PENGANTAR ANALISIS
METABOLOMIK
M Rafi, R Heryanto
Metabolomik
1
2016/12/20
Metabolomik
(a) Skema umum
organisasi
Omics.
Metabolomik
2
2016/12/20
Metabolomik
Metabolomik
Strategies dalam analisis metabolomik
Term Deskripsi
Metabolomics Identifikasi non-bias dan kuantifikasi semua metabolit
dalam suatu sistem biologi. Persiapan sampel tidak
harus mengecualikan suatu kelompok metabolit, dan
selektivitas dan sensitivitas teknik analitis harus tinggi
Metabolite Identifikasi dan kuantifikasi sejumlah tertentu metabolit
profiling yang telah ada, umumnya terkait dengan jalur metabolit
tertentu. Persiapan sampel dan instrumentasi yang
digunakan dapat mengisolasi senyawa-senyawa target
tersebut dari matriks lainnya sebelum deteksi, biasanya
menggunakan teknik pemisahan kromatografi lalu
dideteksi dengan MS. Dalam industri farmasi, cara ini
secara luas digunakan untuk studi penemuan kandidat
obat baru, produk metabolisme obat dan efek
perawatan terapi
3
2016/12/20
Metabolomik
Term Deskripsi
Metabolic High-throughput, rapid, global analysis of samples to
fingerprinting provide sample classification. Quantification and
metabolic identification are generally not employed. A
screening tool to discriminate between samples of
different biological status or origin. Sample preparation
is simple and, as chromatographic separation is absent,
rapid analysis times are small (normally 1 min or less)
Metabolite Qualitative and quantitative analysis of one or a few
target analysis metabolites related to a specific metabolic reaction.
Extensive sample preparation and separation from other
metabolites is required and this approach is especially
employed when low limits of detection are required.
Generally, chromatographic separation is used followed
by sensitive MS or UV detection
Metabolomik
Term Deskripsi
Metabonomics Evaluation of tissues and biological fluids for changes in
endogenous metabolite levels that result from disease
or therapeutic treatments
WB Dunn, DI Ellis. 2005. Trends in Analytical Chemistry 24: 285
4
2016/12/20
Metabolomik
KEMOMETRIKA
5
2016/12/20
6
2016/12/20
http://www.cial.uam-
csic.es/metabolomics/workflow.html
S Moco, RJ Bino, RCH De Vos, J Vervoort. 2007. Trends in Analytical Chemistry, 26: 855
7
2016/12/20
8
2016/12/20
Chemometrics
A science of relating measurements made on a chemical system or
process to the state of the system via application of mathematical or
statistical method (International Chemometrics Society)
Chemometrics
9
2016/12/20
10
2016/12/20
Sinergi
Lingkungan
Budidaya
tumbuh
Multikomponen
Panen dan
Genetik
pascapanen
Obat Herbal
M. Rafi, L.W. Lim, T. Takeuchi, L.K. Darusman. 2013. Talanta 103: 28.
11
2016/12/20
Identifikasi Pattern-
oriented
(Fingerprint
Kendali Mutu analysis)
dengan
Diskriminasi Senyawa
Kimia Compound-
oriented
(Marker
analysis)
Autentikasi
Kemometrika
Z. Zeng et al., Chin. Med., 3 (2008) 9
S. Govindaraghavan et al., Fitoterapia, 83 (2012) 979
12
2016/12/20
Sidikjari KLT
Sidikjari KLT
Diskriminasi Kunyit, Temulawak, dan Bangle
a b c
Pola KLT sidikjari dengan visualisasi sinar tampak (a), UV 254 nm (b), dan UV
366 nm (c)
Keterangan:
CCM = kurkumin DMC = demetoksikurkumin
BDC = bisdemetoksikurkumin TMK = Temulawak
KNY = Kunyit BNGL = Bangle
13
2016/12/20
Sidikjari KLT
a b
Pola KLT sidikjari bangle (a), kunyit (b), dan temulawak
(c) dengan visualisasi sinar tampak
Keterangan:
STD = senyawa standar kurkuminoid
NGD = Ngadirejo, Wonogiri
TMB = Tembalang, Semarang
TWN = Tawangmangu, Karanganyar
SMN = Semen, Kediri
SLH = Slahung, Ponorogo
NGR = Ngrayun, Ponorogo
TJK = Tanjung Kerta, Sumedang
RCK = Rancakalong, Sumedang
CKR = Cikembar, Sukabumi
c
DMG = Dramaga, Bogor
Sidikjari KLT
a b
Pola KLT sidikjari bangle (a), kunyit (b), dan temulawak
(c) dengan visualisasi UV 254 nm
Keterangan:
STD = senyawa standar kurkuminoid
NGD = Ngadirejo, Wonogiri
TMB = Tembalang, Semarang
TWN = Tawangmangu, Karanganyar
SMN = Semen, Kediri
SLH = Slahung, Ponorogo
NGR = Ngrayun, Ponorogo
TJK = Tanjung Kerta, Sumedang
RCK = Rancakalong, Sumedang
CKR = Cikembar, Sukabumi
DMG = Dramaga, Bogor c
14
2016/12/20
Sidikjari KLT
Pola KLT sidikjari bangle (a), kunyit (b), dan temulawak (c) dengan visualisasi UV 366 nm
Keterangan:
STD = senyawa standar kurkuminoid NGD = Ngadirejo, Wonogiri
TMB = Tembalang, Semarang TWN = Tawangmangu, Karanganyar
SMN = Semen, Kediri SLH = Slahung, Ponorogo
NGR = Ngrayun, Ponorogo TJK = Tanjung Kerta, Sumedang
RCK = Rancakalong, Sumedang CKR = Cikembar, Sukabumi
DMG = Dramaga, Bogor
Validasi
15
2016/12/20
Pemilihan model
16
2016/12/20
17
2016/12/20
mg/g
• Instrumentasi: KCKT
• Prapemrosesan
sinyal: koreksi garis
dasar
• Metode kemometrik: 4
DF-1 (72.83 %)
analisis
diskriminant/discrimin 2
ZOR-11
ZOO-12
ZOR-6 ZOR-9
ZOO-1 ZOR-1
ant analysis (DA) ZOO-6 ZOR-12ZOR-2
DF-2 (27.17 %)
ZOR-8 ZOR-7
ZOR-5
ZOO-4 ZOO-5 ZOR-3
0 ZOO-2ZOO-8 ZOR-10 ZOR-4
ZOA-13
ZOO-3 ZOA-7 ZOA-11
ZOO-10 ZOA-4 ZOA-5
ZOA-10
ZOO-9 ZOA-8
ZOO-11 ZOO-7 ZOA-2
-2
ZOA-12
ZOA-1 ZOA-9
ZOA-3 ZOA-6
-4
-4 -2 0 2 4
18
2016/12/20
Analisis sidikjari
+
Kemometrik
Identifikasi &
Diskriminasi
Z.
montanum
19
2016/12/20
v
Reference peak
min
Kromatogram sidikjari KCKT
Z. montanum (a), Z. americans (b) dan Z. zerumbet (c)
Analisis Diskriminan
20
2016/12/20
Turmeric??
Java turmeric??
Cassumunar ginger??
21
2016/12/20
• Instrumentasi:
Spektroskopi FTIR
• Prapemrosesan
sinyal: standar normal
variate
• Metode kemometrik:
analisis variat CL
ZC
kanonik/canonical
variate analysis (CVA)
CX
Plot CVA
22
2016/12/20
Kadar kurkuminoid
mg/g
30 CUR
DMC
25
BDMC
20
15
10
23
2016/12/20
v
0.5 e
d
c
b
a
0
0 10 20 30 40 min
Kromatogram CX (a), 5% CL dalam CX (b), 25% CL dalam CX
(c), 50% CL dalam CX (d) and CL (e) (UV 254 nm)
CV1 (98.9%)
24
2016/12/20
25
2016/12/20
26
2016/12/20
Score plots of
(a) PCA and (b)
PLS‐DA, and
loading plots of
(c) PCA and (d)
PLS‐DA for
the 62 samples,
using common
components as
input data.
27
2016/12/20
28
2016/12/20
Terima Kasih
Atas Perhatiannya !
29