EKSPRESI GEN

Riryn Novianty, M.Si

 System Biology

Systems biology is the study of an organism, viewed as an

integrated and interacting network of genes, proteins and
biochemical reactions, which give rise to life.
http://cisncancer.org/research/what_we_know/omics/omics_revolution.html
Omics : Bidang studi yang mempelajari tentang data
atau informasi dalam skala besar

Systems Biology Combines

Genomics (Genome)
◦ Pharmacogenomics: pharmaco-relevant genes
◦ Spliceomics: splicing codons
◦ Transcriptomics: Whole cell or tissue gene expression
measurements by DNA microarrays or serial analysis of gene
expression
◦ Epigenomics: epigene
Proteomics (Proteins): Identification of proteins and protein
expression patterns
Metabolomics: Identification and measurement of all
small-molecules metabolites within a cell or tissue
Bioinformatics: Use of computers to find and then integrate data
Ekspresi Gen
• Gen → sekuen DNA dengan panjang minimum tertentu
yang mengkode urutan lengkap asam amino suatu
polipeptida, atau RNA (mRNA, tRNA, rRNA)
Ekspresi Gen
• Enam tahapan kontrol ekspresi gen
From gene to protein
Ekspresi Gen
Replikasi DNA
Replikasi DNA
• Pelipatgandaan molekul DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
• Transkripsi (DNA
→ RNA)
berlangsung di
nukleus

• Translasi (RNA
→ protein)
berlangsung di
sitoplasma dan RE
kasar
Transkripsi
• Merupakan tahapan pembentukan/sintesis mRNA
(messager RNA) dari DNA template
Transkripsi
• Enzim yang berperan dalam transkripsi → RNA polimerase
1. Pada Prokaryotik: hanya memiliki satu RNA polimerase
→ sintesis mRNA, r RNA, dan tRNA
→ transkripsi dan translasi berpasangan
2. Pada Eukaryotik: memiliki tiga RNA polimerase
a. RNA polimerase I: sintesis rRNA
b. RNA polimerase II: sintesis mRNA
c. RNA polimerase III: sintesis tRNA dan 5S rRNA
• Pada organisme Eukaryotik, transkripsi dan translasi
terjadi pada lokasi yang berbeda
Tahapan Transkripsi
• Inisiasi (Initiation)
- pada ujung 5’ gen
- pengikatan RNA polimerase pada promotor
- pemutusan molekul DNA
• Elongasi (Elongation)
- penambahan nukleotida pada ujung 3’ rantai
pemanjangan (growing chain)
- basa dipasangkan secara komplemen
- sumber energi dari substrat NTP
• Terminasi (Termination)
- pada ujung 3’ gen
Transkripsi
Penambahan Nukleotida padaTranskripsi
Pemasangan Basa (BasePairing)
saat Transkripsi
Replikasi vs. Transkripsi

Seluruh untai DNA bereplikasi Hanya segmen/fragmen pendek DNA

yang ditranskripsi

Nukleotida ditambahkan pada salah Nukleotida ditambahkan pada salah

satu ujung saja satu ujung saja

DNA polimerase RNA polimerase

A, T, G, C A, U, G, C

A = T dan C = G A = U; C = G; dan T = A

Double helix (double strand) Single strand

Transkripsi
Contoh
• Terjemahkan DNA template di bawah ini menjadi mRNA!

5’-GCTAATCTTGGATGCGTCAAGTCCCTAGCT-3’
3’-CGATTAGAACCTACGCAGTTCAGGGATCGA-5’

3’-TAGCGTTAGATCCGGTAATACGTGAGCCGTA-5’
5’-ATCGCAATCTAGGCCATTATGCACTCGGCAT-3’

5’-TCGTGCTGATAGCTAAGGCTCGGTATATCCG-3’
3’-AGCACGACTATCGATTCCGAGCCATATAGGC-5’
Regulasi Pasca Transkripsi
(Post-transcriptional Regulation)
• Pada fase pasca transkripsi (post-transcriptional), terjadi
beberapa proses yang unik pada Eukaryotik:
1. capping → penambahan tudung (cap) pada ujung 5’
mRNA
2. poliadenilasi → penambahan gugus poli-A pada ujung
3’ mRNA
3. RNA splicing → pemotongan dan penyambungan RNA
4. RNA editing → penyuntingan mRNA
Regulasi Pasca Transkripsi
(Post-transcriptional Regulation)
1. Capping
→ metilasi (penambahan gugus metil), yang sebagian
besar terakumulasi pada ujung 5’ mRNA
Struktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA
(mRNA cap), berupa molekul 7-metilguanosin (m7G)

Fungsi mRNA cap:

1. melindungi mRNA dari degradasi
2. meningkatkan efisiensi translasi mRNA
3. meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukleus ke
sitoplasma
4. meningkatkan efisiensi proses splicing mRNA
Regulasi Pasca Transkripsi
(Post-transcriptional Regulation)
2. Poliadenilasi
→ rantai poli-A ditambahkan pasca-transkripsi karena
tidak ada bagian gen yang mengkode rangkaian A atau
T semacam ini
- penambahan dilakukan dengan menggunakan aktivitas
enzim poli(A)-polimerase
- fungsi poliadenilasi: meningkatkan stabilitas mRNA
sehingga mRNA mempunyai umur
yang lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang
tidak memiliki poli-A
Regulasi Pasca Transkripsi
(Post-transcriptional Regulation)
3. RNA splicing
transkripsi
Gen (ekson & intron) Pre-mRNA

Intron dipotong
dari pre-mRNA

Ekson-ekson
Mature mRNA
disambung
Regulasi Pasca Transkripsi
(Post-transcriptional Regulation
4. RNA editing
→ misalnya terjadi pada sekuens mRNA sitokrom
oksidase III (COIII) Trypanosoma brucei sepanjang
731 nukleotida

ditambahkan 407 uridine (U) melalui proses

editing/penyuntingan

→ penyuntingan selalu terjadi pada ujung 3’

→ penyuntingan dilakukan oleh molekul RNA, yang
disebut guide RNA (gRNA)
Regulasi Pasca Transkripsi
(Post-transcriptional Regulation)
…lanjutan
Translasi
• Proses pembacaan
kodon dan
menggabungkan asam
amino melalui ikatan
peptida
• mRNA dibaca pada
ribosom
• tRNA membawa asam
amino ke ribosom
• Asam amino
dikombinasi untuk
membentuk protein
Translasi
• mRNA ditranslasi di dalam ribosom dengan
menggunakan tRNA sebagai molekul adaptor
• Sekuen nukleotida dibaca setiap 3 basa
• Setiap triplet atau 3 basa tersebut disebut kodon
• Setiap kodon mengkode asam amino
• Setiap asam amino bisa dikode oleh satu atau lebih
kodon
• Sejumlah 64 kodon yang mungkin diekspresikan menjadi
asam amino tertentu disebut kode genetik
• Kode genetik menghasilkan 20 asam amino yang
berbeda
Kode Genetik
Kode Genetik
Translasi
Translasi
• Komponen proses translasi
1. mRNA
2. ribosom
3. tRNA bersama dengan asam amino
4. enzim
• Tahapan translasi:
1. Inisiasi
2. Elongasi
3. Terminasi
Inisiasi
• tRNA inisiator berikatan
dengan subunit kecil pada
ribosom
• Subunit kecil/kompleks tRNA
berikatan dengan mRNA
kemudian bergerak
sepanjang sekuen tersebut
menuju ke start kodon
(AUG)
• Subunit besar pada ribosom
bergabung pada kompleks
yang telah terbentuk
Elongasi
• mRNA melewati subunit ribosom (ribosomal subunit)
• tRNA menghantarkan asam amino ke sisi pengikatan
ribosom (ribosomal binding site) sesuai dengan
sekuen/urutan pada mRNA
• Asam amino-asam amino berikatan dengan terbentuknya
ikatan peptida
Terminasi
• Stop kodon
bergerak
menempatkan diri
• Tidak ada tRNA
yang membawa
antikodon
• Faktor rilis
(release factors)
berikatan dengan
ribosom
• mRNA dan
polipeptida
dilepaskan
Regulasi Pasca Translasi
(Post-translational regulation)

• Proofreading merupakan sistem koreksi jika terjadi

kesalahan dalam penggabungan aminoasil-tRNA pada
ribosom
• Akurasi translasi ditentukan saat penambahan muatan
pada tRNA (tRNA charging) dan saat aminoasil-tRNA
melekat pada sisi A ribosom.