Makalah

BIOREAKSI

REPLIKASI DNA

Dosen Pengampu: Ratno Budiyanto, M.Si.

Disusun Oleh:

Evatus Shafia (IST2003009)

Khalifatul Jannah (IST2003010)

INSTITUT SAINS DAN TEKNOLOGI ANNUQAYAH

(IST ANNUQAYAH)

FAKULTAS MIPA

PRODI KIMIA

TAHUN AJARAN 2022-2023

 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bahan genetik yang ada pada setiap makhluk hidup akan mengalami proses
perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel
atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai
proses replikasi. Studi awal mengenai proses perbanyakan bahan genetik dilakukan pada
molekul DNA. Meskipun demikian, perlu diingat bahwa pada jasad tertentu, khususnya
kelompok virus tertentu, genomna berupa molekul RNA. Genom yang berupa molekul
RNA ini juga akan direplikasi meskipun dengan tahapan yang sedikit berbeda
dibandingkan dengan replikasi genom yang berupa molekul DNA.
Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali replikasi
sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak proses yang
saling berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetik yang
dilengkapi dengan sistem penyuntingan (editing) yang sangat akurat sehingga bahan
genetik yang diturunkan kepada sel anak (progeny) mempunyai komposisi yang sangat
identik dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik diikuti oleh
pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi. Oleh
karena itu, kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan
perubahan pada sifat-sifat sel anakan.
Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak
protein yang masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat di
dalam proses replikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan
genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional yang sangat erat dan tidak
terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan proses ekspresi genetik dan
metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang terjadi pada proses metabolisme,
misalnya penghambatan produksi energi, dapat pula memengaruhi proses replikasi karena
replikasi juga memerlukan pasokan energi.
Secara umum, replikasi bahan genetik merupakan proses pengkopian rangkaian
molekul bahan genetik (DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang
sangat identik. Meskipun konsep dasar replikasi antara struktur bahan genetik yang satu
dengan lainnya adalah serupa, namun diketahui ada banyak perbedaan dalam hal
mekanisme rincinya. Sebagai contoh, bahan genetik yang berupa molekul RNA
mempunyai mekanisme replikasi yang berbeda dengan replikasi molekul DNA. Pada
kelompok virus, misalnya, replikasi bahan genetiknya terjadi di dalam sel inang yang
sebenarnya merupakan sel hidup. Hal ini dapat terjadi karena virus merupakan parasit
obligat. Di lain pihak, replikasi DNA pada prokariotik dan eukariotik terjadi di dalam sel
hidup yang bersangkutan. Selain itu perbedaan struktural molekul bahan genetik,
misalnya DNA sirkular dengan DNA linear antara sel prokariotik dengan sel eukariotik
juga berimplikasi pada perbedaan mekanisme replikasi.

1.2 Rumusan Masalah

a. Apa yang dimaksud dengan Replikasi DNA?
b. Bagaimana proses terjadinya Replikasi DNA?
c. Bagaimana teori Replikasi DNA?
d. Bagaimana perbedaan Replikasi DNA sel prokariotik dan sel eukariotik

1.3 Tujuan Penulisan

a. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Replikasi DNA
b. Untuk mengetahui dan memahami proses terjadinya Replikasi DNA
c. Untuk mengetahui teori Replikasi DNA
d. Untuk mengetahui perbedaan Replikasi DNA sel prokariotik dan sel
eukariotik
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Replikasi DNA

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:

deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama
penyusun berat kering set iap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam
inti sel.

Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik.
Artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi set
iap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan
virus t idak termasuk organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus).

DNA adalah sebuah molekul raksasa yang tersembunyi di dalam int i set iap sel
hidup. Semua ciri fisik makhluk hidup dikodekan dalam molekul berbentuk rantai heliks
ini. Semua informasi tentang tubuh kita, dari warna mata hingga st ruktur organorgan
dalam, juga bentuk serta fungsi sel-sel kita, terkodekan dalam bagian yang disebut gen
dalam DNA.
 Adapun Replikasi DNA adalah kemampuan DNA untuk dapat menggandakan
diri. Replikasi DNA adalah proses perbanyakan atau penggandaan DNA untai ganda
(Yuwono, 2010). Pada sel eukariotik, proses replikasi terjadi selama fase S (sintesis)
selama siklus sel. DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan
penggandaan diri (replikasi). Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu
mensistesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA. Replikasi DNA
dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.
Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu
molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi tersebut
dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase serta komponen lainnya.

Replikasi DNA merupakan awal mula dari ekspresi suatu gen hingga membentuk
protein. Gen spesifik yang akan diekspresikan, biasanya akan direplikasi terlebih dahulu
(dikopi) hingga membentuk salinan gen yang identik dengan induk. Akibatnya, salinan
gen tersebut nantinya dapat diekspresikan dalam tahapan transkripsi dan translasi.
Dengan demikian urutan nukleotida yang spesifik terhadap gen tersebut, pada sel induk
tetap ada/ dipertahankan.

2.2 Proses Terjadinya Replikasi DNA

Replikasi merupakan proses pelipatan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika
sel akan membelah diri. Pada setiap sel, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi
DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya,
proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang
satu merupakan “konjugat” dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan
mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah
dibentuk.

Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA
ini terjadi. Salah satu teori yang paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing
DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi yaitu satu rantai tunggal merupakan
rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya merupakan
rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut
bert indak sebagai “cetakan” untuk membuat rantai pasangannya.

.
 Adapun secara singkat proses- proses yang terjadi saat terjadinya replikasi DNA
adalah sebagai berikut :

1. Ikatan hidrogen membuka sehingga kedua pita akan memisah.

2. Pita saling memisah. Basa nitrogen pada masing-masing pita berfungsi sebagai
cetakan yang mengatur pengikatan basa komplementer (basa pelengkap) pada
pita baru yang dibentuk.
3. Masing-masing pita lama membentuk pita baru, sehingga menghasilkan dua
pita double helix.

Seperti yang dikemukakan oleh Watson dan Crick, duplikasi DNA dimulai
dengan “terbukanya molekul induk”, yaitu ikatan hidrogen antara pasangan basa lepas
dan kedua belahan molekul itu melurus. Sekali terbuka urutan basa pada masing-masing
pita yang terpisah berperan sebagai cetakan untuk mengatur pengikatan suatu rangkaian
basa komplementer pada pita yang sedang dibentuk. Pita baru ini disusun dari trifosfat
deoksiribonukleotida. Pada waktu tiap-tiap nukleotida terikat pada pita yang sedang
tumbuh ini, maka fosfat kedua dan ketiga dilepaskan.
 Enzim yang bertanggung jawab atas pengikatan nukleotida pada pita ini disebut
DNA polimerase. Nukleotida tersebut disusun dalam urutan yang komplementer dengan
muatan basa pada pita induk yang berperan sebagai cetakan. Jadi tiap C pada cetakan
mengarahkan pengikatan G pada pita yang baru terbentuk, begitupun sebaliknya. Pada
akhir proses terbentuklah dua molekul DNA yang identik satu sama lain dan identik
dengan molekul induk.

Replikasi sel berlangsung melalui proses transfer informasi genetik pada sel induk
ke sel anak, setelah proses replikasi DNA kromosomal. Untai DNA terdiri dari 4
komponen penyusun yaitu: deoksiribonukleotida, masing-masing dATP, dCTP,dGTP,
dan dTTP, yang sering ditulis dengan A = Adenin, C = Sitosin, G = Guanin, T = Timin,
yang terikat satu dengan yang lain melalui ikatan fosfodiester. Dua untai DNA pada
struktur heliks ganda diikat dengan ikatan hidrogen di antara masing-masing nukleotida
yang berpasangan. Struktur heliks ganda DNA terdiri dari basa-basa DNA yang
komplementer, dimana A selalu berpasangan dengan T, sedangkan C selalu berpasangan
dengan G. Selain itu, DNA untai ganda selalu berjalan anti paralel.

Replikasi DNA melibatkan beberapa jenis enzim yang dibutuhkan selama proses
replikasi yaitu:
1. Enzim helikase, yang mengkatalisis untuk membuka DNA heliks ganda.
Helikase “membuka risleting (unzip)” DNA dengan memutuskan ikatan
hidrogen pada Garpu Replikasi.

2. Enzim topoisomerase yang melonggarkan pilinan dan memperbaiki rotasi

DNA heliks ganda. Topoisomerase datang untuk meringakan ketegangan
DNA. Topoisomerase dapat melepaskan DNA sehingga tidak terbelit-belit
(superkoil). (Kamu dapat membayangkan topoisomerase sebagai protein
dengan bentuk “cincin” yang memastikan DNA tetap dalam struktur
bergelung).

3. Protein Pengikat Untai Tunggal datang untuk menahan kedua untaian DNA
terpisah.

4. Primase menambahkan primer RNA pada akhir 3’ untai DNA, membuat sisi
5’ pada untai DNA baru.

• Primer ini terdiri dari 5-10 nukleotida RNA dan bekerja sebagai titik awal
penambahan nukleotida DNA.

• Pada untai yang memiliki akhir 3’ terbuka pada garpu replikasi, primer
hanya ditambahkan sampai akhir untai ini.
 • Pada untai yang memiliki akhir 5’ terbuka pada garpu replikasi, primer
ditambahkan pada beberapa tempat, dimulai dari akhir 3’ yang berdekatan
dengan DNA yang bergelung (koil).

5. DNA Polimerase III menambahkan nukleotida pada ujung 3’ di akhir untai

DNA.

6. DNA Polimerase I menghilangkan primer RNA serta menambahkan

nukleotida DNA komplementer.

7. Ligase menyambungkan celah antara untai DNA.

 2.3 Teori Replikasi DNA

Terdapat tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA, yaitu konservatif, semi

konservatif, dan dispersif.

1. Konservatif
Replikasi konservatif ini melalui cara, yaitu pita double heliks DNA
induk tetap tidak berubah, kemudian digunakan untuk mencetak dua pita
double heliks DNA yang baru.
Heliks ganda induk tetap utuh dan sebuah salinan kedua yang sama
sekali baru telah dibuat.
2. Semi Konservatif
Replikasi semikonservatif ini melalui cara, yaitu pita double heliks
DNA induk terpisah, kemudian mensintesis pita DNA yang baru dengan cara
melengkapi (komplementasi) pada masing-masing pita DNA induk tersebut.
Kedua untai molekul induk berpisah, dan setiap untai berfungsi sebagai
cetakan untuk mensintesis untai komplementer yang baru.
3. Dispersi
Dispersif ini melalui cara, yaitu kedua pita double heliks induk
terputus membentuk segmen-segmen pita DNA yang baru, kemudian segmen
pita DNA induk akan disambung dengan segmen pita DNA baru. Sehingga
pada per ist iwa ini hasil akhirnya adalah segmen pita DNA induk dengan
segmen pita DNA yang baru yang tersebar pada pita double heliks DNA yang
terbentuk.
Setiap untai dari kedua molekul anak terdiri dari campuran antara
bagian untai lama dan bagian untaian yang baru disintesis.
 2.4 Perbedaan Replikasi DNA sel prokariotik dan sel eukariotik

Terdapat beberapa perbedaan mendasar proses replikasi DNA antara sel

prokariotik dan sel eukariotik Perbedaan antara replikasi prokariotik dan eukariotik
sebagian besar muncul karena perbedaan ukuran dan kompleksitas genomnya . Sel
eukariotik memiliki kandungan DNA yang jauh lebih banyak daripada sel prokariotik,
yang tersusun rapat di dalam inti sel eukariotik sebagai kromosom .

Sel prokariotik memiliki genom sirkular tertutup berukuran sekitar 0,6-1,0 Mb, di
dalam nukleoid . Sel prokariotik bahkan mungkin memiliki satu atau lebih
spesies plasmid sirkular berukuran sekitar 2 kb -1,7 Mb. Genom eukariotik di sisi lain
adalah linier dan diringkas menjadi satu atau lebih kromosom . Misalnya, genom manusia
yang mengandung sekitar 2,9 miliar pasangan basa tersusun dalam sepasang 23
kromosom.

Berikut ini adalah beberapa perbedaan antara replikasi prokariotik dan eukariotik:

1. Replikasi prokariotik terjadi di sitoplasma sedangkan replikasi eukariotik terjadi

di nukleus.
2. Replikasi dapat terjadi pada prokariota kapan saja , dan diikuti dengan pembelahan
sel. Pada eukariota, replikasi terjadi khususnya, selama fase S dari siklus sel.
3. Genom prokariotik memiliki asal replikasi tunggal , yaitu tempat inisiasi
replikasi. Karena genom eukariotik berukuran besar, ia memiliki banyak asal usul ,
untuk meningkatkan kecepatan replikasi.
4. Karena hanya ada satu Ori, genom prokariotik memiliki
satu gelembung replikasi yang mengembang . Sedangkan genom eukariotik memiliki
gelembung replikasi ganda untuk mempercepat kecepatan proses replikasi lengkap.
5. Genom prokariotik memiliki situs terminasi tunggal di sisi lain Ori. Pada eukariota,
terminasi melibatkan penggabungan dua garpu replikasi yang berdekatan dan
replikasi ujung kromosom yang dikenal sebagai telomer.
6. DNA polimerase III adalah DNA polimerase utama yang terlibat dalam replikasi
prokariotik.
7. Replikasi prokariota berlangsung jauh lebih cepat daripada eukariota. Replikasi
prokariotik berlangsung dengan kecepatan sekitar 2000 bp per detik sedangkan pada
eukariota sekitar 100 nukleotida per detik.
8. Replikasinya adalah kedua jenis organisme juga ada di sepanjang fragmen
Okazaki . fragmen Okazaki Pada prokariota, sekitar 1000-2000 nukleotida, lebih
panjang dari pada eukariota, sekitar 100 dan 200 nukleotida.
 BAB III

PENUTUP

Kesimpulan

Adapun Replikasi DNA adalah kemampuan DNA untuk dapat menggandakan

diri. Replikasi DNA adalah proses perbanyakan atau penggandaan DNA untai ganda.
Replikasi DNA merupakan awal mula dari ekspresi suatu gen hingga membentuk protein.
Gen spesifik yang akan diekspresikan, biasanya akan direplikasi terlebih dahulu (dikopi)
hingga membentuk salinan gen yang identik dengan induk. Akibatnya, salinan gen
tersebut nantinya dapat diekspresikan dalam tahapan transkripsi dan translasi. Dengan
demikian urutan nukleotida yang spesifik terhadap gen tersebut, pada sel induk tetap ada/
dipertahankan.

Adapun secara singkat proses- proses yang terjadi saat terjadinya replikasi DNA
adalah sebagai berikut :

1. Ikatan hidrogen membuka sehingga kedua pita akan memisah.

2. Pita saling memisah. Basa nitrogen pada masing-masing pita berfungsi sebagai
cetakan yang mengatur pengikatan basa komplementer (basa pelengkap) pada pita
baru yang dibentuk.
3. Masing-masing pita lama membentuk pita baru, sehingga menghasilkan dua pita
double helix.

Terdapat tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA, yaitu konservatif, semi

konservatif, dan dispersif. Adapun untuk replikasi setiap sel terdapat beberapa perbedaan
mendasar seperti pada proses replikasi DNA antara sel prokariotik dan sel eukariotik
namun secara prinsip proses replikasinya tidak jauh berbeda.
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, NA, Reece JB, Mitchell LG. 2000. Biologi. Jakarta: Erlangga.
Yuwono, Triwibowo. 2010. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.
Stansfield, WD, Colome JS, Cano RJ. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Jakarta:
Erlangga.
Wahyu, PP. 2013. Apakah DNA. Bandung: Puri Delco.
Warianto, C. 2011. Transkripsi pada Prokaryotik. Surabaya: Repository Unair.