MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

REPLIKASI DNA

Disusun Oleh :
Mardiana 160384205022
Fianti Juliantika 160384205035
Herbin Sianturi 180384205044
Nathania Cress Dachi 190384205008
Hani Chaswindi 190384205045

Dosen Pengampu :
Elfa Oprasmani,S.Pd.,M.Pd

PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS MARITIM RAJA ALI HAJI
2022
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT karena atas limpahan rahmat, taufiq,
serta hidayahnya. Sehingga penulis dapat menyelesaikan Makalah yang
berjudul “Replikasi DNA” dengan tepat waktu. Shalawat dan salam selalu
penulis sampaikan kepada Nabi kita, Muhammad SAW, yang telah
memberikan petunjuk hingga akhir zaman untuk kita umatnya. Dalam
penyusunan makalah ini tentu penulis mengalami masalah, namun itu semua
dapat teratasi dengan berbagai dukungan dan bimbingan dari pihak lain.
Demikian penyusunan dari makalah ini, Penulis menyadari bahwa
dalam menyusun makalah ini masih jauh dari kesempurnaan, untuk itu penulis
sangat mengharapkan kritik dan saran yang bersifat membangun khususnya
dari Dosen Mata Kuliah Biologi Molekuler guna menjadi acuan bekal
pengalaman bagi Penulis untuk lebih baik lagi di masa yang akan datang, demi
kesempurnaan dari makalah ini. Penulis berharap semoga makalah ini bisa
bermanfaat bagi penulis khususnya dan bagi pembaca pada umumnya.

Tanjungpinang, 20 Maret 2022

Penulis

1
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ........................................................................................... 1

DAFTAR ISI .......................................................................................................... 2
BAB I PENDAHULUAN ...................................................................................... 3
1.1 Latar Belakang ...........................................................................................3
1.2 Rumusan Masalah ..................................................................................... 3
1.3 Tujuan Masalah ......................................................................................... 3
BAB II PEMBAHASAN ........................................................................................4
2.1 Replikasi DNA ............................................................................................4
2.1.1 Replikon dan replikasi ....................................................................... 4
2.1.2 Enzim-Enzim Replikasi ......................................................................5
2.1.3 Garpu replikasi ................................................................................... 6
2.1.4 Fragmen Okazaki ............................................................................... 9
BAB III PENUTUP ..............................................................................................11
3.1 Kesimpulan ...............................................................................................11
3.2 Saran ......................................................................................................... 11
DAFTAR PUSTAKA ...........................................................................................12

2
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan diri
(replikasi).Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena DNA mampu
mensintesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA.
Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru
dari rantai nukleotida lama,prosesnya dengan menggunakan komplementasi
pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama
dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh
enzim Helikase, enzim polimerasi dan ligase.
1.2 Rumusan Masalah
Rumusan masalah yang penulis ambil adalah apa itu replikasi DNA , cabang
dalam replikasi dan bentuk replikasi DNA
1.3 Tujuan Masalah
Tujuan dari penulisan makalah ini adalah untuk mengetahui replikasi DNA,
mengetahui cabang dan bentuk dalam replikasi DNA

3
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu
pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses
replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi
berantai polimerase (PCR).
Sebelum terjadi pembelahan sel, DNA melakukan replikasi terlebih dahulu
sehingga informasi genetk yang diterima oleh sel anak akan sama dengan ang
terkandung didalam sel induk. Dengan demikian keteraturan dalam siklus se dapat
dpertahankan. Replikasi DNA atau duplikasi DNA disebut juga sintesis DNA.

2.1.1 Replikon dan replikasi

a. Replikon
Replikon adalah suatu wilayah dari kromosom yang merupakan unit
replikasi. Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai satuan
tunggal dinamakan replikon, jadi setiap DNA yang mengalai pemsahan
kedua untai mempunyai dua replicon yang masng-masing akan berperan
sebagai cetakan bagi pementukan untai DNA baru.
b. Replikasi
Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. Genom
manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi
harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang salah).
Replikasi adalah transmisivertical (dari sel induk ke sel anak supaya
informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi

4
 hanya terjadi pada fase S (pada mamalia),Replikasi terjadi sebelum sel
membelah dan selesai sebelum fase M.

2.1.2 Enzim-Enzim Replikasi

Dalam proses replikasi terlibat beberapa protein/enzm yaitu :
1. Enzim Helicase,
Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang double
heliks pada proses replikasi DNA meggunaan energy kmia
2. Enzim Topodomease
Enzim ini berfungsi untuk membantu enzm helicase untuk
memotong untaian DNA.
3. Protein pengikat utai ungal (single strand binding protein)
Molekul-molekul dari protein pengikat untai tunggal kemudian
berjajar disepanjang untai-untai lama yang tidak berpasangan
menjaga agar untai-untai ini tetap terpisah selama mereka
bertindak sebaai cetakan untuk sintesis untai-untai komplementer
yang baru.
4. Enzim DNA polimerase
Enzim ini berfungsi untuk memperpanjang untai DNA yang baru.
Saat nukleotida-nukleotida berjejer dengan basa-basa
komplementer sepanjang untaian pola cetakan, DNA nukleoitda-
nukleotida ini ditambahkan ke polimarase, satu demi satu ke
ujung yang baru tumbuh dari untai DNA yang baru. Ketika
nukleotida-nukleotida yang menjadi substrat untuk untai DNA
polimease atau nukleosida triofosfat terjalin dengan tulang
belakang gula fosfat dari untai DNA yang sedang terbentuk,
senyawa ini kehilangan dua fosfatnya dalam bentuk molekul
pirofosfat. Hidrolisis fosfat ini merupakan reaksi eksorgonik yang
menyediakan energi untuk menggerakkan polimerisasi nukleoida
untuk membentuk DNA.

5
 5. Enzm ligase
Enzim ini berfungsi untk melekatkan fragme-ragmn okazaki yang
terbentuk pada lagging strand membentuk satu untai DNA tuggal
6. Ezim primase
Enzim ini memungkinkan akses pembentukan DNA primer

2.1.3 Garpu replikasi

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur
yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk
akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang
menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda
tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah
untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan"
untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida
komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru
dengan memperpanjang oligonukleotida yang dibentuk oleh
enzim primase dan disebut primer.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
menambahkan nukleotida—dalam hal ini, deoksiribonukleotida—ke
ujung 3'-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh.
Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'→3', sedangkan
DNA polimerase bergerak pada DNA "induk" dengan arah 3'→5'. Namun
demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi
3'→5', sementara untaian lainnya berorientasi 5'→3', dan helikase
bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5'→3'. Oleh
karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan
tersebut.
a) Pembetukan Leading Strand
Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian
DNA yang disintesis dengan arah 5'→3' secara berkesinambungan. Pada
untaian ini, DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan

6
 ujung 3'-OH bebas dari sebuah primer RNA dan sintesis DNA
berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah pergerakan
garpu replikasi.
b) Pembentukan lagging strand
Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang
berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini
disintesis dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada
untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan
demikian dapat menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA
tersebut untuk mensintesis DNA dengan arah 5'→3'. Fragmen primer
RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan RNase H dan DNA
Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan untuk mengisi
celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga
sintesis lagging strand menjadi lengkap.

Replikasi DNA. Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka

menjadi dua untai tunggal oleh enzim helikase (9) dengan bantuan
topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA. Untaian DNA
tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA
polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak
sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian

7
 tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).
DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus mensintesis
segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-
potongan lagging strand tersebut.
c) Dinamika pada garpu replikas
Bukti-bukti yang ditemukan belakangan ini menunjukkan bahwa
enzim dan protein yang terlibat dalam replikasi DNA tetap berada pada
garpu replikasi sementara DNA membentuk gelung untuk
mempertahankan pembentukan DNA ke dua arah. Hal ini merupakan
akibat dari interaksi antara DNA polimerase, sliding clamp, dan clamp
loader.
Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur
serupa dan mampu berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase
prosesif maupun non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding
clamp berfungsi sebagai suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding
clamp membentuk gelungan yang mampu berinteraksi dengan protein-
protein lain yang terlibat dalam replikasi DNA (seperti DNA polimerase
dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp memungkinkan DNA
bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk interaksi spesifik
dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini. Lubang
tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat
sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu
polimerase mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda
(lihat di bawah), sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang
melepaskan DNA polimerase.
Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu
menempel pada sliding clamp dan DNA polimerase.
Dengan hidrolisis ATP, clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga
DNA polimerase menempel pada sliding clamp. Sliding clamp hanya
dapat berikatan pada polimerase selama terjadinya sintesis utas tunggal

8
 DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah habis, polimerase mampu berikatan
dengan subunit pada clamp loader dan bergerak ke posisi baru
pada lagging strand. Pada leading strand, DNA polimerase III bergabung
dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding clamp.

2.1.4 Fragmen Okazaki

Fragmen Okazaki adalah DNA pendek berbentuk fragmen (bagian-
bagian) dalam proses replikasi DNA pada bagian unaian DNA lamat
(lagging strand). Sintesis DNA akan selalu bergerak dengan arah 5’ → 3’.
Untai DNA awal (leading strand) dibaca dariujung 5’ ke 3’ maka
sintesisnya dapat dilakukan secara kontinu, sedangkan untaian DNA
lambat merupakan anti parallel dari untaian DNA awal yang memiliki
arah berkebalikan (ujung 3’ ke 5’) maka sintesis tidak dapat dilakukan
secara kontinu melainkan dibuat fragmen-fragmen agarsintesis DNA
dapat terjadi serentak. Fragmen DNA pendek yang terbentuk pada
akhirnya akan disambung dengan enzim DNA ligase sehingga
membentuk unit yang utuh. Panjang fragmen Okazaki berkisar dari
ratusan sampai ribuan nukleotida, tergantung jenis selnya.
Fragmen Okazaki ditemukan pada tahun 1966 dalam penelitian
tentang proses replikasi DNA pada Escherichia coli oleh Reiji
Okazakidan Kiwako Sakabe. Fragmen tersebut ditelitilebih lanjut melalui
penelitiannya beserta rekan peneliti lainnya dalam studi replikasi DNA
pada bakteriofag dengan objek penelitian E. coli.

9
 Perbedaan utama keempat antara sintesis RNA dan DNA adalah
bahwa, sementara hanya satu untai DNA pada satu waktu yang
ditranskripsikan, pada kebanyakan kasus, kedua untaiannya secara
simultan dapat direplikasi. Ini terjadi pada garpu replikasi, persimpangan
dimana dua untai DNA orang tua dibelah terpisah dan di mana kedua
anakan itu disintesis, masing-masing oleh molekul polimerase DNA yang
berbeda. Salah satu dari molekul polimerase DNAini terus-menerus
menyalin untai induk yang membentang dalam bentuknya sampai lima
arah dari garpu replikasi, sehingga mensintesisnya. untai anakan yang
dihasilkan, yang dikenal sebagai leading strand, dalam arah 5` sampai 3` .
Namun, karena DNA polimerase kedua padagarpu replikasi juga
mensintesis DNA dalam arah 5` sampai 3` juga harus melakukan
perjalanandengan garpu replikasi, maka cara menyalin untai induk yang
membentang dari garpu replikasidalam dari arah 5` sampai 3` dengan
sintesis lagging strand secara tidak kontinu, yaitu potongan(blok-blok).
Dilakukan dengan mengikat template lagging strand sekitar sehingga
bisamemperpanjang primer RNA yang baru disintesisnya dalam arah 5`
menuju 3` sampaimenemukan primer yang disintesis sebelumnya. DNA
polimerase kemudian melepaskan darikerangka untai tertinggal dan
rebinds ke itu hulu dari posisi sebelumnya, di mana kemudian
memperluas primer RNA berikutnya untuk disintesis. Dengan demikian,
lagging strand disenesis secara putus-putus sedangkan ledding strand
disintesis secara terus menerus.

10
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel,
replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Replikon adalah suatu wilayah
dari kromosom yang merupakan unit replikasi. Replikasi adalah proses duplikasi
DNA secara akurat. Dalam proses replikasi terlibat beberapa protein/enzim
diantaranya,Enzim Helicase,Enzim Topodomease,Enzim DNA polimerase,Enzim
ligase,Ezim primase. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah
struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk
akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua
cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-
masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA
baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase
membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida yang
dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer. Fragmen Okazaki
adalah DNA pendek berbentuk fragmen (bagian-bagian) dalam proses replikasi
DNA pada bagian unaian DNA lamat (lagging strand).

3.2 Saran
Kami tentu masih menyadari jika makalah ini masih terdapat banyak
kesalahan dan jauh dari kata kesempurnaan. Kami akan memperbaiki makalah
tersebut dengan berpedoman pada banyak serta kritik dan saran yang kami
dapatkan serta dapat membaperbaiki dengan baik.

11
 DAFTAR PUSTAKA

 Geoffrey M. Cooper (2000). "The Cell - A Molecular Approach". Boston

University (ed. 2) (Sunderland (MA): Sinauer Associates). hlm. Heredity,
Genes, and DNA. ISBN 0-87893-106-6. Diakses 2010-08-13.
 Anonymous. Enzim dalam Replikasi DNA tanpa tahun (online)
(https://id.scribd.com/doc/248104120/Enzim-Dlm-Replikasi-Dna, diakses 22
maret 2022)
 Anonymous. Fragmen Okazaki.Scribd tanpa tahun (online)
(https://id.scribd.com/document/402511172/Fragmen-Okazaki-docx , di akses
22 maret 2022)
 Anonymous. Materi Genetika. 30 juni 2008.
(https://18bios1unsoed.wordpress.com/category/materi-genetik/, diakses 22
maret 2022)

12