Nama : Alwiyah NIM : 11613127

Kelas : B TUGAS RESUME BIOLOGI MOLEKULER PERTEMUAN 1-3 Konsep dalam Biologi Molekuler Dogma Central Suatu ajaran tentang seluruh makhluk hidup pasti melalui suatu proses, dimana ajaran tersebut tidak terbantahkan. Isi dari ajaran tersebut yaitu DNA transkripsi reverse transkripsi mRNA translasi Asam amino/protein Perbedaan sel Prokariotik dan Eukariotik Perbedaan Sel Membran nukleus Dinding sel Prokariotik Sederhana Tidak memiliki Multisel Memiliki Eukariotik

Ada yang punya, contohnya Ada yang punya, contohnya bakteri tumbuhan, jamur dan alga

Yang tidak punya, contohnya Yang tidak punya, contohnya Arch bakteri Letak DNA Reproduksi Di dalam Sitoplasma Binary fussion (pembe-lahan) hewan dan protozoa. Di dalam nukleus Mitosis Miosis DNA merupakan material genetik, pembawa sifat keturunan pada suatu organisme Perbedaan DNA dan RNA Perbedaan Strain (rantai/untai) Gula penyusun Basa penyusun DNA Double strain (untai ganda) Deoksiribosa Purin : adenin dan guanin Pirimidin : sitosin dan timin RNA Single strain (untai tunggal) Ribosa Purin : adenin dan guanin Pirimidin : sitosin dan urasil

Sebagai pembawa materi genetik Kestabilan

Ya

Tidak. Sebab RNA mudah terdenaturasi.

Lebih stabil

Tidak stabil pada kondisi basa, gugus OH mudah terion.

Pembuktian bahwa DNA merupakan material genetik dilakukan oleh : Frederick Griffith pada tahun 1928, dengan eksperimen transformasi pada bakteri Streptococcus pneumoniae. Tipe S. Pneumoniae dibagi menjadi dua yaitu smooth (S) atau halus dan rough (R) atau kasar. Tipe S permukaannya koloninya halus, berkapsul, tidak tahan panas dan bersifat virulen sedangkan tipe R permukaan koloninya kasar, tidak berkapsul dan bersifat non-virulen. Hasil dari eksperimen tersebut, dtemukan bahwa pencampuran sel tipe S yang mati dengan sel tipe R yang hidup telah menyebabkan perubahan (tranformasi) sel tipe R yang hidup menjadi sel tipe S yang hidup, namun tidak diketahui apakah senyawa yang mengalami transformasi tersebut. Oswald Avery, Collin MacLeod dan Mackyn McCarthy pada tahun 1944, melanjutkan eksperimen Griffith. Hasil dari eksperimen ini, diketahui bahwa yang menyebabkan proses transformasi bukanlah RNA, melainkan DNA. A.D. Hershey dan Martha Chase pada tahun 1952, dengan eksperimen yang dikenal sebagai Waring bander experiment. Hasil dari eksperimen ini memberikan gambaran yang jelas bahwa senyawa yang masuk ke dalam sel adalah molekul DNA.

Struktur DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson dan Francis Crick pada tahun 1953. Model DNA Watson dan Crick : Untai ganda (double helix) Untai tersusun atas dua rantai polinukleotida yang berpilin Orientasi rantai berlawanan (antiparalel), rantai yang satu mempunyai orientasi 5 3, sedangkan rantai yang lain berorientasi 3 5 Kedua rantai berikatan berdasarkan pasangan basanya (komplementaritas) DNA mempunyai dua lekukan (grove) eksternal yaitu lekukan besar (major groove) dan lekukan kecil (minor groove)

Tipe-tipe molekul DNA DNA memutar ke kanan 1. Tipe A : lebih pendek, lekukan besar lebih dalam, bentuknya menyerupai konformasi bagian untai-ganda molekul RNA, molekul hibrid DNA-RNA juga cenderung mempunyai bentuk tipe A

2. Tipe B : mempunyai lekukan besar dan lekukan kecil, ditemukan pada model Watson - Crick DNA memutar ke kiri 1. Tipe Z : kerangka gula fosfat berbentuk zigzag, ditemukan oleh Alexander Rich 2. Melting Temperature of dsDNA Melting temperature : suhu yang diperlukan untuk mendenaturasi separuhnya untai ganda menjadi untai tunggal Semakin tinggi melting temperature (TM) maka semakin tinggi pula kemampuan denaturasinya. 3. Bergantung pada : konsentrasi GC, semakin %GC TM Konsentrasi garam, semakin kons. Garam TM Base pair (BP) atau ik. Basa, semakin BP semakin cepat denaturasi Replikasi DNA Replikasi DNA merupakan salah satu proses yang dialami sel supaya sel dapat membelah atau memperbanyak diri dimana DNA sel replika (sel anak) harus sama dengan DNA sel induk. Apabila DNA sel replika berbeda dari sel induk maka sel replika tersebut bisa rusak. Model replikasi DNA dibagi menjadi 3 teori yaitu : 1. Conservative : DNA baru tidak bercampur dengan DNA induk 2. Semi-Conservative : Sel anakan akan mengandung 1 DNA baru dan 1 DNA lama (DNA induk) 3. Dispersive : Sel anakan mengandung campuran secara acak antara DNA lama (induk) dengan DNA baru Replikasi DNA bakteri Sintesis DNA selalu menggunakan DNA template (cetakan) Proses Replikasi DNA selalu berawal dari 5 3 DNA selalu antiparalel dan komplementari (basanya saling melengkapi, A=T, GC)

Proses denaturasi Single origin : hanya ada satu titik atau tempat tertentu dimana replikasi akan terjadi Bidirectional : berjalan dua arah Theta structure : membentuk struktur teta Replication fork : untaian DNA membuka struktur. Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk membuka secara bertahap Mengikuti teori semi-conservative

Komponen yang dibutuhkan untuk replikasi DNA :

DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi molekul deoksi ribonukleotida (basa, gula dan fosfat) Enzim DNA polimerase berfungsi mengkatalisis proses polemirase nukleotida menjadi untaian DNA. Hanya dapat menambahkan nukleotida pada 5-3 dan tidak bisa menambahkan nukleotida pada untai tunggal

Enzim primase berfungsi mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi DNA Enzim pembuka untaian DNA induk (Helicase), dan enzim lain yang membantu yaitu enzim girase Protein SSBP (Single Strain Binding Protein) berfungsi untuk mencegah single strain menyatu kembali (Primase) Enzim DNA ligase berfungsi menyambung fragmen-fragmen DNA

Tahapan dasar proses replikasi DNA 1. Denaturasi untaian DNA induk 2. Inisiasi sintesis DNA 3. Pemanjangan untaian DNA 4. Ligasi frgamen-fragmen 5. Terminasi replikasi

Polimerase proses awal replikasi DNA dimana diperlukan primer dan cetakan DNA, polimerisasi diperpanjang pada 3 , aktivitas eksonuklease 3 5 berfunsi sbg proofreading, aktivitas eksonuklease 5 3 untuk menghilangkan primer. RNA sebagai molekur primer.

Setelah primer disintesis dan menempel pada cetakan, maka barulah disintesis DNA baru. Molekul primer digunakan untuk menempelkan nukleotida pertama pada untaian DNA baru. Pada proses sintesis untaian DNA lambat (lagging strand) diperlukan lebih dari satu primer, disebabkan sintesis DNA berlawanan arah dengan pembukaan garpu replikasi sehingga terjadi sintesis secara diskontinu. Setelah itu terjadi pemanjangan untaian DNA baru akibat aktivitas DNA polimerase III. Kemudian terjadi ligasi fragmenfragmen untaian DNA, serta penghilangan primer.

Untaian DNA baru bersifat komplementer dengan DNA cetakannya