Tugas Biologi Molekuler

Nama Kelompok 4 :
1. Fuji Anggita : I1022171022
2. Serli Andini : I1022181004
3. Jeshy Milantika : I1022181015
4. Ulfa Sri Mandasari : I1022181024
5. Harli Frimana : I1022181035
6. Prita Laoura : I1022181037
7. Novi Tartila Akri : I1022181045
8. Maura Zettira Shabrina : I1022181047

Materi Asam Nukleat

1. Jelaskan perbedaan antara struktur RNA dan DNA!
Jawab :

DNA
Basa nitrogen tersusun atas :
Purin : Adenin & Guanin
Pirimidin : Timin & Cytocine
Rantai yang dimiliki oleh DNA sendiri
umumnya panjang dan ganda yang
memiliki pilin (double helix)
DNA dapat ditemui pada Mitokondria,
Kloropas dan juga Nukleus
DNA memiliki peran di dalam mewariskan
sifat serta sintesis pada protein
Komponen gula yang melakukan
penyusunan DNA merupakan Deoksiribosa
Kadar yang dimiliki oleh DNA sifatnya
cenderung statis atau sama sekali tidak
berubah
RNA
Basa nitrogen tersusun atas :
Purin :Guanin & Adenin
Pirimidin : Urasil & Cytocine
 RNA memiliki rantai yang cenderung
tunggal dan pendek (single helix)
RNA bisa ditemui pada Ribosom,
Sitoplasma dan juga Nukleus.
RNA hanya berperan di dalam mensintesis
protein
Komponen gula yang menyusun RNA
merupakan jenis Ribosa
 Kadar RNA sendiri bisa berubah-ubah
lantaran adanya kegiatan sintesis protein
 Bentuk yang dimiliki oleh DNA mirip
dengan pita spiral ganda
Cenderung stabil dan tidak mudah
terhidrolisis oleh alkali
Lebih rentan terhadap sinar UV
Berfungsi membawa materi genetik untuk
tumbuh dan berkembang
Bentuk pada RNA lebih nampak seperti
sejenis pita tunggal
Tidak stabil dan mudah terhidrolisis oleh
alkali
Cenderung resisten terhadap sinar UV
Berfungsi dalam sintesis protein

2. Jelaskan model DNA Watson dan Crick!

Jawab:
Menurut Watson dan Crick, DNA mempunyai utas ganda, dan kedua utas tersebut saling
berpilin. Masing-masing utas tersusun dari rantai polinukleotida. Antara polinukleotida
yang satu dengan polinukleotida yang lainnya diikat dengan ikatan-ikatan hidrogen.
Ikatan hidrogen, yang merupakan ikatan yang lemah, terbentuk antara dua basa nitrogen.
Model DNA menurut watson & crick, DNA terdiri atas ribosom nukleotida. Frances crick
& James watson menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur helix berantai
ganda atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda watson crick. Setiap molekul DNA
terdiri dari dua rantai biopolimer yang saling melingkari satu sama lain. Setiap rantai
memiliki 5’ prime (grup fosfat) dan 3’ prime (grup hidroksil. Rantai nya antiparalel,
artinya 1 rantai pada arah 5’ ke 3’ dan yang lainnya dari 3’ ke 5’. Diameter dari rantai
helix ganda adalah 2nm dan strukturnya berulang pada interval 3.4nm sesuai dengan 10
pasang basa. Kedua rantainya dihubungkan oleh ikatan hidrogen dan saling melengkapi
satu sama lain. 2 rantai DNA dinamakan polinukleotida, karena terbuat dari unit
monomer yang sederhana bernama nukleotida.

3. Jelaskan apa yang dimaksud dengan major groove dan minor groove pada struktur DNA?
Jawab:
DNA merupakan utas ganda yang berpilin berdiameter 20 Ao, utas ganda yang berpilin
ini menciptakan suatu celah dalam satu putaran terdapat satu celah lebar (major groove)
dan satu celah sempit (minor groove). Major dan minor groove saling bersebrangan, dan
terdapat pada sepanjang DNA.. Major groove terjadi ketika tulang fosfat menjauh, dan
minor groove terjadi ketika mendekat. Kedua groove ini dapat menentukan sekuens basa
pada molekul DNA yang spesifik, serta berperan penting saat DNA binding protein, yaitu
pada proses replikasi dan transkripsi.

Materi Replikasi
1. Apakah Replikasi itu?
Jawab:

Replikasi adalah proses penggandaan DNA untuk memperbanyak diri yang terjadi pada
fase sintesis saat interfase mejelang sel akan membelah. Titik replikasi DNA merupakan
proses semikonservatif karena setiap sel anak menerima satu untai DNA induk dan untai
yang baru disintesis. DNA terbuat dari dua molekul yang berfungsi sebagai template
untuk memproduksi complementary strand, proses ini dinamakan repikasi semi-
konservatif. Tujuan replikasi DNA adalah agar sel anakan hasil pembelhan mengandung
DNA yang identik dengan DNA sel induknya. Pada konteks virus, replikasi adalah tahap
pembentukan virus-virus baru di dalam sel inang. Replikasi dilakukan virus untuk
bereproduksi.

2. Mengapa replikasi dilakukan pada suatu sel?

Jawab:
Karena untuk mewariskan materi genetik kepada kedua sel anak sehingga keduanya
mendapat salinan yang identik. Selain itu juga diperlukan agar sel tersebut dapat
menambah jumlah sel baru untuk mengganti sel-sel yang telah rusak ataupun untuk
pertumbuhan tubuh. Replikasi ini sangat penting dalam tahapan perkembangbiakan atau
pembelahan sel (fase S siklus sel).

3. Bagaimana proses replikasi terjadi pada sel prokariotik dan eukariotik (Jelaskan jawaban
secara garis besarnya!)
Jawab:
 Replikasi DNA Prokariotik Prokariotik memiliki satu Struktur DNA. Replikasi adalah
kromosom prokariotik dimulai pada awal replikasi. Pada awal replikasi, enzim memutus
ikatan hidrogen antara dua rantai induk DNA pada awal replikasi, membentuk garpu
replikasi. Setelah pembentukan garpu replikasi, helai heliks ganda mulai lepas dan
terpisah satu sama lain. Sementara pelepasan berlangsung, DNA polimerase memulai
sintesis untai DNA baru dengan menambahkan nukleotida. Saat replikasi berlangsung,
garpu replikasi bergerak ke arah yang berlawanan. Setelah replikasi selesai, setiap DNA
untai ganda baru berisi 1 DNA lama dan 1 DNA baru. Setelah 2 molekul DNA terbentuk,
sel siap untuk pembelahan biner.
Replikasi DNA Eukariotik, eukariotik memiliki DNA dalam jumlah besar. Oleh
karena itu, replikasi DNA pada eukariota sangat kompleks dan melibatkan proses
biologis. Karena jumlah DNA besar, ada beberapa titik asal replikasi yang membentuk
gelembung. Di daerah-daerah ini enzim memutus untaian dan memulai transkripsi dalam
arah yang berlawanan pada setiap situs molekul DNA. Eukariotik menginisiasi replikasi
DNA pada beberapa titik di kromosom, sehingga replication fork bertemu dan
berterminasi di kromosom, keduanya tidak menyatu. Eukariotik memiliki kromosom
yang linear.

4. Apa saja yang mempengaruhi terjadinya replikasi?

Jawab:
Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai
nukleotida lama. replikasi juga dapat dipengaruhi oleh adanya bahan baku
deoksiribonukleotida, fosfat, enzim dan nukleotida. Proses ini dipengaruhi oleh enzim,
sehingga berbagai faktor yang mempengaruhi enzim akan ikut serta juga mempengaruhi
replikasi, seperti suhu, jumlah nukleotida yang ada (substrat), dan jumlah enzim yang
ada.

5. Sebutkan dan jelaskan enzim apa saja yang diperlukan dalam proses replikasi?
Jawab:
a. Enzim helikase, berfungsi menghidrolisis rantai ganda polinukleotida menjadi dua
rantai tunggal polinukleotida, dikenal juga sebagai enzim destabilisasi helix, yaitu
melepaskan DNA double helix pada replication fork.
b. Enzim nuklease, berfungsi menghidrolisis atau memecah rantai ganda polinukleotida
menjadi dua rantai tunggal mononukleotida.
c. Enzim RNA primase, berfungsi untuk membentuk RNA primer pada rantai cetakan
DNA. Primase berfungsi sebagai titik mulai pertama RNA (atau DNA) untuk DNA
polymerase untuk memulai sintesis DNA yang baru.
d. Enzim DNA polimerase, berfungsi merangkai rantai-rantai mononukleotida
membentuk rantai baru. Berfungsi untuk membangun rantai DNA dengan cara
menambahkan nukleotida pada arah 5’ ke 3’, serta sebagai proofreading dan error
correction.
 e. Enzim ligase, berfungsi untuk menyambung nukleotida rantai DNA yang baru
terbentuk pada rantai semi-konservatif dan bergabung bersama Okazaki Fragments pada
lagging strand.
f. Enzim Topoisomerase, berfungsi untuk merelaksasi DNA yaitu mengurangi supercoil
DNA.
g. Single-strand Binding (SSB) Protein, yaitu untuk mencegah ikatan DNA yang sudah
memisah untuk bersatu lagi.

Materi Transkripsi
1. Apa yang dimaksud dengan ekspresi gen?
 Jawab:
Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat dari suatu organisme oleh gen. Suatu sifat
yang dipunyau oleh suatu organisme merupakan hasil proses metabolisme yang
terjadi di dalam sel. Proses metabolisme dapat berlangsung karena adanya enzim
yang berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia. Enzim dan protein lainnya
diterjemahkan dari urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA, dan mRNA itu
sendiri disintesis berdasarkan utas cetakan DNA. Gen tersusun dari molekul DNA<
sehingga gen menentukan sifat suatu organisme. Ekspresi gen dilakukan melalui dua
tahap, yaitu transkripsi dan translasi. Transkripsi terjadi didalam inti sel, sedangkan
translasi di sitoplasma.

2. Apakah semua bagian untai DNA dapat mengalami transkripsi?

Jawab:
Tidak, hanya bagian tertentu saja dari DNA yang mengalami transkripsi, bagian
tersebut disebut dengan gen.

3. Bagaimana proses dimulainya transkripsi? Faktor apa saja yang dapat memulai proses
transkripsi?
Jawab:
Proses dimulainya transkripsi dinamakan inisiasi, yaitu dimulai saat RNA polimerase
menempel pada molekul dsDNA. RNA polimerase dapat menempel karena adanya
faktor sigma. Pada daerah penempelan ini, utas ganda DNA terurai menjadi utas
tunggal. Nukleotida pertama kemudian ditempatkan di depan utas cetakan kemudian
disintesis nukleotida berikutnya sesuai dengan utas cetakan yang ada. Titik atau situs
dimana nukleotida pertama diletakkan disebut dengan titik atau situs inisiasi. Faktor
yang dapat memulai proses transkripsi adalah Transcription Factor II B (TFIIB),
TFFIF, dan RNA polymerase II.

4. Apakah yang dimaksud dengan “Pibnow box”? Apa peranan dr Pibnow box dalam
proses transkripsi?
Jawab:
Pribnow box atau pribnow-schaller box adalah sekuens TATAAT dari 6 nukleotida
(timin, adenin, timin, adenin, adenin, timin). Pribnow box adalah bagian penting yang
termasuk kedalam promotor site DNA untuk melakukan transkripsi yang terjadi pada
bakteri. Pribnow box disebut juga -10 sekuens, hal ini karena pada 10 terdapat
consensus sekuens 5’’ TATAAT 3’, dan yang kedua pada 35 sekuens, ditengah 35
terdapat consensus sekuens 5’ TTGACA 3’, sekuens pada posisi -10 dan -35
umumnya pada prokariotik