleh Watson dan Crick menunjukkan

bahwa pasangan basa dapat menjadi dasar mekanisme penggandaan molekul DNA.

Karena nukleotida berpasangan maka satu untai DNA dapat menjadi cetakan

(template) untuk untai yang lain. Tiga model replikasi yang diusulkan pada tahun

1950-an, yaitu Conservative model, Semiconservative model, dan Dispersive model

(Kuswandi, 2014).

Pengetahuan mengenai replikasi DNA tidak hanya untuk kebutuhan ilmu

semata namun dapat dijadikan sebagai rujukan penelitian dan penemuan mutakhir

kedepannya. Melalui pengetahuan replikasi DNA tentu diharapkan dapat

menyelesaikan masalah kehidupan yang sebelumnya belum terselesaikan. Oleh

karena itu, disusunlah makalah ini untuk menjelaskan apa dan bagaimana proses

replikasi DNA.

1
1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana DNA melakukan replikasi?

1.3 Tujuan

1. Mengetahui replikasi DNA.

2
 BAB II

PEMBAHASAN

DNA Melakukan Replikasi Semi Konservatif

Replikasi semi konservatif adalah tiap dupleks DNA keturunan pada dua generasi

sel-sel mengandung satu untaian induk dan satu uantaian yang baru dibuat. Jenis

replikasi ini disebut semikonservatif karena hanya satu untaian induk yang

dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Lain halnya dengan replikasi konservatif,

dimana satu dupleks DNA keturunan mempunyai dua untaian baru. Replikasi semi

konservatif meniadakan suatu mekanisema penyebaran di mana tiap untaian

keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua induk dan DNA baru

yang bergabung bersama secara acak.

DNA Sirkulasi Melangsungkan Replikasi Secara Dua Arah

Replikasi biasanya terjadi secara dua arah, yakni terdapat dua titik awal replikasi.

Keduanya mulai dari titik awal dan bergerak meninggalkan titik secara bersamaan

dalam dua arah sampai keduanya bertemu. Pada titik ini lingkaran dupleks keturunan

yang lengkap berpisah, masing-masing mengandung satu untaian lama dan satu

untaian baru. Replikasi ini misalnya terjadi pada DNA bakteri dan berbagai jenis

virus.

3
DNA Eukariotik Memiliki Banyak Titik Awal Replikasi

Replikasi DNA eukariotik tentu lebih kompleks dibandingkan replikasi DNA bakteri

atau virus. Replikasi suatu DNA eukariotik dimulai pada banyak titik awal secara

serentak, barangkali lebih dari seribu titik awal. Dengan cara ini, replikasi seluruh

kromosom eukariotik dapat diselesaikan dalam waktu yang lebih singkat daripada

replikasi pada kromosom bakteri. Karena sel eukariotik memiliki banyak kromosom,

semuanya harus direplikasi secara serentak, dengan demikian ribuan titik awal

replikasi bekerja secara serentak di dalam inti sel eukarioktik.

4
Kadang-kadang DNA Direplikasikan Oleh Suatu Proses Menggulung

Beberapa DNA virus direplikasikan dengan suatu mekanisme menggulung satu

arah, salah-satu contohnya diperlihatkan pada Gambar 28-5. Satu dari dua untaian

lingkaran DNA induk pertama-tama dipecahkan oleh suatu enzim. Unit-unit

nukleotida baru kemudian ditambahakn ke ujung 3’ untaian. Pertumbuhan untaian

baru di seputar lingkaran cetakan secara terus menerus menggatikan ujung 5’ dari

untaian yang telah terpisah dari lingkaran cetakan yang menggulung. Dengan

berlanjutnya pertumbuhan untai baru, ujung 5’ yang telah terpisah sekarang menjadi

suatu cetakan linier bagi sintesis suatu untai baru yang bersifat komplementer. Ujung

5
5’ sekarang beberntuk dupleks, diperpanjang sampai terbentuk untai DNA anak

yang bersifat komplementer dengan salah-satu lingkaran cetakan induk. Ekor

dupleks dapat diuraikan oleh suatu enzim dan potongan lain dari DNA baru dimulai

pada ujung 5 dari untaian DNA. Dengan cara ini, banyak turunan komplementer dari

suatu lingkaran untai tunggal DNA yang dapat dilepaskan dari lingkaran cetakan.

Ekstrak Bakteri Mengandung Polimerase DNA

Sebuah penelitian membuktikan bahwa sejumlah sangat kecil DNA yang baru

dibentuk, mengandung isotop 32P pada gugus fosfatnya. Enzim yang mengkatalisis

reaksi tersebut disebut polimerasi DNA. Polimerasi DNA yang kemudian dapat

dimurnikan dan sifat-sifatnya dapat ditelaah secara terperinci. Polimerase DNA

mengkatalisis pengikatan kovelen unit deoksiribonukleotida baru melalui gugus α-

6
fosfat dengan ujung 3’hidroksil bebas suatu rantai DNA yang telah lebih dulu

terbentuk.

DNA Yang Telah Terbentuk Diperlukan Untuk Kerja Polimerase DNA

DNA yang telah terbentuk memegang dua peranan penting dalam reaksi polimerase

sebagai suatu primer dan sebagai suatu cetakan.

a. Satu unit DNA yang telah terbentuk bertindak sebagai primer (pengawal)

Polimerase DNA menambahkan nukleotida secara berurutan kepada ujung 3’ dari

suatu untaian primer. Dengan demikian, sintesis untaian DNA baru adalah pada arah

5’-3’. Polimerase DNA tidak dapat memulai untaian DNA baru itu sendiri.

Polimerase DNA hanya dapat menambah untaian yang sudah ada dan bahkan

kemudian dpat menambah residu nukleotida baru hanya bila tersedia untaian

cetakan.

b. Untaian lain DNA yang telah terbentuk bertindak sebagai suatu cetakan

Bila suatu residu guanin terdapat pada untaian cetakan, residu sitosisn dimasukkan

ke dalam untaian keturunan, dan demikian pula sebaliknya. Dengan demikian, hasil

polimerase DNA adalah suatu pasangan basa dupleks.

Satu untai DNA yang Telah Terbentuk Bertindak Sebagai Primer (Pengawal)

Polimerase DNA menambahkan nukleotida secara berurutan kepada ujung 3’ dari

suatu untaian primer dengan demikian sintesa untaian DNA baru adalah pada arah

5’→3’. Polimerase DNA tidak dapat memulai untaian DNA baru itu sendiri.

Polimerase DNA hanya dapat menambah untaian yang sudah ada dan bahkan

kemudian dapat menambah residu nukleotida baru hanya bila tersedia untaian

cetakan.

Untaian Lain DNA yang Telah Terbentuk Bertindak sebagai Suatu Cetakan

7
Nukleotida ditambahkan ke untaian primer sesuai dengan deret basa dari untaian

cetakan, mengikuti pasangan basa Watson-Crick. Bila residu thimin terdapat dalam

untaian cetakan, residu adenin ditambahkan ke untaian keturunan dan demikian pula

sebaliknya. Serupa dengan itu, bila suatu residu guanin terdapat pada untaian

cetakan, residu sitosin dimasukkan ke dalam untaian keturunan dan demikian pula

sebaliknya. Dengan demikian hasil polimerase DNA adalah suatu pasangan basa

dupleks. Karena kebutuhan adanya untaian primer dan untaian cetakan bebas,

polimerase DNA sendiri tidak dapat mereplikasi suatu kromosom alami yang utuh

baik dalam bentuk suatu lingkaran untaian rangkap, lingkaran untaian tunggal atau

suatu dupleks DNA linear yang utuh dengan seluruh pasangan basa.

Replikasi DNA Membutuhkan Berbagai Enzim dan Faktor Protein

Replikasi tidak hanya membutuhkan suatu polimerase DNA tunggal tetapi 20 atau

lebih jenis enzim dan protein, masing-masing melakukan tugas khusus dalam proses

yang rumit, yang melangsungkan replikasi DNA. Replikasi terjadi pada beberapa

tahap yang meliputi pengenalan titik awal, pembukaan dupleks induk, penjagaan

supaya untaian cetakan terpisah, permulaan untaian DNA baru, perpanjangan DNA

baru, penggulung kembali dan pengakhiran replikasi. Semuanya ini berlangsung

pada kecepatan yang sangat tinggi dan proses replikasi terjadi dengan sangat tepat.

Kompleks keseluruhan dari 20 atau lebih enzim replikasi dan faktor-faktor ini

disebut dengan berbagai nama sistem replikasi DNA atau replisoma.

Terdapat Tiga Polimerase DNA pada E. coli

Sel-sel E. coli mengandung tiga polimerase DNA yang berbeda, yaitu polimerase I,

II dan III. Polimerase I DNA yang terbanyak adalah enzim. Meskipun Kornberg

telah memperlihatkan bahwa enzim ini dapat mereplikasi seluruh molekul DNA

sekecil virus dalam tabung reaksi untuk menghasilkan DNA keturunan yang aktif

8
secara biologis, kita tahu bahwa polimerase I DNA bukan enzim utama yang

biasanya melakukan perpanjangan DNA. Polimerase I DNA ikut berperan dalam

replikasi tetapi dengan suatu cara yang khusus. DNA polimerase III adalah enzim

yang terutama berperan untuk perpanjangan rantai DNA. Enzim ini berfungsi dalam

membentuk suatu kompleks besar dengan berat molekul kira-kira 550.000 yang

disebut holoenzim polimerase III DNA. Sistem polimerase III mengandung Zn2+ dan

membutuhkan Mg2+. Sistem ini juga membutuhkan kedua untaian cetakan dan

primer, dan dengan demikian tidak dapat melakukan inisiasi replikasi. Seperti

polimerase I DNA, polimerase III DNA juga memperpanjang DNA dengan arah

5’→3’ dengan penambahan unit baru ke ujung 3’ untaian primer. Holoenzim

mempunyai sejumlah subunit. Subunit β atau kopolimerase III, dibutuhkan untuk

menjadi dan berikatan dengan untaian primer pada DNA induk. Sekali holoenzim

terikat ke posisi awal yang benar, kopolimerase III dilepaskan dalam bentuk bebas.

Perpanjangan untaian DNA anak kemudian dilakukan oleh kompleks polimerase III

DNA. Kedua polimerase I DNA dan polimerase II DNA menunjukkan tiga aktivitas

enzimatik. Selain memiliki aktivitas polimerase, polimerase DNA ini juga dapat

bertindak sebagai eksonuklease 5’→3’ dan sebagai ekonuklease 3’→5’. Dengan

demikian enzim dapat menghidrolisa ujung nukleotida dari tiap ujung untaian DNA.

Penemuan Fragmen Okazaki

Penyelidikan penting yang dibuat oleh Reiji Okazaki di Jepang menemukan bahwa

selama replikasi DNA pada E. coli dan bakteri lain banyak DNA yang baru

terbentuk, yang dapat diamati dalam bentuk potongan-potongan kecil. Potongan-

potongan DNA ini yang sekarang disebut fragmen Okazaki, berukuran kira-kira

1000-2000 basa. Okazaki membuat postulat bahwa fragmen-fragmen ini

menggambarkan DNA pendek yang di replikasi dengan cara tidak

9
berkesinambungan dan kemudian bergabung bersama. Penemuan ini akhirnya

membawa pada kesimpulan bahwa satu untai DNA direplikasi secara

berkesinambungan pada arah 5’→3’, bergerak dalam arah yang sama dengan garpu

replikasi, DNA ini disebut untaian pengawal. Untaian lain dibuat secara tidak

berkesinambungan dalam potongan-potongan kecil, juga dengan penambahan unit

baru pada ujung 3’, tetapi dengan arah yang berlawanan dengan pergerakan titik

awal replikasi. Fragmen Okazaki kemudian secara enzimatis bergabung bersama

untuk membuat untaian DNA anak yang kedua, yang disebut untaian pengantara.

Fragmen Okazaki juga dibentuk di dalam sel-sel hewan, tetapi jauh lebih pendek

kurang dari 200 nukleotida.

Replikasi memerlukan pemisahan fisik pada dupleks DNA induk

Sulur ganda DNA merupakan struktur gulungan yang kuat dan bahwa basa-basa

penyandi berada di dalam sulur tersebut, maka kedua untaian induk DNA pasti

terpisah pada sekurang-kurangnya sebuah segmen yang pendek sehingga enzim-

enzim replikasi DNA dapat membaca sekuen basa pada cetakan tersebut. Walaupun

DNA bakteri sudah tergulung rapi secara negative, yakni sedikit tidak terpilin,

pelepasan gulungan selanjutnya diperlukan ketika garpu replikasi bergerak maju.

Pembukaan gulungan sulur ganda dan pemisahan dua untaian sehingga mereka

dapat direplikasikan, dimungkinkan oleh beberapa protein khusus. Enzim yang

dikenal sebagai helikase membuka gulungan potongan-potongan pendek DNA pada

daerah sebelum garpu replikasi. Pembukaan gulungan DNA memerlukan energy

untuk memisahkan setiap pasangan basa yang dihasilkan oleh hidrolisa dua molekul

ATP menjadi ADP dan fosfat. Begitu sebuah rangkaian pendek telah dibuka

gulungannya, beberapa molekul protein pengikat DNA mengikat setiap untaian yang

terpisah tersebut secara kuat yang mencegah untaian tersebut kembali bersama-sama

10
menjadi pasangan-pasangan basa semula sekuen, basa tersebut, karenanya

memasuki system replikasi. Polimerase DNA langsung dapat memperpanjang

untaian pengawal dengan menambahkan nukleotida pada ujung 3’ untaian

pengawal. Protein khusus lainnya memungkinkan penggunaan primasi pada cetakan

untaian. Primase kemudian dapat terikat pada untaian membentuk RNA primer bagi

fragmen OKozaki.

System replikasi menyelesaikan tiap sambungan dalam untaian antara, system enzim

ini bergerak di sepanjang DNA yang replikasi. Kedua untaian baru, bersama dengan

untaian cetakan pasangannya membnetuk dupleks keturunan secara otomatis,

masing-masing mengandung satu untaian baru dan satu untaian induk. Tidak ada

energy yang dibutuhkan untuk pembentukan sulur alfa baru, tidak juga ada enzim

penggulung yang dibutuhkan.

Polimerase DNA dapat menyunting dan memperbaiki kesalahan

Telah ditetapkan bahwa replikasi DNA pada E. coli berlangsung dengan banyak

masalah dalam tiap 109 sampai dengan 1010 nukleotida. Karena kira-kira 4,5 x 106

pasangan basa dalam kromosom E. coli, hanya satu nukleotida yang menyimpang

yang akan disisipkan bagi tiap 10.000 sel yang melakukan satu divisi.

Penelitian pada sifat-sifat polymerase DNA yang tinggi kemurniannya telah

menghasilakn:

1. Polymerase 1 dan 3 DNA menunjukkan 3 aktivitas ensimatik yang berada.

2. 2. Enzim berfungsi sebagai suatu polymerase DNA

3. dan juga enzim dapat menghilangkan residu nukleotida dari ujung 5’ suatu

potongan DNA

Replikasi pada sel-sel eukariyotik sangat rumit

11
Replikasi DNA eukariyotik harusnya lebih rumit dari replikasi E. coli, karena sel-

sel eukaryotic memiliki banyak kromosom yang direplikasi secara serentak dan

eukaryotic jauh lebih besar dari prokaryotic. Bukti bahwa dasar proses enzimatik

dalam replikasi DNA eukaryotik, sekali telah “terbuka” dan menjadi tersedia adalah

sama dengan yang terjadi di dalam prokaryotic juga direplikasi melalui fragmen

Okazaki., yang jau lebih pendek daripada yang ada pada bakteri, meskipun proses

ini juga dimulai dengan RNA primer. Dalam sel mamalia telah dihitung bahwa

kecepatan pergerakan garpu replikasi adalah hanya kira-kira 60 basa per detik, atau

kurang dari 1 nanometer/menit. Meskipun demikian, seribu garpu replikasi atau

lebih berfungsi secara serempak pada kromosom eukaryotik.

Gen ditranskrip untuk menghasilkan DNA

Dalam proses ini suatu untaian RNA yang memiliki deret basa yang melengkapi satu

untaian DNA disintesa oleh suatu system enzim. Transkrip harus dilakukan secara

benar bila sel ditunjukkan untuk protein dengan urutan-urutan asam amino yang

telah ditentukan secara genetik.

Terdapat 3 jenis RNA sebagai hasil transkripsi:

1. RNA kurir (mRNA), dikirim ke ribosoma dengan tujuan untuk menyandi

deret asam amino satu polipeptida atau lebih yang dispesifikasiakan oleh

suatu gen atau rangkaian gen-gen dalam kromosom. Ada 90-95% dari

kromosom E. coli yang menyandi mRNA, kemudian sisanya menyandi

2. RNA transfer

3. RNA ribosom dan juga untuk deret pengatur, pengawal, pengantara dan ekor.

Perbedaan antara replikasi dan transkripsi, yaitu selama replikasi seluruh kromosom

digandakan untuk menghasilkan DNA keturunan yang identic dengan DNA induk.

12
Sedangkan proses transkripsi tidak seluruh sel DNA perlu ditranskrip. Biasanya

hanya gen-gen peroroangan atau kelompok gen-gen yang ditranskrip.

RNA pembawa pesan menyandi rantai polipeptida

Hipotesis mengenai bentuk RNA membawa pesan genetic untuk biosintesis protein

pertama kali dikemukakan oleh suatu kenyataan bahwa di dalam eukaryotik, DNA

hampri seluruhnya dikurung dalam inti, sedangkan sintesis protein terjadi terutama

pada ribosoma di dalam sitoplasma. Beberapa makromolekul selain DNA oleh

karenanya pasti membawa berita genetik dari nukleus ke ribosoma. Pada tahun 1961,

Francois Jacob dan Jaques Monod mengusulakn nama RNA kurir (pembawa pesan)

bagian keseluruhan sel RNA yang membawa informasi genetika dari DNA ke

ribosoma, dimana pembawa tersebut menyediakan dirinya sebagai cetakan untuk

biosintesis rantai-rantai polipeptida dengan sekuen asam amino yang khas.

13
 BAB III

PENUTUP

1.1 Kesimpulan

Tiga model replikasi DNA yang diusulkan adalah konservatif, semikonservatif,

dan dispersif.

1.2 Saran

Untuk lebih memahami mengenai replikasi DNA disarankan untuk banyak

membaca buku besar biokimia dan jurnal-jurnal terbarukan

14
 DAFTAR PUSTAKA

Aisah, I., Fadilah, F.N., Suyudi, M., 2017, Aplikasi Logika Matematika Pada
Aljabar Untaian Dna Dalam Proses Hibridisasi, Sigma-Mu, 9(2): 1-8.
Thenawijaya, M., 2005, Dasar-dasar Biokimia Jilid 3, Erlangga: Jakarta.

15