DNA, RNA, DAN SINTESIS PROTEIN

Mata Kuliah Biomedik

Oleh :

Arma Adi Prasetya 1106053735

Nur Aini Hidayah 1106004241

Putri Aprilia Regita 1106054196

Sofya Umi Labiba 1106016084

Tresnani Suci Nurani 1106008656

FAKULTAS KESEHATAN MASYARAKAT

UNIVERSITAS INDONESIA

2012
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR
BAB I PENDAHULUAN
BAB II ISI
DNA
1.1 Struktur DNA
1.2 Karateristik DNA
1.3 Replikasi DNA
1.4 DNA Repair
RNA
2.1 Struktur RNA
2.2 Tipe RNA
Sintesis Protein
3.1 Sintesa Protein pada Eukariotik Prokariotik
3.2 Tahapan Sintesa Protein
DAFTAR PUSTAKA
 KATA PENGANTAR
Puji syukur kami panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena berkat
rahmat dan kuasaNya kami berhasilkan menyelesaikan makalah ini dengan segala
keterbatasan yang kami punya. Tak lupa kami ucapkan terimakasih banyak kepada
dosen kami, Ibu Diah Utami yang telah memberikan kami bantuan yang tidak terkira
banyaknya dalam penyelesaian makalah ini. Ucapan terimakasih juga kami sampaikan
pada kedua orangtua dan keluarga kami yang telah memberi dukungan moral dan
materiil pada kami beserta pihak pihak lain yang tidak mungkin kami sebutkan satu
persatu disini yang telah memberikan bantuan dalam bentuk apapun kepada kami.
Makalah DNA, RNA dan Sintesis Protein yang telah kami susun sedemikian rupa
ini untuk menjadi bentuk sumbangsih kami pada ilmu pengetahuan dan sekaligus untuk
menyelesaikan tugas kami. Kami berharap makalah ini tidak hanya menjadi salah satu
tugas yang kami selesaikan tapi juga bermakna bagi banyak orang. Kami percaya bahwa
masih banyak kekurangan dalam makalah ini baik dari sistematika atau kontennya.
Untuk itu kami berharap masukan, saran dan kritik dari para pembaca sekalian terkait
makalah ini agar nantinya kami bisa memperbaiki diri pada makalah makalah
selanjutnya. Terimakasih banyak dan semoga bermanfaat.

Depok, Maret 2012

Penulis
 BAB I
PENDAHULUAN

Sel merupakan satuan unit terkecil dari makhluk hidup. Sel mempunyai peranan yang
besar sebagai penyusun suatu organisme. DNA merupakan bagian dari sel yang
membawa materi genetik pada semua makhluk hidup. Begitu pula, RNA yang menjadi
penyalur informasi genetik tersebut. Bagaimana tahapan dari replikasi DNA dan
hipotesis yang diperoleh, bagaimana proses perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan, apa saja tipe RNA, dan bagaimana proses sintesa protein harus kita pelajari.
Kita harus mempelajari kehidupan & organisme hidup pada tingkat sel atau dibawahnya
agar kita bisa lebih bersykur atas kuasa Nya menciptakan segala seuatu.
Perkembangan biologi sel bertumpu pada hasil riset dengan percobaan-percobaan
deskriptif dimasa lalu hingga percobaan-percobaan analitik modern saat ini.
 BAB II
ISI

1. DNA (deoxyribonucleic acid)

1.1 Struktur DNA
DNA merupakan materi genetik yang terdapat pada semua sel makhluk hidup
dan kebanyakan virus. DNA membawa informasi yang diperlukan untuk sintesis protein
dan replikasi.

Gambar 1. DNA
Struktur DNA rantai helix ganda (double helix). Setiap rantai adalah
polinukleotida, dan terdiri atas nukleotida, masing-masing dari nukleotida tersusun atas
tiga unit yaitu gula, basa dan fosfat. Di dalam nukleotida terdapat nukleosida, yakni gula
yang berpasangan dengan basa. Setiap nukleotida dalam polinukleotida dihubungkan
dengan ikatan kimia yang sama (ikatan basa). Struktur nukleotida terdiri dari
1. Satu molekul gula
Ada dua macam gula, yaitu ribosa (pentosa) dan dioxiribosa (aldopentosa)
2. Pasangan basa
Pasangan basa terdiri dari dua macam yaitu basa purin dan pirimidin. Purin terdiri
atas adenine (A) dan guanine (G) dengan ikatan tunggal hydrogen. Sedangkan,
pirimidin terdiri atas sitosinin (S) dan timin (T).
Pasangan basa dihubungkan dengan ikatan hidrogen, purin berpasangan dengan
primidin (A-T dengan dua ikatan hydrogen) sedangkan (G-S dengan tiga ikatan
hidrogen).
3. Fosfat
 Fosfat yang dihubungkan dengan gula pentosa membentuk sebuah ikatan yang
disebut ikatan fosfodiester.

1.2 Karakteristik DNA

DNA memiliki struktur seperti rantai, dengan rantai helix ganda (double helix)
yang memilin yang dapat bereplikasi sendiri. Selain itu, terdapat karakteristik DNA
yang lain diantaranya :
1. Besar ukuran pada sel haploid mencapai 3x 10 9 pasangan basa
2. Satu kromosom panjangnya 7 cm
3. Rantainya dapat terpisah (denaturasi karena alkali dan suhu panas)
Denaturasi dapat terjadi saat DNA berada dalam kondisi panas mendekati 1000
celcius maka akan terpisah, terlebih DNA dengan pasangan basa A-T yang hanya
memilki dua ikatan hidrogen, karena pasangan basa G-C memliki 3 pasangan
hydrogen akan lebih tahan terhadap panas. Dan dapat mengalami Renaturasi saat
kembali dalam kondisi semua (suhu turun), dengan RNA yang utuh bertemu
kembali dengna pasangannya yang sesuai.
4. Berfungsi sebagai materi genetik (pembawa sifat)
DNA sebagai materi genetik, berfungsi dalam pengekspresian gen, DNA mengatur
segala aktivitas sel,dan mampu membentuk cetakan-cetakan protein yang
dibutuhkan oleh sel.
5. Bereplikasi/menggandakan diri menjadi dua dengan komposisi yang sama
berfungsi dalam sintesis protein.

Gambar 2. Struktur DNA

 1.3 Replikasi DNA

Gambar 3. Replikasi DNA

Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai DNA bertindak

sebagai cekatan untuk pembuatan untai-untai DNA baru.
Replikasi DNA merupakan proses persiapan materi genetik untuk melakukan
pembelahan (reproduksi). Sel prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada
eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase daur sel,
sebelum mitosis atau meiosisI. Kecepatan replikasi organisme eukariotik 10 kali lebih
lama dari prokariotik (dikarenakan ribosom pada sel eukariotik berada di luar nucleus,
sehingga mRNA harus melewati membrane nucleus). Sedangkan, replikasi genom
manusia membutuhkan waktu 8 jam. Replikasi bersifat semi konservatif dan tejadi
dalam dua arah (didirection), yang arah sintesanya dari 5 ke 3. Berikut tahapan
terjadinya replikasi DNA :
1.3.1 Tahapan replikasi
1. Tahapan Inisiasi
Pembukaan Rantai Double Helix dengan bantuan DNA Helikase. Helikase
mengubah ATP menjadi ADP sebagai energy untuk membuka dan memperpanjang
cabang rantai DNA yang terpisah. DNA helikase, merupakan protein yang membantu
tahap replikasi DNA, terdiri dari :
Helikase II / III, yang melekatkan cetakan yang rantai tertinggal (3-5)
menjadi arah (5-3)
Rep protein, yang mengikat rantai pertama yang sedang disintesis dan diubah
arahnya manjadi 3-5
 2. DNA mulai direplikasi oleh DNA Polimerase III
Di bantu dengan topoisomerase (DNA girase) yang mengurangi tegangan untai
DNA, setelah itu untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat
untaian tunggal untuk mencegah terbentuknya heliks ganda kembali
3. Rantai DNA diperpanjang hingga membentuk untaian tunggal DNA baru
Leading strand : untaian baru dengan arah yang benar dari 5-3
Lagging strand : untaian baru yang arahnya dari 3-5 sehingga mengalami
retakan-retakan pada untaiannya
4. RNA primer memiliki enzim primase untuk melekatkan RNA primer, enzim
primase mampu membentuk fragmen-fragmen Okazaki. RNA primers memulai
mensintesis DNA hanya sekali pada leading strand, sedangkan pada lagging
strand dimulai pada setiap fragmen okazaki.
5. Enzim primase dapat bergabung dengan polipeptida lainnya dan pada saat itu
primosome aktif, primosome mengubah arah sintesa dari 3-5 menjadi 5-3,
primosome hanya akan muncul pada saat RNA primer lepas.
6. RNA primers lepas kemudian, kemudian diambil alih oleh DNA polymerase I
untuk disintesis hingga mendekati bagian-bagian fragmen okazaki yang
mendahuluinya, kemudian diubah arah sintesa menjadi 5-3
7. Fragmen-fragmen okazaki yang berdekatan digabungkan oleh DNA ligase

1.3.2 Hipotesis Replikasi DNA

Ada tiga hipotesis tentang replikasi DNA yang menjelaskan bagaimana pita
double helix DNA membuat salinannya pada proses replikasi DNA, yaitu sebagai
berikut

1. Hipotesis konservatif, pita double helix DNA membentuk pita baru dalam keadaan
utuh
2. Hipotesis semi konservatif, pita double helix DNA terbuka kemudian masing-
masing membentuk pita baru sebagai pelengkapnya
3. Hipotesis dispersal, campuran antara potongan pita double helix DNA yang lama
dengan yang baru dibentuk
 1.4 DNA Repair
DNA Repair merupakan proses perbaikan DNA yang mengalami kerusakan,
diantaranya karena
a. Modifikasi basa (perubahan kimia, kehilangan basa, ikatan kovalen antar basa yang
berdekatan)
b. Gagalnya transkripsi dan translasi DNA
c. Kerusakan DNA parah (DNA putus)
DNA repair dikelompokkan dalam 3 cara, yaitu :
1. Damage Revesal, langsung digantikan
Merupakan cara termudah karena tidak perlu dilakukan pemotongan DNA, hanya
perlu diganti saja.
2. Damage Removal, dihilangkan
Lebih rumit karena harus melakukan pemotongan untuk mengganti, dan terbagi
menjadi,
Base excision repair dengan hanya mengganti satu basa yang rusak dan diganti
dengan yang lain.
Mismatch repair dengan penggantian basa yang tidak sesuai yang dilakukan
dengan enzim.
Nucleotide excision repair dengan cara memotong salah satu segmen DNA yang
mengalami kerusakan.
3. Damage Tolerance, mentoleransi kesalahan, terbagi menjadi,
Homolongous recombination (HR), menggunakan sister kromatid untuk
memperbaiki kerusakan (tanpa delesi).
Non homologous end joining (NHEJ), bila putusnya tidak sama makan akan
diratakan dulu dengan eksonukleuse, kemudian ada enzim tertentu yang bekerja
dan akan menggabungkan (dengan delesi).
 Gambar 4. DNA Repair

2. RNA (ribonucleic acid)

2.1 Struktur RNA

RNA merupakan makromolekul, yang berfungsi sebagai penyimpan dan

penyalur informasi genetik yang hanya terdapat pada virus tertentu.
RNA merupakan rantai tunggal polinukleotida atau disebut juga single helix.
Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus molekul yaitu 5 karbon, basa nitrogen dan
gugus fosfat. Berbeda dengan DNA, pasangan basa pirimidin RNA terdiri dari sitosin
(S) dan urasil (U). Pasangan basa purin terdiri dari adenin (A) dan timin (T).

2.2 Tipe RNA

Ada tiga tipe RNA yang akan dibentuk pada saat diperlukan dalam proses
sintesis protein, diantaranya
a. RNA ribosom (RNAr). RNAr dicetak oleh DNA di dalam nukleus. RNAr
merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom yang disusun
menjadi subunit, berfungsi membantu penempelan antara kodon dan antikodon
dalam ribosom.
b. RNA transfer (RNAt). RNAt memiliki tiga rangkaian basa pendek pada salah satu
ujungnya yang disebut antikodon, yang berfungsi membawa asam amino spesifik
dari sitoplasma yang berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam amino
sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
c. RNA massenger (RNAm), disebut juga RNA duta (RNAd). RNAd merupakan kode
genetik (kodon) dari kromosom inti ke ribosom. Kode genetik RNAd tersebut
kemudian menjadi cetakan untuk menentukan urutan asam amino pada rantai
polipeptida.

3. Sintesis Protein
Protein merupakan komponen organik terbesar pada sel-sel tubuh kita (10-15%).
Protein sel merupakan penanda untuk penyakit-penyakit metabolik tertentu. Oleh karena
itu protein berperan penting dalam metabolisme sel. Enzim-enzim, vitamin, zat
regulator, hormon-hormon tertentu juga merupakan protein.

3.1 Sintesa Protein pada Prokariotik - Eukariotik

Sintesa protein merupakan suatu proses yang dinamis, dapat berubah-ubah
tergantung lingkungan. Terdapat perbedaan proses sintesa protein pada sel prokariotik
dan eukariotik DNA di sitoplasma, yaitu :
a. Prokariotik :
1. DNA di sitoplasma
2. Proses transkripsi dan translasi terjadi di sitoplasma
3. Produk RNA primer hasil transkripsi DNA dapat langsung berfungsi
b. Eukariotik
1. DNA di dalam inti
2. Proses transkripsi terjadi dalam inti sementara translasi di ribosom
3. RNA primer harus mengalami proses maturasi terlebih dahulu untuk menjadi
RNA fungsional.
Pada sel eukariot proses transkripsi maupun maturasi RNA primer ini terjadi
didalam inti sel. Maturasi berupa proses Capping pembuatan tudung pada ujung 5
dengan 7-metil-guanosin. Selain Capping; terjadi pula penambahan ekor poliadenilat
pada ujung 3. Jumlah penambahan poli A bervariasi dari 100-200 basa nitrogen.
Selanjutnya RNA primer mengalami splicing (pemotongan/penipisan intron oleh
SnRNA dan HnRN Protein dengan ribosom, yaitu suatu ribonukleat enzim sebagai
suatu katalisator). Pada saat terjadi splicing RNA, terbentuk struktur seperti kait. Setelah
selesai proses ini, maka RNA primer sudah menjadi fungsional (menjadi maturasi m-
RNA). Fase selanjutnya adalah transportasi RNA mature ini melalui membran inti
menuju ribosom di sitoplasma.

3.2 Tahapan Sintesa Protein

Sintesa protein terjadi dalam dua tahap, yaitu transkripsi dan translasi.
1. Transkripsi
Pada tahap ini kodon-kodon pada potongan benang DNA disalin ke RNA. m-
RNA berfungsi sebagai pembawa pesan antara DNA dan protein yang nantinya
bersintesis. Proses ini berlangsung dalam suatu sistem transkripsi disebut sistron. Arah
penyalinan kodon-kodon dari ujung 5 ke 3
Dimulai dari tempat inisiasi (AUG) ke tempat terminasi (UAG,UAA,UGA)
RNA Polimerase menempel pada promoter di rantai DNA dan memisahkan
kedua rantai pita DNA.
Rantai nukleotida RNA bebas berpindah dan ikatan hidrogen melengkapi basa
pada rantai DNA.
RNA Polimerase berkaitan ke rantai nukleotida RNA pada arah 5 ke 3.
Rantai RNA yang sudah dibentuk melepaskan diri dari rantai DNA.
RNAm ditransportasikan ke retikulum endoplasma.
Kemudian ribosom membaca sekuens RNAm. Untuk mengubah RNAm
kedalam bentuk protein digunakan RNAt untuk membaca sekuens RNAm.
Sekali baca ditranslasikan 3 nukleotida menjadi satu asam amino.

Syarat terjadinya transkripsi adalah adanya interaksi antara promotor dengan

enzim RNA Polimerase. Promotor merupakan pemacu transkripsi dan syarat mutlak
terjadinya transkripsi. Enzim RNA Polimerase:
a. Pada prokariotik hanya ada 1 macam RNA-Polimerase
b. Pada eukariotik ada 3 macam RNA-Polimerase (I,II,III)
Polimerase I mengkode ribosom DNA
 Polimerase II mengkode gen-gen yang bekerja selama transkripsi, pre m-RNA ,
snu-RNA, m-RNA dan sebagian kecil sn-RNA
Polimerase III mengkode t-RNA dan RNA-RNA kecil contohnya sn-RNA

Terdapat tiga tahapan, yakni:

1. Inisiasi : munculnya promoter sebagai akibat menempelnya RNA
polimerse pada bagian DNA tertentu.
2. Elongasi : terjadi selama proses transkripsi, hingga promoter berada pada
bagian akhir (terminator).
3. Terminasi : berhentinya promotor men-transkrip DNA karena terminator,
dan menghasilkan untaian m-RNA

Di dalam satu untai DNA, terdapat banyak RNA polymerase yang mampu
bekerja di sepanajng bagian tertentu, yang dapat menghasilkan m-RNA, sehingga sel
mampu menghasilkan banyak protein dengan jenis yang sama dalam waktu yang
singkat pula.

2. Translasi
Translasi merupakan proses penerjemahan kodon-kodon m-RNA dalam bentuk
polipeptida (urutan asam amino) di ribosom. Penerjemahan satu kodon menghasilkan
satu asam amino. Dimulai dengan penerjemahan kodon-kodon triplet dari awal sampai
akhir.
Tahap translasi mengikutsertakan r-RNA (ribosomal RNA). Ribosom terbagi
menjadi dua jenis yakni sub unit kecil yang tersusun atas satu m-RNA, sedangkan sub
unit besar tersusun atas dua m-RNA dan beberapa jenis protein di dalamnya. Dua sub
unit ini tidak akan menyatu selama belum terjadinya sintesis protein.
Pada proses ini dibagi menjadi tiga tahapan, yaitu: Inisiasi,Translasi,Elongasi,
dan terminasi.
a. Inisiasi
Diawali dengan menempelnya ribosom unit kecil pada bagian ujung 5 RNAd.
 RNAt pertama (inisiator) datang membawa asam amino metionin dengan
antikodon UAC pada RNAd tepat pada kodon start AUG pada posisi P.
Proses pelekatan ribosom unit besar dengan ribosom unit kecil.
Ribosom unit besar memiliki 3 posisi khusus pelekatan RNAt, yaitu A, P, dan
E. Posisi A paling kanan sebagai temat masuknya RNAt yang membsawa asam
amino. Posisi P ditengah sebagai tempat RNAt melepaskan asam amino. Posisi
E paling kiri sebagai temapt keluarnya RNAt dari ribosom.
b. Elongasi
Elongasi dimulai dengan munculnya t-RNA baru yang membawa asam amino
dan anti kodon yang baru pula.
Terjadi pergeseran t-RNA dengan asam amino pembuka (kunci-AUG) dengan t-
RNA yang baru dengan anti kodon dan asam amino baru (Sub unit besar
memilki tiga sisi atau tempat yaitu E-site, P-site dan A-site. Jadi pergeseran dari
A-site menuju ke P-site, namun pada awal pembukaan t-RNA kunci langsung
menempati A-site dan bergeser hingga lepas pada bagian E-site)
t-RNA baru datang dan kemudian terjadi pemanjangan rangkaian asam amino
yang kemudian disusun menjadi polipeptida
c. Terminasi : Polimerase melepaskan diri pada terminator (kodon terminasi)
Protein faktor pelepas mengikatktan diri pada kodon stop.
Penambahan air pada rantai polipeptida.
Translasi berhenti sebab kodon stop tidak dapat mengikat suatu aminosil RNAt.
Rantai polipeptida terlepas dari ribosom.
Prosesnya berakhir ketika ribosom melepas mRNA dan berdisosiasi menjadi
subunit 3 dan 5 kembali.
 DAFTAR PUSTAKA

Watson et al (2008). Molecular Biology of The Gene.

Colby, Diane S (1991). Ringkasan Biokimia Harper. Jakarta: EGC.

Marder SS (1993). Genetic in Biology. Fourth edition. USA: The McGraw-Hill

Companies, Inc.