Dogma sental II

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed

 Central Dogma
From DNA to RNA to Protein

RNA dapat digunakan sebagai template untuk sintesis DNA

dr. Helsy Junaidi, M.Biomed.
28/10/19 2
BLOK 1.2 FK GUNADARMA - 2019
Transkripsi
• Kandungan informasi DNA (materi genetik/gen), terdapat dlm bentuk urutan nukleotida
spesifik di sepanjang untai DNA.
• Ekspresi Gen: Gen memerintahkan pembuatan protein.
• Penyampaian informasi dari DNA sehingga menghasilkan protein dilakukan melalui 2
tahap:
• Transkripsi → menghasilkan kode genetik dalam bentuk mRNA
• Translasi → menghasilkan asam amino
• Informasi genetik dikodekan sebagai urutan triplet basa (kodon) pada mRNA, kemudian
ditranslasi menjadi asam amino spesifik selama sintesis protein
 Pengaturan Transkripsi

Transcription
Initiation
Elongation
Termination
Pengaturan inisiasi
biasanya Processing
Capping
paling penting Splicing
Polyadenylation
Turnover

Translation

Protein processing
EKSPRESI GEN
 Ekspresi Gen
Nuclear
envelope
Gen berekspresi dengan cara mengendalikan
sifat organisme DNcA
TRANSCRIPTION

Pre-mRNA
RNA PROCESSING

Pengendalian dilakukan melalui mRNA

pembentukan enzim/protein yang

berperan dalam proses metabolisme Ribosome

Pengendalian pembentukan enzim oleh gen
dilakukan melalui : dua tahap à Transkripsi
dan Translasi
TRANSLATION
(b)
Polypeptide
Eukaryotic cell. The nucleus provides a separate
compartment for transcription. The original RNA
transcript, called pre-mRNA, is processed in various
ways before leaving the nucleus as mRNA.
Untuk setiap gen, salah satu dari kedua untai DNA
berfungsi sbg cetakan transkripsi; yaitu sintesis mRNA
dgn urutan komplementer.

Aturan pasangan basa sama, kecuali Timin digantikan

oleh Urasil dalam RNA

Selama translasi, mRNA dibaca sbg

urutan triplet basa (kodon) yang
menentukan asam amino yang akan
ditambahkan sepanjang rantai
polipeptida yng sedang tumbuh
Kode Genetik

Setiap asam
amino dikode
oleh satu atau
lebih kodon
mRNA

Start codon: AUG

Stop codon: UAA,
UGA, UAG
RNA

• RNA is single stranded, not double

stranded like DNA
• RNA is short, only 1 gene long, where DNA
is very long and contains many genes
• RNA uses the sugar ribose instead of
deoxyribose in DNA
• RNA uses the base uracil (U) instead of
thymine (T) in DNA.

Table 17.1
Transkripsi
• Transkripsi adalah bagian dari ekspresi
gen yang meliputi proses penyalinan
informasi dalam DNA untuk ditranskripsi
menjadi mRNA (RNA messenger) dengan
bantuan enzim RNA polimerase
• Terdiri atas 3 tahap/fase:
• Inisiasi
• Elongasi
• Terminasi
Jenis RNA
n Messenger RNA (mRNA) – gene2 yang mengkode protein

n Ribosomal RNA (rRNA) – membentuk ribosom

n Transfer RNA (tRNA) – adaptor yang menghubungkan asam

amino amino dg mRNA selama translasi

n Small regulatory RNA – disebut juga non-coding RNA

 urutan nukleotida spesifik yang terletak
Mekanisme Transkripsi setelah awal gen, Merupakan sinyal untuk
memulai proses transkripsi
urutan nukleotida spesifik yang
menandakan akhir gen, merupakan sinyal
RNA polymerase untuk mengakhiri proses transkripsi

DNA of gene
• RNA polimerase menempel pada Promoter

Inisiasi promoter di DNA template untuk

memulai sintesis RNA
Inisiasi Terminator

Elongasi

Elongasi • Perpanjangan RNA yang disintesis

Terminasi

• RNA polimerase mencapai terminator,

RNA polymerase

Terminasi terlepas dari DNA template dan RNA

yang dihasilkan
RNA lengkap
dihasilkan
Peranan RNA polimerase
RNA
polymerase
Enzim yang mengkatalisis transkripsi: RNA polimerase

Dapat mengenali daerah promoter, yg akan membuka ikatan

RNA nucleotide
double helix pada DNA

Untai DNA
Template
RNA disintesa dari arah 5’
Arah transcripsi
ke 3’, mengikuti urutan DNA RNA yang
dihasilkan
template

Nukleotida pertama umumnya purin (A atau G)

10/28/19 15
Transkripsi pada sel eukariot
• Terjadi di dalam nukleus
• RNA eukariot bersifat monosistronik: hanya mengkode satu protein
• RNA polimerase pada sel eukariot
• RNA polimerase I terletak pada nukleolus dan mentranskrip gen RNA
Ribosom menghasilkan rRNA
• RNA polimerase II mentranskripsi gen mRNA, menghasilkan mRNA
• RNA polimerase III mentranskripsi tRNA, memproduksi small RNAs,
mematangkan mRNA dan transpor protein, yaitu small nuclear RNAs
(snRNA) dan small cytoplasmic RNA ( scRNA).
Transkripsi pada sel eukariot lanjutan
• Setiap jenis RNA polimerase mengenal
daerah spesifik, termasuk start point
pada saat transkripsi
• Komponen/protein lain yang berperan
dlm transkripsi DNA sel eukariot:
• Enhancer
• Faktor transkripsi
• Promoter
• Transkripsi dan translasi terjadi pada
kompartemen sel yang berbeda,
transkripsi terjadi di nukleus dan
translasi di luar nukleus.
 Penguat ( Enchancer )

• Enhancer merupakan
penambahan urutan regulator
• Enhancer : urutan DNA atau
protein pengikat (binding
protein) yg dpt meningkatkan
transkripsi gen spesifik
• Tempat: Upstream atau
downsteam dari start site
transkripsi, umumnya pada
daerah upstream.

10/28/19 18
 Faktor Transkripsi

• Protein khusus yang meregulasi ekspresi gen dengan

mengontrol transkripsi
• Fungsi:
• Mengikat urutan DNA spesifik
• Mengikat RNA polimerase II membentuk kompleks DNA –
protein
• Merespons stimulus beberapa jenis sinyal, mempengaruhi
interaksi protein-protein atau DNA-protein.

10/28/19 19
Tiga Tipe Urutan Promoter DNA Eukariot

• TATA box (Hogness box), pada 25 – 35 bp

upstream dari start site

• Promoter alternatif disebut initiator, yang

mempunyai satu sitosin (C) pada posisi -1
dan satu adenin (A) pada posisi +1 start site

• Kelompok CpG, dinukleotida upstream start

site yang akan dikenali oleh Faktor
Transkripsi

10/28/19 20
Sintesis mRNA Eukariot
• RNA polimerase mensintesis mRNA, sebagai primary transcript, disebut juga hnRNA (heterogenus
nuclear RNA).
• Pada eukariot, setelah proses transkripsi mRNA melewati beberapa tahap penyempurnaan sebelum
keluar dari nukleus (proses post-transkripsi), yaitu:
• Caping RNA pada ujung 5’:
• Pemberian ‘tutup’/pelindung (cap) berupa guanin yang termodifikasi dan tetap menempel
selama transkripsi
• Fungsi:
• melindungi mRNA dari perombakan/degradasi oleh enzim hidrolitik (nuklease dan
fosfatase)
• Membantu proses translasi (membantu perlekatan ribosom pada mRNA)
• Penambahan poli A (poliadenilasi) pada ujung 3’ oleh poli(A) polimerase
• Fungsi: mempermudah ekspor mRNA dari nukleus
• Pemotongan dan penyambungan mRNA (splicing), sehingga menghasilkan mRNA matang.

10/28/19 21
 A modified guanine nucleotide 50 to 250 adenine nucleotides
added to the 5¢ end added to the 3¢ end

TRANSCRIPTION DNA

RNA PROCESSING Pre-mRNA

Protein-coding segment Polyadenylation signal
5¢
3¢
mRNA

G P P P AAUAAA AAA…AAA
Ribosome

TRANSLATION
Start codon Stop codon
5¢ Cap 5¢ UTR 3¢ UTR Poly-A tail
Polypeptide

Penambahan po;I A pada ujung 3’ Penambahan mRNA cap pada ujung 5’:
à stabilitas mRNA à Melindungi mRNA dari degradasi
à mRNA umur Panjang jika dibandingkan tanpa poli A à Meningkatkan efisiensi mRNA
à Peningkatan efisiensi translasi mRNA à Meningkatkan pengangkutan mRNA ke sitoplasma
à Kemampuan mengikat ribosom lebih tinggi à Meningkatkan efisensi proses spilicing mRNA
 Proses Post-Transkripsi

• Ekson: daerah pengkode dari suatu gen eukariotik yang diekspresikan (mengkode protein)
• Intron: urutan penyela, bukan pengkode, yang terdapat di dalam gen eukariotik dan
memisahkan ekson dari ekson lainnya
10/28/19 23
RNA Processing - Splicing
• mRNA mengandung bagian ekson (segmen
pengkode) dan intron (segmen non-pengkode),
ekson terlihat pada mature mRNA
• Proses pembuangan intron disebut splicing
• Dikatalisis oleh kompleks ribonukleoprotein
disebut spliceosome, yang mgd snRNA dan
berinteraksi dengan pre-mRNA
• snRNA bergabung dengan protein dinamakan
snurp (small nuclear ribonucleoprotein)
• Terdapat 5 jenis snurp : U1,U2, U4, U5 dan U6

10/28/19 24
Deret DNA yang ditemukan pada area
promoter inti dari gen eukariota
Mengarahkan RNA polymerase II ke area
transkripsi
• Translasi adalah proses menterjemahkan
urutan nukleotida (kode genetik) yang
berlangsung pada ribosom di dalam
sitoplasma
• Kode genetik diterjemahkan menjadi
urutan asam amino
• Kode genetik dibaca dalam bentuk triplet,
yang mewakili 20 asam amino
• Satu unit triplet yang terdiri dari 3
nukleotida disebut kodon.
• Setiap triplet dibaca dari urutan 5’ ke 3’
• Satu unit kodon akan berkomplemen
dengan antikodon di tRNA
• Stop Kodon adalah UUA, UAG, UGA
• Tahap inisiasi, dilakukan oleh tRNA
inisiator, dengan kodon pertama AUG
dikenal dengan tRNAf met, untuk
metionin
• Kodon harus dikenal oleh amioacyl-
tRNA, sehingga asam amino akan
berurutan
 Tahap translasi

• Molekul ribosom melekatkan diri dengan mRNA untuk

INISIASI memulai pembentukan protein

• ribosom bergerak sepanjang mRNA dari jung satu ke

ELONGASI ujung yang lain

• pemanjangan berlangsung sampai akhir informasi yang

TERMINASI ditandai kodon stop UUA, UAG,dan UGA
 Pembentukan ikatan peptida
Polipeptida baru
4
1 Polipeptida Tahap Elongasi
Tahap mRNA ditranskripsi
dari DNA template. Sejumlah mRNA menambahkan
asam amino ke rantai
polipeptida, secara satu per satu.

Polipeptida
mRNA Kodon 2
Tahap Setiap asam amino menempel
pada tRNA yang tepat dengan bantuan
enzim spesifik dan ATP 5
Anticodon
Tahap Terminasi
Ribosom mengenali stop kodon.
Sintesis polipeptida diakhiri dan
polipeptida dilepaskan.
Large
ribosomal subunit 3
Tahap Inisiasi sintesis polipeptida

Initiator Kodon mRNA, tRNA yang pertama, dan

tRNA subunit ribosoma berkumpul
bersama.
Start Codon
Small
ribosomal
subunit