Dogma Sentral

replication
Sintesis Protein

 Isi informasi dari DNA adalah dalam

bentuk urutan tertentu dari nukleotida
di sepanjang untai DNA
 DNA diwariskan oleh organisme
mengarah ke sifat-sifat tertentu
dengan mendikte sintesis protein
 Proses dimana DNA mengarahkan
sintesis protein, ekspresi gen meliputi
dua tahap, yang disebut transkripsi
dan translasi
Transkripsi dan Translasi
 Sel diatur oleh rantai komando seluler
 DNA RNA  protein
 Transkripsi
 Adalahsintesis RNA di bawah arahan DNA
 Menghasilkan messenger RNA (mRNA)
 Translasi
 Adalah sintesis yang sebenarnya dari
polipeptida, yang terjadi di bawah arahan
mRNA
 Terjadi pada ribosom
 Transkripsi dan Translasi
 Dalam prokariota transkripsi dan translasi terjadi bersama-
sama

DNA
TRANSCRIPTION

mRNA
Ribosome
TRANSLATION

Polypeptide

(a) Prokaryotic cell. In a cell lacking a nucleus, mRNA

produced by transcription is immediately translated
Figure 17.3a without additional processing.
Transkripsi dan Translasi
 Dalam sel eukariotik selubung nukleus
memisahkan transkripsi dari translasi
 pengolahan RNA terjadi di dalam nukleus

Nuclear
envelope

TRANSCRIPTION DNA

Pre-mRNA
RNA PROCESSING

mRNA

Ribosome

TRANSLATION
(b) Eukaryotic cell. The nucleus provides a separate
Polypeptide compartment for transcription. The original RNA
transcript, called pre-mRNA, is processed in various
ways before leaving the nucleus as mRNA.
Transkrispsi
 Transkripsi adalah sintesis
RNA yg diarahkan DNA
 Sintesis RNA
 Dikatalisis oleh RNA polimerase, yang
menempel untai DNA terpisah dan
berkait bersama-sama nukleotida RNA
 Mengikuti aturan-aturan dasar-
pasangan yang sama seperti DNA,
kecuali bahwa dalam RNA, pengganti
urasil untuk timin
RNA
 RNA adalah single stranded, tidak ganda beruntai seperti
DNA
 RNA pendek, hanya 1 gen yang panjang, di mana DNA
sangat panjang dan mengandung banyak gen
 RNA menggunakan gula ribosa bukan deoksiribosa di DNA
 RNA menggunakan basis urasil (U) bukan timin (T) di DNA.

Table 17.1
 Sintesis Transkrip RNA

 Tahapan Promoter
Transcription unit

trankripsi
5 3
3 5
DNA
Start point
RNA polymerase 1 Initiation. After RNA polymerase binds to
 Initiation the promoter, the DNA strands unwind, and
the polymerase initiates RNA synthesis at the

 Elongation start point on the template strand.

5 3
3 5

 Termination Unwound RNA

Template strand of
DNA
DNA transcript
2 Elongation. The polymerase moves downstream, unwinding the
DNA and elongating the RNA transcript 5  3 . In the wake of
Rewound transcription, the DNA strands re-form a double helix.

RNA
5 3
3 3 5
5

RNA
transcript
3 Termination. Eventually, the RNA
transcript is released, and the
polymerase detaches from the DNA.

5 3
3 5

5 3
Completed RNA
transcript
 Sintesis RNA- Inisiasi
 Promotor memberi TRANSCRIPTION

RNA PROCESSING
DNA

Pre-mRNA
1 Eukaryotic promoters

sinyal inisiasi sintesis mRNA

RNA
TRANSLATION Ribosome

Polypeptide
Promoter

faktor transkripsi
5 T A T A A AA 3
 3 AT AT T T T 5

membantu eukariotik
TATA box Start point Template
DNA strand

RNA polimerase 2 Several transcription

factors

mengenali urutan Transcription

factors

promotor 5
3
3
5
3 Additional transcription

 Urutan DNA promoter factors

penting disebut TATA

box.
RNA polymerase II
Transcription factors

5 3
3 5 5
RNA transcript
Transcription initiation complex
Sintesis RNA - Elongasi
 RNA polimerase mensintesis untai tunggal RNA terhadap untai
DNA template (anti-akal strand), menambahkan nukleotida ke
ujung 3 'dari rantai RNA
 RNA polimerase bergerak di sepanjang DNA utk menguraikan
double helix, memegang 10 sampai 20 basis DNA pada suatu
waktu untuk memasangkannys nukleotida RNA

Elongation Non-template
strand of DNA
RNA nucleotides

RNA
polymerase

T C C A A
A
3
3 end
U
A E G C A
5

T A G G T T

Direction of transcription
5 Template
(“downstream”)
strand of DNA

Newly made
RNA
Sintesis RNA- Terminasi

• urutan tertentu dalam pemutusan sinyal

DNA transkripsi
• Ketika salah satu dari ini yang dihadapi
oleh polimerase, transkrip RNA dilepaskan
dari DNA dan double helix dapat zip lagi.
Transcription Overview
 Proses Post Terminasi RNA
 Sebagian besar mRNA eukariotik tidak siap untuk diterjemahkan ke dalam protein
secara langsung setelah ditranskripsi dari DNA. mRNA membutuhkan pengolahan.
 Pengolahan transkripsi RNA terjadi dalam inti. Setelah ini, messenger RNA bergerak
ke sitoplasma untuk terjemahan.

 sel menambahkan topi pelindung pada salah satu ujung, dan ekor dari A ke ujung
yang lain. Ini baik fungsi untuk melindungi RNA dari enzim yang akan
mendegradasi

 Sebagian besar genom terdiri dari daerah non-coding disebut intron

 daerah non-coding mungkin memiliki fungsi kromosom tertentu atau memiliki tujuan
pengaturan

 Intron juga memungkinkan untuk alternatif splicing RNA

 Dengan demikian, salinan RNA dari gen diubah menjadi RNA pembawa pesan
dengan melakukan 2 hal:

 Tambahkan basis pelindung ke ujung

 Potong intron
 Pengubahan Ujung mRNA
 Setiap ujung pre-mRNA diubah
 ujung 5’ menerima modifikasi nukleotida cap
 ujung 3’ ditambahkan ekor poli-A

A modified guanine nucleotide 50 to 250 adenine nucleotides

added to the 5 end added to the 3 end
TRANSCRIPTION DNA

RNA PROCESSING Pre-mRNA Protein-coding segment Polyadenylation signal

5
3
mRNA
G P P P AAUAAA AAA…AAA
Ribosome
TRANSLATION
Start codon Stop codon
5 Cap 5 UTR 3 UTR Poly-A tail
Polypeptide
 Proses RNA - Splicing
 Transkrip asli dari DNA
yang disebut pre-
mRNA.

 Ini berisi transkrip dari

kedua intron dan
ekson.

 intron dikeluarkan
melalui proses yang
disebut splicing untuk
menghasilkan
messenger RNA
(mRNA)
 Proses RNA- Splicing
 Ribozymes adalah molekul RNA katalitik
yang berfungsi sebagai enzim dan dapat
splice RNA
 Proses splicing RNA membuang intron dan
menyambungkan5 Exon
ekson
Intron Exon Intron Exon 3
TRANSCRIPTION DNA Pre-mRNA 5 Cap Poly-A tail
1 30 31 104 105 146
RNA PROCESSING Pre-mRNA

mRNA
Coding Introns cut out and
segment exons spliced together
Ribosome

TRANSLATION

Polypeptide
mRNA 5 Cap Poly-A tail
1 146
3 UTR 3 UTR

Figure 17.10
Proses RNA
 Splicing RNA dapat dilakukan olehspliceosomes
RNA transcript (pre-mRNA)
5
Exon 1 Intron Exon 2

Protein
1 Other proteins
snRNA

snRNPs
Spliceosome

2 5

Spliceosome
components
Cut-out
intron
3
mRNA
5
Exon 1 Exon 2
Alternative Splicing (of
Exons)
 Bagaimana mungkin bahwa ada
jutaan antibodi manusia ketika hanya
ada sekitar 30.000 gen?
 splicing alternatif mengacu pada
cara yang berbeda ekson gen dapat
dikombinasikan, memproduksi
berbagai bentuk protein dalam
wilayah gen-coding yang sama
 Alternatif pre-mRNA splicing
merupakan mekanisme penting untuk
mengatur ekspresi gen pada
eukariota lebih tinggi
Proses RNA
 Protein sering memiliki arsitektur modular
yang terdiri dari wilayah struktural dan
fungsional diskrit disebut domain
 Dalam banyak kasus ekson yang
berbeda kode untuk domain yang
berbeda dalam protein Gene
DNA
Exon 1 Intron Exon 2 Intron Exon 3
Transcription
RNA processing
Translation

Domain 3

Domain 2
Domain 1

Figure 17.12 Polypeptide

 Translasi

 Translasi adalah Sintesis TRANSCRIPTION DNA

protein menggunakan TRANSLATION

mRNA
Ribosome

RNA Polypeptide

 Translasi melibatkan Amino

acids
Polypeptide
 mRNA
tRNA with
 Ribosomes - Ribosomal RNA amino acid
Ribosome attached
 Transfer RNA
 Genetic coding - codons Gly

tRNA

Anticodon
A A A
U G G U U U G G C

5 Codons 3
mRNA
Kode Genetik
 informasi genetik dikodekan sebagai urutan triplet basa
nonoverlapping, atau kodon
 gen menentukan urutan basa sepanjang molekul mRNA

DNA Gene 2
molecule
Gene 1
Gene 3

DNA strand 3 5
(template) A C C A A A C C G A G T

TRANSCRIPTION

U G G U U U G G C U C A
mRNA 5 3
Codon
TRANSLATION

Protein Trp Phe Gly Ser

Amino acid
Kode Genetik

 Kodon: 3 kode dasar untuk produksi asam amino tertentu,

urutan tiga dari empat nukleotida yang berbeda

 Karena ada 4 basis dan 3 posisi di setiap kodon, ada 4 x 4

x 4 = 64 mungkin kodon

 64 kodon tetapi hanya 20 asam amino, oleh karena itu

sebagian besar memiliki lebih dari 1 kodon

 3 dari 64 kodon digunakan sebagai sinyal BERHENTI/STOP;

mereka ditemukan pada akhir setiap gen dan menandai
akhir dari protein

 Satu kodon digunakan sebagai sinyal AWAL/START: itu

adalah pada awal setiap protein

 Universal: dalam semua organisme hidup

Kode Genetik
 Sebuah kodon pada RNA messenger
diterjemahkan baik ke dalam asam amino atau
berfungsi sebagai signal START/STOP trranslasi
Second mRNA base
U C A G
UUU UCU UAU UGU U
Phe Tyr Cys
UUC UCC UAC UGC C
U
UUA UCA Ser UAA Stop UGA Stop A
UUG Leu UCG UAG Stop

Third mRNA base (3 end)

UGG Trp G
First mRNA base (5 end)

CUU CCU CAU CGU U

His
CUC CCC CAC CGC C
C Leu CCA Pro Arg
CUA CAA CGA A
Gln
CUG CCG CAG CGG G
AUU ACU AAU AGU U
Asn
A
AUC lle ACC AAC AGC Ser C
Thr
AUA ACA AAA AGA A
Met or Lys Arg
AUG start ACG AAG AGG G
GUU GCU GAU GGU U
G GUC GCC GAC Asp GGC C
Val Ala Gly
GUA GCA GAA GGA A
GUG GCG GAG Glu GGG G
 Transfer RNA (tRNA)
 Terdiri dari untai RNA tunggal yang hanya sekitar 80
nukleotida panjangnya
 Setiap tRNA membawa asam amino spesifik pada salah
satu ujung dan antikodon di ujung lain
 Sebuah kelompok enzim khusus dari enzim akan
memasangkan molekul tRNA yang tepat dengan asam
amino yang sesuai.
 tRNA membawa asam amino ke ribosom,
3
Amino acid A
C
attachment site C
A 5
C G
The “anticodon” is the 3 RNA bases that G C
C G
matches the 3 bases of the codon on the U G
U A
mRNA molecule A U
U C A U
* C A C AG UA A G *
G * C U C
G U G U G
*
C * C G A G
* * U C * A G G
* G AG C
(a) Two-dimensional structure. The four base-paired regions and three G C Hydrogen
loops are characteristic of all tRNAs, as is the base sequence of the U A bonds
amino acid attachment site at the 3 end. The anticodon triplet is * G
A
unique to each tRNA type. (The asterisks mark bases that have been A* C
chemically modified, a characteristic of tRNA.) * U
A G
A
Anticodon
 tRNA

 3 dimensi tRNA membentuk “L”

5 Amino acid
attachment site
3

Hydrogen
bonds

A AG

3 5
Anticodon
Anticodon
(c) Symbol used
(b) Three-dimensional structure in the book
 Ribosom
 Ribosom memfasilitasi kopling Spesifik anticodons tRNA
DENGAN kodon mRNA
 2 subunit ribosom dibangun dari protein dan molekul RNA
yang bernama ribosomal RNA or rRNA

TRANSCRIPTION DNA

mRNA
Ribosome
TRANSLATION

Polypeptide
Exit tunnel
Growing
polypeptide
tRNA
molecules
Large
subunit
E
P A

Small
subunit

5
mRNA 3
(a) Computer model of functioning ribosome. This is a model of a bacterial
ribosome, showing its overall shape. The eukaryotic ribosome is roughly
similar. A ribosomal subunit is an aggregate of ribosomal RNA molecules
and proteins.
 Ribosom
 3 situs pengikatan ribosom dg tRNA
 The P site
 The A site
P site (Peptidyl-tRNA
 The E site binding site)
A site (Aminoacyl-
tRNA binding site)
E site
(Exit site)
Large
subunit
E P A

mRNA
binding site Small
subunit

(b) Schematic model showing binding sites. A ribosome has an

mRNA binding site and three tRNA binding sites, known as the A, P,
and E sites. This schematic ribosome will appear in later diagrams.
 Pembentukan Polipeptida
Amino end Growing polypeptide

Next amino acid

to be added to
polypeptide chain

tRNA

mRNA 3

Codons
5

(c) Schematic model with mRNA and tRNA. Sebuah tRNA pas dan cocok dalam situs pengikatan
ketika antikodon berpasangan dengan kodon mRNA. Situs P memegang tRNA melekat pada
polipeptida yang sedang dibentuk. Situs A memegang tRNA membawa asam amino berikutnya yang
akan ditambahkan ke rantai polipeptida. tRNA mRNA meninggalkan melalui situs E.
Pembentukan Polipeptida
 Kita dapat membagi terjemahan ke dalam tiga tahap
 Inisiasi
 Pemanjangan/elongasi
 Penghentian/terminasi
 The AUG kodon start dikenali oleh methionyl-tRNA atau
Met
 Setelah kodon start telah diidentifikasi, ribosom
menggabungkan asam amino menjadi rantai
polipeptida
 RNA diterjemahkan oleh tRNA (transfer RNA) molekul,
yang masing-masing mentransport asam amino spesifik
 Terjemahan berakhir ketika kodon stop dikenali (UAA,
UAG, UGA)
Inisiasi Translasi
 Tahap inisiasi dari translasi menyatukan mRNA,
tRNA membawa asam amino pertama dari
polipeptida, dan dua subunit ribosom
Large
ribosomal
P site subunit
3 U A C 5
5 A U G 3

Initiator tRNA
GTP GDP
E A
mRNA
5 3 5 3
Start codon

mRNA binding site Small Translation initiation complex

ribosomal
subunit

1 2
A small ribosomal subunit binds to a molecule of
mRNA. In a prokaryotic cell, the mRNA binding site
on this subunit recognizes a specific nucleotide
sequence on the mRNA just upstream of the start
codon. An initiator tRNA, with the anticodon UAC,
base-pairs with the start codon, AUG. This tRNA
carries the amino acid methionine (Met).
The arrival of a large ribosomal subunit completes
the initiation complex. Proteins called initiation
factors (not shown) are required to bring all the
translation components together. GTP provides
the energy for the assembly. The initiator tRNA is
in the P site; the A site is available to the tRNA
bearing the next amino acid.
Elongasi Ikatan Peptida
 Pada tahap elongasi, asam amino ditambahkan
satu per satu untuk asam amino sebelumnya

1 Codon recognition. The anticodon

TRANSCRIPTION DNA
Amino end of an incoming aminoacyl tRNA
mRNA
of polypeptide base-pairs with the complementary
Ribosome
TRANSLATION mRNA codon in the A site. Hydrolysis
Polypeptide
of GTP increases the accuracy and
E efficiency of this step.
mRNA 3
Ribosome ready for P A
next aminoacyl tRNA 5 site site
2 GTP
2 GDP

E E

P A P A

2 Peptide bond formation. An

GDP
3 Translocation. The ribosome rRNA molecule of the large
GTP
subunit catalyzes the formation
translocates the tRNA in the A
of a peptide bond between the
site to the P site. The empty tRNA
new amino acid in the A site and
in the P site is moved to the E site, E
the carboxyl end of the growing
where it is released. The mRNA
polypeptide in the P site. This step
moves along with its bound tRNAs,
P A attaches the polypeptide to the
bringing the next codon to be
tRNA in the A site.
translated into the A site.
Terminasi Translasi
 Langkah akhir translasi yt terminasi. Ketika riboom mencapai kodon STOP, tidak ada tRNA yg berikatan.
 Sebaliknya, protein yg disebut “release factor” menempel pd kodon STOP.
 release factor menyebabkan seluruh kompleks terpisah: messenger RNA, dua subunit ribosom, polipeptida
yg baru.
 messenger RNA dapat ditranslasi beberapa kali utk menghasilkan banyak protein kopi.

Release
factor
Free
polypeptide

5
3 3
3
5 5
Stop codon
(UAG, UAA, or UGA)
1 When a ribosome reaches a stop 2 The release factor hydrolyzes 3 The two ribosomal subunits
codon on mRNA, the A site of the the bond between the tRNA in and the other components of
ribosome accepts a protein called the P site and the last amino the assembly dissociate.
a release factor instead of tRNA. acid of the polypeptide chain.
The polypeptide is thus freed
from the ribosome.
Translasi: Inisiasi
 mRNA mengikat ribosom, dan transfer RNA yang sesuai
dengan kodon START mengikat kompleks ini. Ribosom
terdiri dari 2 subunit (besar dan kecil), yang datang
bersama-sama ketika messenger RNA menempel selama
proses inisiasi.
Translasi: Elongasi
 Elongasi: ribosom bergerak ke bawah RNA messenger,
menambahkan asam amino baru ke rantai polipeptida.
 Ribosom memiliki 2 situs untuk mengikat RNA transfer.
Pertama RNA dengan asam amino yang melekat
mengikat ke situs pertama, dan kemudian transfer RNA
yang sesuai dengan mengikat kodon kedua situs kedua.
Translasi: Elongasi
 Ribosom kemudian melepaskan asam amino dari
RNA transfer terlebih dahulu dan menempel ke asam
amino kedua.
 Pada titik ini, transfer RNA pertama kosong: asam
amino tidak terpasang, dan RNA transfer kedua
memiliki rantai 2 asam amino yang melekat
padanya.
Translasi: Terminasi
 Siklus elongasi terus berulang dg ribosom
bergerak ke bawah RNA messenger,
menerjemahkan satu kodon dan satu asam
amino pada suatu waktu.
 Proses ini berulang sampai kodon STOP tercapai.
Polyribosomes
 Sejumlah ribosom dapat menerjemahkan molekul
mRNA tunggal secara bersamaan membentuk
polyribosome
 Polyribosomes memungkinkan sel untuk membuat
banyak salinan dari polipeptida yang sangat cepat

Completed
Growing polypeptide
polypeptides
Incoming
ribosomal
subunits
Start of End of
mRNA mRNA
(5 end) (3 end)
(a) An mRNA molecule is generally translated simultaneously
by several ribosomes in clusters called polyribosomes.

Ribosomes
mRNA

0.1 µm
This micrograph shows a large polyribosome in a prokaryotic
cell (TEM).
Membandingkan Ekspresi Gen Pada Prokariota Dan
Eukariota
 Sel eukariot:
 Selubung nukleus memisahkan transkripsi dari translasi
 pengolahan RNA yang luas terjadi di dalam nucleus
 Sel prokariotik tidak memiliki selubung nukleus, yang memungkinkan translasi
akan mulai sementara transkripsi berlangsung

RNA polymerase

DNA
mRNA

Polyribosome

Direction of 0.25 mm
RNA transcription
polymerase DNA

Polyribosome
Polypeptide
(amino end)
Ribosome

mRNA (5 end)

A summary of transcription and translation in a eukaryotic cell
TRANSCRIPTION DNA
1RNA is transcribed
from a DNA template.
3

5 RNA RNA
transcript polymerase
RNA PROCESSING Exon
2
In eukaryotes, the RNA transcript
RNA transcript (pre- (pre-mRNA)
mRNA) is spliced and Intron
modified to produce
mRNA, which moves Aminoacyl-tRNA
from the nucleus to the synthetase
cytoplasm. NUCLEUS

Amino
FORMATION OF acid
INITIATION COMPLEX AMINO ACID ACTIVATION
CYTOPLASM tRNA
3 After leaving the 4
Each amino acid
nucleus, mRNA attaches attaches to its proper tRNA
to the ribosome. with the help of a specific
enzyme and ATP.
mRNA Growing
polypeptide
Activated
amino acid

Ribosomal
subunits

5
TRANSLATION
5
A succession of tRNAs
E A add their amino acids to
Anticodon the polypeptide chain
A A A
as the mRNA is moved
U G G U U U A U G
through the ribosome
one codon at a time.
Figure 17.26 Codon (When completed, the
polypeptide is released
Ribosome from the ribosome.)
Post-translasi

 Polipeptida baru sekarang melayang bebas

dalam sitoplasma jika diterjemahkan oleh
ribosom bebas.
 Polipeptida dilipat spontan dalam konfigurasi
aktif mereka, dan mereka secara spontan
bergabung dengan polipeptida lainnya
untuk membentuk protein akhir.
 Sering translasi tidak cukup untuk membuat
protein fungsional, rantai polipeptida yang
dimodifikasi setelah translasi
 Kadang-kadang molekul lain juga melekat
pada polipeptida: gula, lipid, fosfat, dll
Semua ini memiliki tujuan khusus untuk fungsi
protein.
Menargetkan polipeptida untuk
Spesifik Lokasi
 protein lengkap ditargetkan ke situs tertentu
di sel
 Dua populasi ribosom dalam sel : free
ribsomes (in the cytosol) and bound
ribosomes (attached to the ER)
 ribosom bebas sebagian besar mensintesis protein
yang berfungsi dalam sitosol
 ribosom terikat membuat protein dari sistem
endomembran dan protein yang disekresikan dari
sel
 Kedua ribosom adalah identik dan dapat beralih dari
bebas untuk terikat
 Menargetkan polipeptida untuk Spesifik Lokasi
 sintesis polipeptida selalu dimulai di sitosol
 Sintesis selesai dalam sitosol kecuali polipeptida memberi signal ke ribosom
untuk menempel ke ER
 Polipeptida ditakdirkan ke ER atau untuk sekresi ditandai adanya
penambahan signal peptide
 Sebuah signal-recognition particle (SRP) mengikat signal peptide
 SRP membawa signal peptide dan ribosom ke ER

Ribosomes

mRNA
Signal
peptide ER
Signal- membrane
Signal
recognition
peptide Protein
particle SRP
removed
(SRP) receptor
protein
CYTOSOL

ER LUMEN Translocation
complex