BIOLOGI MOLEKULER
“Replikasi DNA”
Disusun : Kelompok 1
1. Ayu Yulianti 1713353001
2. David Martua Sitinjak 1713353002
3. Lutfiah fitriani 1713353003
4. Whyngky Oktira 1713353007
5. Wulan Ratnasari 1713353004
6. Trisa Fajar Meilinda 1713353005
7. Ilu Sulfihat Parawansa 1713353008
i
KATA PENGANTAR
Dengan menyebut nama Allah SWT yang Maha Pengasih lagi Maha Penyayang,
kami panjatkan puja dan puji syukur atas kehadirat-Nya, yang telah melimpahkan
rahmat, hidayah, dan hidayah-Nya kepada kami, sehingga kami dapat
menyelesaikan makalah Teknik Pemeriksaan Biologi Molekuler ini yang berjudul
“Replikasi DNA”
Makalah ini telah kami susun dengan maksimal dan mendapatkan bantuan dari
berbagai pihak sehingga dapat memperlancar pembuatan makalah ini. Untuk itu
kami menyampaikan banyak terima kasih kepada semua pihak yang telah
berkontribusi dalam penyusunan makalah ini.
Kami menyadari bahwa makalah ini belum sempurna. Oleh karena itu, saran dan
kritik yang membangun dari rekan-rekan sangat dibutuhkan untuk
penyempurnaan makalah ini. Atas perhatiannya kami ucapkan banyak terima
kasih.
Kelompok 1
ii
DAFTAR ISI
Kata Pengantar
Daftar Isi
Bab I : Pendahuluan
Bab II : Pembahasan
2.1 Pengertian Replikasi DNA
DAFTAR PUSTAKA
iii
BAB I
PENDAHULUAN
iv
genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya terjadi
pada fase S (pada mamalia), Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan
selesai sebelum fase M.
1.3 Tujuan
Adapun rumusan masalah sebagai berikut:
1. Dapat mengetahui apa itu Replikasi DNA
2. Dapat mengetahui Hipotesis Replikasi DNA
3. Dapat mengetahui Enzim Yang Terlibat Dalam Replikasi DNA
4. Dapat mengetahui Perbedaan Replikasi Prokariot dan Eukariot
v
BAB II
PEMBAHASAN
vi
b. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai
baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing
rantai DNA lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang
masing-masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama
dan satu rantai baru hasil sintesis.
c. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena
itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar
pada rantai DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua
molekul DNA lama dan DNA baru yang saling berselang-seling pada
setiap untai.
vii
2.3 Enzim-enzim yang Terlibat dalam Replikasi DNA
1) Helikase
Enzim helikase memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA sehingga terbentuk garpu atau cabang replikasi.
Enzim helikase berfungsi membuka putaran segmen DNA tepat di bagian
depan garpu replikasi. Enzim helikase mengikat ATP dan mengikat rantai
tunggal DNA.
2) Topoisomerase
Enzim topoisomerase yang berperan dalam replikasi DNA adalah
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim ini
mengurangi ketegangan superheliks DNA dengan menciptakan istirahat
sementara pada satu atau kedua untai DNA.
3) DNA Primase
Enzim DNA primase menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer
yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai
pengarah. DNA beraktivitas dengan arah 5’-3’ (hanya terdiri atas 10
nukleotida). Kemudian pada ujung 3’ ditambahkan dioksiribonukleosida
trifosfat (oleh enzim polimerase DNA III) satu demi satu sehingga lengkap
1000-2000 nukleotid. Nukleotida pada RNA pemula atau RNA primer
dihilangkan atau diputus satu demi satu oleh aktivitas 5’-3’ exonuclease.
Enzim primase juga menghentikan perkembangan garpu atau cabang
replikasi untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand. Enzim
ini mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand atau DNA
fragmen Okazaki pada lagging strand oleh DNA polimerase.
4) Enzim DNA polymerase
Enzim DNA polimerase merupakan enzim utama yang mengkatalisis
proses polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA. Enzim ini
menambahkan nukleotida bebas hanya pada ujung 3’ dari rantai yangbaru
terbentuk, sehingga terjadinya elongasi (pemanjangan) pada rantai baru
dengan arah dari ujung 5’ ke ujung 3’. DNA polimerase menggunakan
gugus OH 3’ bebas pada RNA-primer untuk mensintesis DNA dengan
arah 5’ 3’. Enzim ini hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3’
yang sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida dapat
ditambahkan.
5) DNA Ligase
Enzim DNA ligase menggabungkan fragmen-fragmen Okazaki (lagging
strand) saat proses replikasi. Enzim ini juga menyambungkan potongan-
potongan DNA yang baru disintesis.
6) DNA Gyrase
DNA gyrase membantu proses unwinding.
viii
2.4 Proses Replikasi DNA
ix
yang baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang
punggung gula-fosfat untai DNA yang baru. Jadi, setiap molekul DNA
terdiri atas satu untai DNA “lama” dan satu untai DNA “baru”. Sekarang,
terdapat dua molekul DNA yang sama persis dengan satu molekul DNA
induk. Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi
DNA yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan
memperbaiki DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan
rangkaian nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi.
Secara umum proses replikasi DNA meliputi tahap-tahap replikasi berikut:
1. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk
2. Inisiasi sintesis DNA
3. Pemanjangan untaian DNA
4. Ligasi fragmen-fragmen DNA
5. Terminasi sintesis DNA
x
Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan
tunggal dinamakan replikon. Dimulainya (inisiasi) replikasi DNA terjadi di suatu
tempat tertentu di dalam molekul DNA yang dinamakan titik awal replikasi atau
origin of replication (ori). Contoh pada plasmid (prokariot), terdapat proses
replikasi yang dimulai pada replication origin dan mengembang sampai dihasilkan
2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapi
tetap membutuhkan replication origin. Proses inisiasi ini ditandai oleh saling
memisahnya kedua untai DNA, yang masing-masing akan berperan sebagai
cetakan bagi pembentukan untai DNA baru sehingga akan diperoleh suatu
gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya, inisiasi replikasi DNA
baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah (bidireksional). Dalam hal
ini dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori menuju dua arah yang
berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus). Pada eukariot, selain terjadi
replikasi dua arah, ori dapat ditemukan di beberapa tempat.
Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang
akan bergabung satu sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan.
Origin replication disebut sebagai unique sequence yang merupakan pertanda
sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi, dimana ada protein tertentu
yang akan mengenali sequence. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh satu titik
ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa
ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3
milyard DNA. Sehingga pada mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja secara
bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja.
Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenali
sequence ACS, kemudian ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-
replicative complex (pre-RC). selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC,
degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble replication. Helikase membuka
pilinan, topoisomerase yang memotong pada titik tertentu. secara singkat dalam
siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1 persiapan, S proses
replikasi, G2/M sudah selesai
xi
Proses replikasi DNA yang kita bicarakan di atas sebenarnya barulah
proses yang terjadi pada salah satu untai DNA. Untai DNA tersebut sering
dinamakan untai pengarah (leading strand). Sintesis DNA baru pada untai
pengarah ini berlangsung secara kontinyu dari ujung 5’ ke ujung 3’ atau bergerak
di sepanjang untai pengarah dari ujung 3’ ke ujung 5’. Pada untai DNA
pasangannya ternyata juga terjadi sintesis DNA baru dari ujung 5’ ke ujung 3’
atau bergerak di sepanjang untai DNA cetakannya ini dari ujung 3’ ke ujung 5’.
Namun, sintesis DNA pada untai yang satu ini tidak berjalan kontinyu sehingga
menghasilkan fragmen terputus-putus, yang masing-masing mempunyai arah 5’→
3’. Terjadinya sintesis DNA yang tidak kontinyu sebenarnya disebabkan oleh sifat
enzim DNA polimerase yang hanya dapat menyintesis DNA dari arah 5’ ke 3’
serta ketidakmampuannya untuk melakukan inisiasi sintesis DNA.
Untai DNA yang menjadi cetakan bagi sintesis DNA tidak kontinyu itu
disebut untai tertinggal (lagging strand). Sementara itu, fragmen-fragmen DNA
yang dihasilkan dari sintesis yang tidak kontinyu dinamakan fragmen Okazaki,
sesuai dengan nama penemunya. Fragmen-fragmen Okazaki akan disatukan
menjadi sebuah untai DNA yang utuh dengan bantuan enzim DNA ligase.
xii
tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah
eukomatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. DNA
sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan
aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan protein
pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) yang disebut
dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk
memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda
terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai
tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang
merupakan bagian integral enzim DNA polimerase. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase pada
untai pengarah dan DNA polimerase pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase
maupun mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase untuk
menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan
nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara
dengan subunit holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi
penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan
selama fase S. Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang
berkaitan dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear.
Mesin-mesin tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan
melabeli DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog
timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli
tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang
mengenali BUdR. Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya
karena tidak ada DNA yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari
ujung 5’ untai tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari
DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariot (telomir) mengandung
beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik
dengan ujung 3’ melampaui ujung 5’. Enzim telomerase mengandung molekul
RNA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif
tersebut. RNA ini akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan
xiii
sekuens repetitif pada ujung 3’. Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas
telomerase mengalami penekanan di dalam sel-sel somatis pada organisme
multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan kromosom pada
tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi
genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting
di dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak
terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim
telomerase.
Sel Eukariotik
Replikasi DNA terjadi di dalam nukleus
Memiliki beberapa titik daerah origin pada tiap kromosom
Tidak membutuhkan DNA gyrase dalam memutus ikatan hidrogen antar
pasangan basa.
Intermediet pada replikasi DNA menghasilkan kelipatan struktur garpu.
Sintesis DNA pada untai leading dilakukan oleh DNA polimerase δ dan
untai lagging oleh DNA polimeraseα.
xiv
Panjang fragmen Okazaki 100-200 nukleotida.
Laju replikasi lambat yakni 100 nukleotida per sekon.
xv
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
xvi
3.2 Saran
DAFTAR PUSTAKA
https://www.academia.edu/18306413/Replikasi_DNA_Makalah?
show_app_store_popup=true
https://www.scribd.com/doc/136188582/Replikasi-DNA
xvii