Struktur dan Fungsi

Materi genetik
Gen Eukaroit;
(Ekspresi gen dan perbandingan)

Dr. Ir. Alfred

Informasi OM
genetik Dima,
pada M.Si
organisme
dibawa oleh
Program kromosom
Studi Biologi
Universitas Nusa Cendana
 Struktur kromosom

Protein kondensin 
Protein scaffolding  membantu pemadatan
protein non histon untuk kromosom dengan berikatan
mempertahankan struktur dengan DNA
kromosom
 DNA
• Fungsi
1. Menyimpan informasi genetik
2. Duplikasi dirinya dan keturunan
3. Ekspresi pesan genetik
• Fungsi utamanya  mengkode protein
• Informasi dikode  berdasarkan urutan basa
 Ekspresi Gen

• proses penentuan sifat dari suatu organisme oleh gen.

• Terdiri dari peristiwa kompleks dimana informasi yang berada pada
sekuen basa DNA digunakan untuk pembentukan protein dalam sel
• Protein yang terbentuk  mempengaruhi sifat fenotif; efek ini
berkisar dari kenampakan secara fisik sampai perubahan yang
terdeteksi pada tingkat biokimia
• Sifat yang dipunyai oleh suatu organisme merupakan hasil proses
metabolisme yang terjadi di dalam sel.
• Proses metabolisme dapat berlangsung karena adanya enzim yang
berfungsi sebagai katalisator proses-proses biokimia.
• Enzim (dan protein lainnya) diterjemahkan dari urutan/sekuen
nukleotida yang ada pada molekul mRNA.
• mRNA disintesis berdasarkan template DNA strand (utas DNA
cetakan).
• Gen adalah segmen DNA, sehingga gen menentukan sifat suatu
organisme.
 Ekspresi Gen
Melalui dua proses:

• TRANSKRIPSI (sintesis/pembentukan molekul RNA)

- terjadi di dalam nukleus (inti sel)

• TRANSLASI (sintesis protein)

- berlangsung di sitoplasma
- RNA digunakan sebagai coded template untuk
melangsungkan sintesis protein
 mRNA in Eukaryotes

• Eukaryotic 　 pre-mRNAs typically include introns.

• Introns are removed by RNA processing called splicing.
intron : A noncoding, intervening sequence within a eukaryotic gene.
exon : The coding region of a eukaryotic gene that is expressed.
Exons are separated from each other by introns.
• Pemberian kode +1 berarti bahwa pada situs tersebut nukleotida
pertama disintesiis.
• Jadi promoter terletak di daerah sebelum atau di depan (upstream)
situs +1. Daerah sebelum +1 diberi kode –1, -2, dst.
 Promoter

Cell Type Location Sequence

Prokaryotic
TATAAT
-10
TTGACA
-35
(Pribnow Box)

Eukaryotic
about -25 TATA (TATA box)
about -80 CAAT (CAAT box)
 GENE STRUCTURE OF EUKARYOTE:
Promoter Binding Site
Menggunakan reporter essai pada daerah antara -28 dan
+61 dari titik awal transkripsi (tsp) yang didefinisikan
sebagai promotor utama JHE. Transkripsi utama
tergantung promotor pada TATA Box (−28
ATATAT−23), elemen inisiator Inr (−1GCAGT+4),
dan sekuen 10 nukleotida(+13 CGACCCCGAC+22).
Setelah dianalisis secara komputasi menunjukkan
adanya putatif downstream promoter element DPE
(+24 AGACATG +30).
 Pentingnya promotor untuk transkripsi gen

Mutasi pada elemen Inr-

like dan DPE-like
menghasilkan transkripsi
yg sangat tinggi.

Efek transkripsi gen jhbp mutan pada putatif TATA box, elemen Inr, dan elemen
DPE-like menggunakan gen pelapor (luciferase). Representasi skematik dari
kontruksi di sebelah kiri. Berturut-turut Tmut, Imut and Dmut mutasi pada putatif
TATA box, elemen Inr, and elemen DPE-like.
 Pentingnya promotor untuk transkripsi gen

Perbandingan kontruksi gen pada beberapa spesies (A), dan kontruksi gen pelapor
luciferase dan produk unit (B), tidak termasuk konstruksi M. sekta . Prosentase
100% adalah aktivitas luciferase normal.
 Produk Transkripsi

Proses transkripsi menghasilkan 3 jenis RNA, yaitu:

• mRNA (messenger RNA); hanya mRNA yang akan
diterjemahkan ke dalam protein.
• tRNA (transfer RNA); berperan sebagai molekul
pembawa asam amino yang akan dirangkaikan menjadi
polipeptida sesuai dengan sandi/codon yang terdapat
pada mRNA.
• rRNA (ribosomal RNA); berfungsi sebagai salah satu
molekul penyusun ribosom.
 TRANSKRIPSI

Transkripsi pada prokaryot dan eukaryot:

1. Initiation
melekatnya RNA polymerase pada double-stranded
DNA; RNA polymerase melekat pada sekuens DNA
yang disebut promoter.

2. Elongation – pemanjangan mRNA

3. Termination – penyelesaian sintesis mRNA.

Karakteristik Proses Transkripsi

• Proses sintesis mRNA dgn arah dari 5`P ke 3`OH
• Berlangsung anti paralel terhadap DNA cetakan
• Mengikuti Aturan Chargaff, basa-basanya berpasangan
secara komplementer (A-T; G-C)
 TRANSKRIPSI

• Prekusor RNA (pada eukaryot adalah mRNA yang pertama kali

terbentuk)
• Perlu template DNA strand (utas DNA cetakan), tapi tidak
perlu primer
• RNA disintesis oleh enzim yang terdapat dalam sel Enzim
RNA polimerase,
– struktur kompleks yang tersusun atas subunit- subunit
– Disebut transkriptase; untuk membedakannya dari RNA
polimerase yang mensintesis molekul RNA primer pada
replikasi DNA)
– Enzim bekerja dengan arah 5’  3’ (penambahan
nukleotida terjadi pada ujung 3)
 RNA polimerase
• Pada organisme prokaryot (mis. E.coli), hanya
terdapat satu jenis RNA polimerase untuk
mengkatalisis sintesis semua jenis RNA.
• Pada organisme eukaryot, terdapat tiga jenis RNA
polimerase, yaitu:

Type of Polymerase Product Location

RNA Polymerase I rRNA nucleolus
RNA Polymerase II mRNA nucleoplasm
RNA Polymerase III tRNA nucleoplasm
 PROSES TRANSKRIPSI
• Ruas DNA yang akan ditranskripsikan dibatasi oleh
promoter dan terminator.
• Promotor : sekuen DNA dimana RNA polymerase mulanya
bekerja/situs (daerah) yang dikenali pertama kali oleh RNA
polimerase sebagai tempat penempelannya
• Terminator : sekuen basa DNA yang menyebabkan
transkripsi berhenti
• Biasanya hanya satu dari dua utas DNA yang digunakan
sebagai template/cetakan dan ditranskrip, sedangkan utas
DNA yang lainnya disebut dengan utas pendamping.
• Walaupun hanya satu utas yang berfungsi sebagai template,
tetapi sepanjang molekul DNA di dalam genom suatu
organisme tidak selalu utas yang sama digunakan sebagai
template.
• Pada satu gen, utas yang satu digunakan sebagai template,
tetapi pada gen lainnya kemungkinan utas yang lain digunakan
sebagai template.
 Transcription
• Initiation~ transcription factors
mediate the binding of RNA
polymerase to an initiation
sequence (TATA box)
• Elongation~ RNA polymerase
continues unwinding DNA and
adding nucleotides to the 3’ end
• Termination~ RNA polymerase
reaches terminator sequence
TRANSKRIPSI

5` 3`
coding DNA strand (non
transcribed strand)
5`
3`
template DNA strand
(transcribed strand)

Transcription

5` 3`
mRNA  copy of
transcribed DNA strand

Translation

C
N
Peptide chain
Pre-mRNA Processing (Splicing)

• The steps of pre-mRNA splicing

(intron removal) are as follows:

• The intron loops out as snRNPs

(small nuclear ribonucleoprotein
particles, complexes of snRNAs and
proteins) bind to form the
spliceosome.
• The intron is excised, and the
exons are then spliced together.
• The resulting mature mRNA may
then exit the nucleus and be
translated in the cytoplasm.
 mRNA modification
• 1) 5’ cap: modified guanine; protection; recognition site for
ribosomes
• 2) 3’ tail: poly(A) tail (adenine); protection; recognition; transport
• 3) RNA splicing: exons (expressed sequences) kept,introns
(intervening sequences) spliced out; spliceosome
 mRNA in Eukaryotes

• Eukaryotic 　 pre-mRNAs typically include introns.

• Introns are removed by RNA processing called splicing.
intron : A noncoding, intervening sequence within a eukaryotic gene.
exon : The coding region of a eukaryotic gene that is expressed.
Exons are separated from each other by introns.
 Translasi – Sintesis protein
• Pada eukariot, mRNA meninggalkan nukleus (situs transkripsi) ke
sitoplasma (situs untuk translasi/sintesis protein)
• Melibatkan konversi triplet kode asam nukleat (kodon) ke 20 asam amino
• Ikatan terjadi antara gugus amino dan karboksil pada asam amino yang
berdekatan
• Translasi meliputi terbentuknya ikatan peptida dan terangkainya asam
amino pada sekuen yang benar
• asam amino dirangkaikan dengan asam amino lainnya dengan ikatan peptida
untuk membentuk rantai polipeptida atau protein ribosom).
• Asam amino yang akan dirangkaikan dibawa oleh tRNA yang mempunyai
anticodon spesifik dan akan dibawa ke dalam kompleks mRNA ribosom.
• Ribosom mempunyai dua situs untk penempelan tRNA , yaitu situs P
(peptidil) dan situs A (aminoasil).
• Jenis asam amino yang dirangkaikan ditentukan oleh urutan nukleotida
pada mRNA.
• mRNA digunakan sebagai model cetakan bagi sintesis protein; merupakan
rangkaian codon yang akan berpasangan dengan anticodon pada tRNA.
• Terdiri dari inisiasi, elongasi dan terminasi
 Kode Genetik
Marshall Nirenberg,dkk. (1960)

 
                                          
Amino Acid Three-Letter Abbreviation One-Letter Abbreviation
Alanine Ala A
Arginine Arg R
Asparagine Asn N
Aspartic Acid Asp D
Cysteine Cys C
Glutamine Gln Q
Glutamic Acid Glu E
Glycine Gly G
Histidine His H
Isoleucine Ile I
Leucine Leu L
Lysine Lys K
Methionine Met M
Phenylalanine Phe F
Proline Pro P
Serine Ser S
Threonine Thr T
Tryptophan Trp W
Tyrosine Tyr Y
Valine Val V
 Translation, I
• mRNA from nucleus is
‘read’ along its codons by
tRNA’s anticodons at the
ribosome
• tRNA anticodon
(nucleotide triplet);
amino acid
 Translation, II

• rRNA site
of mRNA codon &
tRNA anticodon
coupling
• P site holds
the tRNA carrying the
growing polypeptide
chain
• A site holds
the tRNA carrying the
next amino acid to be
added to the chain
• E site
discharged tRNA’s
 Translation, III
• Initiation~ union of
mRNA, tRNA, small ribosomal
subunit; followed by large
subunit
• Elongation~ •codon
recognition •peptide bond
formation •translocation
• Termination~ ‘stop’
codon reaches ‘A’ site
• Polyribosomes: translation of
mRNA by many ribosomes
(many copies of a polypeptide
very quickly)
 TRANSLASI -Termination

• Terminasi polipeptida terjadi pada saat ribosom mencapai Stop Codon.

• Pada terminasi, rantai polipeptida dan tRNA akan dilepas, diikuti

dengan disosiasi ribosom menjadi subunit-subunit

• Stop codon (UAA, UAG, UGA), merupakan triplet yang tidak bisa
dikenali oleh tRNA; akan tetapi dikenali oleh dua macam protein the
releasing factors (RF), yaitu RF1 (mengenali UAG dan UAA) dan RF2
(mengenali UAA dan UGA).
Resume