Chromosome

Transkripsi & GENE

DNA unpacking
Other changes
to DNA

Translasi RNA transcript

TRANSCRIPTION
Exon

Intron
GENE

Addition of

DNA cap and tail

Splicing
Cap
Tail

mRNA in nucleus
NUCLEUS
Flow
through
nuclear envelope
mRNA in cytoplasm
CYTOPLASM

Breakdown of mRNA

Translation Broken-
down
mRNA
Polypeptide

Biologi Sel Cleavage/modification/

activation

Semester I ACTIVE PROTEIN

Breakdown
(2018-2019) of protein

Broken-
1 12/21/2019
down
protein
 Pendahuluan

 Kandungan informasi DNA (materi genetik/gen),

terdapat dlm bentuk urutan nukleotida spesifik di
sepanjang untai DNA.
 Ekspresi Gen: Gen memerintahkan pembuatan
protein.
 Penyampaian informasi dari DNA sehingga
menghasilkan protein dilakukan melalui 2 tahap:
 Transkripsi → menghasilkan kode genetik
dalam bentuk mRNA
 Translasi → menghasilkan asam amino
 Informasi genetik dikodekan sebagai urutan triplet
basa (kodon) pada mRNA, kemudian ditranslasi
menjadi asam amino spesifik selama sintesis protein

12/21/2019 2 12/21/2019 2
 Skema Umum Proses
Transkripsi dan Translasi
a) Pada sel prokariot,
proses transkripsi dan
translasi berlangsung
dalam bagian sel yang
sama
b) Pada sel eukariot,
Proses transkripsi dan
translasi berlangsung
dalam bagian yg
berbeda; transkripsi
terjadi di dalam
nukleus, sedangkan
translasi berlangsung
di luar nukleus

12/21/2019 3 12/21/2019 3
 Untuk setiap gen, salah
satu dari kedua untai
DNA berfungsi sbg
cetakan transkripsi; yaitu
sintesis mRNA dgn urutan
komplementer.

Aturan pasangan basa

sama, kecuali Timin
digantikan oleh Urasil
dalam RNA

Selama translasi, mRNA

dibaca sbg urutan triplet
basa (kodon) yang
menentukan asam amino
yang akan ditambahkan
sepanjang rantai
polipeptida yng sedang
tumbuh
12/21/2019 4 12/21/2019 4
 Kode Genetik:
Kombinasi Kodon
Penyusun Asam Amino
20 Asam amino:
Phe, Leu, Ile, Met, Val,
Ser, Pro, Thr, Ala, Tyr,
His, Gln, Asn, Lys, Asp,
Glu, Cys, Trp, Arg, Gly

Setiap asam amino dikode

oleh satu atau lebih kodon
mRNA

Start codon: AUG

Stop codon: UAA, UGA,
UAG

12/21/2019 5 12/21/2019 5
 Transkripsi

 Transkripsi adalah bagian dari ekspresi gen

yang meliputi proses penyalinan informasi
dalam DNA untuk ditranskripsi menjadi
mRNA (RNA messenger) dengan bantuan
enzim RNA polimerase
 Terdiri atas 3 tahap/fase:
 Inisiasi
 Elongasi
 Terminasi

12/21/2019 6 12/21/2019 6
 Mekanisme Transkripsi
3 tahapan transkripsi:
RNA polymerase 1. Inisiasi: RNA polimerase menempel
DNA of gene pada promoter di DNA template
Promoter untuk memulai sintesis RNA
Terminator
Inisiasi
(Promoter: urutan nukleotida
spesifik yang terletak setelah awal
gen, Merupakan sinyal untuk
memulai proses transkripsi)
2. Elongasi: Perpanjangan RNA yang
Elongasi
disintesis
3. Terminasi: RNA polimerase
mencapai terminator, terlepas dari
Terminasi
DNA template dan RNA yang
RNA
dihasilkan
(Terminator: urutan nukleotida
spesifik yang menandakan akhir
gen, merupakan sinyal untuk
RNA polymerase
RNA lengkap mengakhiri proses transkripsi)
12/21/2019 7 dihasilkan 12/21/2019 7
 Peranan RNA polimerase
Enzim yang mengkatalisis RNA
transkripsi: RNA polimerase polymerase
Dapat mengenali daerah
promoter, yg akan membuka RNA nucleotide
ikatan double helix pada
DNA
RNA disintesa dari arah 5’
ke 3’, mengikuti urutan DNA
template
Nukleotida pertama umumnya
purin (A atau G) Untai DNA
Template

Arah transkripsi
RNA yang
dihasilkan

12/21/2019 8 12/21/2019 8
 Transkripsi pada sel Prokariot

 Contoh: pada bakteri E. coli

 Enzim RNA polimerase terdiri dari 5 subunit, dengan
komposisi α2ββδ
 Badan enzim RNA polimerase, dipandu oleh faktor ς
(sigma), berikatan dengan promoter, menginduksi
pembukaan terbatas pada DNA (local unwinding)
 Faktor ς : kelompok protein yang berperan dalam
pengikatan RNA polimerase dengan daerah promoter
pada proses inisiasi transkripsi
 Daerah promoter ditandai dengan urutan basa TATA
(Pribnow box), tdd 10 psg basa, merupakan titik
inisiasi transkripsi

12/21/2019 9 12/21/2019 9
 Transkripsi pada Prokariot lanjutan…….

 Enzim mengkatalisis ikatan fosfodiester

antar nukleotida
 Ujung 5’ tidak dilepaskan dari DNA sampai
transkripsi selesai
 RNA Prokariot bersifat polisistronik:
 menghasilkan lebih dari satu rantai
polipeptida
 RNA messenger memiliki darah-daerah yang
mengkode satu protein atau lebih

12/21/2019 10 12/21/201910
 Proses Transkripsi Pada Sel Prokariot:
Peranan Faktor ς (sigma) dan Faktor ρ
(rho) Terdapat suatu urutan
konsensus (Consensus
Sequence) yaitu urutan
nukleotida yang umum
ditemukan pada beragam
promoter
Pada daerah untai
nonsense sekitar 10 pasang
basa (pb) sebelum inisiasi
transkripsi (-10) memiliki
konsensus:
5’ – TATAAT – 3’
Pada daerah lainnya: pada
35 pb (-35) memiliki
konsensus:
5’ – TTGACA – 3’
Faktor ς (sigma)
membantu pengikatan RNA
12/21/2019 11 polimerase ke promoter
12/21/201911
 Proses Transkripsi Pada Sel Prokariot:
Peranan Faktor ς (sigma) dan Faktor ρ (rho)

Faktor ς (sigma) akan

terlepas dari RNA
polimerase setelah proses
inisiasi selesai
Faktor ρ (Rho): protein
yang berperan pada proses
terminasi

12/21/2019 12 12/21/201912
 Transkripsi pada sel eukariot

 Terjadi di dalam nukleus

 RNA eukariot bersifat monosistronik: hanya
mengkode satu protein
 RNA polimerase pada sel eukariot
 RNA polimerase I terletak pada nukleolus dan
mentranskrip gen RNA Ribosom menghasilkan rRNA
 RNA polimerase II mentranskripsi gen mRNA,
menghasilkan mRNA
 RNA polimerase III mentranskripsi tRNA,
memproduksi small RNAs, mematangkan mRNA dan
transpor protein, yaitu small nuclear RNAs
(snRNA) dan small cytoplasmic RNA ( scRNA).

12/21/2019 13 12/21/201913
 Transkripsi pada sel eukariot lanjutan…….

 Setiap jenis RNA polimerase mengenal daerah spesifik,

termasuk start point pada saat transkripsi
 Komponen/protein lain yang berperan dlm transkripsi DNA sel
eukariot:
 Enhancer
 Faktor transkripsi
 Promoter
 Transkripsi dan translasi terjadi pada kompartemen sel yang
berbeda, transkripsi terjadi di nukleus dan translasi di luar
nukleus.

12/21/2019 14 12/21/201914
 Penguat ( Enchancer )

 Enhancer merupakan
penambahan urutan
regulator
 Enhancer : urutan DNA
atau protein pengikat
(binding protein) yg dpt
meningkatkan transkripsi
gen spesifik
 Tempat: Upstream atau
downsteam dari start site
transkripsi, umumnya pada
daerah upstream.

12/21/2019 15 12/21/201915
 Faktor Transkripsi

 Protein khusus yang meregulasi ekspresi gen

dengan mengontrol transkripsi
 Fungsi:
 Mengikat urutan DNA spesifik
 Mengikat RNA polimerase II membentuk
kompleks DNA – protein
 Merespons stimulus beberapa jenis sinyal,
mempengaruhi interaksi protein-protein
atau DNA-protein.
12/21/2019 16 12/21/201916
 Tiga Tipe Urutan Promoter DNA
Eukariot

 TATA box (Hogness box), pada 25 –

35 bp upstream dari start site
 Promoter alternatif disebut
initiator, yang mempunyai satu
sitosin (C) pada posisi -1 dan satu
adenin (A) pada posisi +1 start site
 Kelompok CpG, dinukleotida upstream
start site yang akan dikenali oleh
Faktor Transkripsi

12/21/2019 17 12/21/201917
 Sintesis mRNA Eukariot

 RNA polimerase mensintesis mRNA, sebagai primary transcript,

disebut juga hnRNA (heterogenus nuclear RNA).
 Pada eukariot, setelah proses transkripsi mRNA melewati beberapa
tahap penyempurnaan sebelum keluar dari nukleus (proses post-
transkripsi), yaitu:
 Caping RNA pada ujung 5’:
• Pemberian ‘tutup’/pelindung (cap) berupa guanin yang
termodifikasi dan tetap menempel selama transkripsi
• Fungsi:
• melindungi mRNA dari perombakan/degradasi oleh enzim
hidrolitik (nuklease dan fosfatase)
• Membantu proses translasi (membantu perlekatan
ribosom pada mRNA)
 Penambahan poli A (poliadenilasi) pada ujung 3’ oleh poli(A)
polimerase
• Fungsi: mempermudah ekspor mRNA dari nukleus
 Pemotongan dan penyambungan mRNA (splicing), sehingga
menghasilkan mRNA matang.
12/21/2019 18 12/21/201918
 Proses Post-Transkripsi

 Ekson: daerah pengkode dari suatu gen eukariotik

yang diekspresikan (mengkode protein)
 Intron: urutan penyela, bukan pengkode, yang terdapat
di dalam gen eukariotik dan memisahkan ekson dari
12/21/2019 19 ekson lainnya 12/21/201919
 Splicing
 mRNA mengandung bagian ekson (segmen pengkode) dan
intron (segmen non-pengkode), ekson terlihat pada
mature mRNA
 Proses pembuangan intron disebut splicing
 Dikatalisis oleh kompleks ribonukleoprotein disebut
spliceosome, yang mgd snRNA dan berinteraksi dengan
pre-mRNA
 snRNA bergabung dengan protein dinamakan snurp (small
nuclear ribonucleoprotein)
 Terdapat 5 jenis snurp : U1,U2, U4, U5 dan U6

12/21/2019 20 12/21/201920
 Perbandingan Transkripsi Pada Eukariot dan
Prokariot

Eukaryotes Prokaryotes

Tempat Transkripsi dan translasi Transkripsi dan translasi

berlangsungnya berlangsung dalam kompartemen sel berlangsung dalam kompartemen
Transkripsi yang berbeda sel yang sama
RNA Polymerase Terdapat 3 kelompok : RNA polymerase tunggal
RNA pol I
RNA pol II
RNA pol III
Primer Dihasilkan sebelum berlangsungnya Langsung digunakan dalam proses
translasi translasi
Promoter Daerah promoter memiliki 2 urutan a.TATAAT (Pribnow box) pada
basa: basa – 10 dari titik awal
a.TATA box pada basa – 25 dari b.TTGACA dekat ke titik awal
titik awal (- 35)
b.GC and CAAT terletak jauh
dari titik awal

12/21/2019 21 12/21/201921
 Translasi
 Translasi adalah proses menterjemahkan urutan
nukleotida (kode genetik) yang terdapat pada
mRNA, dan berlangsung pada ribosom di dalam
sitoplasma
 Kode genetik diterjemahkan menjadi urutan
asam amino
 Kode genetik dibaca dalam bentuk triplet, yang
mewakili 20 asam amino
 Satu unit triplet yang terdiri dari 3 nukleotida
disebut kodon.
 Setiap triplet dibaca dari urutan 5’ ke 3’

12/21/2019 22 12/21/201922
 Translasi (lanjutan)...

 Satu unit kodon akan berkomplemen dengan

antikodon di tRNA
 Start Kodon adalah AUG
 Stop Kodon adalah UUA, UAG, UGA
 Kodon harus dikenal oleh amioacyl-tRNA, sehingga
asam amino akan berurutan
 Tahapan translasi:
 1. Inisiasi
 2. Elongasi
 3. Terminasi
12/21/2019 23 12/21/201923
 Tahapan Translasi:
1. Inisiasi
 Pembentukan kompleks inisiasi yang terdiri dari molekul
mRNA, subunit ribosom kecil, tRNA inisiator dengan
antikodon UAC dan asam amino metionin, dan subunit
ribosom besar

Large
Initiator tRNA ribosomal
subunit
P site
A site

Start
codon Small ribosomal
mRNA subunit

24 12/21/2019

1 2
 Tahapan Translasi:
2. Elongasi
 Penambahan asam amino satu per satu pada asam
amino pertama untuk membentuk polipeptida
 Terdiri dari 3 tahap:
1. Pengenalan kodon: tRNA aminoasil yg baru datang terikat pada
kodon di A-site
2. Pembentukan ikatan peptida: ribosom mengkatalisis pembentukan
ikatan peptida antara asam amino baru dgn ujung karboksil dari
polipeptida yg sedang tumbuh
3. Translokasi tRNA: tRNA pada A-site dipindahkan ke P-site dgn
membawa mRNA, sedangkan tRNA pada P-site dipindahkan ke
E-site dan dikeluarkan dari ribosom. Pergeseran mRNA
sebanyak 1 kodon.
Setelah translokasi, ribosom siap menerima tRNA
aminoasil
25
berikutnya 12/21/2019
 Amino acid

Polypeptide
A
P site site
Anticodon

mRNA
1 Codon recognition

 3 Tahap
Elongasi: mRNA
movement

1. Pengenalan
kodon Stop
codon
2. Pembentukan
New
ikatan peptida peptide
2 Peptide bond
formation
bond
3. Translokasi
tRNA

3 Translocation
26 12/21/2019
Tahapan Translasi:
3. Terminasi
 Kodon stop mencapai A-site pada
ribosom
 Pengikatan suatu protein release
factor pada kodon stop
 Hidrolisis polipeptida yang telah
terbentuk
 Polipeptida terlepas dari ribosom.

27 12/21/2019
 Proses Transkripsi & Translasi

Transkripsi
DNA

Tahap 1 mRNA
RNA ditranskripsi
mRNA polymerase dari DNA
Polipeptida
Asam template. Tahap 4 Elongasi
amino Enzim Sejumlah mRNA
Tahap 2 Setiap asam menambahkan asam
Initiator amino menempel pada amino ke rantai
tRNA tRNA yang tepat dengan polipeptida, secara satu
bantuan enzim spesifik per satu.
Antikodon dan ATP
Large
ribosomal Tahap 3 Inisiasi Polipeptida
subunit sintesis polipeptida
Kodon mRNA, tRNA yang Tahap 5 Terminasi
pertama, dan subunit
Start ribosoma berkumpul Ribosom mengenali stop
Codon kodon. Sintesis
bersama.
Small polipeptida diakhiri dan
ribosomal polipeptida dilepaskan.
28 subunit 12/21/2019
 Pemrosesan Polipeptida
Menjadi Protein Fungsional
 Rantai polipeptida menggulung & melipat secara spontan,
membentuk protein fungsional dgn konformasi spesifik
(struktur sekunder & tersier yg menghasilkan bentuk
protein 3 dimensi)

 Protein chaperone membantu proses pelipatan polipeptida

 Dapat terjadi:
 modifikasi asam amino, penambahan gugus gula, lipid,
fosfat, dll.
 pemotongan suatu bagian dari rantai polipeptida
 penggabungan beberapa rantai polipeptida menjadi subunit-
subunit protein → membentuk struktur kuarterner protein
29 12/21/2019
 Struktur Primer & Sekunder
Protein

Primary
structure
Amino acid

Secondary
structure

Pleated sheet
Alpha helix

30 12/21/2019
 Struktur Tersier &
Kuarterner Protein

Tertiary
structure
Polypeptide
(single subunit
of transthyretin)

Quaternary
structure
Transthyretin, with four
identical polypeptide subunits

31 12/21/2019
Alhamdulillah..

Persiapkan UAS
Dengan sebaik-baiknya…

32 12/21/2019